Michael Beckstette

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42632

41 Publikationen

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  • [41]
    2023 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2988204
    Diem E, Lu C, Beckstette M, Floess S, Lochner M (2023)
    Epigenetic profiling of murine innate lymphoid cells under homeostatic and acute/memory-like inflammatory conditions.
    In: Joint Conference of the Société Française d'Immunologie (SFI) and the Deutsche Gesellschaft für Immunologie (DGfI), 26–29 September, 2023, Strasbourg, France. European Journal of Immunology, 53. Hoboken: Wiley: 238.
    PUB | WoS
     
  • [40]
    2023 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2988223
    Yu Z, Nair V, Bonifacius A, Khan F, Beckstette M, Niemz J, Hilgendorf P, Pietzsch B, Keller A, Falk C, Busch D, Brinkmann M, Schober K, Sain L, Muller F, Vesper B, Floess S, Huehn J (2023)
    TBKBP1 is a novel player modulating the cytotoxic function of human cytomegalovirus-specific CD8+T cells.
    European Journal of Immunology 53(S2): 113.
    PUB | WoS
     
  • [39]
    2023 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2988234
    Sasidharan, Nair V, Yu Z, Bonifacius A, Beckstette M, Niemz J, Pietzsch B, Busch D, Cicin-Sain L, Muller F, Eiz-Vesper B, Floess S, Huehn J (2023)
    Role of ZEB2 in the function of antigen-specific human CD8+T cells.
    European Journal of Immunology 53(S2): 143.
    PUB | WoS
     
  • [38]
    2023 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2983209 OA
    Hassa J, Tubbesing TJ, Maus I, Heyer R, Benndorf D, Effenberger M, Henke C, Osterholz B, Beckstette M, Pühler A, Sczyrba A, Schlüter A (2023)
    Uncovering Microbiome Adaptations in a Full-Scale Biogas Plant: Insights from MAG-Centric Metagenomics and Metaproteomics.
    Microorganisms 11(10): 2412.
    PUB | PDF | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [37]
    2023 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2978079 OA
    Boldt J, Lukoseviciute L, Fu C, Steglich M, Bunk B, Junker V, Gollasch A, Trunkwalter B, Mohr KI, Beckstette M, Wink J, Overmann J, Müller R, Nübel U (2023)
    Bursts in biosynthetic gene cluster transcription are accompanied by surges of natural compound production in the myxobacterium Sorangium sp.
    Microbial Biotechnology .
    PUB | PDF | DOI | PubMed | Europe PMC
     
