183 Publikationen
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2023 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2984737Orlov, Yuriy L, Chen, Ming, Kolchanov, Nikolay A, and Hofestädt, Ralf. “BGRS: bioinformatics of genome regulation and data integration”. Journal of Integrative Bioinformatics (2023).PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2960309Allmer, Jens, Elloumi, Mourad, Comin, Matteo, and Hofestädt, Ralf. “Special Issue of the 1st International Applied Bioinformatics Conference (iABC'21)”. Journal of Integrative Bioinformatics 18.4 (2021).PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2021 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2957504Brinkrolf, Christoph, Ochel, Lennart, and Hofestädt, Ralf. “VANESA: An open-source hybrid functional Petri net modeling and simulation environment in systems biology”. Biosystems (2021): 104531.PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2021 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2952999Ahsan, Md Asif, Liu, Yongjing, Feng, Cong, Hofestädt, Ralf, and Chen, Ming. “OverCOVID: an integrative web portal for SARS-CoV-2 bioinformatics resources”. Journal of integrative bioinformatics (2021).PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2939859Friedrichs, Marcel, Shoshi, Alban, Chmura, Piotr Jaroslaw, Ison, Jon, Schwämmle, Veit, Schreiber, Falk, Hofestädt, Ralf, and Sommer, Bjorn. “JIB.tools 2.0 – A Bioinformatics Registry for Journal Published Tools with Interoperability to bio.tools”. Journal of Integrative Bioinformatics 16.4 (2020): 20190059.PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2937754Chen, Ming, Hofestädt, Ralf, and Taubert, Jan. “Integrative Bioinformatics: History and Future”. Journal of integrative bioinformatics 16.3 (2019): 20192001.PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2938765Zolotareva, Olga, Saik, Olga V., Königs, Cassandra, Bragina, Elena Yu., Goncharova, Irina A., Freidin, Maxim B., Dosenko, Victor E., Ivanisenko, Vladimir A., and Hofestädt, Ralf. “Comorbidity of asthma and hypertension may be mediated by shared genetic dysregulation and drug side effects”. Scientific Reports 9.1 (2019): 16302.PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2938754Zhu, Lu, Hofestädt, Ralf, and Ester, Martin. “Tissue-Specific Subcellular Localization Prediction Using Multi-Label Markov Random Fields”. IEEE-ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 16.5 (2019): 1471-1482.PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2019 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2938395Bragina, E. Y., Freidin, M. B., Saik, O. V., Zolotareva, Olga, Goncharova, I. A., Ivanisenko, V. A., Dosenko, V. E., and Hofestädt, Ralf. “Identification of the genetic factors underlying comorbidity between bronchial asthma and hypertension”. EUROPEAN JOURNAL OF HUMAN GENETICS. London: Nature Publishing Group, 2019.Vol. 27. 1035-1036.PUB | WoS
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2930278Biere, Niklas, Ghaffar, Mehmood, Doebbe, Anja, Jaeger, Daniel, Rothe, Nils, Friedrich, Benjamin M., Hofestädt, Ralf, Schreiber, Falk, Kruse, Olaf, and Sommer, Bjoern. “Heuristic Modeling and 3D Stereoscopic Visualization of a Chlamydomonas reinhardtii Cell”. Journal of Integrative Bioinformatics 15.2 (2018): 20180003.PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2018 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2962349Hofestädt, Ralf, Brinkrolf, Christoph, and Reipke, Philo. “OMPetri: A New Petri Net Simulation Environment Based on OpenModelica”. Proceedings of the 2018 10th International Conference on Bioinformatics and Biomedical Technology - ICBBT '18. New York: ACM Press, 2018. 57-61.PUB | DOI
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2962353Hamzeiy, Hamid, Suluyayla, Rabia, Brinkrolf, Christoph, Janowski, Sebastian Jan, Hofestädt, Ralf, and Allmer, Jens. “Visualization and Analysis of miRNAs Implicated in Amyotrophic Lateral Sclerosis Within Gene Regulatory Pathways”. Studies in Health Technology and Informatics 253 (2018): 183-187.PUB | DOI
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2933313Shoshi, Alban, Hofestädt, Ralf, Zolotareva, Olga, Friedrichs, Marcel, Maier, Alex, Ivanisenko, Vladimir A., Dosenko, Victor E., and Bragina, Elena Yu. “GenCoNet - A Graph Database for the Analysis of Comorbidities by Gene Networks”. JOURNAL OF INTEGRATIVE BIOINFORMATICS 15.4 (2018): 20180049.PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2915515Saik, Olga V., Demenkov, Pavel S., Ivanisenko, Timofey V., Bragina, Elena Y., Freidin, Maxim B., Goncharova, Irirna A., Dosenko, Victor E., Zolotareva, Olga, Hofestädt, Ralf, Lavrik, Inna N., Rogaev, Evgeny I., and Ivanisenko, Vladimir A. “Novel candidate genes important for asthma and hypertension comorbidity revealed from associative gene networks”. BMC Medical Genomics 11.1 (2018): 15.PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2933309Bragina, Elena Yu, Goncharova, Irina A., Garaeva, Anna F., Nemerov, Evgeniy, V, Babovskaya, Anastasija A., Karpov, Andrey B., Semenova, Yulia, V, Zhalsanova, Irina Z., Gomboeva, Densema E., Saik, Olga, V, Zolotareva, Olga, Ivanisenko, Vladimir A., Dosenko, Victor E., Hofestädt, Ralf, and Freidin, Maxim B. “Molecular Relationships between Bronchial Asthma and Hypertension as Comorbid Diseases”. JOURNAL OF INTEGRATIVE BIOINFORMATICS 15.4 (2018): 20180052.PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2933312Saik, Olga, V, Demenkov, Pavel S., Ivanisenko, Timofey, V, Bragina, Elena Yu, Freidin, Maxim B., Dosenko, Victor E., Zolotareva, Olga, Choynzonov, Evgeniy L., Hofestädt, Ralf, and