41 Publikationen
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2022 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2964311Tzanakis, K.; Nattkemper, T. W.; Niehaus, K.; Albaum, S. (2022): MetHoS: a platform for large-scale processing, storage and analysis of metabolomics data BMC Bioinformatics,23:(1):267PUB | PDF | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
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2022 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2965966Paggi, R. A.; Albaum, S.; Poetsch, A.; Cerletti, M. (2022): Proteome Turnover Analysis in Haloferax volcanii by a Heavy Isotope Multilabeling Approach Methods in Molecular Biology,2522: 267-286.PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
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2022 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2960640Luenenschloss, A.; ter Veld, F.; Albaum, S.; Neddermann, T.; Wendisch, V. F.; Poetsch, A. (2022): Functional genomics uncovers pleiotropic role of rhomboids in Corynebacterium glutamicum Frontiers in Microbiology,13:771968PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2957358Lichtenstein, D.; Mentz, A.; Sprenger, H.; Schmidt, F. F.; Albaum, S.; Kalinowski, J.; Planatscher, H.; Joos, T. O.; Poetz, O.; Braeuning, A. (2021): A targeted transcriptomics approach for the determination of mixture effects of pesticides Toxicology,460:152892PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2949076Sielemann, K.; Elbeck, Z.; Gärtner, A.; Brodehl, A.; Stanasiuk, C.; Fox, H.; Paluszkiewicz, L.; Tiesmeier, J.; Wlost, S.; Gummert, J.; Albaum, S.; Sielemann, J.; Knöll, R.; Milting, H. (2020): Distinct Myocardial Transcriptomic Profiles of Cardiomyopathies Stratified by the Mutant Genes Genes,11:(12):1430PUB | PDF | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
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2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2950242Lichtenstein, D.; Mentz, A.; Schmidt, F. F.; Luckert, C.; Buhrke, T.; Marx-Stoelting, P.; Kalinowski, J.; Albaum, S.; Joos, T. O.; Poetz, O.; Braeuning, A. (2020): Transcript and protein marker patterns for the identification of steatotic compounds in human HepaRG cells Food and Chemical Toxicology,145:111690PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2941248Braeuning, A.; Mentz, A.; Schmidt, F. F.; Albaum, S.; Planatscher, H.; Kalinowski, J.; Joos, T. O.; Poetz, O.; Lichtenstein, D. (2020): RNA-PROTEIN CORRELATION OF LIVER TOXICITY MARKERS IN HEPARG CELLS EXCLI JOURNAL,19: 135-153.PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2936490Seeger, B.; Mentz, A.; Knebel, C.; Schmidt, F.; Bednarz, H.; Niehaus, K.; Albaum, S.; Kalinowski, J.; Noll, T.; Steinberg, P.; Marx-Stoelting, P.; Heise, T. (2019): Assessment of mixture toxicity of (tri)azoles and their hepatotoxic effects in vitro by means of omics technologies. Archives of toxicology,93:(8): 2321-2333.PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2933518Bischof, L. F.; Haurat, M. F.; Hoffmann, L.; Albersmeier, A.; Wolf, J.; Neu, A.; Pham, T. K.; Albaum, S.; Jakobi, T.; Schouten, S.; Neumann-Schaal, M.; Wright, P. C.; Kalinowski, J.; Siebers, B.; Albers, S. - V. (2019): Early Response of Sulfolobus acidocaldarius to Nutrient Limitation FRONTIERS IN MICROBIOLOGY,9:3201PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2019 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2937250Schelletter, L.; Albaum, S.; Walter, S.; Noll, T.; Hoffrogge, R. (2019): Clonal variations in CHO IGF signaling investigated by SILAC-based phosphoproteomics and LFQ-MS Applied microbiology and biotechnology,103:(19): 8127-8143.PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2920330Robledo, M.; Schlueter, J. - P.; Loehr, L. O.; Linne, U.; Albaum, S.; Jimenez-Zurdo, J. I.; Becker, A. (2018): An sRNA and Cold Shock Protein Homolog-Based Feedforward Loop Post-transcriptionally Controls Cell Cycle Master Regulator CtrA FRONTIERS IN MICROBIOLOGY,9:14PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919012Jaenicke, S.; Albaum, S.; Blumenkamp, P.; Linke, B.; Stoye, J.; Goesmann, A. (2018): Flexible metagenome analysis using the MGX framework Microbiome,6:(1):76PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919065Cerletti, M.; Paggi, R.; Troetschel, C.; Celeste Ferrari, M.; Guevara, C. R.; Albaum, S.; Poetsch, A.; De Castro, R. (2018): LonB Protease Is a Novel Regulator of Carotenogenesis Controlling Degradation of Phytoene Synthase in Haloferax volcanii JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH,17:(3): 1158-1171.PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913556Jünemann, S.; Kleinbölting, N.; Jaenicke, S.; Henke, C.; Hassa, J.; Nelkner, J.; Stolze, Y.; Albaum, S.; Schlüter, A.; Goesmann, A.; Sczyrba, A.; Stoye, J. (2017): Bioinformatics