Stefan Albaum

stefan.albaum@uni-bielefeld.de
ORCID logo https://orcid.org/0000-0002-1827-9914

PEVZ-ID
181902

41 Publikationen

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  • [41]
    2022 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2964311 OA
    K. Tzanakis, T. W. Nattkemper, K. Niehaus, and S. Albaum, “MetHoS: a platform for large-scale processing, storage and analysis of metabolomics data”, BMC Bioinformatics, 2022, 23, : 267.
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  • [40]
    2022 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2965966
    R. A. Paggi, S. Albaum, A. Poetsch, and M. Cerletti, “Proteome Turnover Analysis in Haloferax volcanii by a Heavy Isotope Multilabeling Approach”, Methods in Molecular Biology, 2022, 2522, 267-286.
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  • [39]
    2022 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2960640 OA
    A. Luenenschloss, F. ter Veld, S. Albaum, T. Neddermann, V. F. Wendisch, and A. Poetsch, “Functional genomics uncovers pleiotropic role of rhomboids in Corynebacterium glutamicum”, Frontiers in Microbiology, 2022, 13, : 771968.
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  • [38]
    2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2957358
    D. Lichtenstein, A. Mentz, H. Sprenger, F. F. Schmidt, S. Albaum, J. Kalinowski, H. Planatscher, T. O. Joos, O. Poetz, and A. Braeuning, “A targeted transcriptomics approach for the determination of mixture effects of pesticides”, Toxicology, 2021, 460, : 152892.
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  • [37]
    2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2949076 OA
    K. Sielemann, Z. Elbeck, A. Gärtner, A. Brodehl, C. Stanasiuk, H. Fox, L. Paluszkiewicz, J. Tiesmeier, S. Wlost, J. Gummert, et al., “Distinct Myocardial Transcriptomic Profiles of Cardiomyopathies Stratified by the Mutant Genes”, Genes, 2020, 11, : 1430.
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  • [36]
    2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2950242
    D. Lichtenstein, A. Mentz, F. F. Schmidt, C. Luckert, T. Buhrke, P. Marx-Stoelting, J. Kalinowski, S. Albaum, T. O. Joos, O. Poetz, et al., “Transcript and protein marker patterns for the identification of steatotic compounds in human HepaRG cells”, Food and Chemical Toxicology, 2020, 145, : 111690.
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  • [35]
    2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2941248
    A. Braeuning, A. Mentz, F. F. Schmidt, S. Albaum, H. Planatscher, J. Kalinowski, T. O. Joos, O. Poetz, and D. Lichtenstein, “RNA-PROTEIN CORRELATION OF LIVER TOXICITY MARKERS IN HEPARG CELLS”, EXCLI JOURNAL, 2020, 19, 135-153.
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  • [34]
    2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2936490
    B. Seeger, A. Mentz, C. Knebel, F. Schmidt, H. Bednarz, K. Niehaus, S. Albaum, J. Kalinowski, T. Noll, P. Steinberg, et al., “Assessment of mixture toxicity of (tri)azoles and their hepatotoxic effects in vitro by means of omics technologies.”, Archives of toxicology, 2019, 93, 2321-2333.
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  • [33]
    2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2933518
    L. F. Bischof, M. F. Haurat, L. Hoffmann, A. Albersmeier, J. Wolf, A. Neu, T. K. Pham, S. Albaum, T. Jakobi, S. Schouten, et al., “Early Response of Sulfolobus acidocaldarius to Nutrient Limitation”, FRONTIERS IN MICROBIOLOGY, 2019, 9, : 3201.
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  • [32]
    2019 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2937250
    L. Schelletter, S. Albaum, S. Walter, T. Noll, and R. Hoffrogge, “Clonal variations in CHO IGF signaling investigated by SILAC-based phosphoproteomics and LFQ-MS”, Applied microbiology and biotechnology, 2019, 103, 8127-8143.
