183 Publikationen

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  • [183]
    2023 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2984737
    Orlov, Y. L., Chen, M., Kolchanov, N. A., & Hofestädt, R. (2023). BGRS: bioinformatics of genome regulation and data integration. Journal of Integrative Bioinformatics. https://doi.org/10.1515/jib-2023-0032
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [182]
    2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2960309
    Allmer, J., Elloumi, M., Comin, M., & Hofestädt, R. (2021). Special Issue of the 1st International Applied Bioinformatics Conference (iABC'21). Journal of Integrative Bioinformatics, 18(4). https://doi.org/10.1515/jib-2021-0042
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [181]
    2021 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2957504
    Brinkrolf, C., Ochel, L., & Hofestädt, R. (2021). VANESA: An open-source hybrid functional Petri net modeling and simulation environment in systems biology. Biosystems, 104531. https://doi.org/10.1016/j.biosystems.2021.104531
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [180]
    2021 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2952999
    Ahsan, M. A., Liu, Y., Feng, C., Hofestädt, R., & Chen, M. (2021). OverCOVID: an integrative web portal for SARS-CoV-2 bioinformatics resources. Journal of integrative bioinformatics. https://doi.org/10.1515/jib-2020-0046
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [179]
    2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2939859 OA
    Friedrichs, M., Shoshi, A., Chmura, P. J., Ison, J., Schwämmle, V., Schreiber, F., Hofestädt, R., et al. (2020). JIB.tools 2.0 – A Bioinformatics Registry for Journal Published Tools with Interoperability to bio.tools. Journal of Integrative Bioinformatics, 16(4), 20190059. doi:10.1515/jib-2019-0059
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [178]
    2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2937754
    Chen, M., Hofestädt, R., & Taubert, J. (2019). Integrative Bioinformatics: History and Future. Journal of integrative bioinformatics, 16(3), 20192001. doi:10.1515/jib-2019-2001
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [177]
    2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2938765 OA
    Zolotareva, O., Saik, O. V., Königs, C., Bragina, E. Y., Goncharova, I. A., Freidin, M. B., Dosenko, V. E., et al. (2019). Comorbidity of asthma and hypertension may be mediated by shared genetic dysregulation and drug side effects. Scientific Reports, 9(1), 16302. doi:10.1038/s41598-019-52762-w
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [176]
    2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2938754
    Zhu, L., Hofestädt, R., & Ester, M. (2019). Tissue-Specific Subcellular Localization Prediction Using Multi-Label Markov Random Fields. IEEE-ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 16(5), 1471-1482. doi:10.1109/TCBB.2019.2897683
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [175]
    2019 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2938395
    Bragina, E. Y., Freidin, M. B., Saik, O. V., Zolotareva, O., Goncharova, I. A., Ivanisenko, V. A., Dosenko, V. E., et al. (2019). Identification of the genetic factors underlying comorbidity between bronchial asthma and hypertension. EUROPEAN JOURNAL OF HUMAN GENETICS, 27, 1035-1036. London: Nature Publishing Group.
    PUB | WoS
     
  • [174]
    2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2930278 OA
    Biere, N., Ghaffar, M., Doebbe, A., Jaeger, D., Rothe, N., Friedrich, B. M., Hofestädt, R., et al. (2018). Heuristic Modeling and 3D Stereoscopic Visualization of a Chlamydomonas reinhardtii Cell. Journal of Integrative Bioinformatics, 15(2), 20180003. https://doi.org/10.1515/jib-2018-0003
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [173]
    2018 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2962349
    Hofestädt, R., Brinkrolf, C., & Reipke, P. (2018). OMPetri: A New Petri Net Simulation Environment Based on OpenModelica. Proceedings of the 2018 10th International Conference on Bioinformatics and Biomedical Technology - ICBBT '18, 57-61. New York: ACM Press. https://doi.org/10.1145/3232059.3232073
    PUB | DOI
     
  • [172]
    2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2962353
    Hamzeiy, H., Suluyayla, R., Brinkrolf, C., Janowski, S. J., Hofestädt, R., & Allmer, J. (2018). Visualization and Analysis of miRNAs Implicated in Amyotrophic Lateral Sclerosis Within Gene Regulatory Pathways. Studies in Health Technology and Informatics, 253, 183-187. https://doi.org/10.3233/978-1-61499-896-9-183
    PUB | DOI
     
  • [171]
    2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2933313
    Shoshi, A., Hofestädt, R., Zolotareva, O., Friedrichs, M., Maier, A., Ivanisenko, V. A., Dosenko, V. E., et al. (2018). GenCoNet - A Graph Database for the Analysis of Comorbidities by Gene Networks. JOURNAL OF INTEGRATIVE BIOINFORMATICS, 15(4), 20180049. doi:10.1515/jib-2018-0049
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [170]
    2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2915515
    Saik, O. V., Demenkov, P. S., Ivanisenko, T. V., Bragina, E. Y., Freidin, M. B., Goncharova, I. A., Dosenko, V. E., et al. (2018). Novel candidate genes important for asthma and hypertension comorbidity revealed from associative gene networks. BMC Medical Genomics, 11(1), 15. doi:10.1186/s12920-018-0331-4
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [169]
    2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2933309
    Bragina, E. Y., Goncharova, I. A., Garaeva, A. F., Nemerov, Evgeniy, V., Babovskaya, A. A., Karpov, A. B., Semenova, Yulia, V., et al. (2018). Molecular Relationships between Bronchial Asthma and Hypertension as Comorbid Diseases. JOURNAL OF INTEGRATIVE BIOINFORMATICS, 15(4), 20180052. doi:10.1515/jib-2018-0052
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [168]
    2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2933312
    Saik, Olga, V., Demenkov, P. S., Ivanisenko, Timofey, V., Bragina, E. Y., Freidin, M. B., Dosenko, V. E., Zolotareva, O., et al. (2018). Search for New Candidate Genes Involved in the Comorbidity of Asthma and Hypertension Based on Automatic Analysis of Scientific Literature. JOURNAL OF INTEGRATIVE BIOINFORMATICS, 15(4), 20180054. doi:10.1515/jib-2018-0054
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [167]
    2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2933310
    Drevytska, T., Morhachov, R., Tumanovska, L., Portnichenko, G., Nagibin, V., Boldyriev, O., Lapikova-Bryhinska, T., et al. (2018). shRNA-Induced Knockdown of a Bioinformatically Predicted Target IL10 Influences Functional Parameters in Spontaneously Hypertensive Rats with Asthma. JOURNAL OF INTEGRATIVE BIOINFORMATICS, 15(4), 20180053. doi:10.1515/jib-2018-0053
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [166]
    2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2912290 OA
    Shoshi, A., Müller, U., Shoshi, A., Ogultarhan, V., & Hofestädt, R. (2017). KALIS – An eHealth system for biomedical risk analysis of drugs. In D. Hayn & G. Schreier (Eds.), Studies in Health Technology and Informatics: Vol. 236. Health Informatics Meets eHealth: Digital Insight – Information-Driven Health & Care. Proceedings of the 11th eHealth2017 Conference (pp. 128-135). Amsterdam: IOS Press. https://doi.org/10.3233/978-1-61499-759-7-128
    PUB | PDF | DOI
     
