17 Publikationen
-
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2916929Stolze, Y., Bremges, A., Maus, I., Pühler, A., Sczyrba, A. & Schlüter, A. (2018). Targeted in situ metatranscriptomics for selected taxa from mesophilic and thermophilic biogas plants. Microbial Biotechnology, 11(4), 667-679. Wiley-Blackwell. doi:10.1111/1751-7915.12982.
-
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2917037Verwaaijen, B., Wibberg, D., Nelkner, J., Gordin, M., Rupp, O., Winkler, A., Bremges, A., Blom, J., Grosch, R., Pühler, A. & Schlüter, A. (2018). Assembly of the Lactuca sativa, L. cv. Tizian draft genome sequence reveals differences within major resistance complex 1 as compared to the cv. Salinas reference genome. Journal of Biotechology, 267, 12-18. Elsevier Science Bv. doi:10.1016/j.jbiotec.2017.12.021.
-
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2914367Sczyrba, A., Hofmann, P., Belmann, P., Koslicki, D., Janssen, S., Dröge, J., Gregor, I., Majda, S., Fiedler, J., Dahms, E., Bremges, A., Fritz, A., Garrido-Oter, R., Jørgensen, T.S., Shapiro, N., Blood, P.D., Gurevich, A., Bai, Y., Turaev, D., DeMaere, M.Z., Chikhi, R., Nagarajan, N., Quince, C., Meyer, F., Balvočiūtė, M., Hansen, L.H., Sørensen, S.J., Chia, B.K.H., Denis, B., Froula, J.L., Wang, Z., Egan, R., Don Kang, D., Cook, J.J., Deltel, C., Beckstette, M., Lemaitre, C., Peterlongo, P., Rizk, G., Lavenier, D., Wu, Y.-W., Singer, S.W., Jain, C., Strous, M., Klingenberg, H., Meinicke, P., Barton, M.D., Lingner, T., Lin, H.-H., Liao, Y.-C., Silva, G.G.Z., Cuevas, D.A., Edwards, R.A., Saha, S., Piro, V.C., Renard, B.Y., Pop, M., Klenk, H.-P., Göker, M., Kyrpides, N.C., Woyke, T., Vorholt, J.A., Schulze-Lefert, P., Rubin, E.M., Darling, A.E., Rattei, T. & McHardy, A.C. (2017). Critical Assessment of Metagenome Interpretation—a benchmark of metagenomics software. Nature Methods, 14(11), 1063-1071. Springer Nature. doi:10.1038/nmeth.4458.
-
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2915516Maus, I., Bremges, A., Stolze, Y., Hahnke, S., Cibis, K.G., Koeck, D.E., Kim, Y.S., Kreubel, J., Hassa, J., Wibberg, D., Weimann, A., Off, S., Stantscheff, R., Zverlov, V.V., Schwarz, W.H., König, H., Liebl, W., Scherer, P., McHardy, A.C., Sczyrba, A., Klocke, M., Pühler, A. & Schlüter, A. (2017). Genomics and prevalence of bacterial and archaeal isolates from biogas-producing microbiomes. Biotechnology for Biofuels, 10(1): 264. Springer Nature. doi:10.1186/s13068-017-0947-1.
-
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2905260Maus, I., Koeck, D.E., Cibis, K.G., Hahnke, S., Kim, Y.S., Langer, T., Kreubel, J., Erhard, M., Bremges, A., Off, S., Stolze, Y., Jaenicke, S., Goesmann, A., Sczyrba, A., Scherer, P., König, H., Schwarz, W.H., Zverlov, V.V., Liebl, W., Pühler, A., Schlüter, A. & Klocke, M. (2016). Unraveling the microbiome of a thermophilic biogas plant by metagenome and metatranscriptome analysis complemented by characterization of bacterial and archaeal isolates. Biotechnology for Biofuels, 9(1): 171. Springer Nature. doi:10.1186/s13068-016-0581-3.
-
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901729Bremges, A., Singer, E., Woyke, T. & Sczyrba, A. (2016). MeCorS: Metagenome-enabled error correction of single cell sequencing reads. Bioinformatics, 32(14), 2199-2201. Oxford University Press (OUP). doi:10.1093/bioinformatics/btw144.