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  • [31]
    2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2920330
    M. Robledo, J. - P. Schlueter, L. O. Loehr, U. Linne, S. Albaum, J. I. Jimenez-Zurdo, and A. Becker, “An sRNA and Cold Shock Protein Homolog-Based Feedforward Loop Post-transcriptionally Controls Cell Cycle Master Regulator CtrA”, FRONTIERS IN MICROBIOLOGY, 2018, 9, : 14.
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  • [30]
    2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919012
    S. Jaenicke, S. Albaum, P. Blumenkamp, B. Linke, J. Stoye, and A. Goesmann, “Flexible metagenome analysis using the MGX framework”, Microbiome, 2018, 6, : 76.
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  • [29]
    2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919065
    M. Cerletti, R. Paggi, C. Troetschel, M. Celeste Ferrari, C. R. Guevara, S. Albaum, A. Poetsch, and R. De Castro, “LonB Protease Is a Novel Regulator of Carotenogenesis Controlling Degradation of Phytoene Synthase in Haloferax volcanii”, JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH, 2018, 17, 1158-1171.
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  • [28]
    2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913556
    S. Jünemann, N. Kleinbölting, S. Jaenicke, C. Henke, J. Hassa, J. Nelkner, Y. Stolze, S. Albaum, A. Schlüter, A. Goesmann, et al., “Bioinformatics for NGS-based metagenomics and the application to biogas research”, Journal of Biotechnology, 2017, 261, 10-23.
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  • [27]
    2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2911396
    B. Müller, C. Heinrich, W. Jabs, S. Kaspar-Schönefeld, A. Schmidt, N. Wehmeier, S. Albaum, C. Baessmann, T. Noll, and R. Hoffrogge, “Label-free protein quantification of sodium butyrate treated CHO cells by ESI-UHR-TOF-MS”, Journal of Biotechnology, 2017, 257, 87-98.
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  • [26]
    2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2916543
    A. Harst, S. Albaum, T. Bojarzyn, C. Trötschel, and A. Poetsch, “Proteomics of FACS-sorted heterogeneous Corynebacterium glutamicum populations”, Journal of Proteomics, 2017, 160, 1-7.
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  • [25]
    2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2907705
    B. Brink, A. Seidel, N. Kleinbölting, T. W. Nattkemper, and S. Albaum, “Omics Fusion - A Platform for Integrative Analysis of Omics Data”, Journal of Integrative Bioinformatics, 2016, 13, : 296.
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  • [24]
    2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2907676 OA
    S. Jaenicke, B. Bunk, D. Wibberg, C. Spröer, L. Hersemann, J. Blom, A. Winkler, S. Schatschneider, S. Albaum, R. Kölliker, et al., “Complete Genome Sequence of the Barley Pathogen Xanthomonas translucens pv. translucens DSM 18974 T (ATCC 19319 T)”, Genome Announcements, 2016, 4, : e01334-16.
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  • [23]
    2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2904234
    V. Ortseifen, Y. Stolze, I. Maus, A. Sczyrba, A. Bremges, S. Albaum, S. Jaenicke, J. Fracowiak, A. Pühler, and A. Schlüter, “An integrated metagenome and -proteome analysis of the microbial community residing in a biogas production plant”, Journal of Biotechnology, 2016, 231, 268-279.
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  • [22]
    2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2761035
    M. Arnold, D. Wibberg, J. Blom, S. Schatschneider, A. Winkler, Y. Kutter, C. Rückert, A. Albersmeier, S. Albaum, A. Goesmann, et al., “Draft Genome Sequence of Pseudomonas aeruginosa Strain WS136, a Highly Cytotoxic ExoS-Positive Wound Isolate Recovered from Pyoderma Gangrenosum”, Genome announcements, 2015, 3, : e00680-15.