  • [165]
    2017 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2962354
    Allmer J., Brinkrolf C., Hofestädt R., & Sacar Demirci M. D. (Eds.) (2017). Computational Systems Biology: German/Turkish Network of Bioinformatics - Report 2016. Berichte aus der Medizinischen Informatik und Bioinformatik
    PUB
     
  • [164]
    2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2910493
    Romano, P., Hofestädt, R., Lange, M., & D'Elia, D. (2017). The joint NETTAB/Integrative Bioinformatics 2015 Meeting: aims, topics and outcomes. BMC BIOINFORMATICS, 18(S5), 101. doi:10.1186/s12859-017-1532-0
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [163]
    2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2916589
    Hamzeiy, H., Suluyayla, R., Brinkrolf, C., Janowski, S. J., Hofestädt, R., & Allmer, J. (2017). Visualization and Analysis of MicroRNAs within KEGG Pathways using VANESA. JOURNAL OF INTEGRATIVE BIOINFORMATICS, 14(1). doi:10.1515/jib-2016-0004
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [162]
    2017 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | PUB-ID: 2912298
    Shoshi, A., Zolotareva, O., Kleine, M., Königs, C., & Hofestädt, R. (2017). Integrative analysis of mechanism of drug action and potential impact on the disease. Presented at the 13th International Symposium on Integrative Bioinformatics 2017, Odense.
    PUB
     
  • [161]
    2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909099
    Li, Q., Zhou, Y., Jiao, Y., Zhang, Z., Bai, L., Tong, L., Yang, X., et al. (2016). DaTo: an atlas of biological databases and tools. JOURNAL OF INTEGRATIVE BIOINFORMATICS, 13(4), 297. doi:10.2390/biecoll-jib-2016-297
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [160]
    2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2722420 OA
    Shoshi, A., Hoppe, T., Kormeier, B., Ogultarhan, V., & Hofestädt, R. (2015). GraphSAW: A web-based system for graphical analysis of drug interactions and side effects using pharmaceutical and molecular data. BMC Medical Informatics and Decision Making, 15(1), 15. https://doi.org/10.1186/s12911-015-0139-5
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [159]
    2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2709397
    Shoshi, A., Ogultarhan, V., Hoppe, T., Kormeier, B., Müller, U., & Hofestädt, R. (2015). Identifying adverse drug reactions and drug-induced diseases using network-based drug mapping. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 13(1), 1540007. https://doi.org/10.1142/S0219720015400077
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [158]
    2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901356
    Meng, X., Wang, J., Yuan, C., Li, X., Zhou, Y., Hofestädt, R., & Chen, M. (2015). Cancernet: a database for decoding multilevel molecular interactions across diverse cancer types. Oncogenesis, 4(12), e177. doi:10.1038/oncsis.2015.40
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [157]
    2015 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901626
    Allmer J., Brinkrolf C., Hofestädt R., & Sacar Demirci M. D. (Eds.) (2015). Computational Systems Biology: German/Russian/Turkish Network of Computational Systems Biology - Report 2015. Medizinische Informatik und Bioinformatik
    PUB
     
  • [156]
    2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2788891
    Winter, A., Hilgers, R. - D., Hofestädt, R., Huebnert, U., Knaup-Gregori, P., Ose, C., Schmoor, C., et al. (2015). Good Medicine and Good Healthcare Demand Good Information (Systems). Methods of Information in Medicine, 54(5), 385-387. doi:10.3414/ME15-05-1001
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [155]
    2014 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2704586 OA
    Popik, O. V., Sommer, B., Hofestädt, R., & Ivanisenko, V. A. (2014). Evaluation and Visualization of Pathway Efficiency based on Subcellular Protein Localizations (Workshop Abstract). In B. Sommer (Ed.), Proceedings of the CELLmicrocosmos neXt workshop (pp. 9-10). Bielefeld: Bielefeld University. https://doi.org/10.2390/biecoll-next2014-3
    PUB | PDF | DOI
     
  • [154]
    2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2710884
    Popik, O. V., Saik, O. V., Petrovskiy, E. D., Sommer, B., Hofestädt, R., Lavrik, I. N., & Ivanisenko, V. A. (2014). Analysis of signaling networks distributed over intracellular compartments based on protein-protein interactions. BMC Genomics, 15(Suppl 12), S7. doi:10.1186/1471-2164-15-S12-S7
    PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [153]
    2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901634
    Chen, M., & Hofestädt, R. (2014). Open Problems in Petri Net Modeling and Simulation of Biological Systems. it-Information Technology, 56(2), 76-81. doi:10.1515/itit-2013-1021
    PUB | DOI
     
  • [152]
    2014 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2709259
    Hofestädt R., & Shoshi A. (Eds.) (2014). German/Russian Network of Computational Systems Biology- Report 2014. Medizinische Informatik und Bioinformatik
    PUB | Download (ext.)
     
  • [151]
    2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2705648
    Winter, A., Hilgers, R. - D., Hofestädt, R., Knaup-Gregori, P., Ose, C., & Timmer, A. (2014). How to Use Information Technology to Improve Medication Safety. Methods of Information in Medicine, 53(5), 333-335. doi:10.3414/ME14-10-0007
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [150]
    2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2685732
    Brinkrolf, C., Janowski, S. J., Kormeier, B., Lewinski, M., Hippe, K., Borck, D., & Hofestädt, R. (2014). VANESA - A Software Application for the Visualization and Analysis of Networks in System Biology Applications. Journal of Integrative Bioinformatics, 11(2), 239. doi:10.2390/biecoll-jib-2014-239
    PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
     
  • [149]
    2014 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901693
    Chen M., & Hofestädt R. (Eds.) (2014). Approaches in Integrative Bioinformatics - Towards the Virtual Cell. Berlin: Springer.
    PUB
     
  • [148]
    2014 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901695
    Giegerich R., Hofestädt R., & Nattkemper T. W. (Eds.) (2014). German Conference on Bioinformatics 2014. GI-Edition: lecture notes in informatics, 235
    PUB
     
  • [147]
    2014 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901694
    Chen, M., & Hofestädt, R. (2014). Integrative Bioinformatics. In M. Chen & R. Hofestädt (Eds.), Approaches in integrative bioinformatics. Towards the virtual cell (pp. 3-19). Berlin: Springer.
    PUB
     
  • [146]
    2013 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2709280
    Shoshi, A., Ogultarhan, V., & Hofestädt, R. (2013). KALIS - A web-based system for patient-specific risk assessment of drugs. In F. Schreiber, R. Hofestädt, M. Lange, U. Scholz, T. Czauderna, R. Schnee, & S. Weise (Eds.), Proceedings of the 9 th International Symposium on Integrative Bioinformatics 2013 (pp. 178-178).
    PUB
     
  • [145]
    2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2560817
    Sommer, B., Kormeier, B., Demenkov, P. S., Arrigo, P., Hippe, K., Ates, Ö., Kochetov, A. V., et al. (2013). Subcellular localization charts: a new visual methodology for the semi-automatic localization of protein-related data sets. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 11(01), 1340005. https://doi.org/10.1142/S0219720013400052
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [144]
    2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2560811
    Lee, H. - M., Dietz, K. - J., & Hofestädt, R. (2013). Computational construction of specialized biological networks. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 11(01), 1340003. doi:10.1142/S0219720013400039
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [143]
    2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901701
    Hofestädt, R. (2013). Computerunterstützte Diagnose von Erkrankungen. Management & Krankenhaus(4), 22.
    PUB
     
