PUB - Publikationen an der Universität Bielefeld

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• [42]
  

  2020 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2940338

  Jaenicke, S. (2020): The MGX framework for microbial community analysis. Bielefeld: Universität Bielefeld.

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• [41]
  

  2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919012

  Jaenicke, S.; Albaum, S.; Blumenkamp, P.; Linke, B.; Stoye, J.; Goesmann, A. (2018): Flexible metagenome analysis using the MGX framework Microbiome,6:(1):76

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• [40]
  

  2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913556

  Jünemann, S.; Kleinbölting, N.; Jaenicke, S.; Henke, C.; Hassa, J.; Nelkner, J.; Stolze, Y.; Albaum, S.; Schlüter, A.; Goesmann, A.; Sczyrba, A.; Stoye, J. (2017): Bioinformatics for NGS-based metagenomics and the application to biogas research Journal of Biotechnology,261:(SI): 10-23.

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• [39]
  

  2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2905260

  Maus, I.; Koeck, D. E.; Cibis, K. G.; Hahnke, S.; Kim, Y. S.; Langer, T.; Kreubel, J.; Erhard, M.; Bremges, A.; Off, S.; Stolze, Y.; Jaenicke, S.; Goesmann, A.; Sczyrba, A.; Scherer, P.; König, H.; Schwarz, W. H.; Zverlov, V. V.; Liebl, W.; Pühler, A.; Schlüter, A.; Klocke, M. (2016): Unraveling the microbiome of a thermophilic biogas plant by metagenome and metatranscriptome analysis complemented by characterization of bacterial and archaeal isolates Biotechnology for Biofuels,9:(1):171

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• [38]
  

  2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2904691

  Martini, M. C.; Wibberg, D.; Lozano, M.; Torres Tejerizo, G.; Albicoro, F. J.; Jaenicke, S.; van Elsas, J. D.; Petroni, A.; Garcillan-Barcia, M. P.; de la Cruz, F.; Schlüter, A.; Pühler, A.; Pistorio, M.; Lagares, A.; Del Papa, M. F. (2016): Genomics of high molecular weight plasmids isolated from an on-farm biopurification system Scientific Reports,6:(1):28284

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• [37]
  

  2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2904234

  Ortseifen, V.; Stolze, Y.; Maus, I.; Sczyrba, A.; Bremges, A.; Albaum, S.; Jaenicke, S.; Fracowiak, J.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2016): An integrated metagenome and -proteome analysis of the microbial community residing in a biogas production plant Journal of Biotechnology,231: 268-279.

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• [36]
  

  2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2765190

  Rückert, C.; Kriete, M.; Jaenicke, S.; Winkler, A.; Tauch, A. (2015): Virulence Factor Genes Detected in the Complete Genome Sequence of Corynebacterium uterequi DSM 45634, Isolated from the Uterus of a Maiden Mare Genome announcements,3:(4):e00783-15

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• [35]
  

  2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2765197

  Rückert, C.; Kriete, M.; Jaenicke, S.; Winkler, A.; Tauch, A. (2015): Complete Genome Sequence of the Type Strain Corynebacterium testudinoris DSM 44614, Recovered from Necrotic Lesions in the Mouth of a Tortoise Genome announcements,3:(4):e00784-15

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• [34]
  

  2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2722382

  Stolze, Y.; Zakrzewski, M.; Maus, I.; Eikmeyer, F. G.; Jaenicke, S.; Rottmann, N.; Siebner, C.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2015): Comparative metagenomics of biogas-producing microbial communities from production-scale biogas plants operating under wet or dry fermentation conditions Biotechnology for Biofuels,8:(1):14

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• [33]
  

  2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2782605

  Rupp, O.; Brinkrolf, K.; Buerth, C.; Kunigo, M.; Schneider, J.; Jaenicke, S.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Jaeger, K. - E.; Ernst, J. F. (2015): The structure of the Cyberlindnera jadinii genome and its relation to Candida utilis analyzed by the occurrence of single nucleotide polymorphisms Journal of Biotechnology,211: 20-30.

