PUB - Publikationen an der Universität Bielefeld

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  2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2694652

  Bonte, A.; Neuweger, H.; Goesmann, A.; Thonar, C.; Mäder, P.; Langenkämper, G.; Niehaus, K. (2014): Metabolite profiling on wheat grain to enable a distinction of samples from organic and conventional farming systems Journal of the science of food and agriculture,94:(13): 2605-2612.

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• [23]
  

  2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2699819

  Schatschneider, S.; Huber, C.; Neuweger, H.; Watt, T.; Pühler, A.; Eisenreich, W.; Wittmann, C.; Niehaus, K.; Vorhölter, F. - J. (2014): Metabolic flux pattern of glucose utilization by Xanthomonas campestris pv. campestris: prevalent role of the Entner-Doudoroff pathway and minor fluxes through the pentose phosphate pathway and glycolysis Molecular BioSystems,10:(10): 2663-2676.

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• [22]
  

  2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2517239

  Hoffmann, N.; Keck, M.; Neuweger, H.; Wilhelm, M.; Högy, P.; Niehaus, K.; Stoye, J. (2012): Combining peak- and chromatogram-based retention time alignment algorithms for multiple chromatography-mass spectrometry datasets BMC Bioinformatics,13:(1):21

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• [21]
  

  2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2500990

  Rose, M. T.; Rose, T. J.; Pariasca-Tanaka, J.; Yoshihashi, T.; Neuweger, H.; Goesmann, A.; Frei, M.; Wissuwa, M. (2012): Root metabolic response of rice (Oryza sativa L.) genotypes with contrasting tolerance to zinc deficiency and bicarbonate excess Planta,236:(4): 959-973.

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• [20]
  

  2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2405255

  Persicke, M.; Rückert, C.; Plassmeier, J.; Stutz, L.; Kessler, N.; Kalinowski, J.; Goesmann, A.; Neuweger, H. (2012): MSEA: metabolite set enrichment analysis in the MeltDB metabolomics software platform: metabolic profiling of Corynebacterium glutamicum as an example Metabolomics,8:(2): 310-322.

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• [19]
  

  2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2944855

  Persicke, M.; Plassmeier, J.; Neuweger, H.; Rückert, C.; Pühler, A.; Kalinowski, J. (2011): Erratum to “Size exclusion chromatography—An improved method to harvest Corynebacterium glutamicum cells for the analysis of cytosolic metabolites” [J. Biotechnol. 154 (2–3) (2011) 171–178] Journal of Biotechnology,155:(2): 266-267.

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• [18]
  

  2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2289494

  Persicke, M.; Plassmeier, J.; Neuweger, H.; Rückert, C.; Pühler, A.; Kalinowski, J. (2011): Size exclusion chromatography-An improved method to harvest Corynebacterium glutamicum cells for the analysis of cytosolic metabolites Journal of Biotechnology,154:(2-3): 171-178.

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• [17]
  

  2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2326445

  Schneider, J.; Blom, J.; Jaenicke, S.; Linke, B.; Brinkrolf, K.; Neuweger, H.; Tauch, A.; Goesmann, A. (2011): RAPYD - Rapid Annotation Platform for Yeast Data Journal of Biotechnology,155:(1): 118-126.

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• [16]
  

  2011 | Zeitschriftenaufsatz | Im Druck | PUB-ID: 2017892

  Schneiker-Bekel, S.; Wibberg, D.; Bekel, T.; Blom, J.; Linke, B.; Neuweger, H.; Stiens, M.; Vorhölter, F. - J.; Weidner, S.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Schlüter, A. (In Press): The complete genome sequence of the dominant Sinorhizobium meliloti field isolate SM11 extends the S. meliloti pan-genome Journal of Biotechnology,155:(1): 20-33.

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• [15]
  

  2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1929692

  Schneider, J.; Vorhölter, F. - J.; Trost, E.; Blom, J.; Musa, Y. R.; Neuweger, H.; Niehaus, K.; Schatschneider, S.; Tauch, A.; Goesmann, A. (2010): CARMEN - Comparative Analysis and in silico Reconstruction of organism-specific MEtabolic Networks Genetics and Molecular Research,9:(3): 1660-1672.

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• [14]
  

  2010 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1894907

  Mittard-Runte, V.; Bekel, T.; Blom, J.; Dondrup, M.; Henckel, K.; Jaenicke, S.; Krause, L.; Linke, B.; Neuweger, H.; Schneiker-Bekel, S.; Goesmann, A. (2010): Practical Guide: Genomic Techniques and How to Apply Them to Marine Questions. In: J. Mark Cock; Kristin Tessmar-Raible; Catherine Boyen; Frédérique Viard (Hrsg.): Introduction to Marine Genomics (Advances in Marine Genomics). Netherlands: Springer Netherlands. (1). S. 315-396.

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• [13]
  

  2009 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2301318

  Neuweger, H. (2009): MeltDB : a software platform for the analysis and integration of metabolomics experiment data. Bielefeld (Germany): Bielefeld University.

