PUB - Publikationen an der Universität Bielefeld

Alle markieren

• [29]
  

  2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2529202

  Zakrzewski, M.; Bekel, T.; Ander, C.; Pühler, A.; Rupp, O.; Stoye, J.; Schlüter, A.; Goesmann, A. (2013): MetaSAMS - A novel software platform for taxonomic classification, functional annotation and comparative analysis of metagenome datasets Journal of Biotechnology,167:(2): 156-165.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [28]
  

  2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2501752

  Bassaglia, Y.; Bekel, T.; Da Silva, C.; Poulain, J.; Andouche, A.; Navet, S.; Bonnaud, L. (2012): ESTs library from embryonic stages reveals tubulin and reflectin diversity in Sepia officinalis (Mollusca - Cephalopoda) Gene,498:(2): 203-211.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [27]
  

  2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2003276

  Jaenicke, S.; Ander, C.; Bekel, T.; Bisdorf, R.; Dröge, M.; Gartemann, K. - H.; Jünemann, S.; Kaiser, O.; Krause, L.; Tille, F.; Zakrzewski, M.; Pühler, A.; Schlüter, A.; Goesmann, A. (2011): Comparative and Joint Analysis of Two Metagenomic Datasets from a Biogas Fermenter Obtained by 454-Pyrosequencing PLoS ONE,6:(1):e14519

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [26]
  

  2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2396576

  Becker, J.; Hackel, M.; Jakobi, T.; Rupp, O.; Schneider, J.; Szczepanowski, R.; Bekel, T.; Borth, N.; Goesmann, A.; Grillari, J.; Kaltschmidt, C.; Noll, T.; Pühler, A.; Tauch, A.; Brinkrolf, K. (2011): Unraveling the Chinese hamster ovary cell line transcriptome by next-generation sequencing Journal of Biotechnology,156:(3): 227-235.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [25]
  

  2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2289902

  De Gregoris, T. B.; Rupp, O.; Klages, S.; Knaust, F.; Bekel, T.; Kube, M.; Burgess, J. G.; Arnone, M. I.; Goesmann, A.; Reinhardt, R.; Clare, A. S. (2011): Deep sequencing of naupliar-, cyprid- and adult-specific normalised Expressed Sequence Tag (EST) libraries of the acorn barnacle Balanus amphitrite Biofouling,27:(4): 367-374.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [24]
  

  2011 | Zeitschriftenaufsatz | Im Druck | PUB-ID: 2017892

  Schneiker-Bekel, S.; Wibberg, D.; Bekel, T.; Blom, J.; Linke, B.; Neuweger, H.; Stiens, M.; Vorhölter, F. - J.; Weidner, S.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Schlüter, A. (In Press): The complete genome sequence of the dominant Sinorhizobium meliloti field isolate SM11 extends the S. meliloti pan-genome Journal of Biotechnology,155:(1): 20-33.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [23]
  

  2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1785275

  Trost, E.; Götker, S.; Schneider, J.; Schneiker-Bekel, S.; Szczepanowski, R.; Tilker, A.; Viehöver, P.; Arnold, W.; Bekel, T.; Blom, J.; Gartemann, K. - H.; Linke, B.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Shukla, S. K.; Tauch, A. (2010): Complete genome sequence and lifestyle of black-pigmented Corynebacterium aurimucosum ATCC 700975 (formerly C. nigricans CN-1) isolated from a vaginal swab of a woman with spontaneous abortion BMC Genomics,11:(1):91

  PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [22]
  

  2010 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1894907

  Mittard-Runte, V.; Bekel, T.; Blom, J.; Dondrup, M.; Henckel, K.; Jaenicke, S.; Krause, L.; Linke, B.; Neuweger, H.; Schneiker-Bekel, S.; Goesmann, A. (2010): Practical Guide: Genomic Techniques and How to Apply Them to Marine Questions. In: J. Mark Cock; Kristin Tessmar-Raible; Catherine Boyen; Frédérique Viard (Hrsg.): Introduction to Marine Genomics (Advances in Marine Genomics). Netherlands: Springer Netherlands. (1). S. 315-396.