Ivanisenko, Vladimir A. “Search for New Candidate Genes Involved in the Comorbidity of Asthma and Hypertension Based on Automatic Analysis of Scientific Literature”. JOURNAL OF INTEGRATIVE BIOINFORMATICS 15.4 (2018): 20180054.PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2933310Drevytska, Tatiana, Morhachov, Roman, Tumanovska, Lesya, Portnichenko, Georgiy, Nagibin, Vasyl, Boldyriev, Oleksiy, Lapikova-Bryhinska, Tatiana, Gurianova, Veronika, Dons'koi, Borys, Freidin, Maxim, Ivanisenko, Vladimir, Bragina, Elena Yu, Hofestädt, Ralf, and Dosenko, Victor. “shRNA-Induced Knockdown of a Bioinformatically Predicted Target IL10 Influences Functional Parameters in Spontaneously Hypertensive Rats with Asthma”. JOURNAL OF INTEGRATIVE BIOINFORMATICS 15.4 (2018): 20180053.PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2912290Shoshi, Alban, Müller, Ulrich, Shoshi, Arben, Ogultarhan, Venus, and Hofestädt, Ralf. “KALIS – An eHealth system for biomedical risk analysis of drugs”. Health Informatics Meets eHealth: Digital Insight – Information-Driven Health & Care. Proceedings of the 11th eHealth2017 Conference. Ed. Dieter Hayn and Günter Schreier. Amsterdam: IOS Press, 2017.Vol. 236. Studies in Health Technology and Informatics. 128-135.PUB | PDF | DOI
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2017 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2962354Jens Allmer, Christoph Brinkrolf, Ralf Hofestädt, and Müserref Duygu Sacar Demirci, eds. “Computational Systems Biology: German/Turkish Network of Bioinformatics - Report 2016”. Berichte aus der Medizinischen Informatik und Bioinformatik (2017).PUB
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2910493Romano, Paolo, Hofestädt, Ralf, Lange, Matthias, and D'Elia, Domenica. “The joint NETTAB/Integrative Bioinformatics 2015 Meeting: aims, topics and outcomes”. BMC BIOINFORMATICS 18.S5 (2017): 101.PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2916589Hamzeiy, Hamid, Suluyayla, Rabia, Brinkrolf, Christoph, Janowski, Sebastian Jan, Hofestädt, Ralf, and Allmer, Jens. “Visualization and Analysis of MicroRNAs within KEGG Pathways using VANESA”. JOURNAL OF INTEGRATIVE BIOINFORMATICS 14.1 (2017).PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2017 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | PUB-ID: 2912298Shoshi, Alban, Zolotareva, Olga, Kleine, Maren, Königs, Cassandra, and Hofestädt, Ralf. “Integrative analysis of mechanism of drug action and potential impact on the disease”. Presented at the 13th International Symposium on Integrative Bioinformatics 2017, Odense, 2017.PUB
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909099Li, Qilin, Zhou, Yincong, Jiao, Yingmin, Zhang, Zhao, Bai, Lin, Tong, Li, Yang, Xiong, Sommer, Bjoern, Hofestädt, Ralf, and Chen, Ming. “DaTo: an atlas of biological databases and tools”. JOURNAL OF INTEGRATIVE BIOINFORMATICS 13.4 (2016): 297.PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2722420Shoshi, Alban, Hoppe, Tobias, Kormeier, Benjamin, Ogultarhan, Venus, and Hofestädt, Ralf. “GraphSAW: A web-based system for graphical analysis of drug interactions and side effects using pharmaceutical and molecular data”. BMC Medical Informatics and Decision Making 15.1 (2015): 15.PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2709397Shoshi, Alban, Ogultarhan, Venus, Hoppe, Tobias, Kormeier, Benjamin, Müller, Ulrich, and Hofestädt, Ralf. “Identifying adverse drug reactions and drug-induced diseases using network-based drug mapping”. Journal of Bioinformatics and Computational Biology 13.1 (2015): 1540007.PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901356Meng, X., Wang, J., Yuan, C., Li, X., Zhou, Y., Hofestädt, Ralf, and Chen, M. “Cancernet: a database for decoding multilevel molecular interactions across diverse cancer types”. Oncogenesis 4.12 (2015): e177.PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2015 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901626Jens Allmer, Christoph Brinkrolf, Ralf Hofestädt, and Müserref Duygu Sacar Demirci, eds. “Computational Systems Biology: German/Russian/Turkish Network of Computational Systems Biology - Report 2015”. Medizinische Informatik und Bioinformatik (2015).PUB
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2788891Winter, A., Hilgers, R. -D., Hofestädt, Ralf, Huebnert, U., Knaup-Gregori, P., Ose, C., Schmoor, C., Timmer, A., and Wege, D. “Good Medicine and Good Healthcare Demand Good Information (Systems)”. Methods of Information in Medicine 54.5 (2015): 385-387.PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2014 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2704586Popik, Olga V., Sommer, Björn, Hofestädt, Ralf, and Ivanisenko, Vladimir A. “Evaluation and Visualization of Pathway Efficiency based on Subcellular Protein Localizations (Workshop Abstract)”. Proceedings of the CELLmicrocosmos neXt workshop. Ed. Björn Sommer. Bielefeld: Bielefeld University, 2014. 9-10.PUB | PDF | DOI
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2710884Popik, Olga V., Saik, Olga V., Petrovskiy, Evgeny D., Sommer, Björn, Hofestädt, Ralf, Lavrik, Inna N., and Ivanisenko, Vladimir A. “Analysis of signaling networks distributed over intracellular compartments based on protein-protein interactions”. BMC Genomics 15.Suppl 12 (2014): S7.PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
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2014 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2709259Ralf Hofestädt and Alban Shoshi, eds. “German/Russian Network of Computational Systems Biology- Report 2014”. Medizinische Informatik und Bioinformatik (2014).PUB | Download (ext.)
