20 Publikationen
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2022 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2968524Ni Z, Wolk M, Jukes G, Espinosa KM, Ahrends R, Aimo L, Alvarez-Jarreta J, Andrews S, Andrews R, Bridge A, Clair GC, Conroy MJ, Fahy E, Gaud C, Goracci L, Hartler J, Hoffmann N, Kopczyinki D, Korf A, Lopez-Clavijo AF, Malik A, Ackerman JM, Molenaar MR, O'Donovan C, Pluskal T, Shevchenko A, Slenter D, Siuzdak G, Kutmon M, Tsugawa H, Willighagen EL, Xia J, O'Donnell VB, Fedorova M (2022)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Guiding the choice of informatics software and tools for lipidomics research applications.
Nature Methods . -
2022 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2966976Ekroos K, Ejsing C, Liebisch G, Koefeler H, McDonald J, Holcapek M, Hoffmann N, Ahrends R (2022)PUB | DOI | WoS
Update on guidelines for lipidomics analysis and reporting.
Journal of the American Oil Chemists' Society 99(Suppl. 1): 13-14. -
2022 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2965107McDonald JG, Ejsing CS, Kopczynski D, Holcapek M, Aoki J, Arita M, Arita M, Baker ES, Bertrand-Michel J, Bowden JA, Brugger B, Ellis SR, Fedorova M, Griffiths WJ, Han X, Hartler J, Hoffmann N, Koelmel JP, Kofeler HC, Mitchell TW, O'Donnell VB, Saigusa D, Schwudke D, Shevchenko A, Ulmer CZ, Wenk MR, Witting M, Wolrab D, Xia Y, Ahrends R, Liebisch G, Ekroos K (2022)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Introducing the Lipidomics Minimal Reporting Checklist.
Nature Metabolism . -
2022 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2962357Kopczynski D, Hoffmann N, Peng B, Liebisch G, Spener F, Ahrends R (2022)PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
Goslin 2.0 Implements the Recent Lipid Shorthand Nomenclature for MS-Derived Lipid Structures.
Analytical Chemistry: acs.analchem.1c05430. -
2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2959919Borgmeyer M, Coman C, Has C, Schött H-F, Li T, Westhoff P, Cheung YFH, Hoffmann N, Yuanxiang PA, Behnisch T, Gomes GM, Dumenieu M, Schweizer M, Chocholoušková M, Holčapek M, Mikhaylova M, Kreutz MR, Ahrends R (2021)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Multiomics of synaptic junctions reveals altered lipid metabolism and signaling following environmental enrichment.
Cell Reports 37(1): 109797. -
2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2958747Kofeler HC, Ahrends R, Baker ES, Ekroos K, Han X, Hoffmann N, Holcapek M, Wenk MR, Liebisch G (2021)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Recommendations for Good Practice in Mass Spectrometry-Based Lipidomics.
Journal of Lipid Research 62: 100138. -
2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2956707Peng B, Kopczynski D, Pratt BS, Ejsing CS, Burla B, Hermansson M, Benke PI, Tan SH, Chan MY, Torta F, Schwudke D, Meckelmann SW, Coman C, Schmitz OJ, MacLean B, Manke M-C, Borst O, Wenk MR, Hoffmann N, Ahrends R (2020)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
LipidCreator workbench to probe the lipidomic landscape.
Nature Communications 11(1): 2057. -
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2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2956709Wibberg D, Batut B, Belmann P, Blom J, Glöckner FO, Grüning B, Hoffmann N, Kleinbölting N, Rahn R, Rey M, Scholz U, Sharan M, Tauch A, Trojahn U, Usadel B, Kohlbacher O (2019)PUB | DOI
The de.NBI / ELIXIR-DE training platform - Bioinformatics training in Germany and across Europe within ELIXIR.
F1000Research 8: 1877. -
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2956712Hoffmann N, Rein J, Sachsenberg T, Hartler J, Haug K, Mayer G, Alka O, Dayalan S, Pearce JTM, Rocca-Serra P, Qi D, Eisenacher M, Perez-Riverol Y, Vizcaíno JA, Salek RM, Neumann S, Jones AR (2019)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
mzTab-M: A Data Standard for Sharing Quantitative Results in Mass Spectrometry Metabolomics.
Analytical Chemistry 91(5): 3302-3310. -
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2956711Hoffmann N, Hartler J, Ahrends R (2019)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
jmzTab-M: A Reference Parser, Writer, and Validator for the Proteomics Standards Initiative mzTab 2.0 Metabolomics Standard.
Analytical Chemistry 91(20): 12615-12618. -
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2956710Stanstrup J, Broeckling C, Helmus R, Hoffmann N, Mathé E, Naake T, Nicolotti L, Peters K, Rainer J, Salek R, Schulze T, Schymanski E, Stravs M, Thévenot E, Treutler H, Weber R, Willighagen E, Witting M, Neumann S (2019)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
The metaRbolomics Toolbox in Bioconductor and beyond.
Metabolites 9(10): 200. -
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2956713Peng B, Geue S, Coman C, Münzer P, Kopczynski D, Has C, Hoffmann N, Manke M-C, Lang F, Sickmann A, Gawaz M, Borst O, Ahrends R (2018)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Identification of key lipids critical for platelet activation by comprehensive analysis of the platelet lipidome.
Blood 132(5): e1-e12. -
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2956714Schwudke D, Shevchenko A, Hoffmann N, Ahrends R (2017)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Lipidomics informatics for life-science.
Journal of Biotechnology 261: 131-136. -
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2715682Henning P, Kuich JL, Hoffmann N, Stefan K (2015)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Maui-VIA: a user-friendly software for visual identification, alignment, correction, and quantification of gas chromatography–mass spectrometry data.
Frontiers in Bioengineering and Biotechnology 2(84): 84. -
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2643941Hoffmann N, Wilhelm M, Doebbe A, Niehaus K, Stoye J (2014)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
BiPACE 2D – Graph-based multiple alignment for comprehensive two-dimensional gas chromatography–mass spectrometry.
Bioinformatics 30(7): 988-995. -
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2517239Hoffmann N, Keck M, Neuweger H, Wilhelm M, Högy P, Niehaus K, Stoye J (2012)PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Combining peak- and chromatogram-based retention time alignment algorithms for multiple chromatography-mass spectrometry datasets.
BMC Bioinformatics 13(1): 21. -
2012 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2468382Hoffmann N, Stoye J (2012)PUB | PDF | DOI | Download (ext.)
Generic Software Frameworks for GC-MS Based Metabolomics.
In: Metabolomics. Roessner U (Ed); InTech: 73-98. -
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1591319Hoffmann N, Stoye J (2009)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
ChromA: signal-based retention time alignment for chromatography-mass spectrometry data.
Bioinformatics 25(16): 2080-2081.