  PUB | DOI
   
• [21]
  

  2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1785552

  Schmid, J.; Müller-Hagen, D.; Bekel, T.; Funk, L.; Stahl, U.; Sieber, V.; Meyer, V. (2010): Transcriptome sequencing and comparative transcriptome analysis of the scleroglucan producer Sclerotium rolfsii BMC Genomics,11:(1):329

  PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [20]
  

  2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783813

  Neuweger, H.; Persicke, M.; Albaum, S.; Bekel, T.; Dondrup, M.; Hüser, A. T.; Winnebald, J.; Schneider, J.; Kalinowski, J.; Goesmann, A. (2009): Visualizing post genomics data-sets on customized pathway maps by ProMeTra – aeration-dependent gene expression and metabolism of Corynebacterium glutamicum as an example BMC Systems Biology,3:(1):82

  PUB | PDF | DOI | PubMed | Europe PMC
   
• [19]
  

  2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1635300

  Henckel, K.; Runte, K. J.; Bekel, T.; Dondrup, M.; Jakobi, T.; Küster, H.; Goesmann, A. (2009): TRUNCATULIX - a data warehouse for the legume community BMC Plant Biology,9:(1): 19.

  PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [18]
  

  2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1591439

  De Gregoris, T. B.; Borra, M.; Biffali, E.; Bekel, T.; Burgess, J. G.; Kirby, R. R.; Clare, A. S. (2009): Construction of an adult barnacle (Balanus amphitrite) cDNA library and selection of reference genes for quantitative RT-PCR studies BMC Molecular Biology,10:(1): 62.

  PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC | GenBank
   
• [17]
  

  2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1634447

  Bekel, T.; Henckel, K.; Küster, H.; Meyer, F.; Mittard-Runte, V.; Neuweger, H.; Paarmann, D.; Rupp, O.; Zakrzewski, M.; Pühler, A.; Stoye, J.; Goesmann, A. (2009): The Sequence Analysis and Management System - SAMS-2.0: Data management and sequence analysis adapted to changing requirements from traditional sanger sequencing to ultrafast sequencing technologies Journal of Biotechnology,140:(1-2): 3-12.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [16]
  

  2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1592024

  Vorhölter, F. - J.; Schneiker-Bekel, S.; Goesmann, A.; Krause, L.; Bekel, T.; Kaiser, O.; Linke, B.; Patschkowski, T.; Rückert, C.; Schmid, J.; Sidhu, V. K.; Sieber, V.; Tauch, A.; Watt, S. A.; Weisshaar, B.; Becker, A.; Niehaus, K.; Pühler, A. (2008): The genome of Xanthomonas campestris pv. campestris B 100 and its use for the reconstruction of metabolic pathways involved in xanthan biosynthesis Journal of Biotechnology,134:(1-2): 33-45.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [15]
  

  2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1585956

  Stiens, M.; Becker, A.; Bekel, T.; Gödde, V.; Goesmann, A.; Niehaus, K.; Schneiker-Bekel, S.; Selbitschka, W.; Weidner, S.; Schlüter, A.; Pühler, A. (2008): Comparative genomic hybridisation and ultrafast pyrosequencing revealed remarkable differences between the Sinorhizobium meliloti genomes of the model strain Rm1021 and the field isolate SM11 Journal of Biotechnology,136:(1-2): 31-37.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [14]
  

  2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1585987

  Schlüter, A.; Bekel, T.; Diaz, N. N.; Dondrup, M.; Eichenlaub, R.; Gartemann, K. - H.; Krahn, I.; Krause, L.; Kroemeke, H.; Kruse, O.; Mussgnug, J. H.; Neuweger, H.; Niehaus, K.; Pühler, A.; Runte, K. J.; Szczepanowski, R.; Tauch, A.; Tilker, A.; Viehöver, P.; Goesmann, A. (2008): The metagenome of a biogas-producing microbial community of a production-scale biogas plant fermenter analysed by the 454-pyrosequencing technology Journal of Biotechnology,136:(1-2): 77-90.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [13]
  