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2705648Winter, A., Hilgers, R. -D., Hofestädt, Ralf, Knaup-Gregori, P., Ose, C., and Timmer, A. “How to Use Information Technology to Improve Medication Safety”. Methods of Information in Medicine 53.5 (2014): 333-335.PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2685732Brinkrolf, Christoph, Janowski, Sebastian Jan, Kormeier, Benjamin, Lewinski, Martin, Hippe, Klaus, Borck, Daniela, and Hofestädt, Ralf. “VANESA - A Software Application for the Visualization and Analysis of Networks in System Biology Applications”. Journal of Integrative Bioinformatics 11.2 (2014): 239.PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
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2014 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901693Ming Chen and Ralf Hofestädt, eds. Approaches in Integrative Bioinformatics - Towards the Virtual Cell. Berlin: Springer, 2014.PUB
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2014 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901695Robert Giegerich, Ralf Hofestädt, and Tim Wilhelm Nattkemper, eds. “German Conference on Bioinformatics 2014”. GI-Edition: lecture notes in informatics 235 (2014).PUB
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2014 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901694Chen, Ming, and Hofestädt, Ralf. “Integrative Bioinformatics”. Approaches in integrative bioinformatics. Towards the virtual cell. Ed. Ming Chen and Ralf Hofestädt. Berlin: Springer, 2014. 3-19.PUB
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2013 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2709280Shoshi, Alban, Ogultarhan, Venus, and Hofestädt, Ralf. “KALIS - A web-based system for patient-specific risk assessment of drugs”. Proceedings of the 9 th International Symposium on Integrative Bioinformatics 2013. Ed. Falk Schreiber, Ralf Hofestädt, Matthias Lange, Uwe Scholz, Tobias Czauderna, Roland Schnee, and Stephan Weise. 2013. 178-178.PUB
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2560817Sommer, Björn, Kormeier, Benjamin, Demenkov, Pavel S., Arrigo, Patrizio, Hippe, Klaus, Ates, Özgür, Kochetov, Alexey V., Ivanisenko, Vladimir A., Kolchanov, Nikolay A., and Hofestädt, Ralf. “Subcellular localization charts: a new visual methodology for the semi-automatic localization of protein-related data sets”. Journal of Bioinformatics and Computational Biology 11.01 (2013): 1340005.PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2560811Lee, Hang-Mao, Dietz, Karl-Josef, and Hofestädt, Ralf. “Computational construction of specialized biological networks”. Journal of Bioinformatics and Computational Biology 11.01 (2013): 1340003.PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901701Hofestädt, Ralf. “Computerunterstützte Diagnose von Erkrankungen”. Management & Krankenhaus 4 (2013): 22.PUB
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2613116Winter, A., Hilgers, R. -D., Hofestädt, Ralf, Knaup-Gregorit, P., Ose, C., and Timmer, A. “More than Four Decades of Medical Informatics Education for Medical Students in Germany. New Recommendations Published”. Methods Of Information In Medicine 52.3 (2013): 181-183.PUB | WoS | PubMed | Europe PMC
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901699Hofestädt, Ralf, Kormeier, Benjamin, Lange, Matthias, Schreiber, Falk, Sommer, Björn, and Weise, Stefan. “Editorial: JIBtools - a Strategy to Reduce the Bioinformatics Analysis Gap”. Journal of Integrative Bioinformatics 10.1 (2013): 226.PUB
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2545867Klenke, Christin, Janowski, Sebastian Jan, Borck, Daniela, Widera, Darius, Ebmeyer, Jörg, Kalinowski, Jörn, Leichtle, Anke, Hofestädt, Ralf, Upile, Tahwinder, Kaltschmidt, Christian, Kaltschmidt, Barbara, and Sudhoff, Holger. “Identification of Novel Cholesteatoma-related Gene Expression Signatures Using Full-genome Microarrays”. PLoS One 7.12 (2012): e52718.PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2012 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901730Proß, Sabrina, Bachmann, Bernhard, Janowski, Sebastian Jan, and Hofestädt, Ralf. “A New Object-Oriented Petri Net Simulation Environment Based On Modelica”. Proceedings of the 2012 Winter Simulation Conference (WSC). Ed. Christoph Laroque. Piscataway, NJ: IEEE, 2012. 1-13.PUB | DOI
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2012 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2547751Shoshi, Alban, Shoshi, Arben, and Hofestädt, Ralf. “KAIS: Ein webbasiertes System zur patientenindividuellen Arzneimittel-Interaktionsprüfung”. Informatik 2012: was bewegt uns in der/die Zukunft? 42. Jahrestagung der Gesellschaft für Informatik e.V. (GI). Ed. Ursula Goltz, Marcus Magnor, Hans-Jürgen Appelrath, Herbert K. Matthies, Wolf-Tilo Balke, and Lars Wolf. Bonn: Ges. für Informatik, 2012.Vol. 208. GI-Edition. Proceedings. 1565-1574.PUB | Download (ext.)
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2012 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901727Ralf Hofestädt and Nikolay Kolchanov, eds. “German/Russian Network of Computational Systems Biology: Report 2012”. Medizinische Informatik und Bioinformatik (2012).PUB
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2012 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901724Monica Heiner and Ralf Hofestädt, eds. “Biological Processes & Petri Nets. Proceedings of the 3rd International Workshop on Bioogical Processes & Petri Nets”. CEUR workshop proceedings 852 (2012).PUB
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2012 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901726Hofestädt, Ralf. “Modeling aspects of the virtuell cell”. The Eighth International Conference on Bioinformatics of enome Regulation and Structur\Systems Biology. Abstracts. Novosibirsk: Russian Academy of Sciences, 2012. 122.PUB
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2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2374720Hippe, Klaus, Kormeier, Benjamin, Janowski, Sebastian Jan, Töpel, Thoralf, and Hofestädt, Ralf. “DAWIS-M.D. 2.0 - A Data Warehouse Information System for Metabolic Data”. Proceedings of the 7th International Symposium on Integrative Bioinformatics. 2011.PUB
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2011 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2376427Hofestädt, Ralf. “Petri Nets and the Simulation of Metabolic Networks”. Biological Petri Nets. Ed. Edgar Wingender. 1. Edition. Amsterdam: IOS Press, 2011.Vol. 162. Studies in health technology and informatics. 1-2.PUB
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2011 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2376491Hofestädt, Ralf, and Thelen, Sabine. “Quantitative Modeling of Biochemical Networks”. Biological Petri Nets. Ed. Edgar Wingender. 1. Edition. Amsterdam: IOS Press, 2011.Vol. 162. Studies in health technology and informatics. 3-16.PUB
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2011 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2376523Chen, Ming, and Hofestädt, Ralf. “Quantitative Petri Net Model of Gene Regulated Metabolic Networks in the Cell”. Biological Petri Nets. Ed. Edgar Wingender. 1. Edition. Amsterdam: IOS Press, 2011.Vol. 162. Studies in health technology and informatics. 38-55.PUB
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2290112Chen, Ming, Hu, Minjie, and Hofestädt, Ralf. “A Systematic Petri Net Approach for Multiple-Scale Modeling and Simulation of Biochemical Processes”. Applied Biochemistry and Biotechnology 164.3 (2011): 338-352.PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2326407Chen, Ming, Hariharaputran, Sridhar, Hofestädt, Ralf, Kormeier, Benjamin, and Spangardt, Sarah. “Petri net models for the semi-automatic construction of large scale biological networks”. Natural Computing 10.3 (2011): 1077-1097.PUB | DOI | WoS
