20 Publikationen
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2022 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2968524Ni, Z., Wolk, M., Jukes, G., Espinosa, K.M., Ahrends, R., Aimo, L., Alvarez-Jarreta, J., Andrews, S., Andrews, R., Bridge, A., Clair, G.C., Conroy, M.J., Fahy, E., Gaud, C., Goracci, L., Hartler, J., Hoffmann, N., Kopczyinki, D., Korf, A., Lopez-Clavijo, A.F., Malik, A., Ackerman, J.M., Molenaar, M.R., O'Donovan, C., Pluskal, T., Shevchenko, A., Slenter, D., Siuzdak, G., Kutmon, M., Tsugawa, H., Willighagen, E.L., Xia, J., O'Donnell, V.B. & Fedorova, M. (2022). Guiding the choice of informatics software and tools for lipidomics research applications. Nature Methods . Nature Publishing Group. doi:10.1038/s41592-022-01710-0.
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2022 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2966976Ekroos, K., Ejsing, C., Liebisch, G., Koefeler, H., McDonald, J., Holcapek, M., Hoffmann, N. & Ahrends, R. (2022). Update on guidelines for lipidomics analysis and reporting (Journal of the American Oil Chemists' Society), 99(Suppl. 1), 13-14. Gehalten auf der 2022 AOCS Annual Meeting & Expo, Hoboken: Wiley. doi:10.1002/aocs.12654.
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2022 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2965107McDonald, J.G., Ejsing, C.S., Kopczynski, D., Holcapek, M., Aoki, J., Arita, M., Arita, M., Baker, E.S., Bertrand-Michel, J., Bowden, J.A., Brugger, B., Ellis, S.R., Fedorova, M., Griffiths, W.J., Han, X., Hartler, J., Hoffmann, N., Koelmel, J.P., Kofeler, H.C., Mitchell, T.W., O'Donnell, V.B., Saigusa, D., Schwudke, D., Shevchenko, A., Ulmer, C.Z., Wenk, M.R., Witting, M., Wolrab, D., Xia, Y., Ahrends, R., Liebisch, G. & Ekroos, K. (2022). Introducing the Lipidomics Minimal Reporting Checklist. Nature Metabolism . Springer Nature. doi:10.1038/s42255-022-00628-3.
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2022 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2962357Kopczynski, D., Hoffmann, N., Peng, B., Liebisch, G., Spener, F. & Ahrends, R. (2022). Goslin 2.0 Implements the Recent Lipid Shorthand Nomenclature for MS-Derived Lipid Structures. Analytical Chemistry: acs.analchem.1c05430. American Chemical Society (ACS). doi:10.1021/acs.analchem.1c05430.
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2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2959919Borgmeyer, M., Coman, C., Has, C., Schött, H.-F., Li, T., Westhoff, P., Cheung, Y.F.H., Hoffmann, N., Yuanxiang, P.A., Behnisch, T., Gomes, G.M., Dumenieu, M., Schweizer, M., Chocholoušková, M., Holčapek, M., Mikhaylova, M., Kreutz, M.R. & Ahrends, R. (2021). Multiomics of synaptic junctions reveals altered lipid metabolism and signaling following environmental enrichment. Cell Reports, 37(1): 109797. Elsevier BV. doi:10.1016/j.celrep.2021.109797.
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2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2958747Kofeler, H.C., Ahrends, R., Baker, E.S., Ekroos, K., Han, X., Hoffmann, N., Holcapek, M., Wenk, M.R. & Liebisch, G. (2021). Recommendations for Good Practice in Mass Spectrometry-Based Lipidomics. Journal of Lipid Research, 62: 100138. Elsevier. doi:10.1016/j.jlr.2021.100138.
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2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2956707Peng, B., Kopczynski, D., Pratt, B.S., Ejsing, C.S., Burla, B., Hermansson, M., Benke, P.I., Tan, S.H., Chan, M.Y., Torta, F., Schwudke, D., Meckelmann, S.W., Coman, C., Schmitz, O.J., MacLean, B., Manke, M.-C., Borst, O., Wenk, M.R., Hoffmann, N. & Ahrends, R. (2020). LipidCreator workbench to probe the lipidomic landscape. Nature Communications, 11(1): 2057. Springer Science and Business Media LLC. doi:10.1038/s41467-020-15960-z.
