Alexander Sczyrba

asczyrba@techfak.uni-bielefeld.de
ORCID logo https://orcid.org/0000-0002-4405-3847

PEVZ-ID
17894

106 Publikationen

Alle markieren

  • [106]
    2024 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2985402
    Heyer, R.; Hellwig, P.; Maus, I.; Walke, D.; Schlüter, A.; Hassa, J.; Sczyrba, A.; Tubbesing, T. J.; Klocke, M.; Mächtig, T.; Schallert, K.; Seick, I.; Reichl, U.; Benndorf, D. (2024): Breakdown of hardly degradable carbohydrates (lignocellulose) in a two-stage anaerobic digestion plant is favored in the main fermenter Water Research,250:121020
    PUB | DOI
     
  • [105]
    2023 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2977923 OA
    Nelkner, J.; Huang, L.; Lin, T. W.; Schulz, A.; Osterholz, B.; Henke, C.; Blom, J.; Pühler, A.; Sczyrba, A.; Schlüter, A. (2023): Abundance, classification and genetic potential of Thaumarchaeota in metagenomes of European agricultural soils: a meta-analysis Environmental Microbiome,18:(1):26
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  • [104]
    2023 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2983209 OA
    Hassa, J.; Tubbesing, T. J.; Maus, I.; Heyer, R.; Benndorf, D.; Effenberger, M.; Henke, C.; Osterholz, B.; Beckstette, M.; Pühler, A.; Sczyrba, A.; Schlüter, A. (2023): Uncovering Microbiome Adaptations in a Full-Scale Biogas Plant: Insights from MAG-Centric Metagenomics and Metaproteomics Microorganisms,11:(10):2412
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  • [103]
    2023 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2984553
    Schimmler, S.; Altenhöner, R.; Bernard, L.; Fluck, J.; Klinger, A.; Lorenz, S.; Mathiak, B.; Miller, B.; Ritz, R.; Schörner-Sadenius, T.; Sczyrba, A.; Stein, R. (2023): Base4NFDI - Basic Services for NFDI Proceedings of the Conference on Research Data Infrastructure,1
    PUB | DOI
     
  • [102]
    2023 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2984552
    Hoffmann, N.; Maus, I.; Beier, S.; Belmann, P.; Krüger, J.; Tauch, A.; Goesmann, A.; Eils, R.; Bork, P.; Kohlbacher, O.; Kummer, U.; Backofen, R.; Buchhalter, I.; Sczyrba, A. (2023): Embedding the de.NBI Cloud in the National Research Data Infrastructure Activities Proceedings of the Conference on Research Data Infrastructure,1
    PUB | DOI
     
  • [101]
    2023 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2984551
    Förstner, K. U.; Becker, A.; Blom, J.; Bork, P.; Clavel, T.; Dieckmann, M.; Goesmann, A.; Götz, B.; Gübitz, T.; Hufsky, F.; Jünemann, S.; Körner, M. - L.; Marz, M.; Da Rocha, U. N.; Overmann, J.; Pühler, A.; Rebholz-Schuhmann, D.; Sczyrba, A.; Stoye, J.; Vandendorpe, J.; Van Rossum, T.; McHardy, A. (2023): NFDI4Microbiota – national research data infrastructure for microbiota research Research Ideas and Outcomes,9
    PUB | DOI
     
  • [100]
    2023 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2979860
    Wolf, M.; Schallert, K.; Knipper, L.; Sickmann, A.; Sczyrba, A.; Benndorf, D.; Heyer, R. (2023): Advances in the clinical use of metaproteomics Expert review of proteomics
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [99]
    2023 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2968667
    Olo Ndela, E.; Roux, S.; Henke, C.; Sczyrba, A.; Sime Ngando, T.; Varsani, A.; Enault, F. (2023): Reekeekee- and roodoodooviruses, two different Microviridae clades constituted by the smallest DNA phages Virus Evolution ,9:(1):veac123
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  • [98]
    2022 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2969509
    Neri, U.; Wolf, Y. I.; Roux, S.; Camargo, A. P.; Lee, B.; Kazlauskas, D.; Chen, I. M.; Ivanova, N.; Zeigler Allen, L.; Paez-Espino, D.; Bryant, D. A.; Bhaya, D.; Krupovic, M.; Dolja, V. V.; Kyrpides, N. C.; Koonin, E. V.; Gophna, U.; Narrowe, A. B.; Probst, A. J.; Sczyrba, A.; Kohler, A.; Séguin, A.; Shade, A.; Campbell, B. J.; Lindahl, B. D.; Reese, B. K.; Roque, B. M.; DeRito, C.; Averill, C.; Cullen, D.; Beck, D. A. C.; Walsh, D. A.; Ward, D. M.; Wu, D.; Eloe-Fadrosh, E.; Brodie, E. L.; Young, E. B.; Lilleskov, E. A.; Castillo, F. J.; Martin, F. M.; LeCleir, G. R.; Attwood, G. T.; Cadillo-Quiroz, H.; Simon, H. M.; Hewson, I.; Grigoriev, I. V.; Tiedje, J. M.; Jansson, J. K.; Lee, J.; VanderGheynst, J. S.; Dangl, J.; Bowman, J. S.; Blanchard, J. L.; Bowen, J. L.; Xu, J.; Banfield, J. F.; Deming, J. W.; Kostka, J. E.; Gladden, J. M.; Rapp, J. Z.; Sharpe, J.; McMahon, K. D.; Treseder, K. K.; Bidle, K. D.; Wrighton, K. C.; Thamatrakoln, K.; Nusslein, K.; Meredith, L. K.; Ramirez, L.; Buee, M.; Huntemann, M.; Kalyuzhnaya, M. G.; Waldrop, M. P.; Sullivan, M. B.; Schrenk, M. O.; Hess, M.; Vega, M. A.; O’Malley, M. A.; Medina, M.; Gilbert, N. E.; Delherbe, N.; Mason, O. U.; Dijkstra, P.; Chuckran, P. F.; Baldrian, P.; Constant, P.; Stepanauskas, R.; Daly, R. A.; Lamendella, R.; Gruninger, R. J.; McKay, R. M.; Hylander, S.; Lebeis, S. L.; Esser, S. P.; Acinas, S. G.; Wilhelm, S. S.; Singer, S. W.; Tringe, S. S.; Woyke, T.; Reddy, T. B. K.; Bell, T. H.; Mock, T.; McAllister, T.; Thiel, V.; Denef, V. J.; Liu, W. - T.; Martens-Habbena, W.; Allen Liu, X. - J.; Cooper, Z. S.; Wang, Z. (2022): Expansion of the global RNA virome reveals diverse clades of bacteriophages Cell,185:(21): 4023-4037.e18.
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  • [97]
    2022 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2969511
    Fremin, B. J.; Bhatt, A. S.; Kyrpides, N. C.; Sengupta, A.; Sczyrba, A.; Maria da Silva, A.; Buchan, A.; Gaudin, A.; Brune, A.; Hirsch, A. M.; Neumann, A.; Shade, A.; Visel, A.; Campbell, B.; Baker, B.; Hedlund, B. P.; Crump, B. C.; Currie, C.; Kelly, C.; Craft, C.; Hazard, C.; Francis, C.; Schadt, C. W.; Averill, C.; Mobilian, C.; Buckley, D.; Hunt, D.; Noguera, D.; Beck, D.; Valentine, D. L.; Walsh, D.; Sumner, D.; Lymperopoulou, D.; Bhaya, D.; Bryant, D. A.; Morrison, E.; Brodie, E.; Young, E.; Lilleskov, E.; Högfors-Rönnholm, E.; Chen, F.; Stewart, F.; Nicol, G. W.; Teeling, H.; Beller, H. R.; Dionisi, H.; Liao, H. - L.; Beman, J. M.; Stegen, J.; Tiedje, J.; Jansson, J.; VanderGheynst, J.; Norton, J.; Dangl, J.; Blanchard, J.; Bowen, J.; Macalady, J.; Pett-Ridge, J.; Rich, J.; Payet, J. P.; Gladden, J. D.; Raff, J. D.; Klassen, J. L.; Tarn, J.; Neufeld, J.; Gravuer, K.; Hofmockel, K.; Chen, K. - H.; Konstantinidis, K.; DeAngelis, K. M.; Partida-Martinez, L. P.; Meredith, L.; Chistoserdova, L.; Moran, M. A.; Scarborough, M.; Schrenk, M.; Sullivan, M.; David, M.; O'Malley, M. A.; Medina, M.; Habteselassie, M.; Ward, N. D.; Pietrasiak, N.; Mason, O. U.; Sorensen, P. O.; Estrada de los Santos, P.; Baldrian, P.; McKay, R. M.; Simister, R.; Stepanauskas, R.; Neumann, R.; Malmstrom, R.; Cavicchioli, R.; Kelly, R.; Hatzenpichler, R.; Stocker, R.; Cattolico, R. A.; Ziels, R.; Vilgalys, R.; Blumer-Schuette, S.; Crowe, S.; Roux, S.; Hallam, S.; Lindow, S.; Brawley, S. H.; Tringe, S.; Woyke, T.; Whitman, T.; Bianchi, T.; Mock, T.; Donohue, T.; James, T. Y.; Kalluri, U. C.; Karaoz, U.; Denef, V.; Liu, W. - T.; Whitman, W.; Ouyang, Y. (2022): Thousands of small, novel genes predicted in global phage genomes Cell Reports,39:(12):110984
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  • [96]
    2022 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2967098
    Khesali Aghtaei, H.; Püttker, S.; Maus, I.; Heyer, R.; Huang, L.; Sczyrba, A.; Reichl, U.; Benndorf, D. (2022): Adaptation of a microbial community to demand-oriented biological methanation Biotechnology for Biofuels and Bioproducts,15:(1):125
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  • [95]
    2022 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2966901 OA
    Maus, I.; Wibberg, D.; Belmann, P.; Hahnke, S.; Huang, L.; Spröer, C.; Bunk, B.; Blom, J.; Sczyrba, A.; Pühler, A.; Klocke, M.; Schlüter, A. (2022): The novel oligopeptide utilizing species Anaeropeptidivorans aminofermentans M3/9T, its role in anaerobic digestion and occurrence as deduced from large-scale fragment recruitment analyses Frontiers in Microbiology,13:1032515
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  • [94]
    2022 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2966286 OA
    Joshi, A.; Young, D.; Huang, L.; Mosberger, L.; Munk, B.; Vinzelj, J.; Flad, V.; Sczyrba, A.; Griffith, G. W.; Podmirseg, S. M.; Warthmann, R.; Lebuhn, M.; Insam, H. (2022): Effect of Growth Media on the Diversity of Neocallimastigomycetes from Non-Rumen Habitats Microorganisms,10:(10):1972
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  • [93]
    2022 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2965465 OA
    Young, D.; Joshi, A.; Huang, L.; Munk, B.; Wurzbacher, C.; Youssef, N. H.; Elshahed, M. S.; Moon, C. D.; Ochsenreither, K.; Griffith, G. W.; Callaghan, T. M.; Sczyrba, A.; Lebuhn, M.; Flad, V. (2022): Simultaneous Metabarcoding and Quantification of Neocallimastigomycetes from Environmental Samples: Insights into Community Composition and Novel Lineages Microorganisms,10:(9):1749
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  • [92]
    2022 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2963745 OA
    Alexander Sczyrba; German Network for Bioinformatics Infrastructure (de.NBI) (Hrsg.) (2022): Development and Operation of the Federated de.NBI Cloud: Contributions of the German Network for Bioinformatics Infrastructure. Bielefeld: Center for Biotechnology, de.NBI Administration Office.
    PUB | PDF | DOI
     
