17 Publikationen

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[17]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2916929
Stolze, Y.; Bremges, A.; Maus, I.; Pühler, A.; Sczyrba, A.; Schlüter, A. (2018): Targeted in situ metatranscriptomics for selected taxa from mesophilic and thermophilic biogas plants Microbial Biotechnology,11:(4): 667-679.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[16]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2917037
Verwaaijen, B.; Wibberg, D.; Nelkner, J.; Gordin, M.; Rupp, O.; Winkler, A.; Bremges, A.; Blom, J.; Grosch, R.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2018): Assembly of the Lactuca sativa, L. cv. Tizian draft genome sequence reveals differences within major resistance complex 1 as compared to the cv. Salinas reference genome JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY,267: 12-18.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[15]
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2915516
Maus, I.; Bremges, A.; Stolze, Y.; Hahnke, S.; Cibis, K. G.; Koeck, D. E.; Kim, Y. S.; Kreubel, J.; Hassa, J.; Wibberg, D.; Weimann, A.; Off, S.; Stantscheff, R.; Zverlov, V. V.; Schwarz, W. H.; König, H.; Liebl, W.; Scherer, P.; McHardy, A. C.; Sczyrba, A.; Klocke, M.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2017): Genomics and prevalence of bacterial and archaeal isolates from biogas-producing microbiomes Biotechnology for Biofuels,10:(1):264
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[14]
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2914367
Sczyrba, A.; Hofmann, P.; Belmann, P.; Koslicki, D.; Janssen, S.; Dröge, J.; Gregor, I.; Majda, S.; Fiedler, J.; Dahms, E.; Bremges, A.; Fritz, A.; Garrido-Oter, R.; Jørgensen, T. S.; Shapiro, N.; Blood, P. D.; Gurevich, A.; Bai, Y.; Turaev, D.; DeMaere, M. Z.; Chikhi, R.; Nagarajan, N.; Quince, C.; Meyer, F.; Balvočiūtė, M.; Hansen, L. H.; Sørensen, S. J.; Chia, B. K. H.; Denis, B.; Froula, J. L.; Wang, Z.; Egan, R.; Don Kang, D.; Cook, J. J.; Deltel, C.; Beckstette, M.; Lemaitre, C.; Peterlongo, P.; Rizk, G.; Lavenier, D.; Wu, Y. - W.; Singer, S. W.; Jain, C.; Strous, M.; Klingenberg, H.; Meinicke, P.; Barton, M. D.; Lingner, T.; Lin, H. - H.; Liao, Y. - C.; Silva, G. G. Z.; Cuevas, D. A.; Edwards, R. A.; Saha, S.; Piro, V. C.; Renard, B. Y.; Pop, M.; Klenk, H. - P.; Göker, M.; Kyrpides, N. C.; Woyke, T.; Vorholt, J. A.; Schulze-Lefert, P.; Rubin, E. M.; Darling, A. E.; Rattei, T.; McHardy, A. C. (2017): Critical Assessment of Metagenome Interpretation—a benchmark of metagenomics software Nature Methods,14:(11): 1063-1071.
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[13]
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2904815
Stolze, Y.; Bremges, A.; Rumming, M.; Henke, C.; Maus, I.; Pühler, A.; Sczyrba, A.; Schlüter, A. (2016): Identification and genome reconstruction of abundant distinct taxa in microbiomes from one thermophilic and three mesophilic production-scale biogas plants Biotechnology for Biofuels,9:156
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[12]
2016 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2906743
Bremges, A. (2016): Assembling the microbial dark matter. Bielefeld: Universität Bielefeld.
