29 Publikationen
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2529202Zakrzewski, M., Bekel, T., Ander, C., Pühler, A., Rupp, O., Stoye, J., Schlüter, A. & Goesmann, A. (2013). MetaSAMS - A novel software platform for taxonomic classification, functional annotation and comparative analysis of metagenome datasets. Journal of Biotechnology, 167(2), 156-165. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2012.09.013.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2501752Bassaglia, Y., Bekel, T., Da Silva, C., Poulain, J., Andouche, A., Navet, S. & Bonnaud, L. (2012). ESTs library from embryonic stages reveals tubulin and reflectin diversity in Sepia officinalis (Mollusca - Cephalopoda). Gene, 498(2), 203-211. Elsevier BV. doi:10.1016/j.gene.2012.01.100.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2003276Jaenicke, S., Ander, C., Bekel, T., Bisdorf, R., Dröge, M., Gartemann, K.-H., Jünemann, S., Kaiser, O., Krause, L., Tille, F., Zakrzewski, M., Pühler, A., Schlüter, A. & Goesmann, A. (2011). Comparative and Joint Analysis of Two Metagenomic Datasets from a Biogas Fermenter Obtained by 454-Pyrosequencing. PLoS ONE, 6(1): e14519. Public Library of Science (PLoS). doi:10.1371/journal.pone.0014519.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2396576Becker, J., Hackel, M., Jakobi, T., Rupp, O., Schneider, J., Szczepanowski, R., Bekel, T., Borth, N., Goesmann, A., Grillari, J., Kaltschmidt, C., Noll, T., Pühler, A., Tauch, A. & Brinkrolf, K. (2011). Unraveling the Chinese hamster ovary cell line transcriptome by next-generation sequencing. Journal of Biotechnology, 156(3), 227-235. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2011.09.014.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2289902De Gregoris, T.B., Rupp, O., Klages, S., Knaust, F., Bekel, T., Kube, M., Burgess, J.G., Arnone, M.I., Goesmann, A., Reinhardt, R. & Clare, A.S. (2011). Deep sequencing of naupliar-, cyprid- and adult-specific normalised Expressed Sequence Tag (EST) libraries of the acorn barnacle Balanus amphitrite. Biofouling, 27(4), 367-374. Informa UK Limited. doi:10.1080/08927014.2011.577211.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Im Druck | PUB-ID: 2017892Schneiker-Bekel, S., Wibberg, D., Bekel, T., Blom, J., Linke, B., Neuweger, H., Stiens, M., Vorhölter, F.-J., Weidner, S., Goesmann, A., Pühler, A. & Schlüter, A. (In Press). The complete genome sequence of the dominant Sinorhizobium meliloti field isolate SM11 extends the S. meliloti pan-genome. Journal of Biotechnology, 155(1), 20-33. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2010.12.018.
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1785275Trost, E., Götker, S., Schneider, J., Schneiker-Bekel, S., Szczepanowski, R., Tilker, A., Viehöver, P., Arnold, W., Bekel, T., Blom, J., Gartemann, K.-H., Linke, B., Goesmann, A., Pühler, A., Shukla, S.K. & Tauch, A. (2010). Complete genome sequence and lifestyle of black-pigmented Corynebacterium aurimucosum ATCC 700975 (formerly C. nigricans CN-1) isolated from a vaginal swab of a woman with spontaneous abortion. BMC Genomics, 11(1): 91. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/1471-2164-11-91.
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2010 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1894907Mittard-Runte, V., Bekel, T., Blom, J., Dondrup, M., Henckel, K., Jaenicke, S., Krause, L., Linke, B., Neuweger, H., Schneiker-Bekel, S. & Goesmann, A. (2010). Practical Guide: Genomic Techniques and How to Apply Them to Marine Questions. In J.M. Cock, K. Tessmar-Raible, C. Boyen & F. Viard (Hrsg.), Introduction to Marine Genomics (Advances in Marine Genomics) (S. 315-396). Netherlands: Springer Netherlands. doi:10.1007/978-90-481-8639-6_9.