  • [91]
    2022 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2962388
    Meyer, F.; Fritz, A.; Deng, Z. - L.; Koslicki, D.; Lesker, T. R.; Gurevich, A.; Robertson, G.; Alser, M.; Antipov, D.; Beghini, F.; Bertrand, D.; Brito, J. J.; Brown, C. T.; Buchmann, J.; Buluç, A.; Chen, B.; Chikhi, R.; Clausen, P. T. L. C.; Cristian, A.; Dabrowski, P. W.; Darling, A. E.; Egan, R.; Eskin, E.; Georganas, E.; Goltsman, E.; Gray, M. A.; Hansen, L. H.; Hofmeyr, S.; Huang, P.; Irber, L.; Jia, H.; Jørgensen, T. S.; Kieser, S. D.; Klemetsen, T.; Kola, A.; Kolmogorov, M.; Korobeynikov, A.; Kwan, J.; LaPierre, N.; Lemaitre, C.; Li, C.; Limasset, A.; Malcher-Miranda, F.; Mangul, S.; Marcelino, V. R.; Marchet, C.; Marijon, P.; Meleshko, D.; Mende, D. R.; Milanese, A.; Nagarajan, N.; Nissen, J.; Nurk, S.; Oliker, L.; Paoli, L.; Peterlongo, P.; Piro, V. C.; Porter, J. S.; Rasmussen, S.; Rees, E. R.; Reinert, K.; Renard, B.; Robertsen, E. M.; Rosen, G. L.; Ruscheweyh, H. - J.; Sarwal, V.; Segata, N.; Seiler, E.; Shi, L.; Sun, F.; Sunagawa, S.; Sørensen, S. J.; Thomas, A.; Tong, C.; Trajkovski, M.; Tremblay, J.; Uritskiy, G.; Vicedomini, R.; Wang, Z.; Wang, Z.; Wang, Z.; Warren, A.; Willassen, N. P.; Yelick, K.; You, R.; Zeller, G.; Zhao, Z.; Zhu, S.; Zhu, J.; Garrido-Oter, R.; Gastmeier, P.; Hacquard, S.; Häußler, S.; Khaledi, A.; Maechler, F.; Mesny, F.; Radutoiu, S.; Schulze-Lefert, P.; Smit, N.; Strowig, T.; Bremges, A.; Sczyrba, A.; McHardy, A. C. (2022): Critical Assessment of Metagenome Interpretation: the second round of challenges Nature Methods,19: 429-440.
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  • [90]
    2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2950292 OA
    Blifernez-Klassen, O.; Klassen, V.; Wibberg, D.; Cebeci, E.; Henke, C.; Rückert, C.; Chaudhari, S.; Rupp, O.; Blom, J.; Winkler, A.; Al-Dilaimi, A.; Goesmann, A.; Sczyrba, A.; Kalinowski, J.; Bräutigam, A.; Kruse, O. (2021): Phytoplankton consortia as a blueprint for mutually beneficial eukaryote-bacteria ecosystems based on the biocoenosis of Botryococcus consortia Scientific Reports,11:(1):1726
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  • [89]
    2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2957501 OA
    Brandt, D.; Simunovic, M.; Busche, T.; Haak, M.; Belmann, P.; Jünemann, S.; Schulz, T.; Klages, L. J.; Vinke, S.; Beckstette, M.; Pohl, E.; Scherer, C.; Sczyrba, A.; Kalinowski, J. (2021): Multiple Occurrences of a 168-Nucleotide Deletion in SARS-CoV-2 ORF8, Unnoticed by Standard Amplicon Sequencing and Variant Calling Pipelines Viruses,13:(9):1870
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  • [88]
    2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2956369
    Fritz, A.; Bremges, A.; Deng, Z. - L.; Lesker, T. R.; Götting, J.; Ganzenmueller, T.; Sczyrba, A.; Dilthey, A.; Klawonn, F.; McHardy, A. C. (2021): Haploflow: strain-resolved de novo assembly of viral genomes Genome Biology,22:(1):212
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  • [87]
    2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2960171
    Van Den Bossche, T.; Kunath, B. J.; Schallert, K.; Schäpe, S. S.; Abraham, P. E.; Armengaud, J.; Arntzen, M. Ø.; Bassignani, A.; Benndorf, D.; Fuchs, S.; Giannone, R. J.; Griffin, T. J.; Hagen, L. H.; Halder, R.; Henry, C.; Hettich, R. L.; Heyer, R.; Jagtap, P.; Jehmlich, N.; Jensen, M.; Juste, C.; Kleiner, M.; Langella, O.; Lehmann, T.; Leith, E.; May, P.; Mesuere, B.; Miotello, G.; Peters, S. L.; Pible, O.; Queiros, P. T.; Reichl, U.; Renard, B. Y.; Schiebenhoefer, H.; Sczyrba, A.; Tanca, A.; Trappe, K.; Trezzi, J. - P.; Uzzau, S.; Verschaffelt, P.; von Bergen, M.; Wilmes, P.; Wolf, M.; Martens, L.; Muth, T. (2021): Critical Assessment of MetaProteome Investigation (CAMPI): a multi-laboratory comparison of established workflows Nature Communications,12:(1):7305
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  • [86]
    2021 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2960900
    Leitner, F.; Carazo, J. M.; Bischof, J.; Haley, N.; Audergon, P.; Sorzano, C. O.; del Cano, L.; Conesa, P.; Cox, C. J.; De Moro, G.; Erwan, C.; Exter, K.; Le Corguillé, G.; Dallet, R.; Gueguen, L.; Heriche, J. - K.; Serrano, B.; Sun, Y.; Burel, J. - M.; Zullino, S.; Longo, D. L.; Pommier, C.; Hallab, A.; Eiteneuer, C.; David, R.; Usadel, B.; Owen, S.; Gruden, K.; Pieruschka, R.; Sczyrba, A.; Pühler, A.; Beracochea, M.; Finn, R.; Gribbon, P.; Zaliani, A.; Skyner, R.; von Delft, F.; Skuta, C.; Leach, A.; Tang, J.; Capella, S.; Fernández, J. M.; Rambla, J.; Beltran, S. (2021): EOSC-Life Report on the work of the initial demonstrators.
    PUB | DOI
     