  • [142]
    2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2613116
    Winter, A., Hilgers, R. - D., Hofestädt, R., Knaup-Gregorit, P., Ose, C., & Timmer, A. (2013). More than Four Decades of Medical Informatics Education for Medical Students in Germany. New Recommendations Published. Methods Of Information In Medicine, 52(3), 181-183.
    PUB | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [141]
    2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901699
    Hofestädt, R., Kormeier, B., Lange, M., Schreiber, F., Sommer, B., & Weise, S. (2013). Editorial: JIBtools - a Strategy to Reduce the Bioinformatics Analysis Gap. Journal of Integrative Bioinformatics, 10(1), 226.
    PUB
     
  • [140]
    2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2545867
    Klenke, C., Janowski, S. J., Borck, D., Widera, D., Ebmeyer, J., Kalinowski, J., Leichtle, A., et al. (2012). Identification of Novel Cholesteatoma-related Gene Expression Signatures Using Full-genome Microarrays. PLoS One, 7(12), e52718. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0052718
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [139]
    2012 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901730
    Proß, S., Bachmann, B., Janowski, S. J., & Hofestädt, R. (2012). A New Object-Oriented Petri Net Simulation Environment Based On Modelica. In C. Laroque (Ed.), Proceedings of the 2012 Winter Simulation Conference (WSC) (pp. 1-13). Piscataway, NJ: IEEE. doi:10.1109/WSC.2012.6465287
    PUB | DOI
     
  • [138]
    2012 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2547751
    Shoshi, A., Shoshi, A., & Hofestädt, R. (2012). KAIS: Ein webbasiertes System zur patientenindividuellen Arzneimittel-Interaktionsprüfung. In U. Goltz, M. Magnor, H. - J. Appelrath, H. K. Matthies, W. - T. Balke, & L. Wolf (Eds.), GI-Edition. Proceedings: Vol. 208. Informatik 2012: was bewegt uns in der/die Zukunft? 42. Jahrestagung der Gesellschaft für Informatik e.V. (GI) (pp. 1565-1574). Bonn: Ges. für Informatik.
    PUB | Download (ext.)
     
  • [137]
    2012 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901727
    Hofestädt R., & Kolchanov N. (Eds.) (2012). German/Russian Network of Computational Systems Biology: Report 2012. Medizinische Informatik und Bioinformatik
    PUB
     
  • [136]
    2012 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901724
    Heiner M., & Hofestädt R. (Eds.) (2012). Biological Processes & Petri Nets. Proceedings of the 3rd International Workshop on Bioogical Processes & Petri Nets. CEUR workshop proceedings, 852
    PUB
     
  • [135]
    2012 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901726
    Hofestädt, R. (2012). Modeling aspects of the virtuell cell. The Eighth International Conference on Bioinformatics of enome Regulation and Structur\Systems Biology. Abstracts, 122. Novosibirsk: Russian Academy of Sciences.
    PUB
     
  • [134]
    2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2374720
    Hippe, K., Kormeier, B., Janowski, S. J., Töpel, T., & Hofestädt, R. (2011). DAWIS-M.D. 2.0 - A Data Warehouse Information System for Metabolic Data. Proceedings of the 7th International Symposium on Integrative Bioinformatics
    PUB
     
  • [133]
    2011 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2376427
    Hofestädt, R. (2011). Petri Nets and the Simulation of Metabolic Networks. In E. Wingender (Ed.), Studies in health technology and informatics: Vol. 162. Biological Petri Nets (1. Edition., pp. 1-2). Amsterdam: IOS Press.
    PUB
     
  • [132]
    2011 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2376491
    Hofestädt, R., & Thelen, S. (2011). Quantitative Modeling of Biochemical Networks. In E. Wingender (Ed.), Studies in health technology and informatics: Vol. 162. Biological Petri Nets (1. Edition., pp. 3-16). Amsterdam: IOS Press.
    PUB
     
  • [131]
    2011 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2376523
    Chen, M., & Hofestädt, R. (2011). Quantitative Petri Net Model of Gene Regulated Metabolic Networks in the Cell. In E. Wingender (Ed.), Studies in health technology and informatics: Vol. 162. Biological Petri Nets (1. Edition., pp. 38-55). Amsterdam: IOS Press.
    PUB
     
  • [130]
    2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2290112
    Chen, M., Hu, M., & Hofestädt, R. (2011). A Systematic Petri Net Approach for Multiple-Scale Modeling and Simulation of Biochemical Processes. Applied Biochemistry and Biotechnology, 164(3), 338-352. https://doi.org/10.1007/s12010-010-9138-2
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [129]
    2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2326407
    Chen, M., Hariharaputran, S., Hofestädt, R., Kormeier, B., & Spangardt, S. (2011). Petri net models for the semi-automatic construction of large scale biological networks. Natural Computing, 10(3), 1077-1097. https://doi.org/10.1007/s11047-009-9151-y
    PUB | DOI | WoS
     
  • [128]
    2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2408590
    Huang, D., Huang, Y., Bai, Y., Chen, D., Hofestädt, R., Klukas, C., & Chen, M. (2011). MyBioNet: interactively visualize, edit and merge biological networks on the Web. Bioinformatics, 27(23), 3321-3322. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr557
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [127]
    2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2458209
    Hofestädt, R. (2011). Fundamental Features of Metabolic Computing. In I. Batyrshin & G. Sidorov (Eds.), Lecture Notes in Computer Science: Vol. 7095. Advances in Soft Computing: 10th Mexican International Conference on Artificial Intelligence, MICAI 2011, Puebla, Mexico, November 26 - December 4, 2011, Proceedings, Part II (pp. 143-152). Berlin, Heidelberg: Springer. doi:10.1007/978-3-642-25330-0_13
    PUB | DOI
     
  • [126]
    2011 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2290156
    Janowski, S. J., Kormeier, B., Töpel, T., Hippe, K., Hofestädt, R., Willassen, N., Friesen, R., et al. (2011). Modeling of Cell-to-Cell Communication Processes with Petri Nets Using the Example of Quorum Sensing. In E. Wingender (Ed.), Studies in health technology and informatics: Vol. 162. Biological Petri Nets (pp. 182-203). Amsterdam: IOS Press.
    PUB | PubMed | Europe PMC
     
  • [125]
    2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2408602
    Kormeier, B., Hippe, K., & Hofestädt, R. (2011). Data Warehouses in Bioinformatics: Integration of Molecular Biological Data. it Information Technology, 53(5), 241-249. https://doi.org/10.1524/itit.2011.0649
    PUB | DOI
     
  • [124]
    2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2408607
    Lee, H. - M., Dietz, K. - J., & Hofestädt, R. (2010). Prediction of thioredoxin and glutaredoxin target proteins by identifying reversibly oxidized cysteinyl residues. Journal of Integrative Bioinformatics (Special Issue), 7(3), 23-34. https://doi.org/10.2390/biecoll-jib-2010-130
    PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
     
  • [123]
    2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2406168
    Kormeier, B., Hippe, K., Töpel, T., & Hofestädt, R. (2010). CardioVINEdb: a data warehouse approach for integration of life science data in cardiovascular diseases. Journal of Integrative Bioinformatics, 7(1), 142. https://doi.org/10.2390/biecoll-jib-2010-142
    PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
     