for NGS-based metagenomics and the application to biogas research Journal of Biotechnology,261:(SI): 10-23.PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2911396Müller, B.; Heinrich, C.; Jabs, W.; Kaspar-Schönefeld, S.; Schmidt, A.; Wehmeier, N.; Albaum, S.; Baessmann, C.; Noll, T.; Hoffrogge, R. (2017): Label-free protein quantification of sodium butyrate treated CHO cells by ESI-UHR-TOF-MS Journal of Biotechnology,257: 87-98.PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2916543Harst, A.; Albaum, S.; Bojarzyn, T.; Trötschel, C.; Poetsch, A. (2017): Proteomics of FACS-sorted heterogeneous Corynebacterium glutamicum populations Journal of Proteomics,160: 1-7.PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2907705Brink, B.; Seidel, A.; Kleinbölting, N.; Nattkemper, T. W.; Albaum, S. (2016): Omics Fusion - A Platform for Integrative Analysis of Omics Data Journal of Integrative Bioinformatics,13:(4: SI):296PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2907676Jaenicke, S.; Bunk, B.; Wibberg, D.; Spröer, C.; Hersemann, L.; Blom, J.; Winkler, A.; Schatschneider, S.; Albaum, S.; Kölliker, R.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Overmann, J.; Vorhölter, F. - J. (2016): Complete Genome Sequence of the Barley Pathogen Xanthomonas translucens pv. translucens DSM 18974 T (ATCC 19319 T) Genome Announcements,4:(6):e01334-16PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2904234Ortseifen, V.; Stolze, Y.; Maus, I.; Sczyrba, A.; Bremges, A.; Albaum, S.; Jaenicke, S.; Fracowiak, J.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2016): An integrated metagenome and -proteome analysis of the microbial community residing in a biogas production plant Journal of Biotechnology,231: 268-279.PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2761035Arnold, M.; Wibberg, D.; Blom, J.; Schatschneider, S.; Winkler, A.; Kutter, Y.; Rückert, C.; Albersmeier, A.; Albaum, S.; Goesmann, A.; Zange, S.; Heesemann, J.; Pühler, A.; Hogardt, M.; Vorhölter, F. - J. (2015): Draft Genome Sequence of Pseudomonas aeruginosa Strain WS136, a Highly Cytotoxic ExoS-Positive Wound Isolate Recovered from Pyoderma Gangrenosum Genome announcements,3:(4):e00680-15PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2722138Kessler, N.; Bonte, A.; Albaum, S.; Mäder, P.; Messmer, M.; Goesmann, A.; Niehaus, K.; Langenkämper, G.; Nattkemper, T. W. (2015): Learning to classify organic and conventional wheat - a machine-learning driven approach using the MeltDB 2.0 metabolomics analysis platform Frontiers in Bioinformatics and Computational Biology,3:35PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901297Wibberg, D.; Rupp, O.; Blom, J.; Jelonek, L.; Kröber, M.; Verwaaijen, B.; Goesmann, A.; Albaum, S.; Grosch, R.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2015): Development of a Rhizoctonia solani AG1-IB Specific Gene Model Enables Comparative Genome Analyses between Phytopathogenic R-solani AG1-IA, AG1-IB, AG3 and AG8 Isolates Plos One,10:(12):e0144769PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2718767Wingens, M.; Gätgens, J.; Schmidt, A.; Albaum, S.; Büntemeyer, H.; Noll, T.; Hoffrogge, R. (2015): 2D-DIGE screening of high-productive CHO cells under glucose limitation — Basic changes in the proteome equipment and hints for epigenetic effects Journal of Biotechnology,201: 86-97.PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2758122Wibberg, D.; Alkhateeb, R.; Winkler, A.; Albersmeier, A.; Schatschneider, S.; Albaum, S.; Niehaus, K.; Hublik, G.; Pühler, A.; Vorhölter, F. - J. (2015): Draft genome of the xanthan producer Xanthomonas campestris NRRL B-1459 (ATCC 13951) Journal of Biotechnology,204: 45-46.PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2656819Wippermann, A.; Klausing, S.; Rupp, O.; Albaum, S.; Büntemeyer, H.; Noll, T.; Hoffrogge, R. (2014): Establishment of a CpG island microarray for analyses of genome-wide DNA methylation in Chinese hamster ovary cells Applied Microbiology and Biotechnology,98:(2): 579-589.PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2689773Jünemann, S.; Prior, K.; Albersmeier, A.; Albaum, S.; Kalinowski, J.; Goesmann, A.; Stoye, J.; Harmsen, D. (2014): GABenchToB: A Genome Assembly Benchmark Tuned on Bacteria and Benchtop Sequencers PLOS ONE,9:(9):e107014PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2706029Kessler, N.; Walter, F.; Persicke, M.; Albaum, S.; Kalinowski, J.; Goesmann, A.; Niehaus, K.; Nattkemper, T. W. (2014): ALLocator: An Interactive Web Platform for the Analysis of Metabolomic LC-ESI-MS Datasets, Enabling Semi-Automated, User-Revised Compound Annotation and Mass Isotopomer Ratio Analysis PLoS ONE,9:(11):e113909PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2676552Becker, J.; Timmermann, C.; Rupp, O.; Albaum, S.; Brinkrolf, K.