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544 Publikationen

2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2761035
Arnold, M.; Wibberg, D.; Blom, J.; Schatschneider, S.; Winkler, A.; Kutter, Y.; Rückert, C.; Albersmeier, A.; Albaum, S.; Goesmann, A.; Zange, S.; Heesemann, J.; Pühler, A.; Hogardt, M.; Vorhölter, F. - J. (2015): Draft Genome Sequence of Pseudomonas aeruginosa Strain WS136, a Highly Cytotoxic ExoS-Positive Wound Isolate Recovered from Pyoderma Gangrenosum Genome announcements,3:(4)
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2782605
Rupp, O.; Brinkrolf, K.; Buerth, C.; Kunigo, M.; Schneider, J.; Jaenicke, S.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Jaeger, K. - E.; Ernst, J. F. (2015): The structure of the Cyberlindnera jadinii genome and its relation to Candida utilis analyzed by the occurrence of single nucleotide polymorphisms Journal of Biotechnology,211: 20-30.
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2758144
Wibberg, D.; Rupp, O.; Jelonek, L.; Kröber, M.; Verwaaijen, B.; Blom, J.; Winkler, A.; Goesmann, A.; Grosch, R.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2015): Improved genome sequence of the phytopathogenic fungus Rhizoctonia solani AG1-IB 7/3/14 as established by deep mate-pair sequencing on the MiSeq (Illumina) system Journal of Biotechnology,203: 19-21.
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901297
Wibberg, D.; Rupp, O.; Blom, J.; Jelonek, L.; Kröber, M.; Verwaaijen, B.; Goesmann, A.; Albaum, S.; Grosch, R.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2015): Development of a Rhizoctonia solani AG1-IB Specific Gene Model Enables Comparative Genome Analyses between Phytopathogenic R-solani AG1-IA, AG1-IB, AG3 and AG8 Isolates Plos One,10:(12):e0144769
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2768627
Eikmeyer, F. G.; Heinl, S.; Marx, H.; Pühler, A.; Grabherr, R.; Schlüter, A. (2015): Identification of Oxygen-Responsive Transcripts in the Silage Inoculant Lactobacillus buchneri CD034 by RNA Sequencing PLoS ONE,10:(7):e0134149
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2764906
Bremges, A.; Maus, I.; Belmann, P.; Eikmeyer, F. G.; Winkler, A.; Albersmeier, A.; Pühler, A.; Schlüter, A.; Sczyrba, A. (2015): Deeply sequenced metagenome and metatranscriptome of a biogas-producing microbial community from an agricultural production-scale biogas plant GigaScience,4:(1):33
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2722382
Stolze, Y.; Zakrzewski, M.; Maus, I.; Eikmeyer, F. G.; Jaenicke, S.; Rottmann, N.; Siebner, C.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2015): Comparative metagenomics of biogas-producing microbial communities from production-scale biogas plants operating under wet or dry fermentation conditions Biotechnology for Biofuels,8:14
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2733521
Stoeveken, J.; Singh, R.; Kolkenbrock, S.; Zakrzewski, M.; Wibberg, D.; Eikmeyer, F. G.; Pühler, A.; Schlüter, A.; Moerschbacher, B. M. (2015): Successful heterologous expression of a novel chitinase identified by sequence analyses of the metagenome from a chitin-enriched soil sample Journal of Biotechnology,201: 60-68.
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2717648
Hahnke, S.; Maus, I.; Wibberg, D.; Geizecler, T.; Pühler, A.; Klocke, M.; Schlüter, A. (2015): Complete genome sequence of the novel Porphyromonadaceae bacterium strain ING2-E5B isolated from a mesophilic lab-scale biogas reactor Journal of Biotechnology,193: 34-36.
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2709783
Ortseifen, V.; Winkler, A.; Albersmeier, A.; Wendler, S.; Pühler, A.; Kalinowski, J.; Rückert, C. (2015): Complete Genome Sequence of the Actinobacterium Streptomyces glaucescens GLA.O (DSM 40922) consisting of a linear chromosome and one linear plasmid Journal of Biotechnology,194: 81-83.
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2764307
Wendler, S.; Otto, A.; Ortseifen, V.; Bonn, F.; Neshat, A.; Schneiker-Bekel, S.; Walter, F.; Wolf, T.; Zemke, T.; Wehmeier, U. F.; Hecker, M.; Kalinowski, J.; Becher, D.; Pühler, A. (2015): Comprehensive proteome analysis of Actinoplanes sp SE50/110 highlighting the location of proteins encoded by the acarbose and the pyochelin biosynthesis gene cluster Journal of Proteomics,125: 1-16.
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2758122
Wibberg, D.; Alkhateeb, R.; Winkler, A.; Albersmeier, A.; Schatschneider, S.; Albaum, S.; Niehaus, K.; Hublik, G.; Pühler, A.; Vorhölter, F. - J. (2015): Draft genome of the xanthan producer Xanthomonas campestris NRRL B-1459 (ATCC 13951) Journal of Biotechnology,204: 45-46.