  • [122]
    2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1945096
    Kormeier, B., Hippe, K., Arrigo, P., Töpel, T., Janowski, S. J., & Hofestädt, R. (2010). Reconstruction of biological networks based on life science data integration. Journal of Integrative Bioinformatics, 7(2), 3-8. https://doi.org/10.2390/biecoll-jib-2010-146
    PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
     
  • [121]
    2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901780
    Hippe, K., Kormeier, B., Töpel, T., Janowski, S. J., & Hofestädt, R. (2010). DAWIS-M.D. - A Data Warehouse System for Metabolic Data. Informatik 2010: Service Science - neue Perspektiven für die Informatik, LNI, 176, 720-725. Bonn: Ges. für Informatik.
    PUB
     
  • [120]
    2010 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2376605
    Hofestädt R., & Kolchanov N. (Eds.) (2010). Computational Systems Biology: German/Russian Network of Computational Systems Biology. Medizinische Informatik und Bioinformatik
    PUB
     
  • [119]
    2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2409400
    Töpel, T., Scheible, D., Trefz, F., & Hofestädt, R. (2010). RAMEDIS: a comprehensive information system for variations and corresponding phenotypes of rare metabolic diseases. Human Mutation, 31(1), E1081-E1088. https://doi.org/10.1002/humu.21169
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [118]
    2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2374757
    Sommer, B., Tiys, E. S., Kormeier, B., Hippe, K., Janowski, S. J., Ivanisenko, T. V., Bragin, A. O., et al. (2010). Visualization and Analysis of a Cardio Vascular Disease-and MUPP1-related Biological Network combining Text Mining and Data Warehouse Approaches. Journal of Integrative Bioinformatics, 7(1), 148. https://doi.org/10.2390/biecoll-jib-2010-148
    PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
     
  • [117]
    2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1960746
    Janowski, S. J., Kormeier, B., Töpel, T., Hippe, K., Hofestädt, R., Willassen, N., Friesen, R., et al. (2010). Modeling of cell-cell communication processes with Petri nets using the example of quorum sensing. In Silico Biology, 10(Special Issue: Petri Net Applications in Molecular Biology), 27-48.
    PUB
     
  • [116]
    2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383120
    Hofestädt, R. (2009). DNA-Programming Language of Life. HBSO, 13(1), 68-72.
    PUB
     
  • [115]
    2009 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383132
    Hofestädt, R., Kuhn, K., Müller, W., & Türker, C. (2009). Daten in den Lebenswissenschaften. Vom Paper über Datenbanken zur integrierten Informationsquelle. In S. Fischer, E. Maehle, & R. Reischuk (Eds.), LNI: Vol. 154. Informatik 2009 (pp. 33-34). Bonn: Ges. für Informatik.
    PUB
     
  • [114]
    2009 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2408644
    Chen M., & Hofestädt R. (Eds.) (2009). Proceedings International Workshop on Computational & Integrative Biology. University Hanzhou.
    PUB
     
  • [113]
    2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383105
    Hofestädt, R., & Mayr, E. - W. (2009). Bioinformatik. Informatik Spektrum, 32(4), 285-286. https://doi.org/10.1007/s00287-009-0353-6
    PUB | DOI
     
  • [112]
    2009 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2408628
    Kormeier, B., Hippe, K., Töpel, T., & Hofestädt, R. (2009). CARDIOVINEdb: a data warehouse approach for integration of life science in cardiovascular diseases. In S. Fischer, E. Maehle, & R. Reischuk (Eds.), Im Focus das Leben. 39. Jahrestagung der Gesellschaft für Informatik e.V. (GI), 28.9. bis 2.10.2009, Universität zu Lübeck (pp. 704-708). Bonn: Gesellschaft für Informatik (GI).
    PUB | Download (ext.)
     
  • [111]
    2008 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383295
    Hofestädt R., & Töpel T. (Eds.) (2008). Integrative Bioinformatics. Yearbook 2007 (4). Aachen: Shaker.
    PUB
     
  • [110]
    2008 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383350
    Hofestädt, R. (2008). DNA - Programming Language of Life?. Presented at the BGRS'08, Novosibirsk, Russia.
    PUB
     
  • [109]
    2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2408654
    Hariharaputran, S., Töpel, T., Oberwahrenbrock, T., & Hofestädt, R. (2008). Alignment of Linear Biochemical Pathways Using Protein Structural Classification. Nature Precedings. https://doi.org/10.1038/npre.2008.1943.1
    PUB | DOI
     
  • [108]
    2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2408666
    Trefz, F., Scheible, D., Götz, H., Töpel, T., Hofestädt, R., & Frauendienst-Egger, G. (2008). METAGENE and RAMEDIS: databases for metabolic diseases and patients with inborn errors on metabolism. Journal of Inherited Metabolic Disease, 31, 289.
    PUB
     
  • [107]
    2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2408678
    Hariharaputran, S., Töpel, T., Brockschmidt, B., & Hofestädt, R. (2008). VINEdb: a data warehouse for integration and interactive exploration of life science data. Integrative Bioinformatics Yearbook 2007, 4, 63-74.
    PUB
     
  • [106]
    2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1945955
    Töpel, T., Kormeier, B., Klassen, A., & Hofestädt, R. (2008). BioDWH: a data warehouse kit for life science data integration. Journal of Integrative Bioinformatics, 5(2), 343-349. https://doi.org/10.2390/biecoll-jib-2008-93
    PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
     
  • [105]
    2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2378044
    Hofestädt, R. (2007). Extended Backus-systems for the representation and specification of the genome. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 5(02b), 457-466. https://doi.org/10.1142/S0219720007002904
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [104]
    2007 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2409274
    Hariharaputran, S., Töpel, T., Brockschmidt, B., & Hofestädt, R. (2007). VINEdb: a data warehouse for integration and interactive exploration of life science data. Proceedings of the 4th Integrative Bioinformatics Workshop (IB 07)
    PUB
     
  • [103]
    2007 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2409265
    Hariharaputran, S., Töpel, T., Oberwahrenbrock, T., & Hofestädt, R. (2007). SignAlign: prediction and alignment of biochemical pathways using protein structural information. Proceedings of 5th International Conference on Pathways, Networks, and Systems
    PUB
     
  • [102]
    2007 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2394320
    Hofestädt R., & Töpel T. (Eds.) (2007). Integrative Bioinformatics. Yearbook 2006 (3). Aachen: Shaker.
    PUB
     
  • [101]
    2007 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2409256
    Töpel, T., Neumann, J., & Hofestädt, R. (2007). A medical case-based reasoning component for the rare metabolic diseases database RAMEDIS. In P. Kokol (Ed.), Proceedings. Twentieth IEEE International Symposium on Computer-Based Medical Systems (CBMS 2007) (pp. 7-11). Los Alamitos, Calif.: IEEE Computer Society.
    PUB
     
  • [100]
    2007 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 1632474
    Scheible, D., Töpel, T., Frauendienst-Egger, G., Hofestädt, R., Wallner, S., & Trefz, F. K. (2007). Expanded newborn screening: Long-term follow up of 63 patients screened by tandem mass spectrometry. JOURNAL OF INHERITED METABOLIC DISEASE, 30(Suppl. 1), 3.
    PUB | WoS
     