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Tauch, A.; Noll, T. (2014): Transcriptome analyses of CHO cells with the next-generation microarray CHO41K: Development and validation by analysing the influence of the growth stimulating substance IGF-1 substitute LongR(3.) Journal of biotechnology,178: 23-31.PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2561776Trötschel, C.; Albaum, S.; Poetsch, A. (2013): Proteome turnover in bacteria: current status for Corynebacterium glutamicum and related bacteria Microbial biotechnology,6:(6): 708-719.PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2498232Trötschel, C.; Albaum, S.; Wolff, D.; Schröder, S.; Goesmann, A.; Nattkemper, T. W.; Poetsch, A. (2012): Protein turnover quantification in a multi-labeling approach - from data calculation to evaluation Molecular & Cellular Proteomics,11:(8): 512-526.PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2300063Albaum, S.; Hahne, H.; Otto, A.; Haußmann, U.; Becher, D.; Poetsch, A.; Goesmann, A.; Nattkemper, T. W. (2011): A guide through the computational analysis of isotope-labeled mass spectrometry-based quantitative proteomics data: an application study Proteome Science,9:(1):30PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2451800Toepel, J.; Albaum, S.; Arvidsson, S.; Goesmann, A.; La Russa, M.; Rogge, K.; Kruse, O. (2011): Construction and evaluation of a whole genome microarray of Chlamydomonas reinhardtii BMC Genomics,12:(1):579PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783813Neuweger, H.; Persicke, M.; Albaum, S.; Bekel, T.; Dondrup, M.; Hüser, A. T.; Winnebald, J.; Schneider, J.; Kalinowski, J.; Goesmann, A. (2009): Visualizing post genomics data-sets on customized pathway maps by ProMeTra – aeration-dependent gene expression and metabolism of Corynebacterium glutamicum as an example BMC Systems Biology,3:(1):82PUB | PDF | DOI | PubMed | Europe PMC
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783187Blom, J.; Albaum, S.; Doppmeier, D.; Pühler, A.; Vorhölter, F. - J.; Zakrzewski, M.; Goesmann, A. (2009): EDGAR: a software framework for the comparative analysis of prokaryotic genomes BMC Bioinformatics,10:(1):154PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1635321Dondrup, M.; Albaum, S.; Griebel, T.; Henckel, K.; Jünemann, S.; Kahlke, T.; Kleindt, C. K.; Kuester, H.; Linke, B.; Mertens, D.; Mittard-Runte, V.; Neuweger, H.; Runte, K. J.; Tauch, A.; Tille, F.; Pühler, A.; Goesmann, A. (2009): EMMA 2-A MAGE-compliant system for the collaborative analysis and integration of microarray data BMC Bioinformatics,10:(1):50PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589531Albaum, S.; Neuweger, H.; Fraenzel, B.; Lange, S.; Mertens, D.; Troetschel, C.; Wolters, D.; Kalinowski, J.; Nattkemper, T. W.; Goesmann, A. (2009): Qupe-a Rich Internet Application to take a step forward in the analysis of mass spectrometry-based quantitative proteomics experiments Bioinformatics,25:(23): 3128-3134.PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1636699Neuweger, H.; Albaum, S.; Dondrup, M.; Persicke, M.; Watt, T.; Niehaus, K.; Stoye, J.; Goesmann, A. (2008): MeltDB: a software platform for the analysis and integration of metabolomics experiment data Bioinformatics,24:(23): 2726-2732.PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2008 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2018381Albaum, S.; Neuweger, H.; Lange, S.; Mertens, D.; Runte, K.; Kalinowski, J.; Nattkemper, T. W.; Goesmann, A. (2008): ProSE - "Software as a Service" for Quantitative Proteomics (Poster abstract). In: HUPO 7th Annual World Congress.PUB
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2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783754Neuweger, H.; Baumbach, J.; Albaum, S.; Bekel, T.; Dondrup, M.; Hüser, A. T.; Kalinowski, J.; Oehm, S.; Pühler, A.; Rahmann, S.; Weile, J.; Goesmann, A. (2007): CoryneCenter: an online resource for the integrated analysis of corynebacterial genome and transcriptome data BMC Systems Biology,1:(1):55PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773302Bartels, D.; Kespohl, S.; Albaum, S.; Drüke, T.; Goesmann, A.; Herold, J.; Kaiser, O.; Pühler, A.; Pfeiffer, F.; Raddatz, G.; Stoye, J.; Meyer, F.; Schuster, S. C. (2005): BACCardI - a tool for the validation of genomic assemblies, assisting genome finishing and intergenome comparison Bioinformatics,21:(7): 853-859.PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC