PUB - Publikationen an der Universität Bielefeld

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• [183]
  

  2023 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2984737

  Orlov, Y. L.; Chen, M.; Kolchanov, N. A.; Hofestädt, R. (2023): BGRS: bioinformatics of genome regulation and data integration Journal of Integrative Bioinformatics

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• [182]
  

  2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2960309

  Allmer, J.; Elloumi, M.; Comin, M.; Hofestädt, R. (2021): Special Issue of the 1st International Applied Bioinformatics Conference (iABC'21) Journal of Integrative Bioinformatics,18:(4)

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• [181]
  

  2021 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2957504

  Brinkrolf, C.; Ochel, L.; Hofestädt, R. (2021): VANESA: An open-source hybrid functional Petri net modeling and simulation environment in systems biology Biosystems,104531

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• [180]
  

  2021 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2952999

  Ahsan, M. A.; Liu, Y.; Feng, C.; Hofestädt, R.; Chen, M. (2021): OverCOVID: an integrative web portal for SARS-CoV-2 bioinformatics resources Journal of integrative bioinformatics

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• [179]
  

  2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2939859

  Friedrichs, M.; Shoshi, A.; Chmura, P. J.; Ison, J.; Schwämmle, V.; Schreiber, F.; Hofestädt, R.; Sommer, B. (2020): JIB.tools 2.0 – A Bioinformatics Registry for Journal Published Tools with Interoperability to bio.tools Journal of Integrative Bioinformatics,16:(4):20190059

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• [178]
  

  2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2937754

  Chen, M.; Hofestädt, R.; Taubert, J. (2019): Integrative Bioinformatics: History and Future Journal of integrative bioinformatics,16:(3): 20192001

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• [177]
  

  2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2938765

  Zolotareva, O.; Saik, O. V.; Königs, C.; Bragina, E. Y.; Goncharova, I. A.; Freidin, M. B.; Dosenko, V. E.; Ivanisenko, V. A.; Hofestädt, R. (2019): Comorbidity of asthma and hypertension may be mediated by shared genetic dysregulation and drug side effects Scientific Reports,9:(1):16302

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• [176]
  

  2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2938754

  Zhu, L.; Hofestädt, R.; Ester, M. (2019): Tissue-Specific Subcellular Localization Prediction Using Multi-Label Markov Random Fields IEEE-ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics,16:(5): 1471-1482.

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• [175]
  

  2019 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2938395

  Bragina, E. Y.; Freidin, M. B.; Saik, O. V.; Zolotareva, O.; Goncharova, I. A.; Ivanisenko, V. A.; Dosenko, V. E.; Hofestädt, R. (2019): Identification of the genetic factors underlying comorbidity between bronchial asthma and hypertension. In: EUROPEAN JOURNAL OF HUMAN GENETICS. London: Nature Publishing Group. (27). S. 1035-1036.

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• [174]
  

  2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2930278

  Biere, N.; Ghaffar, M.; Doebbe, A.; Jaeger, D.; Rothe, N.; Friedrich, B. M.; Hofestädt, R.; Schreiber, F.; Kruse, O.; Sommer, B. (2018): Heuristic Modeling and 3D Stereoscopic Visualization of a Chlamydomonas reinhardtii Cell Journal of Integrative Bioinformatics,15:(2):20180003

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• [173]
  

  2018 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2962349

  Hofestädt, R.; Brinkrolf, C.; Reipke, P. (2018): OMPetri: A New Petri Net Simulation Environment Based on OpenModelica. In: Proceedings of the 2018 10th International Conference on Bioinformatics and Biomedical Technology - ICBBT '18. New York: ACM Press. S. 57-61.

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• [172]
  

  2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2962353

  Hamzeiy, H.; Suluyayla, R.; Brinkrolf, C.; Janowski, S. J.; Hofestädt, R.; Allmer, J. (2018): Visualization and Analysis of miRNAs Implicated in Amyotrophic Lateral Sclerosis Within Gene Regulatory Pathways Studies in Health Technology and Informatics,253: 183-187.

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• [171]
  

  2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2933313

  Shoshi, A.; Hofestädt, R.; Zolotareva, O.; Friedrichs, M.; Maier, A.; Ivanisenko, V. A.; Dosenko, V. E.; Bragina, E. Y. (2018): GenCoNet - A Graph Database for the Analysis of Comorbidities by Gene Networks JOURNAL OF INTEGRATIVE BIOINFORMATICS,15:(4):20180049

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• [170]
  

  2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2915515

  Saik, O. V.; Demenkov, P. S.; Ivanisenko, T. V.; Bragina, E. Y.; Freidin, M. B.; Goncharova, I. A.; Dosenko, V. E.; Zolotareva, O.; Hofestädt, R.; Lavrik, I. N.; Rogaev, E. I.; Ivanisenko, V. A. (2018): Novel candidate genes important for asthma and hypertension comorbidity revealed from associative gene networks BMC Medical Genomics,11:(1):15

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• [169]
  

  2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2933309

  Bragina, E. Y.; Goncharova, I. A.; Garaeva, A. F.; Nemerov, Evgeniy, V.; Babovskaya, A. A.; Karpov, A. B.; Semenova, Yulia, V.; Zhalsanova, I. Z.; Gomboeva, D. E.; Saik, Olga, V.; Zolotareva, O.; Ivanisenko, V. A.; Dosenko, V. E.; Hofestädt, R.; Freidin, M. B. (2018): Molecular Relationships between Bronchial Asthma and Hypertension as Comorbid Diseases JOURNAL OF INTEGRATIVE BIOINFORMATICS,15:(4):20180052

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• [168]
  

  2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2933312

  Saik, Olga, V.; Demenkov, P. S.; Ivanisenko, Timofey, V.; Bragina, E. Y.; Freidin, M. B.; Dosenko, V. E.; Zolotareva, O.; Choynzonov, E. L.; Hofestädt, R.; Ivanisenko, V. A. (2018): Search for New Candidate Genes Involved in the Comorbidity of Asthma and Hypertension Based on Automatic Analysis of Scientific Literature JOURNAL OF INTEGRATIVE BIOINFORMATICS,15:(4):20180054

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• [167]
  

  2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2933310

  Drevytska, T.; Morhachov, R.; Tumanovska, L.; Portnichenko, G.; Nagibin, V.; Boldyriev, O.; Lapikova-Bryhinska, T.; Gurianova, V.; Dons'koi, B.; Freidin, M.; Ivanisenko, V.; Bragina, E. Y.; Hofestädt, R.; Dosenko, V. (2018): shRNA-Induced Knockdown of a Bioinformatically Predicted Target IL10 Influences Functional Parameters in Spontaneously Hypertensive Rats with Asthma JOURNAL OF INTEGRATIVE BIOINFORMATICS,15:(4):20180053

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• [166]
  

  2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2912290

  Shoshi, A.; Müller, U.; Shoshi, A.; Ogultarhan, V.; Hofestädt, R. (2017): KALIS – An eHealth system for biomedical risk analysis of drugs. In: Dieter Hayn; Günter Schreier (Hrsg.): Health Informatics Meets eHealth: Digital Insight – Information-Driven Health & Care. Proceedings of the 11th eHealth2017 Conference. Amsterdam: IOS Press. (Studies in Health Technology and Informatics, 236). S. 128-135.