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• [32]
  

  2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2719877

  Rückert, C.; Albersmeier, A.; Busche, T.; Jaenicke, S.; Winkler, A.; Friðjónsson, Ó. H.; Hreggviðsson, G. Ó.; Lambert, C.; Badcock, D.; Bernaerts, K.; Anne, J.; Economou, A.; Kalinowski, J. (2015): Complete genome sequence of Streptomyces lividans TK24 Journal of Biotechnology,199: 21-22.

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• [31]
  

  2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2719679

  Vinardell, J. M.; Acosta-Jurado, S.; Göttfert, M.; Zehner, S.; Becker, A.; Baena-Ropero, I.; Blom, J.; Crespo-Rivas, J. C.; Goesmann, A.; Jaenicke, S.; Krol, E.; McIntosh, M.; Margaret, I.; Pérez-Montaño, F.; Schneiker-Bekel, S.; Serrania, J.; Szczepanowski, R.; Buendia-Claveria, A. M.; Lloret, J.; Bonilla, I.; Pühler, A.; Ruiz-Sainz, J. E.; Weidner, S. (2015): The Sinorhizobium fredii HH103 genome: a comparative analysis with S. fredii strains differing in their symbiotic behaviour with soybean Molecular Plant-Microbe Interactions,28:(7): 811-824.

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• [30]
  

  2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2692360

  Tippelt, A.; Möllmann, S.; Albersmeier, A.; Jaenicke, S.; Rückert, C.; Tauch, A. (2014): Mycolic Acid Biosynthesis Genes in the Genome Sequence of Corynebacterium atypicum DSM 44849 Genome announcements,2:(4)

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• [29]
  

  2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2691732

  Klippel, B.; Sahm, K.; Basner, A.; Wiebusch, S.; John, P.; Lorenz, U.; Peters, A.; Abe, F.; Takahashi, K.; Kaiser, O.; Goesmann, A.; Jaenicke, S.; Grote, R.; Horikoshi, K.; Antranikian, G. (2014): Carbohydrate-active enzymes identified by metagenomic analysis of deep-sea sediment bacteria Extremophiles,18:(5): 853-863.

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• [28]
  

  2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2582332

  Guimarães, L. C.; Soares, S. C.; Albersmeier, A.; Blom, J.; Jaenicke, S.; Azevedo, V.; Soriano, F.; Tauch, A.; Trost, E. (2013): Complete Genome Sequence of Corynebacterium urealyticum Strain DSM 7111, Isolated from a 9-Year-Old Patient with Alkaline-Encrusted Cystitis Genome announcements,1:(3):e00264-13

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• [27]
  

  2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2557779

  Weidner, S.; Baumgarth, B.; Göttfert, M.; Jaenicke, S.; Pühler, A.; Schneiker-Bekel, S.; Serrania, J.; Szczepanowski, R.; Becker, A. (2013): Genome Sequence of Sinorhizobium meliloti Rm41 Genome Announcements,1:(1): e00013-12.

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• [26]
  

  2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2605193

  Eikmeyer, F. G.; Rademacher, A.; Hanreich, A.; Hennig, M.; Jaenicke, S.; Maus, I.; Wibberg, D.; Zakrzewski, M.; Pühler, A.; Klocke, M.; Schlüter, A. (2013): Detailed analysis of metagenome datasets obtained from biogas-producing microbial communities residing in biogas reactors does not indicate the presence of putative pathogenic microorganisms Biotechnology for Biofuels,6:(1):49

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• [25]
  

  2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2529309

  Bolzan de Campos, S.; Youn, J. - W.; Farina, R.; Jaenicke, S.; Jünemann, S.; Szczepanowski, R.; Beneduzi, A.; Vargas, L. K.; Goesmann, A.; Wendisch, V. F.; Passagilia, L. (2013): Changes in Root Bacterial Communities Associated to Two Different Development Stages of Canola (Brassica napus L. var oleifera) Evaluated through Next-Generation Sequencing Microbial Ecology,65:(3): 593-601.

