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136 Publikationen

2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2003355
Giegerich R, Hoener Zu Siederdissen C. Semantics and Ambiguity of Stochastic RNA Family Models. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 2011;8(2):499-516.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2093578
Linke B, Giegerich R, Goesmann A. Conveyor: a workflow engine for bioinformatic analyses. Bioinformatics. 2011;27(7):903-911.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1893988 OA
Grond F, Janssen S, Schirmer S, Hermann T. Browsing RNA Structures by Interactive Sonification. In: Bresin R, Hermann T, Hunt A, eds. Proceedings of the 3rd Interactive Sonification Workshop. KTH, Stockholm, Sweden: KTH School of Computer Science and Communication (CSC); 2010: 11-16.
PUB | Datei | Download (ext.)
 
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2906810
Bremges A, Schirmer S, Giegerich R. Fine-tuning structural RNA alignments in the twilight zone. BMC Bioinformatics. 2010;11(1): 222.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2010 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2304195 OA
Sauthoff G. Bellman's GAP : a 2nd generation language and system for algebraic dynamic programming. Bielefeld (Germany): Bielefeld University; 2010.
PUB | PDF
 
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1796697
Brabrand C, Giegerich R, Moller A. Analyzing ambiguity of context-free grammars. SCIENCE OF COMPUTER PROGRAMMING. 2010;75(3):176-191.
PUB | DOI | WoS
 
2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1894008 OA
Theis C, Janssen S, Giegerich R. Prediction of RNA Secondary Structure Including Kissing Hairpin Motifs. In: Moulton V, Singh M, eds. Algorithms in Bioinformatics. 10th international workshop (WABI 2010), proceedings. Lecture Notes in Bioinformatics. Vol 6293. Berlin: Springer; 2010: 52-64.
PUB | Datei | DOI
 
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1893946 OA
Janssen S, Giegerich R. Faster computation of exact RNA shape probabilities. Bioinformatics. 2010;26(5):632-639.
PUB | Datei | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1785497 OA
Schlüter J-P, Reinkensmeier J, Daschkey S, et al. A genome-wide survey of sRNAs in the symbiotic nitrogen-fixing alpha-proteobacterium Sinorhizobium meliloti. BMC Genomics. 2010;11(1): 245.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1785512 OA
Bremges A, Schirmer S, Giegerich R. Fine-tuning structural RNA alignments in the twilight zone. BMC Bioinformatics. 2010;11(1):222.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1785581 OA
Abouelhoda M, El-Kalioby M, Giegerich R. WAMI: a web server for the analysis of minisatellite maps. BMC Evolutionary Biology. 2010;10(1):167.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383365
Abouelhoda M, Giegerich R, Behzadi B, Steyaert JM. Alignment of minisatellite maps based on run-length encoding scheme. Journal of Bioinformatics and Computational Biology. 2009;7(02):287-308.
PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383411
Reeder J, Giegerich R. RNA secondary structure analysis using the RNAshapes package. Current Protocols in Bioinformatics. 2009.
PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Konferenzbeitrag | Entwurf | PUB-ID: 2383425
Steffen P, Giegerich R, Giraud M. GPU Parallization of Algebraic Dynamic Programming. In: Proceedings PPAM. Unpublished.
PUB
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589458
Beckstette M, Homann R, Giegerich R, Kurtz S. Significant speedup of database searches with HMMs by search space reduction with PSSM family models. Bioinformatics. 2009;25(24):3251-3258.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1634374
Homann R, Fleer D, Giegerich R, Rehmsmeier M. mkESA: enhanced suffix array construction tool. Bioinformatics. 2009;25(8):1084-1085.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383382
Abouelhoda MI, Giegerich R, Behzadi B, Steyaert JM. Alignment of Minisatellite Maps: A Minimum Spanning Tree based Approach. In: Proceedings of the 6th Asia-Pacific Bioinformatics Conference. Series on Advances in Bioinformatics and Computational Biology, 6. 2008: 261-272.
PUB | DOI
 
2008 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2305281 OA
Fiedler T. The jPREdictor and its application to motif discovery, motif clustering and the prediction of Polycomb/Trithorax response elements. Bielefeld (Germany): Bielefeld University; 2008.
PUB | PDF
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1784020 OA
Lamprecht A-L, Margaria T, Steffen B, Sczyrba A, Hartmeier S, Giegerich R. GeneFisher-P: variations of GeneFisher as processes in Bio-jETI. BMC Bioinformatics. 2008;9(Suppl 4):S13.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1784025 OA
Herold J, Kurtz S, Giegerich R. Efficient computation of absent words in genomic sequences. BMC Bioinformatics. 2008;9(1):167.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 

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