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2758134
Maus, I.; Cibis, K. G.; Wibberg, D.; Winkler, A.; Stolze, Y.; König, H.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2015): Complete genome sequence of the strain Defluviitoga tunisiensis L3, isolated from a thermophilic, production-scale biogas plant Journal of Biotechnology,203: 17-18.
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2015 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901302
Verwaaijen, B.; Pühler, A.; Niehaus, K.; Schlüter, A. (2015): Analysis of the pathogenic interaction of R. solani On L. sativa by means of transcriptomics Mycoses,58:(Suppl. 3): 49-50.
PUB | WoS
 
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2733509
Maus, I.; Wibberg, D.; Stantscheff, R.; Stolze, Y.; Blom, J.; Eikmeyer, F. G.; Fracowiak, J.; König, H.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2015): Insights into the annotated genome sequence of Methanoculleus bourgensis MS2(T), related to dominant methanogens in biogas-producing plants Journal of Biotechnology,201: 43-53.
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2719679
Vinardell, J. M.; Acosta-Jurado, S.; Göttfert, M.; Zehner, S.; Becker, A.; Baena-Ropero, I.; Blom, J.; Crespo-Rivas, J. C.; Goesmann, A.; Jaenicke, S.; Krol, E.; McIntosh, M.; Margaret, I.; Pérez-Montaño, F.; Schneiker-Bekel, S.; Serrania, J.; Szczepanowski, R.; Buendia-Claveria, A. M.; Lloret, J.; Bonilla, I.; Pühler, A.; Ruiz-Sainz, J. E.; Weidner, S. (2015): The Sinorhizobium fredii HH103 genome: a comparative analysis with S. fredii strains differing in their symbiotic behaviour with soybean Molecular Plant-Microbe Interactions,28:(7): 811-824.
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901214
Koeck, D. E.; Maus, I.; Wibberg, D.; Winkler, A.; Zverlov, V. V.; Liebl, W.; Pühler, A.; Schwarz, W. H.; Schlüter, A. (2015): Draft genome sequence of Herbinix hemicellulosilytica T3/55(T), a new thermophilic cellulose degrading bacterium isolated from a thermophilic biogas reactor Journal of Biotechnology,214: 59-60.
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2778477
Dziewit, L.; Czarnecki, J.; Prochwicz, E.; Wibberg, D.; Schlüter, A.; Pühler, A.; Bartosik, D. (2015): Genome-guided insight into the methylotrophy of Paracoccus aminophilus JCM 7686 Frontiers in Microbiology,6:852
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2731076
Dziewit, L.; Pyzik, A.; Szuplewska, M.; Matlakowska, R.; Mielnicki, S.; Wibberg, D.; Schlüter, A.; Pühler, A.; Bartosik, D. (2015): Diversity and role of plasmids in adaptation of bacteria inhabiting the Lubin copper mine in Poland, an environment rich in heavy metals Frontiers in Microbiology,6:152
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2014 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2694187
Brinkrolf, K.; Hoffrogge, R.; Hackl, M.; Tauch, A.; Baumann, M.; Noll, T.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Borth, N. (2014): Functional -Omics for Cell Lines and Processes - The -Omics Technologies on the Example of CHO Cells. In: Hansjörg Hauser; Roland Wagner (Hrsg.): Animal Cell Biotechnology In Biologics Production. Berlin, Germany: Walter de Gruyter.
PUB
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2678800
Kröber, M.; Wibberg, D.; Grosch, R.; Eikmeyer, F. G.; Verwaaijen, B.; Chowdhury, S. P.; Hartmann, A.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2014): Effect of the strain Bacillus amyloliquefaciens FZB42 on the microbial community in the rhizosphere of lettuce under field conditions analyzed by whole metagenome sequencing Frontiers in Microbiology,5:252
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2684336
Weitze, M. - D.; Pühler, A. (2014): Concept of Law in Biology Synthetic Biology - Towards an Engineering Science European Review,22: S102-S112.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2717549
Geizecler, T.; Hahnke, S.; Maus, I.; Wibberg, D.; Pühler, A.; Schlüter, A.; Klocke, M. (2014): Complete genome sequence of Peptoniphilus sp strain ING2-D1G isolated from a mesophilic lab-scale completely stirred tank reactor utilizing maize silage in co-digestion with pig and cattle manure for biomethanation Journal of Biotechnology,192: 59-61.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2665038
Schwientek, P.; Neshat, A.; Kalinowski, J.; Klein, A.; Rückert, C.; Schneiker-Bekel, S.; Wendler, S.; Stoye, J.; Pühler, A. (2014): Improving the genome annotation of the acarbose producer Actinoplanes sp. SE50/110 by sequencing enriched 5'-ends of primary transcripts Journal of Biotechnology,190: 85-95.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2685988
