22 Publikationen

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[22]
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2782605
Rupp, O.; Brinkrolf, K.; Buerth, C.; Kunigo, M.; Schneider, J.; Jaenicke, S.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Jaeger, K. - E.; Ernst, J. F. (2015): The structure of the Cyberlindnera jadinii genome and its relation to Candida utilis analyzed by the occurrence of single nucleotide polymorphisms Journal of Biotechnology,211: 20-30.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[21]
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900131
Pauli, M.; Chakarov, N.; Rupp, O.; Kalinowski, J.; Goesmann, A.; Sorenson, M.; Krüger, O.; Hoffman, J. (2015): De novo assembly of the dual transcriptomes of a polymorphic raptor species and its malarial parasite BMC Genomics,16:1038
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[20]
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2718773
Wippermann, A.; Rupp, O.; Brinkrolf, K.; Hoffrogge, R.; Noll, T. (2015): The DNA methylation landscape of Chinese hamster ovary (CHO) DP-12 cells Journal of Biotechnology,199: 38-46.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[19]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2633946
Caspers, B.; Krause, E. T.; Hendrix, R.; Kopp, M.; Rupp, O.; Rosentreter, K.; Steinfartz, S. (2014): The more the better - polyandry and genetic similarity are positively linked to reproductive success in a natural population of terrestrial salamanders (Salamandra salamandra) Molecular Ecology,23: 239-250.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[18]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2656819
Wippermann, A.; Klausing, S.; Rupp, O.; Albaum, S.; Büntemeyer, H.; Noll, T.; Hoffrogge, R. (2014): Establishment of a CpG island microarray for analyses of genome-wide DNA methylation in Chinese hamster ovary cells Applied Microbiology and Biotechnology,98:(2): 579-589.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[17]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2676552
Becker, J.; Timmermann, C.; Rupp, O.; Albaum, S.; Brinkrolf, K.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Tauch, A.; Noll, T. (2014): Transcriptome analyses of CHO cells with the next-generation microarray CHO41K: Development and validation by analysing the influence of the growth stimulating substance IGF-1 substitute LongR(3.) Journal of biotechnology,178: 23-31.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[16]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2656773
Rupp, O.; Becker, J.; Brinkrolf, K.; Timmermann, C.; Borth, N.; Pühler, A.; Noll, T.; Goesmann, A. (2014): Construction of a Public CHO Cell Line Transcript Database Using Versatile Bioinformatics Analysis Pipelines PLoS ONE,9:(1): e85568.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[15]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2643946
Dohm, J. C.; Minoche, A. E.; Holtgräwe, D.; Capella-Gutiérrez, S.; Zakrzewski, F.; Tafer, H.; Rupp, O.; Rosleff Sörensen, T.; Stracke, R.; Reinhardt, R.; Goesmann, A.; Kraft, T.; Schulz, B.; Stadler, P. F.; Schmidt, T.; Gabaldón, T.; Lehrach, H.; Weisshaar, B.; Himmelbauer, H. (2014): The genome of the recently domesticated crop plant sugar beet (Beta vulgaris) Nature,505:(7484): 546-549.