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• [165]
  

  2017 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2962354

  Jens Allmer; Christoph Brinkrolf; Ralf Hofestädt; Müserref Duygu Sacar Demirci (Hrsg.) (2017): Computational Systems Biology: German/Turkish Network of Bioinformatics - Report 2016, In: Jens Allmer; Christoph Brinkrolf; Ralf Hofestädt; Müserref Duygu Sacar Demirci (Hrsg.), Berichte aus der Medizinischen Informatik und Bioinformatik

  PUB
   
• [164]
  

  2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2910493

  Romano, P.; Hofestädt, R.; Lange, M.; D'Elia, D. (2017): The joint NETTAB/Integrative Bioinformatics 2015 Meeting: aims, topics and outcomes BMC BIOINFORMATICS,18:(S5):101

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• [163]
  

  2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2916589

  Hamzeiy, H.; Suluyayla, R.; Brinkrolf, C.; Janowski, S. J.; Hofestädt, R.; Allmer, J. (2017): Visualization and Analysis of MicroRNAs within KEGG Pathways using VANESA JOURNAL OF INTEGRATIVE BIOINFORMATICS,14:(1)

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• [162]
  

  2017 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | PUB-ID: 2912298

  Shoshi, A.; Zolotareva, O.; Kleine, M.; Königs, C.; Hofestädt, R. (2017): Integrative analysis of mechanism of drug action and potential impact on the disease.

  PUB
   
• [161]
  

  2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909099

  Li, Q.; Zhou, Y.; Jiao, Y.; Zhang, Z.; Bai, L.; Tong, L.; Yang, X.; Sommer, B.; Hofestädt, R.; Chen, M. (2016): DaTo: an atlas of biological databases and tools JOURNAL OF INTEGRATIVE BIOINFORMATICS,13:(4):297

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• [160]
  

  2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2722420

  Shoshi, A.; Hoppe, T.; Kormeier, B.; Ogultarhan, V.; Hofestädt, R. (2015): GraphSAW: A web-based system for graphical analysis of drug interactions and side effects using pharmaceutical and molecular data BMC Medical Informatics and Decision Making,15:(1):15

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• [159]
  

  2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2709397

  Shoshi, A.; Ogultarhan, V.; Hoppe, T.; Kormeier, B.; Müller, U.; Hofestädt, R. (2015): Identifying adverse drug reactions and drug-induced diseases using network-based drug mapping Journal of Bioinformatics and Computational Biology,13:(1):1540007

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• [158]
  

  2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901356

  Meng, X.; Wang, J.; Yuan, C.; Li, X.; Zhou, Y.; Hofestädt, R.; Chen, M. (2015): Cancernet: a database for decoding multilevel molecular interactions across diverse cancer types Oncogenesis,4:(12):e177

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• [157]
  

  2015 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901626

  Jens Allmer; Christoph Brinkrolf; Ralf Hofestädt; Müserref Duygu Sacar Demirci (Hrsg.) (2015): Computational Systems Biology: German/Russian/Turkish Network of Computational Systems Biology - Report 2015, In: Jens Allmer; Christoph Brinkrolf; Ralf Hofestädt; Müserref Duygu Sacar Demirci (Hrsg.), Medizinische Informatik und Bioinformatik

  PUB
   
• [156]
  

  2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2788891

  Winter, A.; Hilgers, R. - D.; Hofestädt, R.; Huebnert, U.; Knaup-Gregori, P.; Ose, C.; Schmoor, C.; Timmer, A.; Wege, D. (2015): Good Medicine and Good Healthcare Demand Good Information (Systems) Methods of Information in Medicine,54:(5): 385-387.

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• [155]
  

  2014 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2704586

  Popik, O. V.; Sommer, B.; Hofestädt, R.; Ivanisenko, V. A. (2014): Evaluation and Visualization of Pathway Efficiency based on Subcellular Protein Localizations (Workshop Abstract). In: Björn Sommer (Hrsg.): Proceedings of the CELLmicrocosmos neXt workshop. Bielefeld: Bielefeld University. S. 9-10.

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• [154]
  

  2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2710884

  Popik, O. V.; Saik, O. V.; Petrovskiy, E. D.; Sommer, B.; Hofestädt, R.; Lavrik, I. N.; Ivanisenko, V. A. (2014): Analysis of signaling networks distributed over intracellular compartments based on protein-protein interactions BMC Genomics,15:(Suppl 12):S7

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• [153]
  

  2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901634

  Chen, M.; Hofestädt, R. (2014): Open Problems in Petri Net Modeling and Simulation of Biological Systems it-Information Technology,56:(2): 76-81.

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• [152]
  

  2014 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2709259

  Ralf Hofestädt; Alban Shoshi (Hrsg.) (2014): German/Russian Network of Computational Systems Biology- Report 2014, In: Ralf Hofestädt; Alban Shoshi (Hrsg.), Medizinische Informatik und Bioinformatik

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• [151]
  

  2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2705648

  Winter, A.; Hilgers, R. - D.; Hofestädt, R.; Knaup-Gregori, P.; Ose, C.; Timmer, A. (2014): How to Use Information Technology to Improve Medication Safety Methods of Information in Medicine,53:(5): 333-335.

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• [150]
  

  2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2685732

  Brinkrolf, C.; Janowski, S. J.; Kormeier, B.; Lewinski, M.; Hippe, K.; Borck, D.; Hofestädt, R. (2014): VANESA - A Software Application for the Visualization and Analysis of Networks in System Biology Applications Journal of Integrative Bioinformatics,11:(2): 239.

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• [149]
  

  2014 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901693

  Ming Chen; Ralf Hofestädt (Hrsg.) (2014): Approaches in Integrative Bioinformatics - Towards the Virtual Cell. Berlin: Springer.

  PUB
   
• [148]
  

  2014 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901695

  Robert Giegerich; Ralf Hofestädt; Tim Wilhelm Nattkemper (Hrsg.) (2014): German Conference on Bioinformatics 2014, In: Robert Giegerich; Ralf Hofestädt; Tim Wilhelm Nattkemper (Hrsg.), GI-Edition: lecture notes in informatics,235

  PUB
   
• [147]
  

  2014 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901694

  Chen, M.; Hofestädt, R. (2014): Integrative Bioinformatics. In: Ming Chen; Ralf Hofestädt (Hrsg.): Approaches in integrative bioinformatics. Towards the virtual cell. Berlin: Springer. S. 3-19.

  PUB
   
• [146]
  

  2013 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2709280

  Shoshi, A.; Ogultarhan, V.; Hofestädt, R. (2013): KALIS - A web-based system for patient-specific risk assessment of drugs. In: Falk Schreiber; Ralf Hofestädt; Matthias Lange; Uwe Scholz; Tobias Czauderna; Roland Schnee; Stephan Weise (Hrsg.): Proceedings of the 9 th International Symposium on Integrative Bioinformatics 2013. S. 178-178.

  PUB
   
• [145]
  

  2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2560817

  Sommer, B.; Kormeier, B.; Demenkov, P. S.; Arrigo, P.; Hippe, K.; Ates, Ö.; Kochetov, A. V.; Ivanisenko, V. A.; Kolchanov, N. A.; Hofestädt, R. (2013): Subcellular localization charts: a new visual methodology for the semi-automatic localization of protein-related data sets Journal of Bioinformatics and Computational Biology,11:(01):1340005

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• [144]
  

  2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2560811

  Lee, H. - M.; Dietz, K. - J.; Hofestädt, R. (2013): Computational construction of specialized biological networks Journal of Bioinformatics and Computational Biology,11:(01):1340003

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• [143]
  

  2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901701

  Hofestädt, R. (2013): Computerunterstützte Diagnose von Erkrankungen Management & Krankenhaus,(4): 22.

