43 Publikationen
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2024 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2993459DNA methylation profiling identifies TBKBP1 as potent amplifier of cytotoxic activity in CMV-specific human CD8+ T cellsPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Yu Z, Sasidharan-Nair V, Buchta T, Bonifacius A, Khan F, Pietzsch B, Ahmadi H, Beckstette M, Niemz J, Hilgendorf P, Mausberg P, et al. (2024)
PLoS Pathogens 20(9): e1012581. -
2024 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2991663
Differential gene expression in leaves and roots of Hydrangea serrata treated with aluminium chloridePUB | PDF | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC | NCBI BioProject
Scholpp A-C, Schilbert H, Viehöver P, Weisshaar B, Beckstette M, Neumann JM, Bednarz H, Niehaus K (2024)
Frontiers in Plant Science 15: 1412189. -
2023 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2988204Epigenetic profiling of murine innate lymphoid cells under homeostatic and acute/memory-like inflammatory conditionsPUB | WoS
Diem E, Lu C, Beckstette M, Floess S, Lochner M (2023)
In: Joint Conference of the Société Française d'Immunologie (SFI) and the Deutsche Gesellschaft für Immunologie (DGfI), 26–29 September, 2023, Strasbourg, France. European Journal of Immunology, 53(Suppl. 2). Hoboken: Wiley: 238. -
2023 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2988223TBKBP1 is a novel player modulating the cytotoxic function of human cytomegalovirus-specific CD8+T cellsPUB | WoS
Yu Z, Nair V, Bonifacius A, Khan F, Beckstette M, Niemz J, Hilgendorf P, Pietzsch B, Keller A, Falk C, Busch D, et al. (2023)
European Journal of Immunology 53(S2): 113. -
2023 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2988234Role of ZEB2 in the function of antigen-specific human CD8+T cellsPUB | WoS
Sasidharan, Nair V, Yu Z, Bonifacius A, Beckstette M, Niemz J, Pietzsch B, Busch D, Cicin-Sain L, Muller F, Eiz-Vesper B, Floess S, et al. (2023)
European Journal of Immunology 53(S2): 143. -
2023 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2983209
Uncovering Microbiome Adaptations in a Full-Scale Biogas Plant: Insights from MAG-Centric Metagenomics and MetaproteomicsPUB | PDF | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
Hassa J, Tubbesing TJ, Maus I, Heyer R, Benndorf D, Effenberger M, Henke C, Osterholz B, Beckstette M, Pühler A, Sczyrba A, et al. (2023)
Microorganisms 11(10): 2412. -
2023 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2978079
Bursts in biosynthetic gene cluster transcription are accompanied by surges of natural compound production in the myxobacterium Sorangium sp.PUB | PDF | DOI | PubMed | Europe PMC
Boldt J, Lukoseviciute L, Fu C, Steglich M, Bunk B, Junker V, Gollasch A, Trunkwalter B, Mohr KI, Beckstette M, Wink J, et al. (2023)
Microbial Biotechnology . -
2022 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2967522Postnatal expansion of mesenteric lymph node stromal cells towards reticular and CD34(+) stromal cell subsetsPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Pezoldt J, Wiechers C, Zou M, Litovchenko M, Biocanin M, Beckstette M, Sitnik K, Palatella M, van Mierlo G, Chen W, Gardeux V, et al. (2022)
Nature Communications 13(1): 7227. -
2022 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2965101Profiling of epigenetic marker regions in murine ILCs under homeostatic and inflammatory conditionsPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Beckstette M, Lu C-W, Herppich S, Diem EC, Ntalli A, Ochel A, Kruse F, Pietzsch B, Neumann K, Huehn J, Floess S, et al. (2022)
Journal of Experimental Medicine 219(10): e20210663. -
2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2957501
Multiple Occurrences of a 168-Nucleotide Deletion in SARS-CoV-2 ORF8, Unnoticed by Standard Amplicon Sequencing and Variant Calling PipelinesPUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Brandt D, Simunovic M, Busche T, Haak M, Belmann P, Jünemann S, Schulz T, Klages LJ, Vinke S, Beckstette M, Pohl E, et al. (2021)
