PUB - Publikationen an der Universität Bielefeld

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  2022 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2968524

  Ni, Z.; Wolk, M.; Jukes, G.; Espinosa, K. M.; Ahrends, R.; Aimo, L.; Alvarez-Jarreta, J.; Andrews, S.; Andrews, R.; Bridge, A.; Clair, G. C.; Conroy, M. J.; Fahy, E.; Gaud, C.; Goracci, L.; Hartler, J.; Hoffmann, N.; Kopczyinki, D.; Korf, A.; Lopez-Clavijo, A. F.; Malik, A.; Ackerman, J. M.; Molenaar, M. R.; O'Donovan, C.; Pluskal, T.; Shevchenko, A.; Slenter, D.; Siuzdak, G.; Kutmon, M.; Tsugawa, H.; Willighagen, E. L.; Xia, J.; O'Donnell, V. B.; Fedorova, M. (2022): Guiding the choice of informatics software and tools for lipidomics research applications Nature Methods

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• [19]
  

  2022 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2966976

  Ekroos, K.; Ejsing, C.; Liebisch, G.; Koefeler, H.; McDonald, J.; Holcapek, M.; Hoffmann, N.; Ahrends, R. (2022): Update on guidelines for lipidomics analysis and reporting Journal of the American Oil Chemists' Society,99:(Suppl. 1): 13-14.

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• [18]
  

  2022 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2965107

  McDonald, J. G.; Ejsing, C. S.; Kopczynski, D.; Holcapek, M.; Aoki, J.; Arita, M.; Arita, M.; Baker, E. S.; Bertrand-Michel, J.; Bowden, J. A.; Brugger, B.; Ellis, S. R.; Fedorova, M.; Griffiths, W. J.; Han, X.; Hartler, J.; Hoffmann, N.; Koelmel, J. P.; Kofeler, H. C.; Mitchell, T. W.; O'Donnell, V. B.; Saigusa, D.; Schwudke, D.; Shevchenko, A.; Ulmer, C. Z.; Wenk, M. R.; Witting, M.; Wolrab, D.; Xia, Y.; Ahrends, R.; Liebisch, G.; Ekroos, K. (2022): Introducing the Lipidomics Minimal Reporting Checklist Nature Metabolism

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• [17]
  

  2022 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2962357

  Kopczynski, D.; Hoffmann, N.; Peng, B.; Liebisch, G.; Spener, F.; Ahrends, R. (2022): Goslin 2.0 Implements the Recent Lipid Shorthand Nomenclature for MS-Derived Lipid Structures Analytical Chemistry,acs.analchem.1c05430

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• [16]
  

  2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2959919

  Borgmeyer, M.; Coman, C.; Has, C.; Schött, H. - F.; Li, T.; Westhoff, P.; Cheung, Y. F. H.; Hoffmann, N.; Yuanxiang, P. A.; Behnisch, T.; Gomes, G. M.; Dumenieu, M.; Schweizer, M.; Chocholoušková, M.; Holčapek, M.; Mikhaylova, M.; Kreutz, M. R.; Ahrends, R. (2021): Multiomics of synaptic junctions reveals altered lipid metabolism and signaling following environmental enrichment Cell Reports,37:(1):109797

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• [15]
  

  2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2958747

  Kofeler, H. C.; Ahrends, R.; Baker, E. S.; Ekroos, K.; Han, X.; Hoffmann, N.; Holcapek, M.; Wenk, M. R.; Liebisch, G. (2021): Recommendations for Good Practice in Mass Spectrometry-Based Lipidomics Journal of Lipid Research,62:100138

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• [14]
  

  2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2956707

  Peng, B.; Kopczynski, D.; Pratt, B. S.; Ejsing, C. S.; Burla, B.; Hermansson, M.; Benke, P. I.; Tan, S. H.; Chan, M. Y.; Torta, F.; Schwudke, D.; Meckelmann, S. W.; Coman, C.; Schmitz, O. J.; MacLean, B.; Manke, M. - C.; Borst, O.; Wenk, M. R.; Hoffmann, N.; Ahrends, R. (2020): LipidCreator workbench to probe the lipidomic landscape Nature Communications,11:(1):2057

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• [13]
  

  2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2956705

  Kopczynski, D.; Hoffmann, N.; Peng, B.; Ahrends, R. (2020): Goslin: A Grammar of Succinct Lipid Nomenclature Analytical Chemistry,92:(16): 10957-10960.