  • [36]
    2022 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2967522
    Pezoldt J, Wiechers C, Zou M, Litovchenko M, Biocanin M, Beckstette M, Sitnik K, Palatella M, van Mierlo G, Chen W, Gardeux V, Floess S, Ebel M, Russeil J, Arampatzi P, Vafardanejad E, Saliba A-E, Deplancke B, Huehn J (2022)
    Postnatal expansion of mesenteric lymph node stromal cells towards reticular and CD34(+) stromal cell subsets.
    Nature Communications 13(1): 7227.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [35]
    2022 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2965101
    Beckstette M, Lu C-W, Herppich S, Diem EC, Ntalli A, Ochel A, Kruse F, Pietzsch B, Neumann K, Huehn J, Floess S, Lochner M (2022)
    Profiling of epigenetic marker regions in murine ILCs under homeostatic and inflammatory conditions.
    Journal of Experimental Medicine 219(10): e20210663.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [34]
    2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2957501 OA
    Brandt D, Simunovic M, Busche T, Haak M, Belmann P, Jünemann S, Schulz T, Klages LJ, Vinke S, Beckstette M, Pohl E, Scherer C, Sczyrba A, Kalinowski J (2021)
    Multiple Occurrences of a 168-Nucleotide Deletion in SARS-CoV-2 ORF8, Unnoticed by Standard Amplicon Sequencing and Variant Calling Pipelines.
    Viruses 13(9): 1870.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [33]
    2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2941645 OA
    Maus I, Klocke M, Derenkó J, Stolze Y, Beckstette M, Jost C, Wibberg D, Blom J, Henke C, Willenbücher K, Rumming M, Rademacher A, Pühler A, Sczyrba A, Schlüter A (2020)
    Impact of process temperature and organic loading rate on cellulolytic / hydrolytic biofilm microbiomes during biomethanation of ryegrass silage revealed by genome-centered metagenomics and metatranscriptomics.
    Environmental Microbiome 15(1): 7.
    PUB | PDF | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [32]
    2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2953267
    Schulte-Schrepping J, Reusch N, Paclik D, Baßler K, Schlickeiser S, Zhang B, Krämer B, Krammer T, Brumhard S, Bonaguro L, De Domenico E, Wendisch D, Grasshoff M, Kapellos TS, Beckstette M, Pecht T, Saglam A, Dietrich O, Mei HE, Schulz AR, Conrad C, Kunkel D, Vafadarnejad E, Xu C-J, Horne A, Herbert M, Drews A, Thibeault C, Pfeiffer M, Hippenstiel S, Hocke A, Müller-Redetzky H, Heim K-M, Machleidt F, Uhrig A, Bosquillon de Jarcy L, Jürgens L, Stegemann M, Glösenkamp CR, Volk H-D, Goffinet C, Landthaler M, Wyler E, Georg P, Schneider M, Dang-Heine C, Neuwinger N, Kappert K, Tauber R, Corman V, Raabe J, Kaiser KM, Vinh MT, Rieke G, Meisel C, Ulas T, Becker M, Geffers R, Witzenrath M, Drosten C, Suttorp N, von Kalle C, Kurth F, Händler K, Schultze JL, Aschenbrenner AC, Li Y, Nattermann J, Sawitzki B, Saliba A-E, Sander LE, Angelov A, Bals R, Bartholomäus A, Becker A, Bezdan D, Bonifacio E, Bork P, Clavel T, Colome-Tatche M, Diefenbach A, Dilthey A, Fischer N, Förstner K, Frick J-S, Gagneur J, Goesmann A, Hain T, Hummel M, Janssen S, Kalinowski J, Kallies R, Kehr B, Keller A, Kim-Hellmuth S, Klein C, Kohlbacher O, Korbel JO, Kurth I, Landthaler M, Li Y, Ludwig K, Makarewicz O, Marz M, McHardy A, Mertes C, Nöthen M, Nürnberg P, Ohler U, Ossowski S, Overmann J, Peter S, Pfeffer K, Poetsch AR, Pühler A, Rajewsky N, Ralser M, Rieß O, Ripke S, Nunes da Rocha U, Rosenstiel P, Saliba A-E, Sander LE, Sawitzki B, Schiffer P, Schulte E-C, Schultze JL, Sczyrba A, Stegle O, Stoye J, Theis F, Vehreschild J, Vogel J, von Kleist M, Walker A, Walter J, Wieczorek D, Ziebuhr J (2020)
    Severe COVID-19 Is Marked by a Dysregulated Myeloid Cell Compartment.
    Cell 182(6): 1419-1440.e23.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [31]
    2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2953280
    Schäfer H, Beckert B, Frese CK, Steinchen W, Nuss AM, Beckstette M, Hantke I, Driller K, Sudzinová P, Krásný L, Kaever V, Dersch P, Bange G, Wilson DN, Turgay K (2020)
    The alarmones (p)ppGpp are part of the heat shock response of Bacillus subtilis.
    PLOS Genetics 16(3): e1008275.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC | Preprint
     
  • [30]
    2020 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2953279
    Ciurkiewicz M, Floess S, Beckstette M, Kummerfeld M, Baumgärtner W, Huehn J, Beineke A (2020)
    Transkriptomanalysen in der Frühphase der Theilervirusinfektion zeigen Unterschiede in der angeborenen Immunantwort und Antigenpräsentation bei SJL- und C57BL/6-Mäusen.
    In: 63. Jahrestagung der Fachgruppe Pathologie der Deutschen Veterinärmedizinischen Gesellschaft. Tierärztliche Praxis Ausgabe K: Kleintiere / Heimtiere, 48. Stuttgart: Georg Thieme Verlag: 220.
    PUB | DOI
     