  PUB
   
• [142]
  

  2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2613116

  Winter, A.; Hilgers, R. - D.; Hofestädt, R.; Knaup-Gregorit, P.; Ose, C.; Timmer, A. (2013): More than Four Decades of Medical Informatics Education for Medical Students in Germany. New Recommendations Published Methods Of Information In Medicine,52:(3): 181-183.

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• [141]
  

  2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901699

  Hofestädt, R.; Kormeier, B.; Lange, M.; Schreiber, F.; Sommer, B.; Weise, S. (2013): Editorial: JIBtools - a Strategy to Reduce the Bioinformatics Analysis Gap Journal of Integrative Bioinformatics,10:(1): 226.

  PUB
   
• [140]
  

  2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2545867

  Klenke, C.; Janowski, S. J.; Borck, D.; Widera, D.; Ebmeyer, J.; Kalinowski, J.; Leichtle, A.; Hofestädt, R.; Upile, T.; Kaltschmidt, C.; Kaltschmidt, B.; Sudhoff, H. (2012): Identification of Novel Cholesteatoma-related Gene Expression Signatures Using Full-genome Microarrays PLoS One,7:(12):e52718

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• [139]
  

  2012 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901730

  Proß, S.; Bachmann, B.; Janowski, S. J.; Hofestädt, R. (2012): A New Object-Oriented Petri Net Simulation Environment Based On Modelica. In: Christoph Laroque (Hrsg.): Proceedings of the 2012 Winter Simulation Conference (WSC). Piscataway, NJ: IEEE. S. 1-13.

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• [138]
  

  2012 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2547751

  Shoshi, A.; Shoshi, A.; Hofestädt, R. (2012): KAIS: Ein webbasiertes System zur patientenindividuellen Arzneimittel-Interaktionsprüfung. In: Ursula Goltz; Marcus Magnor; Hans-Jürgen Appelrath; Herbert K. Matthies; Wolf-Tilo Balke; Lars Wolf (Hrsg.): Informatik 2012: was bewegt uns in der/die Zukunft? 42. Jahrestagung der Gesellschaft für Informatik e.V. (GI). Bonn: Ges. für Informatik. (GI-Edition. Proceedings, 208). S. 1565-1574.

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• [137]
  

  2012 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901727

  Ralf Hofestädt; Nikolay Kolchanov (Hrsg.) (2012): German/Russian Network of Computational Systems Biology: Report 2012, In: Ralf Hofestädt; Nikolay Kolchanov (Hrsg.), Medizinische Informatik und Bioinformatik

  PUB
   
• [136]
  

  2012 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901724

  Monica Heiner; Ralf Hofestädt (Hrsg.) (2012): Biological Processes & Petri Nets. Proceedings of the 3rd International Workshop on Bioogical Processes & Petri Nets, In: Monica Heiner; Ralf Hofestädt (Hrsg.), CEUR workshop proceedings,852

  PUB
   
• [135]
  

  2012 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901726

  Hofestädt, R. (2012): Modeling aspects of the virtuell cell. In: The Eighth International Conference on Bioinformatics of enome Regulation and Structur\Systems Biology. Abstracts. Novosibirsk: Russian Academy of Sciences. S. 122.

  PUB
   
• [134]
  

  2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2374720

  Hippe, K.; Kormeier, B.; Janowski, S. J.; Töpel, T.; Hofestädt, R. (2011): DAWIS-M.D. 2.0 - A Data Warehouse Information System for Metabolic Data. In: Proceedings of the 7th International Symposium on Integrative Bioinformatics.

  PUB
   
• [133]
  

  2011 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2376427

  Hofestädt, R. (2011): Petri Nets and the Simulation of Metabolic Networks. In: Edgar Wingender (Hrsg.): Biological Petri Nets. 1. Edition. Amsterdam: IOS Press. (Studies in health technology and informatics, 162). S. 1-2.

  PUB
   
• [132]
  

  2011 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2376491

  Hofestädt, R.; Thelen, S. (2011): Quantitative Modeling of Biochemical Networks. In: Edgar Wingender (Hrsg.): Biological Petri Nets. 1. Edition. Amsterdam: IOS Press. (Studies in health technology and informatics, 162). S. 3-16.

  PUB
   
• [131]
  

  2011 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2376523

  Chen, M.; Hofestädt, R. (2011): Quantitative Petri Net Model of Gene Regulated Metabolic Networks in the Cell. In: Edgar Wingender (Hrsg.): Biological Petri Nets. 1. Edition. Amsterdam: IOS Press. (Studies in health technology and informatics, 162). S. 38-55.

  PUB
   
• [130]
  

  2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2290112

  Chen, M.; Hu, M.; Hofestädt, R. (2011): A Systematic Petri Net Approach for Multiple-Scale Modeling and Simulation of Biochemical Processes Applied Biochemistry and Biotechnology,164:(3): 338-352.

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• [129]
  

  2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2326407

  Chen, M.; Hariharaputran, S.; Hofestädt, R.; Kormeier, B.; Spangardt, S. (2011): Petri net models for the semi-automatic construction of large scale biological networks Natural Computing,10:(3): 1077-1097.

  PUB | DOI | WoS
   
• [128]
  

  2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2408590

  Huang, D.; Huang, Y.; Bai, Y.; Chen, D.; Hofestädt, R.; Klukas, C.; Chen, M. (2011): MyBioNet: interactively visualize, edit and merge biological networks on the Web Bioinformatics,27:(23): 3321-3322.

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• [127]
  

  2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2458209

  Hofestädt, R. (2011): Fundamental Features of Metabolic Computing. In: Ildar Batyrshin; Grigori Sidorov (Hrsg.): Advances in Soft Computing: 10th Mexican International Conference on Artificial Intelligence, MICAI 2011, Puebla, Mexico, November 26 - December 4, 2011, Proceedings, Part II. Berlin, Heidelberg: Springer. (Lecture Notes in Computer Science, 7095). S. 143-152.

  PUB | DOI
   
• [126]
  

  2011 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2290156

  Janowski, S. J.; Kormeier, B.; Töpel, T.; Hippe, K.; Hofestädt, R.; Willassen, N.; Friesen, R.; Rubert, S.; Borck, D.; Haugen, P.; Chen, M. (2011): Modeling of Cell-to-Cell Communication Processes with Petri Nets Using the Example of Quorum Sensing. In: Edgar Wingender (Hrsg.): Biological Petri Nets. Amsterdam: IOS Press. (Studies in health technology and informatics, 162). S. 182-203.

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• [125]
  

  2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2408602

  Kormeier, B.; Hippe, K.; Hofestädt, R. (2011): Data Warehouses in Bioinformatics: Integration of Molecular Biological Data it Information Technology,53:(5): 241-249.

  PUB | DOI
   
• [124]
  

  2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2408607

  Lee, H. - M.; Dietz, K. - J.; Hofestädt, R. (2010): Prediction of thioredoxin and glutaredoxin target proteins by identifying reversibly oxidized cysteinyl residues. Journal of Integrative Bioinformatics (Special Issue),7:(3): 23-34.

