76 Publikationen

Alle markieren

[76]
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2936223
Belmann, P.; Fischer, B.; Krüger, J.; Procházka, M.; Rasche, H.; Prinz, M.; Hanussek, M.; Lang, M.; Bartusch, F.; Gläßle, B.; Krüger, J.; Pühler, A.; Sczyrba, A. (2019): de.NBI Cloud federation through ELIXIR AAI F1000Research,8:842
PUB | PDF | DOI
 
[75]
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2935923
Nelkner, J.; Henke, C.; Lin, T. W.; Pätzold, W.; Hassa, J.; Jaenicke, S.; Grosch, R.; Pühler, A.; Sczyrba, A.; Schlüter, A. (2019): Effect of Long-Term Farming Practices on Agricultural Soil Microbiome Members Represented by Metagenomically Assembled Genomes (MAGs) and Their Predicted Plant-Beneficial Genes Genes,10:(6):424
PUB | PDF | DOI | Download (ext.) | PubMed | Europe PMC
 
[74]
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2934798
Pankoke, H.; Maus, I.; Loh, G.; Huser, A.; Seifert, J.; Tilker, A.; Hark, S.; Sczyrba, A.; Pelzer, S.; Kleinbolting, J. (2019): F5Evaluation of commercially available DNA extraction kits for the analysis of the broiler chicken cecal microbiota. FEMS microbiology letters
PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
 
[73]
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2933767
Fritz, A.; Hofmann, P.; Majda, S.; Dahms, E.; Dröge, J.; Fiedler, J.; Lesker, T. R.; Belmann, P.; DeMaere, M. Z.; Darling, A. E.; Sczyrba, A.; Bremges, A.; McHardy, A. C. (2019): CAMISIM: simulating metagenomes and microbial communities Microbiome,7:17
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[72]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2916929
Stolze, Y.; Bremges, A.; Maus, I.; Pühler, A.; Sczyrba, A.; Schlüter, A. (2018): Targeted in situ metatranscriptomics for selected taxa from mesophilic and thermophilic biogas plants Microbial Biotechnology,11:(4): 667-679.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[71]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2920777
Celis, J. S.; Wibberg, D.; Ramírez-Portilla, C.; Rupp, O.; Sczyrba, A.; Winkler, A.; Kalinowski, J.; Wilke, T. (2018): Binning Enables Efficient Host Genome Reconstruction in Cnidarian Holobionts GigaScience,7:(7):giy075
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[70]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2920723
Meyer, F.; Hofmann, P.; Belmann, P.; Garrido-Oter, R.; Fritz, A.; Sczyrba, A.; McHardy, A. C. (2018): AMBER: Assessment of Metagenome BinnERs GigaScience,giy069
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[69]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2930593
Linden, M.; Prochazka, M.; Lappalainen, I.; Bucik, D.; Vyskocil, P.; Kuba, M.; Silén, S.; Belmann, P.; Sczyrba, A.; Newhouse, S.; Matyska, L.; Nyrönen, T. (2018): Common ELIXIR Service for Researcher Authentication and Authorisation F1000Research,7:1199
PUB | DOI | Download (ext.) | PubMed | Europe PMC
 
[68]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2915890
Huang, L.; Krüger, J.; Sczyrba, A. (2018): Analyzing large scale genomic data on the cloud with Sparkhit Bioinformatics,34:(9): 1457-1465.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[67]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2920750
Maus, I.; Rumming, M.; Bergmann, I.; Heeg, K.; Pohl, M.; Nettmann, E.; Jaenicke, S.; Blom, J.; Pühler, A.; Schlüter, A.; Sczyrba, A.; Klocke, M. (2018): Characterization of Bathyarchaeota genomes assembled from metagenomes of biofilms residing in mesophilic and thermophilic biogas reactors Biotechnology for Biofuels,11:167
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[66]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2918275
Fleming, E. J.; Woyke, T.; Donatello, A. R.; Kuypers, M. M. M.; Sczyrba, A.; Littmann, S.; Emerson, D. (2018): Insights into the fundamental physiology of the uncultured Fe-oxidizing bacterium Leptothrix ochracea Applied and Environmental Microbiology,84:(9):e02239-17
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[65]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2914959
da Schoren Costa, P.; Bolzan de Campos, S.; Albersmeier, A.; Dirksen, P.; Pereira Dresseno, A. L.; Andrade Pais dos Santos, O. J.; Lima Milani, K. M.; Etto, R. M.; Battistus, A. G.; Peres Rodrigues da Costa, A. C.; Martinez de Oliveira, A. L.; Weigert Galvão, C.; Guimarães, V. F.; Sczyrba, A.; Wendisch, V. F.; Passaglia, L. (2018): Invasion ecology applied to inoculation of plant growth promoting bacteria through a novel SIMPER-PCA approach Plant and Soil,422:(1-2): 467-478.
PUB | DOI | WoS
 
[64]
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909153
Yu, J.; Blom, J.; Sczyrba, A.; Goesmann, A. (2017): Rapid protein alignment in the cloud: HAMOND combines fast DIAMOND alignments with Hadoop parallelism Journal of Biotechnology,257: 58-60.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[63]
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913556
Jünemann, S.; Kleinbölting, N.; Jaenicke, S.; Henke, C.; Hassa, J.; Nelkner, J.; Stolze, Y.; Albaum, S.; Schlüter, A.; Goesmann, A.; Sczyrba, A.; Stoye, J. (2017): Bioinformatics for NGS-based metagenomics and the application to biogas research Journal of Biotechnology,261:(SI): 10-23.
PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[62]
2017 | Datenpublikation | PUB-ID: 2914921
Huang, L.; Krüger, J.; Sczyrba, A. (2017): Sparkhit evaluation data set. Bielefeld University. doi:10.4119/unibi/2914921
PUB | Dateien verfügbar | DOI
 
[61]
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2915516
Maus, I.; Bremges, A.; Stolze, Y.; Hahnke, S.; Cibis, K. G.; Koeck, D. E.; Kim, Y. S.; Kreubel, J.; Hassa, J.; Wibberg, D.; Weimann, A.; Off, S.; Stantscheff, R.; Zverlov, V. V.; Schwarz, W. H.; König, H.; Liebl, W.; Scherer, P.; McHardy, A. C.; Sczyrba, A.; Klocke, M.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2017): Genomics and prevalence of bacterial and archaeal isolates from biogas-producing microbiomes Biotechnology for Biofuels,10:(1):264
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[60]
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2914367
Sczyrba, A.; Hofmann, P.; Belmann, P.; Koslicki, D.; Janssen, S.; Dröge, J.; Gregor, I.; Majda, S.; Fiedler, J.; Dahms, E.; Bremges, A.; Fritz, A.; Garrido-Oter, R.; Jørgensen, T. S.; Shapiro, N.; Blood, P. D.; Gurevich, A.; Bai, Y.; Turaev, D.; DeMaere, M. Z.; Chikhi, R.; Nagarajan, N.; Quince, C.; Meyer, F.; Balvočiūtė, M.; Hansen, L. H.; Sørensen, S. J.; Chia, B. K. H.; Denis, B.; Froula, J. L.; Wang, Z.; Egan, R.; Don Kang, D.; Cook, J. J.; Deltel, C.; Beckstette, M.; Lemaitre, C.; Peterlongo, P.; Rizk, G.; Lavenier, D.; Wu, Y. - W.; Singer, S. W.; Jain, C.; Strous, M.; Klingenberg, H.; Meinicke, P.; Barton, M. D.; Lingner, T.; Lin, H. - H.; Liao, Y. - C.; Silva, G. G. Z.; Cuevas, D. A.; Edwards, R. A.; Saha, S.; Piro, V. C.; Renard, B. Y.; Pop, M.; Klenk, H. - P.; Göker, M.; Kyrpides, N. C.; Woyke, T.; Vorholt, J. A.; Schulze-Lefert, P.; Rubin, E. M.; Darling, A. E.; Rattei, T.; McHardy, A. C. (2017): Critical Assessment of Metagenome Interpretation—a benchmark of metagenomics software Nature Methods,14:(11): 1063-1071.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[59]
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2904815
Stolze, Y.; Bremges, A.; Rumming, M.; Henke, C.; Maus, I.; Pühler, A.; Sczyrba, A.; Schlüter, A. (2016): Identification and genome reconstruction of abundant distinct taxa in microbiomes from one thermophilic and three mesophilic production-scale biogas plants Biotechnology for Biofuels,9:156
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[58]
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2907633
Lux, M.; Krüger, J.; Rinke, C.; Maus, I.; Schlüter, A.; Woyke, T.; Sczyrba, A.; Hammer, B. (2016): acdc – Automated Contamination Detection and Confidence estimation for single-cell genome data BMC Bioinformatics,17:543
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[57]
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2904836
Heyer, R.; Benndorf, D.; Kohrs, F.; De Vrieze, J.; Boon, N.; Hoffmann, M.; Rapp, E.; Schlüter, A.; Sczyrba, A.; Reichl, U. (2016): Proteotyping of biogas plant microbiomes separates biogas plants according to process temperature and reactor type Biotechnology for Biofuels,9:(1):155
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[56]
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2903489
Maus, I.; Cibis, K. G.; Bremges, A.; Stolze, Y.; Wibberg, D.; Tomazetto, G.; Blom, J.; Sczyrba, A.; König, H.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2016): Genomic characterization of Defluviitoga tunisiensis L3, a key hydrolytic bacterium in a thermophilic biogas plant and its abundance as determined by metagenome fragment recruitment Journal of Biotechnology,232: 50-60.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[55]
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2903302
Wibberg, D.; Bremges, A.; Dammann-Kalinowski, T.; Maus, I.; Igeño, M. I.; Vogelsang, R.; König, C.; Luque-Almagro, V. M.; Roldán, M. D.; Sczyrba, A.; Moreno-Vivián, C.; Blasco, R.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2016): Finished genome sequence and methylome of the cyanide-degrading Pseudomonas pseudoalcaligenes strain CECT5344 as resolved by single-molecule real-time sequencing Journal of Biotechnology,232: 61-68.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[54]
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2902190
Stiefel, F.; Fischer, S.; Sczyrba, A.; Otte, K.; Hesse, F. (2016): miRNA profiling of high, low and non-producing CHO cells during biphasic fed-batch cultivation reveals process relevant targets for host cell engineering Journal of Biotechnology,225: 31-43.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[53]
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901418
Campos, S. B.; Lisboa, B. B.; Camargo, F. A. O.; Bayer, C.; Sczyrba, A.; Dirksen, P.; Albersmeier, A.; Kalinowski, J.; Beneduzi, A.; Costa, P. B.; Passaglia, L. M. P.; Vargas, L. K.; Wendisch, V. F. (2016): Soil suppressiveness and its relations with the microbial community in a Brazilian subtropical agroecosystem under different management systems Soil Biology and Biochemistry,96: 191-197.
PUB | DOI | WoS
 
[52]
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901729
Bremges, A.; Singer, E.; Woyke, T.; Sczyrba, A. (2016): MeCorS: Metagenome-enabled error correction of single cell sequencing reads Bioinformatics,32:(14): 2199-2201.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[51]
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900928
Nesme, J.; Achouak, W.; Agathos, S.; Bailey, M.; Baldrian, P.; Brunel, D.; Frostegard, A.; Heulin, T.; Jansson, J. K.; Jurkevitch, E.; Kowalchuk, G. A.; Kruus, K. L.; Lagares, A.; Lapin-Scott, H. M.; Le Paslier, D.; ic-Mulec, I.; Murrell, C.; Myrold, D. D.; Nalin, R.; Nannipieri, P.; Neufeld, J. D.; O'Gara, F.; Parnell, J. J.; Pühler, A.; Pylro, V.; Ramos, J. L.; Roesch, L.; Schleper, C.; Schloter, M.; Sczyrba, A.; Sessitsch, A.; Sjöling, S.; Sørensen, J.; Sørensen, S. J.; Tebbe, C. C.; Topp, E.; Tsiamis, G.; Van Elsas, J. D.; Van Keulen, G.; Wagner, M.; Widmer, F.; Zhang, T.; Zhang, X.; Zhao, L.; Zhu, Y. - G.; Vogel, T. M.; Simonet, P. (2016): Back to the future of soil metagenomics Frontiers in Microbiology,7:73
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[50]
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901675
Krahn, T.; Wibberg, D.; Maus, I.; Winkler, A.; Bontron, S.; Sczyrba, A.; Nordmann, P.; Pühler, A.; Poirel, L.; Schlüter, A. (2016): Intraspecies transfer of the chromosomally encoded Acinetobacter baumannii blaNDM-1 carbapenemase gene. Antimicrobial Agents and Chemotherapy,60:(5): 3032-3040.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[49]
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2905260
Maus, I.; Koeck, D. E.; Cibis, K. G.; Hahnke, S.; Kim, Y. S.; Langer, T.; Kreubel, J.; Erhard, M.; Bremges, A.; Off, S.; Stolze, Y.; Jaenicke, S.; Goesmann, A.; Sczyrba, A.; Scherer, P.; König, H.; Schwarz, W. H.; Zverlov, V. V.; Liebl, W.; Pühler, A.; Schlüter, A.; Klocke, M. (2016): Unraveling the microbiome of a thermophilic biogas plant by metagenome and metatranscriptome analysis complemented by characterization of bacterial and archaeal isolates Biotechnology for Biofuels,9:(1):171
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[48]
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2904234
Ortseifen, V.; Stolze, Y.; Maus, I.; Sczyrba, A.; Bremges, A.; Albaum, S.; Jaenicke, S.; Fracowiak, J.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2016): An integrated metagenome and -proteome analysis of the microbial community residing in a biogas production plant Journal of Biotechnology,231: 268-279.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[47]
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2764906
Bremges, A.; Maus, I.; Belmann, P.; Eikmeyer, F. G.; Winkler, A.; Albersmeier, A.; Pühler, A.; Schlüter, A.; Sczyrba, A. (2015): Deeply sequenced metagenome and metatranscriptome of a biogas-producing microbial community from an agricultural production-scale biogas plant GigaScience,4:(1):33
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[46]
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2762833
Kohrs, F.; Wolter, S.; Benndorf, D.; Heyer, R.; Hoffmann, M.; Rapp, E.; Bremges, A.; Sczyrba, A.; Schlüter, A.; Reichl, U. (2015): Fractionation of biogas plant sludge material improves metaproteomic characterization to investigate metabolic activity of microbial communities Proteomics,15:(20): 3585-3589.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[45]
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2726183
Field, E. K.; Sczyrba, A.; Lyman, A. E.; Harris, C. C.; Woyke, T.; Stepanauskas, R.; Emerson, D. (2015): Genomic insights into the uncultivated marine Zetaproteobacteria at Loihi Seamount The ISME journal,9: 857-870.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[44]
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2782501
Belmann, P.; Dröge, J.; Bremges, A.; McHardy, A. C.; Sczyrba, A.; Barton, M. D. (2015): Bioboxes: standardised containers for interchangeable bioinformatics software GigaScience,4:47
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[43]
2015 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901612
Lux, M.; Sczyrba, A.; Hammer, B. (2015): Automatic discovery of metagenomic structure. In: 2015 International Joint Conference on Neural Networks (IJCNN). Institute of Electrical & Electronics Engineers (IEEE).
PUB | DOI
 
[42]
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2726156
Paul, B. G.; Bagby, S. C.; Czornyj, E.; Arambula, D.; Handa, S.; Sczyrba, A.; Ghosh, P.; Miller, J. F.; Valentine, D. L. (2015): Targeted diversity generation by intraterrestrial archaea and archaeal viruses Nature Communications,6: 6585.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[41]
2015 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901466
Osterholz, B.; Wiebke, P.; Fust, A.; Rumming, M.; Schlüter, A.; Sczyrba, A. (2015): A Bioinformatics Pipeline for the Detection of β-lactamase Genes in Metagenome Sequence Data and its Application to Production-Scale Biogas Plants. In: Julius Kühn-Institut, Bundesforschungsinstitut für Kulturpflanzen Institut für Epidemiologie und Pathogendiagnostik (Hrsg.): .
PUB
 
[40]
2015 | Report | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901613
Lux, M.; Hammer, B.; Sczyrba, A. (2015): Automated Contamination Detection in Single-Cell Sequencing. Cold Spring Harbor Laboratory Press.
PUB | DOI
 
[39]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2685992
Piao, H.; Lachman, M.; Malfatti, S.; Sczyrba, A.; Knierim, B.; Auer, M.; Tringe, S. G.; Mackie, R. I.; Yeoman, C. J.; Hess, M. (2014): Temporal dynamics of fibrolytic and methanogenic rumen microorganisms during in situ incubation of switchgrass determined by 16S rRNA gene profiling Frontiers in Microbiology,5:(307)
PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[38]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2654433
Kamke, J.; Rinke, C.; Schwientek, P.; Mavromatis, K.; Ivanova, N.; Sczyrba, A.; Woyke, T.; Hentschel, U. (2014): The Candidate Phylum Poribacteria by Single-Cell Genomics: New Insights into Phylogeny, Cell-Compartmentation, Eukaryote-Like Repeat Proteins, and Other Genomic Features PLoS ONE,9:(1):e87353
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[37]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2689051
Ghylin, T. W.; Garcia, S. L.; Moya, F.; Oyserman, B. O.; Schwientek, P.; Forest, K. T.; Mutschler, J.; Dwulit-Smith, J.; Chan, L. - K.; Martinez-Garcia, M.; Sczyrba, A.; Stepanauskas, R.; Grossart, H. - P.; Woyke, T.; Warnecke, F.; Malmstrom, R.; Bertilsson, S.; McMahon, K. D. (2014): Comparative single-cell genomics reveals potential ecological niches for the freshwater acI Actinobacteria lineage The ISME Journal,8:(12): 2503-2516.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[36]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2698163
Heins, R. A.; Cheng, X.; Nath, S.; Deng, K.; Bowen, B. P.; Chivian, D. C.; Datta, S.; Friedland, G. D.; D'Haeseleer, P.; Wu, D.; Tran-Gyamfi, M.; Scullin, C. S.; Singh, S.; Shi, W.; Hamilton, M. G.; Bendall, M. L.; Sczyrba, A.; Thompson, J.; Feldman, T.; Guenther, J. M.; Gladden, J. M.; Cheng, J. - F.; Adams, P. D.; Rubin, E. M.; Simmons, B. A.; Sale, K. L.; Northen, T. R.; Deutsch, S. (2014): Phylogenomically Guided Identification of Industrially Relevant GH1 β-Glucosidases through DNA Synthesis and Nanostructure-Initiator Mass Spectrometry ACS chemical biology,9:(9): 2082-2091.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[35]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2672695
Swan, B. K.; Chaffin, M. D.; Martinez-Garcia, M.; Morrison, H. G.; Field, E. K.; Poulton, N. J.; Masland, E. D. P.; Harris, C. C.; Sczyrba, A.; Chain, P. S. G.; Koren, S.; Woyke, T.; Stepanauskas, R. (2014): Genomic and metabolic diversity of marine group I thaumarchaeota in the mesopelagic of two subtropical gyres PloS one,9:(4): 95380.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[34]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2665333
Henrich, B.; Rumming, M.; Sczyrba, A.; Velleuer, E.; Dietrich, R.; Gerlach, W.; Gombert, M.; Rahn, S.; Stoye, J.; Borkhardt, A.; Fischer, U. (2014): Mycoplasma salivarium as a Dominant Coloniser of Fanconi Anaemia Associated Oral Carcinoma PLoS ONE,9:(3): e92297.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[33]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2662055
Wibberg, D.; Luque-Almagro, V. M.; Igeño, M. I.; Bremges, A.; Roldán, M. D.; Merchán, F.; Sáez, L. P.; Guijo, M. I.; Manso, M. I.; Macías, D.; Cabello, P.; Becerra, G.; Ibáñez, M. I.; Carmona, M. I.; Escribano, M. P.; Castillo, F.; Sczyrba, A.; Moreno-Vivián, C.; Blasco, R.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2014): Complete genome sequence of the cyanide-degrading bacterium Pseudomonas pseudoalcaligenes CECT5344 Journal of biotechnology,175: 67-68.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[32]
2013 | Konferenzbeitrag | PUB-ID: 2909357
Gisbrecht, A.; Hammer, B.; Mokbel, B.; Sczyrba, A. (2013): Nonlinear dimensionality reduction for cluster identification in metagenomic samples. In: IV. S. 174-179.
PUB
 
[31]
2013 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2623500
Gisbrecht, A.; Hammer, B.; Mokbel, B.; Sczyrba, A. (2013): Nonlinear dimensionality reduction for cluster identification in metagenomic samples. In: Ebad Banissi (Hrsg.): 17th International Conference on Information Visualisation IV 2013. S. 174-179.
PUB
 
[30]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2613567
Rinke, C.; Schwientek, P.; Sczyrba, A.; Ivanova, N. N.; Anderson, I. J.; Cheng, J. - F.; Darling, A.; Malfatti, S.; Swan, B. K.; Gies, E. A.; Dodsworth, J. A.; Hedlund, B. P.; Tsiamis, G.; Sievert, S. M.; Liu, W. - T.; Eisen, J. A.; Hallam, S. J.; Kyrpides, N. C.; Stepanauskas, R.; Rubin, E. M.; Hugenholtz, P.; Woyke, T. (2013): Insights into the phylogeny and coding potential of microbial dark matter Nature,499:(7459): 431-437.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[29]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2563424
Campbell, J. H.; O'Donoghue, P.; Campbell, A. G.; Schwientek, P.; Sczyrba, A.; Woyke, T.; Söll, D.; Podar, M. (2013): UGA is an additional glycine codon in uncultured SR1 bacteria from the human microbiota Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America,110:(14): 5540-5545.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[28]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2638234
Zaremba-Niedzwiedzka, K.; Viklund, J.; Zhao, W.; Ast, J.; Sczyrba, A.; Woyke, T.; McMahon, K.; Bertilsson, S.; Stepanauskas, R.; Andersson, S. G. (2013): Single-cell genomics reveal low recombination frequencies in freshwater bacteria of the SAR11 clade Genome biology,14:(11): R130.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[27]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2641352
Kamke, J.; Sczyrba, A.; Ivanova, N.; Schwientek, P.; Rinke, C.; Mavromatis, K.; Woyke, T.; Hentschel, U. (2013): Single-cell genomics reveals complex carbohydrate degradation patterns in poribacterial symbionts of marine sponges The ISME journal,7:(12): 2287-2300.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[26]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2563543
Campbell, A. G.; Campbell, J. H.; Schwientek, P.; Woyke, T.; Sczyrba, A.; Allman, S.; Beall, C. J.; Griffen, A.; Leys, E.; Podar, M. (2013): Multiple Single-Cell Genomes Provide Insight into Functions of Uncultured Deltaproteobacteria in the Human Oral Cavity PLoS ONE,8:(3):e59361
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[25]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2613623
Swan, B. K.; Tupper, B.; Sczyrba, A.; Lauro, F. M.; Martinez-Garcia, M.; González, J. M.; Luo, H.; Wright, J. J.; Landry, Z. C.; Hanson, N. W.; Thompson, B. P.; Poulton, N. J.; Schwientek, P.; Acinas, S. G.; Giovannoni, S. J.; Moran, M. A.; Hallam, S. J.; Cavicchioli, R.; Woyke, T.; Stepanauskas, R. (2013): Prevalent genome streamlining and latitudinal divergence of planktonic bacteria in the surface ocean Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America,110:(28): 11463-11468.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[24]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2518330
Garcia, S. L.; McMahon, K. D.; Martinez-Garcia, M.; Srivastava, A.; Sczyrba, A.; Stepanauskas, R.; Grossart, H. - P.; Woyke, T.; Warnecke, F. (2012): Metabolic potential of a single cell belonging to one of the most abundant lineages in freshwater bacterioplankton The ISME journal,7:(1): 137-147.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[23]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2547307
El-Kalioby, M.; Abouelhoda, M.; Krüger, J.; Giegerich, R.; Sczyrba, A.; Wall, D. P.; Tonellato, P. (2012): Personalized cloud-based bioinformatics services for research and education: use cases and the elasticHPC package BMC Bioinformatics,13:(Suppl 17): S22.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[22]
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2329885
Swan, B. K.; Martinez-Garcia, M.; Preston, C. M.; Sczyrba, A.; Woyke, T.; Lamy, D.; Reinthaler, T.; Poulton, N. J.; Masland, E. D. P.; Gomez, M. L.; Sieracki, M. E.; DeLong, E. F.; Herndl, G. J.; Stepanauskas, R. (2011): Potential for Chemolithoautotrophy Among Ubiquitous Bacteria Lineages in the Dark Ocean Science,333:(6047): 1296-1300.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[21]
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2351462
Kim, T. - W.; Chokhawala, H. A.; Hess, M.; Dana, C. M.; Baer, Z.; Sczyrba, A.; Rubin, E. M.; Blanch, H. W.; Clark, D. S. (2011): High-Throughput In Vitro Glycoside Hydrolase (HIGH) Screening for Enzyme Discovery Angewandte Chemie,123:(47): 11411-11414.
PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
 
[20]
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2789582
Sales, C. M.; Mahendra, S.; Grostern, A.; Parales, R. E.; Goodwin, L. A.; Woyke, T.; Nolan, M.; Lapidus, A.; Chertkov, O.; Ovchinnikova, G.; Sczyrba, A.; Alvarez-Cohen, L. (2011): Genome sequence of the 1,4-dioxane-degrading Pseudonocardia dioxanivorans strain CB1190 Journal of Bacteriology,193:(17): 4549-4550.
PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC | GenBank
 
[19]
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2410148
Woyke, T.; Sczyrba, A.; Lee, J.; Rinke, C.; Tighe, D.; Clingenpeel, S.; Malmstrom, R.; Stepanauskas, R.; Cheng, J. - F. (2011): Decontamination of MDA Reagents for Single Cell Whole Genome Amplification PLoS ONE,6:(10): e26161.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[18]
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1991643
Hess, M.; Sczyrba, A.; Egan, R.; Kim, T. W.; Chokhawala, H.; Schroth, G.; Luo, S.; Clark, D. S.; Chen, F.; Zhang, T.; Mackie, R. I.; Pennacchio, L. A.; Tringe, S. G.; Visel, A.; Woyke, T.; Wang, Z.; Rubin, E. M. (2011): Metagenomic discovery of biomass-degrading genes and genomes from cow rumen Science,331:(6016): 463-467.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[17]
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1991615
Gilbert, J. A.; Meyer, F.; Antonopoulos, D.; Balaji, P.; Brown, C. T.; Desai, N.; Eisen, J. A.; Evers, D.; Field, D.; Feng, W.; Huson, D.; Jansson, J.; Knight, R.; Knight, J.; Kolker, E.; Konstantindis, K.; Kostka, J.; Kyrpides, N.; Mackelprang, R.; McHardy, A.; Quince, C.; Raes, J.; Sczyrba, A.; Shade, A.; Stevens, R. (2010): Meeting report: the terabase metagenomics workshop and the vision of an Earth microbiome project Stand Genomic Sci,3:(3): 243-248.
PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
 
[16]
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1784020
Lamprecht, A. - L.; Margaria, T.; Steffen, B.; Sczyrba, A.; Hartmeier, S.; Giegerich, R. (2008): GeneFisher-P: variations of GeneFisher as processes in Bio-jETI BMC Bioinformatics,9:(Suppl 4): S13.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[15]
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1588303
Sczyrba, A.; Konermann, S.; Giegerich, R. (2008): Two interactive bioinformatics courses at the bielefeld university bioinformatics server BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS,9:(3): 243-249.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[14]
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1599756
Spitzer, M.; Lorkowski, S.; Cullen, P.; Sczyrba, A.; Fuellen, G. (2006): IsoSVM - Distinguishing isoforms and paralogs on the protein level BMC Bioinformatics,7:(1): 110.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[13]
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773613
Sczyrba, A.; Beckstette, M.; Brivanlou, A. H.; Giegerich, R.; Altmann, C. R. (2005): XenDB: Full length cDNA prediction and cross species mapping in Xenopus laevis BMC Genomics,6:(1): 123.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[12]
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383529
Beckstette, M.; Mailänder, J. T.; Marhöfer, R. J.; Sczyrba, A.; Ohlebusch, E.; Giegerich, R.; Selzer, P. M. (2004): Genlight: Interactive high-throughput sequence analysis and comparative genomics Journal of Integrative Bioinformatics,1:(1): 0008.
PUB | DOI
 
[11]
2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383536
Beckstette, M.; Sczyrba, A.; Selzer, P. M. (2004): Genlight: Interactive high-throughput sequence analysis and comparative genomics. In: Proceedings of the German Conference on Bioinformatics. Lecture Notes in Informatics: GI. S. 179-186.
PUB
 
[10]
2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383561
Sczyrba, A.; Beckstette, M.; Giegerich, R.; Altman, C. (2004): Identification of 10,500 Xenopus laevis Full Length Clones through EST Clustering and Sequence Analysis. In: Proceedings of the German Conference on Bioinformatics. Lecture Notes in Informatics: GI.
PUB
 
[9]
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1607400
Taher, L.; Rinner, O.; Garg, S.; Sczyrba, A.; Morgenstern, B. (2004): AGenDA: gene prediction by cross-species sequence comparison Nucleic Acids Research,32:(Web Server): W305-W308.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[8]
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1607394
Krüger, J.; Sczyrba, A.; Kurtz, S.; Giegerich, R. (2004): e2g: an interactive web-based server for efficiently mapping large EST and cDNA sets to genomic sequences NUCLEIC ACIDS RESEARCH,32:(Web Server): W301-W304.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[7]
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1609260
Dondrup, M.; Goesmann, A.; Bartels, D.; Kalinowski, J.; Krause, L.; Linke, B.; Rupp, O.; Sczyrba, A.; Pühler, A.; Meyer, F. (2003): EMMA: a platform for consistent storage and efficient analysis of microarray data JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY,106:(2-3): 135-146.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[6]
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1612470
Morgenstern, B.; Goel, S.; Sczyrba, A.; Dress, A. (2003): AltAVisT: Comparing alternative multiple sequence alignments BIOINFORMATICS,19:(3): 425-426.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[5]
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773844
Sczyrba, A.; Krüger, J.; Mersch, H.; Kurtz, S.; Giegerich, R. (2003): RNA-related tools on the Bielefeld Bioinformatics Server Nucleic Acids Research,31:(13): 3767-3770.
PUB | Dateien verfügbar | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[4]
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1610494
Taher, L.; Rinner, O.; Garg, S.; Sczyrba, A.; Brudno, M.; Batzoglou, S.; Morgenstern, B. (2003): AGenDA: homology-based gene prediction BIOINFORMATICS,19:(12): 1575-1577.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[3]
2001 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1897716
Gopal, S.; Schroeder, M.; Pieper, U.; Sczyrba, A.; Aytekin-Kurban, G.; Bekiranov, S.; Fajardo, J. E.; Eswar, N.; Sanchez, R.; Sali, A.; Gaasterland, T. (2001): Homology-based annotation yields 1,042 new candidate genes in the Drosophila melanogaster genome Nat Genet,27:(3): 337-340.
PUB
 
[2]
2001 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1616752
Altmann, C. R.; Bell, E.; Sczyrba, A.; Pun, J.; Bekiranov, S.; Gaasterland, T.; Brivanlou, A. H. (2001): Microarray-based analysis of early development in Xenopus laevis DEVELOPMENTAL BIOLOGY,236:(1): 64-75.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[1]
2000 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1897767
Gaasterland, T.; Sczyrba, A.; Thomas, E.; Kurban, G. (2000): MAGPIE/EGRET annotation of the 2.9-Mb Drosophila melanogaster Adh region Genome Res,10:(4): 502-510.
PUB
 

Suche

Publikationen filtern

Darstellung / Sortierung

Zitationsstil: wels

Export / Einbettung

76 Publikationen

Alle markieren

[76]
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2936223
Belmann, P.; Fischer, B.; Krüger, J.; Procházka, M.; Rasche, H.; Prinz, M.; Hanussek, M.; Lang, M.; Bartusch, F.; Gläßle, B.; Krüger, J.; Pühler, A.; Sczyrba, A. (2019): de.NBI Cloud federation through ELIXIR AAI F1000Research,8:842
PUB | PDF | DOI
 
[75]
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2935923
Nelkner, J.; Henke, C.; Lin, T. W.; Pätzold, W.; Hassa, J.; Jaenicke, S.; Grosch, R.; Pühler, A.; Sczyrba, A.; Schlüter, A. (2019): Effect of Long-Term Farming Practices on Agricultural Soil Microbiome Members Represented by Metagenomically Assembled Genomes (MAGs) and Their Predicted Plant-Beneficial Genes Genes,10:(6):424
PUB | PDF | DOI | Download (ext.) | PubMed | Europe PMC
 
[74]
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2934798
Pankoke, H.; Maus, I.; Loh, G.; Huser, A.; Seifert, J.; Tilker, A.; Hark, S.; Sczyrba, A.; Pelzer, S.; Kleinbolting, J. (2019): F5Evaluation of commercially available DNA extraction kits for the analysis of the broiler chicken cecal microbiota. FEMS microbiology letters
PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
 
[73]
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2933767
Fritz, A.; Hofmann, P.; Majda, S.; Dahms, E.; Dröge, J.; Fiedler, J.; Lesker, T. R.; Belmann, P.; DeMaere, M. Z.; Darling, A. E.; Sczyrba, A.; Bremges, A.; McHardy, A. C. (2019): CAMISIM: simulating metagenomes and microbial communities Microbiome,7:17
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[72]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2916929
Stolze, Y.; Bremges, A.; Maus, I.; Pühler, A.; Sczyrba, A.; Schlüter, A. (2018): Targeted in situ metatranscriptomics for selected taxa from mesophilic and thermophilic biogas plants Microbial Biotechnology,11:(4): 667-679.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[71]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2920777
Celis, J. S.; Wibberg, D.; Ramírez-Portilla, C.; Rupp, O.; Sczyrba, A.; Winkler, A.; Kalinowski, J.; Wilke, T. (2018): Binning Enables Efficient Host Genome Reconstruction in Cnidarian Holobionts GigaScience,7:(7):giy075
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[70]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2920723
Meyer, F.; Hofmann, P.; Belmann, P.; Garrido-Oter, R.; Fritz, A.; Sczyrba, A.; McHardy, A. C. (2018): AMBER: Assessment of Metagenome BinnERs GigaScience,giy069
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[69]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2930593
Linden, M.; Prochazka, M.; Lappalainen, I.; Bucik, D.; Vyskocil, P.; Kuba, M.; Silén, S.; Belmann, P.; Sczyrba, A.; Newhouse, S.; Matyska, L.; Nyrönen, T. (2018): Common ELIXIR Service for Researcher Authentication and Authorisation F1000Research,7:1199
PUB | DOI | Download (ext.) | PubMed | Europe PMC
 
[68]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2915890
Huang, L.; Krüger, J.; Sczyrba, A. (2018): Analyzing large scale genomic data on the cloud with Sparkhit Bioinformatics,34:(9): 1457-1465.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[67]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2920750
Maus, I.; Rumming, M.; Bergmann, I.; Heeg, K.; Pohl, M.; Nettmann, E.; Jaenicke, S.; Blom, J.; Pühler, A.; Schlüter, A.; Sczyrba, A.; Klocke, M. (2018): Characterization of Bathyarchaeota genomes assembled from metagenomes of biofilms residing in mesophilic and thermophilic biogas reactors Biotechnology for Biofuels,11:167
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[66]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2918275
Fleming, E. J.; Woyke, T.; Donatello, A. R.; Kuypers, M. M. M.; Sczyrba, A.; Littmann, S.; Emerson, D. (2018): Insights into the fundamental physiology of the uncultured Fe-oxidizing bacterium Leptothrix ochracea Applied and Environmental Microbiology,84:(9):e02239-17
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[65]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2914959
da Schoren Costa, P.; Bolzan de Campos, S.; Albersmeier, A.; Dirksen, P.; Pereira Dresseno, A. L.; Andrade Pais dos Santos, O. J.; Lima Milani, K. M.; Etto, R. M.; Battistus, A. G.; Peres Rodrigues da Costa, A. C.; Martinez de Oliveira, A. L.; Weigert Galvão, C.; Guimarães, V. F.; Sczyrba, A.; Wendisch, V. F.; Passaglia, L. (2018): Invasion ecology applied to inoculation of plant growth promoting bacteria through a novel SIMPER-PCA approach Plant and Soil,422:(1-2): 467-478.
PUB | DOI | WoS
 
[64]
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909153
Yu, J.; Blom, J.; Sczyrba, A.; Goesmann, A. (2017): Rapid protein alignment in the cloud: HAMOND combines fast DIAMOND alignments with Hadoop parallelism Journal of Biotechnology,257: 58-60.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[63]
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913556
Jünemann, S.; Kleinbölting, N.; Jaenicke, S.; Henke, C.; Hassa, J.; Nelkner, J.; Stolze, Y.; Albaum, S.; Schlüter, A.; Goesmann, A.; Sczyrba, A.; Stoye, J. (2017): Bioinformatics for NGS-based metagenomics and the application to biogas research Journal of Biotechnology,261:(SI): 10-23.
PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[62]
2017 | Datenpublikation | PUB-ID: 2914921
Huang, L.; Krüger, J.; Sczyrba, A. (2017): Sparkhit evaluation data set. Bielefeld University. doi:10.4119/unibi/2914921
PUB | Dateien verfügbar | DOI
 
[61]
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2915516
Maus, I.; Bremges, A.; Stolze, Y.; Hahnke, S.; Cibis, K. G.; Koeck, D. E.; Kim, Y. S.; Kreubel, J.; Hassa, J.; Wibberg, D.; Weimann, A.; Off, S.; Stantscheff, R.; Zverlov, V. V.; Schwarz, W. H.; König, H.; Liebl, W.; Scherer, P.; McHardy, A. C.; Sczyrba, A.; Klocke, M.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2017): Genomics and prevalence of bacterial and archaeal isolates from biogas-producing microbiomes Biotechnology for Biofuels,10:(1):264
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[60]
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2914367
Sczyrba, A.; Hofmann, P.; Belmann, P.; Koslicki, D.; Janssen, S.; Dröge, J.; Gregor, I.; Majda, S.; Fiedler, J.; Dahms, E.; Bremges, A.; Fritz, A.; Garrido-Oter, R.; Jørgensen, T. S.; Shapiro, N.; Blood, P. D.; Gurevich, A.; Bai, Y.; Turaev, D.; DeMaere, M. Z.; Chikhi, R.; Nagarajan, N.; Quince, C.; Meyer, F.; Balvočiūtė, M.; Hansen, L. H.; Sørensen, S. J.; Chia, B. K. H.; Denis, B.; Froula, J. L.; Wang, Z.; Egan, R.; Don Kang, D.; Cook, J. J.; Deltel, C.; Beckstette, M.; Lemaitre, C.; Peterlongo, P.; Rizk, G.; Lavenier, D.; Wu, Y. - W.; Singer, S. W.; Jain, C.; Strous, M.; Klingenberg, H.; Meinicke, P.; Barton, M. D.; Lingner, T.; Lin, H. - H.; Liao, Y. - C.; Silva, G. G. Z.; Cuevas, D. A.; Edwards, R. A.; Saha, S.; Piro, V. C.; Renard, B. Y.; Pop, M.; Klenk, H. - P.; Göker, M.; Kyrpides, N. C.; Woyke, T.; Vorholt, J. A.; Schulze-Lefert, P.; Rubin, E. M.; Darling, A. E.; Rattei, T.; McHardy, A. C. (2017): Critical Assessment of Metagenome Interpretation—a benchmark of metagenomics software Nature Methods,14:(11): 1063-1071.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[59]
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2904815
Stolze, Y.; Bremges, A.; Rumming, M.; Henke, C.; Maus, I.; Pühler, A.; Sczyrba, A.; Schlüter, A. (2016): Identification and genome reconstruction of abundant distinct taxa in microbiomes from one thermophilic and three mesophilic production-scale biogas plants Biotechnology for Biofuels,9:156
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[58]
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2907633
Lux, M.; Krüger, J.; Rinke, C.; Maus, I.; Schlüter, A.; Woyke, T.; Sczyrba, A.; Hammer, B. (2016): acdc – Automated Contamination Detection and Confidence estimation for single-cell genome data BMC Bioinformatics,17:543
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[57]
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2904836
Heyer, R.; Benndorf, D.; Kohrs, F.; De Vrieze, J.; Boon, N.; Hoffmann, M.; Rapp, E.; Schlüter, A.; Sczyrba, A.; Reichl, U. (2016): Proteotyping of biogas plant microbiomes separates biogas plants according to process temperature and reactor type Biotechnology for Biofuels,9:(1):155
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[56]
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2903489
Maus, I.; Cibis, K. G.; Bremges, A.; Stolze, Y.; Wibberg, D.; Tomazetto, G.; Blom, J.; Sczyrba, A.; König, H.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2016): Genomic characterization of Defluviitoga tunisiensis L3, a key hydrolytic bacterium in a thermophilic biogas plant and its abundance as determined by metagenome fragment recruitment Journal of Biotechnology,232: 50-60.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[55]
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2903302
Wibberg, D.; Bremges, A.; Dammann-Kalinowski, T.; Maus, I.; Igeño, M. I.; Vogelsang, R.; König, C.; Luque-Almagro, V. M.; Roldán, M. D.; Sczyrba, A.; Moreno-Vivián, C.; Blasco, R.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2016): Finished genome sequence and methylome of the cyanide-degrading Pseudomonas pseudoalcaligenes strain CECT5344 as resolved by single-molecule real-time sequencing Journal of Biotechnology,232: 61-68.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[54]
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2902190
Stiefel, F.; Fischer, S.; Sczyrba, A.; Otte, K.; Hesse, F. (2016): miRNA profiling of high, low and non-producing CHO cells during biphasic fed-batch cultivation reveals process relevant targets for host cell engineering Journal of Biotechnology,225: 31-43.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[53]
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901418
Campos, S. B.; Lisboa, B. B.; Camargo, F. A. O.; Bayer, C.; Sczyrba, A.; Dirksen, P.; Albersmeier, A.; Kalinowski, J.; Beneduzi, A.; Costa, P. B.; Passaglia, L. M. P.; Vargas, L. K.; Wendisch, V. F. (2016): Soil suppressiveness and its relations with the microbial community in a Brazilian subtropical agroecosystem under different management systems Soil Biology and Biochemistry,96: 191-197.
PUB | DOI | WoS
 
[52]
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901729
Bremges, A.; Singer, E.; Woyke, T.; Sczyrba, A. (2016): MeCorS: Metagenome-enabled error correction of single cell sequencing reads Bioinformatics,32:(14): 2199-2201.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[51]
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900928
Nesme, J.; Achouak, W.; Agathos, S.; Bailey, M.; Baldrian, P.; Brunel, D.; Frostegard, A.; Heulin, T.; Jansson, J. K.; Jurkevitch, E.; Kowalchuk, G. A.; Kruus, K. L.; Lagares, A.; Lapin-Scott, H. M.; Le Paslier, D.; ic-Mulec, I.; Murrell, C.; Myrold, D. D.; Nalin, R.; Nannipieri, P.; Neufeld, J. D.; O'Gara, F.; Parnell, J. J.; Pühler, A.; Pylro, V.; Ramos, J. L.; Roesch, L.; Schleper, C.; Schloter, M.; Sczyrba, A.; Sessitsch, A.; Sjöling, S.; Sørensen, J.; Sørensen, S. J.; Tebbe, C. C.; Topp, E.; Tsiamis, G.; Van Elsas, J. D.; Van Keulen, G.; Wagner, M.; Widmer, F.; Zhang, T.; Zhang, X.; Zhao, L.; Zhu, Y. - G.; Vogel, T. M.; Simonet, P. (2016): Back to the future of soil metagenomics Frontiers in Microbiology,7:73
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[50]
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901675
Krahn, T.; Wibberg, D.; Maus, I.; Winkler, A.; Bontron, S.; Sczyrba, A.; Nordmann, P.; Pühler, A.; Poirel, L.; Schlüter, A. (2016): Intraspecies transfer of the chromosomally encoded Acinetobacter baumannii blaNDM-1 carbapenemase gene. Antimicrobial Agents and Chemotherapy,60:(5): 3032-3040.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[49]
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2905260
Maus, I.; Koeck, D. E.; Cibis, K. G.; Hahnke, S.; Kim, Y. S.; Langer, T.; Kreubel, J.; Erhard, M.; Bremges, A.; Off, S.; Stolze, Y.; Jaenicke, S.; Goesmann, A.; Sczyrba, A.; Scherer, P.; König, H.; Schwarz, W. H.; Zverlov, V. V.; Liebl, W.; Pühler, A.; Schlüter, A.; Klocke, M. (2016): Unraveling the microbiome of a thermophilic biogas plant by metagenome and metatranscriptome analysis complemented by characterization of bacterial and archaeal isolates Biotechnology for Biofuels,9:(1):171
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[48]
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2904234
Ortseifen, V.; Stolze, Y.; Maus, I.; Sczyrba, A.; Bremges, A.; Albaum, S.; Jaenicke, S.; Fracowiak, J.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2016): An integrated metagenome and -proteome analysis of the microbial community residing in a biogas production plant Journal of Biotechnology,231: 268-279.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[47]
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2764906
Bremges, A.; Maus, I.; Belmann, P.; Eikmeyer, F. G.; Winkler, A.; Albersmeier, A.; Pühler, A.; Schlüter, A.; Sczyrba, A. (2015): Deeply sequenced metagenome and metatranscriptome of a biogas-producing microbial community from an agricultural production-scale biogas plant GigaScience,4:(1):33
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[46]
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2762833
Kohrs, F.; Wolter, S.; Benndorf, D.; Heyer, R.; Hoffmann, M.; Rapp, E.; Bremges, A.; Sczyrba, A.; Schlüter, A.; Reichl, U. (2015): Fractionation of biogas plant sludge material improves metaproteomic characterization to investigate metabolic activity of microbial communities Proteomics,15:(20): 3585-3589.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[45]
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2726183
Field, E. K.; Sczyrba, A.; Lyman, A. E.; Harris, C. C.; Woyke, T.; Stepanauskas, R.; Emerson, D. (2015): Genomic insights into the uncultivated marine Zetaproteobacteria at Loihi Seamount The ISME journal,9: 857-870.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[44]
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2782501
Belmann, P.; Dröge, J.; Bremges, A.; McHardy, A. C.; Sczyrba, A.; Barton, M. D. (2015): Bioboxes: standardised containers for interchangeable bioinformatics software GigaScience,4:47
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[43]
2015 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901612
Lux, M.; Sczyrba, A.; Hammer, B. (2015): Automatic discovery of metagenomic structure. In: 2015 International Joint Conference on Neural Networks (IJCNN). Institute of Electrical & Electronics Engineers (IEEE).
PUB | DOI
 
[42]
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2726156
Paul, B. G.; Bagby, S. C.; Czornyj, E.; Arambula, D.; Handa, S.; Sczyrba, A.; Ghosh, P.; Miller, J. F.; Valentine, D. L. (2015): Targeted diversity generation by intraterrestrial archaea and archaeal viruses Nature Communications,6: 6585.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[41]
2015 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901466
Osterholz, B.; Wiebke, P.; Fust, A.; Rumming, M.; Schlüter, A.; Sczyrba, A. (2015): A Bioinformatics Pipeline for the Detection of β-lactamase Genes in Metagenome Sequence Data and its Application to Production-Scale Biogas Plants. In: Julius Kühn-Institut, Bundesforschungsinstitut für Kulturpflanzen Institut für Epidemiologie und Pathogendiagnostik (Hrsg.): .
PUB
 
[40]
2015 | Report | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901613
Lux, M.; Hammer, B.; Sczyrba, A. (2015): Automated Contamination Detection in Single-Cell Sequencing. Cold Spring Harbor Laboratory Press.
PUB | DOI
 
[39]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2685992
Piao, H.; Lachman, M.; Malfatti, S.; Sczyrba, A.; Knierim, B.; Auer, M.; Tringe, S. G.; Mackie, R. I.; Yeoman, C. J.; Hess, M. (2014): Temporal dynamics of fibrolytic and methanogenic rumen microorganisms during in situ incubation of switchgrass determined by 16S rRNA gene profiling Frontiers in Microbiology,5:(307)
PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[38]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2654433
Kamke, J.; Rinke, C.; Schwientek, P.; Mavromatis, K.; Ivanova, N.; Sczyrba, A.; Woyke, T.; Hentschel, U. (2014): The Candidate Phylum Poribacteria by Single-Cell Genomics: New Insights into Phylogeny, Cell-Compartmentation, Eukaryote-Like Repeat Proteins, and Other Genomic Features PLoS ONE,9:(1):e87353
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[37]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2689051
Ghylin, T. W.; Garcia, S. L.; Moya, F.; Oyserman, B. O.; Schwientek, P.; Forest, K. T.; Mutschler, J.; Dwulit-Smith, J.; Chan, L. - K.; Martinez-Garcia, M.; Sczyrba, A.; Stepanauskas, R.; Grossart, H. - P.; Woyke, T.; Warnecke, F.; Malmstrom, R.; Bertilsson, S.; McMahon, K. D. (2014): Comparative single-cell genomics reveals potential ecological niches for the freshwater acI Actinobacteria lineage The ISME Journal,8:(12): 2503-2516.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[36]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2698163
Heins, R. A.; Cheng, X.; Nath, S.; Deng, K.; Bowen, B. P.; Chivian, D. C.; Datta, S.; Friedland, G. D.; D'Haeseleer, P.; Wu, D.; Tran-Gyamfi, M.; Scullin, C. S.; Singh, S.; Shi, W.; Hamilton, M. G.; Bendall, M. L.; Sczyrba, A.; Thompson, J.; Feldman, T.; Guenther, J. M.; Gladden, J. M.; Cheng, J. - F.; Adams, P. D.; Rubin, E. M.; Simmons, B. A.; Sale, K. L.; Northen, T. R.; Deutsch, S. (2014): Phylogenomically Guided Identification of Industrially Relevant GH1 β-Glucosidases through DNA Synthesis and Nanostructure-Initiator Mass Spectrometry ACS chemical biology,9:(9): 2082-2091.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[35]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2672695
Swan, B. K.; Chaffin, M. D.; Martinez-Garcia, M.; Morrison, H. G.; Field, E. K.; Poulton, N. J.; Masland, E. D. P.; Harris, C. C.; Sczyrba, A.; Chain, P. S. G.; Koren, S.; Woyke, T.; Stepanauskas, R. (2014): Genomic and metabolic diversity of marine group I thaumarchaeota in the mesopelagic of two subtropical gyres PloS one,9:(4): 95380.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[34]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2665333
Henrich, B.; Rumming, M.; Sczyrba, A.; Velleuer, E.; Dietrich, R.; Gerlach, W.; Gombert, M.; Rahn, S.; Stoye, J.; Borkhardt, A.; Fischer, U. (2014): Mycoplasma salivarium as a Dominant Coloniser of Fanconi Anaemia Associated Oral Carcinoma PLoS ONE,9:(3): e92297.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[33]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2662055
Wibberg, D.; Luque-Almagro, V. M.; Igeño, M. I.; Bremges, A.; Roldán, M. D.; Merchán, F.; Sáez, L. P.; Guijo, M. I.; Manso, M. I.; Macías, D.; Cabello, P.; Becerra, G.; Ibáñez, M. I.; Carmona, M. I.; Escribano, M. P.; Castillo, F.; Sczyrba, A.; Moreno-Vivián, C.; Blasco, R.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2014): Complete genome sequence of the cyanide-degrading bacterium Pseudomonas pseudoalcaligenes CECT5344 Journal of biotechnology,175: 67-68.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[32]
2013 | Konferenzbeitrag | PUB-ID: 2909357
Gisbrecht, A.; Hammer, B.; Mokbel, B.; Sczyrba, A. (2013): Nonlinear dimensionality reduction for cluster identification in metagenomic samples. In: IV. S. 174-179.
PUB
 
[31]
2013 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2623500
Gisbrecht, A.; Hammer, B.; Mokbel, B.; Sczyrba, A. (2013): Nonlinear dimensionality reduction for cluster identification in metagenomic samples. In: Ebad Banissi (Hrsg.): 17th International Conference on Information Visualisation IV 2013. S. 174-179.
PUB
 
[30]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2613567
Rinke, C.; Schwientek, P.; Sczyrba, A.; Ivanova, N. N.; Anderson, I. J.; Cheng, J. - F.; Darling, A.; Malfatti, S.; Swan, B. K.; Gies, E. A.; Dodsworth, J. A.; Hedlund, B. P.; Tsiamis, G.; Sievert, S. M.; Liu, W. - T.; Eisen, J. A.; Hallam, S. J.; Kyrpides, N. C.; Stepanauskas, R.; Rubin, E. M.; Hugenholtz, P.; Woyke, T. (2013): Insights into the phylogeny and coding potential of microbial dark matter Nature,499:(7459): 431-437.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[29]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2563424
Campbell, J. H.; O'Donoghue, P.; Campbell, A. G.; Schwientek, P.; Sczyrba, A.; Woyke, T.; Söll, D.; Podar, M. (2013): UGA is an additional glycine codon in uncultured SR1 bacteria from the human microbiota Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America,110:(14): 5540-5545.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[28]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2638234
Zaremba-Niedzwiedzka, K.; Viklund, J.; Zhao, W.; Ast, J.; Sczyrba, A.; Woyke, T.; McMahon, K.; Bertilsson, S.; Stepanauskas, R.; Andersson, S. G. (2013): Single-cell genomics reveal low recombination frequencies in freshwater bacteria of the SAR11 clade Genome biology,14:(11): R130.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[27]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2641352
Kamke, J.; Sczyrba, A.; Ivanova, N.; Schwientek, P.; Rinke, C.; Mavromatis, K.; Woyke, T.; Hentschel, U. (2013): Single-cell genomics reveals complex carbohydrate degradation patterns in poribacterial symbionts of marine sponges The ISME journal,7:(12): 2287-2300.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[26]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2563543
Campbell, A. G.; Campbell, J. H.; Schwientek, P.; Woyke, T.; Sczyrba, A.; Allman, S.; Beall, C. J.; Griffen, A.; Leys, E.; Podar, M. (2013): Multiple Single-Cell Genomes Provide Insight into Functions of Uncultured Deltaproteobacteria in the Human Oral Cavity PLoS ONE,8:(3):e59361
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[25]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2613623
Swan, B. K.; Tupper, B.; Sczyrba, A.; Lauro, F. M.; Martinez-Garcia, M.; González, J. M.; Luo, H.; Wright, J. J.; Landry, Z. C.; Hanson, N. W.; Thompson, B. P.; Poulton, N. J.; Schwientek, P.; Acinas, S. G.; Giovannoni, S. J.; Moran, M. A.; Hallam, S. J.; Cavicchioli, R.; Woyke, T.; Stepanauskas, R. (2013): Prevalent genome streamlining and latitudinal divergence of planktonic bacteria in the surface ocean Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America,110:(28): 11463-11468.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[24]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2518330
Garcia, S. L.; McMahon, K. D.; Martinez-Garcia, M.; Srivastava, A.; Sczyrba, A.; Stepanauskas, R.; Grossart, H. - P.; Woyke, T.; Warnecke, F. (2012): Metabolic potential of a single cell belonging to one of the most abundant lineages in freshwater bacterioplankton The ISME journal,7:(1): 137-147.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[23]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2547307
El-Kalioby, M.; Abouelhoda, M.; Krüger, J.; Giegerich, R.; Sczyrba, A.; Wall, D. P.; Tonellato, P. (2012): Personalized cloud-based bioinformatics services for research and education: use cases and the elasticHPC package BMC Bioinformatics,13:(Suppl 17): S22.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[22]
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2329885
Swan, B. K.; Martinez-Garcia, M.; Preston, C. M.; Sczyrba, A.; Woyke, T.; Lamy, D.; Reinthaler, T.; Poulton, N. J.; Masland, E. D. P.; Gomez, M. L.; Sieracki, M. E.; DeLong, E. F.; Herndl, G. J.; Stepanauskas, R. (2011): Potential for Chemolithoautotrophy Among Ubiquitous Bacteria Lineages in the Dark Ocean Science,333:(6047): 1296-1300.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[21]
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2351462
Kim, T. - W.; Chokhawala, H. A.; Hess, M.; Dana, C. M.; Baer, Z.; Sczyrba, A.; Rubin, E. M.; Blanch, H. W.; Clark, D. S. (2011): High-Throughput In Vitro Glycoside Hydrolase (HIGH) Screening for Enzyme Discovery Angewandte Chemie,123:(47): 11411-11414.
PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
 