PUB | PDF
 
[11]
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2903489
Maus, I.; Cibis, K. G.; Bremges, A.; Stolze, Y.; Wibberg, D.; Tomazetto, G.; Blom, J.; Sczyrba, A.; König, H.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2016): Genomic characterization of Defluviitoga tunisiensis L3, a key hydrolytic bacterium in a thermophilic biogas plant and its abundance as determined by metagenome fragment recruitment Journal of Biotechnology,232: 50-60.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[10]
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2903302
Wibberg, D.; Bremges, A.; Dammann-Kalinowski, T.; Maus, I.; Igeño, M. I.; Vogelsang, R.; König, C.; Luque-Almagro, V. M.; Roldán, M. D.; Sczyrba, A.; Moreno-Vivián, C.; Blasco, R.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2016): Finished genome sequence and methylome of the cyanide-degrading Pseudomonas pseudoalcaligenes strain CECT5344 as resolved by single-molecule real-time sequencing Journal of Biotechnology,232: 61-68.
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[9]
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901729
Bremges, A.; Singer, E.; Woyke, T.; Sczyrba, A. (2016): MeCorS: Metagenome-enabled error correction of single cell sequencing reads Bioinformatics,32:(14): 2199-2201.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[8]
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2905260
Maus, I.; Koeck, D. E.; Cibis, K. G.; Hahnke, S.; Kim, Y. S.; Langer, T.; Kreubel, J.; Erhard, M.; Bremges, A.; Off, S.; Stolze, Y.; Jaenicke, S.; Goesmann, A.; Sczyrba, A.; Scherer, P.; König, H.; Schwarz, W. H.; Zverlov, V. V.; Liebl, W.; Pühler, A.; Schlüter, A.; Klocke, M. (2016): Unraveling the microbiome of a thermophilic biogas plant by metagenome and metatranscriptome analysis complemented by characterization of bacterial and archaeal isolates Biotechnology for Biofuels,9:(1):171
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[7]
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2904234
Ortseifen, V.; Stolze, Y.; Maus, I.; Sczyrba, A.; Bremges, A.; Albaum, S.; Jaenicke, S.; Fracowiak, J.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2016): An integrated metagenome and -proteome analysis of the microbial community residing in a biogas production plant Journal of Biotechnology,231: 268-279.
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[6]
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2764906
Bremges, A.; Maus, I.; Belmann, P.; Eikmeyer, F. G.; Winkler, A.; Albersmeier, A.; Pühler, A.; Schlüter, A.; Sczyrba, A. (2015): Deeply sequenced metagenome and metatranscriptome of a biogas-producing microbial community from an agricultural production-scale biogas plant GigaScience,4:(1):33
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[5]
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2762833
Kohrs, F.; Wolter, S.; Benndorf, D.; Heyer, R.; Hoffmann, M.; Rapp, E.; Bremges, A.; Sczyrba, A.; Schlüter, A.; Reichl, U. (2015): Fractionation of biogas plant sludge material improves metaproteomic characterization to investigate metabolic activity of microbial communities Proteomics,15:(20): 3585-3589.
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[4]
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2782501
Belmann, P.; Dröge, J.; Bremges, A.; McHardy, A. C.; Sczyrba, A.; Barton, M. D. (2015): Bioboxes: standardised containers for interchangeable bioinformatics software GigaScience,4:47
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[3]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2662055
Wibberg, D.; Luque-Almagro, V. M.; Igeño, M. I.; Bremges, A.; Roldán, M. D.; Merchán, F.; Sáez, L. P.; Guijo, M. I.; Manso, M. I.; Macías, D.; Cabello, P.; Becerra, G.; Ibáñez, M. I.; Carmona, M. I.; Escribano, M. P.; Castillo, F.; Sczyrba, A.; Moreno-Vivián, C.; Blasco, R.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2014): Complete genome sequence of the cyanide-degrading bacterium Pseudomonas pseudoalcaligenes CECT5344 Journal of biotechnology,175: 67-68.
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[2]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2645192
Gillett, A.; Bergman, P.; Parsa, R.; Bremges, A.; Giegerich, R.; Jagodic, M. (2013): A Silent Exonic SNP in Kdm3a Affects Nucleic Acids Structure but Does Not Regulate Experimental Autoimmune Encephalomyelitis Plos One,8:(12): e81912.