  • [85]
    2021 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2955512
    Aevarsson, A.; Kaczorowska, A. - K.; Adalsteinsson, B. T.; Ahlqvist, J.; Al-Karadaghi, S.; Altenbuchner, J.; Arsin, H.; Atlasson, U. A.; Brandt, D.; Cichowicz-Cieslak, M.; Cornish, K. A. S.; Courtin, J.; Dabrowski, S.; Dahle, H.; Djeffane, S.; Dorawa, S.; Dusaucy, J.; Enault, F.; Fedoy, A. - E.; Freitag-Pohl, S.; Fridjonsson, O. H.; Galiez, C.; Glomsaker, E.; Guerin, M.; Gundeso, S. E.; Gudmundsdottir, E. E.; Gudmundsson, H.; Hakansson, M.; Henke, C.; Helleux, A.; Henriksen, J. R.; Hjorleifdottir, S.; Hreggvidsson, G. O.; Jasilionis, A.; Jochheim, A.; Jonsdottir, I.; Jonsdottir, L. B.; Jurczak-Kurek, A.; Kaczorowski, T.; Kalinowski, J.; Kozlowski, L. P.; Krupovic, M.; Kwiatkowska-Semrau, K.; Lanes, O.; Lange, J.; Lebrat, J.; Linares-Pasten, J.; Liu, Y.; Lorentsen, S. A.; Luttermann, T.; Mas, T.; Merre, W.; Mirdita, M.; Morzywolek, A.; Ndela, E. O.; Karlsson, E. N.; Olgudottir, E.; Pedersen, C.; Perler, F.; Petursdottir, S. K.; Plotka, M.; Pohl, E.; Prangishvili, D.; Ray, J. L.; Reynisson, B.; Robertsdottir, T.; Sandaa, R. - A.; Sczyrba, A.; Skirnisdottir, S.; Soding, J.; Solstad, T.; Steen, I. H.; Stefansson, S. K.; Steinegger, M.; Overa, K. S.; Striberny, B.; Svensson, A.; Szadkowska, M.; Tarrant, E. J.; Terzian, P.; Tourigny, M.; van den Bergh, T.; Vanhalst, J.; Vincent, J.; Vroling, B.; Walse, B.; Wang, L.; Watzlawick, H.; Welin, M.; Werbowy, O.; Wons, E.; Zhang, R. (2021): Going to extremes - a metagenomic journey into the dark matter of life FEMS microbiology letters,fnab067
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  • [84]
    2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2952275
    Meyer, F.; Lesker, T. - R.; Koslicki, D.; Fritz, A.; Gurevich, A.; Darling, A. E.; Sczyrba, A.; Bremges, A.; McHardy, A. C. (2021): Tutorial: assessing metagenomics software with the CAMI benchmarking toolkit Nature Protocols,16:(4): 1785–1801.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [83]
    2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2951537 OA
    Tabacchioni, S.; Passato, S.; Ambrosino, P.; Huang, L.; Caldara, M.; Cantale, C.; Hett, J.; Del Fiore, A.; Fiore, A.; Schlüter, A.; Sczyrba, A.; Maestri, E.; Marmiroli, N.; Neuhoff, D.; Nesme, J.; Sørensen, S. J.; Aprea, G.; Nobili, C.; Presenti, O.; Giovannetti, G.; Giovannetti, C.; Pihlanto, A.; Brunori, A.; Bevivino, A. (2021): Identification of Beneficial Microbial Consortia and Bioactive Compounds with Potential as Plant Biostimulants for a Sustainable Agriculture Microorganisms,9:(2):426
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [82]
    2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2941645 OA
    Maus, I.; Klocke, M.; Derenkó, J.; Stolze, Y.; Beckstette, M.; Jost, C.; Wibberg, D.; Blom, J.; Henke, C.; Willenbücher, K.; Rumming, M.; Rademacher, A.; Pühler, A.; Sczyrba, A.; Schlüter, A. (2020): Impact of process temperature and organic loading rate on cellulolytic / hydrolytic biofilm microbiomes during biomethanation of ryegrass silage revealed by genome-centered metagenomics and metatranscriptomics Environmental Microbiome,15:(1):7
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  • [81]
    2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2953267
    Schulte-Schrepping, J.; Reusch, N.; Paclik, D.; Baßler, K.; Schlickeiser, S.; Zhang, B.; Krämer, B.; Krammer, T.; Brumhard, S.; Bonaguro, L.; De Domenico, E.; Wendisch, D.; Grasshoff, M.; Kapellos, T. S.; Beckstette, M.; Pecht, T.; Saglam, A.; Dietrich, O.; Mei, H. E.; Schulz, A. R.; Conrad, C.; Kunkel, D.; Vafadarnejad, E.; Xu, C. - J.; Horne, A.; Herbert, M.; Drews, A.; Thibeault, C.; Pfeiffer, M.; Hippenstiel, S.; Hocke, A.; Müller-Redetzky, H.; Heim, K. - M.; Machleidt, F.; Uhrig, A.; Bosquillon de Jarcy, L.; Jürgens, L.; Stegemann, M.; Glösenkamp, C. R.; Volk, H. - D.; Goffinet, C.; Landthaler, M.; Wyler, E.; Georg, P.; Schneider, M.; Dang-Heine, C.; Neuwinger, N.; Kappert, K.; Tauber, R.; Corman, V.; Raabe, J.; Kaiser, K. M.; Vinh, M. T.; Rieke, G.; Meisel, C.; Ulas, T.; Becker, M.; Geffers, R.; Witzenrath, M.; Drosten, C.; Suttorp, N.; von Kalle, C.; Kurth, F.; Händler, K.; Schultze, J. L.; Aschenbrenner, A. C.; Li, Y.; Nattermann, J.; Sawitzki, B.; Saliba, A. - E.; Sander, L. E.; Angelov, A.; Bals, R.; Bartholomäus, A.; Becker, A.; Bezdan, D.; Bonifacio, E.; Bork, P.; Clavel, T.; Colome-Tatche, M.; Diefenbach, A.; Dilthey, A.; Fischer, N.; Förstner, K.; Frick, J. - S.; Gagneur, J.; Goesmann, A.; Hain, T.; Hummel, M.; Janssen, S.; Kalinowski, J.; Kallies, R.; Kehr, B.; Keller, A.; Kim-Hellmuth, S.; Klein, C.; Kohlbacher, O.; Korbel, J. O.; Kurth, I.; Landthaler, M.; Li, Y.; Ludwig, K.; Makarewicz, O.; Marz, M.; McHardy, A.; Mertes, C.; Nöthen, M.; Nürnberg, P.; Ohler, U.; Ossowski, S.; Overmann, J.; Peter, S.; Pfeffer, K.; Poetsch, A. R.; Pühler, A.; Rajewsky, N.; Ralser, M.; Rieß, O.; Ripke, S.; Nunes da Rocha, U.; Rosenstiel, P.; Saliba, A. - E.; Sander, L. E.; Sawitzki, B.; Schiffer, P.; Schulte, E. - C.; Schultze, J. L.; Sczyrba, A.; Stegle, O.; Stoye, J.; Theis, F.; Vehreschild, J.; Vogel, J.; von Kleist, M.; Walker, A.; Walter, J.; Wieczorek, D.; Ziebuhr, J. (2020): Severe COVID-19 Is Marked by a Dysregulated Myeloid Cell Compartment Cell,182:(6): 1419-1440.e23.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [80]
    2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2944226 OA
    Rettenmaier, R.; Schneider, M.; Munk, B.; Lebuhn, M.; Jünemann, S.; Sczyrba, A.; Maus, I.; Zverlov, V.; Liebl, W. (2020): Importance of Defluviitalea raffinosedens for Hydrolytic Biomass Degradation in Co-Culture with Hungateiclostridium thermocellum Microorganisms,8:(6):915
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [79]
    2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2949597 OA
    Maus, I.; Tubbesing, T. J.; Wibberg, D.; Heyer, R.; Hassa, J.; Tomazetto, G.; Huang, L.; Bunk, B.; Spröer, C.; Benndorf, D.; Zverlov, V.; Pühler, A.; Klocke, M.; Sczyrba, A.; Schlüter, A. (2020): The Role of Petrimonas mucosa ING2-E5AT in Mesophilic Biogas Reactor Systems as Deduced from Multiomics Analyses Microorganisms,8:(12):2024
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [78]
    2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2948401 OA
    Moore, M.; Wesemann, C.; Gossmann, N.; Sahm, A.; Krüger, J.; Sczyrba, A.; Dietz, K. - J. (2020): ConCysFind: a pipeline tool to predict conserved amino acids of protein sequences across the plant kingdom BMC Bioinformatics,21:(1):490
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [77]
    2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2941704
    Lesker, T. R.; Durairaj, A. C.; Galvez, E. J. C.; Lagkouvardos, I.; Baines, J. F.; Clavel, T.; Sczyrba, A.; McHardy, A. C.; Strowig, T. (2020): An Integrated Metagenome Catalog Reveals New Insights into the Murine Gut Microbiome. Cell reports,30:(9): 2909-2922.e6.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [76]
    2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2933767
    Fritz, A.; Hofmann, P.; Majda, S.; Dahms, E.; Dröge, J.; Fiedler, J.; Lesker, T. R.; Belmann, P.; DeMaere, M. Z.; Darling, A. E.; Sczyrba, A.; Bremges, A.; McHardy, A. C. (2019): CAMISIM: simulating metagenomes and microbial communities Microbiome,7:(1):17
    PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [75]
    2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2934798
    Pankoke, H.; Maus, I.; Loh, G.; Huser, A.; Seifert, J.; Tilker, A.; Hark, S.; Sczyrba, A.; Pelzer, S.; Kleinbolting, J. (2019): Evaluation of commercially available DNA extraction kits for the analysis of the broiler chicken cecal microbiota. FEMS microbiology letters
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [74]
    2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2936223 OA
    Belmann, P.; Fischer, B.; Krüger, J.; Procházka, M.; Rasche, H.; Prinz, M.; Hanussek, M.; Lang, M.; Bartusch, F.; Gläßle, B.; Krüger, J.; Pühler, A.; Sczyrba, A. (2019): de.NBI Cloud federation through ELIXIR AAI F1000Research,8:842
    PUB | PDF | DOI | Download (ext.) | PubMed | Europe PMC
     
