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136 Publikationen

2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901460
The BRaliBase Dent – a Tale of Benchmark Design and Interpretation
Löwes B, Chauve C, Ponty Y, Giegerich R (2017)
Briefings in Bioinformatics 18(2): 306-311.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2903044
Integrating Pareto Optimization into Dynamic Programming
Gatter T, Giegerich R, Saule C (2016)
ALGORITHMS 9(1): 12.
PUB | DOI | WoS
 
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2917100
Transcriptomic Profiling of Yersinia pseudotuberculosis Reveals Reprogramming of the Crp Regulon by Temperature and Uncovers Crp as a Master Regulator of Small RNAs
Nuss AM, Heroven AK, Waldmann B, Reinkensmeier J, Jarek M, Beckstette M, Dersch P (2015)
PLOS GENETICS 11(3): 26.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2905757 PUB | DOI
 
2014 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2682131 OA PUB | PDF
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2699802
Genome-wide profiling of Hfq-binding RNAs uncovers extensive post-transcriptional rewiring of major stress response and symbiotic regulons in Sinorhizobium meliloti
Torres-Quesada O, Reinkensmeier J, Schlueter J-P, Robledo M, Peregrina A, Giegerich R, Toro N, Becker A, Jimenez-Zurdo JI (2014)
RNA Biology 11(5): 563-579.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2681698
Yield grammar analysis and product optimization in a domain-specific language for dynamic programming
Sauthoff G, Giegerich R (2014)
Science of Computer Programming 87: 2-22.
PUB | DOI | WoS
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2699792
Riboregulation in plant-associated alpha-proteobacteria
Becker A, Overloeper A, Schlueter J-P, Reinkensmeier J, Robledo M, Giegerich R, Narberhaus F, Evguenieva-Hackenberg E (2014)
RNA Biology 11(5): 550-562.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2584661
Global mapping of transcription start sites and promoter motifs in the symbiotic a-proteobacterium Sinorhizobium meliloti 1021
Schlueter J-P, Reinkensmeier J, Barnett MJ, Lang C, Krol E, Giegerich R, Long SR, Becker A (2013)
Bmc Genomics 14(1): 156.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2645192
A Silent Exonic SNP in Kdm3a Affects Nucleic Acids Structure but Does Not Regulate Experimental Autoimmune Encephalomyelitis
Gillett A, Bergman P, Parsa R, Bremges A, Giegerich R, Jagodic M (2013)
Plos One 8(12): e81912.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901275
Avoiding Ambiguity and Assessing Uniqueness in Minisatellite Alignment
Löwes B, Giegerich R (2013)
In: German Conference on Bioinformatics 2013. Beißbarth T, Kollmar M, Leha A, Morgenstern B, Schultz A-K, Waack S, Wingender E (Eds); OpenAccess Series in Informatics (OASIcs), 34. Dagstuhl, Germany: Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum für Informatik: 110-124.
PUB | DOI
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2607289
Forest alignment with affine gaps and anchors, applied in RNA structure comparison
Schirmer S, Giegerich R (2013)
Theoretical Computer Science 483: 51-67.
PUB | DOI | WoS
 
2012 | Sammelwerksbeitrag | PUB-ID: 2439665
Abstract Shape Analysis of RNA
Janssen S, Giegerich R (2012)
In: RNA Bioinformatics t.b.a. Gorodkin J, Weinberg Z (Eds); 1-35.
PUB
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2410526 OA
Lost in folding space? Comparing four variants of the thermodynamic model for RNA secondary structure prediction
Janssen S, Schudoma C, Steger G, Giegerich R (2011)
BMC Bioinformatics 12(1): 429.
PUB | PDF | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2427226
Conservation and Occurrence of Trans-Encoded sRNAs in the Rhizobiales
Reinkensmeier J, Schlüter J-P, Giegerich R, Becker A (2011)
GENES: 925-956.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2302459 OA
Analytische und empirische Untersuchungen über abstrakte Shapes von RNA-Sekundärstrukturen
Abdul-Hak S (01T00:00:00Z.01.1970)
Bielefeld (Germany): Bielefeld University.
PUB | PDF
 