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2408590Huang, Donglin, Huang, Yiling, Bai, Youhuang, Chen, Dijun, Hofestädt, Ralf, Klukas, Cristian, and Chen, Ming. “MyBioNet: interactively visualize, edit and merge biological networks on the Web”. Bioinformatics 27.23 (2011): 3321-3322.PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2458209Hofestädt, Ralf. “Fundamental Features of Metabolic Computing”. Advances in Soft Computing: 10th Mexican International Conference on Artificial Intelligence, MICAI 2011, Puebla, Mexico, November 26 - December 4, 2011, Proceedings, Part II. Ed. Ildar Batyrshin and Grigori Sidorov. Berlin, Heidelberg: Springer, 2011.Vol. 7095. Lecture Notes in Computer Science. 143-152.PUB | DOI
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2011 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2290156Janowski, Sebastian Jan, Kormeier, Benjamin, Töpel, Thoralf, Hippe, Klaus, Hofestädt, Ralf, Willassen, Nils, Friesen, Rafael, Rubert, Sebastian, Borck, Daniela, Haugen, Peik, and Chen, Ming. “Modeling of Cell-to-Cell Communication Processes with Petri Nets Using the Example of Quorum Sensing”. Biological Petri Nets. Ed. Edgar Wingender. Amsterdam: IOS Press, 2011.Vol. 162. Studies in health technology and informatics. 182-203.PUB | PubMed | Europe PMC
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2408607Lee, Hang-Mao, Dietz, Karl-Josef, and Hofestädt, Ralf. “Prediction of thioredoxin and glutaredoxin target proteins by identifying reversibly oxidized cysteinyl residues.”. Journal of Integrative Bioinformatics (Special Issue) 7.3 (2010): 23-34.PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2406168Kormeier, Benjamin, Hippe, Klaus, Töpel, Thoralf, and Hofestädt, Ralf. “CardioVINEdb: a data warehouse approach for integration of life science data in cardiovascular diseases”. Journal of Integrative Bioinformatics 7.1 (2010): 142.PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1945096Kormeier, Benjamin, Hippe, Klaus, Arrigo, Patrizio, Töpel, Thoralf, Janowski, Sebastian Jan, and Hofestädt, Ralf. “Reconstruction of biological networks based on life science data integration”. Journal of Integrative Bioinformatics 7.2 (2010): 3-8.PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
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2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901780Hippe, Klaus, Kormeier, Benjamin, Töpel, Thoralf, Janowski, Sebastian Jan, and Hofestädt, Ralf. “DAWIS-M.D. - A Data Warehouse System for Metabolic Data”. Informatik 2010: Service Science - neue Perspektiven für die Informatik. Bonn: Ges. für Informatik, 2010.Vol. 176. LNI. 720-725.PUB
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2010 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2376605Ralf Hofestädt and Nikolay Kolchanov, eds. “Computational Systems Biology: German/Russian Network of Computational Systems Biology”. Medizinische Informatik und Bioinformatik (2010).PUB
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2409400Töpel, Thoralf, Scheible, Dagmar, Trefz, Friedrich, and Hofestädt, Ralf. “RAMEDIS: a comprehensive information system for variations and corresponding phenotypes of rare metabolic diseases”. Human Mutation 31.1 (2010): E1081-E1088.PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2374757Sommer, Björn, Tiys, E. S, Kormeier, Benjamin, Hippe, Klaus, Janowski, Sebastian Jan, Ivanisenko, T. V, Bragin, A. O, Arrigo, P., Demenkov, P. S, Kochetov, A. V, Ivanisenko, V.A., Kolchanov, N. A., and Hofestädt, Ralf. “Visualization and Analysis of a Cardio Vascular Disease-and MUPP1-related Biological Network combining Text Mining and Data Warehouse Approaches”. Journal of Integrative Bioinformatics 7.1 (2010): 148.PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1960746Janowski, Sebastian Jan, Kormeier, Benjamin, Töpel, Thoralf, Hippe, Klaus, Hofestädt, Ralf, Willassen, Nils, Friesen, Rafael, Rubert, Sebastian, Borck, Daniela, Haugen, Peik, and Chen, Ming. “Modeling of cell-cell communication processes with Petri nets using the example of quorum sensing”. In Silico Biology 10.Special Issue: Petri Net Applications in Molecular Biology (2010): 27-48.PUB
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383120Hofestädt, Ralf. “DNA-Programming Language of Life”. HBSO 13.1 (2009): 68-72.PUB
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2009 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383132Hofestädt, Ralf, Kuhn, K., Müller, W., and Türker, Can. “Daten in den Lebenswissenschaften. Vom Paper über Datenbanken zur integrierten Informationsquelle”. Informatik 2009. Ed. Stefan Fischer, Erik Maehle, and Rüdiger Reischuk. Bonn: Ges. für Informatik, 2009.Vol. 154. LNI. 33-34.PUB
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2009 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2408644Ming Chen and Ralf Hofestädt, eds. Proceedings International Workshop on Computational & Integrative Biology. University Hanzhou. 2009.PUB
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2009 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2408628Kormeier, Benjamin, Hippe, Klaus, Töpel, Thoralf, and Hofestädt, Ralf. “CARDIOVINEdb: a data warehouse approach for integration of life science in cardiovascular diseases”. Im Focus das Leben. 39. Jahrestagung der Gesellschaft für Informatik e.V. (GI), 28.9. bis 2.10.2009, Universität zu Lübeck. Ed. Stefan Fischer, Erik Maehle, and Rüdiger Reischuk. Bonn: Gesellschaft für Informatik (GI), 2009. 704-708.PUB | Download (ext.)
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2008 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383295Ralf Hofestädt and Thoralf Töpel, eds. Integrative Bioinformatics. Yearbook 2007. Aachen: Shaker, 2008. 4.PUB
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2008 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383350Hofestädt, Ralf. “DNA - Programming Language of Life?”. Presented at the BGRS'08, Novosibirsk, Russia, Novosibirsk: Russian Academy of Sciences, 2008.PUB
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2408666Trefz, F., Scheible, D., Götz, H., Töpel, Thoralf, Hofestädt, Ralf, and Frauendienst-Egger, G. “METAGENE and RAMEDIS: databases for metabolic diseases and patients with inborn errors on metabolism”. Journal of Inherited Metabolic Disease 31 (2008): 289.PUB
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2408678Hariharaputran, Sridhar, Töpel, Thoralf, Brockschmidt, Björn, and Hofestädt, Ralf. “VINEdb: a data warehouse for integration and interactive exploration of life science data”. Integrative Bioinformatics Yearbook 2007 4 (2008): 63-74.PUB
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1945955Töpel, Thoralf, Kormeier, Benjamin, Klassen, Andreas, and Hofestädt, Ralf. “BioDWH: a data warehouse kit for life science data integration”. Journal of Integrative Bioinformatics 5.2 (2008): 343-349.PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
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2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2378044Hofestädt, Ralf. “Extended Backus-systems for the representation and specification of the genome”. Journal of Bioinformatics and Computational Biology 5.02b (2007): 457-466.PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2007 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2409274Hariharaputran, Sridhar, Töpel, Thoralf, Brockschmidt, B., and Hofestädt, Ralf. “VINEdb: a data warehouse for integration and interactive exploration of life science data.”. Proceedings of the 4th Integrative Bioinformatics Workshop (IB 07). 2007.PUB
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2007 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2409265Hariharaputran, Sridhar, Töpel, Thoralf, Oberwahrenbrock, Timm, and Hofestädt, Ralf. “SignAlign: prediction and alignment of biochemical pathways using protein structural information”. Proceedings of 5th International Conference on Pathways, Networks, and Systems. 2007.PUB