  • [73]
    2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2935923 OA
    Nelkner, J.; Henke, C.; Lin, T. W.; Pätzold, W.; Hassa, J.; Jaenicke, S.; Grosch, R.; Pühler, A.; Sczyrba, A.; Schlüter, A. (2019): Effect of Long-Term Farming Practices on Agricultural Soil Microbiome Members Represented by Metagenomically Assembled Genomes (MAGs) and Their Predicted Plant-Beneficial Genes Genes,10:(6):424
    PUB | PDF | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [72]
    2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2930593
    Linden, M.; Prochazka, M.; Lappalainen, I.; Bucik, D.; Vyskocil, P.; Kuba, M.; Silén, S.; Belmann, P.; Sczyrba, A.; Newhouse, S.; Matyska, L.; Nyrönen, T. (2018): Common ELIXIR Service for Researcher Authentication and Authorisation F1000Research,7:1199
    PUB | DOI | Download (ext.) | PubMed | Europe PMC
     
  • [71]
    2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2920723
    Meyer, F.; Hofmann, P.; Belmann, P.; Garrido-Oter, R.; Fritz, A.; Sczyrba, A.; McHardy, A. C. (2018): AMBER: Assessment of Metagenome BinnERs GigaScience,7:(6):giy069
    PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [70]
    2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2920777
    Celis, J. S.; Wibberg, D.; Ramírez-Portilla, C.; Rupp, O.; Sczyrba, A.; Winkler, A.; Kalinowski, J.; Wilke, T. (2018): Binning Enables Efficient Host Genome Reconstruction in Cnidarian Holobionts GigaScience,7:(7):giy075
    PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [69]
    2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2920750
    Maus, I.; Rumming, M.; Bergmann, I.; Heeg, K.; Pohl, M.; Nettmann, E.; Jaenicke, S.; Blom, J.; Pühler, A.; Schlüter, A.; Sczyrba, A.; Klocke, M. (2018): Characterization of Bathyarchaeota genomes assembled from metagenomes of biofilms residing in mesophilic and thermophilic biogas reactors Biotechnology for Biofuels,11:(1):167
    PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [68]
    2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2915890
    Huang, L.; Krüger, J.; Sczyrba, A. (2018): Analyzing large scale genomic data on the cloud with Sparkhit Bioinformatics,34:(9): 1457-1465.
    PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [67]
    2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2916929
    Stolze, Y.; Bremges, A.; Maus, I.; Pühler, A.; Sczyrba, A.; Schlüter, A. (2018): Targeted in situ metatranscriptomics for selected taxa from mesophilic and thermophilic biogas plants Microbial Biotechnology,11:(4): 667-679.
    PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [66]
    2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2914959
    da Schoren Costa, P.; Bolzan de Campos, S.; Albersmeier, A.; Dirksen, P.; Pereira Dresseno, A. L.; Andrade Pais dos Santos, O. J.; Lima Milani, K. M.; Etto, R. M.; Battistus, A. G.; Peres Rodrigues da Costa, A. C.; Martinez de Oliveira, A. L.; Weigert Galvão, C.; Guimarães, V. F.; Sczyrba, A.; Wendisch, V. F.; Passaglia, L. (2018): Invasion ecology applied to inoculation of plant growth promoting bacteria through a novel SIMPER-PCA approach Plant and Soil,422:(1-2): 467-478.
    PUB | DOI | WoS
     