  • [99]
    2006 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2394343
    Hofestädt R., & Töpel T. (Eds.) (2006). Integrative Bioinformatics. Yearbook 2005 (2). Aachen: Shaker.
    PUB
     
  • [98]
    2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2394354
    Töpel, T., Hofestädt, R., Scheible, D., & Trefz, F. (2006). RAMEDIS, the rare metabolic diseases database. Applied Bioinformatics, 5(2), 115-118. https://doi.org/10.2165/00822942-200605020-00006
    PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
     
  • [97]
    2006 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2376848
    Kolchanov N., Hofestädt R., & Milanesi L. (Eds.) (2006). Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II 1. Edition. New York: Springer.
    PUB
     
  • [96]
    2006 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2394332
    Hofestädt, R. (2006). An extended Backus System for the presentation and analysis of DNA sequences. In R. Hofestädt & N. Kolchanov (Eds.), Proceedings of the Fifth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure; BGRS'2006 (Vol. 1, pp. 48-52). Novosibirsk: Russian Academy of Sciences Siberian Branch; Institute of Cytology and Genetics.
    PUB
     
  • [95]
    2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2409287
    Prins, B., & Hofestädt, R. (2006). MILAN - A medical information-system linking agents to metabolic networks. Journal of Integrative Bioinformatics, 3(2), 282-294. https://doi.org/10.2390/biecoll-jib-2006-45
    PUB | DOI
     
  • [94]
    2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1946589
    Chen, M., & Hofestädt, R. (2006). Integrative analysis of metabolic disorders by means of medical bioinformatics. Conf Proc IEEE Eng Med Biol Soc, 1, 228-231. https://doi.org/10.1109/IEMBS.2005.1616385
    PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
     
  • [93]
    2006 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 1596367
    Trefz, F. K., Töpel, T., Scheible, D., Frauendienst-Egger, G., & Hofestädt, R. (2006). www.ramedis.de: Database for long term follow up of patients with rare metabolic diseases. JOURNAL OF INHERITED METABOLIC DISEASE, 29(Suppl. 1), 84.
    PUB | WoS
     
  • [92]
    2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1599808
    Chen, M., & Hofestädt, R. (2006). A medical bioinformatics approach for metabolic disorders: Biomedical data prediction, modeling, and systematic analysis. JOURNAL OF BIOMEDICAL INFORMATICS, 39(2), 147-159. https://doi.org/10.1016/j.jbi.2005.05.005
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [91]
    2006 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 1596361
    Trefz, F. K., Töpel, T., Scheible, D., Frauendienst-Egger, G., & Hofestädt, R. (2006). Expanded newborn screening: Long term follow up of 25 patients with organic acidemias and urea cycle disorders. JOURNAL OF INHERITED METABOLIC DISEASE, 29(Suppl. 1), 84.
    PUB | WoS
     
  • [90]
    2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2394350
    Chen, M., & Hofestädt, R. (2005). Prediction and Alignment of Metabolic Pathways. In N. A. Kolchanov, R. Hofestädt, & L. Milanesi (Eds.), Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II (pp. 355-365). New York: Springer.
    PUB
     
  • [89]
    2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2378271
    Chen, M., & Hofestädt, R. (2005). An Algorithm for Linear Metabolic Pathway Alignment. In Silico Biology, 5(2), 111-128.
    PUB
     
  • [88]
    2005 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2376856
    Hofestädt, R., & Töpel, T. (2005). Medical Bioinformatics: Detecting Molecular Diseases with Case-Based Reasoning. In U. Seiffert, L. Jain, & P. Schweizer (Eds.), Studies in Fuzziness and Soft Computing: Vol. 176. Bioinformatics Using Computational Intelligence Paradigms (1. Edition., pp. 1-24). Berlin: Springer.
    PUB
     
  • [87]
    2005 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2376634
    Hofestädt R. (Ed.) (2005). Yearbook Bioinformatics 2004 (1) 1. Edition. Bonn: Köllen.
    PUB
     
  • [86]
    2005 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2376874
    Chen, M., Freier, A., & Hofestädt, R. (2005). Bioinformatics Approaches for Metabolic Pathways. In C. Sensen (Ed.), Handbook of Genome Research (1. Edition., Vol. 2, pp. 461-490). Weinheim: Wiley-VCH.
    PUB
     
  • [85]
    2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2378654
    Hofestädt, R. (2005). Dagstuhl Seminar on Integrative Bioinformatics. In Silico Biology, 5(2), 81-82.
    PUB
     
  • [84]
    2005 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2394364
    Hofestädt, R. (2005). Bioinformatik. In T. Lehmann (Ed.), Handbuch der Medizinischen Informatik (2., vollst. neu bearb. Aufl., pp. 253-298). München: Hanser.
    PUB
     
  • [83]
    2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2394766
    Hofestädt, R., & Chen, M. (2004). Metabolic Pathway Prediction/Alignment. Proceedings of the Fourth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure, 2, 68-72.
    PUB
     
  • [82]
    2004 | Sonderausgabe Zeitschrift | Veröffentlicht | PUB-ID: 2394758
    Hofestädt R., & Lenhof H. - P. (Eds.) (2004). Schwerpunktthema Molekulare Bioinformatik. Informationstechnik und technische Informatik, 46(1)
    PUB
     
  • [81]
    2004 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2376812
    Kolchanov N., & Hofestädt R. (Eds.) (2004). Bioinformatics of Genome Regulation and Structure 1. Edition. Boston: Kluwer Academic.
    PUB
     
  • [80]
    2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2394762
    Hofestädt, R., & Lenhof, H. - P. (2004). Molekulare Bioinformatik. Informationstechnik und technische Informatik, 46(1), 3-4.
    PUB
     
  • [79]
    2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2394774
    Chen, M., & Hofestädt, R. (2004). PathAligner: Metabolic Pathway Retrieval and Alignment. Applied Bioinformatics, 3(4), 241-252. https://doi.org/10.2165/00822942-200403040-00006
    PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
     
  • [78]
    2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1606526
    Chen, M., & Hofestädt, R. (2004). Web-based information retrieval system for the prediction of metabolic pathways. IEEE TRANSACTIONS ON NANOBIOSCIENCE, 3(3), 192-199. https://doi.org/10.1109/TNB.2004.833691
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [77]
    2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773836 OA
    Chen, M., Lin, S., & Hofestädt, R. (2004). STCDB: Signal Transduction Classification Database. Nucleic Acids Research, 32(90001), D456-D458. https://doi.org/10.1093/nar/gkh079
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [76]
    2003 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2394778
    Hofestädt, R., Freier, A., & Lange, M. (2003). Integrative analysis of gene networks using dynamic process pattern modelling. In N. A. Kolčanov & R. Hofestädt (Eds.), Bioinformatics of Genome Regulation and Structure Boston: Kluwer.
    PUB
     
  • [75]
    2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2378607
    Kolchanov, N., & Hofestädt, R. (2003). The 3rd International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure. In Silico Biology, 3(2)
    PUB
     
  • [74]
    2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2378667
    Chen, M., & Hofestädt, R. (2003). Quantitative Petri Net Model of Gene Regulated Metabolic Networks in the Cell. In Silico Biology, 3(3), 347-365.
    PUB | PubMed | Europe PMC
     
  • [73]
    2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2378610
    Freier, A., Hofestädt, R., & Lange, M. (2003). IIUDB: An Object-Oriented System for Modelling, Integration and Analysis of Gene Controlled Metabolic Networks. In Silico Biology, 3(2), 215-227.
    PUB | PubMed | Europe PMC
     