Jakobi, T.; Brinkrolf, K.; Tauch, A.; Noll, T.; Stoye, J.; Pühler, A.; Goesmann, A. (2014): Discovery of transcription start sites in the Chinese hamster genome by next-generation RNA sequencing Journal of Biotechnology,190: 64-75.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2676552
Becker, J.; Timmermann, C.; Rupp, O.; Albaum, S.; Brinkrolf, K.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Tauch, A.; Noll, T. (2014): Transcriptome analyses of CHO cells with the next-generation microarray CHO41K: Development and validation by analysing the influence of the growth stimulating substance IGF-1 substitute LongR(3.) Journal of biotechnology,178: 23-31.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2701280
Noll, T.; Pühler, A.; Weisshaar, B.; Wendisch, V. F. (2014): The Genomics Revolution and its Impact on Future Biotechnology Journal of Biotechnology,190: 1-1.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2658490
Dziewit, L.; Czarnecki, J.; Wibberg, D.; Radlinska, M.; Mrozek, P.; Szymczak, M.; Schlüter, A.; Pühler, A.; Bartosik, D. (2014): Architecture and functions of a multipartite genome of the methylotrophic bacterium Paracoccus aminophilus JCM 7686, containing primary and secondary chromids BMC Genomics,15:(1):124
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC | GenBank
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2656773
Rupp, O.; Becker, J.; Brinkrolf, K.; Timmermann, C.; Borth, N.; Pühler, A.; Noll, T.; Goesmann, A. (2014): Construction of a Public CHO Cell Line Transcript Database Using Versatile Bioinformatics Analysis Pipelines PLoS ONE,9:(1): e85568.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2699819
Schatschneider, S.; Huber, C.; Neuweger, H.; Watt, T.; Pühler, A.; Eisenreich, W.; Wittmann, C.; Niehaus, K.; Vorhölter, F. - J. (2014): Metabolic flux pattern of glucose utilization by Xanthomonas campestris pv. campestris: prevalent role of the Entner-Doudoroff pathway and minor fluxes through the pentose phosphate pathway and glycolysis Molecular BioSystems,10:(10): 2663-2676.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2651944
Tielen, P.; Wibberg, D.; Blom, J.; Rosin, N.; Meyer, A. - K.; Bunk, B.; Schobert, M.; Tüpker, R.; Schatschneider, S.; Rückert, C.; Albersmeier, A.; Goesmann, A.; Vorhölter, F. - J.; Jahn, D.; Pühler, A. (2014): Genome Sequence of the Small-Colony Variant Pseudomonas aeruginosa MH27, Isolated from a Chronic Urethral Catheter Infection Genome announcements,2:(1)
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2694915
Hahnke, S.; Wibberg, D.; Geizecler, T.; Pühler, A.; Klocke, M.; Schlüter, A. (2014): Whole genome sequence of Clostridium bornimense strain M2/40 isolated from a lab-scale mesophilic two-phase biogas reactor digesting maize silage and wheat straw Journal of Biotechnology,184: 199-200.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2693310
Wibberg, D.; Jelonek, L.; Rupp, O.; Kröber, M.; Goesmann, A.; Grosch, R.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2014): Transcriptome analysis of the phytopathogenic fungus Rhizoctonia solani AG1-IB 7/3/14 applying high-throughput sequencing of expressed sequence tags (ESTs) Fungal Biology,118:(9-10): 800-813.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2664976
Rückert, C.; Szczepanowski, R.; Albersmeier, A.; Goesmann, A.; Fischer, N.; Steinkämper, A.; Pühler, A.; Biener, R.; Schwartz, D.; Kalinowski, J. (2014): Complete Genome Sequence of the Actinobacterium Actinoplanes friuliensis HAG 010964, producer of the lipopeptide antibiotic friulimycin Journal of biotechnology,178: 41-42.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2685861
Torres Tejerizo, G.; Pistorio, M.; Althabegoiti, M. J.; Cervantes, L.; Wibberg, D.; Schlüter, A.; Pühler, A.; Lagares, A.; Romero, D.; Brom, S. (2014): Rhizobial plasmid pLPU83a is able to switch between different transfer machineries depending on its genomic background FEMS Microbiology Ecology,88:(3): 565-578.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2672926
Wibberg, D.; Tielen, P.; Blom, J.; Rosin, N.; Schobert, M.; Tüpker, R.; Schatschneider, S.; Spilker, D.; Albersmeier, A.; Goesmann, A.; Vorhölter, F. - J.; Pühler, A.; Jahn, D. (2014): Genome Sequence of the Acute Urethral Catheter Isolate Pseudomonas aeruginosa MH38 Genome announcements,2:(2):e00161-14
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2675608
Wibberg, D.; Torres Tejerizo, G.; Florencia Del Papa, M.; Martini, C.; Pühler, A.; Lagares, A.; Schlüter, A.; Pistorio, M. (2014): Genome sequence of the acid-tolerant strain Rhizobium sp LPU83 Journal of Biotechnology,176: 40-41.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2717539
Maus, I.; Stantscheff, R.; Wibberg, D.; Stolze, Y.; Winkler, A.; Pühler, A.; König, H.; Schlüter, A. (2014): Complete genome sequence of the methanogenic neotype strain Methanobacterium formicicum MFT Journal of Biotechnology,192: 40-41.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2717558