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• [24]
  

  2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2558460

  Roetzer, A.; Diel, R.; Kohl, T. A.; Rückert, C.; Nübel, U.; Blom, J.; Wirth, T.; Jaenicke, S.; Schuback, S.; Rüsch-Gerdes, S.; Supply, P.; Kalinowski, J.; Niemann, S. (2013): Whole Genome Sequencing versus Traditional Genotyping for Investigation of a Mycobacterium tuberculosis Outbreak: A Longitudinal Molecular Epidemiological Study PLoS medicine,10:(2):e1001387

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• [23]
  

  2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2576080

  Toepel, J.; Illmer-Kephalides, M.; Jaenicke, S.; Straube, J.; May, P.; Goesmann, A.; Kruse, O. (2013): New insights into Chlamydomonas reinhardtii hydrogen production processes by combined microarray/RNA-seq transcriptomics Plant Biotechnology Journal,11:(6): 717-733.

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• [22]
  

  2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2635526

  Koeck, D. E.; Wibberg, D.; Koellmeier, T.; Blom, J.; Jaenicke, S.; Winkler, A.; Albersmeier, A.; Zverlov, V. V.; Pühler, A.; Schwarz, W. H.; Schlüter, A. (2013): Draft genome sequence of the cellulolytic Clostridium thermocellum wild-type strain BC1 playing a role in cellulosic biomass degradation Journal of Biotechnology,168:(1): 62-63.

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• [21]
  

  2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2548286

  Luque-Almagro, V. M.; Acera, F.; Igeño, M. I.; Wibberg, D.; Roldán, M. D.; Sáez, L. P.; Hennig, M.; Quesada, A.; Huertas, M. J.; Blom, J.; Merchán, F.; Escribano, M. P.; Jaenicke, S.; Estepa, J.; Guijo, M. I.; Martínez-Luque, M.; Macías, D.; Szczepanowski, R.; Becerra, G.; Ramirez, S.; Carmona, M. I.; Gutiérrez, O.; Manso, I.; Pühler, A.; Castillo, F.; Moreno-Vivián, C.; Schlüter, A.; Blasco, R. (2013): Draft whole genome sequence of the cyanide-degrading bacterium Pseudomonas pseudoalcaligenes CECT5344 Environmental Microbiology,15:(1): 253-270.

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• [20]
  

  2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2498160

  Schröder, J.; Maus, I.; Meyer, K.; Wördemann, S.; Blom, J.; Jaenicke, S.; Schneider, J.; Trost, E.; Tauch, A. (2012): Complete genome sequence, lifestyle, and multi-drug resistance of the human pathogen Corynebacterium resistens DSM 45100 isolated from blood samples of a leukemia patient BMC Genomics,13:(1):141

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• [19]
  

  2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2473849

  Weidner, S.; Becker, A.; Bonilla, I.; Jaenicke, S.; Lloret, J.; Margaret, I.; Pühler, A.; Ruiz-Sainz, J. E.; Schneiker-Bekel, S.; Szczepanowski, R.; Vinardell, J. M.; Zehner, S.; Göttfert, M. (2012): Genome Sequence of the Soybean Symbiont Sinorhizobium fredii HH103 Journal of Bacteriology,194:(6): 1617-1618.

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• [18]
  

  2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2484618

  Zakrzewski, M.; Goesmann, A.; Jaenicke, S.; Jünemann, S.; Eikmeyer, F. G.; Szczepanowski, R.; Al-Soud, W. A.; Sørensen, S.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2012): Profiling of the metabolically active community from a production-scale biogas plant by means of high-throughput metatranscriptome sequencing Journal of Biotechnology,158:(4): 248-258.