  • [29]
    2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2953282
    Pezoldt J, Erhard F, Beckstette M, Wiechers C, Herppich S, Bulat T, Brendolan A, Huehn J, Kalinke U, Müller M, Strobl B, Deplancke B, Cicin-Sain L, Sitnik KM (2020)
    Innate Antiviral Specialization of Ly6C+CD45+ Splenic Red Pulp Stroma Instilled by Subset-Specific Regulation of Cellular Sensitivity to Type I Interferons.
    SSRN Electronic Journal.
    PUB | DOI
     
  • [28]
    2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2953283
    Ciurkiewicz M, Floess S, Beckstette M, Kummerfeld M, Baumgartner W, Huehn J, Beineke A (2020)
    Early Transcriptional Differences in the Brain of Theiler’s Virus-infected Mouse Strains Reveal Delayed Antiviral Immune Responses in SJL/J mice.
    Journal of Comparative Pathology 174: 178.
    PUB | DOI
     
  • [27]
    2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2953286
    Schmühl C, Beckstette M, Heroven AK, Bunk B, Spröer C, McNally A, Overmann J, Dersch P (2019)
    Comparative Transcriptomic Profiling of O:3 and O:8 Reveals Major Expression Differences of Fitness- and Virulence-Relevant Genes Indicating Ecological Separation.
    mSystems 4(2).
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [26]
    2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2953287
    Berndt V, Beckstette M, Volk M, Dersch P, Brönstrup M (2019)
    Metabolome and transcriptome-wide effects of the carbon storage regulator A in enteropathogenic Escherichia coli.
    Scientific Reports 9(1): 138.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [25]
    2019 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2953285
    Kusmierek M, Heroven AK, Beckstette M, Nuss AM, Dersch P (2019)
    Discovering Yersinia–Host Interactions by Tissue Dual RNA-Seq.
    In: Pathogenic Yersinia. Methods and Protocols. Vadyvaloo V, Lawrenz MB (Eds); Methods in Molecular Biology, 2010. New York, NY: Springer : 99-116.
    PUB | DOI
     