Koeck, D. E.; Wibberg, D.; Maus, I.; Winkler, A.; Albersmeier, A.; Zverlov, V. V.; Pühler, A.; Schwarz, W. H.; Liebl, W.; Schlüter, A. (2014): First draft genome sequence of the amylolytic Bacillus thermoamylovorans wild-type strain 1A1 isolated from a thermophilic biogas plant Journal of Biotechnology,192: 154-155.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2707731
Koeck, D. E.; Wibberg, D.; Maus, I.; Winkler, A.; Albersmeier, A.; Zverlov, V. V.; Liebl, W.; Pühler, A.; Schwarz, W. H.; Schlüter, A. (2014): Complete genome sequence of the cellulolytic thermophile Ruminoclostridium cellulosi wild-type strain DG5 isolated from a thermophilic biogas plant Journal of Biotechnology,188: 136-137.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2710114
Townsend, P. D.; Jungwirth, B.; Pojer, F.; Bußmann, M.; Money, V. A.; Cole, S. T.; Pühler, A.; Tauch, A.; Bott, M.; Cann, M. J.; Pohl, E. (2014): The Crystal Structures of Apo and cAMP-Bound GlxR from Corynebacterium glutamicum Reveal Structural and Dynamic Changes upon cAMP Binding in CRP/FNR Family Transcription Factors PloS one,9:(12): 113265.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2710431
Wendler, S.; Ortseifen, V.; Persicke, M.; Klein, A.; Neshat, A.; Niehaus, K.; Schneiker-Bekel, S.; Walter, F.; Wehmeier, U. F.; Kalinowski, J.; Pühler, A. (2014): Carbon source dependent biosynthesis of acarviose metabolites in Actinoplanes sp SE50/110 Journal of Biotechnology,191: 113-120.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2676049
Schlüter, A.; Nordmann, P.; Bonnin, R. A.; Millemann, Y.; Eikmeyer, F. G.; Wibberg, D.; Pühler, A.; Poirel, L. (2014): IncH-type plasmid harboring the blaCTX-M-15, blaDHA-1, and qnrB4 genes recovered from animal isolates Antimicrobial Agents and Chemotherapy,58:(7): 3768-3773.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2662055
Wibberg, D.; Luque-Almagro, V. M.; Igeño, M. I.; Bremges, A.; Roldán, M. D.; Merchán, F.; Sáez, L. P.; Guijo, M. I.; Manso, M. I.; Macías, D.; Cabello, P.; Becerra, G.; Ibáñez, M. I.; Carmona, M. I.; Escribano, M. P.; Castillo, F.; Sczyrba, A.; Moreno-Vivián, C.; Blasco, R.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2014): Complete genome sequence of the cyanide-degrading bacterium Pseudomonas pseudoalcaligenes CECT5344 Journal of biotechnology,175: 67-68.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2631969
Mentz, A.; Neshat, A.; Pfeifer-Sancar, K.; Pühler, A.; Rückert, C.; Kalinowski, J. (2013): Comprehensive discovery and characterization of small RNAs in Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 BMC Genomics,14:(1): 714.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2605193
Eikmeyer, F. G.; Rademacher, A.; Hanreich, A.; Hennig, M.; Jaenicke, S.; Maus, I.; Wibberg, D.; Zakrzewski, M.; Pühler, A.; Klocke, M.; Schlüter, A. (2013): Detailed analysis of metagenome datasets obtained from biogas-producing microbial communities residing in biogas reactors does not indicate the presence of putative pathogenic microorganisms Biotechnology for Biofuels,6:(1):49
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2549908
Wibberg, D.; Jelonek, L.; Rupp, O.; Kröber, M.; Eikmeyer, F. G.; Goesmann, A.; Hartmann, A.; Borriss, R.; Grosch, R.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2013): Establishment and interpretation of the genome sequence of the phytopathogenic fungus Rhizoctonia solani AG1-IB isolate 7/3/14 Journal of Biotechnology,167:(2): 142-155.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2548270
Jungwirth, B.; Sala, C.; Kohl, T. A.; Uplekar, S.; Baumbach, J.; Cole, S. T.; Pühler, A.; Tauch, A. (2013): High-resolution detection of DNA binding sites of the global transcriptional regulator GlxR in Corynebacterium glutamicum Microbiology,159:(Pt_1): 12-22.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2633427
Wibberg, D.; Blom, J.; Rückert, C.; Winkler, A.; Albersmeier, A.; Pühler, A.; Schlüter, A.; Scharf, B. E. (2013): Draft Genome Sequence of Sinorhizobium meliloti RU11/001, a model organism for flagellum structure, motility and chemotaxis Journal of Biotechnology,168:(4): 731-733.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2632946
Köhler, K. A. K.; Rückert, C.; Schatschneider, S.; Vorhölter, F. - J.; Szczepanowski, R.; Blank, L. M.; Niehaus, K.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Kalinowski, J.; Schmid, A. (2013): Complete genome sequence of Pseudomonas sp. strain VLB120 a solvent tolerant, styrene degrading bacterium, isolated from forest soil Journal of Biotechnology,168:(4): 729-730.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2614906