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  • [21]
    2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2722138 OA
    N. Kessler, A. Bonte, S. Albaum, P. Mäder, M. Messmer, A. Goesmann, K. Niehaus, G. Langenkämper, and T. W. Nattkemper, “Learning to classify organic and conventional wheat - a machine-learning driven approach using the MeltDB 2.0 metabolomics analysis platform”, Frontiers in Bioinformatics and Computational Biology, 2015, 3, : 35.
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  • [20]
    2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901297 OA
    D. Wibberg, O. Rupp, J. Blom, L. Jelonek, M. Kröber, B. Verwaaijen, A. Goesmann, S. Albaum, R. Grosch, A. Pühler, et al., “Development of a Rhizoctonia solani AG1-IB Specific Gene Model Enables Comparative Genome Analyses between Phytopathogenic R-solani AG1-IA, AG1-IB, AG3 and AG8 Isolates”, Plos One, 2015, 10, : e0144769.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [19]
    2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2718767
    M. Wingens, J. Gätgens, A. Schmidt, S. Albaum, H. Büntemeyer, T. Noll, and R. Hoffrogge, “2D-DIGE screening of high-productive CHO cells under glucose limitation — Basic changes in the proteome equipment and hints for epigenetic effects”, Journal of Biotechnology, 2015, 201, 86-97.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [18]
    2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2758122
    D. Wibberg, R. Alkhateeb, A. Winkler, A. Albersmeier, S. Schatschneider, S. Albaum, K. Niehaus, G. Hublik, A. Pühler, and F. - J. Vorhölter, “Draft genome of the xanthan producer Xanthomonas campestris NRRL B-1459 (ATCC 13951)”, Journal of Biotechnology, 2015, 204, 45-46.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [17]
    2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2656819
    A. Wippermann, S. Klausing, O. Rupp, S. Albaum, H. Büntemeyer, T. Noll, and R. Hoffrogge, “Establishment of a CpG island microarray for analyses of genome-wide DNA methylation in Chinese hamster ovary cells”, Applied Microbiology and Biotechnology, 2014, 98, 579-589.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [16]
    2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2689773
    S. Jünemann, K. Prior, A. Albersmeier, S. Albaum, J. Kalinowski, A. Goesmann, J. Stoye, and D. Harmsen, “GABenchToB: A Genome Assembly Benchmark Tuned on Bacteria and Benchtop Sequencers”, PLOS ONE, 2014, 9, : e107014.
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  • [15]
    2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2706029 OA
    N. Kessler, F. Walter, M. Persicke, S. Albaum, J. Kalinowski, A. Goesmann, K. Niehaus, and T. W. Nattkemper, “ALLocator: An Interactive Web Platform for the Analysis of Metabolomic LC-ESI-MS Datasets, Enabling Semi-Automated, User-Revised Compound Annotation and Mass Isotopomer Ratio Analysis”, PLoS ONE, 2014, 9, : e113909.
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  • [14]
    2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2676552
    J. Becker, C. Timmermann, O. Rupp, S. Albaum, K. Brinkrolf, A. Goesmann, A. Pühler, A. Tauch, and T. Noll, “Transcriptome analyses of CHO cells with the next-generation microarray CHO41K: Development and validation by analysing the influence of the growth stimulating substance IGF-1 substitute LongR(3.)”, Journal of biotechnology, 2014, 178, 23-31.
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  • [13]
    2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2561776
    C. Trötschel, S. Albaum, and A. Poetsch, “Proteome turnover in bacteria: current status for Corynebacterium glutamicum and related bacteria”, Microbial biotechnology, 2013, 6, 708-719.
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  • [12]
    2012 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2547531 OA
    S. Albaum, QuPE - An integrated bioinformatics platform for quantitative proteomics, Universität Bielefeld, Bielefeld, 2012.