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• [12]
  

  2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783813

  Neuweger, H.; Persicke, M.; Albaum, S.; Bekel, T.; Dondrup, M.; Hüser, A. T.; Winnebald, J.; Schneider, J.; Kalinowski, J.; Goesmann, A. (2009): Visualizing post genomics data-sets on customized pathway maps by ProMeTra – aeration-dependent gene expression and metabolism of Corynebacterium glutamicum as an example BMC Systems Biology,3:(1):82

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• [11]
  

  2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1635321

  Dondrup, M.; Albaum, S.; Griebel, T.; Henckel, K.; Jünemann, S.; Kahlke, T.; Kleindt, C. K.; Kuester, H.; Linke, B.; Mertens, D.; Mittard-Runte, V.; Neuweger, H.; Runte, K. J.; Tauch, A.; Tille, F.; Pühler, A.; Goesmann, A. (2009): EMMA 2-A MAGE-compliant system for the collaborative analysis and integration of microarray data BMC Bioinformatics,10:(1):50

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• [10]
  

  2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589531

  Albaum, S.; Neuweger, H.; Fraenzel, B.; Lange, S.; Mertens, D.; Troetschel, C.; Wolters, D.; Kalinowski, J.; Nattkemper, T. W.; Goesmann, A. (2009): Qupe-a Rich Internet Application to take a step forward in the analysis of mass spectrometry-based quantitative proteomics experiments Bioinformatics,25:(23): 3128-3134.

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• [9]
  

  2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1634447

  Bekel, T.; Henckel, K.; Küster, H.; Meyer, F.; Mittard-Runte, V.; Neuweger, H.; Paarmann, D.; Rupp, O.; Zakrzewski, M.; Pühler, A.; Stoye, J.; Goesmann, A. (2009): The Sequence Analysis and Management System - SAMS-2.0: Data management and sequence analysis adapted to changing requirements from traditional sanger sequencing to ultrafast sequencing technologies Journal of Biotechnology,140:(1-2): 3-12.

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• [8]
  

  2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1636699

  Neuweger, H.; Albaum, S.; Dondrup, M.; Persicke, M.; Watt, T.; Niehaus, K.; Stoye, J.; Goesmann, A. (2008): MeltDB: a software platform for the analysis and integration of metabolomics experiment data Bioinformatics,24:(23): 2726-2732.

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• [7]
  

  2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1586009

  Krause, L.; Diaz, N. N.; Edwards, R. A.; Gartemann, K. - H.; Krömeke, H.; Neuweger, H.; Pühler, A.; Runte, K. J.; Schlüter, A.; Stoye, J.; Szczepanowski, R.; Tauch, A.; Goesmann, A. (2008): Taxonomic composition and gene content of a methane-producing microbial community isolated from a biogas reactor JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY,136:(1-2): 91-101.

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• [6]
  

  2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1585987

  Schlüter, A.; Bekel, T.; Diaz, N. N.; Dondrup, M.; Eichenlaub, R.; Gartemann, K. - H.; Krahn, I.; Krause, L.; Kroemeke, H.; Kruse, O.; Mussgnug, J. H.; Neuweger, H.; Niehaus, K.; Pühler, A.; Runte, K. J.; Szczepanowski, R.; Tauch, A.; Tilker, A.; Viehöver, P.; Goesmann, A. (2008): The metagenome of a biogas-producing microbial community of a production-scale biogas plant fermenter analysed by the 454-pyrosequencing technology Journal of Biotechnology,136:(1-2): 77-90.

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• [5]
  

  2008 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2018381

  Albaum, S.; Neuweger, H.; Lange, S.; Mertens, D.; Runte, K.; Kalinowski, J.; Nattkemper, T. W.; Goesmann, A. (2008): ProSE - "Software as a Service" for Quantitative Proteomics (Poster abstract). In: HUPO 7th Annual World Congress.

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• [4]
  

  2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783754

  Neuweger, H.; Baumbach, J.; Albaum, S.; Bekel, T.; Dondrup, M.; Hüser, A. T.; Kalinowski, J.; Oehm, S.; Pühler, A.; Rahmann, S.; Weile, J.; Goesmann, A. (2007): CoryneCenter: an online resource for the integrated analysis of corynebacterial genome and transcriptome data BMC Systems Biology,1:(1):55

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• [3]
  

  2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2382786

  Linke, B.; McHardy, A. C.; Neuweger, H.; Krause, L.; Meyer, F. (2006): The REGANOR gene prediction server for prokaryotic genomes and a database of high quality gene predictions for prokaryotes Applied Bioinformatics,5:(3): 193-198.

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• [2]
  

  2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773652

  Overbeek, R.; Begley, T.; Butler, R. M.; Choudhuri, J. V.; Chuang, H. - Y.; Cohoon, M.; Crécy-Lagard, V. de; Diaz, N. N.; Disz, T.; Edwards, R.; Fonstein, M.; Frank, E. D.; Gerdes, S.; Glass, E. M.; Goesmann, A.; Hanson, A.; Iwata-Reuyl, D.; Jensen, R.; Jamshidi, N.; Krause, L.; Kubal, M.; Larsen, N.; Linke, B.; McHardy, A. C.; Meyer, F.; Neuweger, H.; Olsen, G.; Olson, R.; Osterman, A.; Portnoy, V.; Pusch, G. D.; Rodionov, D. A.; Rückert, C.; Steiner, J.; Stevens, R.; Thiele, I.; Vassieva, O.; Ye, Y.; Zagnitko, O.; Vonstein, V. (2005): The subsystems approach to genome annotation and its use in the Project to Annotate 1000 Genomes Nucleic Acids Research,33:(17): 5691-5702.

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  2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773644

  Goesmann, A.; Linke, B.; Bartels, D.; Dondrup, M.; Krause, L.; Neuweger, H.; Oehm, S.; Paczian, T.; Wilke, A.; Meyer, F. (2005): BRIGEP - the BRIDGE-based genome-transcriptome-proteome browser Nucleic Acids Research,33:(Web Server): W710-W716.

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