  • [24]
    2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2953288
    Berges M, Michel A-M, Lassek C, Nuss AM, Beckstette M, Dersch P, Riedel K, Sievers S, Becher D, Otto A, Maaß S, Rohde M, Eckweiler D, Borrero-de Acuña JM, Jahn M, Neumann-Schaal M, Jahn D (2018)
    Iron Regulation in Clostridioides difficile.
    Frontiers in Microbiology 9: 3183.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [23]
    2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2953289
    Pezoldt J, Pasztoi M, Zou M, Wiechers C, Beckstette M, Thierry GR, Vafadarnejad E, Floess S, Arampatzi P, Buettner M, Schweer J, Fleissner D, Vital M, Pieper DH, Basic M, Dersch P, Strowig T, Hornef M, Bleich A, Bode U, Pabst O, Bajénoff M, Saliba A-E, Huehn J (2018)
    Neonatally imprinted stromal cell subsets induce tolerogenic dendritic cells in mesenteric lymph nodes.
    Nature Communications 9(1): 3903.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [22]
    2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2953291
    Neumann-Schaal M, Metzendorf NG, Troitzsch D, Nuss AM, Hofmann JD, Beckstette M, Dersch P, Otto A, Sievers S (2018)
    Tracking gene expression and oxidative damage of O2-stressed Clostridioides difficile by a multi-omics approach.
    Anaerobe 53: 94-107.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [21]
    2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2953292
    Uhde A-K, Ciurkiewicz M, Herder V, Khan MA, Hensel N, Claus P, Beckstette M, Teich R, Floess S, Baumgärtner W, Jung K, Huehn J, Beineke A (2018)
    Intact interleukin-10 receptor signaling protects from hippocampal damage elicited by experimental neurotropic virus infection of SJL mice.
    Scientific Reports 8(1): 6106.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [20]
    2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2953293
    Heine W, Beckstette M, Heroven AK, Thiemann S, Heise U, Nuss AM, Pisano F, Strowig T, Dersch P (2018)
    Loss of CNFY toxin-induced inflammation drives Yersinia pseudotuberculosis into persistency.
    PLOS Pathogens 14(2): e1006858.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [19]
    2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2914367
    Sczyrba A, Hofmann P, Belmann P, Koslicki D, Janssen S, Dröge J, Gregor I, Majda S, Fiedler J, Dahms E, Bremges A, Fritz A, Garrido-Oter R, Jørgensen TS, Shapiro N, Blood PD, Gurevich A, Bai Y, Turaev D, DeMaere MZ, Chikhi R, Nagarajan N, Quince C, Meyer F, Balvočiūtė M, Hansen LH, Sørensen SJ, Chia BKH, Denis B, Froula JL, Wang Z, Egan R, Don Kang D, Cook JJ, Deltel C, Beckstette M, Lemaitre C, Peterlongo P, Rizk G, Lavenier D, Wu Y-W, Singer SW, Jain C, Strous M, Klingenberg H, Meinicke P, Barton MD, Lingner T, Lin H-H, Liao Y-C, Silva GGZ, Cuevas DA, Edwards RA, Saha S, Piro VC, Renard BY, Pop M, Klenk H-P, Göker M, Kyrpides NC, Woyke T, Vorholt JA, Schulze-Lefert P, Rubin EM, Darling AE, Rattei T, McHardy AC (2017)
    Critical Assessment of Metagenome Interpretation—a benchmark of metagenomics software.
    Nature Methods 14(11): 1063-1071.
    PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [18]
    2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2953296
    Pasztoi M, Pezoldt J, Beckstette M, Lipps C, Wirth D, Rohde M, Paloczi K, Buzas EI, Huehn J (2017)
    Mesenteric lymph node stromal cell-derived extracellular vesicles contribute to peripheral de novo induction of Foxp3 regulatory T cells.
    European Journal of Immunology 47(12): 2142-2152.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [17]
    2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2953297
    Nikolouli E, Hardtke-Wolenski M, Hapke M, Beckstette M, Geffers R, Floess S, Jaeckel E, Huehn J (2017)
    Alloantigen-Induced Regulatory T Cells Generated in Presence of Vitamin C Display Enhanced Stability of Foxp3 Expression and Promote Skin Allograft Acceptance.
    Frontiers in Immunology 8: 748.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [16]
    2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2953298
    Garg G, Nikolouli E, Hardtke-Wolenski M, Toker A, Ohkura N, Beckstette M, Miyao T, Geffers R, Floess S, Gerdes N, Lutgens E, Osterloh A, Hori S, Sakaguchi S, Jaeckel E, Huehn J (2017)
    Unique properties of thymic antigen-presenting cells promote epigenetic imprinting of alloantigen-specific regulatory T cells.
    Oncotarget 8(22): 35542-35557.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [15]
    2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2953299
    Nuss AM, Beckstette M, Pimenova M, Schmühl C, Opitz W, Pisano F, Heroven AK, Dersch P (2017)
    Tissue dual RNA-seq allows fast discovery of infection-specific functions and riboregulators shaping host–pathogen transcriptomes.
    Proceedings of the National Academy of Sciences 114(5): E791-E800.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [14]
    2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2953300