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[14]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2693310
Wibberg, D.; Jelonek, L.; Rupp, O.; Kröber, M.; Goesmann, A.; Grosch, R.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2014): Transcriptome analysis of the phytopathogenic fungus Rhizoctonia solani AG1-IB 7/3/14 applying high-throughput sequencing of expressed sequence tags (ESTs) Fungal Biology,118:(9-10): 800-813.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[13]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2634909
Drechsler, A.; Geller, D.; Freund, K.; Schmeller, D. S.; Künzel, S.; Rupp, O.; Loyau, A.; Denoël, M.; Valbuena-Ureña, E.; Steinfartz, S. (2013): What remains from a 454 run: estimation of success rates of microsatellite loci development in selected newt species (Calotriton asper, Lissotriton helveticus, and Triturus cristatus) and comparison with Illumina-based approaches Ecology and Evolution,3:(11): 3947-3957.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[12]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2549908
Wibberg, D.; Jelonek, L.; Rupp, O.; Kröber, M.; Eikmeyer, F. G.; Goesmann, A.; Hartmann, A.; Borriss, R.; Grosch, R.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2013): Establishment and interpretation of the genome sequence of the phytopathogenic fungus Rhizoctonia solani AG1-IB isolate 7/3/14 Journal of Biotechnology,167:(2): 142-155.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[11]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2606943
Vences, M.; Hauswaldt, S.; Steinfartz, S.; Rupp, O.; Goesmann, A.; Künzel, S.; Orozco-Terwengel, P.; Vieites, D. R.; Nieto-Roman, S.; Haas, S.; Laugsch, C.; Gehara, M.; Bruchmann, S.; Pabijan, M.; Ludewig, A. - K.; Rudert, D.; Angelini, C.; Borkin, L. J.; Crochet, P. - A.; Crottini, A.; Dubois, A.; Ficetola, G. F.; Galán, P.; Geniez, P.; Hachtel, M.; Jovanovic, O.; Litvinchuk, S. N.; Lymberakis, P.; Ohler, A.; Smirnov, N. A. (2013): Radically different phylogeographies and patterns of genetic variation in two European brown frogs, genus Rana Molecular phylogenetics and evolution,68:(3): 657-670.
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[10]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2615581
Brinkrolf, K.; Rupp, O.; Laux, H.; Kollin, F.; Ernst, W.; Linke, B.; Kofler, R.; Romand, S.; Hesse, F.; Budach, W. E.; Galosy, S.; Müller, D.; Noll, T.; Wienberg, J.; Jostock, T.; Leonard, M.; Grillari, J.; Tauch, A.; Goesmann, A.; Helk, B.; Mott, J. E.; Pühler, A.; Borth, N. (2013): Chinese hamster genome sequenced from sorted chromosomes Nature Biotechnology,31:(8): 694-695.
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[9]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2645668
Bogen, C.; Al-Dilaimi, A.; Albersmeier, A.; Wichmann, J.; Grundmann, M.; Rupp, O.; Lauersen, K. J.; Blifernez-Klassen, O.; Kalinowski, J.; Goesmann, A.; Mussgnug, J. H.; Kruse, O. (2013): Reconstruction of the lipid metabolism for the microalga Monoraphidium neglectum from its genome sequence reveals characteristics suitable for biofuel production BMC Genomics,14:(1): 926.
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[8]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2529202
Zakrzewski, M.; Bekel, T.; Ander, C.; Pühler, A.; Rupp, O.; Stoye, J.; Schlüter, A.; Goesmann, A. (2013): MetaSAMS - A novel software platform for taxonomic classification, functional annotation and comparative analysis of metagenome datasets Journal of Biotechnology,167:(2): 156-165.
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[7]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2501364
Meleady, P.; Hoffrogge, R.; Henry, M.; Rupp, O.; Bort, J. H.; Clarke, C.; Brinkrolf, K.; Kelly, S.; Müller, B.; Doolan, P.; Hackl, M.; Beckmann, T.; Noll, T.; Grillari, J.; Barron, N.; Pühler, A.; Clynes, M.; Borth, N. (2012): Utilization and evaluation of CHO-specific sequence databases for mass spectrometry based proteomics Biotechnology and Bioengineering,109:(6): 1386-1394.
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[6]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2474002
Schneider, J.; Rupp, O.; Trost, E.; Jaenicke, S.; Passoth, V.; Goesmann, A.; Tauch, A.; Brinkrolf, K. (2012): Genome sequence of Wickerhamomyces anomalus DSM 6766 reveals genetic basis of biotechnologically important antimicrobial activities FEMS Yeast Research,12:(3): 382-386.
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[5]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2478526
Hackl, M.; Jadhav, V.; Jakobi, T.; Rupp, O.; Brinkrolf, K.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Noll, T.; Borth, N.; Grillari, J. (2012): Computational identification of microRNA gene loci and precursor microRNA sequences in CHO cell lines Journal of Biotechnology,158:(3): 151-155.