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• [17]
  

  2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2513347

  Trost, E.; Blom, J.; de Castro Soares, S.; Huang, I. - H.; Al-Dilaimi, A.; Schröder, J.; Jaenicke, S.; Dorella, F. A.; Rocha, F. S.; Miyoshi, A.; Azevedo, V.; Schneider, M. P.; Silva, A.; Camello, T. C.; Sabbadini, P. S.; Santos, C. S.; Santos, L. S.; Hirata, R. J.; Mattos-Guaraldi, A. L.; Efstratiou, A.; Schmitt, M. P.; Ton-That, H.; Tauch, A. (2012): Pangenomic Study of Corynebacterium diphtheriae That Provides Insights into the Genomic Diversity of Pathogenic Isolates from Cases of Classical Diphtheria, Endocarditis, and Pneumonia Journal of bacteriology,194:(12): 3199-3215.

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• [16]
  

  2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2474002

  Schneider, J.; Rupp, O.; Trost, E.; Jaenicke, S.; Passoth, V.; Goesmann, A.; Tauch, A.; Brinkrolf, K. (2012): Genome sequence of Wickerhamomyces anomalus DSM 6766 reveals genetic basis of biotechnologically important antimicrobial activities FEMS Yeast Research,12:(3): 382-386.

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• [15]
  

  2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2544774

  Schneider, J.; Andrea, H.; Blom, J.; Jaenicke, S.; Rückert, C.; Schorsch, C.; Szczepanowski, R.; Farwick, M.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Schaffer, S.; Tauch, A.; Köhler, T.; Brinkrolf, K. (2012): Draft Genome Sequence of Wickerhamomyces ciferrii NRRL Y-1031 F-60-10 Eukaryotic Cell,11:(12): 1582-1583.

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• [14]
  

  2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2530487

  Filippini, M.; Qi, W.; Jaenicke, S.; Goesmann, A.; Smits, T. H. M.; Bagheri, H. C. (2012): Genome Sequence of the Filamentous Bacterium Fibrisoma limi BUZ 3(T) Journal of Bacteriology,194:(16): 4445.

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• [13]
  

  2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2526298

  Maus, I.; Wibberg, D.; Stantscheff, R.; Eikmeyer, F. G.; Seffner, A.; Boelter, J.; Szczepanowski, R.; Blom, J.; Jaenicke, S.; König, H.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2012): Complete Genome Sequence of the Hydrogenotrophic, Methanogenic Archaeon Methanoculleus bourgensis Strain MS2T, Isolated from a Sewage Sludge Digester Journal of Bacteriology,194:(19): 5487-5488.

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• [12]
  

  2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2526933

  Dohrmann, A. B.; Küting, M.; Jünemann, S.; Jaenicke, S.; Schlüter, A.; Tebbe, C. C. (2012): Importance of rare taxa for bacterial diversity in the rhizosphere of Bt- and conventional maize varieties The ISME journal,7:(1): 37-49.

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• [11]
  

  2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2003276

  Jaenicke, S.; Ander, C.; Bekel, T.; Bisdorf, R.; Dröge, M.; Gartemann, K. - H.; Jünemann, S.; Kaiser, O.; Krause, L.; Tille, F.; Zakrzewski, M.; Pühler, A.; Schlüter, A.; Goesmann, A. (2011): Comparative and Joint Analysis of Two Metagenomic Datasets from a Biogas Fermenter Obtained by 454-Pyrosequencing PLoS ONE,6:(1):e14519

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• [10]
  

  2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2354731

  Wibberg, D.; Blom, J.; Jaenicke, S.; Kollin, F.; Rupp, O.; Scharf, B.; Schneiker-Bekel, S.; Szczepanowski, R.; Goesmann, A.; Setubal, J. C.; Schmitt, R.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2011): Complete genome sequencing of Agrobacterium sp. H13-3, the former Rhizobium lupini H13-3, reveals a tripartite genome consisting of a circular and a linear chromosome and an accessory plasmid but lacking a tumor-inducing Ti-plasmid Journal of Biotechnology,155:(1): 50-62.

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• [9]
  

  2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2317371

  Küberl, A.; Schneider, J.; Thallinger, G. G.; Anderl, I.; Wibberg, D.; Hajek, T.; Jaenicke, S.; Brinkrolf, K.; Goesmann, A.; Szczepanowski, R.; Pühler, A.; Schwab, H.; Glieder, A.; Pichler, H. (2011): High-quality genome sequence of Pichia pastoris CBS7435 Journal of Biotechnology,154:(4): 312-320.