-
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2904815Stolze, Y., Bremges, A., Rumming, M., Henke, C., Maus, I., Pühler, A., Sczyrba, A. & Schlüter, A. (2016). Identification and genome reconstruction of abundant distinct taxa in microbiomes from one thermophilic and three mesophilic production-scale biogas plants. Biotechnology for Biofuels, 9(1): 156. Springer Nature. doi:10.1186/s13068-016-0565-3.
-
-
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2903489Maus, I., Cibis, K.G., Bremges, A., Stolze, Y., Wibberg, D., Tomazetto, G., Blom, J., Sczyrba, A., König, H., Pühler, A. & Schlüter, A. (2016). Genomic characterization of Defluviitoga tunisiensis L3, a key hydrolytic bacterium in a thermophilic biogas plant and its abundance as determined by metagenome fragment recruitment. Journal of Biotechnology, 232, 50-60. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2016.05.001.
-
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2903302Wibberg, D., Bremges, A., Dammann-Kalinowski, T., Maus, I., Igeño, M.I., Vogelsang, R., König, C., Luque-Almagro, V.M., Roldán, M.D., Sczyrba, A., Moreno-Vivián, C., Blasco, R., Pühler, A. & Schlüter, A. (2016). Finished genome sequence and methylome of the cyanide-degrading Pseudomonas pseudoalcaligenes strain CECT5344 as resolved by single-molecule real-time sequencing. Journal of Biotechnology, 232, 61-68. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2016.04.008.
-
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2904234Ortseifen, V., Stolze, Y., Maus, I., Sczyrba, A., Bremges, A., Albaum, S., Jaenicke, S., Fracowiak, J., Pühler, A. & Schlüter, A. (2016). An integrated metagenome and -proteome analysis of the microbial community residing in a biogas production plant. Journal of Biotechnology, 231, 268-279. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2016.06.014.
-
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2764906Bremges, A., Maus, I., Belmann, P., Eikmeyer, F.G., Winkler, A., Albersmeier, A., Pühler, A., Schlüter, A. & Sczyrba, A. (2015). Deeply sequenced metagenome and metatranscriptome of a biogas-producing microbial community from an agricultural production-scale biogas plant. GigaScience, 4(1): 33. Oxford University Press. doi:10.1186/s13742-015-0073-6.
-
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2782501Belmann, P., Dröge, J., Bremges, A., McHardy, A.C., Sczyrba, A. & Barton, M.D. (2015). Bioboxes: standardised containers for interchangeable bioinformatics software. GigaScience, 4(1): 47. Biomed Central. doi:10.1186/s13742-015-0087-0.
-
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2762833Kohrs, F., Wolter, S., Benndorf, D., Heyer, R., Hoffmann, M., Rapp, E., Bremges, A., Sczyrba, A., Schlüter, A. & Reichl, U. (2015). Fractionation of biogas plant sludge material improves metaproteomic characterization to investigate metabolic activity of microbial communities. Proteomics, 15(20), 3585-3589. Wiley. doi:10.1002/pmic.201400557.
-
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2662055Wibberg, D., Luque-Almagro, V.M., Igeño, M.I., Bremges, A., Roldán, M.D., Merchán, F., Sáez, L.P., Guijo, M.I., Manso, M.I., Macías, D., Cabello, P., Becerra, G., Ibáñez, M.I., Carmona, M.I., Escribano, M.P., Castillo, F., Sczyrba, A., Moreno-Vivián, C., Blasco, R., Pühler, A. & Schlüter, A. (2014). Complete genome sequence of the cyanide-degrading bacterium Pseudomonas pseudoalcaligenes CECT5344. Journal of biotechnology, 175, 67-68. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2014.02.004.
-
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2645192Gillett, A., Bergman, P., Parsa, R., Bremges, A., Giegerich, R. & Jagodic, M. (2013). A Silent Exonic SNP in Kdm3a Affects Nucleic Acids Structure but Does Not Regulate Experimental Autoimmune Encephalomyelitis. Plos One, 8(12): e81912. Public Library of Science (PLoS). doi:10.1371/journal.pone.0081912.
-