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[4]
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2354731
Wibberg, D.; Blom, J.; Jaenicke, S.; Kollin, F.; Rupp, O.; Scharf, B.; Schneiker-Bekel, S.; Szczepanowski, R.; Goesmann, A.; Setubal, J. C.; Schmitt, R.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2011): Complete genome sequencing of Agrobacterium sp. H13-3, the former Rhizobium lupini H13-3, reveals a tripartite genome consisting of a circular and a linear chromosome and an accessory plasmid but lacking a tumor-inducing Ti-plasmid Journal of Biotechnology,155:(1): 50-62.
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[3]
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2396576
Becker, J.; Hackel, M.; Jakobi, T.; Rupp, O.; Schneider, J.; Szczepanowski, R.; Bekel, T.; Borth, N.; Goesmann, A.; Grillari, J.; Kaltschmidt, C.; Noll, T.; Pühler, A.; Tauch, A.; Brinkrolf, K. (2011): Unraveling the Chinese hamster ovary cell line transcriptome by next-generation sequencing Journal of Biotechnology,156:(3): 227-235.
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[2]
2011 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2453768
Becker, J.; Timmermann, C.; Jakobi, T.; Rupp, O.; Szczepanowski, R.; Hackl, M.; Goesmann, A.; Tauch, A.; Borth, N.; Grillari, J.; Pühler, A.; Noll, T.; Brinkrolf, K. (2011): Next-generation sequencing of the CHO cell transcriptome, In: Hansjörg Hauser (Hrsg.), BMC Proceedings,5:(Suppl. 8): P6.
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[1]
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1634447
Bekel, T.; Henckel, K.; Küster, H.; Meyer, F.; Mittard-Runte, V.; Neuweger, H.; Paarmann, D.; Rupp, O.; Zakrzewski, M.; Pühler, A.; Stoye, J.; Goesmann, A. (2009): The Sequence Analysis and Management System - SAMS-2.0: Data management and sequence analysis adapted to changing requirements from traditional sanger sequencing to ultrafast sequencing technologies Journal of Biotechnology,140:(1-2): 3-12.
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2782605
Rupp, O.; Brinkrolf, K.; Buerth, C.; Kunigo, M.; Schneider, J.; Jaenicke, S.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Jaeger, K. - E.; Ernst, J. F. (2015): The structure of the Cyberlindnera jadinii genome and its relation to Candida utilis analyzed by the occurrence of single nucleotide polymorphisms Journal of Biotechnology,211: 20-30.
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[21]
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900131
Pauli, M.; Chakarov, N.; Rupp, O.; Kalinowski, J.; Goesmann, A.; Sorenson, M.; Krüger, O.; Hoffman, J. (2015): De novo assembly of the dual transcriptomes of a polymorphic raptor species and its malarial parasite BMC Genomics,16:1038
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[20]
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2718773
Wippermann, A.; Rupp, O.; Brinkrolf, K.; Hoffrogge, R.; Noll, T. (2015): The DNA methylation landscape of Chinese hamster ovary (CHO) DP-12 cells Journal of Biotechnology,199: 38-46.
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[19]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2633946
Caspers, B.; Krause, E. T.; Hendrix, R.; Kopp, M.; Rupp, O.; Rosentreter, K.; Steinfartz, S. (2014): The more the better - polyandry and genetic similarity are positively linked to reproductive success in a natural population of terrestrial salamanders (Salamandra salamandra) Molecular Ecology,23: 239-250.
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[18]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2656819
Wippermann, A.; Klausing, S.; Rupp, O.; Albaum, S.; Büntemeyer, H.; Noll, T.; Hoffrogge, R. (2014): Establishment of a CpG island microarray for analyses of genome-wide DNA methylation in Chinese hamster ovary cells Applied Microbiology and Biotechnology,98:(2): 579-589.
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[17]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2676552
Becker, J.; Timmermann, C.; Rupp, O.; Albaum, S.; Brinkrolf, K.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Tauch, A.; Noll, T. (2014): Transcriptome analyses of CHO cells with the next-generation microarray CHO41K: Development and validation by analysing the influence of the growth stimulating substance IGF-1 substitute LongR(3.) Journal of biotechnology,178: 23-31.
