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  • [20]
    2022 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2968524
    Ni, Z., Wolk, M., Jukes, G., Espinosa, K.M., Ahrends, R., Aimo, L., Alvarez-Jarreta, J., Andrews, S., Andrews, R., Bridge, A., Clair, G.C., Conroy, M.J., Fahy, E., Gaud, C., Goracci, L., Hartler, J., Hoffmann, N., Kopczyinki, D., Korf, A., Lopez-Clavijo, A.F., Malik, A., Ackerman, J.M., Molenaar, M.R., O'Donovan, C., Pluskal, T., Shevchenko, A., Slenter, D., Siuzdak, G., Kutmon, M., Tsugawa, H., Willighagen, E.L., Xia, J., O'Donnell, V.B. & Fedorova, M. (2022). Guiding the choice of informatics software and tools for lipidomics research applications. Nature Methods . Nature Publishing Group. doi:10.1038/s41592-022-01710-0.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [19]
    2022 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2966976
    Ekroos, K., Ejsing, C., Liebisch, G., Koefeler, H., McDonald, J., Holcapek, M., Hoffmann, N. & Ahrends, R. (2022). Update on guidelines for lipidomics analysis and reporting (Journal of the American Oil Chemists' Society), 99(Suppl. 1), 13-14. Gehalten auf der 2022 AOCS Annual Meeting & Expo, Hoboken: Wiley. doi:10.1002/aocs.12654.
    PUB | DOI | WoS
     
  • [18]
    2022 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2965107
    McDonald, J.G., Ejsing, C.S., Kopczynski, D., Holcapek, M., Aoki, J., Arita, M., Arita, M., Baker, E.S., Bertrand-Michel, J., Bowden, J.A., Brugger, B., Ellis, S.R., Fedorova, M., Griffiths, W.J., Han, X., Hartler, J., Hoffmann, N., Koelmel, J.P., Kofeler, H.C., Mitchell, T.W., O'Donnell, V.B., Saigusa, D., Schwudke, D., Shevchenko, A., Ulmer, C.Z., Wenk, M.R., Witting, M., Wolrab, D., Xia, Y., Ahrends, R., Liebisch, G. & Ekroos, K. (2022). Introducing the Lipidomics Minimal Reporting Checklist. Nature Metabolism . Springer Nature. doi:10.1038/s42255-022-00628-3.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [17]
    2022 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2962357
    Kopczynski, D., Hoffmann, N., Peng, B., Liebisch, G., Spener, F. & Ahrends, R. (2022). Goslin 2.0 Implements the Recent Lipid Shorthand Nomenclature for MS-Derived Lipid Structures. Analytical Chemistry: acs.analchem.1c05430. American Chemical Society (ACS). doi:10.1021/acs.analchem.1c05430.
    PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [16]
    2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2959919
    Borgmeyer, M., Coman, C., Has, C., Schött, H.-F., Li, T., Westhoff, P., Cheung, Y.F.H., Hoffmann, N., Yuanxiang, P.A., Behnisch, T., Gomes, G.M., Dumenieu, M., Schweizer, M., Chocholoušková, M., Holčapek, M., Mikhaylova, M., Kreutz, M.R. & Ahrends, R. (2021). Multiomics of synaptic junctions reveals altered lipid metabolism and signaling following environmental enrichment. Cell Reports, 37(1): 109797. Elsevier BV. doi:10.1016/j.celrep.2021.109797.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [15]
    2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2958747
    Kofeler, H.C., Ahrends, R., Baker, E.S., Ekroos, K., Han, X., Hoffmann, N., Holcapek, M., Wenk, M.R. & Liebisch, G. (2021). Recommendations for Good Practice in Mass Spectrometry-Based Lipidomics. Journal of Lipid Research, 62: 100138. Elsevier. doi:10.1016/j.jlr.2021.100138.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [14]
    2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2956707
    Peng, B., Kopczynski, D., Pratt, B.S., Ejsing, C.S., Burla, B., Hermansson, M., Benke, P.I., Tan, S.H., Chan, M.Y., Torta, F., Schwudke, D., Meckelmann, S.W., Coman, C., Schmitz, O.J., MacLean, B., Manke, M.-C., Borst, O., Wenk, M.R., Hoffmann, N. & Ahrends, R. (2020). LipidCreator workbench to probe the lipidomic landscape. Nature Communications, 11(1): 2057. Springer Science and Business Media LLC. doi:10.1038/s41467-020-15960-z.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [13]
    2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2956705
    Kopczynski, D., Hoffmann, N., Peng, B. & Ahrends, R. (2020). Goslin: A Grammar of Succinct Lipid Nomenclature. Analytical Chemistry, 92(16), 10957-10960. American Chemical Society (ACS). doi:10.1021/acs.analchem.0c01690.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC | Preprint
     
