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136 Publikationen

2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901460
Löwes, B., Chauve, C., Ponty, Y. & Giegerich, R. (2017). The BRaliBase Dent – a Tale of Benchmark Design and Interpretation. Briefings in Bioinformatics, 18(2), 306-311. Oxford University Press (OUP). doi:10.1093/bib/bbw022.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2903044
Gatter, T., Giegerich, R. & Saule, C. (2016). Integrating Pareto Optimization into Dynamic Programming. ALGORITHMS, 9(1): 12. Mdpi Ag. doi:10.3390/a9010012.
PUB | DOI | WoS
 
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2917100
Nuss, A.M., Heroven, A.K., Waldmann, B., Reinkensmeier, J., Jarek, M., Beckstette, M. & Dersch, P. (2015). Transcriptomic Profiling of Yersinia pseudotuberculosis Reveals Reprogramming of the Crp Regulon by Temperature and Uncovers Crp as a Master Regulator of Small RNAs. PLOS GENETICS, 11(3): 26. Public Library Science. doi:10.1371/journal.pgen.1005087.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2905757
Giegerich, R. & Touzet, H. (2014). Modeling Dynamic Programming Problems over Sequences and Trees with Inverse Coupled Rewrite Systems. Algorithms, 7(1), 62-144. MDPI AG. doi:10.3390/a7010062.
PUB | DOI
 
2014 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2682131 OA
Janssen, S. (2014). Kisses, ambivalent models and more: Contributions to the analysis of RNA secondary structure.. Bielefeld: Universitätsbibliothek.
PUB | PDF
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2699802
Torres-Quesada, O., Reinkensmeier, J., Schlueter, J.-P., Robledo, M., Peregrina, A., Giegerich, R., Toro, N., Becker, A. & Jimenez-Zurdo, J.I. (2014). Genome-wide profiling of Hfq-binding RNAs uncovers extensive post-transcriptional rewiring of major stress response and symbiotic regulons in Sinorhizobium meliloti. RNA Biology, 11(5), 563-579. Informa UK Limited. doi:10.4161/rna.28239.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2681698
Sauthoff, G. & Giegerich, R. (2014). Yield grammar analysis and product optimization in a domain-specific language for dynamic programming. Science of Computer Programming, 87, 2-22. Elsevier BV. doi:10.1016/j.scico.2013.09.011.
PUB | DOI | WoS
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2699792
Becker, A., Overloeper, A., Schlueter, J.-P., Reinkensmeier, J., Robledo, M., Giegerich, R., Narberhaus, F. & Evguenieva-Hackenberg, E. (2014). Riboregulation in plant-associated alpha-proteobacteria. RNA Biology, 11(5), 550-562. Informa UK Limited. doi:10.4161/rna.29625.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2584661
Schlueter, J.-P., Reinkensmeier, J., Barnett, M.J., Lang, C., Krol, E., Giegerich, R., Long, S.R. & Becker, A. (2013). Global mapping of transcription start sites and promoter motifs in the symbiotic a-proteobacterium Sinorhizobium meliloti 1021. Bmc Genomics, 14(1), 156. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/1471-2164-14-156.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2645192
Gillett, A., Bergman, P., Parsa, R., Bremges, A., Giegerich, R. & Jagodic, M. (2013). A Silent Exonic SNP in Kdm3a Affects Nucleic Acids Structure but Does Not Regulate Experimental Autoimmune Encephalomyelitis. Plos One, 8(12), e81912. Public Library of Science (PLoS). doi:10.1371/journal.pone.0081912.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901275
Löwes, B. & Giegerich, R. (2013). Avoiding Ambiguity and Assessing Uniqueness in Minisatellite Alignment (OpenAccess Series in Informatics (OASIcs). In T. Beißbarth, M. Kollmar, A. Leha, B. Morgenstern, A.-K. Schultz, S. Waack & E. Wingender (Hrsg.), German Conference on Bioinformatics 2013 (S. 110-124). Gehalten auf der German Conference on Bioinformatics 2013, Dagstuhl, Germany: Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum für Informatik. doi:10.4230/OASIcs.GCB.2013.110.
PUB | DOI
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2607289
Schirmer, S. & Giegerich, R. (2013). Forest alignment with affine gaps and anchors, applied in RNA structure comparison. Theoretical Computer Science, 483, 51-67. Elsevier BV. doi:10.1016/j.tcs.2012.07.040.
PUB | DOI | WoS
 
2012 | Sammelwerksbeitrag | PUB-ID: 2439665
Janssen, S. & Giegerich, R. (2012). Abstract Shape Analysis of RNA. In J. Gorodkin & Z. Weinberg (Hrsg.), RNA Bioinformatics t.b.a. (S. 1-35).
PUB
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2410526 OA
Janssen, S., Schudoma, C., Steger, G. & Giegerich, R. (2011). Lost in folding space? Comparing four variants of the thermodynamic model for RNA secondary structure prediction. BMC Bioinformatics, 12(1), 429. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/1471-2105-12-429.
PUB | PDF | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2427226
Reinkensmeier, J., Schlüter, J.-P., Giegerich, R. & Becker, A. (2011). Conservation and Occurrence of Trans-Encoded sRNAs in the Rhizobiales. GENES, 925-956. MDPI AG. doi:10.3390/genes2040925.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2302459 OA
Abdul-Hak, S. (01T00:00:00Z.01.1970) Analytische und empirische Untersuchungen über abstrakte Shapes von RNA-Sekundärstrukturen. Bielefeld (Germany): Bielefeld University.
PUB | PDF
 
2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383357
Giegerich, R. & Sauthoff, G. (2011). Yield grammar analysis in the Bellman's GAP compiler. Proceedings of the Eleventh Workshop on Language Descriptions, Tools and Applications (ACM).
PUB
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383363
Schirmer, S. & Giegerich, R. (2011). Forest Alignment with Affine Gaps and Anchors. Combinatorial Pattern Matching, 104-117. Springer Science + Business Media. doi:10.1007/978-3-642-21458-5_11.
PUB | DOI
 
2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2310489
Sauthoff, G., Janssen, S. & Giegerich, R. (2011). Bellman's GAP: a declarative language for dynamic programming. Proceedings of the 13th international ACM SIGPLAN symposium on Principles and practices of declarative programming (S. 29-40). Gehalten auf der 13th international ACM SIGPLAN symposium on Principles and practices of declarative programming, New York, NY, USA: ACM. doi:10.1145/2003476.2003484.
PUB | DOI | Download (ext.)
 
2011 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2474238 OA
Schirmer, S. (2011). Comparing forests. Bielefeld: Bielefeld University.
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