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[16]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2656773
Rupp, O.; Becker, J.; Brinkrolf, K.; Timmermann, C.; Borth, N.; Pühler, A.; Noll, T.; Goesmann, A. (2014): Construction of a Public CHO Cell Line Transcript Database Using Versatile Bioinformatics Analysis Pipelines PLoS ONE,9:(1): e85568.
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[15]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2643946
Dohm, J. C.; Minoche, A. E.; Holtgräwe, D.; Capella-Gutiérrez, S.; Zakrzewski, F.; Tafer, H.; Rupp, O.; Rosleff Sörensen, T.; Stracke, R.; Reinhardt, R.; Goesmann, A.; Kraft, T.; Schulz, B.; Stadler, P. F.; Schmidt, T.; Gabaldón, T.; Lehrach, H.; Weisshaar, B.; Himmelbauer, H. (2014): The genome of the recently domesticated crop plant sugar beet (Beta vulgaris) Nature,505:(7484): 546-549.
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[14]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2693310
Wibberg, D.; Jelonek, L.; Rupp, O.; Kröber, M.; Goesmann, A.; Grosch, R.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2014): Transcriptome analysis of the phytopathogenic fungus Rhizoctonia solani AG1-IB 7/3/14 applying high-throughput sequencing of expressed sequence tags (ESTs) Fungal Biology,118:(9-10): 800-813.
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[13]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2634909
Drechsler, A.; Geller, D.; Freund, K.; Schmeller, D. S.; Künzel, S.; Rupp, O.; Loyau, A.; Denoël, M.; Valbuena-Ureña, E.; Steinfartz, S. (2013): What remains from a 454 run: estimation of success rates of microsatellite loci development in selected newt species (Calotriton asper, Lissotriton helveticus, and Triturus cristatus) and comparison with Illumina-based approaches Ecology and Evolution,3:(11): 3947-3957.
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[12]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2549908
Wibberg, D.; Jelonek, L.; Rupp, O.; Kröber, M.; Eikmeyer, F. G.; Goesmann, A.; Hartmann, A.; Borriss, R.; Grosch, R.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2013): Establishment and interpretation of the genome sequence of the phytopathogenic fungus Rhizoctonia solani AG1-IB isolate 7/3/14 Journal of Biotechnology,167:(2): 142-155.
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[11]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2606943
Vences, M.; Hauswaldt, S.; Steinfartz, S.; Rupp, O.; Goesmann, A.; Künzel, S.; Orozco-Terwengel, P.; Vieites, D. R.; Nieto-Roman, S.; Haas, S.; Laugsch, C.; Gehara, M.; Bruchmann, S.; Pabijan, M.; Ludewig, A. - K.; Rudert, D.; Angelini, C.; Borkin, L. J.; Crochet, P. - A.; Crottini, A.; Dubois, A.; Ficetola, G. F.; Galán, P.; Geniez, P.; Hachtel, M.; Jovanovic, O.; Litvinchuk, S. N.; Lymberakis, P.; Ohler, A.; Smirnov, N. A. (2013): Radically different phylogeographies and patterns of genetic variation in two European brown frogs, genus Rana Molecular phylogenetics and evolution,68:(3): 657-670.
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[10]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2615581
Brinkrolf, K.; Rupp, O.; Laux, H.; Kollin, F.; Ernst, W.; Linke, B.; Kofler, R.; Romand, S.; Hesse, F.; Budach, W. E.; Galosy, S.; Müller, D.; Noll, T.; Wienberg, J.; Jostock, T.; Leonard, M.; Grillari, J.; Tauch, A.; Goesmann, A.; Helk, B.; Mott, J. E.; Pühler, A.; Borth, N. (2013): Chinese hamster genome sequenced from sorted chromosomes Nature Biotechnology,31:(8): 694-695.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[9]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2645668
Bogen, C.; Al-Dilaimi, A.; Albersmeier, A.; Wichmann, J.; Grundmann, M.; Rupp, O.; Lauersen, K. J.; Blifernez-Klassen, O.; Kalinowski, J.; Goesmann, A.; Mussgnug, J. H.; Kruse, O. (2013): Reconstruction of the lipid metabolism for the microalga Monoraphidium neglectum from its genome sequence reveals characteristics suitable for biofuel production BMC Genomics,14:(1): 926.