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• [123]
  

  2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2406168

  Kormeier, B.; Hippe, K.; Töpel, T.; Hofestädt, R. (2010): CardioVINEdb: a data warehouse approach for integration of life science data in cardiovascular diseases Journal of Integrative Bioinformatics,7:(1):142

  PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
   
• [122]
  

  2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1945096

  Kormeier, B.; Hippe, K.; Arrigo, P.; Töpel, T.; Janowski, S. J.; Hofestädt, R. (2010): Reconstruction of biological networks based on life science data integration Journal of Integrative Bioinformatics,7:(2): 3-8.

  PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
   
• [121]
  

  2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901780

  Hippe, K.; Kormeier, B.; Töpel, T.; Janowski, S. J.; Hofestädt, R. (2010): DAWIS-M.D. - A Data Warehouse System for Metabolic Data. In: Informatik 2010: Service Science - neue Perspektiven für die Informatik. Bonn: Ges. für Informatik. (LNI, 176). S. 720-725.

  PUB
   
• [120]
  

  2010 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2376605

  Ralf Hofestädt; Nikolay Kolchanov (Hrsg.) (2010): Computational Systems Biology: German/Russian Network of Computational Systems Biology, In: Ralf Hofestädt; Nikolay Kolchanov (Hrsg.), Medizinische Informatik und Bioinformatik

  PUB
   
• [119]
  

  2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2409400

  Töpel, T.; Scheible, D.; Trefz, F.; Hofestädt, R. (2010): RAMEDIS: a comprehensive information system for variations and corresponding phenotypes of rare metabolic diseases Human Mutation,31:(1): E1081-E1088.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [118]
  

  2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2374757

  Sommer, B.; Tiys, E. S.; Kormeier, B.; Hippe, K.; Janowski, S. J.; Ivanisenko, T. V.; Bragin, A. O.; Arrigo, P.; Demenkov, P. S.; Kochetov, A. V.; Ivanisenko, V. A.; Kolchanov, N. A.; Hofestädt, R. (2010): Visualization and Analysis of a Cardio Vascular Disease-and MUPP1-related Biological Network combining Text Mining and Data Warehouse Approaches Journal of Integrative Bioinformatics,7:(1): 148.

  PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
   
• [117]
  

  2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1960746

  Janowski, S. J.; Kormeier, B.; Töpel, T.; Hippe, K.; Hofestädt, R.; Willassen, N.; Friesen, R.; Rubert, S.; Borck, D.; Haugen, P.; Chen, M. (2010): Modeling of cell-cell communication processes with Petri nets using the example of quorum sensing In Silico Biology,10:(Special Issue: Petri Net Applications in Molecular Biology): 27-48.

  PUB
   
• [116]
  

  2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383120

  Hofestädt, R. (2009): DNA-Programming Language of Life HBSO,13:(1): 68-72.

  PUB
   
• [115]
  

  2009 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383132

  Hofestädt, R.; Kuhn, K.; Müller, W.; Türker, C. (2009): Daten in den Lebenswissenschaften. Vom Paper über Datenbanken zur integrierten Informationsquelle. In: Stefan Fischer; Erik Maehle; Rüdiger Reischuk (Hrsg.): Informatik 2009. Bonn: Ges. für Informatik. (LNI, 154). S. 33-34.

  PUB
   
• [114]
  

  2009 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2408644

  Ming Chen; Ralf Hofestädt (Hrsg.) (2009): Proceedings International Workshop on Computational & Integrative Biology. University Hanzhou.

  PUB
   
• [113]
  

  2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383105

  Hofestädt, R.; Mayr, E. - W. (2009): Bioinformatik Informatik Spektrum,32:(4): 285-286.

  PUB | DOI
   
• [112]
  

  2009 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2408628

  Kormeier, B.; Hippe, K.; Töpel, T.; Hofestädt, R. (2009): CARDIOVINEdb: a data warehouse approach for integration of life science in cardiovascular diseases. In: Stefan Fischer; Erik Maehle; Rüdiger Reischuk (Hrsg.): Im Focus das Leben. 39. Jahrestagung der Gesellschaft für Informatik e.V. (GI), 28.9. bis 2.10.2009, Universität zu Lübeck. Bonn: Gesellschaft für Informatik (GI). S. 704-708.

  PUB | Download (ext.)
   
• [111]
  

  2008 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383295

  Ralf Hofestädt; Thoralf Töpel (Hrsg.) (2008): Integrative Bioinformatics. Yearbook 2007. Aachen: Shaker.

  PUB
   
• [110]
  

  2008 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383350

  Hofestädt, R. (2008): DNA - Programming Language of Life? In: Ralf Hofestädt; Nikolay Kolchanov (Hrsg.): . Novosibirsk: Russian Academy of Sciences.

  PUB
   
• [109]
  

  2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2408654

  Hariharaputran, S.; Töpel, T.; Oberwahrenbrock, T.; Hofestädt, R. (2008): Alignment of Linear Biochemical Pathways Using Protein Structural Classification Nature Precedings

  PUB | DOI
   
• [108]
  

  2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2408666

  Trefz, F.; Scheible, D.; Götz, H.; Töpel, T.; Hofestädt, R.; Frauendienst-Egger, G. (2008): METAGENE and RAMEDIS: databases for metabolic diseases and patients with inborn errors on metabolism Journal of Inherited Metabolic Disease,31: 289.

  PUB
   
• [107]
  

  2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2408678

  Hariharaputran, S.; Töpel, T.; Brockschmidt, B.; Hofestädt, R. (2008): VINEdb: a data warehouse for integration and interactive exploration of life science data Integrative Bioinformatics Yearbook 2007,4: 63-74.

  PUB
   
• [106]
  

  2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1945955

  Töpel, T.; Kormeier, B.; Klassen, A.; Hofestädt, R. (2008): BioDWH: a data warehouse kit for life science data integration Journal of Integrative Bioinformatics,5:(2): 343-349.

  PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
   
• [105]
  

  2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2378044

  Hofestädt, R. (2007): Extended Backus-systems for the representation and specification of the genome Journal of Bioinformatics and Computational Biology,5:(02b): 457-466.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [104]
  

  2007 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2409274

  Hariharaputran, S.; Töpel, T.; Brockschmidt, B.; Hofestädt, R. (2007): VINEdb: a data warehouse for integration and interactive exploration of life science data. In: Proceedings of the 4th Integrative Bioinformatics Workshop (IB 07).

  PUB
   
• [103]
  

  2007 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2409265

  Hariharaputran, S.; Töpel, T.; Oberwahrenbrock, T.; Hofestädt, R. (2007): SignAlign: prediction and alignment of biochemical pathways using protein structural information. In: Proceedings of 5th International Conference on Pathways, Networks, and Systems.

  PUB
   
• [102]
  

  2007 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2394320

  Ralf Hofestädt; Thoralf Töpel (Hrsg.) (2007): Integrative Bioinformatics. Yearbook 2006. Aachen: Shaker.

  PUB
   
• [101]
  

  2007 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2409256

  Töpel, T.; Neumann, J.; Hofestädt, R. (2007): A medical case-based reasoning component for the rare metabolic diseases database RAMEDIS. In: Peter Kokol (Hrsg.): Proceedings. Twentieth IEEE International Symposium on Computer-Based Medical Systems (CBMS 2007). Los Alamitos, Calif.: IEEE Computer Society. S. 7-11.

  PUB
   
• [100]
  

  2007 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 1632474

  Scheible, D.; Töpel, T.; Frauendienst-Egger, G.; Hofestädt, R.; Wallner, S.; Trefz, F. K. (2007): Expanded newborn screening: Long-term follow up of 63 patients screened by tandem mass spectrometry JOURNAL OF INHERITED METABOLIC DISEASE,30:(Suppl. 1): 3.