  2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1585918

  Tauch, A.; Trost, E.; Tilker, A.; Ludewig, U.; Schneiker-Bekel, S.; Goesmann, A.; Arnold, W.; Bekel, T.; Brinkrolf, K.; Brune, I.; Goetker, S.; Kalinowski, J.; Kamp, P. - B.; Lobo, F. P.; Viehöver, P.; Weisshaar, B.; Soriano, F.; Droege, M.; Pühler, A. (2008): The lifestyle of Corynebacterium urealyticum derived from its complete genome sequence established by pyrosequencing Journal of Biotechnology,136:(1-2): 11-21.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [12]
  

  2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1631327

  Schneiker-Bekel, S.; Perlova, O.; Kaiser, O.; Gerth, K.; Alici, A.; Altmeyer, M. O.; Bartels, D.; Bekel, T.; Beyer, S.; Bode, E.; Bode, H. B.; Bolten, C. J.; Choudhuri, J. V.; Doss, S.; Elnakady, Y. A.; Frank, B.; Gaigalat, L.; Goesmann, A.; Groeger, C.; Gross, F.; Jelsbak, L.; Jelsbak, L.; Kalinowski, J.; Kegler, C.; Knauber, T.; Konietzny, S.; Kopp, M.; Krause, L.; Krug, D.; Linke, B.; Mahmud, T.; Martinez-Arias, R.; McHardy, A. C.; Merai, M.; Meyer, F.; Mormann, S.; Munoz-Dorado, J.; Perez, J.; Pradella, S.; Rachid, S.; Raddatz, G.; Rosenau, F.; Rückert, C.; Sasse, F.; Scharfe, M.; Schuster, S. C.; Suen, G.; Treuner-Lange, A.; Velicer, G. J.; Vorhölter, F. - J.; Weissman, K. J.; Welch, R. D.; Wenzel, S. C.; Whitworth, D. E.; Wilhelm, S.; Wittmann, C.; Bloecker, H.; Pühler, A.; Mueller, R. (2007): Complete genome sequence of the myxobacterium Sorangium cellulosum Nature Biotechnology,25:(11): 1281-1289.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [11]
  

  2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783754

  Neuweger, H.; Baumbach, J.; Albaum, S.; Bekel, T.; Dondrup, M.; Hüser, A. T.; Kalinowski, J.; Oehm, S.; Pühler, A.; Rahmann, S.; Weile, J.; Goesmann, A. (2007): CoryneCenter: an online resource for the integrated analysis of corynebacterial genome and transcriptome data BMC Systems Biology,1:(1):55

  PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [10]
  

  2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1894739

  Küster, H.; Becker, A.; Firnhaber, C.; Hohnjec, N.; Manthey, K.; Perlick, A. M.; Bekel, T.; Dondrup, M.; Henckel, K.; Goesmann, A.; Meyer, F.; Wipf, D.; Requena, N.; Hildebrandt, U.; Hampp, R.; Nehls, U.; Krajinski, F.; Franken, P.; Pühler, A. (2007): Development of bioinformatic tools to support EST-sequencing, in silico- and microarray-based transcriptome profiling in mycorrhizal symbioses Phytochemistry,68:(1): 19-32.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [9]
  

  2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1596976

  Krause, A.; Ramakumar, A.; Bartels, D.; Battistoni, F.; Bekel, T.; Boch, J.; Boehm, M.; Friedrich, F.; Hurek, T.; Krause, L.; Linke, B.; McHardy, A. C.; Sarkar, A.; Schneiker-Bekel, S.; Syed, A. A.; Thauer, R.; Vorhölter, F. - J.; Weidner, S.; Pühler, A.; Reinhold-Hurek, B.; Kaiser, O.; Goesmann, A. (2006): Complete genome of the mutualistic, N-2-fixing grass endophyte Azoarcus sp strain BH72 Nature Biotechnology,24:(11): 1385-1391.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [8]
  