Viruses 13(9): 1870. -
2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2941645
Impact of process temperature and organic loading rate on cellulolytic / hydrolytic biofilm microbiomes during biomethanation of ryegrass silage revealed by genome-centered metagenomics and metatranscriptomicsPUB | PDF | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
Maus I, Klocke M, Derenkó J, Stolze Y, Beckstette M, Jost C, Wibberg D, Blom J, Henke C, Willenbücher K, Rumming M, et al. (2020)
Environmental Microbiome 15(1): 7. -
2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2953267Severe COVID-19 Is Marked by a Dysregulated Myeloid Cell CompartmentPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Schulte-Schrepping J, Reusch N, Paclik D, Baßler K, Schlickeiser S, Zhang B, Krämer B, Krammer T, Brumhard S, Bonaguro L, De Domenico E, et al. (2020)
Cell 182(6): 1419-1440.e23. -
2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2953280The alarmones (p)ppGpp are part of the heat shock response of Bacillus subtilisPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC | Preprint
Schäfer H, Beckert B, Frese CK, Steinchen W, Nuss AM, Beckstette M, Hantke I, Driller K, Sudzinová P, Krásný L, Kaever V, et al. (2020)
PLOS Genetics 16(3): e1008275. -
2020 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2953279Transkriptomanalysen in der Frühphase der Theilervirusinfektion zeigen Unterschiede in der angeborenen Immunantwort und Antigenpräsentation bei SJL- und C57BL/6-MäusenPUB | DOI
Ciurkiewicz M, Floess S, Beckstette M, Kummerfeld M, Baumgärtner W, Huehn J, Beineke A (2020)
In: 63. Jahrestagung der Fachgruppe Pathologie der Deutschen Veterinärmedizinischen Gesellschaft. Tierärztliche Praxis Ausgabe K: Kleintiere / Heimtiere, 48(03). Stuttgart: Georg Thieme Verlag: 220. -
2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2953282Innate Antiviral Specialization of Ly6C+CD45+ Splenic Red Pulp Stroma Instilled by Subset-Specific Regulation of Cellular Sensitivity to Type I InterferonsPUB | DOI
Pezoldt J, Erhard F, Beckstette M, Wiechers C, Herppich S, Bulat T, Brendolan A, Huehn J, Kalinke U, Müller M, Strobl B, et al. (2020)
SSRN Electronic Journal. -
2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2953283Early Transcriptional Differences in the Brain of Theiler’s Virus-infected Mouse Strains Reveal Delayed Antiviral Immune Responses in SJL/J micePUB | DOI
Ciurkiewicz M, Floess S, Beckstette M, Kummerfeld M, Baumgartner W, Huehn J, Beineke A (2020)
Journal of Comparative Pathology 174: 178. -
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2953286Comparative Transcriptomic Profiling of O:3 and O:8 Reveals Major Expression Differences of Fitness- and Virulence-Relevant Genes Indicating Ecological SeparationPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Schmühl C, Beckstette M, Heroven AK, Bunk B, Spröer C, McNally A, Overmann J, Dersch P (2019)
mSystems 4(2). -
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2953287Metabolome and transcriptome-wide effects of the carbon storage regulator A in enteropathogenic Escherichia coliPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Berndt V, Beckstette M, Volk M, Dersch P, Brönstrup M (2019)
Scientific Reports 9(1): 138. -
2019 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2953285Discovering Yersinia–Host Interactions by Tissue Dual RNA-SeqPUB | DOI
Kusmierek M, Heroven AK, Beckstette M, Nuss AM, Dersch P (2019)
In: Pathogenic Yersinia. Methods and Protocols. Vadyvaloo V, Lawrenz MB (Eds); Methods in Molecular Biology, 2010. New York, NY: Springer : 99-116. -
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2953288Iron Regulation in Clostridioides difficilePUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Berges M, Michel A-M, Lassek C, Nuss AM, Beckstette M, Dersch P, Riedel K, Sievers S, Becher D, Otto A, Maaß S, et al. (2018)
Frontiers in Microbiology 9: 3183. -