2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383357
Yield grammar analysis in the Bellman's GAP compiler
Giegerich R, Sauthoff G (2011)
In: Proceedings of the Eleventh Workshop on Language Descriptions, Tools and Applications (ACM).
PUB
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383363
Forest Alignment with Affine Gaps and Anchors
Schirmer S, Giegerich R (2011)
Combinatorial Pattern Matching: 104-117.
PUB | DOI
 
2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2310489
Bellman's GAP: a declarative language for dynamic programming
Sauthoff G, Janssen S, Giegerich R (2011)
In: Proceedings of the 13th international ACM SIGPLAN symposium on Principles and practices of declarative programming. New York, NY, USA: ACM: 29-40.
PUB | DOI | Download (ext.)
 
2011 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2474238 OA
Comparing forests
Schirmer S (2011)
Bielefeld: Bielefeld University.
PUB | PDF
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2003355
Semantics and Ambiguity of Stochastic RNA Family Models
Giegerich R, Hoener Zu Siederdissen C (2011)
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 8(2): 499-516.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2093578
Conveyor: a workflow engine for bioinformatic analyses
Linke B, Giegerich R, Goesmann A (2011)
Bioinformatics 27(7): 903-911.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1893988 OA
Browsing RNA Structures by Interactive Sonification
Grond F, Janssen S, Schirmer S, Hermann T (2010)
In: Proceedings of the 3rd Interactive Sonification Workshop. Bresin R, Hermann T, Hunt A (Eds); (Human Interaction with Auditory Displays). KTH, Stockholm, Sweden: KTH School of Computer Science and Communication (CSC): 11-16.
PUB | Datei | Download (ext.)
 
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2906810
Fine-tuning structural RNA alignments in the twilight zone
Bremges A, Schirmer S, Giegerich R (2010)
BMC Bioinformatics 11(1): 222.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2010 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2304195 OA
Bellman's GAP : a 2nd generation language and system for algebraic dynamic programming
Sauthoff G (01T00:00:00Z.01.1970)
Bielefeld (Germany): Bielefeld University.
PUB | PDF
 
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1796697
Analyzing ambiguity of context-free grammars
Brabrand C, Giegerich R, Moller A (2010)
SCIENCE OF COMPUTER PROGRAMMING 75(3): 176-191.
PUB | DOI | WoS
 
2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1894008 OA
Prediction of RNA Secondary Structure Including Kissing Hairpin Motifs
Theis C, Janssen S, Giegerich R (2010)
In: Algorithms in Bioinformatics. 10th international workshop (WABI 2010), proceedings. Moulton V, Singh M (Eds); Lecture Notes in Bioinformatics, 6293. Berlin: Springer: 52-64.
PUB | Datei | DOI
 
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1893946 OA
Faster computation of exact RNA shape probabilities
Janssen S, Giegerich R (2010)
Bioinformatics 26(5): 632-639.
PUB | Datei | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1785497 OA
A genome-wide survey of sRNAs in the symbiotic nitrogen-fixing alpha-proteobacterium Sinorhizobium meliloti
Schlüter J-P, Reinkensmeier J, Daschkey S, Evguenieva-Hackenberg E, Janssen S, Jaenicke S, Becker JD, Giegerich R, Becker A (2010)
BMC Genomics 11(1): 245.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1785512 OA
Fine-tuning structural RNA alignments in the twilight zone
Bremges A, Schirmer S, Giegerich R (2010)
BMC Bioinformatics 11(1): 222.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1785581 OA
WAMI: a web server for the analysis of minisatellite maps
Abouelhoda M, El-Kalioby M, Giegerich R (2010)
BMC Evolutionary Biology 10(1): 167.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383365
Alignment of minisatellite maps based on run-length encoding scheme
Abouelhoda M, Giegerich R, Behzadi B, Steyaert JM (2009)
Journal of Bioinformatics and Computational Biology 7(02): 287-308.
PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383411
RNA secondary structure analysis using the RNAshapes package
Reeder J, Giegerich R (2009)
Current Protocols in Bioinformatics.
PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Konferenzbeitrag | Entwurf | PUB-ID: 2383425
GPU Parallization of Algebraic Dynamic Programming
Steffen P, Giegerich R, Giraud M (Unpublished)
In: Proceedings PPAM.
PUB
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589458
Significant speedup of database searches with HMMs by search space reduction with PSSM family models
Beckstette M, Homann R, Giegerich R, Kurtz S (2009)
Bioinformatics 25(24): 3251-3258.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1634374
mkESA: enhanced suffix array construction tool
Homann R, Fleer D, Giegerich R, Rehmsmeier M (2009)
Bioinformatics 25(8): 1084-1085.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383382
Alignment of Minisatellite Maps: A Minimum Spanning Tree based Approach
Abouelhoda MI, Giegerich R, Behzadi B, Steyaert JM (2008)
In: Proceedings of the 6th Asia-Pacific Bioinformatics Conference. Series on Advances in Bioinformatics and Computational Biology, 6. 261-272.
PUB | DOI
 
