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136 Publikationen

2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2003355
Giegerich, R.; Hoener Zu Siederdissen, C. (2011): Semantics and Ambiguity of Stochastic RNA Family Models IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics,8:(2): 499-516.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2093578
Linke, B.; Giegerich, R.; Goesmann, A. (2011): Conveyor: a workflow engine for bioinformatic analyses Bioinformatics,27:(7): 903-911.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1893988 OA
Grond, F.; Janssen, S.; Schirmer, S.; Hermann, T. (2010): Browsing RNA Structures by Interactive Sonification. In: Roberto Bresin; Thomas Hermann; Andy Hunt (Hrsg.): Proceedings of the 3rd Interactive Sonification Workshop. KTH, Stockholm, Sweden: KTH School of Computer Science and Communication (CSC). S. 11-16.
PUB | Datei | Download (ext.)
 
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2906810
Bremges, A.; Schirmer, S.; Giegerich, R. (2010): Fine-tuning structural RNA alignments in the twilight zone BMC Bioinformatics,11:(1):222
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2010 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2304195 OA
Sauthoff, G. (01T00:00:00Z.01.1970): Bellman's GAP : a 2nd generation language and system for algebraic dynamic programming. Bielefeld (Germany): Bielefeld University.
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1796697
Brabrand, C.; Giegerich, R.; Moller, A. (2010): Analyzing ambiguity of context-free grammars SCIENCE OF COMPUTER PROGRAMMING,75:(3): 176-191.
PUB | DOI | WoS
 
2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1894008 OA
Theis, C.; Janssen, S.; Giegerich, R. (2010): Prediction of RNA Secondary Structure Including Kissing Hairpin Motifs. In: Vincent Moulton; Mona Singh (Hrsg.): Algorithms in Bioinformatics. 10th international workshop (WABI 2010), proceedings. Berlin: Springer. (Lecture Notes in Bioinformatics, 6293). S. 52-64.
PUB | Datei | DOI
 
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1893946 OA
Janssen, S.; Giegerich, R. (2010): Faster computation of exact RNA shape probabilities Bioinformatics,26:(5): 632-639.
PUB | Datei | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1785497 OA
Schlüter, J. - P.; Reinkensmeier, J.; Daschkey, S.; Evguenieva-Hackenberg, E.; Janssen, S.; Jaenicke, S.; Becker, J. D.; Giegerich, R.; Becker, A. (2010): A genome-wide survey of sRNAs in the symbiotic nitrogen-fixing alpha-proteobacterium Sinorhizobium meliloti BMC Genomics,11:(1):245
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1785512 OA
Bremges, A.; Schirmer, S.; Giegerich, R. (2010): Fine-tuning structural RNA alignments in the twilight zone BMC Bioinformatics,11:(1): 222.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1785581 OA
Abouelhoda, M.; El-Kalioby, M.; Giegerich, R. (2010): WAMI: a web server for the analysis of minisatellite maps BMC Evolutionary Biology,10:(1): 167.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383365
Abouelhoda, M.; Giegerich, R.; Behzadi, B.; Steyaert, J. M. (2009): Alignment of minisatellite maps based on run-length encoding scheme Journal of Bioinformatics and Computational Biology,7:(02): 287-308.
PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383411
Reeder, J.; Giegerich, R. (2009): RNA secondary structure analysis using the RNAshapes package Current Protocols in Bioinformatics
PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Konferenzbeitrag | Entwurf | PUB-ID: 2383425
Steffen, P.; Giegerich, R.; Giraud, M. (Unpublished): GPU Parallization of Algebraic Dynamic Programming. In: Proceedings PPAM.
PUB
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589458
Beckstette, M.; Homann, R.; Giegerich, R.; Kurtz, S. (2009): Significant speedup of database searches with HMMs by search space reduction with PSSM family models Bioinformatics,25:(24): 3251-3258.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1634374
Homann, R.; Fleer, D.; Giegerich, R.; Rehmsmeier, M. (2009): mkESA: enhanced suffix array construction tool Bioinformatics,25:(8): 1084-1085.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383382
Abouelhoda, M. I.; Giegerich, R.; Behzadi, B.; Steyaert, J. M. (2008): Alignment of Minisatellite Maps: A Minimum Spanning Tree based Approach. In: Proceedings of the 6th Asia-Pacific Bioinformatics Conference. (Series on Advances in Bioinformatics and Computational Biology, 6, ). S. 261-272.
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2008 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2305281 OA
Fiedler, T. (01T00:00:00Z.01.1970): The jPREdictor and its application to motif discovery, motif clustering and the prediction of Polycomb/Trithorax response elements. Bielefeld (Germany): Bielefeld University.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1784020 OA
Lamprecht, A. - L.; Margaria, T.; Steffen, B.; Sczyrba, A.; Hartmeier, S.; Giegerich, R. (2008): GeneFisher-P: variations of GeneFisher as processes in Bio-jETI BMC Bioinformatics,9:(Suppl 4): S13.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1784025 OA
Herold, J.; Kurtz, S.; Giegerich, R. (2008): Efficient computation of absent words in genomic sequences BMC Bioinformatics,9:(1): 167.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 

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