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136 Publikationen

2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2003355
Semantics and Ambiguity of Stochastic RNA Family Models
Giegerich R, Hoener Zu Siederdissen C (2011)
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 8(2): 499-516.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2093578
Conveyor: a workflow engine for bioinformatic analyses
Linke B, Giegerich R, Goesmann A (2011)
Bioinformatics 27(7): 903-911.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1893988 OA
Browsing RNA Structures by Interactive Sonification
Grond F, Janssen S, Schirmer S, Hermann T (2010)
In: Proceedings of the 3rd Interactive Sonification Workshop. Bresin R, Hermann T, Hunt A (Eds); (Human Interaction with Auditory Displays). KTH, Stockholm, Sweden: KTH School of Computer Science and Communication (CSC): 11-16.
PUB | Datei | Download (ext.)
 
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2906810
Fine-tuning structural RNA alignments in the twilight zone
Bremges A, Schirmer S, Giegerich R (2010)
BMC Bioinformatics 11(1): 222.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2010 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2304195 OA
Bellman's GAP : a 2nd generation language and system for algebraic dynamic programming
Sauthoff G (01T00:00:00Z.01.1970)
Bielefeld (Germany): Bielefeld University.
PUB | PDF
 
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1796697
Analyzing ambiguity of context-free grammars
Brabrand C, Giegerich R, Moller A (2010)
SCIENCE OF COMPUTER PROGRAMMING 75(3): 176-191.
PUB | DOI | WoS
 
2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1894008 OA
Prediction of RNA Secondary Structure Including Kissing Hairpin Motifs
Theis C, Janssen S, Giegerich R (2010)
In: Algorithms in Bioinformatics. 10th international workshop (WABI 2010), proceedings. Moulton V, Singh M (Eds); Lecture Notes in Bioinformatics, 6293. Berlin: Springer: 52-64.
PUB | Datei | DOI
 
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1893946 OA
Faster computation of exact RNA shape probabilities
Janssen S, Giegerich R (2010)
Bioinformatics 26(5): 632-639.
PUB | Datei | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1785497 OA
A genome-wide survey of sRNAs in the symbiotic nitrogen-fixing alpha-proteobacterium Sinorhizobium meliloti
Schlüter J-P, Reinkensmeier J, Daschkey S, Evguenieva-Hackenberg E, Janssen S, Jaenicke S, Becker JD, Giegerich R, Becker A (2010)
BMC Genomics 11(1): 245.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1785512 OA
Fine-tuning structural RNA alignments in the twilight zone
Bremges A, Schirmer S, Giegerich R (2010)
BMC Bioinformatics 11(1): 222.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1785581 OA
WAMI: a web server for the analysis of minisatellite maps
Abouelhoda M, El-Kalioby M, Giegerich R (2010)
BMC Evolutionary Biology 10(1): 167.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383365
Alignment of minisatellite maps based on run-length encoding scheme
Abouelhoda M, Giegerich R, Behzadi B, Steyaert JM (2009)
Journal of Bioinformatics and Computational Biology 7(02): 287-308.
PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383411
RNA secondary structure analysis using the RNAshapes package
Reeder J, Giegerich R (2009)
Current Protocols in Bioinformatics.
PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Konferenzbeitrag | Entwurf | PUB-ID: 2383425
GPU Parallization of Algebraic Dynamic Programming
Steffen P, Giegerich R, Giraud M (Unpublished)
In: Proceedings PPAM.
PUB
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589458
Significant speedup of database searches with HMMs by search space reduction with PSSM family models
Beckstette M, Homann R, Giegerich R, Kurtz S (2009)
Bioinformatics 25(24): 3251-3258.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1634374
mkESA: enhanced suffix array construction tool
Homann R, Fleer D, Giegerich R, Rehmsmeier M (2009)
Bioinformatics 25(8): 1084-1085.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383382
Alignment of Minisatellite Maps: A Minimum Spanning Tree based Approach
Abouelhoda MI, Giegerich R, Behzadi B, Steyaert JM (2008)
In: Proceedings of the 6th Asia-Pacific Bioinformatics Conference. Series on Advances in Bioinformatics and Computational Biology, 6. 261-272.
PUB | DOI
 
2008 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2305281 OA PUB | PDF
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1784020 OA
GeneFisher-P: variations of GeneFisher as processes in Bio-jETI
Lamprecht A-L, Margaria T, Steffen B, Sczyrba A, Hartmeier S, Giegerich R (2008)
BMC Bioinformatics 9(Suppl 4): S13.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1784025 OA
Efficient computation of absent words in genomic sequences
Herold J, Kurtz S, Giegerich R (2008)
BMC Bioinformatics 9(1): 167.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 1587496
Looking for non-coding RNAs in Corynebacterium glutamicum
Gkogkoglou K, Mentz A, Albersmeier A, Kalinowski J, Giegerich R (2008)
FEBS JOURNAL 275(Suppl. 1): 153.
PUB | WoS
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1588303
Two interactive bioinformatics courses at the bielefeld university bioinformatics server
Sczyrba A, Konermann S, Giegerich R (2008)
BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS 9(3): 243-249.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1588308
The BREW workshop series: a stimulating experience in PhD education
Giegerich R, Brazma A, Jonassen I, Ukkonen E, Vingron M (2008)
Briefings in Bioinformatics 9(3): 250-253.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783357 OA
KnotInFrame: prediction of –1 ribosomal frameshift events
Theis C, Reeder J, Giegerich R (2008)
Nucleic Acids Research 36(18): 6013-6020.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1893917 OA
Shape based indexing for faster search of RNA family databases
Janssen S, Reeder J, Giegerich R (2008)
BMC Bioinformatics 9(1): 131.
PUB | Dateien verfügbar | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2007 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383428
Analyzing Ambiguity of Context-Free Grammars
Brabrand C, Giegerich R, Moeller A (2007)
In: Implementation and Application of Automata. 12th International Conference, CIAA 2007, July 16-18, 2007, Revised Selected Papers. Holub J, Žďárek J (Eds); Lecture Notes in Computer Science, 4783. Springer.
PUB | DOI
 