  • [72]
    2002 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2394797
    Collado-Vides J., & Hofestädt R. (Eds.) (2002). Gene Regulation and Metabolism. Post-Genomic Computational Approaches. Cambridge, Mass.: MIT Press.
    PUB
     
  • [71]
    2002 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2394795
    Hofestädt, R. (2002). Bioinformatics. In R. Haux (Ed.), Yearbook of Medical Informatics: Vol. 2002. Medical imaging informatics (pp. 581-583). Stuttgart: Schattauer.
    PUB
     
  • [70]
    2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2378624
    Hofestädt, R., Kolchanov, N., & Reinitz, J. (2002). Information and Simulation Systems for the Analysis of Gene Regulation and Metabolic Pathways. In Silico Biology, 2(2), 35.
    PUB
     
  • [69]
    2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2378648
    Freier, A., Hofestädt, R., Lange, M., Scholz, U., & Stephanik, A. (2002). BioDataServer: A SQL-based service for the online integration of life science data. In Silico Biology, 2(2), 37-57.
    PUB | PubMed | Europe PMC
     
  • [68]
    2002 | Monographie | Veröffentlicht | PUB-ID: 2376798
    Hofestädt, R., & Schnee, R. (2002). Studien- und Forschungsführer Bioinformatik 1. Edition. Heidelberg: Spektrum Akademischer Verlag.
    PUB
     
  • [67]
    2002 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2376867
    Freier, A., Hofestädt, R., & Töpel, T. (2002). Invastigating the Effective Range of Agents by Using Integrative Modelling. In J. Borlak (Ed.), Handbook of Toxicogenomics: Strategies and Applications (1. Edition., pp. 233-252). Weinheim: Wiley-VCH.
    PUB
     
  • [66]
    2002 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2394838
    Freier, A., Hofestädt, R., & Lange, M. (2002). IIUDB: An Object-oriented System for Modelling, Integration and Analysis of Gene Controlled Metabolic Networks. In N. A. Kolčanov (Ed.), Proceedings of the Third International Conference on Bioinformatics and Genome Research (Vol. 2, pp. 123-125).
    PUB
     
  • [65]
    2002 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2394845
    Hofestädt, R., & Töpel, T. (2002). Case-based Support of Information Retrieval and Analysis of Molecular Data. In P. Kokol (Ed.), Proceedings of the 15th IEEE Symposium on Computer-Based Medical Systems (CBMS 2002) (pp. 129-133). Los Alamitos, Calif.: IEEE Computer Society.
    PUB
     
  • [64]
    2002 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2394806
    Freier, A., Hofestädt, R., Lange, M., & Scholz, U. (2002). Information Fusion and Metabolic Network Control. In J. Collado-Vides & R. Hofestädt (Eds.), Gene Regulation and Metabolism (pp. 49-84). Cambridge, Mass.: MIT Press.
    PUB
     
  • [63]
    2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2394818
    Töpel, T., & Hofestädt, R. (2002). Architecture for Information Retrieval and Analysis of Integrated Molecular Data. Medizinische Genetik, 14(3), 315.
    PUB
     
  • [62]
    2001 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2394918
    Hofestädt, R., Kauert, R., Töpel, T., & Scholz, U. (2001). Information System for the Support of Research, Diagnosis and Therapy of Inborn Metabolic Diseases. In V. L. Patel (Ed.), Studies in health technology and informatics: Vol. 84. Proceedings of the 10th World Congress on Medical Informatics (pp. 353-356). Amsterdam: IOS Press.
    PUB
     
  • [61]
    2001 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2378481
    Hofestädt, R., Lange, M., & Scholz, U. (2001). Molecular Information Fusion for Metabolic Networks. In G. Xue, Y. Xue, Z. Xu, & R. Holmes (Eds.), Gene Families (pp. 221-232). Singapore: World Scientific.
    PUB
     
  • [60]
    2001 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2394854
    Hofestädt, R., Freier, A., & Lange, M. (2001). The electronical infrastructure for the analysis of metabolic networks. Abstracts' Book of the Workshop on CORBA and XML: Towards a Bioinformatics Integrated Network Environment, NETTAB 2001 - Network Tools and Applications in Biology, 38-43.
    PUB
     
  • [59]
    2001 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2394974
    Hofestädt, R., Mischke, U., Scholz, U., Töpel, T., Scheible, D., & Trefz, F. K. (2001). RAMEDIS - Rare Metabolic Diseases Publishing Tool for Genotype-Phenotype Correlation. In V. L. Patel (Ed.), Studies in health technology and informatics: Vol. 84. Proceedings of the 10th World Congress on Medical Informatics (pp. 970-974). Amsterdam: IOS Press.
    PUB
     
  • [58]
    2001 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2394959
    Stephanik, A., Hofestädt, R., Lange, M., & Freier, A. (2001). Metabolic Information Control System. In N. Callaos (Ed.), Proceedings. World Multiconference on Systemics, Cybernetics and Informatics Orlando, Fla.: IIIS.
    PUB
     
  • [57]
    2001 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2394899
    Hofestädt, R., Reinitz, J., & Kolchanov, N. (2001). Information and Simulation Systems for the Analysis of Gene Regulation and Metabolic Pathways. Preprint. Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg, Fakultät für Informatik, 22, 37.
    PUB
     
  • [56]
    2000 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2396863
    Hofestädt, R. (2000). Electronical infrastructure for the detection of inborn errors. In N. A. Kolčanov (Ed.), Proceedings of the Second International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (Vol. 1, pp. 212-213).
    PUB
     
  • [55]
    2000 | Monographie | Veröffentlicht | PUB-ID: 2396913
    Hofestädt, R., Pleißner, K. - P., & Stephanik, A. (2000). Informationssysteme in der Biotechnologie. Magdeburg: Fakultät für Informatik, Universität Magdeburg.
    PUB
     
  • [54]
    2000 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2396846
    Hofestädt, R., Freier, A., Lange, M., & Scholz, U. (2000). An integrated architecture for modelling and simulation of metabolic networks. Presented at the World Congress on Biotechnology, 11th International Biotechnology Symposium and Exhibition, Berlin, Germany.
    PUB
     
  • [53]
    2000 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2397010
    Hofestädt R. (Ed.) (2000). Bioinformatik 2000 - Forschungsführer Informatik in den Biowissenschaften. Berlin: BIOCOM.
    PUB
     
  • [52]
    2000 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2396895
    Hofestädt, R., Mischke, U., & Scholz, U. (2000). Knowledge acquisition, management and representation for the diagnostic support in human inborn errors of metabolism. In A. Hasman (Ed.), Studies in health technology and informatics: Vol. 77. Medical infobahn for Europe: proceedings of MIE2000 and GMDS2000 (pp. 857-862). Amsterdam: IOS Press.
    PUB
     
  • [51]
    2000 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2396922
    Hofestädt, R., Köhler, J., Lange, M., & Schulze-Kremer, S. (2000). Logical and Semantic Database Integration. IEEE International Symposium on Bio-Informatic and Biomedical Engineering, 77-80. Los Alamitos, Calif.: IEEE Computer Society.
    PUB
     