  PUB | WoS
   
• [99]
  

  2006 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2394343

  Ralf Hofestädt; Thoralf Töpel (Hrsg.) (2006): Integrative Bioinformatics. Yearbook 2005. Aachen: Shaker.

  PUB
   
• [98]
  

  2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2394354

  Töpel, T.; Hofestädt, R.; Scheible, D.; Trefz, F. (2006): RAMEDIS, the rare metabolic diseases database Applied Bioinformatics,5:(2): 115-118.

  PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
   
• [97]
  

  2006 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2376848

  Nikolay Kolchanov; Ralf Hofestädt; Liciano Milanesi (Hrsg.) (2006): Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II. 1. Edition. New York: Springer.

  PUB
   
• [96]
  

  2006 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2394332

  Hofestädt, R. (2006): An extended Backus System for the presentation and analysis of DNA sequences. In: Ralf Hofestädt; Nikolay Kolchanov (Hrsg.): Proceedings of the Fifth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure; BGRS'2006. Novosibirsk: Russian Academy of Sciences Siberian Branch; Institute of Cytology and Genetics. (1). S. 48-52.

  PUB
   
• [95]
  

  2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2409287

  Prins, B.; Hofestädt, R. (2006): MILAN - A medical information-system linking agents to metabolic networks Journal of Integrative Bioinformatics,3:(2): 282-294.

  PUB | DOI
   
• [94]
  

  2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1946589

  Chen, M.; Hofestädt, R. (2006): Integrative analysis of metabolic disorders by means of medical bioinformatics Conf Proc IEEE Eng Med Biol Soc,1: 228-231.

  PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
   
• [93]
  

  2006 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 1596367

  Trefz, F. K.; Töpel, T.; Scheible, D.; Frauendienst-Egger, G.; Hofestädt, R. (2006): www.ramedis.de: Database for long term follow up of patients with rare metabolic diseases JOURNAL OF INHERITED METABOLIC DISEASE,29:(Suppl. 1): 84.

  PUB | WoS
   
• [92]
  

  2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1599808

  Chen, M.; Hofestädt, R. (2006): A medical bioinformatics approach for metabolic disorders: Biomedical data prediction, modeling, and systematic analysis JOURNAL OF BIOMEDICAL INFORMATICS,39:(2): 147-159.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [91]
  

  2006 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 1596361

  Trefz, F. K.; Töpel, T.; Scheible, D.; Frauendienst-Egger, G.; Hofestädt, R. (2006): Expanded newborn screening: Long term follow up of 25 patients with organic acidemias and urea cycle disorders JOURNAL OF INHERITED METABOLIC DISEASE,29:(Suppl. 1): 84.

  PUB | WoS
   
• [90]
  

  2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2394350

  Chen, M.; Hofestädt, R. (2005): Prediction and Alignment of Metabolic Pathways. In: Nikolay A. Kolchanov; Ralf Hofestädt; Luciano Milanesi (Hrsg.): Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II. New York: Springer. S. 355-365.

  PUB
   
• [89]
  

  2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2378271

  Chen, M.; Hofestädt, R. (2005): An Algorithm for Linear Metabolic Pathway Alignment In Silico Biology,5:(2): 111-128.

  PUB
   
• [88]
  

  2005 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2376856

  Hofestädt, R.; Töpel, T. (2005): Medical Bioinformatics: Detecting Molecular Diseases with Case-Based Reasoning. In: Udo Seiffert; Lakhmi Jain; Patrick Schweizer (Hrsg.): Bioinformatics Using Computational Intelligence Paradigms. 1. Edition. Berlin: Springer. (Studies in Fuzziness and Soft Computing, 176). S. 1-24.

  PUB
   
• [87]
  

  2005 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2376634

  Ralf Hofestädt (Hrsg.) (2005): Yearbook Bioinformatics 2004. 1. Edition. Bonn: Köllen.

  PUB
   
• [86]
  

  2005 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2376874

  Chen, M.; Freier, A.; Hofestädt, R. (2005): Bioinformatics Approaches for Metabolic Pathways. In: Christoph Sensen (Hrsg.): Handbook of Genome Research. 1. Edition. Weinheim: Wiley-VCH. (2). S. 461-490.

  PUB
   
• [85]
  

  2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2378654

  Hofestädt, R. (2005): Dagstuhl Seminar on Integrative Bioinformatics In Silico Biology,5:(2): 81-82.

  PUB
   
• [84]
  

  2005 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2394364

  Hofestädt, R. (2005): Bioinformatik. In: Thomas Lehmann (Hrsg.): Handbuch der Medizinischen Informatik. 2., vollst. neu bearb. Aufl. München: Hanser. S. 253-298.

  PUB
   
• [83]
  

  2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2394766

  Hofestädt, R.; Chen, M. (2004): Metabolic Pathway Prediction/Alignment. In: Proceedings of the Fourth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure. (2). S. 68-72.

  PUB
   
• [82]
  

  2004 | Sonderausgabe Zeitschrift | Veröffentlicht | PUB-ID: 2394758

  Ralf Hofestädt; H.-P. Lenhof (Hrsg.) (2004): Schwerpunktthema Molekulare Bioinformatik, In: Ralf Hofestädt; H.-P. Lenhof (Hrsg.), Informationstechnik und technische Informatik,46:(1)

  PUB
   
• [81]
  

  2004 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2376812

  Nikolay Kolchanov; Ralf Hofestädt (Hrsg.) (2004): Bioinformatics of Genome Regulation and Structure. 1. Edition. Boston: Kluwer Academic.

  PUB
   
• [80]
  

  2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2394762

  Hofestädt, R.; Lenhof, H. - P. (2004): Molekulare Bioinformatik Informationstechnik und technische Informatik,46:(1): 3-4.

  PUB
   
• [79]
  

  2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2394774

  Chen, M.; Hofestädt, R. (2004): PathAligner: Metabolic Pathway Retrieval and Alignment Applied Bioinformatics,3:(4): 241-252.

  PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
   
• [78]
  

  2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1606526

  Chen, M.; Hofestädt, R. (2004): Web-based information retrieval system for the prediction of metabolic pathways IEEE TRANSACTIONS ON NANOBIOSCIENCE,3:(3): 192-199.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [77]
  

  2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773836

  Chen, M.; Lin, S.; Hofestädt, R. (2004): STCDB: Signal Transduction Classification Database Nucleic Acids Research,32:(90001): D456-D458.

  PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [76]
  

  2003 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2394778

  Hofestädt, R.; Freier, A.; Lange, M. (2003): Integrative analysis of gene networks using dynamic process pattern modelling. In: Nikolaj A. Kolčanov; Ralf Hofestädt (Hrsg.): Bioinformatics of Genome Regulation and Structure. Boston: Kluwer.

  PUB
   
• [75]
  

  2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2378607

  Kolchanov, N.; Hofestädt, R. (2003): The 3rd International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure In Silico Biology,3:(2)

  PUB
   
• [74]
  

  2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2378667

  Chen, M.; Hofestädt, R. (2003): Quantitative Petri Net Model of Gene Regulated Metabolic Networks in the Cell In Silico Biology,3:(3): 347-365.

  PUB | PubMed | Europe PMC
   
• [73]
  

  2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2378610

  Freier, A.; Hofestädt, R.; Lange, M. (2003): IIUDB: An Object-Oriented System for Modelling, Integration and Analysis of Gene Controlled Metabolic Networks In Silico Biology,3:(2): 215-227.