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2007 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2394320Ralf Hofestädt and Thoralf Töpel, eds. Integrative Bioinformatics. Yearbook 2006. Aachen: Shaker, 2007. 3.PUB
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2007 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2409256Töpel, Thoralf, Neumann, J., and Hofestädt, Ralf. “A medical case-based reasoning component for the rare metabolic diseases database RAMEDIS”. Proceedings. Twentieth IEEE International Symposium on Computer-Based Medical Systems (CBMS 2007). Ed. Peter Kokol. Los Alamitos, Calif.: IEEE Computer Society, 2007. 7-11.PUB
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2007 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 1632474Scheible, D., Töpel, Thoralf, Frauendienst-Egger, G., Hofestädt, Ralf, Wallner, S., and Trefz, F. K. “Expanded newborn screening: Long-term follow up of 63 patients screened by tandem mass spectrometry”. JOURNAL OF INHERITED METABOLIC DISEASE 30.Suppl. 1 (2007): 3.PUB | WoS
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2006 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2394343Ralf Hofestädt and Thoralf Töpel, eds. Integrative Bioinformatics. Yearbook 2005. Aachen: Shaker, 2006. 2.PUB
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2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2394354Töpel, Thoralf, Hofestädt, Ralf, Scheible, D., and Trefz, F. “RAMEDIS, the rare metabolic diseases database”. Applied Bioinformatics 5.2 (2006): 115-118.PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
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2006 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2376848Nikolay Kolchanov, Ralf Hofestädt, and Liciano Milanesi, eds. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II. 1. Edition. New York: Springer, 2006.PUB
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2006 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2394332Hofestädt, Ralf. “An extended Backus System for the presentation and analysis of DNA sequences.”. Proceedings of the Fifth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure; BGRS'2006. Ed. Ralf Hofestädt and Nikolay Kolchanov. Novosibirsk: Russian Academy of Sciences Siberian Branch; Institute of Cytology and Genetics, 2006.Vol. 1. 48-52.PUB
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2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1946589Chen, Ming, and Hofestädt, Ralf. “Integrative analysis of metabolic disorders by means of medical bioinformatics”. Conf Proc IEEE Eng Med Biol Soc 1 (2006): 228-231.PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
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2006 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 1596367Trefz, F. K., Töpel, Thoralf, Scheible, D., Frauendienst-Egger, G., and Hofestädt, Ralf. “www.ramedis.de: Database for long term follow up of patients with rare metabolic diseases”. JOURNAL OF INHERITED METABOLIC DISEASE 29.Suppl. 1 (2006): 84.PUB | WoS
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2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1599808Chen, M, and Hofestädt, Ralf. “A medical bioinformatics approach for metabolic disorders: Biomedical data prediction, modeling, and systematic analysis”. JOURNAL OF BIOMEDICAL INFORMATICS 39.2 (2006): 147-159.PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2006 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 1596361Trefz, F. K., Töpel, Thoralf, Scheible, D., Frauendienst-Egger, G., and Hofestädt, Ralf. “Expanded newborn screening: Long term follow up of 25 patients with organic acidemias and urea cycle disorders”. JOURNAL OF INHERITED METABOLIC DISEASE 29.Suppl. 1 (2006): 84.PUB | WoS
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2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2394350Chen, Ming, and Hofestädt, Ralf. “Prediction and Alignment of Metabolic Pathways”. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II. Ed. Nikolay A. Kolchanov, Ralf Hofestädt, and Luciano Milanesi. New York: Springer, 2005. 355-365.PUB
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2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2378271Chen, Ming, and Hofestädt, Ralf. “An Algorithm for Linear Metabolic Pathway Alignment”. In Silico Biology 5.2 (2005): 111-128.PUB
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2005 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2376856Hofestädt, Ralf, and Töpel, Thoralf. “Medical Bioinformatics: Detecting Molecular Diseases with Case-Based Reasoning”. Bioinformatics Using Computational Intelligence Paradigms. Ed. Udo Seiffert, Lakhmi Jain, and Patrick Schweizer. 1. Edition. Berlin: Springer, 2005.Vol. 176. Studies in Fuzziness and Soft Computing. 1-24.PUB
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2005 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2376634Ralf Hofestädt, ed. Yearbook Bioinformatics 2004. 1. Edition. Bonn: Köllen, 2005. 1.PUB
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2005 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2376874Chen, Ming, Freier, Andreas, and Hofestädt, Ralf. “Bioinformatics Approaches for Metabolic Pathways”. Handbook of Genome Research. Ed. Christoph Sensen. 1. Edition. Weinheim: Wiley-VCH, 2005.Vol. 2. 461-490.PUB
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2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2378654Hofestädt, Ralf. “Dagstuhl Seminar on Integrative Bioinformatics”. In Silico Biology 5.2 (2005): 81-82.PUB
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2005 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2394364Hofestädt, Ralf. “Bioinformatik”. Handbuch der Medizinischen Informatik. Ed. Thomas Lehmann. 2., vollst. neu bearb. Aufl. München: Hanser, 2005. 253-298.PUB
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2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2394766Hofestädt, Ralf, and Chen, Ming. “Metabolic Pathway Prediction/Alignment”. Proceedings of the Fourth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure. 2004.Vol. 2. 68-72.PUB
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2004 | Sonderausgabe Zeitschrift | Veröffentlicht | PUB-ID: 2394758Ralf Hofestädt and H.-P. Lenhof, eds. “Schwerpunktthema Molekulare Bioinformatik”. Informationstechnik und technische Informatik 46.1 (2004).PUB
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2004 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2376812Nikolay Kolchanov and Ralf Hofestädt, eds. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure. 1. Edition. Boston: Kluwer Academic, 2004.PUB
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2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2394762Hofestädt, Ralf, and Lenhof, H.-P. “Molekulare Bioinformatik”. Informationstechnik und technische Informatik 46.1 (2004): 3-4.PUB
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2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2394774Chen, Ming, and Hofestädt, Ralf. “PathAligner: Metabolic Pathway Retrieval and Alignment”. Applied Bioinformatics 3.4 (2004): 241-252.PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
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2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1606526Chen, Ming, and Hofestädt, Ralf. “Web-based information retrieval system for the prediction of metabolic pathways”. IEEE TRANSACTIONS ON NANOBIOSCIENCE 3.3 (2004): 192-199.PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2003 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2394778Hofestädt, Ralf, Freier, Andreas, and Lange, Matthias. “Integrative analysis of gene networks using dynamic process pattern modelling”. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure. Ed. Nikolaj A. Kolčanov and Ralf Hofestädt. Boston: Kluwer, 2003.PUB