  • [12]
    2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2956709
    Wibberg, D., Batut, B., Belmann, P., Blom, J., Glöckner, F.O., Grüning, B., Hoffmann, N., Kleinbölting, N., Rahn, R., Rey, M., Scholz, U., Sharan, M., Tauch, A., Trojahn, U., Usadel, B. & Kohlbacher, O. (2019). The de.NBI / ELIXIR-DE training platform - Bioinformatics training in Germany and across Europe within ELIXIR. F1000Research, 8: 1877. F1000 Research Ltd. doi:10.12688/f1000research.20244.1.
    PUB | DOI
     
  • [11]
    2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2956712
    Hoffmann, N., Rein, J., Sachsenberg, T., Hartler, J., Haug, K., Mayer, G., Alka, O., Dayalan, S., Pearce, J.T.M., Rocca-Serra, P., Qi, D., Eisenacher, M., Perez-Riverol, Y., Vizcaíno, J.A., Salek, R.M., Neumann, S. & Jones, A.R. (2019). mzTab-M: A Data Standard for Sharing Quantitative Results in Mass Spectrometry Metabolomics. Analytical Chemistry, 91(5), 3302-3310. American Chemical Society (ACS). doi:10.1021/acs.analchem.8b04310.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [10]
    2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2956711
    Hoffmann, N., Hartler, J. & Ahrends, R. (2019). jmzTab-M: A Reference Parser, Writer, and Validator for the Proteomics Standards Initiative mzTab 2.0 Metabolomics Standard. Analytical Chemistry, 91(20), 12615-12618. American Chemical Society (ACS). doi:10.1021/acs.analchem.9b01987.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [9]
    2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2956710
    Stanstrup, J., Broeckling, C., Helmus, R., Hoffmann, N., Mathé, E., Naake, T., Nicolotti, L., Peters, K., Rainer, J., Salek, R., Schulze, T., Schymanski, E., Stravs, M., Thévenot, E., Treutler, H., Weber, R., Willighagen, E., Witting, M. & Neumann, S. (2019). The metaRbolomics Toolbox in Bioconductor and beyond. Metabolites, 9(10): 200. MDPI AG. doi:10.3390/metabo9100200.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [8]
    2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2956713
    Peng, B., Geue, S., Coman, C., Münzer, P., Kopczynski, D., Has, C., Hoffmann, N., Manke, M.-C., Lang, F., Sickmann, A., Gawaz, M., Borst, O. & Ahrends, R. (2018). Identification of key lipids critical for platelet activation by comprehensive analysis of the platelet lipidome. Blood, 132(5), e1-e12. American Society of Hematology. doi:10.1182/blood-2017-12-822890.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [7]
    2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2956714
    Schwudke, D., Shevchenko, A., Hoffmann, N. & Ahrends, R. (2017). Lipidomics informatics for life-science. Journal of Biotechnology, 261, 131-136. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2017.08.010.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [6]
    2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2715682
    Henning, P., Kuich, J.L., Hoffmann, N. & Stefan, K. (2015). Maui-VIA: a user-friendly software for visual identification, alignment, correction, and quantification of gas chromatography–mass spectrometry data. Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, 2(84), 84. Frontiers Media SA. doi:10.3389/fbioe.2014.00084.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [5]
    2014 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2677466 OA
    Hoffmann, N. (2014). Computational methods for high-throughput metabolomics. Bielefeld: Universität Bielefeld.
    PUB | PDF
     
  • [4]
    2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2643941
    Hoffmann, N., Wilhelm, M., Doebbe, A., Niehaus, K. & Stoye, J. (2014). BiPACE 2D – Graph-based multiple alignment for comprehensive two-dimensional gas chromatography–mass spectrometry. Bioinformatics, 30(7), 988-995. Oxford University Press (OUP). doi:10.1093/bioinformatics/btt738.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [3]
    2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2517239 OA
    Hoffmann, N., Keck, M., Neuweger, H., Wilhelm, M., Högy, P., Niehaus, K. & Stoye, J. (2012). Combining peak- and chromatogram-based retention time alignment algorithms for multiple chromatography-mass spectrometry datasets. BMC Bioinformatics, 13(1): 21. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/1471-2105-13-21.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [2]
    2012 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2468382 OA
    Hoffmann, N. & Stoye, J. (2012). Generic Software Frameworks for GC-MS Based Metabolomics. In U. Roessner (Hrsg.), Metabolomics (S. 73-98). InTech. doi:10.5772/31224.
    PUB | PDF | DOI | Download (ext.)
     
  • [1]
    2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1591319
    Hoffmann, N. & Stoye, J. (2009). ChromA: signal-based retention time alignment for chromatography-mass spectrometry data. Bioinformatics, 25(16), 2080-2081. Oxford University Press (OUP). doi:10.1093/bioinformatics/btp343.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     

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