  PUB | PubMed | Europe PMC
   
• [72]
  

  2002 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2394797

  Julio Collado-Vides; Ralf Hofestädt (Hrsg.) (2002): Gene Regulation and Metabolism. Post-Genomic Computational Approaches. Cambridge, Mass.: MIT Press.

  PUB
   
• [71]
  

  2002 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2394795

  Hofestädt, R. (2002): Bioinformatics. In: Reinhold Haux (Hrsg.): Medical imaging informatics. Stuttgart: Schattauer. (Yearbook of Medical Informatics, 2002). S. 581-583.

  PUB
   
• [70]
  

  2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2378624

  Hofestädt, R.; Kolchanov, N.; Reinitz, J. (2002): Information and Simulation Systems for the Analysis of Gene Regulation and Metabolic Pathways In Silico Biology,2:(2): 35.

  PUB
   
• [69]
  

  2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2378648

  Freier, A.; Hofestädt, R.; Lange, M.; Scholz, U.; Stephanik, A. (2002): BioDataServer: A SQL-based service for the online integration of life science data In Silico Biology,2:(2): 37-57.

  PUB | PubMed | Europe PMC
   
• [68]
  

  2002 | Monographie | Veröffentlicht | PUB-ID: 2376798

  Hofestädt, R.; Schnee, R. (2002): Studien- und Forschungsführer Bioinformatik. 1. Edition. Heidelberg: Spektrum Akademischer Verlag.

  PUB
   
• [67]
  

  2002 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2376867

  Freier, A.; Hofestädt, R.; Töpel, T. (2002): Invastigating the Effective Range of Agents by Using Integrative Modelling. In: Jürgen Borlak (Hrsg.): Handbook of Toxicogenomics: Strategies and Applications. 1. Edition. Weinheim: Wiley-VCH. S. 233-252.

  PUB
   
• [66]
  

  2002 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2394838

  Freier, A.; Hofestädt, R.; Lange, M. (2002): IIUDB: An Object-oriented System for Modelling, Integration and Analysis of Gene Controlled Metabolic Networks. In: Nikolaj A. Kolčanov (Hrsg.): Proceedings of the Third International Conference on Bioinformatics and Genome Research. (2). S. 123-125.

  PUB
   
• [65]
  

  2002 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2394845

  Hofestädt, R.; Töpel, T. (2002): Case-based Support of Information Retrieval and Analysis of Molecular Data. In: Peter Kokol (Hrsg.): Proceedings of the 15th IEEE Symposium on Computer-Based Medical Systems (CBMS 2002). Los Alamitos, Calif.: IEEE Computer Society. S. 129-133.

  PUB
   
• [64]
  

  2002 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2394806

  Freier, A.; Hofestädt, R.; Lange, M.; Scholz, U. (2002): Information Fusion and Metabolic Network Control. In: Julio Collado-Vides; Ralf Hofestädt (Hrsg.): Gene Regulation and Metabolism. Cambridge, Mass.: MIT Press. S. 49-84.

  PUB
   
• [63]
  

  2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2394818

  Töpel, T.; Hofestädt, R. (2002): Architecture for Information Retrieval and Analysis of Integrated Molecular Data Medizinische Genetik,14:(3): 315.

  PUB
   
• [62]
  

  2001 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2394918

  Hofestädt, R.; Kauert, R.; Töpel, T.; Scholz, U. (2001): Information System for the Support of Research, Diagnosis and Therapy of Inborn Metabolic Diseases. In: V. L. Patel (Hrsg.): Proceedings of the 10th World Congress on Medical Informatics. Amsterdam: IOS Press. (Studies in health technology and informatics, 84). S. 353-356.

  PUB
   
• [61]
  

  2001 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2378481

  Hofestädt, R.; Lange, M.; Scholz, U. (2001): Molecular Information Fusion for Metabolic Networks. In: Guoxiong Xue; Yongbiao Xue; Zhihong Xu; Roger Holmes (Hrsg.): Gene Families. Singapore: World Scientific. S. 221-232.

  PUB
   
• [60]
  

  2001 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2394854

  Hofestädt, R.; Freier, A.; Lange, M. (2001): The electronical infrastructure for the analysis of metabolic networks. In: Abstracts' Book of the Workshop on CORBA and XML: Towards a Bioinformatics Integrated Network Environment, NETTAB 2001 - Network Tools and Applications in Biology. S. 38-43.

  PUB
   
• [59]
  

  2001 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2394974

  Hofestädt, R.; Mischke, U.; Scholz, U.; Töpel, T.; Scheible, D.; Trefz, F. K. (2001): RAMEDIS - Rare Metabolic Diseases Publishing Tool for Genotype-Phenotype Correlation. In: V. L. Patel (Hrsg.): Proceedings of the 10th World Congress on Medical Informatics. Amsterdam: IOS Press. (Studies in health technology and informatics, 84). S. 970-974.

  PUB
   
• [58]
  

  2001 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2394959

  Stephanik, A.; Hofestädt, R.; Lange, M.; Freier, A. (2001): Metabolic Information Control System. In: Nagib Callaos (Hrsg.): Proceedings. World Multiconference on Systemics, Cybernetics and Informatics. Orlando, Fla.: IIIS.

  PUB
   
• [57]
  

  2001 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2394899

  Hofestädt, R.; Reinitz, J.; Kolchanov, N. (2001): Information and Simulation Systems for the Analysis of Gene Regulation and Metabolic Pathways Preprint. Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg, Fakultät für Informatik,22: 37.

  PUB
   
• [56]
  

  2000 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2396863

  Hofestädt, R. (2000): Electronical infrastructure for the detection of inborn errors. In: Nikolaj A. Kolčanov (Hrsg.): Proceedings of the Second International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure. (1). S. 212-213.

  PUB
   
• [55]
  

  2000 | Monographie | Veröffentlicht | PUB-ID: 2396913

  Hofestädt, R.; Pleißner, K. - P.; Stephanik, A. (2000): Informationssysteme in der Biotechnologie. Magdeburg: Fakultät für Informatik, Universität Magdeburg.

  PUB
   
• [54]
  

  2000 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2396846

  Hofestädt, R.; Freier, A.; Lange, M.; Scholz, U. (2000): An integrated architecture for modelling and simulation of metabolic networks. Frankfurt am Main: DECHEMA. S. 210-211.

  PUB
   
• [53]
  

  2000 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2397010

  Ralf Hofestädt (Hrsg.) (2000): Bioinformatik 2000 - Forschungsführer Informatik in den Biowissenschaften. Berlin: BIOCOM.

  PUB
   
• [52]
  

  2000 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2396895

  Hofestädt, R.; Mischke, U.; Scholz, U. (2000): Knowledge acquisition, management and representation for the diagnostic support in human inborn errors of metabolism. In: Arie Hasman (Hrsg.): Medical infobahn for Europe: proceedings of MIE2000 and GMDS2000. Amsterdam: IOS Press. (Studies in health technology and informatics, 77). S. 857-862.

  PUB
   
• [51]
  

  2000 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2396922

  Hofestädt, R.; Köhler, J.; Lange, M.; Schulze-Kremer, S. (2000): Logical and Semantic Database Integration. In: IEEE International Symposium on Bio-Informatic and Biomedical Engineering. Los Alamitos, Calif.: IEEE Computer Society. S. 77-80.

  PUB
   
• [50]
  

  1999 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2397013

  Hofestädt, R. (1999): Bioinformatik 2000 - Von der Molekularen Biologie zum Metabolic Engineering Informatik Spektrum,22:(5): 385-390.