  • [65]
    2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2918275
    Fleming, E. J.; Woyke, T.; Donatello, A. R.; Kuypers, M. M. M.; Sczyrba, A.; Littmann, S.; Emerson, D. (2018): Insights into the fundamental physiology of the uncultured Fe-oxidizing bacterium Leptothrix ochracea Applied and Environmental Microbiology,84:(9):e02239-17
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [64]
    2017 | Zeitschriftenaufsatz | PUB-ID: 2913876
    Sczyrba, A.; Hofman, P.; Belmann, P.; Koslicki, D.; Janssen, S.; Dröge, J.; Gregor, I.; Majda, S.; Fiedler, J.; Dahms, E.; Bremges, A.; Fritz, A.; Garrido-Oter, R.; Jørgensen, T. S.; Shapiro, N.; Blood, P. D.; Gurevich, A.; Bai, Y.; Turaev, D.; DeMaere, M. Z.; Chikhi, R.; Nagarajan, N.; Quince, C.; Meyer, F.; Balvočiūtė, M.; Hestbjerg Hansen, L.; Sørensen, S. J.; Chia, B. K. H.; Denis, B.; Froula, J. L.; Wang, Z.; Egan, R.; Don Kang, D.; Cook, J. J.; Deltel, C.; Beckstette, M.; Lemaitre, C.; Peterlongo, P.; Rizk, G.; Lavenier, D.; Wu, Y. - W.; Singer, S. W.; Jain, C.; Strous, M.; Klingenberg, H.; Meinicke, P.; Barton, M.; Lingner, T.; Lin, H. - H.; Liao, Y. - C.; Gueiros Z. Silva, G.; Cuevas, D. A.; Edwards, R. A.; Saha, S.; Piro, V. C.; Renard, B. Y.; Pop, M.; Klenk, H. - P.; Göker, M.; Kyrpides, N. C.; Woyke, T.; Vorholt, J. A.; Schulze-Lefert, P.; Rubin, E. M.; Darling, A. E.; Rattei, T.; McHardy, A. C. (2017): Benchmark data sets, software results and reference data for the first CAMI challenge GigaScience Database
    PUB | DOI
     
  • [63]
    2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2914367
    Sczyrba, A.; Hofmann, P.; Belmann, P.; Koslicki, D.; Janssen, S.; Dröge, J.; Gregor, I.; Majda, S.; Fiedler, J.; Dahms, E.; Bremges, A.; Fritz, A.; Garrido-Oter, R.; Jørgensen, T. S.; Shapiro, N.; Blood, P. D.; Gurevich, A.; Bai, Y.; Turaev, D.; DeMaere, M. Z.; Chikhi, R.; Nagarajan, N.; Quince, C.; Meyer, F.; Balvočiūtė, M.; Hansen, L. H.; Sørensen, S. J.; Chia, B. K. H.; Denis, B.; Froula, J. L.; Wang, Z.; Egan, R.; Don Kang, D.; Cook, J. J.; Deltel, C.; Beckstette, M.; Lemaitre, C.; Peterlongo, P.; Rizk, G.; Lavenier, D.; Wu, Y. - W.; Singer, S. W.; Jain, C.; Strous, M.; Klingenberg, H.; Meinicke, P.; Barton, M. D.; Lingner, T.; Lin, H. - H.; Liao, Y. - C.; Silva, G. G. Z.; Cuevas, D. A.; Edwards, R. A.; Saha, S.; Piro, V. C.; Renard, B. Y.; Pop, M.; Klenk, H. - P.; Göker, M.; Kyrpides, N. C.; Woyke, T.; Vorholt, J. A.; Schulze-Lefert, P.; Rubin, E. M.; Darling, A. E.; Rattei, T.; McHardy, A. C. (2017): Critical Assessment of Metagenome Interpretation—a benchmark of metagenomics software Nature Methods,14:(11): 1063-1071.
    PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [62]
    2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909153 OA
    Yu, J.; Blom, J.; Sczyrba, A.; Goesmann, A. (2017): Rapid protein alignment in the cloud: HAMOND combines fast DIAMOND alignments with Hadoop parallelism Journal of Biotechnology,257: 58-60.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [61]
    2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2915516 OA
    Maus, I.; Bremges, A.; Stolze, Y.; Hahnke, S.; Cibis, K. G.; Koeck, D. E.; Kim, Y. S.; Kreubel, J.; Hassa, J.; Wibberg, D.; Weimann, A.; Off, S.; Stantscheff, R.; Zverlov, V. V.; Schwarz, W. H.; König, H.; Liebl, W.; Scherer, P.; McHardy, A. C.; Sczyrba, A.; Klocke, M.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2017): Genomics and prevalence of bacterial and archaeal isolates from biogas-producing microbiomes Biotechnology for Biofuels,10:(1):264
    PUB | PDF | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [60]
    2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913556
    Jünemann, S.; Kleinbölting, N.; Jaenicke, S.; Henke, C.; Hassa, J.; Nelkner, J.; Stolze, Y.; Albaum, S.; Schlüter, A.; Goesmann, A.; Sczyrba, A.; Stoye, J. (2017): Bioinformatics for NGS-based metagenomics and the application to biogas research Journal of Biotechnology,261:(SI): 10-23.
    PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [59]
    2017 | Datenpublikation | PUB-ID: 2914921 OA
    Huang, L.; Krüger, J.; Sczyrba, A. (2017): Sparkhit evaluation data set. Bielefeld University.
    PUB | Dateien verfügbar | DOI
     