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2953289Neonatally imprinted stromal cell subsets induce tolerogenic dendritic cells in mesenteric lymph nodesPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Pezoldt J, Pasztoi M, Zou M, Wiechers C, Beckstette M, Thierry GR, Vafadarnejad E, Floess S, Arampatzi P, Buettner M, Schweer J, et al. (2018)
Nature Communications 9(1): 3903. -
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2953291Tracking gene expression and oxidative damage of O2-stressed Clostridioides difficile by a multi-omics approachPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Neumann-Schaal M, Metzendorf NG, Troitzsch D, Nuss AM, Hofmann JD, Beckstette M, Dersch P, Otto A, Sievers S (2018)
Anaerobe 53: 94-107. -
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2953292Intact interleukin-10 receptor signaling protects from hippocampal damage elicited by experimental neurotropic virus infection of SJL micePUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Uhde A-K, Ciurkiewicz M, Herder V, Khan MA, Hensel N, Claus P, Beckstette M, Teich R, Floess S, Baumgärtner W, Jung K, et al. (2018)
Scientific Reports 8(1): 6106. -
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2953293Loss of CNFY toxin-induced inflammation drives Yersinia pseudotuberculosis into persistencyPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Heine W, Beckstette M, Heroven AK, Thiemann S, Heise U, Nuss AM, Pisano F, Strowig T, Dersch P (2018)
PLOS Pathogens 14(2): e1006858. -
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2914367Critical Assessment of Metagenome Interpretation—a benchmark of metagenomics softwarePUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
Sczyrba A, Hofmann P, Belmann P, Koslicki D, Janssen S, Dröge J, Gregor I, Majda S, Fiedler J, Dahms E, Bremges A, et al. (2017)
Nature Methods 14(11): 1063-1071. -
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2953296Mesenteric lymph node stromal cell-derived extracellular vesicles contribute to peripheral de novo induction of Foxp3 regulatory T cellsPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Pasztoi M, Pezoldt J, Beckstette M, Lipps C, Wirth D, Rohde M, Paloczi K, Buzas EI, Huehn J (2017)
European Journal of Immunology 47(12): 2142-2152. -
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2953297Alloantigen-Induced Regulatory T Cells Generated in Presence of Vitamin C Display Enhanced Stability of Foxp3 Expression and Promote Skin Allograft AcceptancePUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Nikolouli E, Hardtke-Wolenski M, Hapke M, Beckstette M, Geffers R, Floess S, Jaeckel E, Huehn J (2017)
Frontiers in Immunology 8: 748. -
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2953298Unique properties of thymic antigen-presenting cells promote epigenetic imprinting of alloantigen-specific regulatory T cellsPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Garg G, Nikolouli E, Hardtke-Wolenski M, Toker A, Ohkura N, Beckstette M, Miyao T, Geffers R, Floess S, Gerdes N, Lutgens E, et al. (2017)
Oncotarget 8(22): 35542-35557. -
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2953299Tissue dual RNA-seq allows fast discovery of infection-specific functions and riboregulators shaping host–pathogen transcriptomesPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Nuss AM, Beckstette M, Pimenova M, Schmühl C, Opitz W, Pisano F, Heroven AK, Dersch P (2017)
Proceedings of the National Academy of Sciences 114(5): E791-E800. -
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2953300Transcriptomic and Phenotypic Analysis Reveals New Functions for the Tat Pathway in Yersinia pseudotuberculosisPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Avican U, Beckstette M, Heroven AK, Lavander M, Dersch P, Forsberg Å (2016)
Journal of Bacteriology 198(20): 2876-2886. -
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2953301Foxp3+ T cells expressing RORγt represent a stable regulatory T-cell effector lineage with enhanced suppressive capacity during intestinal inflammationPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Yang B-H, Hagemann S, Mamareli P, Lauer U, Hoffmann U, Beckstette M, Föhse L, Prinz I, Pezoldt J, Suerbaum S, Sparwasser T, et al. (2016)