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2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2956705Kopczynski, D., Hoffmann, N., Peng, B. & Ahrends, R. (2020). Goslin: A Grammar of Succinct Lipid Nomenclature. Analytical Chemistry, 92(16), 10957-10960. American Chemical Society (ACS). doi:10.1021/acs.analchem.0c01690.
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2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2956709Wibberg, D., Batut, B., Belmann, P., Blom, J., Glöckner, F.O., Grüning, B., Hoffmann, N., Kleinbölting, N., Rahn, R., Rey, M., Scholz, U., Sharan, M., Tauch, A., Trojahn, U., Usadel, B. & Kohlbacher, O. (2019). The de.NBI / ELIXIR-DE training platform - Bioinformatics training in Germany and across Europe within ELIXIR. F1000Research, 8: 1877. F1000 Research Ltd. doi:10.12688/f1000research.20244.1.
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2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2956712Hoffmann, N., Rein, J., Sachsenberg, T., Hartler, J., Haug, K., Mayer, G., Alka, O., Dayalan, S., Pearce, J.T.M., Rocca-Serra, P., Qi, D., Eisenacher, M., Perez-Riverol, Y., Vizcaíno, J.A., Salek, R.M., Neumann, S. & Jones, A.R. (2019). mzTab-M: A Data Standard for Sharing Quantitative Results in Mass Spectrometry Metabolomics. Analytical Chemistry, 91(5), 3302-3310. American Chemical Society (ACS). doi:10.1021/acs.analchem.8b04310.
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2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2956711Hoffmann, N., Hartler, J. & Ahrends, R. (2019). jmzTab-M: A Reference Parser, Writer, and Validator for the Proteomics Standards Initiative mzTab 2.0 Metabolomics Standard. Analytical Chemistry, 91(20), 12615-12618. American Chemical Society (ACS). doi:10.1021/acs.analchem.9b01987.
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2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2956710Stanstrup, J., Broeckling, C., Helmus, R., Hoffmann, N., Mathé, E., Naake, T., Nicolotti, L., Peters, K., Rainer, J., Salek, R., Schulze, T., Schymanski, E., Stravs, M., Thévenot, E., Treutler, H., Weber, R., Willighagen, E., Witting, M. & Neumann, S. (2019). The metaRbolomics Toolbox in Bioconductor and beyond. Metabolites, 9(10): 200. MDPI AG. doi:10.3390/metabo9100200.
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2956713Peng, B., Geue, S., Coman, C., Münzer, P., Kopczynski, D., Has, C., Hoffmann, N., Manke, M.-C., Lang, F., Sickmann, A., Gawaz, M., Borst, O. & Ahrends, R. (2018). Identification of key lipids critical for platelet activation by comprehensive analysis of the platelet lipidome. Blood, 132(5), e1-e12. American Society of Hematology. doi:10.1182/blood-2017-12-822890.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2956714Schwudke, D., Shevchenko, A., Hoffmann, N. & Ahrends, R. (2017). Lipidomics informatics for life-science. Journal of Biotechnology, 261, 131-136. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2017.08.010.
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2715682Henning, P., Kuich, J.L., Hoffmann, N. & Stefan, K. (2015). Maui-VIA: a user-friendly software for visual identification, alignment, correction, and quantification of gas chromatography–mass spectrometry data. Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, 2(84), 84. Frontiers Media SA. doi:10.3389/fbioe.2014.00084.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2643941Hoffmann, N., Wilhelm, M., Doebbe, A., Niehaus, K. & Stoye, J. (2014). BiPACE 2D – Graph-based multiple alignment for comprehensive two-dimensional gas chromatography–mass spectrometry. Bioinformatics, 30(7), 988-995. Oxford University Press (OUP). doi:10.1093/bioinformatics/btt738.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2517239Hoffmann, N., Keck, M., Neuweger, H., Wilhelm, M., Högy, P., Niehaus, K. & Stoye, J. (2012). Combining peak- and chromatogram-based retention time alignment algorithms for multiple chromatography-mass spectrometry datasets. BMC Bioinformatics, 13(1): 21. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/1471-2105-13-21.
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2012 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2468382Hoffmann, N. & Stoye, J. (2012). Generic Software Frameworks for GC-MS Based Metabolomics. In U. Roessner (Hrsg.), Metabolomics (S. 73-98). InTech. doi:10.5772/31224.
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1591319Hoffmann, N. & Stoye, J. (2009). ChromA: signal-based retention time alignment for chromatography-mass spectrometry data. Bioinformatics, 25(16), 2080-2081. Oxford University Press (OUP). doi:10.1093/bioinformatics/btp343.