  • [58]
    2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2904836
    Heyer, R.; Benndorf, D.; Kohrs, F.; De Vrieze, J.; Boon, N.; Hoffmann, M.; Rapp, E.; Schlüter, A.; Sczyrba, A.; Reichl, U. (2016): Proteotyping of biogas plant microbiomes separates biogas plants according to process temperature and reactor type Biotechnology for Biofuels,9:(1):155
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [57]
    2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2905260
    Maus, I.; Koeck, D. E.; Cibis, K. G.; Hahnke, S.; Kim, Y. S.; Langer, T.; Kreubel, J.; Erhard, M.; Bremges, A.; Off, S.; Stolze, Y.; Jaenicke, S.; Goesmann, A.; Sczyrba, A.; Scherer, P.; König, H.; Schwarz, W. H.; Zverlov, V. V.; Liebl, W.; Pühler, A.; Schlüter, A.; Klocke, M. (2016): Unraveling the microbiome of a thermophilic biogas plant by metagenome and metatranscriptome analysis complemented by characterization of bacterial and archaeal isolates Biotechnology for Biofuels,9:(1):171
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [56]
    2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901729
    Bremges, A.; Singer, E.; Woyke, T.; Sczyrba, A. (2016): MeCorS: Metagenome-enabled error correction of single cell sequencing reads Bioinformatics,32:(14): 2199-2201.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [55]
    2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900928
    Nesme, J.; Achouak, W.; Agathos, S.; Bailey, M.; Baldrian, P.; Brunel, D.; Frostegard, A.; Heulin, T.; Jansson, J. K.; Jurkevitch, E.; Kowalchuk, G. A.; Kruus, K. L.; Lagares, A.; Lapin-Scott, H. M.; Le Paslier, D.; ic-Mulec, I.; Murrell, C.; Myrold, D. D.; Nalin, R.; Nannipieri, P.; Neufeld, J. D.; O'Gara, F.; Parnell, J. J.; Pühler, A.; Pylro, V.; Ramos, J. L.; Roesch, L.; Schleper, C.; Schloter, M.; Sczyrba, A.; Sessitsch, A.; Sjöling, S.; Sørensen, J.; Sørensen, S. J.; Tebbe, C. C.; Topp, E.; Tsiamis, G.; Van Elsas, J. D.; Van Keulen, G.; Wagner, M.; Widmer, F.; Zhang, T.; Zhang, X.; Zhao, L.; Zhu, Y. - G.; Vogel, T. M.; Simonet, P. (2016): Back to the future of soil metagenomics Frontiers in Microbiology,7:73
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [54]
    2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2904815 OA
    Stolze, Y.; Bremges, A.; Rumming, M.; Henke, C.; Maus, I.; Pühler, A.; Sczyrba, A.; Schlüter, A. (2016): Identification and genome reconstruction of abundant distinct taxa in microbiomes from one thermophilic and three mesophilic production-scale biogas plants Biotechnology for Biofuels,9:(1):156
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [53]
    2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2907633 OA
    Lux, M.; Krüger, J.; Rinke, C.; Maus, I.; Schlüter, A.; Woyke, T.; Sczyrba, A.; Hammer, B. (2016): acdc – Automated Contamination Detection and Confidence estimation for single-cell genome data BMC Bioinformatics,17:(1):543
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [52]
    2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2903489
    Maus, I.; Cibis, K. G.; Bremges, A.; Stolze, Y.; Wibberg, D.; Tomazetto, G.; Blom, J.; Sczyrba, A.; König, H.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2016): Genomic characterization of Defluviitoga tunisiensis L3, a key hydrolytic bacterium in a thermophilic biogas plant and its abundance as determined by metagenome fragment recruitment Journal of Biotechnology,232: 50-60.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [51]
    2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2903302
    Wibberg, D.; Bremges, A.; Dammann-Kalinowski, T.; Maus, I.; Igeño, M. I.; Vogelsang, R.; König, C.; Luque-Almagro, V. M.; Roldán, M. D.; Sczyrba, A.; Moreno-Vivián, C.; Blasco, R.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2016): Finished genome sequence and methylome of the cyanide-degrading Pseudomonas pseudoalcaligenes strain CECT5344 as resolved by single-molecule real-time sequencing Journal of Biotechnology,232: 61-68.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [50]
    2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901418
    Campos, S. B.; Lisboa, B. B.; Camargo, F. A. O.; Bayer, C.; Sczyrba, A.; Dirksen, P.; Albersmeier, A.; Kalinowski, J.; Beneduzi, A.; Costa, P. B.; Passaglia, L. M. P.; Vargas, L. K.; Wendisch, V. F. (2016): Soil suppressiveness and its relations with the microbial community in a Brazilian subtropical agroecosystem under different management systems Soil Biology and Biochemistry,96: 191-197.
    PUB | DOI | WoS
     
  • [49]
    2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2902190
    Stiefel, F.; Fischer, S.; Sczyrba, A.; Otte, K.; Hesse, F. (2016): miRNA profiling of high, low and non-producing CHO cells during biphasic fed-batch cultivation reveals process relevant targets for host cell engineering Journal of Biotechnology,225: 31-43.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [48]
    2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901675
    Krahn, T.; Wibberg, D.; Maus, I.; Winkler, A.; Bontron, S.; Sczyrba, A.; Nordmann, P.; Pühler, A.; Poirel, L.; Schlüter, A. (2016): Intraspecies transfer of the chromosomally encoded Acinetobacter baumannii blaNDM-1 carbapenemase gene. Antimicrobial Agents and Chemotherapy,60:(5): 3032-3040.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [47]
    2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2904234
    Ortseifen, V.; Stolze, Y.; Maus, I.; Sczyrba, A.; Bremges, A.; Albaum, S.; Jaenicke, S.; Fracowiak, J.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2016): An integrated metagenome and -proteome analysis of the microbial community residing in a biogas production plant Journal of Biotechnology,231: 268-279.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [46]
    2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2764906 OA
    Bremges, A.; Maus, I.; Belmann, P.; Eikmeyer, F. G.; Winkler, A.; Albersmeier, A.; Pühler, A.; Schlüter, A.; Sczyrba, A. (2015): Deeply sequenced metagenome and metatranscriptome of a biogas-producing microbial community from an agricultural production-scale biogas plant GigaScience,4:(1):33
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [45]
    2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2782501
    Belmann, P.; Dröge, J.; Bremges, A.; McHardy, A. C.; Sczyrba, A.; Barton, M. D. (2015): Bioboxes: standardised containers for interchangeable bioinformatics software GigaScience,4:(1):47
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [44]
    2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2726156
    Paul, B. G.; Bagby, S. C.; Czornyj, E.; Arambula, D.; Handa, S.; Sczyrba, A.; Ghosh, P.; Miller, J. F.; Valentine, D. L. (2015): Targeted diversity generation by intraterrestrial archaea and archaeal viruses Nature Communications,6:(1):6585
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [43]
    2015 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901613
    Lux, M.; Hammer, B.; Sczyrba, A. (2015): Automated Contamination Detection in Single-Cell Sequencing bioRxiv
    PUB
     
  • [42]
    2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2762833
    Kohrs, F.; Wolter, S.; Benndorf, D.; Heyer, R.; Hoffmann, M.; Rapp, E.; Bremges, A.; Sczyrba, A.; Schlüter, A.; Reichl, U. (2015): Fractionation of biogas plant sludge material improves metaproteomic characterization to investigate metabolic activity of microbial communities Proteomics,15:(20): 3585-3589.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [41]
    2015 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901466
    Osterholz, B.; Wiebke, P.; Fust, A.; Rumming, M.; Schlüter, A.; Sczyrba, A. (2015): A Bioinformatics Pipeline for the Detection of β-lactamase Genes in Metagenome Sequence Data and its Application to Production-Scale Biogas Plants. In: Julius Kühn-Institut, Bundesforschungsinstitut für Kulturpflanzen Institut für Epidemiologie und Pathogendiagnostik (Hrsg.): .
    PUB
     
  • [40]
    2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2726183
    Field, E. K.; Sczyrba, A.; Lyman, A. E.; Harris, C. C.; Woyke, T.; Stepanauskas, R.; Emerson, D. (2015): Genomic insights into the uncultivated marine Zetaproteobacteria at Loihi Seamount The ISME journal,9:(4): 857-870.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [39]
    2015 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901612
    Lux, M.; Sczyrba, A.; Hammer, B. (2015): Automatic discovery of metagenomic structure. In: 2015 International Joint Conference on Neural Networks (IJCNN). Institute of Electrical & Electronics Engineers (IEEE).
    PUB | DOI
     