  PUB
   
• [49]
  

  1999 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2396999

  Hofestädt, R.; Lange, M.; Scholz, U. (1999): Molecular Information Fusion for Metabolic Networks. In: Courses of The First International Bioinformatics Summer School.

  PUB
   
• [48]
  

  1999 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2397004

  Hofestädt, R.; Mischke, U.; Prüß, M.; Scholz, U. (1999): Metabolic Drug Pointing and Information Processing Medical Informatics Europe,68: 12-15.

  PUB
   
• [47]
  

  1999 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2396954

  Collado-Vides, J.; Hofestädt, R.; Mavrovouniotis, M.; Michal, G. (1999): Modeling and simulation of gene regulation and metabolic pathways BioSystems,49:(1): 79-82.

  PUB | DOI
   
• [46]
  

  1999 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2396985

  Freier, A.; Hofestädt, R.; Lange, M.; Scholz, U. (1999): MARGBench - An Approach for Integration, Modeling and Animation of Metabolic Networks. In: E. Wingender; Ralf Hofestädt; R. Giegerich; T. Lengauer; W. Mewes; D. Schomburg; M. Vingron (Hrsg.): Computer science and biology : proceedings of the German Conference on Bioinformatics GCB '99. Braunschweig: GBF-Braunschweig, Dep. of Bioinformatics. S. 190-194.

  PUB
   
• [45]
  

  1999 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2397015

  Hofestädt, R. (1999): Das Bioinformatik-Dilemma Laborjournal,99:(10): 12-13.

  PUB
   
• [44]
  

  1998 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2398939

  J. Collado-Vides; Ralf Hofestädt; M. Mavrovouniotis; G. Michal (Hrsg.) (1998): Modelling and Simulation of Gene and Cell Regulation and Metabolic Pathways, In: J. Collado-Vides; Ralf Hofestädt; M. Mavrovouniotis; G. Michal (Hrsg.), Dagstuhl-Seminar-Report,215

  PUB
   
• [43]
  

  1998 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2376682

  Ralf Hofestädt (Hrsg.) (1998): Molekulare Bioinformatik, In: Ralf Hofestädt (Hrsg.), Berichte aus der medizinischen Informatik und Bioinformatik

  PUB
   
• [42]
  

  1998 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2461384

  Hofestädt, R.; Scholz, U. (1998): Information processing for the analysis of metabolic pathways and inborn errors Biosystems,47:(1-2): 91-102.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [41]
  

  1998 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2398966

  Hofestädt, R.; Freier, A.; Höding, M.; Lange, M.; Scholz, U. (1998): Molecular Database Integration: Analysis of Metabolic Network Control. In: Proceedings of the First International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'98). (1). S. 86-89.

  PUB
   
• [40]
  

  1998 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2399037

  Hofestädt, R.; Höding, M.; Saake, G.; Scholz, U. (1998): Scheme Derivation for WWW Information Sources and their Integration with Databases in Bioinformatics. In: Witold Litwin; Tadeusz Morzy; Gottfried Vossen (Hrsg.): Advances in databases and information systems. Second East European Symposium ; Proceedings. Berlin: Springer Publishing. (Lecture Notes in Computer Science, 1475). S. 296-304.

  PUB
   
• [39]
  

  1998 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2399253

  Hofestädt, R. (1998): An Integrative Molecular Information System. In: B. Cesnik; A. T. McCray; J.-R. Scherrer (Hrsg.): MedInfo ’98. Amsterdam: IOS Press. (Studies in health technology and informatics, 52). S. 361-365.

  PUB
   
• [38]
  

  1998 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2399272

  Hofestädt, R.; Prüß, M.; Scholz, U.; Urban, H. (1998): Molekulare Bioinformatik- Molekulare Informationssysteme zur Erkennung von angeborenen Stoffwechselerkrankungen Magdeburger Wissenschaftsjournal,3:(1): 29-40.

  PUB
   
• [37]
  

  1998 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2399291

  Hofestädt, R.; Thelen, S. (1998): Quantitative Modeling of Biochemical Networks Silico Biology,1:(1): 39-53.

  PUB
   
• [36]
  

  1997 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2399355

  Hofestädt, R. (1997): Computer Science and Biology Biosystems,43: 69-71.

  PUB
   
• [35]
  

  1997 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2376702

  Ralf Hofestädt; Thomas Lengauer; Markus Löffler; Dietmar Schomburg (Hrsg.) (1997): Bioinformatics. 1. Edition. Berlin: Springer.

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• [34]
  

  1997 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2376666

  Ralf Hofestädt; Hwa Lim (Hrsg.) (1997): Molecular Bioinformatics, In: Ralf Hofestädt; Hwa Lim (Hrsg.), Berichte aus der medizinischen Informatik und Bioinformatik

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• [33]
  

  1997 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2399441

  Hofestädt, R. (1997): Herausforderungen des elektronischen Krankenhausmanagements. In: Christoph Steigner (Hrsg.): Arbeitsplatz-Rechensysteme. Koblenz: Fölbach Publishing. S. 285-292.

  PUB
   
• [32]
  

  1997 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2399458

  Hofestädt, R. (1997): Algorithms for the Microscopic and Macroscopic Analysis of Metabolic Processes (Diseases). In: Proceedings. 5th European Congress on Intelligent Techniques and Soft Computing. Aachen: Mainz. (3). S. 2293-2297.

  PUB
   
• [31]
  

  1996 | Monographie | Veröffentlicht | PUB-ID: 2399735

  Hofestädt, R.; Herre, H.; Trefz, F. (1996): Computerunterstützte Erkennung von Stoffwechselerkrankungen. Leipzig: Universität Leipzig.

  PUB
   
• [30]
  

  1996 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2378570

  Hofestädt, R.; Huang, X.; Beerbohm, D. (1996): Simulation of load balancing with cellular automata Simulation Practice and Theory,4:(2): 81-96.

  PUB | DOI
   
• [29]
  

  1996 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2399707

  Hofestädt, R. (1996): Integrative Database Analysis for the Detection of Inborn Errors. In: Jytte Brender (Hrsg.): Medical Informatics Europe '96. Amsterdam: IOS Press. (Studies in health technology and informatics, 34). S. 542-546.

  PUB
   
• [28]
  

  1996 | Monographie | Veröffentlicht | PUB-ID: 2378263

  Hofestädt, R. (1996): Theorie der regelbasierten Modellierung des Zellstoffwechsels. 1. Edition. Aachen: Shaker Verlag.

  PUB
   
• [27]
  

  1996 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2399698

  Hofestädt, R.; Colado-Vides, J.; Mavrovouniotis, M.; Löffler, M. (1996): Modelling and Simulation of Metabolic Pathways, Gene Regulation and Cell Differentiation BioEssays,18:(4): 333-335.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [26]
  

  1996 | Sonderausgabe Zeitschrift | Veröffentlicht | PUB-ID: 2399722

  Ralf Hofestädt; T. Lengauer; M. Löffler (Hrsg.) (1996): Informatik in den Biowissenschaften, In: Ralf Hofestädt; T. Lengauer; M. Löffler (Hrsg.), Informationstechnik und technische Informatik,38:(5)

  PUB
   
• [25]
  

  1995 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2399773

  Hofestädt, R.; Löffler, M.; Möller, K. (1995): Modellierung des Immunsystems Informatik Bericht Universität Bonn, 88.