2008 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2305281 OA PUB | PDF
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1784020 OA
GeneFisher-P: variations of GeneFisher as processes in Bio-jETI
Lamprecht A-L, Margaria T, Steffen B, Sczyrba A, Hartmeier S, Giegerich R (2008)
BMC Bioinformatics 9(Suppl 4): S13.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1784025 OA
Efficient computation of absent words in genomic sequences
Herold J, Kurtz S, Giegerich R (2008)
BMC Bioinformatics 9(1): 167.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 1587496
Looking for non-coding RNAs in Corynebacterium glutamicum
Gkogkoglou K, Mentz A, Albersmeier A, Kalinowski J, Giegerich R (2008)
FEBS JOURNAL 275(Suppl. 1): 153.
PUB | WoS
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1588303
Two interactive bioinformatics courses at the bielefeld university bioinformatics server
Sczyrba A, Konermann S, Giegerich R (2008)
BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS 9(3): 243-249.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1588308
The BREW workshop series: a stimulating experience in PhD education
Giegerich R, Brazma A, Jonassen I, Ukkonen E, Vingron M (2008)
Briefings in Bioinformatics 9(3): 250-253.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783357 OA
KnotInFrame: prediction of –1 ribosomal frameshift events
Theis C, Reeder J, Giegerich R (2008)
Nucleic Acids Research 36(18): 6013-6020.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1893917 OA
Shape based indexing for faster search of RNA family databases
Janssen S, Reeder J, Giegerich R (2008)
BMC Bioinformatics 9(1): 131.
PUB | Dateien verfügbar | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2007 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383428
Analyzing Ambiguity of Context-Free Grammars
Brabrand C, Giegerich R, Moeller A (2007)
In: Implementation and Application of Automata. 12th International Conference, CIAA 2007, July 16-18, 2007, Revised Selected Papers. Holub J, Žďárek J (Eds); Lecture Notes in Computer Science, 4783. Springer.
PUB | DOI
 
2007 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383462
Webservices and Workflows on the Bielefeld Bioinformatics Server: Practices and Problems
Hartmeier S, Krüger J, Giegerich R (2007)
In: Proceedings.
PUB
 
2007 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2305575 OA
Index-based algorithms for motif search and their integration in a system for differential genome analysis
Beckstette M (01T00:00:00Z.01.1970)
Bielefeld (Germany): Bielefeld University.
PUB | PDF
 
2007 | Bielefelder Masterarbeit | PUB-ID: 2306578 OA
Java-Backend für den ADP-Compiler
Sauthoff G (01T00:00:00Z.01.1970)
Bielefeld (Germany): Bielefeld University.
PUB | PDF
 
2007 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2306594 OA
Algorithms for RNA secondary structure analysis : prediction of pseudoknots and the consensus shapes approach
Reeder J (01T00:00:00Z.01.1970)
Bielefeld (Germany): Bielefeld University.
PUB | PDF
 

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