Oliver Rupp
PEVZ-ID
23 Publikationen
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2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2957996Wibberg, D., Genzel, F., Verwaaijen, B., Blom, J., Rupp, O., Goesmann, A., Zrenner, R., Grosch, R., Pühler, A. & Schlüter, A. (2021). Genome Analyses of the Less Aggressive Rhizoctonia solani AG1-IB Isolates 1/2/21 and O8/2 Compared to the Reference AG1-IB Isolate 7/3/14. Journal of Fungi, 7(10): 832. MDPI AG. doi:10.3390/jof7100832.
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900131Pauli, M., Chakarov, N., Rupp, O., Kalinowski, J., Goesmann, A., Sorenson, M., Krüger, O. & Hoffman, J. (2015). De novo assembly of the dual transcriptomes of a polymorphic raptor species and its malarial parasite. BMC Genomics, 16(1): 1038. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/s12864-015-2254-1.
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2782605Rupp, O., Brinkrolf, K., Buerth, C., Kunigo, M., Schneider, J., Jaenicke, S., Goesmann, A., Pühler, A., Jaeger, K.-E. & Ernst, J.F. (2015). The structure of the Cyberlindnera jadinii genome and its relation to Candida utilis analyzed by the occurrence of single nucleotide polymorphisms. Journal of Biotechnology, 211, 20-30. Elsevier. doi:10.1016/j.jbiotec.2015.06.423.
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2718773Wippermann, A., Rupp, O., Brinkrolf, K., Hoffrogge, R. & Noll, T. (2015). The DNA methylation landscape of Chinese hamster ovary (CHO) DP-12 cells. Journal of Biotechnology, 199, 38-46. Elsevier. doi:10.1016/j.jbiotec.2015.01.014.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2633946Caspers, B., Krause, E.T., Hendrix, R., Kopp, M., Rupp, O., Rosentreter, K. & Steinfartz, S. (2014). The more the better - polyandry and genetic similarity are positively linked to reproductive success in a natural population of terrestrial salamanders (Salamandra salamandra). Molecular Ecology, 23(1), 239-250. Wiley-Blackwell. doi:10.1111/mec.12577.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2656819Wippermann, A., Klausing, S., Rupp, O., Albaum, S., Büntemeyer, H., Noll, T. & Hoffrogge, R. (2014). Establishment of a CpG island microarray for analyses of genome-wide DNA methylation in Chinese hamster ovary cells. Applied Microbiology and Biotechnology, 98(2), 579-589. Springer Science + Business Media. doi:10.1007/s00253-013-5282-2.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2643946Dohm, J.C., Minoche, A.E., Holtgräwe, D., Capella-Gutiérrez, S., Zakrzewski, F., Tafer, H., Rupp, O., Rosleff Sörensen, T., Stracke, R., Reinhardt, R., Goesmann, A., Kraft, T., Schulz, B., Stadler, P.F., Schmidt, T., Gabaldón, T., Lehrach, H., Weisshaar, B. & Himmelbauer, H. (2014). The genome of the recently domesticated crop plant sugar beet (Beta vulgaris). Nature, 505(7484), 546-549. Nature Publishing Group. doi:10.1038/nature12817.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2676552Becker, J., Timmermann, C., Rupp, O., Albaum, S., Brinkrolf, K., Goesmann, A., Pühler, A., Tauch, A. & Noll, T. (2014). Transcriptome analyses of CHO cells with the next-generation microarray CHO41K: Development and validation by analysing the influence of the growth stimulating substance IGF-1 substitute LongR(3.). Journal of biotechnology, 178, 23-31. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2014.02.021.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2656773Rupp, O., Becker, J., Brinkrolf, K., Timmermann, C., Borth, N., Pühler, A., Noll, T. & Goesmann, A. (2014). Construction of a Public CHO Cell Line Transcript Database Using Versatile Bioinformatics Analysis Pipelines. PLoS ONE, 9(1): e85568. Public Library of Science (PLoS). doi:10.1371/journal.pone.0085568.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2693310Wibberg, D., Jelonek, L., Rupp, O., Kröber, M., Goesmann, A., Grosch, R., Pühler, A. & Schlüter, A. (2014). Transcriptome analysis of the phytopathogenic fungus Rhizoctonia solani AG1-IB 7/3/14 applying high-throughput sequencing of expressed sequence tags (ESTs). Fungal Biology, 118(9-10), 800-813. Elsevier BV. doi:10.1016/j.funbio.2014.06.007.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2634909Drechsler, A., Geller, D., Freund, K., Schmeller, D.S., Künzel, S., Rupp, O., Loyau, A., Denoël, M., Valbuena-Ureña, E. & Steinfartz, S. (2013). What remains from a 454 run: estimation of success rates of microsatellite loci development in selected newt species (Calotriton asper, Lissotriton helveticus, and Triturus cristatus) and comparison with Illumina-based approaches. Ecology and Evolution, 3(11), 3947-3957. Wiley-Blackwell. doi:10.1002/ece3.764.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2549908Wibberg, D., Jelonek, L., Rupp, O., Kröber, M., Eikmeyer, F.G., Goesmann, A., Hartmann, A., Borriss, R., Grosch, R., Pühler, A. & Schlüter, A. (2013). Establishment and interpretation of the genome sequence of the phytopathogenic fungus Rhizoctonia solani AG1-IB isolate 7/3/14. Journal of Biotechnology, 167(2), 142-155. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2012.12.010.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2606943Vences, M., Hauswaldt, S., Steinfartz, S., Rupp, O., Goesmann, A., Künzel, S., Orozco-Terwengel, P., Vieites, D.R., Nieto-Roman, S., Haas, S., Laugsch, C., Gehara, M., Bruchmann, S., Pabijan, M., Ludewig, A.