  • [38]
    2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2685992
    Piao, H.; Lachman, M.; Malfatti, S.; Sczyrba, A.; Knierim, B.; Auer, M.; Tringe, S. G.; Mackie, R. I.; Yeoman, C. J.; Hess, M. (2014): Temporal dynamics of fibrolytic and methanogenic rumen microorganisms during in situ incubation of switchgrass determined by 16S rRNA gene profiling Frontiers in Microbiology,5:(307): 307.
    PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [37]
    2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2698163
    Heins, R. A.; Cheng, X.; Nath, S.; Deng, K.; Bowen, B. P.; Chivian, D. C.; Datta, S.; Friedland, G. D.; D'Haeseleer, P.; Wu, D.; Tran-Gyamfi, M.; Scullin, C. S.; Singh, S.; Shi, W.; Hamilton, M. G.; Bendall, M. L.; Sczyrba, A.; Thompson, J.; Feldman, T.; Guenther, J. M.; Gladden, J. M.; Cheng, J. - F.; Adams, P. D.; Rubin, E. M.; Simmons, B. A.; Sale, K. L.; Northen, T. R.; Deutsch, S. (2014): Phylogenomically Guided Identification of Industrially Relevant GH1 β-Glucosidases through DNA Synthesis and Nanostructure-Initiator Mass Spectrometry ACS chemical biology,9:(9): 2082-2091.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [36]
    2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2654433
    Kamke, J.; Rinke, C.; Schwientek, P.; Mavromatis, K.; Ivanova, N.; Sczyrba, A.; Woyke, T.; Hentschel, U. (2014): The Candidate Phylum Poribacteria by Single-Cell Genomics: New Insights into Phylogeny, Cell-Compartmentation, Eukaryote-Like Repeat Proteins, and Other Genomic Features PLoS ONE,9:(1):e87353
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [35]
    2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2689051
    Ghylin, T. W.; Garcia, S. L.; Moya, F.; Oyserman, B. O.; Schwientek, P.; Forest, K. T.; Mutschler, J.; Dwulit-Smith, J.; Chan, L. - K.; Martinez-Garcia, M.; Sczyrba, A.; Stepanauskas, R.; Grossart, H. - P.; Woyke, T.; Warnecke, F.; Malmstrom, R.; Bertilsson, S.; McMahon, K. D. (2014): Comparative single-cell genomics reveals potential ecological niches for the freshwater acI Actinobacteria lineage The ISME Journal,8:(12): 2503-2516.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [34]
    2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2672695
    Swan, B. K.; Chaffin, M. D.; Martinez-Garcia, M.; Morrison, H. G.; Field, E. K.; Poulton, N. J.; Masland, E. D. P.; Harris, C. C.; Sczyrba, A.; Chain, P. S. G.; Koren, S.; Woyke, T.; Stepanauskas, R. (2014): Genomic and metabolic diversity of marine group I thaumarchaeota in the mesopelagic of two subtropical gyres PloS one,9:(4):e95380
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [33]
    2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2665333
    Henrich, B.; Rumming, M.; Sczyrba, A.; Velleuer, E.; Dietrich, R.; Gerlach, W.; Gombert, M.; Rahn, S.; Stoye, J.; Borkhardt, A.; Fischer, U. (2014): Mycoplasma salivarium as a Dominant Coloniser of Fanconi Anaemia Associated Oral Carcinoma PLoS ONE,9:(3):e92297
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [32]
    2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2662055
    Wibberg, D.; Luque-Almagro, V. M.; Igeño, M. I.; Bremges, A.; Roldán, M. D.; Merchán, F.; Sáez, L. P.; Guijo, M. I.; Manso, M. I.; Macías, D.; Cabello, P.; Becerra, G.; Ibáñez, M. I.; Carmona, M. I.; Escribano, M. P.; Castillo, F.; Sczyrba, A.; Moreno-Vivián, C.; Blasco, R.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2014): Complete genome sequence of the cyanide-degrading bacterium Pseudomonas pseudoalcaligenes CECT5344 Journal of biotechnology,175: 67-68.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [31]
    2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2638234
    Zaremba-Niedzwiedzka, K.; Viklund, J.; Zhao, W.; Ast, J.; Sczyrba, A.; Woyke, T.; McMahon, K.; Bertilsson, S.; Stepanauskas, R.; Andersson, S. G. (2013): Single-cell genomics reveal low recombination frequencies in freshwater bacteria of the SAR11 clade Genome biology,14:(11):R130
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [30]
    2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2613567
    Rinke, C.; Schwientek, P.; Sczyrba, A.; Ivanova, N. N.; Anderson, I. J.; Cheng, J. - F.; Darling, A.; Malfatti, S.; Swan, B. K.; Gies, E. A.; Dodsworth, J. A.; Hedlund, B. P.; Tsiamis, G.; Sievert, S. M.; Liu, W. - T.; Eisen, J. A.; Hallam, S. J.; Kyrpides, N. C.; Stepanauskas, R.; Rubin, E. M.; Hugenholtz, P.; Woyke, T. (2013): Insights into the phylogeny and coding potential of microbial dark matter Nature,499:(7459): 431-437.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [29]
    2013 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2623500
    Gisbrecht, A.; Hammer, B.; Mokbel, B.; Sczyrba, A. (2013): Nonlinear dimensionality reduction for cluster identification in metagenomic samples. In: Ebad Banissi (Hrsg.): 17th International Conference on Information Visualisation IV 2013. Piscataway, NJ: IEEE. S. 174-179.
    PUB | DOI
     
  • [28]
    2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2563543
    Campbell, A. G.; Campbell, J. H.; Schwientek, P.; Woyke, T.; Sczyrba, A.; Allman, S.; Beall, C. J.; Griffen, A.; Leys, E.; Podar, M. (2013): Multiple Single-Cell Genomes Provide Insight into Functions of Uncultured Deltaproteobacteria in the Human Oral Cavity PLoS ONE,8:(3):e59361
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [27]
    2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2563424
    Campbell, J. H.; O'Donoghue, P.; Campbell, A. G.; Schwientek, P.; Sczyrba, A.; Woyke, T.; Söll, D.; Podar, M. (2013): UGA is an additional glycine codon in uncultured SR1 bacteria from the human microbiota Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America,110:(14): 5540-5545.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [26]
    2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2641352
    Kamke, J.; Sczyrba, A.; Ivanova, N.; Schwientek, P.; Rinke, C.; Mavromatis, K.; Woyke, T.; Hentschel, U. (2013): Single-cell genomics reveals complex carbohydrate degradation patterns in poribacterial symbionts of marine sponges The ISME journal,7:(12): 2287-2300.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [25]
    2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2613623
    Swan, B. K.; Tupper, B.; Sczyrba, A.; Lauro, F. M.; Martinez-Garcia, M.; González, J. M.; Luo, H.; Wright, J. J.; Landry, Z. C.; Hanson, N. W.; Thompson, B. P.; Poulton, N. J.; Schwientek, P.; Acinas, S. G.; Giovannoni, S. J.; Moran, M. A.; Hallam, S. J.; Cavicchioli, R.; Woyke, T.; Stepanauskas, R. (2013): Prevalent genome streamlining and latitudinal divergence of planktonic bacteria in the surface ocean Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America,110:(28): 11463-11468.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [24]
    2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2518330
    Garcia, S. L.; McMahon, K. D.; Martinez-Garcia, M.; Srivastava, A.; Sczyrba, A.; Stepanauskas, R.; Grossart, H. - P.; Woyke, T.; Warnecke, F. (2012): Metabolic potential of a single cell belonging to one of the most abundant lineages in freshwater bacterioplankton The ISME journal,7:(1): 137-147.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [23]
    2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2547307
    El-Kalioby, M.; Abouelhoda, M.; Krüger, J.; Giegerich, R.; Sczyrba, A.; Wall, D. P.; Tonellato, P. (2012): Personalized cloud-based bioinformatics services for research and education: use cases and the elasticHPC package BMC Bioinformatics,13:(Suppl 17):S22
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [22]
    2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2410148
    Woyke, T.; Sczyrba, A.; Lee, J.; Rinke, C.; Tighe, D.; Clingenpeel, S.; Malmstrom, R.; Stepanauskas, R.; Cheng, J. - F. (2011): Decontamination of MDA Reagents for Single Cell Whole Genome Amplification PLoS ONE,6:(10):e26161
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [21]
    2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2351462
    Kim, T. - W.; Chokhawala, H. A.; Hess, M.; Dana, C. M.; Baer, Z.; Sczyrba, A.; Rubin, E. M.; Blanch, H. W.; Clark, D. S. (2011): High-Throughput In Vitro Glycoside Hydrolase (HIGH) Screening for Enzyme Discovery Angewandte Chemie,123:(47): 11411-11414.
    PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
     