Wendler, S.; Hürtgen, D.; Kalinowski, J.; Klein, A.; Niehaus, K.; Schulte, F.; Schwientek, P.; Wehlmann, H.; Wehmeier, U. F.; Pühler, A. (2013): The cytosolic and extracellular proteomes of Actinoplanes sp. SE50/110 led to the identification of gene products involved in acarbose metabolism Journal of Biotechnology,167:(2): 178-189.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2615581
Brinkrolf, K.; Rupp, O.; Laux, H.; Kollin, F.; Ernst, W.; Linke, B.; Kofler, R.; Romand, S.; Hesse, F.; Budach, W. E.; Galosy, S.; Müller, D.; Noll, T.; Wienberg, J.; Jostock, T.; Leonard, M.; Grillari, J.; Tauch, A.; Goesmann, A.; Helk, B.; Mott, J. E.; Pühler, A.; Borth, N. (2013): Chinese hamster genome sequenced from sorted chromosomes Nature Biotechnology,31:(8): 694-695.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2645247
Maus, I.; Wibberg, D.; Stantscheff, R.; Cibis, K.; Eikmeyer, F. G.; König, H.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2013): Complete genome sequence of the hydrogenotrophic Archaeon Methanobacterium sp Mb1 isolated from a production-scale biogas plant Journal of Biotechnology,168:(4): 734-736.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2605230
Hanreich, A.; Schimpf, U.; Zakrzewski, M.; Schlüter, A.; Benndorf, D.; Heyer, R.; Rapp, E.; Pühler, A.; Reichl, U.; Klocke, M. (2013): Metagenome and metaproteome analyses of microbial communities in mesophilic biogas-producing anaerobic batch fermentations indicate concerted plant carbohydrate degradation Systematic and Applied Microbiology,36:(5): 330-338.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2565642
Dagan, T.; Roettger, M.; Stucken, K.; Landan, G.; Koch, R.; Major, P.; Gould, S. B.; Goremykin, V. V.; Rippka, R.; de Marsac, N. T.; Gugger, M.; Lockhart, P. J.; Allen, J. F.; Brune, I.; Maus, I.; Pühler, A.; Martin, W. F. (2013): Genomes of Stigonematalean Cyanobacteria (Subsection V) and the Evolution of Oxygenic Photosynthesis from Prokaryotes to Plastids Genome Biology And Evolution,5:(1): 31-44.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2605244
Schatschneider, S.; Persicke, M.; Watt, T.; Hublik, G.; Pühler, A.; Niehaus, K.; Vorhölter, F. - J. (2013): Establishment, in silico analysis, and experimental verification of a large-scale metabolic network of the xanthan producing Xanthomonas campestris pv. campestris strain B100 Journal of Biotechnology,167:(2): 123-134.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2631956
Rückert, C.; Szczepanowski, R.; Albersmeier, A.; Goesmann, A.; Iftime, D.; Musiol, E. M.; Blin, K.; Wohlleben, W.; Pühler, A.; Kalinowski, J.; Weber, T. (2013): Complete genome sequence of the kirromycin producer Streptomyces collinus Tü 365 consisting of a linear chromosome and two linear plasmids Journal of Biotechnology,168:(4): 739-740.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2635526
Koeck, D. E.; Wibberg, D.; Koellmeier, T.; Blom, J.; Jaenicke, S.; Winkler, A.; Albersmeier, A.; Zverlov, V. V.; Pühler, A.; Schwarz, W. H.; Schlüter, A. (2013): Draft genome sequence of the cellulolytic Clostridium thermocellum wild-type strain BC1 playing a role in cellulosic biomass degradation Journal of Biotechnology,168:(1): 62-63.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2557779
Weidner, S.; Baumgarth, B.; Göttfert, M.; Jaenicke, S.; Pühler, A.; Schneiker-Bekel, S.; Serrania, J.; Szczepanowski, R.; Becker, A. (2013): Genome Sequence of Sinorhizobium meliloti Rm41 Genome Announcements,1:(1): e00013-12.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2614207
Eikmeyer, F. G.; Köfinger, P.; Poschenel, A.; Jünemann, S.; Zakrzewski, M.; Heinl, S.; Mayrhuber, E.; Grabherr, R.; Pühler, A.; Schwab, H.; Schlüter, A. (2013): Metagenome analyses reveal the influence of the inoculant Lactobacillus buchneri CD034 on the microbial community involved in grass silaging Journal of Biotechnology,167:(3): 334-343.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2557080
Bonnin, R. A.; Poirel, L.; Nordmann, P.; Eikmeyer, F. G.; Wibberg, D.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2013): Complete sequence of broad-host-range plasmid pNOR-2000 harbouring the metallo-beta-lactamase gene blaVIM-2 from Pseudomonas aeruginosa Journal of Antimicrobial Chemotherapy,68:(5): 1060-1065.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2548236
Schwientek, P.; Wendler, S.; Neshat, A.; Eirich, C.; Rückert, C.; Klein, A.; Wehmeier, U. F.; Kalinowski, J.; Stoye, J.; Pühler, A. (2013): Comparative RNA-sequencing of the acarbose producer Actinoplanes sp. SE50/110 cultivated in different growth media Journal of Biotechnology,167:(2): 166-177.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2548286