-K., Rudert, D., Angelini, C., Borkin, L.J., Crochet, P.-A., Crottini, A., Dubois, A., Ficetola, G.F., Galán, P., Geniez, P., Hachtel, M., Jovanovic, O., Litvinchuk, S.N., Lymberakis, P., Ohler, A. & Smirnov, N.A. (2013). Radically different phylogeographies and patterns of genetic variation in two European brown frogs, genus Rana. Molecular phylogenetics and evolution, 68(3), 657-670. Elsevier BV. doi:10.1016/j.ympev.2013.04.014.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2615581Brinkrolf, K., Rupp, O., Laux, H., Kollin, F., Ernst, W., Linke, B., Kofler, R., Romand, S., Hesse, F., Budach, W.E., Galosy, S., Müller, D., Noll, T., Wienberg, J., Jostock, T., Leonard, M., Grillari, J., Tauch, A., Goesmann, A., Helk, B., Mott, J.E., Pühler, A. & Borth, N. (2013). Chinese hamster genome sequenced from sorted chromosomes. Nature Biotechnology, 31(8), 694-695. Nature Publishing Group. doi:10.1038/nbt.2645.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2645668Bogen, C., Al-Dilaimi, A., Albersmeier, A., Wichmann, J., Grundmann, M., Rupp, O., Lauersen, K.J., Blifernez-Klassen, O., Kalinowski, J., Goesmann, A., Mussgnug, J.H. & Kruse, O. (2013). Reconstruction of the lipid metabolism for the microalga Monoraphidium neglectum from its genome sequence reveals characteristics suitable for biofuel production. BMC Genomics, 14(1): 926. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/1471-2164-14-926.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2529202Zakrzewski, M., Bekel, T., Ander, C., Pühler, A., Rupp, O., Stoye, J., Schlüter, A. & Goesmann, A. (2013). MetaSAMS - A novel software platform for taxonomic classification, functional annotation and comparative analysis of metagenome datasets. Journal of Biotechnology, 167(2), 156-165. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2012.09.013.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2501364Meleady, P., Hoffrogge, R., Henry, M., Rupp, O., Bort, J.H., Clarke, C., Brinkrolf, K., Kelly, S., Müller, B., Doolan, P., Hackl, M., Beckmann, T., Noll, T., Grillari, J., Barron, N., Pühler, A., Clynes, M. & Borth, N. (2012). Utilization and evaluation of CHO-specific sequence databases for mass spectrometry based proteomics. Biotechnology and Bioengineering, 109(6), 1386-1394. Wiley-Blackwell. doi:10.1002/bit.24476.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2474002Schneider, J., Rupp, O., Trost, E., Jaenicke, S., Passoth, V., Goesmann, A., Tauch, A. & Brinkrolf, K. (2012). Genome sequence of Wickerhamomyces anomalus DSM 6766 reveals genetic basis of biotechnologically important antimicrobial activities. FEMS Yeast Research, 12(3), 382-386. Oxford University Press (OUP). doi:10.1111/j.1567-1364.2012.00791.x.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2478526Hackl, M., Jadhav, V., Jakobi, T., Rupp, O., Brinkrolf, K., Goesmann, A., Pühler, A., Noll, T., Borth, N. & Grillari, J. (2012). Computational identification of microRNA gene loci and precursor microRNA sequences in CHO cell lines. Journal of Biotechnology, 158(3), 151-155. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2012.01.019.
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2011 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2453768Becker, J., Timmermann, C., Jakobi, T., Rupp, O., Szczepanowski, R., Hackl, M., Goesmann, A., Tauch, A., Borth, N., Grillari, J., Pühler, A., Noll, T. & Brinkrolf, K. (2011). Next-generation sequencing of the CHO cell transcriptome (BMC Proceedings). (H. Hauser, Hrsg.), 5(Suppl. 8), P6. Gehalten auf der 22nd European Society for Animal Cell Technology (ESACT) Meeting on Cell Based Technologies, BioMed Central. doi:10.1186/1753-6561-5-S8-P6.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2354731Wibberg, D., Blom, J., Jaenicke, S., Kollin, F., Rupp, O., Scharf, B., Schneiker-Bekel, S., Szczepanowski, R., Goesmann, A., Setubal, J.C., Schmitt, R., Pühler, A. & Schlüter, A. (2011). Complete genome sequencing of Agrobacterium sp. H13-3, the former Rhizobium lupini H13-3, reveals a tripartite genome consisting of a circular and a linear chromosome and an accessory plasmid but lacking a tumor-inducing Ti-plasmid. Journal of Biotechnology, 155(1), 50-62. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2011.01.010.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2396576Becker, J., Hackel, M., Jakobi, T., Rupp, O., Schneider, J., Szczepanowski, R., Bekel, T., Borth, N., Goesmann, A., Grillari, J., Kaltschmidt, C., Noll, T., Pühler, A., Tauch, A. & Brinkrolf, K. (2011). Unraveling the Chinese hamster ovary cell line transcriptome by next-generation sequencing. Journal of Biotechnology, 156(3), 227-235. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2011.09.014.
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1634447Bekel, T., Henckel, K., Küster, H., Meyer, F., Mittard-Runte, V., Neuweger, H., Paarmann, D., Rupp, O., Zakrzewski, M., Pühler, A., Stoye, J. & Goesmann, A. (2009). The Sequence Analysis and Management System - SAMS-2.0: Data management and sequence analysis adapted to changing requirements from traditional sanger sequencing to ultrafast sequencing technologies. Journal of Biotechnology, 140(1-2), 3-12. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2009.01.006.