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• [8]
  

  2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2326445

  Schneider, J.; Blom, J.; Jaenicke, S.; Linke, B.; Brinkrolf, K.; Neuweger, H.; Tauch, A.; Goesmann, A. (2011): RAPYD - Rapid Annotation Platform for Yeast Data Journal of Biotechnology,155:(1): 118-126.

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• [7]
  

  2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2447730

  Gonzalez, J. M.; Pinhassi, J.; Fernández-Gómez, B.; Coll-Llado, M.; Gonzalez-Velazquez, M.; Puigbo, P.; Jaenicke, S.; Gomez-Consarnau, L.; Fernandez-Guerra, A.; Goesmann, A.; Pedros-Alio, C. (2011): Genomics of the proteorhodopsin-containing marine flavobacterium Dokdonia sp. MED134 Applied and Environmental Microbiology,77:(24): 8676-8686.

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• [6]
  

  2011 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2447751

  Jaenicke, S.; Zakrzewski, M.; Jünemann, S.; Pühler, A.; Goesmann, A.; Schlüter, A. (2011): Analysis of the Metagenome from a Biogas-Producing Microbial Community by Means of Bioinformatics Methods. In: Frans J. de Bruijn (Hrsg.): Handbook of Molecular Microbial Ecology II: Metagenomics in Different Habitats. Hoboken, NJ, USA: Wiley-Blackwell. S. 403-414.

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• [5]
  

  2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2289952

  Blom, J.; Jakobi, T.; Doppmeier, D.; Jaenicke, S.; Kalinowski, J.; Stoye, J.; Goesmann, A. (2011): Exact and complete short-read alignment to microbial genomes using Graphics Processing Unit programming Bioinformatics,27:(10): 1351-1358.

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• [4]
  

  2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1966439

  Trost, E.; Ott, L.; Schneider, J.; Schröder, J.; Jaenicke, S.; Goesmann, A.; Husemann, P.; Stoye, J.; Alves Dorella, F.; Souza Rocha, F.; de Castro Soares, S.; D'Afonseca, V.; Miyoshi, A.; Ruiz, J.; Silva, A.; Azevedo, V.; Burkovski, A.; Guiso, N.; Join-Lambert, O. F.; Kayal, S.; Tauch, A. (2010): The complete genome sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis FRC41 isolated from a 12-year-old girl with necrotizing lymphadenitis reveals insights into gene-regulatory networks contributing to virulence BMC Genomics,11:(1):728

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• [3]
  

  2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1785497

  Schlüter, J. - P.; Reinkensmeier, J.; Daschkey, S.; Evguenieva-Hackenberg, E.; Janssen, S.; Jaenicke, S.; Becker, J. D.; Giegerich, R.; Becker, A. (2010): A genome-wide survey of sRNAs in the symbiotic nitrogen-fixing alpha-proteobacterium Sinorhizobium meliloti BMC Genomics,11:(1):245

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• [2]
  

  2010 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1894907

  Mittard-Runte, V.; Bekel, T.; Blom, J.; Dondrup, M.; Henckel, K.; Jaenicke, S.; Krause, L.; Linke, B.; Neuweger, H.; Schneiker-Bekel, S.; Goesmann, A. (2010): Practical Guide: Genomic Techniques and How to Apply Them to Marine Questions. In: J. Mark Cock; Kristin Tessmar-Raible; Catherine Boyen; Frédérique Viard (Hrsg.): Introduction to Marine Genomics (Advances in Marine Genomics). Netherlands: Springer Netherlands. (1). S. 315-396.

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• [1]
  

  2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1796644

  Smits, T. H. M.; Jaenicke, S.; Rezzonico, F.; Kamber, T.; Goesmann, A.; Frey, J. E.; Duffy, B. (2010): Complete genome sequence of the fire blight pathogen Erwinia pyrifoliae DSM 12163(T) and comparative genomic insights into plant pathogenicity BMC Genomics,11:(1):2

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