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2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2378607Kolchanov, Nikolay, and Hofestädt, Ralf. “The 3rd International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure”. In Silico Biology 3.2 (2003).PUB
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2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2378667Chen, Ming, and Hofestädt, Ralf. “Quantitative Petri Net Model of Gene Regulated Metabolic Networks in the Cell”. In Silico Biology 3.3 (2003): 347-365.PUB | PubMed | Europe PMC
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2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2378610Freier, Andreas, Hofestädt, Ralf, and Lange, Matthias. “IIUDB: An Object-Oriented System for Modelling, Integration and Analysis of Gene Controlled Metabolic Networks”. In Silico Biology 3.2 (2003): 215-227.PUB | PubMed | Europe PMC
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2002 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2394797Julio Collado-Vides and Ralf Hofestädt, eds. Gene Regulation and Metabolism. Post-Genomic Computational Approaches. Cambridge, Mass.: MIT Press, 2002.PUB
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2002 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2394795Hofestädt, Ralf. “Bioinformatics”. Medical imaging informatics. Ed. Reinhold Haux. Stuttgart: Schattauer, 2002.Vol. 2002. Yearbook of Medical Informatics. 581-583.PUB
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2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2378624Hofestädt, Ralf, Kolchanov, N., and Reinitz, J. “Information and Simulation Systems for the Analysis of Gene Regulation and Metabolic Pathways”. In Silico Biology 2.2 (2002): 35.PUB
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2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2378648Freier, Andreas, Hofestädt, Ralf, Lange, Matthias, Scholz, Uwe, and Stephanik, Andreas. “BioDataServer: A SQL-based service for the online integration of life science data”. In Silico Biology 2.2 (2002): 37-57.PUB | PubMed | Europe PMC
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2002 | Monographie | Veröffentlicht | PUB-ID: 2376798Hofestädt, Ralf, and Schnee, Roland. Studien- und Forschungsführer Bioinformatik. 1. Edition. Heidelberg: Spektrum Akademischer Verlag, 2002.PUB
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2002 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2376867Freier, Andreas, Hofestädt, Ralf, and Töpel, Thoralf. “Invastigating the Effective Range of Agents by Using Integrative Modelling”. Handbook of Toxicogenomics: Strategies and Applications. Ed. Jürgen Borlak. 1. Edition. Weinheim: Wiley-VCH, 2002. 233-252.PUB
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2002 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2394838Freier, Andreas, Hofestädt, Ralf, and Lange, Matthias. “IIUDB: An Object-oriented System for Modelling, Integration and Analysis of Gene Controlled Metabolic Networks”. Proceedings of the Third International Conference on Bioinformatics and Genome Research. Ed. Nikolaj A. Kolčanov. 2002.Vol. 2. 123-125.PUB
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2002 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2394845Hofestädt, Ralf, and Töpel, Thoralf. “Case-based Support of Information Retrieval and Analysis of Molecular Data”. Proceedings of the 15th IEEE Symposium on Computer-Based Medical Systems (CBMS 2002). Ed. Peter Kokol. Los Alamitos, Calif.: IEEE Computer Society, 2002. 129-133.PUB
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2002 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2394806Freier, Andreas, Hofestädt, Ralf, Lange, Matthias, and Scholz, Uwe. “Information Fusion and Metabolic Network Control”. Gene Regulation and Metabolism. Ed. Julio Collado-Vides and Ralf Hofestädt. Cambridge, Mass.: MIT Press, 2002. 49-84.PUB
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2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2394818Töpel, Thoralf, and Hofestädt, Ralf. “Architecture for Information Retrieval and Analysis of Integrated Molecular Data”. Medizinische Genetik 14.3 (2002): 315.PUB
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2001 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2394918Hofestädt, Ralf, Kauert, R., Töpel, Thoralf, and Scholz, Uwe. “Information System for the Support of Research, Diagnosis and Therapy of Inborn Metabolic Diseases”. Proceedings of the 10th World Congress on Medical Informatics. Ed. V. L. Patel. Amsterdam: IOS Press, 2001.Vol. 84. Studies in health technology and informatics. 353-356.PUB
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2001 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2378481Hofestädt, Ralf, Lange, Matthias, and Scholz, Uwe. “Molecular Information Fusion for Metabolic Networks”. Gene Families. Ed. Guoxiong Xue, Yongbiao Xue, Zhihong Xu, and Roger Holmes. Singapore: World Scientific, 2001. 221-232.PUB
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2001 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2394854Hofestädt, Ralf, Freier, Andreas, and Lange, Matthias. “The electronical infrastructure for the analysis of metabolic networks”. Abstracts' Book of the Workshop on CORBA and XML: Towards a Bioinformatics Integrated Network Environment, NETTAB 2001 - Network Tools and Applications in Biology. 2001. 38-43.PUB
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2001 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2394974Hofestädt, Ralf, Mischke, U., Scholz, Uwe, Töpel, Thoralf, Scheible, D., and Trefz, F. K. “RAMEDIS - Rare Metabolic Diseases Publishing Tool for Genotype-Phenotype Correlation”. Proceedings of the 10th World Congress on Medical Informatics. Ed. V. L. Patel. Amsterdam: IOS Press, 2001.Vol. 84. Studies in health technology and informatics. 970-974.PUB
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2001 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2394959Stephanik, A., Hofestädt, Ralf, Lange, Matthias, and Freier, Andreas. “Metabolic Information Control System”. Proceedings. World Multiconference on Systemics, Cybernetics and Informatics. Ed. Nagib Callaos. Orlando, Fla.: IIIS, 2001.PUB
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2001 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2394899Hofestädt, Ralf, Reinitz, J., and Kolchanov, Nikolay. “Information and Simulation Systems for the Analysis of Gene Regulation and Metabolic Pathways”. Preprint. Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg, Fakultät für Informatik 22 (2001): 37.PUB
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2000 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2396863Hofestädt, Ralf. “Electronical infrastructure for the detection of inborn errors”. Proceedings of the Second International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure. Ed. Nikolaj A. Kolčanov. 2000.Vol. 1. 212-213.PUB
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2000 | Monographie | Veröffentlicht | PUB-ID: 2396913Hofestädt, Ralf, Pleißner, K.-P., and Stephanik, A. Informationssysteme in der Biotechnologie. Magdeburg: Fakultät für Informatik, Universität Magdeburg, 2000.PUB
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2000 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2396846Hofestädt, Ralf, Freier, Andreas, Lange, Matthias, and Scholz, Uwe. “An integrated architecture for modelling and simulation of metabolic networks”. Presented at the World Congress on Biotechnology, 11th International Biotechnology Symposium and Exhibition, Berlin, Germany, Frankfurt am Main: DECHEMA, 2000.PUB
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2000 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2397010Ralf Hofestädt, ed. Bioinformatik 2000 - Forschungsführer Informatik in den Biowissenschaften. Berlin: BIOCOM, 2000.PUB