Luque-Almagro, V. M.; Acera, F.; Igeño, M. I.; Wibberg, D.; Roldán, M. D.; Sáez, L. P.; Hennig, M.; Quesada, A.; Huertas, M. J.; Blom, J.; Merchán, F.; Escribano, M. P.; Jaenicke, S.; Estepa, J.; Guijo, M. I.; Martínez-Luque, M.; Macías, D.; Szczepanowski, R.; Becerra, G.; Ramirez, S.; Carmona, M. I.; Gutiérrez, O.; Manso, I.; Pühler, A.; Castillo, F.; Moreno-Vivián, C.; Schlüter, A.; Blasco, R. (2013): Draft whole genome sequence of the cyanide-degrading bacterium Pseudomonas pseudoalcaligenes CECT5344 Environmental Microbiology,15:(1): 253-270.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2555355
Plassmeier, J.; Busche, T.; Molck, S.; Persicke, M.; Pühler, A.; Rückert, C.; Kalinowski, J. (2013): A propionate-inducible expression system based on the Corynebacterium glutamicum prpD2 promoter and PrpR activator and its application for the redirection of amino acid biosynthesis pathways Journal of Biotechnology,163:(2): 225-232.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2546244
Wibberg, D.; Szczepanowski, R.; Eikmeyer, F. G.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2013): The IncF plasmid pRSB225 isolated from a municipal wastewater treatment plant’s on-site preflooder combining antibiotic resistance and putative virulence functions is highly related to virulence plasmids identified in pathogenic E. coli isolates Plasmid,69:(2): 127-137.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2529202
Zakrzewski, M.; Bekel, T.; Ander, C.; Pühler, A.; Rupp, O.; Stoye, J.; Schlüter, A.; Goesmann, A. (2013): MetaSAMS - A novel software platform for taxonomic classification, functional annotation and comparative analysis of metagenome datasets Journal of Biotechnology,167:(2): 156-165.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2553286
Jungbauer, A.; Scheper, T.; Pühler, A. (2012): Current research and future perspectives of applied biotechnology Journal of Biotechnology,162:(4): 355.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2473849
Weidner, S.; Becker, A.; Bonilla, I.; Jaenicke, S.; Lloret, J.; Margaret, I.; Pühler, A.; Ruiz-Sainz, J. E.; Schneiker-Bekel, S.; Szczepanowski, R.; Vinardell, J. M.; Zehner, S.; Göttfert, M. (2012): Genome Sequence of the Soybean Symbiont Sinorhizobium fredii HH103 Journal of Bacteriology,194:(6): 1617-1618.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2484618
Zakrzewski, M.; Goesmann, A.; Jaenicke, S.; Jünemann, S.; Eikmeyer, F. G.; Szczepanowski, R.; Al-Soud, W. A.; Sørensen, S.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2012): Profiling of the metabolically active community from a production-scale biogas plant by means of high-throughput metatranscriptome sequencing Journal of Biotechnology,158:(4): 248-258.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2537690
Vorhölter, F. - J.; Wiggerich, H. - G.; Scheidle, H.; Sidhu, V. K.; Mrozek, K.; Küster, H.; Pühler, A.; Niehaus, K. (2012): Involvement of bacterial TonB-dependent signaling in the generation of an oligogalacturonide damage-associated molecular pattern from plant cell walls exposed to Xanthomonas campestris pv. campestris pectate lyases BMC Microbiology,12:(1): 239.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2472279
Eikmeyer, F. G.; Hadiati, A.; Szczepanowski, R.; Wibberg, D.; Schneiker-Bekel, S.; Rogers, L. M.; Brown, C. B.; Top, E. M.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2012): The complete genome sequences of four new IncN plasmids from wastewater treatment plant effluent provide new insights into IncN plasmid diversity and evolution Plasmid,68:(1): 13-24.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC | GenBank
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2490535
Heinl, S.; Wibberg, D.; Eikmeyer, F. G.; Szczepanowski, R.; Blom, J.; Linke, B.; Goesmann, A.; Grabherr, R.; Schwab, H.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2012): Insights into the completely annotated genome of Lactobacillus buchneri CD034, a strain isolated from stable grass silage Journal of Biotechnology,161:(2): 153-166.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2486060
Schwientek, P.; Szczepanowski, R.; Rückert, C.; Kalinowski, J.; Klein, A.; Selber, K.; Wehmeier, U. F.; Stoye, J.; Pühler, A. (2012): The complete genome sequence of the acarbose producer Actinoplanes sp. SE50/110 BMC Genomics,13:(1):112
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2471681
Rademacher, A.; Zakrzewski, M.; Schlüter, A.; Schonberg, M.; Szczepanowski, R.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Klocke, M. (2012): Characterization of microbial biofilms in a thermophilic biogas system by high-throughput metagenome sequencing FEMS Microbiology Ecology,79:(3): 785-799.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2501307
Pietruszka, J.; Pühler, A.; Schembecker, G. (2012): Research on industrial biotechnology within the CLIB-Graduate Cluster - Part I Journal of Biotechnology,159:(3): 121-122.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2501364