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  • [11]
    2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2498232
    C. Trötschel, S. Albaum, D. Wolff, S. Schröder, A. Goesmann, T. W. Nattkemper, and A. Poetsch, “Protein turnover quantification in a multi-labeling approach - from data calculation to evaluation”, Molecular & Cellular Proteomics, 2012, 11, 512-526.
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  • [10]
    2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2300063 OA
    S. Albaum, H. Hahne, A. Otto, U. Haußmann, D. Becher, A. Poetsch, A. Goesmann, and T. W. Nattkemper, “A guide through the computational analysis of isotope-labeled mass spectrometry-based quantitative proteomics data: an application study”, Proteome Science, 2011, 9, : 30.
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  • [9]
    2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2451800 OA
    J. Toepel, S. Albaum, S. Arvidsson, A. Goesmann, M. La Russa, K. Rogge, and O. Kruse, “Construction and evaluation of a whole genome microarray of Chlamydomonas reinhardtii”, BMC Genomics, 2011, 12, : 579.
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  • [8]
    2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783813 OA
    H. Neuweger, M. Persicke, S. Albaum, T. Bekel, M. Dondrup, A. T. Hüser, J. Winnebald, J. Schneider, J. Kalinowski, and A. Goesmann, “Visualizing post genomics data-sets on customized pathway maps by ProMeTra – aeration-dependent gene expression and metabolism of Corynebacterium glutamicum as an example”, BMC Systems Biology, 2009, 3, : 82.
    PUB | PDF | DOI | PubMed | Europe PMC
     
  • [7]
    2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783187 OA
    J. Blom, S. Albaum, D. Doppmeier, A. Pühler, F. - J. Vorhölter, M. Zakrzewski, and A. Goesmann, “EDGAR: a software framework for the comparative analysis of prokaryotic genomes”, BMC Bioinformatics, 2009, 10, : 154.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [6]
    2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1635321 OA
    M. Dondrup, S. Albaum, T. Griebel, K. Henckel, S. Jünemann, T. Kahlke, C. K. Kleindt, H. Kuester, B. Linke, D. Mertens, et al., “EMMA 2-A MAGE-compliant system for the collaborative analysis and integration of microarray data”, BMC Bioinformatics, 2009, 10, : 50.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [5]
    2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589531
    S. Albaum, H. Neuweger, B. Fraenzel, S. Lange, D. Mertens, C. Troetschel, D. Wolters, J. Kalinowski, T. W. Nattkemper, and A. Goesmann, “Qupe-a Rich Internet Application to take a step forward in the analysis of mass spectrometry-based quantitative proteomics experiments”, Bioinformatics, 2009, 25, 3128-3134.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [4]
    2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1636699
    H. Neuweger, S. Albaum, M. Dondrup, M. Persicke, T. Watt, K. Niehaus, J. Stoye, and A. Goesmann, “MeltDB: a software platform for the analysis and integration of metabolomics experiment data”, Bioinformatics, 2008, 24, 2726-2732.
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  • [3]
    2008 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2018381
    S. Albaum, H. Neuweger, S. Lange, D. Mertens, K. Runte, J. Kalinowski, T. W. Nattkemper, and A. Goesmann, in HUPO 7th Annual World Congress, 2008.
    PUB
     
  • [2]
    2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783754 OA
    H. Neuweger, J. Baumbach, S. Albaum, T. Bekel, M. Dondrup, A. T. Hüser, J. Kalinowski, S. Oehm, A. Pühler, S. Rahmann, et al., “CoryneCenter: an online resource for the integrated analysis of corynebacterial genome and transcriptome data”, BMC Systems Biology, 2007, 1, : 55.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [1]
    2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773302 OA
    D. Bartels, S. Kespohl, S. Albaum, T. Drüke, A. Goesmann, J. Herold, O. Kaiser, A. Pühler, F. Pfeiffer, G. Raddatz, et al., “BACCardI - a tool for the validation of genomic assemblies, assisting genome finishing and intergenome comparison”, Bioinformatics, 2005, 21, 853-859.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
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