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2000 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2396895Hofestädt, Ralf, Mischke, U., and Scholz, Uwe. “Knowledge acquisition, management and representation for the diagnostic support in human inborn errors of metabolism”. Medical infobahn for Europe: proceedings of MIE2000 and GMDS2000. Ed. Arie Hasman. Amsterdam: IOS Press, 2000.Vol. 77. Studies in health technology and informatics. 857-862.PUB
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2000 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2396922Hofestädt, Ralf, Köhler, J., Lange, Matthias, and Schulze-Kremer, S. “Logical and Semantic Database Integration”. IEEE International Symposium on Bio-Informatic and Biomedical Engineering. Los Alamitos, Calif.: IEEE Computer Society, 2000. 77-80.PUB
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1999 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2397013Hofestädt, Ralf. “Bioinformatik 2000 - Von der Molekularen Biologie zum Metabolic Engineering”. Informatik Spektrum 22.5 (1999): 385-390.PUB
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1999 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2396999Hofestädt, Ralf, Lange, Matthias, and Scholz, Uwe. “Molecular Information Fusion for Metabolic Networks”. Courses of The First International Bioinformatics Summer School. 1999.PUB
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1999 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2397004Hofestädt, Ralf, Mischke, U., Prüß, M., and Scholz, Uwe. “Metabolic Drug Pointing and Information Processing”. Medical Informatics Europe 68 (1999): 12-15.PUB
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1999 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2396985Freier, Andreas, Hofestädt, Ralf, Lange, Matthias, and Scholz, Uwe. “MARGBench - An Approach for Integration, Modeling and Animation of Metabolic Networks”. Computer science and biology : proceedings of the German Conference on Bioinformatics GCB '99. Ed. E. Wingender, Ralf Hofestädt, R. Giegerich, T. Lengauer, W. Mewes, D. Schomburg, and M. Vingron. Braunschweig: GBF-Braunschweig, Dep. of Bioinformatics, 1999. 190-194.PUB
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1999 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2397015Hofestädt, Ralf. “Das Bioinformatik-Dilemma”. Laborjournal 99.10 (1999): 12-13.PUB
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1998 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2398939J. Collado-Vides, Ralf Hofestädt, M. Mavrovouniotis, and G. Michal, eds. “Modelling and Simulation of Gene and Cell Regulation and Metabolic Pathways”. Dagstuhl-Seminar-Report 215 (1998).PUB
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1998 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2376682Ralf Hofestädt, ed. “Molekulare Bioinformatik”. Berichte aus der medizinischen Informatik und Bioinformatik (1998).PUB
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1998 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2461384Hofestädt, Ralf, and Scholz, Uwe. “Information processing for the analysis of metabolic pathways and inborn errors”. Biosystems 47.1-2 (1998): 91-102.PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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1998 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2398966Hofestädt, Ralf, Freier, Andreas, Höding, M., Lange, Matthias, and Scholz, Uwe. “Molecular Database Integration: Analysis of Metabolic Network Control”. Proceedings of the First International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'98). 1998.Vol. 1. 86-89.PUB
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1998 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2399037Hofestädt, Ralf, Höding, M., Saake, G., and Scholz, Uwe. “Scheme Derivation for WWW Information Sources and their Integration with Databases in Bioinformatics”. Advances in databases and information systems. Second East European Symposium ; Proceedings. Ed. Witold Litwin, Tadeusz Morzy, and Gottfried Vossen. Berlin: Springer Publishing, 1998.Vol. 1475. Lecture Notes in Computer Science. 296-304.PUB
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1998 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2399253Hofestädt, Ralf. “An Integrative Molecular Information System”. MedInfo ’98. Ed. B. Cesnik, A. T. McCray, and J.-R. Scherrer. Amsterdam: IOS Press, 1998.Vol. 52. Studies in health technology and informatics. 361-365.PUB
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1998 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2399272Hofestädt, Ralf, Prüß, M., Scholz, Uwe, and Urban, H. “Molekulare Bioinformatik- Molekulare Informationssysteme zur Erkennung von angeborenen Stoffwechselerkrankungen”. Magdeburger Wissenschaftsjournal 3.1 (1998): 29-40.PUB
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1998 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2399291Hofestädt, Ralf, and Thelen, S. “Quantitative Modeling of Biochemical Networks”. Silico Biology 1.1 (1998): 39-53.PUB
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1997 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2399355Hofestädt, Ralf. “Computer Science and Biology”. Biosystems 43 (1997): 69-71.PUB
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1997 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2376702Ralf Hofestädt, Thomas Lengauer, Markus Löffler, and Dietmar Schomburg, eds. Bioinformatics. 1. Edition. Berlin: Springer, 1997. LNCS. 1278.PUB
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1997 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2376666Ralf Hofestädt and Hwa Lim, eds. “Molecular Bioinformatics”. Berichte aus der medizinischen Informatik und Bioinformatik (1997).PUB
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1997 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2399441Hofestädt, Ralf. “Herausforderungen des elektronischen Krankenhausmanagements”. Arbeitsplatz-Rechensysteme. Ed. Christoph Steigner. Koblenz: Fölbach Publishing, 1997. 285-292.PUB
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1997 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2399458Hofestädt, Ralf. “Algorithms for the Microscopic and Macroscopic Analysis of Metabolic Processes (Diseases)”. Proceedings. 5th European Congress on Intelligent Techniques and Soft Computing. Aachen: Mainz, 1997.Vol. 3. 2293-2297.PUB
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1996 | Monographie | Veröffentlicht | PUB-ID: 2399735Hofestädt, Ralf, Herre, H., and Trefz, F. Computerunterstützte Erkennung von Stoffwechselerkrankungen. Leipzig: Universität Leipzig, 1996. Informatik-Berichte. 9.PUB
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1996 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2399707Hofestädt, Ralf. “Integrative Database Analysis for the Detection of Inborn Errors”. Medical Informatics Europe '96. Ed. Jytte Brender. Amsterdam: IOS Press, 1996.Vol. 34. Studies in health technology and informatics. 542-546.PUB
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1996 | Monographie | Veröffentlicht | PUB-ID: 2378263Hofestädt, Ralf. Theorie der regelbasierten Modellierung des Zellstoffwechsels. 1. Edition. Aachen: Shaker Verlag, 1996. Medizinische Informatik und Bioinformatik.PUB
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1996 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2399698Hofestädt, Ralf, Colado-Vides, Julio, Mavrovouniotis, Michael, and Löffler, Markus. “Modelling and Simulation of Metabolic Pathways, Gene Regulation and Cell Differentiation”. BioEssays 18.4 (1996): 333-335.PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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1996 | Sonderausgabe Zeitschrift | Veröffentlicht | PUB-ID: 2399722Ralf Hofestädt, T. Lengauer, and M. Löffler, eds. “Informatik in den Biowissenschaften”. Informationstechnik und technische Informatik 38.5 (1996).PUB