Meleady, P.; Hoffrogge, R.; Henry, M.; Rupp, O.; Bort, J. H.; Clarke, C.; Brinkrolf, K.; Kelly, S.; Müller, B.; Doolan, P.; Hackl, M.; Beckmann, T.; Noll, T.; Grillari, J.; Barron, N.; Pühler, A.; Clynes, M.; Borth, N. (2012): Utilization and evaluation of CHO-specific sequence databases for mass spectrometry based proteomics Biotechnology and Bioengineering,109:(6): 1386-1394.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2478526
Hackl, M.; Jadhav, V.; Jakobi, T.; Rupp, O.; Brinkrolf, K.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Noll, T.; Borth, N.; Grillari, J. (2012): Computational identification of microRNA gene loci and precursor microRNA sequences in CHO cell lines Journal of Biotechnology,158:(3): 151-155.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2501774
Wendisch, V. F.; Pühler, A. (2012): Microbes and industrial biotechnology Journal of Biotechnology,158:(4): 157-158.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2500966
Hain, T.; Ghai, R.; Billion, A.; Kuenne, C. T.; Steinweg, C.; Izar, B.; Mohamed, W.; Mraheil, M.; Domann, E.; Schaffrath, S.; Kärst, U.; Goesmann, A.; Oehm, S.; Pühler, A.; Merkl, R.; Vorwerk, S.; Glaser, P.; Garrido, P.; Rusniok, C.; Buchrieser, C.; Goebel, W.; Chakraborty, T. (2012): Comparative genomics and transcriptomics of lineages I, II, and III strains of Listeria monocytogenes BMC Genomics,13:(1): 144.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2544774
Schneider, J.; Andrea, H.; Blom, J.; Jaenicke, S.; Rückert, C.; Schorsch, C.; Szczepanowski, R.; Farwick, M.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Schaffer, S.; Tauch, A.; Köhler, T.; Brinkrolf, K. (2012): Draft Genome Sequence of Wickerhamomyces ciferrii NRRL Y-1031 F-60-10 Eukaryotic Cell,11:(12): 1582-1583.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2526269
Strobel, T.; Al-Dilaimi, A.; Blom, J.; Gessner, A.; Kalinowski, J.; Luzhetska, M.; Pühler, A.; Szczepanowski, R.; Bechthold, A.; Rückert, C. (2012): Complete genome sequence of Saccharothrix espanaensis DSM 44229T and comparison to the other completely sequenced Pseudonocardiaceae BMC Genomics,13:(1): 465.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2529610
Schork, S.; Schlüter, A.; Blom, J.; Schneiker-Bekel, S.; Pühler, A.; Goesmann, A.; Frosch, M.; Schoen, C. (2012): Genome Sequence of a Neisseria meningitidis Capsule Null Locus Strain from the Clonal Complex of Sequence Type 198 Journal of Bacteriology,194:(18): 5144-5145.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2526298
Maus, I.; Wibberg, D.; Stantscheff, R.; Eikmeyer, F. G.; Seffner, A.; Boelter, J.; Szczepanowski, R.; Blom, J.; Jaenicke, S.; König, H.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2012): Complete Genome Sequence of the Hydrogenotrophic, Methanogenic Archaeon Methanoculleus bourgensis Strain MS2T, Isolated from a Sewage Sludge Digester Journal of Bacteriology,194:(19): 5487-5488.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2513297
Pauling, J.; Rottger, R.; Neuner, A.; Salgado, H.; Collado-Vides, J.; Kalaghatgi, P.; Azevedo, V.; Tauch, A.; Pühler, A.; Baumbach, J. (2012): On the trail of EHEC/EAEC-unraveling the gene regulatory networks of human pathogenic Escherichia coli bacteria Integrative Biology,4:(7): 728-733.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2354746
Schwientek, P.; Szczepanowski, R.; Rückert, C.; Stoye, J.; Pühler, A. (2011): Sequencing of high G + C microbial genomes using the ultrafast pyrosequencing technology Journal of Biotechnology,155:(1): 68-77.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | PUB-ID: 2401477
Mattiasson, B.; Pühler, A. (2011): Towards sustainable biotechnology Journal of Biotechnology,152:(4): 113.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2375634
Pothier, J. F.; Vorhölter, F. - J.; Blom, J.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Smits, T. H.; Duffy, B. (2011): The ubiquitous plasmid pXap41 in the invasive phytopathogen Xanthomonas arboricola pv. pruni: complete sequence and comparative genomic analysis FEMS Microbiology Letters,323:(1): 52-60.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2354731
Wibberg, D.; Blom, J.; Jaenicke, S.; Kollin, F.; Rupp, O.; Scharf, B.; Schneiker-Bekel, S.; Szczepanowski, R.; Goesmann, A.; Setubal, J. C.; Schmitt, R.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2011): Complete genome sequencing of Agrobacterium sp. H13-3, the former Rhizobium lupini H13-3, reveals a tripartite genome consisting of a circular and a linear chromosome and an accessory plasmid but lacking a tumor-inducing Ti-plasmid Journal of Biotechnology,155:(1): 50-62.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2317371
