PUB - Publikationen an der Universität Bielefeld

Beschrieben wird die Realisierung und Evaluierung eines wissensbasierten Ansatzes zur Lösung des Protein-Protein-Dockingproblems, der eine Anwendung des semantischen Netzwerksystems ERNEST darstellt. Aufbauend auf den Ergebnissen einer Segmentierung von dreidimensionalen Oberflächen strukturaufgelöster Proteine werden vom System unter Einbeziehung von Funktionen, die geometrische Merkmale berechnen und bewerten, mögliche Dockingpositionen für zwei betrachtete Proteine vorgeschlagen. Berechnet werden unter anderem der Steric Clash und die Volumendifferenz zu paarender Dockingregionen. Das Dockingsystem wurde für 17 bekannte Proteinkomplexe, bei denen die korrekte relative Position beider Proteine experimentell bestimmt wurde, trainiert und mit der Leave-One-Out-Methode getestet. In der überwiegenden Mehrzahl der Fälle werden vollautomatisch in kurzer Rechenzeit vom System die korrekten Dockingpositionen mit einer Genauigkeit von wenigen Angstroem DRMS vorhergesagt.