    Avican U, Beckstette M, Heroven AK, Lavander M, Dersch P, Forsberg Å (2016)
    Transcriptomic and Phenotypic Analysis Reveals New Functions for the Tat Pathway in Yersinia pseudotuberculosis.
    Journal of Bacteriology 198(20): 2876-2886.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [13]
    2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2953301
    Yang B-H, Hagemann S, Mamareli P, Lauer U, Hoffmann U, Beckstette M, Föhse L, Prinz I, Pezoldt J, Suerbaum S, Sparwasser T, Hamann A, Floess S, Huehn J, Lochner M (2016)
    Foxp3+ T cells expressing RORγt represent a stable regulatory T-cell effector lineage with enhanced suppressive capacity during intestinal inflammation.
    Mucosal Immunology 9(2): 444-457.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [12]
    2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2917100
    Nuss AM, Heroven AK, Waldmann B, Reinkensmeier J, Jarek M, Beckstette M, Dersch P (2015)
    Transcriptomic Profiling of Yersinia pseudotuberculosis Reveals Reprogramming of the Crp Regulon by Temperature and Uncovers Crp as a Master Regulator of Small RNAs.
    PLOS GENETICS 11(3): e1005087.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [11]
    2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2953303
    Avican K, Fahlgren A, Huss M, Heroven AK, Beckstette M, Dersch P, Fällman M (2015)
    Reprogramming of Yersinia from Virulent to Persistent Mode Revealed by Complex In Vivo RNA-seq Analysis.
    PLOS Pathogens 11(1): e1004600.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [10]
    2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2953304
    Abdollahpour H, Alawi M, Kortüm F, Beckstette M, Seemanova E, Komárek V, Rosenberger G, Kutsche K (2015)
    An AP4B1 frameshift mutation in siblings with intellectual disability and spastic tetraplegia further delineates the AP-4 deficiency syndrome.
    European Journal of Human Genetics 23(2): 256-259.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [9]
    2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2953305
    Meyer F, Kurtz S, Beckstette M (2013)
    Fast online and index-based algorithms for approximate search of RNA sequence-structure patterns.
    BMC Bioinformatics 14(1): 226.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [8]
    2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2953309
    Meyer F, Kurtz S, Backofen R, Will S, Beckstette M (2011)
    Structator: fast index-based search for RNA sequence-structure patterns.
    BMC Bioinformatics 12(1): 214.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [7]
    2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589458
    Beckstette M, Homann R, Giegerich R, Kurtz S (2009)
    Significant speedup of database searches with HMMs by search space reduction with PSSM family models.
    Bioinformatics 25(24): 3251-3258.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [6]
    2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2953311
    Heyne S, Will S, Beckstette M, Backofen R (2009)
    Lightweight comparison of RNAs based on exact sequence–structure matches.
    Bioinformatics 25(16): 2095-2102.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [5]
    2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773864 OA
    Beckstette M, Homann R, Giegerich R, Kurtz S (2006)
    Fast index based algorithms and software for matching position specific scoring matrices.
    BMC Bioinformatics 7(1): 389.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [4]
    2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773613 OA
    Sczyrba A, Beckstette M, Brivanlou AH, Giegerich R, Altmann CR (2005)
    XenDB: Full length cDNA prediction and cross species mapping in Xenopus laevis.
    BMC Genomics 6(1): 123.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [3]
    2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383529
    Beckstette M, Mailänder JT, Marhöfer RJ, Sczyrba A, Ohlebusch E, Giegerich R, Selzer PM (2004)
    Genlight: Interactive high-throughput sequence analysis and comparative genomics.
    Journal of Integrative Bioinformatics 1(1): 90-107.
    PUB | DOI
     
  • [2]
    2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383536
    Beckstette M, Sczyrba A, Selzer PM (2004)
    Genlight: Interactive high-throughput sequence analysis and comparative genomics.
    In: German Conference on Bioinformatics. GCB 2004 ; October 4 - 6, 2004, Bielefeld, Germany . Giegerich R (Ed); GI-Edition / Proceedings, 53. Bonn: Gesellschaft für Informatik: 179-186.
    PUB
     
  • [1]
    2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2953316
    Marian CO, Bordoli SJ, Goltz M, Santarella RA, Jackson LP, Danilevskaya O, Beckstette M, Meeley R, Bass HW (2003)
    The Maize Single myb histone 1 Gene, Smh1, Belongs to a Novel Gene Family and Encodes a Protein That Binds Telomere DNA Repeats in Vitro.
    Plant Physiology 133(3): 1336-1350.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
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