Küberl, A.; Schneider, J.; Thallinger, G. G.; Anderl, I.; Wibberg, D.; Hajek, T.; Jaenicke, S.; Brinkrolf, K.; Goesmann, A.; Szczepanowski, R.; Pühler, A.; Schwab, H.; Glieder, A.; Pichler, H. (2011): High-quality genome sequence of Pichia pastoris CBS7435 Journal of Biotechnology,154:(4): 312-320.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2396576
Becker, J.; Hackel, M.; Jakobi, T.; Rupp, O.; Schneider, J.; Szczepanowski, R.; Bekel, T.; Borth, N.; Goesmann, A.; Grillari, J.; Kaltschmidt, C.; Noll, T.; Pühler, A.; Tauch, A.; Brinkrolf, K. (2011): Unraveling the Chinese hamster ovary cell line transcriptome by next-generation sequencing Journal of Biotechnology,156:(3): 227-235.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2289494
Persicke, M.; Plassmeier, J.; Neuweger, H.; Rückert, C.; Pühler, A.; Kalinowski, J. (2011): Size exclusion chromatography-An improved method to harvest Corynebacterium glutamicum cells for the analysis of cytosolic metabolites Journal of Biotechnology,154:(2-3): 171-178.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2375954
Borriss, R.; Chen, X. - H.; Rückert, C.; Blom, J.; Becker, A.; Baumgarth, B.; Fan, B.; Pukall, R.; Schumann, P.; Sproer, C.; Junge, H.; Vater, J.; Pühler, A.; Klenk, H. - P. (2011): Relationship of Bacillus amyloliquefaciens clades associated with strains DSM 7T and FZB42T: a proposal for Bacillus amyloliquefaciens subsp. amyloliquefaciens subsp. nov. and Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum subsp. nov. based on complete genome sequence comparisons Int J Syst Evol Microbiol,61:(8): 1786-1801.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2326481
Mayer, L.; Vendruscolo, C. T.; da Silva, W. P.; Vorhölter, F. - J.; Becker, A.; Pühler, A. (2011): Insights into the genome of the xanthan-producing phytopathogen Xanthomonas arboricola pv. pruni 109 by comparative genomic hybridization Journal of Biotechnology,155:(1): 40-49.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2404808
Plassmeier, J.; Persicke, M.; Pühler, A.; Sterthoff, C.; Rückert, C.; Kalinowski, J. (2011): Molecular characterization of PrpR, the transcriptional activator of propionate catabolism in Corynebacterium glutamicum Journal of Biotechnology,159:(1-2): 1-11.
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2011 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2453768
Becker, J.; Timmermann, C.; Jakobi, T.; Rupp, O.; Szczepanowski, R.; Hackl, M.; Goesmann, A.; Tauch, A.; Borth, N.; Grillari, J.; Pühler, A.; Noll, T.; Brinkrolf, K. (2011): Next-generation sequencing of the CHO cell transcriptome, In: Hansjörg Hauser (Hrsg.), BMC Proceedings,5:(Suppl. 8): P6.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2404874
Schatschneider, S.; Vorhölter, F. - J.; Rückert, C.; Becker, A.; Eisenreich, W.; Pühler, A.; Niehaus, K. (2011): Genome-enabled determination of amino acid biosynthesis in Xanthomonas campestris pv. campestris and identification of biosynthetic pathways for alanine, glycine, and isoleucine by 13C-isotopologue profiling Molecular Genetics and Genomics,286:(3-4): 247-259.
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2011 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2447751
Jaenicke, S.; Zakrzewski, M.; Jünemann, S.; Pühler, A.; Goesmann, A.; Schlüter, A. (2011): Analysis of the Metagenome from a Biogas-Producing Microbial Community by Means of Bioinformatics Methods. In: Frans J. de Bruijn (Hrsg.): Handbook of Molecular Microbial Ecology II: Metagenomics in Different Habitats. Wiley-Blackwell. S. 403-414.
PUB | DOI
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2317680
Zhou, L.; Vorhölter, F. - J.; He, Y. - Q.; Jiang, B. - L.; Tang, J. - L.; Xu, Y.; Pühler, A.; He, Y. - W. (2011): Gene discovery by genome-wide CDS re-prediction and microarray-based transcriptional analysis in phytopathogen Xanthomonas campestris BMC Genomics,12:(1): 359.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Im Druck | PUB-ID: 2017892
Schneiker-Bekel, S.; Wibberg, D.; Bekel, T.; Blom, J.; Linke, B.; Neuweger, H.; Stiens, M.; Vorhölter, F. - J.; Weidner, S.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Schlüter, A. (In Press): The complete genome sequence of the dominant Sinorhizobium meliloti field isolate SM11 extends the S. meliloti pan-genome Journal of Biotechnology,155:(1): 20-33.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2003276
Jaenicke, S.; Ander, C.; Bekel, T.; Bisdorf, R.; Dröge, M.; Gartemann, K. - H.; Jünemann, S.; Kaiser, O.; Krause, L.; Tille, F.; Zakrzewski, M.; Pühler, A.; Schlüter, A.; Goesmann, A. (2011): Comparative and Joint Analysis of Two Metagenomic Datasets from a Biogas Fermenter Obtained by 454-Pyrosequencing PLoS ONE,6:(1): e14519.
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