  2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1598182

  Schneiker-Bekel, S.; dos Santos, V. A. P. M.; Bartels, D.; Bekel, T.; Brecht, M.; Buhrmester, J.; Chernikova, T. N.; Denaro, R.; Ferrer, M.; Gertler, C.; Goesmann, A.; Golyshina, O. V.; Kaminski, F.; Khachane, A. N.; Lang, S.; Linke, B.; McHardy, A. C.; Meyer, F.; Nechitaylo, T.; Pühler, A.; Regenhardt, D.; Rupp, O.; Sabirova, J. S.; Selbitschka, W.; Yakimov, M. M.; Timmis, K. N.; Vorhölter, F. - J.; Weidner, S.; Kaiser, O.; Golyshin, P. N. (2006): Genome sequence of the ubiquitous hydrocarbon-degrading marine bacterium Alcanivorax borkumensis Nature Biotechnology,24:(8): 997-1004.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [7]
  

  2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1598354

  Hohnjec, N.; Henckel, K.; Bekel, T.; Gouzy, J.; Dondrup, M.; Goesmann, A.; Küster, H. (2006): Transcriptional snapshots provide insights into the molecular basis of arbuscular mycorrhiza in the model legume Medicago truncatula FUNCTIONAL PLANT BIOLOGY,33:(8): 737-748.

  PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [6]
  

  2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1868701

  Tauch, A.; Trost, E.; Bekel, T.; Goesmann, A.; Ludewig, U.; Pühler, A. (2006): Ultrafast de novo sequencing of Corynebacterium urealyticum using the Genome Sequencer 20 System Biochemica,4: 4-6.

  PUB
   
• [5]
  

  2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1603317

  Tauch, A.; Kaiser, O.; Hain, T.; Goesmann, A.; Weisshaar, B.; Albersmeier, A.; Bekel, T.; Bischoff, N.; Brune, I.; Chakraborty, T.; Kalinowski, J.; Meyer, F.; Rupp, O.; Schneiker-Bekel, S.; Viehöver, P.; Pühler, A. (2005): Complete genome sequence and analysis of the multiresistant nosocomial pathogen Corynebacterium jeikeium K411, a lipid-requiring bacterium of the human skin flora Journal of Bacteriology,187:(13): 4671-4682.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC | GenBank
   
• [4]
  

  2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1609197

  Nyamsuren, O.; Colditz, F.; Rosendahl, S.; Tamasloukht, M.; Bekel, T.; Meyer, F.; Kuester, H.; Franken, P.; Krajinski, F. (2003): Transcriptional profiling of Medicago truncatula roots after infection with Aphanomyces euteiches (oomycota) identifies novel genes upregulated during this pathogenic interaction PHYSIOLOGICAL AND MOLECULAR PLANT PATHOLOGY,63:(1): 17-26.

  PUB | DOI | WoS
   
• [3]
  

  2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1609251

  Kaiser, O.; Bartels, D.; Bekel, T.; Goesmann, A.; Kespohl, S.; Pühler, A.; Meyer, F. (2003): Whole genome shotgun sequencing guided-by bioinformatics pipelines - An optimized approach for an established technique JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY,106:(2-3): 121-133.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [2]
  

  2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773880

  Meyer, F.; Goesmann, A.; McHardy, A. C.; Bartels, D.; Bekel, T.; Clausen, J.; Kalinowski, J.; Linke, B.; Rupp, O.; Giegerich, R.; Pühler, A. (2003): GenDB - an open source genome annotation system for prokaryote genomes Nucleic Acids Research,31:(8): 2187-2195.

  PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [1]
  

  2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1612236

  Wulf, A.; Manthey, K.; Doll, J.; Perlick, A. M.; Linke, B.; Bekel, T.; Meyer, F.; Franken, P.; Küster, H.; Krajinski, F. (2003): Transcriptional changes in response to arbuscular mycorrhiza development in the model plant Medicago truncatula Mol Plant Microbe Interact,16:(4): 306-314.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC | GenBank