  PUB
   
• [24]
  

  1995 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2399829

  Hofestädt, R. (1995): Artificial Life. In: Kerstin Dautenhahn; GMD-Forschungszentrum Informationstechnik (Hrsg.): Proceedings des Workshops "Artificial Life". Sankt Augustin: GMD-Forschungszentrum Informationstechnik. (GMD-Studien, 271). S. 246.

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• [23]
  

  1995 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2378599

  Julio Collado-Vides; Ralf Hofestädt; Markus Löffler; Michael Mavrovouniotis (Hrsg.) (1995): Modelling and Simulation of Gene and Cell Regulation, In: Julio Collado-Vides; Ralf Hofestädt; Markus Löffler; Michael Mavrovouniotis (Hrsg.), Dagstuhl-Seminar-Report,(130)

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• [22]
  

  1995 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2399803

  Hofestädt, R. (1995): Metabolic Engineering. In: Achim Sydow (Hrsg.): Proceedings of the IMACS Symposium on Systems Analysis and Simulation. Amsterdam: Gordon and Breach. S. 321-326.

  PUB
   
• [21]
  

  1995 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2399815

  Hofestädt, R. (1995): A Rule Based System for the Detection of Metabolic Diseases. In: Robert A. Greenes; Hans E. Petersen; Dennis J. Protti (Hrsg.): Proceedings of the Eighth World Congress on Medical Informatics. Edmonton: Healthcare Computing & Communications Canada. S. 994-999.

  PUB
   
• [20]
  

  1995 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2399822

  Hofestädt, R.; Huang, X. (1995): Automaton-Based Load Balancing Simulation in a Workstation Cluster. In: Proceedings of APPT '95. Publishing House of Electronics Industry. S. 344-347.

  PUB
   
• [19]
  

  1995 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2399784

  Hofestädt, R. (1995): Computer Science, Supercomputing and Biology - Bioinformatics Journal EUROSIM - Simulation News Europe,13: 7-15.

  PUB
   
• [18]
  

  1995 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2399789

  Hofestädt, R.; Meinecke, F. (1995): Interactive Modelling and Simulation of Biochemical Networks Computers in Biology and Medicine,25:(3): 321-334.

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• [17]
  

  1994 | Report | Veröffentlicht | PUB-ID: 2400405

  Hofestädt, R.; Großpietsch, K. - E.; Steigner, C. (1994): Workshop Parallele Datenverarbeitung im Verbund von Hochleistungs-Workstations. Koblenz: Universitätf Koblenz.

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• [16]
  

  1994 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2400417

  Beerbohm, D.; Bresken, S.; Hofestädt, R.; Huang, X. (1994): Automatengesteuertes skalierbares Verfahren zum Lastausgleich. In: R. Flieger; R. Grebe (Hrsg.): Parallele Datenverarbeitung aktuell. Amsterdam: IOS Press. S. 100-108.

  PUB
   
• [15]
  

  1994 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2400427

  Hofestädt, R. (1994): Computer-Aided Metabolic Engineering it+ti Nachrichten,(6): 66-70.

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• [14]
  

  1994 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2400441

  Hofestädt, R.; Beerbohm, D.; Bresken, S.; Huang, X. (1994): Dynamic load balancing based on the theory of cellular automata. In: L. Dekker; W. Smit; J. Zuidervaart (Hrsg.): Massively parallel processing applications and development : proceedings of the 1994 EUROSIM Conference on Massively Parallel Processing Applications and Development, Delft, The Netherlands, 21 - 23 June 1994. Amsterdam: Elsevier. S. 235-242.

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• [13]
  

  1994 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2400387

  Hofestädt, R. (1994): Detection and Animation of Metabolic Bottlenecks. In: Hwa A. Lim (Hrsg.): Proceedings of the Third International Conference on Bioinformatics and Genome Research. World Scientific. S. 331-340.

  PUB
   
• [12]
  

  1994 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2400433

  Hofestädt, R.; Ashauer, U. (1994): Ein wissensbasierter Ansatz zur Diagnose genetisch verursachter Stoffwechselkrankheiten. In: H. Kunath (Hrsg.): Medizin und Information. München: MMV, Medizin-Verl.,. S. 115-119.

  PUB
   
• [11]
  

  1994 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2400471

  Hofestädt, R. (1994): Formale Sprachen zur Beschreibung von Zellstoffwechselprozessen. In: S. J. Pöppl; H.-G. Lipinski; T. Mansky (Hrsg.): Medizinische Informatik. ein integrierender Teil arztunterstützender Technologien. München: MMV, Medizin-Verl.,. (Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie, 77). S. 245-249.

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• [10]
  

  1994 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2378596

  Hofestädt, R.; Hörkens, U. (1994): C.A.S.S - A Programming Environment for the Simulation of Nondeterministic Cellular Automata Systems Analysis Modelling Simulation (SAMS),14:(1): 1-14.

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• [9]
  

  1994 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2400393

  Hofestädt, R. (1994): Modellierung und Simulation molekulargenetischer Prozesse. In: Gerald Kampe; Michael Zeitz (Hrsg.): Simulationstechnik. Wiesbaden: Vieweg. (Fortschritte in der Simulationstechnik, 9). S. 1-8.

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• [8]
  

  1993 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2400450

  Ralf Hofestädt; Fritz Krückeberg; Thomas Lengauer (Hrsg.) (1993): Informatik in den Biowissenschaften. 1. Fachtagung der GI-FG 4.0.2 „Informatik in den Biowissenschaften“, Bonn, 15./16. Februar 1993, In: Ralf Hofestädt; Fritz Krückeberg; Thomas Lengauer (Hrsg.), Informatik Aktuell, VIII, 214.

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• [7]
  

  1993 | Report | Veröffentlicht | PUB-ID: 2400486

  Hofestädt, R.; Lautenbach, K.; Löffler, M. (1993): Workshop "Modellierung der Zelldifferenzierung". Koblenz: Universitätf Koblenz.

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• [6]
  

  1993 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2378358

  Hofestädt, R. (1993): Modelling molecular counters with stochastic cellular grammars Informatik, Biometrie und Epidemiologie in Medizin und Biologie,24:(4): 169-177.

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• [5]
  

  1993 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2378301

  Hofestädt, R. (1993): Grammatical Formalization of Metabolic Processes. In: Lawrence Hunter; David Searls; Jude Shavlik (Hrsg.): Proceedings. First International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology. ISMB 93. Menlo Park: AAAI Press. S. 181-189.

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• [4]
  

  1993 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2400456

  Hofestädt, R.; Beerbohm, D.; Huang, X. (1993): Dynamischer Lastausgleich mit Zellularautomaten. In: Proceedings of the PARS 1993. (PARS Notes, 12). S. 92-101.

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• [3]
  

  1993 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2378590

  Hofestädt, R. (1993): A Simulation Shell to Model Metabolic Pathways Journal of Systems Analysis Modelling Simulation (SAMS),11: 253-262.

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• [2]
  

  1992 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2378542

  Hörkens, U.; Hofestädt, R. (1992): Cellular Automata Simulation Shell. In: Achim Sydow (Hrsg.): Computational Systems Analysis. Amsterdam: Elsevier. S. 325-330.

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• [1]
  

  1992 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2378557

  Hofestädt, R.; Müller, H. P. (1992): The Simulation of Genetic Processes. In: Achim Sydow (Hrsg.): Computational Systems Analysis. Amsterdam: Elsevier. S. 532-528.

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