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1785552Schmid, J., Müller-Hagen, D., Bekel, T., Funk, L., Stahl, U., Sieber, V. & Meyer, V. (2010). Transcriptome sequencing and comparative transcriptome analysis of the scleroglucan producer Sclerotium rolfsii. BMC Genomics, 11(1): 329. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/1471-2164-11-329.
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783813Neuweger, H., Persicke, M., Albaum, S., Bekel, T., Dondrup, M., Hüser, A.T., Winnebald, J., Schneider, J., Kalinowski, J. & Goesmann, A. (2009). Visualizing post genomics data-sets on customized pathway maps by ProMeTra – aeration-dependent gene expression and metabolism of Corynebacterium glutamicum as an example. BMC Systems Biology, 3(1): 82. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/1752-0509-3-82.
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1635300Henckel, K., Runte, K.J., Bekel, T., Dondrup, M., Jakobi, T., Küster, H. & Goesmann, A. (2009). TRUNCATULIX - a data warehouse for the legume community. BMC Plant Biology, 9(1), 19. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/1471-2229-9-19.
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1591439De Gregoris, T.B., Borra, M., Biffali, E., Bekel, T., Burgess, J.G., Kirby, R.R. & Clare, A.S. (2009). Construction of an adult barnacle (Balanus amphitrite) cDNA library and selection of reference genes for quantitative RT-PCR studies. BMC Molecular Biology, 10(1), 62. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/1471-2199-10-62.
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1634447Bekel, T., Henckel, K., Küster, H., Meyer, F., Mittard-Runte, V., Neuweger, H., Paarmann, D., Rupp, O., Zakrzewski, M., Pühler, A., Stoye, J. & Goesmann, A. (2009). The Sequence Analysis and Management System - SAMS-2.0: Data management and sequence analysis adapted to changing requirements from traditional sanger sequencing to ultrafast sequencing technologies. Journal of Biotechnology, 140(1-2), 3-12. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2009.01.006.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1592024Vorhölter, F.-J., Schneiker-Bekel, S., Goesmann, A., Krause, L., Bekel, T., Kaiser, O., Linke, B., Patschkowski, T., Rückert, C., Schmid, J., Sidhu, V.K., Sieber, V., Tauch, A., Watt, S.A., Weisshaar, B., Becker, A., Niehaus, K. & Pühler, A. (2008). The genome of Xanthomonas campestris pv. campestris B 100 and its use for the reconstruction of metabolic pathways involved in xanthan biosynthesis. Journal of Biotechnology, 134(1-2), 33-45. ELSEVIER SCIENCE BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2007.12.013.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1585956Stiens, M., Becker, A., Bekel, T., Gödde, V., Goesmann, A., Niehaus, K., Schneiker-Bekel, S., Selbitschka, W., Weidner, S., Schlüter, A. & Pühler, A. (2008). Comparative genomic hybridisation and ultrafast pyrosequencing revealed remarkable differences between the Sinorhizobium meliloti genomes of the model strain Rm1021 and the field isolate SM11. Journal of Biotechnology, 136(1-2), 31-37. Elsevier. doi:10.1016/j.jbiotec.2008.04.014.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1585987Schlüter, A., Bekel, T., Diaz, N.N., Dondrup, M., Eichenlaub, R., Gartemann, K.-H., Krahn, I., Krause, L., Kroemeke, H., Kruse, O., Mussgnug, J.H., Neuweger, H., Niehaus, K., Pühler, A., Runte, K.J., Szczepanowski, R., Tauch, A., Tilker, A., Viehöver, P. & Goesmann, A. (2008). The metagenome of a biogas-producing microbial community of a production-scale biogas plant fermenter analysed by the 454-pyrosequencing technology. Journal of Biotechnology, 136(1-2), 77-90. Elsevier. doi:10.1016/j.jbiotec.2008.05.008.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1585918Tauch, A., Trost, E., Tilker, A., Ludewig, U., Schneiker-Bekel, S., Goesmann, A., Arnold, W., Bekel, T., Brinkrolf, K., Brune, I., Goetker, S., Kalinowski, J., Kamp, P.-B., Lobo, F.P., Viehöver, P., Weisshaar, B., Soriano, F., Droege, M. & Pühler, A. (2008). The lifestyle of Corynebacterium urealyticum derived from its complete genome sequence established by pyrosequencing. Journal of Biotechnology, 136(1-2), 11-21. ELSEVIER SCIENCE BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2008.02.009.