Mucosal Immunology 9(2): 444-457. -
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2917100Transcriptomic Profiling of Yersinia pseudotuberculosis Reveals Reprogramming of the Crp Regulon by Temperature and Uncovers Crp as a Master Regulator of Small RNAsPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Nuss AM, Heroven AK, Waldmann B, Reinkensmeier J, Jarek M, Beckstette M, Dersch P (2015)
PLOS GENETICS 11(3): e1005087. -
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2953303Reprogramming of Yersinia from Virulent to Persistent Mode Revealed by Complex In Vivo RNA-seq AnalysisPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Avican K, Fahlgren A, Huss M, Heroven AK, Beckstette M, Dersch P, Fällman M (2015)
PLOS Pathogens 11(1): e1004600. -
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2953304An AP4B1 frameshift mutation in siblings with intellectual disability and spastic tetraplegia further delineates the AP-4 deficiency syndromePUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Abdollahpour H, Alawi M, Kortüm F, Beckstette M, Seemanova E, Komárek V, Rosenberger G, Kutsche K (2015)
European Journal of Human Genetics 23(2): 256-259. -
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2953305Fast online and index-based algorithms for approximate search of RNA sequence-structure patternsPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Meyer F, Kurtz S, Beckstette M (2013)
BMC Bioinformatics 14(1): 226. -
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2953309Structator: fast index-based search for RNA sequence-structure patternsPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Meyer F, Kurtz S, Backofen R, Will S, Beckstette M (2011)
BMC Bioinformatics 12(1): 214. -
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589458Significant speedup of database searches with HMMs by search space reduction with PSSM family modelsPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Beckstette M, Homann R, Giegerich R, Kurtz S (2009)
Bioinformatics 25(24): 3251-3258. -
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2953311Lightweight comparison of RNAs based on exact sequence–structure matchesPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Heyne S, Will S, Beckstette M, Backofen R (2009)
Bioinformatics 25(16): 2095-2102. -
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773864
Fast index based algorithms and software for matching position specific scoring matricesPUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Beckstette M, Homann R, Giegerich R, Kurtz S (2006)
BMC Bioinformatics 7(1): 389. -
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773613
XenDB: Full length cDNA prediction and cross species mapping in Xenopus laevisPUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Sczyrba A, Beckstette M, Brivanlou AH, Giegerich R, Altmann CR (2005)
BMC Genomics 6(1): 123. -
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383529Genlight: Interactive high-throughput sequence analysis and comparative genomicsPUB | DOI
Beckstette M, Mailänder JT, Marhöfer RJ, Sczyrba A, Ohlebusch E, Giegerich R, Selzer PM (2004)
Journal of Integrative Bioinformatics 1(1): 90-107. -
2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383536Genlight: Interactive high-throughput sequence analysis and comparative genomicsPUB
Beckstette M, Sczyrba A, Selzer PM (2004)
In: German Conference on Bioinformatics. GCB 2004 ; October 4 - 6, 2004, Bielefeld, Germany . Giegerich R (Ed); GI-Edition / Proceedings, 53. Bonn: Gesellschaft für Informatik: 179-186. -
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2953316The Maize Single myb histone 1 Gene, Smh1, Belongs to a Novel Gene Family and Encodes a Protein That Binds Telomere DNA Repeats in VitroPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Marian CO, Bordoli SJ, Goltz M, Santarella RA, Jackson LP, Danilevskaya O, Beckstette M, Meeley R, Bass HW (2003)
Plant Physiology 133(3): 1336-1350.