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• [12]
  

  2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2956709

  Wibberg, D.; Batut, B.; Belmann, P.; Blom, J.; Glöckner, F. O.; Grüning, B.; Hoffmann, N.; Kleinbölting, N.; Rahn, R.; Rey, M.; Scholz, U.; Sharan, M.; Tauch, A.; Trojahn, U.; Usadel, B.; Kohlbacher, O. (2019): The de.NBI / ELIXIR-DE training platform - Bioinformatics training in Germany and across Europe within ELIXIR F1000Research,8:1877

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• [11]
  

  2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2956712

  Hoffmann, N.; Rein, J.; Sachsenberg, T.; Hartler, J.; Haug, K.; Mayer, G.; Alka, O.; Dayalan, S.; Pearce, J. T. M.; Rocca-Serra, P.; Qi, D.; Eisenacher, M.; Perez-Riverol, Y.; Vizcaíno, J. A.; Salek, R. M.; Neumann, S.; Jones, A. R. (2019): mzTab-M: A Data Standard for Sharing Quantitative Results in Mass Spectrometry Metabolomics Analytical Chemistry,91:(5): 3302-3310.

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• [10]
  

  2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2956711

  Hoffmann, N.; Hartler, J.; Ahrends, R. (2019): jmzTab-M: A Reference Parser, Writer, and Validator for the Proteomics Standards Initiative mzTab 2.0 Metabolomics Standard Analytical Chemistry,91:(20): 12615-12618.

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• [9]
  

  2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2956710

  Stanstrup, J.; Broeckling, C.; Helmus, R.; Hoffmann, N.; Mathé, E.; Naake, T.; Nicolotti, L.; Peters, K.; Rainer, J.; Salek, R.; Schulze, T.; Schymanski, E.; Stravs, M.; Thévenot, E.; Treutler, H.; Weber, R.; Willighagen, E.; Witting, M.; Neumann, S. (2019): The metaRbolomics Toolbox in Bioconductor and beyond Metabolites,9:(10):200

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• [8]
  

  2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2956713

  Peng, B.; Geue, S.; Coman, C.; Münzer, P.; Kopczynski, D.; Has, C.; Hoffmann, N.; Manke, M. - C.; Lang, F.; Sickmann, A.; Gawaz, M.; Borst, O.; Ahrends, R. (2018): Identification of key lipids critical for platelet activation by comprehensive analysis of the platelet lipidome Blood,132:(5): e1-e12.

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• [7]
  

  2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2956714

  Schwudke, D.; Shevchenko, A.; Hoffmann, N.; Ahrends, R. (2017): Lipidomics informatics for life-science Journal of Biotechnology,261: 131-136.

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• [6]
  

  2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2715682

  Henning, P.; Kuich, J. L.; Hoffmann, N.; Stefan, K. (2015): Maui-VIA: a user-friendly software for visual identification, alignment, correction, and quantification of gas chromatography–mass spectrometry data Frontiers in Bioengineering and Biotechnology,2:(84): 84.

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• [5]
  

  2014 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2677466

  Hoffmann, N. (2014): Computational methods for high-throughput metabolomics. Bielefeld: Universität Bielefeld.

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• [4]
  

  2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2643941

  Hoffmann, N.; Wilhelm, M.; Doebbe, A.; Niehaus, K.; Stoye, J. (2014): BiPACE 2D – Graph-based multiple alignment for comprehensive two-dimensional gas chromatography–mass spectrometry Bioinformatics,30:(7): 988-995.

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• [3]
  

  2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2517239

  Hoffmann, N.; Keck, M.; Neuweger, H.; Wilhelm, M.; Högy, P.; Niehaus, K.; Stoye, J. (2012): Combining peak- and chromatogram-based retention time alignment algorithms for multiple chromatography-mass spectrometry datasets BMC Bioinformatics,13:(1):21

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• [2]
  

  2012 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2468382

  Hoffmann, N.; Stoye, J. (2012): Generic Software Frameworks for GC-MS Based Metabolomics. In: Ute Roessner (Hrsg.): Metabolomics. InTech. S. 73-98.

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• [1]
  

  2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1591319

  Hoffmann, N.; Stoye, J. (2009): ChromA: signal-based retention time alignment for chromatography-mass spectrometry data Bioinformatics,25:(16): 2080-2081.

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