  • [50]
    1999 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2397013
    Hofestädt, R. (1999). Bioinformatik 2000 - Von der Molekularen Biologie zum Metabolic Engineering. Informatik Spektrum, 22(5), 385-390.
    PUB
     
  • [49]
    1999 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2396999
    Hofestädt, R., Lange, M., & Scholz, U. (1999). Molecular Information Fusion for Metabolic Networks. Courses of The First International Bioinformatics Summer School
    PUB
     
  • [48]
    1999 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2397004
    Hofestädt, R., Mischke, U., Prüß, M., & Scholz, U. (1999). Metabolic Drug Pointing and Information Processing. Medical Informatics Europe, 68, 12-15.
    PUB
     
  • [47]
    1999 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2396954
    Collado-Vides, J., Hofestädt, R., Mavrovouniotis, M., & Michal, G. (1999). Modeling and simulation of gene regulation and metabolic pathways. BioSystems, 49(1), 79-82. https://doi.org/10.1016/S0303-2647(98)00081-1
    PUB | DOI
     
  • [46]
    1999 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2396985
    Freier, A., Hofestädt, R., Lange, M., & Scholz, U. (1999). MARGBench - An Approach for Integration, Modeling and Animation of Metabolic Networks. In E. Wingender, R. Hofestädt, R. Giegerich, T. Lengauer, W. Mewes, D. Schomburg, & M. Vingron (Eds.), Computer science and biology : proceedings of the German Conference on Bioinformatics GCB '99 (pp. 190-194). Braunschweig: GBF-Braunschweig, Dep. of Bioinformatics.
    PUB
     
  • [45]
    1999 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2397015
    Hofestädt, R. (1999). Das Bioinformatik-Dilemma. Laborjournal, 99(10), 12-13.
    PUB
     
  • [44]
    1998 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2398939
    Collado-Vides J., Hofestädt R., Mavrovouniotis M., & Michal G. (Eds.) (1998). Modelling and Simulation of Gene and Cell Regulation and Metabolic Pathways. Dagstuhl-Seminar-Report, 215
    PUB
     
  • [43]
    1998 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2376682
    Hofestädt R. (Ed.) (1998). Molekulare Bioinformatik. Berichte aus der medizinischen Informatik und Bioinformatik
    PUB
     
  • [42]
    1998 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2461384
    Hofestädt, R., & Scholz, U. (1998). Information processing for the analysis of metabolic pathways and inborn errors. Biosystems, 47(1-2), 91-102. doi:10.1016/S0303-2647(98)00015-X
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [41]
    1998 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2398966
    Hofestädt, R., Freier, A., Höding, M., Lange, M., & Scholz, U. (1998). Molecular Database Integration: Analysis of Metabolic Network Control. Proceedings of the First International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'98), 1, 86-89.
    PUB
     
  • [40]
    1998 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2399037
    Hofestädt, R., Höding, M., Saake, G., & Scholz, U. (1998). Scheme Derivation for WWW Information Sources and their Integration with Databases in Bioinformatics. In W. Litwin, T. Morzy, & G. Vossen (Eds.), Lecture Notes in Computer Science: Vol. 1475. Advances in databases and information systems. Second East European Symposium ; Proceedings (pp. 296-304). Berlin: Springer Publishing.
    PUB
     
  • [39]
    1998 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2399253
    Hofestädt, R. (1998). An Integrative Molecular Information System. In B. Cesnik, A. T. McCray, & J. - R. Scherrer (Eds.), Studies in health technology and informatics: Vol. 52. MedInfo ’98 (pp. 361-365). Amsterdam: IOS Press.
    PUB
     
  • [38]
    1998 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2399272
    Hofestädt, R., Prüß, M., Scholz, U., & Urban, H. (1998). Molekulare Bioinformatik- Molekulare Informationssysteme zur Erkennung von angeborenen Stoffwechselerkrankungen. Magdeburger Wissenschaftsjournal, 3(1), 29-40.
    PUB
     
  • [37]
    1998 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2399291
    Hofestädt, R., & Thelen, S. (1998). Quantitative Modeling of Biochemical Networks. Silico Biology, 1(1), 39-53.
    PUB
     
  • [36]
    1997 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2399355
    Hofestädt, R. (1997). Computer Science and Biology. Biosystems, 43, 69-71.
    PUB
     
  • [35]
    1997 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2376702
    Hofestädt R., Lengauer T., Löffler M., & Schomburg D. (Eds.) (1997). Bioinformatics (LNCS, 1278) 1. Edition. Berlin: Springer.
    PUB
     
  • [34]
    1997 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2376666
    Hofestädt R., & Lim H. (Eds.) (1997). Molecular Bioinformatics. Berichte aus der medizinischen Informatik und Bioinformatik
    PUB
     
  • [33]
    1997 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2399441
    Hofestädt, R. (1997). Herausforderungen des elektronischen Krankenhausmanagements. In C. Steigner (Ed.), Arbeitsplatz-Rechensysteme (pp. 285-292). Koblenz: Fölbach Publishing.
    PUB
     
  • [32]
    1997 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2399458
    Hofestädt, R. (1997). Algorithms for the Microscopic and Macroscopic Analysis of Metabolic Processes (Diseases). Proceedings. 5th European Congress on Intelligent Techniques and Soft Computing, 3, 2293-2297. Aachen: Mainz.
    PUB
     
  • [31]
    1996 | Monographie | Veröffentlicht | PUB-ID: 2399735
    Hofestädt, R., Herre, H., & Trefz, F. (1996). Computerunterstützte Erkennung von Stoffwechselerkrankungen (Informatik-Berichte, 9). Leipzig: Universität Leipzig.
    PUB
     
  • [30]
    1996 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2378570
    Hofestädt, R., Huang, X., & Beerbohm, D. (1996). Simulation of load balancing with cellular automata. Simulation Practice and Theory, 4(2), 81-96. https://doi.org/10.1016/0928-4869(95)00045-3
    PUB | DOI
     
  • [29]
    1996 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2399707
    Hofestädt, R. (1996). Integrative Database Analysis for the Detection of Inborn Errors. In J. Brender (Ed.), Studies in health technology and informatics: Vol. 34. Medical Informatics Europe '96 (pp. 542-546). Amsterdam: IOS Press.
    PUB
     
  • [28]
    1996 | Monographie | Veröffentlicht | PUB-ID: 2378263
    Hofestädt, R. (1996). Theorie der regelbasierten Modellierung des Zellstoffwechsels (Medizinische Informatik und Bioinformatik) 1. Edition. Aachen: Shaker Verlag.
    PUB
     
  • [27]
    1996 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2399698
    Hofestädt, R., Colado-Vides, J., Mavrovouniotis, M., & Löffler, M. (1996). Modelling and Simulation of Metabolic Pathways, Gene Regulation and Cell Differentiation. BioEssays, 18(4), 333-335. https://doi.org/10.1002/bies.950180412
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [26]
    1996 | Sonderausgabe Zeitschrift | Veröffentlicht | PUB-ID: 2399722
    Hofestädt R., Lengauer T., & Löffler M. (Eds.) (1996). Informatik in den Biowissenschaften. Informationstechnik und technische Informatik, 38(5)
    PUB
     
  • [25]
    1995 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2399773
    Hofestädt, R., Löffler, M., & Möller, K. (1995). Modellierung des Immunsystems. Informatik Bericht Universität Bonn, 88.
    PUB
     