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2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1631327Schneiker-Bekel, S., Perlova, O., Kaiser, O., Gerth, K., Alici, A., Altmeyer, M.O., Bartels, D., Bekel, T., Beyer, S., Bode, E., Bode, H.B., Bolten, C.J., Choudhuri, J.V., Doss, S., Elnakady, Y.A., Frank, B., Gaigalat, L., Goesmann, A., Groeger, C., Gross, F., Jelsbak, L., Jelsbak, L., Kalinowski, J., Kegler, C., Knauber, T., Konietzny, S., Kopp, M., Krause, L., Krug, D., Linke, B., Mahmud, T., Martinez-Arias, R., McHardy, A.C., Merai, M., Meyer, F., Mormann, S., Munoz-Dorado, J., Perez, J., Pradella, S., Rachid, S., Raddatz, G., Rosenau, F., Rückert, C., Sasse, F., Scharfe, M., Schuster, S.C., Suen, G., Treuner-Lange, A., Velicer, G.J., Vorhölter, F.-J., Weissman, K.J., Welch, R.D., Wenzel, S.C., Whitworth, D.E., Wilhelm, S., Wittmann, C., Bloecker, H., Pühler, A. & Mueller, R. (2007). Complete genome sequence of the myxobacterium Sorangium cellulosum. Nature Biotechnology, 25(11), 1281-1289. Nature Publ. Group. doi:10.1038/nbt1354.
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2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783754Neuweger, H., Baumbach, J., Albaum, S., Bekel, T., Dondrup, M., Hüser, A.T., Kalinowski, J., Oehm, S., Pühler, A., Rahmann, S., Weile, J. & Goesmann, A. (2007). CoryneCenter: an online resource for the integrated analysis of corynebacterial genome and transcriptome data. BMC Systems Biology, 1(1): 55. Springer Science and Business Media LLC. doi:10.1186/1752-0509-1-55.
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2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1894739Küster, H., Becker, A., Firnhaber, C., Hohnjec, N., Manthey, K., Perlick, A.M., Bekel, T., Dondrup, M., Henckel, K., Goesmann, A., Meyer, F., Wipf, D., Requena, N., Hildebrandt, U., Hampp, R., Nehls, U., Krajinski, F., Franken, P. & Pühler, A. (2007). Development of bioinformatic tools to support EST-sequencing, in silico- and microarray-based transcriptome profiling in mycorrhizal symbioses. Phytochemistry, 68(1), 19-32. Elsevier BV. doi:10.1016/j.phytochem.2006.09.026.
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2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1596976Krause, A., Ramakumar, A., Bartels, D., Battistoni, F., Bekel, T., Boch, J., Boehm, M., Friedrich, F., Hurek, T., Krause, L., Linke, B., McHardy, A.C., Sarkar, A., Schneiker-Bekel, S., Syed, A.A., Thauer, R., Vorhölter, F.-J., Weidner, S., Pühler, A., Reinhold-Hurek, B., Kaiser, O. & Goesmann, A. (2006). Complete genome of the mutualistic, N-2-fixing grass endophyte Azoarcus sp strain BH72. Nature Biotechnology, 24(11), 1385-1391. Nature Publ. Group. doi:10.1038/nbt1243.