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[1]
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2906810
Bremges, A.; Schirmer, S.; Giegerich, R. (2010): Fine-tuning structural RNA alignments in the twilight zone BMC Bioinformatics,11:(1):222
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2916929
Stolze, Y.; Bremges, A.; Maus, I.; Pühler, A.; Sczyrba, A.; Schlüter, A. (2018): Targeted in situ metatranscriptomics for selected taxa from mesophilic and thermophilic biogas plants Microbial Biotechnology,11:(4): 667-679.
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2917037
Verwaaijen, B.; Wibberg, D.; Nelkner, J.; Gordin, M.; Rupp, O.; Winkler, A.; Bremges, A.; Blom, J.; Grosch, R.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2018): Assembly of the Lactuca sativa, L. cv. Tizian draft genome sequence reveals differences within major resistance complex 1 as compared to the cv. Salinas reference genome JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY,267: 12-18.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2915516
Maus, I.; Bremges, A.; Stolze, Y.; Hahnke, S.; Cibis, K. G.; Koeck, D. E.; Kim, Y. S.; Kreubel, J.; Hassa, J.; Wibberg, D.; Weimann, A.; Off, S.; Stantscheff, R.; Zverlov, V. V.; Schwarz, W. H.; König, H.; Liebl, W.; Scherer, P.; McHardy, A. C.; Sczyrba, A.; Klocke, M.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2017): Genomics and prevalence of bacterial and archaeal isolates from biogas-producing microbiomes Biotechnology for Biofuels,10:(1):264
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2914367
Sczyrba, A.; Hofmann, P.; Belmann, P.; Koslicki, D.; Janssen, S.; Dröge, J.; Gregor, I.; Majda, S.; Fiedler, J.; Dahms, E.; Bremges, A.; Fritz, A.; Garrido-Oter, R.; Jørgensen, T. S.; Shapiro, N.; Blood, P. D.; Gurevich, A.; Bai, Y.; Turaev, D.; DeMaere, M. Z.; Chikhi, R.; Nagarajan, N.; Quince, C.; Meyer, F.; Balvočiūtė, M.; Hansen, L. H.; Sørensen, S. J.; Chia, B. K. H.; Denis, B.; Froula, J. L.; Wang, Z.; Egan, R.; Don Kang, D.; Cook, J. J.; Deltel, C.; Beckstette, M.; Lemaitre, C.; Peterlongo, P.; Rizk, G.; Lavenier, D.; Wu, Y. - W.; Singer, S. W.; Jain, C.; Strous, M.; Klingenberg, H.; Meinicke, P.; Barton, M. D.; Lingner, T.; Lin, H. - H.; Liao, Y. - C.; Silva, G. G. Z.; Cuevas, D. A.; Edwards, R. A.; Saha, S.; Piro, V. C.; Renard, B. Y.; Pop, M.; Klenk, H. - P.; Göker, M.; Kyrpides, N. C.; Woyke, T.; Vorholt, J. A.; Schulze-Lefert, P.; Rubin, E. M.; Darling, A. E.; Rattei, T.; McHardy, A. C. (2017): Critical Assessment of Metagenome Interpretation—a benchmark of metagenomics software Nature Methods,14:(11): 1063-1071.
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2904815
Stolze, Y.; Bremges, A.; Rumming, M.; Henke, C.; Maus, I.; Pühler, A.; Sczyrba, A.; Schlüter, A. (2016): Identification and genome reconstruction of abundant distinct taxa in microbiomes from one thermophilic and three mesophilic production-scale biogas plants Biotechnology for Biofuels,9:156
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[12]
2016 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2906743
Bremges, A. (2016): Assembling the microbial dark matter. Bielefeld: Universität Bielefeld.
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[11]
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2903489
Maus, I.; Cibis, K. G.; Bremges, A.; Stolze, Y.; Wibberg, D.; Tomazetto, G.; Blom, J.; Sczyrba, A.; König, H.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2016): Genomic characterization of Defluviitoga tunisiensis L3, a key hydrolytic bacterium in a thermophilic biogas plant and its abundance as determined by metagenome fragment recruitment Journal of Biotechnology,232: 50-60.