  • [24]
    1995 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2399829
    Hofestädt, R. (1995). Artificial Life. In K. Dautenhahn & GMD-Forschungszentrum Informationstechnik (Eds.), GMD-Studien: Vol. 271. Proceedings des Workshops "Artificial Life" (p. 246). Sankt Augustin: GMD-Forschungszentrum Informationstechnik.
    PUB
     
  • [23]
    1995 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2378599
    Collado-Vides J., Hofestädt R., Löffler M., & Mavrovouniotis M. (Eds.) (1995). Modelling and Simulation of Gene and Cell Regulation. Dagstuhl-Seminar-Report(130)
    PUB
     
  • [22]
    1995 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2399803
    Hofestädt, R. (1995). Metabolic Engineering. In A. Sydow (Ed.), Proceedings of the IMACS Symposium on Systems Analysis and Simulation (pp. 321-326). Amsterdam: Gordon and Breach.
    PUB
     
  • [21]
    1995 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2399815
    Hofestädt, R. (1995). A Rule Based System for the Detection of Metabolic Diseases. In R. A. Greenes, H. E. Petersen, & D. J. Protti (Eds.), Proceedings of the Eighth World Congress on Medical Informatics (pp. 994-999). Edmonton: Healthcare Computing & Communications Canada.
    PUB
     
  • [20]
    1995 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2399822
    Hofestädt, R., & Huang, X. (1995). Automaton-Based Load Balancing Simulation in a Workstation Cluster. Proceedings of APPT '95, 344-347. Publishing House of Electronics Industry.
    PUB
     
  • [19]
    1995 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2399784
    Hofestädt, R. (1995). Computer Science, Supercomputing and Biology - Bioinformatics. Journal EUROSIM - Simulation News Europe, 13, 7-15.
    PUB
     
  • [18]
    1995 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2399789
    Hofestädt, R., & Meinecke, F. (1995). Interactive Modelling and Simulation of Biochemical Networks. Computers in Biology and Medicine, 25(3), 321-334.
    PUB
     
  • [17]
    1994 | Report | Veröffentlicht | PUB-ID: 2400405
    Hofestädt, R., Großpietsch, K. - E., & Steigner, C. (1994). Workshop Parallele Datenverarbeitung im Verbund von Hochleistungs-Workstations (Fachberichte Informatik, 9-94). Koblenz: Universitätf Koblenz.
    PUB
     
  • [16]
    1994 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2400417
    Beerbohm, D., Bresken, S., Hofestädt, R., & Huang, X. (1994). Automatengesteuertes skalierbares Verfahren zum Lastausgleich. In R. Flieger & R. Grebe (Eds.), Parallele Datenverarbeitung aktuell (pp. 100-108). Amsterdam: IOS Press.
    PUB
     
  • [15]
    1994 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2400427
    Hofestädt, R. (1994). Computer-Aided Metabolic Engineering. it+ti Nachrichten(6), 66-70.
    PUB
     
  • [14]
    1994 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2400441
    Hofestädt, R., Beerbohm, D., Bresken, S., & Huang, X. (1994). Dynamic load balancing based on the theory of cellular automata. In L. Dekker, W. Smit, & J. Zuidervaart (Eds.), Massively parallel processing applications and development : proceedings of the 1994 EUROSIM Conference on Massively Parallel Processing Applications and Development, Delft, The Netherlands, 21 - 23 June 1994 (pp. 235-242). Amsterdam: Elsevier.
    PUB
     
  • [13]
    1994 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2400387
    Hofestädt, R. (1994). Detection and Animation of Metabolic Bottlenecks. In H. A. Lim (Ed.), Proceedings of the Third International Conference on Bioinformatics and Genome Research (pp. 331-340). World Scientific.
    PUB
     
  • [12]
    1994 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2400433
    Hofestädt, R., & Ashauer, U. (1994). Ein wissensbasierter Ansatz zur Diagnose genetisch verursachter Stoffwechselkrankheiten. In H. Kunath (Ed.), Medizin und Information (pp. 115-119). München: MMV, Medizin-Verl.,.
    PUB
     
  • [11]
    1994 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2400471
    Hofestädt, R. (1994). Formale Sprachen zur Beschreibung von Zellstoffwechselprozessen. In S. J. Pöppl, H. - G. Lipinski, & T. Mansky (Eds.), Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie: Vol. 77. Medizinische Informatik. ein integrierender Teil arztunterstützender Technologien (pp. 245-249). München: MMV, Medizin-Verl.,.
    PUB
     
  • [10]
    1994 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2378596
    Hofestädt, R., & Hörkens, U. (1994). C.A.S.S - A Programming Environment for the Simulation of Nondeterministic Cellular Automata. Systems Analysis Modelling Simulation (SAMS), 14(1), 1-14.
    PUB
     
  • [9]
    1994 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2400393
    Hofestädt, R. (1994). Modellierung und Simulation molekulargenetischer Prozesse. In G. Kampe & M. Zeitz (Eds.), Fortschritte in der Simulationstechnik: Vol. 9. Simulationstechnik (pp. 1-8). Wiesbaden: Vieweg.
    PUB
     
  • [8]
    1993 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2400450
    Hofestädt R., Krückeberg F., & Lengauer T. (Eds.) (1993). Informatik in den Biowissenschaften. 1. Fachtagung der GI-FG 4.0.2 „Informatik in den Biowissenschaften“, Bonn, 15./16. Februar 1993. Informatik Aktuell, VIII, 214.
    PUB
     
  • [7]
    1993 | Report | Veröffentlicht | PUB-ID: 2400486
    Hofestädt, R., Lautenbach, K., & Löffler, M. (1993). Workshop "Modellierung der Zelldifferenzierung" (Fachberichte Informatik, 16-93). Koblenz: Universitätf Koblenz.
    PUB
     
  • [6]
    1993 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2378358
    Hofestädt, R. (1993). Modelling molecular counters with stochastic cellular grammars. Informatik, Biometrie und Epidemiologie in Medizin und Biologie, 24(4), 169-177.
    PUB
     
  • [5]
    1993 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2378301
    Hofestädt, R. (1993). Grammatical Formalization of Metabolic Processes. In L. Hunter, D. Searls, & J. Shavlik (Eds.), Proceedings. First International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology. ISMB 93 (pp. 181-189). Menlo Park: AAAI Press.
    PUB
     
  • [4]
    1993 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2400456
    Hofestädt, R., Beerbohm, D., & Huang, X. (1993). Dynamischer Lastausgleich mit Zellularautomaten. Proceedings of the PARS 1993, PARS Notes, 12, 92-101.
    PUB
     
  • [3]
    1993 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2378590
    Hofestädt, R. (1993). A Simulation Shell to Model Metabolic Pathways. Journal of Systems Analysis Modelling Simulation (SAMS), 11, 253-262.
    PUB
     
  • [2]
    1992 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2378542
    Hörkens, U., & Hofestädt, R. (1992). Cellular Automata Simulation Shell. In A. Sydow (Ed.), Computational Systems Analysis (pp. 325-330). Amsterdam: Elsevier.
    PUB
     
  • [1]
    1992 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2378557
    Hofestädt, R., & Müller, H. P. (1992). The Simulation of Genetic Processes. In A. Sydow (Ed.), Computational Systems Analysis (pp. 532-528). Amsterdam: Elsevier.
    PUB
     

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