  • [20]
    2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2329885
    Swan, B. K.; Martinez-Garcia, M.; Preston, C. M.; Sczyrba, A.; Woyke, T.; Lamy, D.; Reinthaler, T.; Poulton, N. J.; Masland, E. D. P.; Gomez, M. L.; Sieracki, M. E.; DeLong, E. F.; Herndl, G. J.; Stepanauskas, R. (2011): Potential for Chemolithoautotrophy Among Ubiquitous Bacteria Lineages in the Dark Ocean Science,333:(6047): 1296-1300.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [19]
    2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2789582
    Sales, C. M.; Mahendra, S.; Grostern, A.; Parales, R. E.; Goodwin, L. A.; Woyke, T.; Nolan, M.; Lapidus, A.; Chertkov, O.; Ovchinnikova, G.; Sczyrba, A.; Alvarez-Cohen, L. (2011): Genome sequence of the 1,4-dioxane-degrading Pseudonocardia dioxanivorans strain CB1190 Journal of Bacteriology,193:(17): 4549-4550.
    PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC | GenBank
     
  • [18]
    2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1991643
    Hess, M.; Sczyrba, A.; Egan, R.; Kim, T. W.; Chokhawala, H.; Schroth, G.; Luo, S.; Clark, D. S.; Chen, F.; Zhang, T.; Mackie, R. I.; Pennacchio, L. A.; Tringe, S. G.; Visel, A.; Woyke, T.; Wang, Z.; Rubin, E. M. (2011): Metagenomic discovery of biomass-degrading genes and genomes from cow rumen Science,331:(6016): 463-467.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [17]
    2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1991615
    Gilbert, J. A.; Meyer, F.; Antonopoulos, D.; Balaji, P.; Brown, C. T.; Desai, N.; Eisen, J. A.; Evers, D.; Field, D.; Feng, W.; Huson, D.; Jansson, J.; Knight, R.; Knight, J.; Kolker, E.; Konstantindis, K.; Kostka, J.; Kyrpides, N.; Mackelprang, R.; McHardy, A.; Quince, C.; Raes, J.; Sczyrba, A.; Shade, A.; Stevens, R. (2010): Meeting report: the terabase metagenomics workshop and the vision of an Earth microbiome project Stand Genomic Sci,3:(3): 243-248.
    PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
     
  • [16]
    2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1784020 OA
    Lamprecht, A. - L.; Margaria, T.; Steffen, B.; Sczyrba, A.; Hartmeier, S.; Giegerich, R. (2008): GeneFisher-P: variations of GeneFisher as processes in Bio-jETI BMC Bioinformatics,9:(Suppl 4):S13
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [15]
    2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1588303
    Sczyrba, A.; Konermann, S.; Giegerich, R. (2008): Two interactive bioinformatics courses at the bielefeld university bioinformatics server BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS,9:(3): 243-249.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [14]
    2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1599756 OA
    Spitzer, M.; Lorkowski, S.; Cullen, P.; Sczyrba, A.; Fuellen, G. (2006): IsoSVM - Distinguishing isoforms and paralogs on the protein level BMC Bioinformatics,7:(1): 110.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [13]
    2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773613 OA
    Sczyrba, A.; Beckstette, M.; Brivanlou, A. H.; Giegerich, R.; Altmann, C. R. (2005): XenDB: Full length cDNA prediction and cross species mapping in Xenopus laevis BMC Genomics,6:(1):123
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [12]
    2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383529
    Beckstette, M.; Mailänder, J. T.; Marhöfer, R. J.; Sczyrba, A.; Ohlebusch, E.; Giegerich, R.; Selzer, P. M. (2004): Genlight: Interactive high-throughput sequence analysis and comparative genomics Journal of Integrative Bioinformatics,1:(1): 90-107.
    PUB | DOI
     
  • [11]
    2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383536
    Beckstette, M.; Sczyrba, A.; Selzer, P. M. (2004): Genlight: Interactive high-throughput sequence analysis and comparative genomics. In: Robert Giegerich (Hrsg.): German Conference on Bioinformatics. GCB 2004 ; October 4 - 6, 2004, Bielefeld, Germany . Bonn: Gesellschaft für Informatik. (GI-Edition / Proceedings, 53). S. 179-186.
    PUB
     
  • [10]
    2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383561
    Sczyrba, A.; Beckstette, M.; Giegerich, R.; Altman, C. (2004): Identification of 10,500 Xenopus laevis Full Length Clones through EST Clustering and Sequence Analysis. In: Robert Giegerich; Jens Stoye (Hrsg.): German Conference on Bioinformatics 2004 : GCB 2004, October 4 - 6, 2004, Bielefeld, Germany . Bonn: Gesellschaft für Informatik. (GI-Edition / Proceedings, 53). S. 6-7.
    PUB
     
  • [9]
    2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1607400 OA
    Taher, L.; Rinner, O.; Garg, S.; Sczyrba, A.; Morgenstern, B. (2004): AGenDA: gene prediction by cross-species sequence comparison Nucleic Acids Research,32:(Web Server): W305-W308.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [8]
    2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1607394 OA
    Krüger, J.; Sczyrba, A.; Kurtz, S.; Giegerich, R. (2004): e2g: an interactive web-based server for efficiently mapping large EST and cDNA sets to genomic sequences NUCLEIC ACIDS RESEARCH,32:(Web Server): W301-W304.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [7]
    2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1610494
    Taher, L.; Rinner, O.; Garg, S.; Sczyrba, A.; Brudno, M.; Batzoglou, S.; Morgenstern, B. (2003): AGenDA: homology-based gene prediction BIOINFORMATICS,19:(12): 1575-1577.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [6]
    2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773844 OA
    Sczyrba, A.; Krüger, J.; Mersch, H.; Kurtz, S.; Giegerich, R. (2003): RNA-related tools on the Bielefeld Bioinformatics Server Nucleic Acids Research,31:(13): 3767-3770.
    PUB | Dateien verfügbar | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [5]
    2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1612470
    Morgenstern, B.; Goel, S.; Sczyrba, A.; Dress, A. (2003): AltAVisT: Comparing alternative multiple sequence alignments BIOINFORMATICS,19:(3): 425-426.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [4]
    2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1609260
    Dondrup, M.; Goesmann, A.; Bartels, D.; Kalinowski, J.; Krause, L.; Linke, B.; Rupp, O.; Sczyrba, A.; Pühler, A.; Meyer, F. (2003): EMMA: a platform for consistent storage and efficient analysis of microarray data JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY,106:(2-3): 135-146.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [3]
    2001 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1897716
    Gopal, S.; Schroeder, M.; Pieper, U.; Sczyrba, A.; Aytekin-Kurban, G.; Bekiranov, S.; Fajardo, J. E.; Eswar, N.; Sanchez, R.; Sali, A.; Gaasterland, T. (2001): Homology-based annotation yields 1,042 new candidate genes in the Drosophila melanogaster genome Nat Genet,27:(3): 337-340.
    PUB
     
  • [2]
    2001 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1616752
    Altmann, C. R.; Bell, E.; Sczyrba, A.; Pun, J.; Bekiranov, S.; Gaasterland, T.; Brivanlou, A. H. (2001): Microarray-based analysis of early development in Xenopus laevis DEVELOPMENTAL BIOLOGY,236:(1): 64-75.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [1]
    2000 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1897767
    Gaasterland, T.; Sczyrba, A.; Thomas, E.; Kurban, G. (2000): MAGPIE/EGRET annotation of the 2.9-Mb Drosophila melanogaster Adh region Genome Res,10:(4): 502-510.
    PUB
     
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