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2903302
Wibberg, D.; Bremges, A.; Dammann-Kalinowski, T.; Maus, I.; Igeño, M. I.; Vogelsang, R.; König, C.; Luque-Almagro, V. M.; Roldán, M. D.; Sczyrba, A.; Moreno-Vivián, C.; Blasco, R.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2016): Finished genome sequence and methylome of the cyanide-degrading Pseudomonas pseudoalcaligenes strain CECT5344 as resolved by single-molecule real-time sequencing Journal of Biotechnology,232: 61-68.
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901729
Bremges, A.; Singer, E.; Woyke, T.; Sczyrba, A. (2016): MeCorS: Metagenome-enabled error correction of single cell sequencing reads Bioinformatics,32:(14): 2199-2201.
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2905260
Maus, I.; Koeck, D. E.; Cibis, K. G.; Hahnke, S.; Kim, Y. S.; Langer, T.; Kreubel, J.; Erhard, M.; Bremges, A.; Off, S.; Stolze, Y.; Jaenicke, S.; Goesmann, A.; Sczyrba, A.; Scherer, P.; König, H.; Schwarz, W. H.; Zverlov, V. V.; Liebl, W.; Pühler, A.; Schlüter, A.; Klocke, M. (2016): Unraveling the microbiome of a thermophilic biogas plant by metagenome and metatranscriptome analysis complemented by characterization of bacterial and archaeal isolates Biotechnology for Biofuels,9:(1):171
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2904234
Ortseifen, V.; Stolze, Y.; Maus, I.; Sczyrba, A.; Bremges, A.; Albaum, S.; Jaenicke, S.; Fracowiak, J.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2016): An integrated metagenome and -proteome analysis of the microbial community residing in a biogas production plant Journal of Biotechnology,231: 268-279.
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[6]
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2764906
Bremges, A.; Maus, I.; Belmann, P.; Eikmeyer, F. G.; Winkler, A.; Albersmeier, A.; Pühler, A.; Schlüter, A.; Sczyrba, A. (2015): Deeply sequenced metagenome and metatranscriptome of a biogas-producing microbial community from an agricultural production-scale biogas plant GigaScience,4:(1):33
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2762833
Kohrs, F.; Wolter, S.; Benndorf, D.; Heyer, R.; Hoffmann, M.; Rapp, E.; Bremges, A.; Sczyrba, A.; Schlüter, A.; Reichl, U. (2015): Fractionation of biogas plant sludge material improves metaproteomic characterization to investigate metabolic activity of microbial communities Proteomics,15:(20): 3585-3589.
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2782501
Belmann, P.; Dröge, J.; Bremges, A.; McHardy, A. C.; Sczyrba, A.; Barton, M. D. (2015): Bioboxes: standardised containers for interchangeable bioinformatics software GigaScience,4:47
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[3]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2662055
Wibberg, D.; Luque-Almagro, V. M.; Igeño, M. I.; Bremges, A.; Roldán, M. D.; Merchán, F.; Sáez, L. P.; Guijo, M. I.; Manso, M. I.; Macías, D.; Cabello, P.; Becerra, G.; Ibáñez, M. I.; Carmona, M. I.; Escribano, M. P.; Castillo, F.; Sczyrba, A.; Moreno-Vivián, C.; Blasco, R.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2014): Complete genome sequence of the cyanide-degrading bacterium Pseudomonas pseudoalcaligenes CECT5344 Journal of biotechnology,175: 67-68.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2645192
Gillett, A.; Bergman, P.; Parsa, R.; Bremges, A.; Giegerich, R.; Jagodic, M. (2013): A Silent Exonic SNP in Kdm3a Affects Nucleic Acids Structure but Does Not Regulate Experimental Autoimmune Encephalomyelitis Plos One,8:(12): e81912.
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2906810
Bremges, A.; Schirmer, S.; Giegerich, R. (2010): Fine-tuning structural RNA alignments in the twilight zone BMC Bioinformatics,11:(1):222
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