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1995 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2399773Hofestädt, Ralf, Löffler, M., and Möller, K. “Modellierung des Immunsystems”. Informatik Bericht Universität Bonn (1995): 88.PUB
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1995 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2399829Hofestädt, Ralf. “Artificial Life”. Proceedings des Workshops "Artificial Life". Ed. Kerstin Dautenhahn and GMD-Forschungszentrum Informationstechnik. Sankt Augustin: GMD-Forschungszentrum Informationstechnik, 1995.Vol. 271. GMD-Studien. 246.PUB
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1995 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2378599Julio Collado-Vides, Ralf Hofestädt, Markus Löffler, and Michael Mavrovouniotis, eds. “Modelling and Simulation of Gene and Cell Regulation”. Dagstuhl-Seminar-Report 130 (1995).PUB
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1995 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2399803Hofestädt, Ralf. “Metabolic Engineering”. Proceedings of the IMACS Symposium on Systems Analysis and Simulation. Ed. Achim Sydow. Amsterdam: Gordon and Breach, 1995. 321-326.PUB
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1995 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2399815Hofestädt, Ralf. “A Rule Based System for the Detection of Metabolic Diseases”. Proceedings of the Eighth World Congress on Medical Informatics. Ed. Robert A. Greenes, Hans E. Petersen, and Dennis J. Protti. Edmonton: Healthcare Computing & Communications Canada, 1995. 994-999.PUB
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1995 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2399822Hofestädt, Ralf, and Huang, X. “Automaton-Based Load Balancing Simulation in a Workstation Cluster”. Proceedings of APPT '95. Publishing House of Electronics Industry, 1995. 344-347.PUB
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1995 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2399784Hofestädt, Ralf. “Computer Science, Supercomputing and Biology - Bioinformatics”. Journal EUROSIM - Simulation News Europe 13 (1995): 7-15.PUB
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1995 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2399789Hofestädt, Ralf, and Meinecke, F. “Interactive Modelling and Simulation of Biochemical Networks”. Computers in Biology and Medicine 25.3 (1995): 321-334.PUB
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1994 | Report | Veröffentlicht | PUB-ID: 2400405Hofestädt, Ralf, Großpietsch, K.-E., and Steigner, C. Workshop Parallele Datenverarbeitung im Verbund von Hochleistungs-Workstations. Koblenz: Universitätf Koblenz, 1994. Fachberichte Informatik. 9-94.PUB
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1994 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2400417Beerbohm, D., Bresken, S., Hofestädt, Ralf, and Huang, X. “Automatengesteuertes skalierbares Verfahren zum Lastausgleich”. Parallele Datenverarbeitung aktuell. Ed. R. Flieger and R. Grebe. Amsterdam: IOS Press, 1994. 100-108.PUB
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1994 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2400427Hofestädt, Ralf. “Computer-Aided Metabolic Engineering”. it+ti Nachrichten 6 (1994): 66-70.PUB
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1994 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2400441Hofestädt, Ralf, Beerbohm, D., Bresken, S., and Huang, X. “Dynamic load balancing based on the theory of cellular automata”. Massively parallel processing applications and development : proceedings of the 1994 EUROSIM Conference on Massively Parallel Processing Applications and Development, Delft, The Netherlands, 21 - 23 June 1994. Ed. L. Dekker, W. Smit, and J. Zuidervaart. Amsterdam: Elsevier, 1994. 235-242.PUB
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1994 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2400387Hofestädt, Ralf. “Detection and Animation of Metabolic Bottlenecks”. Proceedings of the Third International Conference on Bioinformatics and Genome Research. Ed. Hwa A. Lim. World Scientific, 1994. 331-340.PUB
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1994 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2400433Hofestädt, Ralf, and Ashauer, U. “Ein wissensbasierter Ansatz zur Diagnose genetisch verursachter Stoffwechselkrankheiten”. Medizin und Information. Ed. H. Kunath. München: MMV, Medizin-Verl.,, 1994. 115-119.PUB
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1994 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2400471Hofestädt, Ralf. “Formale Sprachen zur Beschreibung von Zellstoffwechselprozessen”. Medizinische Informatik. ein integrierender Teil arztunterstützender Technologien. Ed. S. J. Pöppl, H.-G. Lipinski, and T. Mansky. München: MMV, Medizin-Verl.,, 1994.Vol. 77. Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie. 245-249.PUB
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1994 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2378596Hofestädt, Ralf, and Hörkens, Ulrich. “C.A.S.S - A Programming Environment for the Simulation of Nondeterministic Cellular Automata”. Systems Analysis Modelling Simulation (SAMS) 14.1 (1994): 1-14.PUB
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1994 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2400393Hofestädt, Ralf. “Modellierung und Simulation molekulargenetischer Prozesse”. Simulationstechnik. Ed. Gerald Kampe and Michael Zeitz. Wiesbaden: Vieweg, 1994.Vol. 9. Fortschritte in der Simulationstechnik. 1-8.PUB
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1993 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2400450Ralf Hofestädt, Fritz Krückeberg, and Thomas Lengauer, eds. “Informatik in den Biowissenschaften. 1. Fachtagung der GI-FG 4.0.2 „Informatik in den Biowissenschaften“, Bonn, 15./16. Februar 1993”. Informatik Aktuell (1993): VIII, 214.PUB
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1993 | Report | Veröffentlicht | PUB-ID: 2400486Hofestädt, Ralf, Lautenbach, K., and Löffler, M. Workshop "Modellierung der Zelldifferenzierung". Koblenz: Universitätf Koblenz, 1993. Fachberichte Informatik. 16-93.PUB
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1993 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2378358Hofestädt, Ralf. “Modelling molecular counters with stochastic cellular grammars”. Informatik, Biometrie und Epidemiologie in Medizin und Biologie 24.4 (1993): 169-177.PUB
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1993 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2378301Hofestädt, Ralf. “Grammatical Formalization of Metabolic Processes”. Proceedings. First International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology. ISMB 93. Ed. Lawrence Hunter, David Searls, and Jude Shavlik. Menlo Park: AAAI Press, 1993. 181-189.PUB
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1993 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2400456Hofestädt, Ralf, Beerbohm, D., and Huang, X. “Dynamischer Lastausgleich mit Zellularautomaten”. Proceedings of the PARS 1993. 1993.Vol. 12. PARS Notes. 92-101.PUB
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1993 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2378590Hofestädt, Ralf. “A Simulation Shell to Model Metabolic Pathways”. Journal of Systems Analysis Modelling Simulation (SAMS) 11 (1993): 253-262.PUB
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1992 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2378542Hörkens, Ulrich, and Hofestädt, Ralf. “Cellular Automata Simulation Shell”. Computational Systems Analysis. Ed. Achim Sydow. Amsterdam: Elsevier, 1992. 325-330.PUB
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1992 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2378557Hofestädt, Ralf, and Müller, H. P. “The Simulation of Genetic Processes”. Computational Systems Analysis. Ed. Achim Sydow. Amsterdam: Elsevier, 1992. 532-528.PUB