[20]
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2789582
Sales, C. M.; Mahendra, S.; Grostern, A.; Parales, R. E.; Goodwin, L. A.; Woyke, T.; Nolan, M.; Lapidus, A.; Chertkov, O.; Ovchinnikova, G.; Sczyrba, A.; Alvarez-Cohen, L. (2011): Genome sequence of the 1,4-dioxane-degrading Pseudonocardia dioxanivorans strain CB1190 Journal of Bacteriology,193:(17): 4549-4550.
PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC | GenBank
 
[19]
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2410148
Woyke, T.; Sczyrba, A.; Lee, J.; Rinke, C.; Tighe, D.; Clingenpeel, S.; Malmstrom, R.; Stepanauskas, R.; Cheng, J. - F. (2011): Decontamination of MDA Reagents for Single Cell Whole Genome Amplification PLoS ONE,6:(10): e26161.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[18]
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1991643
Hess, M.; Sczyrba, A.; Egan, R.; Kim, T. W.; Chokhawala, H.; Schroth, G.; Luo, S.; Clark, D. S.; Chen, F.; Zhang, T.; Mackie, R. I.; Pennacchio, L. A.; Tringe, S. G.; Visel, A.; Woyke, T.; Wang, Z.; Rubin, E. M. (2011): Metagenomic discovery of biomass-degrading genes and genomes from cow rumen Science,331:(6016): 463-467.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[17]
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1991615
Gilbert, J. A.; Meyer, F.; Antonopoulos, D.; Balaji, P.; Brown, C. T.; Desai, N.; Eisen, J. A.; Evers, D.; Field, D.; Feng, W.; Huson, D.; Jansson, J.; Knight, R.; Knight, J.; Kolker, E.; Konstantindis, K.; Kostka, J.; Kyrpides, N.; Mackelprang, R.; McHardy, A.; Quince, C.; Raes, J.; Sczyrba, A.; Shade, A.; Stevens, R. (2010): Meeting report: the terabase metagenomics workshop and the vision of an Earth microbiome project Stand Genomic Sci,3:(3): 243-248.
PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
 
[16]
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1784020
Lamprecht, A. - L.; Margaria, T.; Steffen, B.; Sczyrba, A.; Hartmeier, S.; Giegerich, R. (2008): GeneFisher-P: variations of GeneFisher as processes in Bio-jETI BMC Bioinformatics,9:(Suppl 4): S13.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[15]
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1588303
Sczyrba, A.; Konermann, S.; Giegerich, R. (2008): Two interactive bioinformatics courses at the bielefeld university bioinformatics server BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS,9:(3): 243-249.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[14]
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1599756
Spitzer, M.; Lorkowski, S.; Cullen, P.; Sczyrba, A.; Fuellen, G. (2006): IsoSVM - Distinguishing isoforms and paralogs on the protein level BMC Bioinformatics,7:(1): 110.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[13]
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773613
Sczyrba, A.; Beckstette, M.; Brivanlou, A. H.; Giegerich, R.; Altmann, C. R. (2005): XenDB: Full length cDNA prediction and cross species mapping in Xenopus laevis BMC Genomics,6:(1): 123.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[12]
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383529
Beckstette, M.; Mailänder, J. T.; Marhöfer, R. J.; Sczyrba, A.; Ohlebusch, E.; Giegerich, R.; Selzer, P. M. (2004): Genlight: Interactive high-throughput sequence analysis and comparative genomics Journal of Integrative Bioinformatics,1:(1): 0008.
PUB | DOI
 
[11]
2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383536
Beckstette, M.; Sczyrba, A.; Selzer, P. M. (2004): Genlight: Interactive high-throughput sequence analysis and comparative genomics. In: Proceedings of the German Conference on Bioinformatics. Lecture Notes in Informatics: GI. S. 179-186.
PUB
 
[10]
2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383561
Sczyrba, A.; Beckstette, M.; Giegerich, R.; Altman, C. (2004): Identification of 10,500 Xenopus laevis Full Length Clones through EST Clustering and Sequence Analysis. In: Proceedings of the German Conference on Bioinformatics. Lecture Notes in Informatics: GI.
PUB
 
[9]
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1607400
Taher, L.; Rinner, O.; Garg, S.; Sczyrba, A.; Morgenstern, B. (2004): AGenDA: gene prediction by cross-species sequence comparison Nucleic Acids Research,32:(Web Server): W305-W308.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[8]
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1607394
Krüger, J.; Sczyrba, A.; Kurtz, S.; Giegerich, R. (2004): e2g: an interactive web-based server for efficiently mapping large EST and cDNA sets to genomic sequences NUCLEIC ACIDS RESEARCH,32:(Web Server): W301-W304.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[7]
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1609260
Dondrup, M.; Goesmann, A.; Bartels, D.; Kalinowski, J.; Krause, L.; Linke, B.; Rupp, O.; Sczyrba, A.; Pühler, A.; Meyer, F. (2003): EMMA: a platform for consistent storage and efficient analysis of microarray data JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY,106:(2-3): 135-146.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[6]
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1612470
Morgenstern, B.; Goel, S.; Sczyrba, A.; Dress, A. (2003): AltAVisT: Comparing alternative multiple sequence alignments BIOINFORMATICS,19:(3): 425-426.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[5]
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773844
Sczyrba, A.; Krüger, J.; Mersch, H.; Kurtz, S.; Giegerich, R. (2003): RNA-related tools on the Bielefeld Bioinformatics Server Nucleic Acids Research,31:(13): 3767-3770.
PUB | Dateien verfügbar | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[4]
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1610494
Taher, L.; Rinner, O.; Garg, S.; Sczyrba, A.; Brudno, M.; Batzoglou, S.; Morgenstern, B. (2003): AGenDA: homology-based gene prediction BIOINFORMATICS,19:(12): 1575-1577.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[3]
2001 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1897716
Gopal, S.; Schroeder, M.; Pieper, U.; Sczyrba, A.; Aytekin-Kurban, G.; Bekiranov, S.; Fajardo, J. E.; Eswar, N.; Sanchez, R.; Sali, A.; Gaasterland, T. (2001): Homology-based annotation yields 1,042 new candidate genes in the Drosophila melanogaster genome Nat Genet,27:(3): 337-340.
PUB
 
[2]
2001 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1616752
Altmann, C. R.; Bell, E.; Sczyrba, A.; Pun, J.; Bekiranov, S.; Gaasterland, T.; Brivanlou, A. H. (2001): Microarray-based analysis of early development in Xenopus laevis DEVELOPMENTAL BIOLOGY,236:(1): 64-75.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[1]
2000 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1897767
Gaasterland, T.; Sczyrba, A.; Thomas, E.; Kurban, G. (2000): MAGPIE/EGRET annotation of the 2.9-Mb Drosophila melanogaster Adh region Genome Res,10:(4): 502-510.
PUB
 

Suche

Publikationen filtern

Darstellung / Sortierung

Zitationsstil: wels

Export / Einbettung