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76 Publikationen

2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2936223
P. Belmann, B. Fischer, J. Krüger, M. Procházka, H. Rasche, M. Prinz, M. Hanussek, M. Lang, F. Bartusch, B. Gläßle, et al., “de.NBI Cloud federation through ELIXIR AAI”, F1000Research, 2019, 8, : 842.
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2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2934798
H. Pankoke, I. Maus, G. Loh, A. Huser, J. Seifert, A. Tilker, S. Hark, A. Sczyrba, S. Pelzer, and J. Kleinbolting, “F5Evaluation of commercially available DNA extraction kits for the analysis of the broiler chicken cecal microbiota.”, FEMS microbiology letters, 2019.
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2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2935923
J. Nelkner, C. Henke, T. W. Lin, W. Pätzold, J. Hassa, S. Jaenicke, R. Grosch, A. Pühler, A. Sczyrba, and A. Schlüter, “Effect of Long-Term Farming Practices on Agricultural Soil Microbiome Members Represented by Metagenomically Assembled Genomes (MAGs) and Their Predicted Plant-Beneficial Genes”, Genes, 2019, 10, : 424.
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2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2933767
A. Fritz, P. Hofmann, S. Majda, E. Dahms, J. Dröge, J. Fiedler, T. R. Lesker, P. Belmann, M. Z. DeMaere, A. E. Darling, et al., “CAMISIM: simulating metagenomes and microbial communities”, Microbiome, 2019, 7, : 17.
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2916929
Y. Stolze, A. Bremges, I. Maus, A. Pühler, A. Sczyrba, and A. Schlüter, “Targeted in situ metatranscriptomics for selected taxa from mesophilic and thermophilic biogas plants”, Microbial Biotechnology, 2018, 11, 667-679.
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2920777
J. S. Celis, D. Wibberg, C. Ramírez-Portilla, O. Rupp, A. Sczyrba, A. Winkler, J. Kalinowski, and T. Wilke, “Binning Enables Efficient Host Genome Reconstruction in Cnidarian Holobionts”, GigaScience, 2018, 7, : giy075.
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2930593
M. Linden, M. Prochazka, I. Lappalainen, D. Bucik, P. Vyskocil, M. Kuba, S. Silén, P. Belmann, A. Sczyrba, S. Newhouse, et al., “Common ELIXIR Service for Researcher Authentication and Authorisation”, F1000Research, 2018, 7, : 1199.
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2920723
F. Meyer, P. Hofmann, P. Belmann, R. Garrido-Oter, A. Fritz, A. Sczyrba, and A. C. McHardy, “AMBER: Assessment of Metagenome BinnERs”, GigaScience, 2018, : giy069.
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2915890
L. Huang, J. Krüger, and A. Sczyrba, “Analyzing large scale genomic data on the cloud with Sparkhit”, Bioinformatics, 2018, 34, 1457-1465.
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2920750
I. Maus, M. Rumming, I. Bergmann, K. Heeg, M. Pohl, E. Nettmann, S. Jaenicke, J. Blom, A. Pühler, A. Schlüter, et al., “Characterization of Bathyarchaeota genomes assembled from metagenomes of biofilms residing in mesophilic and thermophilic biogas reactors”, Biotechnology for Biofuels, 2018, 11, : 167.
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2918275
E. J. Fleming, T. Woyke, A. R. Donatello, M. M. M. Kuypers, A. Sczyrba, S. Littmann, and D. Emerson, “Insights into the fundamental physiology of the uncultured Fe-oxidizing bacterium Leptothrix ochracea”, Applied and Environmental Microbiology, 2018, 84, : e02239-17.
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2914959
P. da Schoren Costa, S. Bolzan de Campos, A. Albersmeier, P. Dirksen, A. L. Pereira Dresseno, O. J. Andrade Pais dos Santos, K. M. Lima Milani, R. M. Etto, A. G. Battistus, A. C. Peres Rodrigues da Costa, et al., “Invasion ecology applied to inoculation of plant growth promoting bacteria through a novel SIMPER-PCA approach”, Plant and Soil, 2018, 422, 467-478.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909153
J. Yu, J. Blom, A. Sczyrba, and A. Goesmann, “Rapid protein alignment in the cloud: HAMOND combines fast DIAMOND alignments with Hadoop parallelism”, Journal of Biotechnology, 2017, 257, 58-60.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913556
S. Jünemann, N. Kleinbölting, S. Jaenicke, C. Henke, J. Hassa, J. Nelkner, Y. Stolze, S. Albaum, A. Schlüter, A. Goesmann, et al., “Bioinformatics for NGS-based metagenomics and the application to biogas research”, Journal of Biotechnology, 2017, 261, 10-23.
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2017 | Datenpublikation | PUB-ID: 2914921
L. Huang, J. Krüger, and A. Sczyrba, Sparkhit evaluation data set, Bielefeld University, 2017.
PUB | Dateien verfügbar | DOI
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2915516
I. Maus, A. Bremges, Y. Stolze, S. Hahnke, K. G. Cibis, D. E. Koeck, Y. S. Kim, J. Kreubel, J. Hassa, D. Wibberg, et al., “Genomics and prevalence of bacterial and archaeal isolates from biogas-producing microbiomes”, Biotechnology for Biofuels, 2017, 10, : 264.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2914367
A. Sczyrba, P. Hofmann, P. Belmann, D. Koslicki, S. Janssen, J. Dröge, I. Gregor, S. Majda, J. Fiedler, E. Dahms, et al., “Critical Assessment of Metagenome Interpretation—a benchmark of metagenomics software”, Nature Methods, 2017, 14, 1063-1071.
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2904815
Y. Stolze, A. Bremges, M. Rumming, C. Henke, I. Maus, A. Pühler, A. Sczyrba, and A. Schlüter, “Identification and genome reconstruction of abundant distinct taxa in microbiomes from one thermophilic and three mesophilic production-scale biogas plants”, Biotechnology for Biofuels, 2016, 9, : 156.
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2907633
M. Lux, J. Krüger, C. Rinke, I. Maus, A. Schlüter, T. Woyke, A. Sczyrba, and B. Hammer, “acdc – Automated Contamination Detection and Confidence estimation for single-cell genome data”, BMC Bioinformatics, 2016, 17, : 543.
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2904836
R. Heyer, D. Benndorf, F. Kohrs, J. De Vrieze, N. Boon, M. Hoffmann, E. Rapp, A. Schlüter, A. Sczyrba, and U. Reichl, “Proteotyping of biogas plant microbiomes separates biogas plants according to process temperature and reactor type”, Biotechnology for Biofuels, 2016, 9, : 155.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 

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