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[8]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2529202
Zakrzewski, M.; Bekel, T.; Ander, C.; Pühler, A.; Rupp, O.; Stoye, J.; Schlüter, A.; Goesmann, A. (2013): MetaSAMS - A novel software platform for taxonomic classification, functional annotation and comparative analysis of metagenome datasets Journal of Biotechnology,167:(2): 156-165.
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[7]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2501364
Meleady, P.; Hoffrogge, R.; Henry, M.; Rupp, O.; Bort, J. H.; Clarke, C.; Brinkrolf, K.; Kelly, S.; Müller, B.; Doolan, P.; Hackl, M.; Beckmann, T.; Noll, T.; Grillari, J.; Barron, N.; Pühler, A.; Clynes, M.; Borth, N. (2012): Utilization and evaluation of CHO-specific sequence databases for mass spectrometry based proteomics Biotechnology and Bioengineering,109:(6): 1386-1394.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[6]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2474002
Schneider, J.; Rupp, O.; Trost, E.; Jaenicke, S.; Passoth, V.; Goesmann, A.; Tauch, A.; Brinkrolf, K. (2012): Genome sequence of Wickerhamomyces anomalus DSM 6766 reveals genetic basis of biotechnologically important antimicrobial activities FEMS Yeast Research,12:(3): 382-386.
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[5]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2478526
Hackl, M.; Jadhav, V.; Jakobi, T.; Rupp, O.; Brinkrolf, K.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Noll, T.; Borth, N.; Grillari, J. (2012): Computational identification of microRNA gene loci and precursor microRNA sequences in CHO cell lines Journal of Biotechnology,158:(3): 151-155.
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[4]
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2354731
Wibberg, D.; Blom, J.; Jaenicke, S.; Kollin, F.; Rupp, O.; Scharf, B.; Schneiker-Bekel, S.; Szczepanowski, R.; Goesmann, A.; Setubal, J. C.; Schmitt, R.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2011): Complete genome sequencing of Agrobacterium sp. H13-3, the former Rhizobium lupini H13-3, reveals a tripartite genome consisting of a circular and a linear chromosome and an accessory plasmid but lacking a tumor-inducing Ti-plasmid Journal of Biotechnology,155:(1): 50-62.
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[3]
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2396576
Becker, J.; Hackel, M.; Jakobi, T.; Rupp, O.; Schneider, J.; Szczepanowski, R.; Bekel, T.; Borth, N.; Goesmann, A.; Grillari, J.; Kaltschmidt, C.; Noll, T.; Pühler, A.; Tauch, A.; Brinkrolf, K. (2011): Unraveling the Chinese hamster ovary cell line transcriptome by next-generation sequencing Journal of Biotechnology,156:(3): 227-235.
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[2]
2011 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2453768
Becker, J.; Timmermann, C.; Jakobi, T.; Rupp, O.; Szczepanowski, R.; Hackl, M.; Goesmann, A.; Tauch, A.; Borth, N.; Grillari, J.; Pühler, A.; Noll, T.; Brinkrolf, K. (2011): Next-generation sequencing of the CHO cell transcriptome, In: Hansjörg Hauser (Hrsg.), BMC Proceedings,5:(Suppl. 8): P6.
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[1]
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1634447
Bekel, T.; Henckel, K.; Küster, H.; Meyer, F.; Mittard-Runte, V.; Neuweger, H.; Paarmann, D.; Rupp, O.; Zakrzewski, M.; Pühler, A.; Stoye, J.; Goesmann, A. (2009): The Sequence Analysis and Management System - SAMS-2.0: Data management and sequence analysis adapted to changing requirements from traditional sanger sequencing to ultrafast sequencing technologies Journal of Biotechnology,140:(1-2): 3-12.
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