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76 Publikationen

2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2698163
Heins, R. A.; Cheng, X.; Nath, S.; Deng, K.; Bowen, B. P.; Chivian, D. C.; Datta, S.; Friedland, G. D.; D'Haeseleer, P.; Wu, D.; Tran-Gyamfi, M.; Scullin, C. S.; Singh, S.; Shi, W.; Hamilton, M. G.; Bendall, M. L.; Sczyrba, A.; Thompson, J.; Feldman, T.; Guenther, J. M.; Gladden, J. M.; Cheng, J. - F.; Adams, P. D.; Rubin, E. M.; Simmons, B. A.; Sale, K. L.; Northen, T. R.; Deutsch, S. (2014): Phylogenomically Guided Identification of Industrially Relevant GH1 β-Glucosidases through DNA Synthesis and Nanostructure-Initiator Mass Spectrometry ACS chemical biology,9:(9): 2082-2091.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2672695
Swan, B. K.; Chaffin, M. D.; Martinez-Garcia, M.; Morrison, H. G.; Field, E. K.; Poulton, N. J.; Masland, E. D. P.; Harris, C. C.; Sczyrba, A.; Chain, P. S. G.; Koren, S.; Woyke, T.; Stepanauskas, R. (2014): Genomic and metabolic diversity of marine group I thaumarchaeota in the mesopelagic of two subtropical gyres PloS one,9:(4): 95380.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2665333
Henrich, B.; Rumming, M.; Sczyrba, A.; Velleuer, E.; Dietrich, R.; Gerlach, W.; Gombert, M.; Rahn, S.; Stoye, J.; Borkhardt, A.; Fischer, U. (2014): Mycoplasma salivarium as a Dominant Coloniser of Fanconi Anaemia Associated Oral Carcinoma PLoS ONE,9:(3): e92297.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2662055
Wibberg, D.; Luque-Almagro, V. M.; Igeño, M. I.; Bremges, A.; Roldán, M. D.; Merchán, F.; Sáez, L. P.; Guijo, M. I.; Manso, M. I.; Macías, D.; Cabello, P.; Becerra, G.; Ibáñez, M. I.; Carmona, M. I.; Escribano, M. P.; Castillo, F.; Sczyrba, A.; Moreno-Vivián, C.; Blasco, R.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2014): Complete genome sequence of the cyanide-degrading bacterium Pseudomonas pseudoalcaligenes CECT5344 Journal of biotechnology,175: 67-68.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Konferenzbeitrag | PUB-ID: 2909357
Gisbrecht, A.; Hammer, B.; Mokbel, B.; Sczyrba, A. (2013): Nonlinear dimensionality reduction for cluster identification in metagenomic samples. In: IV. S. 174-179.
PUB
 