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2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1598182Schneiker-Bekel, S., dos Santos, V.A.P.M., Bartels, D., Bekel, T., Brecht, M., Buhrmester, J., Chernikova, T.N., Denaro, R., Ferrer, M., Gertler, C., Goesmann, A., Golyshina, O.V., Kaminski, F., Khachane, A.N., Lang, S., Linke, B., McHardy, A.C., Meyer, F., Nechitaylo, T., Pühler, A., Regenhardt, D., Rupp, O., Sabirova, J.S., Selbitschka, W., Yakimov, M.M., Timmis, K.N., Vorhölter, F.-J., Weidner, S., Kaiser, O. & Golyshin, P.N. (2006). Genome sequence of the ubiquitous hydrocarbon-degrading marine bacterium Alcanivorax borkumensis. Nature Biotechnology, 24(8), 997-1004. Nature Publ. Group. doi:10.1038/nbt1232.
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2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1598354Hohnjec, N., Henckel, K., Bekel, T., Gouzy, J., Dondrup, M., Goesmann, A. & Küster, H. (2006). Transcriptional snapshots provide insights into the molecular basis of arbuscular mycorrhiza in the model legume Medicago truncatula. FUNCTIONAL PLANT BIOLOGY, 33(8), 737-748. CSIRO PUBLISHING. doi:10.1071/FP06079.
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2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1868701Tauch, A., Trost, E., Bekel, T., Goesmann, A., Ludewig, U. & Pühler, A. (2006). Ultrafast de novo sequencing of Corynebacterium urealyticum using the Genome Sequencer 20 System. Biochemica, 4, 4-6.
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2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1603317Tauch, A., Kaiser, O., Hain, T., Goesmann, A., Weisshaar, B., Albersmeier, A., Bekel, T., Bischoff, N., Brune, I., Chakraborty, T., Kalinowski, J., Meyer, F., Rupp, O., Schneiker-Bekel, S., Viehöver, P. & Pühler, A. (2005). Complete genome sequence and analysis of the multiresistant nosocomial pathogen Corynebacterium jeikeium K411, a lipid-requiring bacterium of the human skin flora. Journal of Bacteriology, 187(13), 4671-4682. AMER SOC MICROBIOLOGY. doi:10.1128/JB.187.13.4671-4682.2005.
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2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1609197Nyamsuren, O., Colditz, F., Rosendahl, S., Tamasloukht, M., Bekel, T., Meyer, F., Kuester, H., Franken, P. & Krajinski, F. (2003). Transcriptional profiling of Medicago truncatula roots after infection with Aphanomyces euteiches (oomycota) identifies novel genes upregulated during this pathogenic interaction. PHYSIOLOGICAL AND MOLECULAR PLANT PATHOLOGY, 63(1), 17-26. ACADEMIC PRESS LTD ELSEVIER SCIENCE LTD. doi:10.1016/j.pmpp.2003.09.001.
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2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1609251Kaiser, O., Bartels, D., Bekel, T., Goesmann, A., Kespohl, S., Pühler, A. & Meyer, F. (2003). Whole genome shotgun sequencing guided-by bioinformatics pipelines - An optimized approach for an established technique. JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY, 106(2-3), 121-133. ELSEVIER SCIENCE BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2003.08.008.
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2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773880Meyer, F., Goesmann, A., McHardy, A.C., Bartels, D., Bekel, T., Clausen, J., Kalinowski, J., Linke, B., Rupp, O., Giegerich, R. & Pühler, A. (2003). GenDB - an open source genome annotation system for prokaryote genomes. Nucleic Acids Research, 31(8), 2187-2195. Oxford University Press (OUP). doi:10.1093/nar/gkg312.
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2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1612236Wulf, A., Manthey, K., Doll, J., Perlick, A.M., Linke, B., Bekel, T., Meyer, F., Franken, P., Küster, H. & Krajinski, F. (2003). Transcriptional changes in response to arbuscular mycorrhiza development in the model plant Medicago truncatula. Mol Plant Microbe Interact, 16(4), 306-314. AMER PHYTOPATHOLOGICAL SOC. doi:10.1094/MPMI.2003.16.4.306.