2007 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383462
Webservices and Workflows on the Bielefeld Bioinformatics Server: Practices and Problems
Hartmeier S, Krüger J, Giegerich R (2007)
In: Proceedings.
PUB
 
2007 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2305575 OA
Index-based algorithms for motif search and their integration in a system for differential genome analysis
Beckstette M (01T00:00:00Z.01.1970)
Bielefeld (Germany): Bielefeld University.
PUB | PDF
 
2007 | Bielefelder Masterarbeit | PUB-ID: 2306578 OA
Java-Backend für den ADP-Compiler
Sauthoff G (01T00:00:00Z.01.1970)
Bielefeld (Germany): Bielefeld University.
PUB | PDF
 
2007 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2306594 OA
Algorithms for RNA secondary structure analysis : prediction of pseudoknots and the consensus shapes approach
Reeder J (01T00:00:00Z.01.1970)
Bielefeld (Germany): Bielefeld University.
PUB | PDF
 
2007 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2306215 OA
Computergestützte Informationssysteme im Museum
Möllmann E (01T00:00:00Z.01.1970)
Bielefeld (Germany): Bielefeld University.
PUB | PDF
 
2007 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1593132
Locomotif: from graphical motif description to RNA motif search
Reeder J, Reeder J, Giegerich R (2007)
Bioinformatics 23(13): I392-I400.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1587974 OA
pknotsRG: RNA pseudoknot folding including near-optimal structures and sliding windows
Reeder J, Steffen P, Giegerich R (2007)
NUCLEIC ACIDS RESEARCH 35(Web Server): W320-W324.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1597065
Surprises in approximating Levenshtein distances
Baake M, Grimm U, Giegerich R (2006)
JOURNAL OF THEORETICAL BIOLOGY 243(2): 279-282.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383464
Challenges in the Compilation of a Domain Specific Language for Dynamic Programming
Giegerich R, Steffen P (2006)
In: Proceedings of te 2006 ACM Symposium on Applied Computing.
PUB
 
2006 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2304348 OA
Compiling a domain specific language for dynamic programming
Steffen P (01T00:00:00Z.01.1970)
Bielefeld (Germany): Bielefeld University.
PUB | PDF
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1902179 PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1946336
Thermodynamic matchers: strengthening the significance of RNA folding energies
Höchsmann T, Höchsmann M, Giegerich R (2006)
Comput Syst Bioinformatics Conf.
PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383518
A graphical programming system for molecular motif search
Reeder J, Giegerich R (2006)
In: Proceedings of the 5th International Conference on Generative Programming and Component Engineering. ACM Press: 131-140.
PUB
 
2006 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2303538 OA
Genome analysis based on EST collections : a clustering pipeline and a database on Xenopus laevis
Sczyrba A (01T00:00:00Z.01.1970)
Bielefeld (Germany): Bielefeld University.
PUB | PDF
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773864 OA
Fast index based algorithms and software for matching position specific scoring matrices
Beckstette M, Homann R, Giegerich R, Kurtz S (2006)
BMC Bioinformatics 7(1): 389.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773871 OA
XML schemas for common bioinformatic data types and their application in workflow systems
Seibel PN, Krüger J, Hartmeier S, Schwarzer K, Löwenthal K, Mersch H, Dandekar T, Giegerich R (2006)
BMC Bioinformatics 7(1): 490.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1600726
Calculating PSSM probabilities with lazy dynamic programming
Malde K, Giegerich R (2006)
Jornal of Functional Programming 16(01): 75-81.
PUB | DOI | WoS
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773640 OA
Correction: Versatile and declarative dynamic programming using pair algebras
Steffen P, Giegerich R (2006)
BMC Bioinformatics 7(1): 214.
PUB | PDF | DOI | WoS
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1597805
Table design in dynamic programming
Steffen P, Giegerich R (2006)
INFORMATION AND COMPUTATION 204(9): 1325-1345.
PUB | DOI | WoS
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1600421
RNAshapes: an integrated RNA analysis package based on abstract shapes
Steffen P, Voss B, Rehmsmeier M, Reeder J, Giegerich R (2006)
Bioinformatics 22(4): 500-503.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773637 OA
Complete probabilistic analysis of RNA shapes
Voß B, Giegerich R, Rehmsmeier M (2006)
BMC Biology 4(1): 5.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1598807
Beyond Mfold: recent advances in RNA bioinformatics
Reeder J, Höchsmann M, Rehmsmeier M, Voss B, Giegerich R (2006)
JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY 124(1): 41-55.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1602431
Consensus shapes: an alternative to the Sankoff algorithm for RNA consensus structure prediction
Reeder J, Giegerich R (2005)
BIOINFORMATICS 21(17): 3516-3523.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773595 OA
Effective ambiguity checking in biosequence analysis
Reeder J, Steffen P, Giegerich R (2005)
BMC Bioinformatics 6(1): 153.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 

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