2013 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2623500
Gisbrecht, A.; Hammer, B.; Mokbel, B.; Sczyrba, A. (2013): Nonlinear dimensionality reduction for cluster identification in metagenomic samples. In: Ebad Banissi (Hrsg.): 17th International Conference on Information Visualisation IV 2013. S. 174-179.
PUB
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2613567
Rinke, C.; Schwientek, P.; Sczyrba, A.; Ivanova, N. N.; Anderson, I. J.; Cheng, J. - F.; Darling, A.; Malfatti, S.; Swan, B. K.; Gies, E. A.; Dodsworth, J. A.; Hedlund, B. P.; Tsiamis, G.; Sievert, S. M.; Liu, W. - T.; Eisen, J. A.; Hallam, S. J.; Kyrpides, N. C.; Stepanauskas, R.; Rubin, E. M.; Hugenholtz, P.; Woyke, T. (2013): Insights into the phylogeny and coding potential of microbial dark matter Nature,499:(7459): 431-437.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2563424
Campbell, J. H.; O'Donoghue, P.; Campbell, A. G.; Schwientek, P.; Sczyrba, A.; Woyke, T.; Söll, D.; Podar, M. (2013): UGA is an additional glycine codon in uncultured SR1 bacteria from the human microbiota Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America,110:(14): 5540-5545.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2638234
Zaremba-Niedzwiedzka, K.; Viklund, J.; Zhao, W.; Ast, J.; Sczyrba, A.; Woyke, T.; McMahon, K.; Bertilsson, S.; Stepanauskas, R.; Andersson, S. G. (2013): Single-cell genomics reveal low recombination frequencies in freshwater bacteria of the SAR11 clade Genome biology,14:(11): R130.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2641352
Kamke, J.; Sczyrba, A.; Ivanova, N.; Schwientek, P.; Rinke, C.; Mavromatis, K.; Woyke, T.; Hentschel, U. (2013): Single-cell genomics reveals complex carbohydrate degradation patterns in poribacterial symbionts of marine sponges The ISME journal,7:(12): 2287-2300.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2563543
Campbell, A. G.; Campbell, J. H.; Schwientek, P.; Woyke, T.; Sczyrba, A.; Allman, S.; Beall, C. J.; Griffen, A.; Leys, E.; Podar, M. (2013): Multiple Single-Cell Genomes Provide Insight into Functions of Uncultured Deltaproteobacteria in the Human Oral Cavity PLoS ONE,8:(3):e59361
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2613623
Swan, B. K.; Tupper, B.; Sczyrba, A.; Lauro, F. M.; Martinez-Garcia, M.; González, J. M.; Luo, H.; Wright, J. J.; Landry, Z. C.; Hanson, N. W.; Thompson, B. P.; Poulton, N. J.; Schwientek, P.; Acinas, S. G.; Giovannoni, S. J.; Moran, M. A.; Hallam, S. J.; Cavicchioli, R.; Woyke, T.; Stepanauskas, R. (2013): Prevalent genome streamlining and latitudinal divergence of planktonic bacteria in the surface ocean Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America,110:(28): 11463-11468.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2518330
Garcia, S. L.; McMahon, K. D.; Martinez-Garcia, M.; Srivastava, A.; Sczyrba, A.; Stepanauskas, R.; Grossart, H. - P.; Woyke, T.; Warnecke, F. (2012): Metabolic potential of a single cell belonging to one of the most abundant lineages in freshwater bacterioplankton The ISME journal,7:(1): 137-147.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2547307
El-Kalioby, M.; Abouelhoda, M.; Krüger, J.; Giegerich, R.; Sczyrba, A.; Wall, D. P.; Tonellato, P. (2012): Personalized cloud-based bioinformatics services for research and education: use cases and the elasticHPC package BMC Bioinformatics,13:(Suppl 17): S22.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2329885
Swan, B. K.; Martinez-Garcia, M.; Preston, C. M.; Sczyrba, A.; Woyke, T.; Lamy, D.; Reinthaler, T.; Poulton, N. J.; Masland, E. D. P.; Gomez, M. L.; Sieracki, M. E.; DeLong, E. F.; Herndl, G. J.; Stepanauskas, R. (2011): Potential for Chemolithoautotrophy Among Ubiquitous Bacteria Lineages in the Dark Ocean Science,333:(6047): 1296-1300.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2351462
Kim, T. - W.; Chokhawala, H. A.; Hess, M.; Dana, C. M.; Baer, Z.; Sczyrba, A.; Rubin, E. M.; Blanch, H. W.; Clark, D. S. (2011): High-Throughput In Vitro Glycoside Hydrolase (HIGH) Screening for Enzyme Discovery Angewandte Chemie,123:(47): 11411-11414.
PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2789582
Sales, C. M.; Mahendra, S.; Grostern, A.; Parales, R. E.; Goodwin, L. A.; Woyke, T.; Nolan, M.; Lapidus, A.; Chertkov, O.; Ovchinnikova, G.; Sczyrba, A.; Alvarez-Cohen, L. (2011): Genome sequence of the 1,4-dioxane-degrading Pseudonocardia dioxanivorans strain CB1190 Journal of Bacteriology,193:(17): 4549-4550.
PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC | GenBank
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2410148
Woyke, T.; Sczyrba, A.; Lee, J.; Rinke, C.; Tighe, D.; Clingenpeel, S.; Malmstrom, R.; Stepanauskas, R.; Cheng, J. - F. (2011): Decontamination of MDA Reagents for Single Cell Whole Genome Amplification PLoS ONE,6:(10): e26161.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1991643
Hess, M.; Sczyrba, A.; Egan, R.; Kim, T. W.; Chokhawala, H.; Schroth, G.; Luo, S.; Clark, D. S.; Chen, F.; Zhang, T.; Mackie, R. I.; Pennacchio, L. A.; Tringe, S. G.; Visel, A.; Woyke, T.; Wang, Z.; Rubin, E. M. (2011): Metagenomic discovery of biomass-degrading genes and genomes from cow rumen Science,331:(6016): 463-467.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1991615
Gilbert, J. A.; Meyer, F.; Antonopoulos, D.; Balaji, P.; Brown, C. T.; Desai, N.; Eisen, J. A.; Evers, D.; Field, D.; Feng, W.; Huson, D.; Jansson, J.; Knight, R.; Knight, J.; Kolker, E.; Konstantindis, K.; Kostka, J.; Kyrpides, N.; Mackelprang, R.; McHardy, A.; Quince, C.; Raes, J.; Sczyrba, A.; Shade, A.; Stevens, R. (2010): Meeting report: the terabase metagenomics workshop and the vision of an Earth microbiome project Stand Genomic Sci,3:(3): 243-248.
PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
 

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