155 Publikationen

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[155]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919320
Cardoso, S. D.; Goncalves, D.; Goesmann, A.; Canario, A. V. M.; Oliveira, R. F. (2018): Temporal variation in brain transcriptome is associated with the expression of female mimicry as a sequential male alternative reproductive tactic in fish MOLECULAR ECOLOGY,27:(3): 789-803.
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[154]
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2916526
Golyshina, O. V.; Tran, H.; Reva, O. N.; Lemak, S.; Yakunin, A. F.; Goesmann, A.; Nechitaylo, T. Y.; LaCono, V.; Smedile, F.; Slesarev, A.; Rojo, D.; Barbas, C.; Ferrer, M.; Yakimov, M. M.; Golyshin, P. N. (2017): Metabolic and evolutionary patterns in the extremely acidophilic archaeon Ferroplasma acidiphilum Y-T SCIENTIFIC REPORTS,7:3682
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[153]
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2904976
Blifernez-Klassen, O.; Wibberg, D.; Winkler, A.; Blom, J.; Goesmann, A.; Kalinowski, J.; Kruse, O. (2016): Complete Chloroplast and Mitochondrial Genome Sequences of the Hydrocarbon Oil-Producing Green MicroalgaBotryococcus brauniiRace B (Showa) Genome Announcements,4:(3):e00524-16
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[152]
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2761035
Arnold, M.; Wibberg, D.; Blom, J.; Schatschneider, S.; Winkler, A.; Kutter, Y.; Rückert, C.; Albersmeier, A.; Albaum, S.; Goesmann, A.; Zange, S.; Heesemann, J.; Pühler, A.; Hogardt, M.; Vorhölter, F. - J. (2015): Draft Genome Sequence of Pseudomonas aeruginosa Strain WS136, a Highly Cytotoxic ExoS-Positive Wound Isolate Recovered from Pyoderma Gangrenosum Genome announcements,3:(4)
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[151]
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2782605
Rupp, O.; Brinkrolf, K.; Buerth, C.; Kunigo, M.; Schneider, J.; Jaenicke, S.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Jaeger, K. - E.; Ernst, J. F. (2015): The structure of the Cyberlindnera jadinii genome and its relation to Candida utilis analyzed by the occurrence of single nucleotide polymorphisms Journal of Biotechnology,211: 20-30.
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[150]
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900131
Pauli, M.; Chakarov, N.; Rupp, O.; Kalinowski, J.; Goesmann, A.; Sorenson, M.; Krüger, O.; Hoffman, J. (2015): De novo assembly of the dual transcriptomes of a polymorphic raptor species and its malarial parasite BMC Genomics,16:1038
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[149]
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2731279
Huja, S.; Oren, Y.; Trost, E.; Brzuszkiewicz, E.; Biran, D.; Blom, J.; Goesmann, A.; Gottschalk, G.; Hacker, J.; Ron, E. Z.; Dobrindt, U. (2015): Genomic Avenue to Avian Colisepticemia mBio,6:(1):e01681-14
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[148]
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2730423
Chakarov, N.; Linke, B.; Boerner, M.; Goesmann, A.; Krüger, O.; Hoffman, J. (2015): Apparent vector-mediated parent-to-offspring transmission in an avian malaria-like parasite Molecular Ecology,24:(6): 1355-1363.
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[147]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2690174
Christiansen, G.; Goesmann, A.; Kurmayer, R. (2014): Elucidation of insertion elements carried on plasmids and in vitro construction of shuttle vectors from the toxic cyanobacterium planktothrix Applied and environmental microbiology,80:(16): 4887-4897.
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[146]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2694652
Bonte, A.; Neuweger, H.; Goesmann, A.; Thonar, C.; Mäder, P.; Langenkämper, G.; Niehaus, K. (2014): Metabolite profiling on wheat grain to enable a distinction of samples from organic and conventional farming systems Journal of the science of food and agriculture,94:(13): 2605-2612.
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[145]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2676552
Becker, J.; Timmermann, C.; Rupp, O.; Albaum, S.; Brinkrolf, K.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Tauch, A.; Noll, T. (2014): Transcriptome analyses of CHO cells with the next-generation microarray CHO41K: Development and validation by analysing the influence of the growth stimulating substance IGF-1 substitute LongR(3.) Journal of biotechnology,178: 23-31.
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[144]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2656773
Rupp, O.; Becker, J.; Brinkrolf, K.; Timmermann, C.; Borth, N.; Pühler, A.; Noll, T.; Goesmann, A. (2014): Construction of a Public CHO Cell Line Transcript Database Using Versatile Bioinformatics Analysis Pipelines PLoS ONE,9:(1): e85568.
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[143]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2694682
Wegmann, U.; Louis, P.; Goesmann, A.; Henrissat, B.; Duncan, S. H.; Flint, H. J. (2014): Complete genome of a new Firmicutes species belonging to the dominant human colonic microbiota ('Ruminococcus bicirculans') reveals two chromosomes and a selective capacity to utilize plant glucans Environmental microbiology,16:(9): 2879-2890.
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[142]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2643946
Dohm, J. C.; Minoche, A. E.; Holtgräwe, D.; Capella-Gutiérrez, S.; Zakrzewski, F.; Tafer, H.; Rupp, O.; Rosleff Sörensen, T.; Stracke, R.; Reinhardt, R.; Goesmann, A.; Kraft, T.; Schulz, B.; Stadler, P. F.; Schmidt, T.; Gabaldón, T.; Lehrach, H.; Weisshaar, B.; Himmelbauer, H. (2014): The genome of the recently domesticated crop plant sugar beet (Beta vulgaris) Nature,505:(7484): 546-549.
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[141]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2651944
Tielen, P.; Wibberg, D.; Blom, J.; Rosin, N.; Meyer, A. - K.; Bunk, B.; Schobert, M.; Tüpker, R.; Schatschneider, S.; Rückert, C.; Albersmeier, A.; Goesmann, A.; Vorhölter, F. - J.; Jahn, D.; Pühler, A. (2014): Genome Sequence of the Small-Colony Variant Pseudomonas aeruginosa MH27, Isolated from a Chronic Urethral Catheter Infection Genome announcements,2:(1)
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[140]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2664976
Rückert, C.; Szczepanowski, R.; Albersmeier, A.; Goesmann, A.; Fischer, N.; Steinkämper, A.; Pühler, A.; Biener, R.; Schwartz, D.; Kalinowski, J. (2014): Complete Genome Sequence of the Actinobacterium Actinoplanes friuliensis HAG 010964, producer of the lipopeptide antibiotic friulimycin Journal of biotechnology,178: 41-42.
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[139]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2691732
Klippel, B.; Sahm, K.; Basner, A.; Wiebusch, S.; John, P.; Lorenz, U.; Peters, A.; Abe, F.; Takahashi, K.; Kaiser, O.; Goesmann, A.; Jaenicke, S.; Grote, R.; Horikoshi, K.; Antranikian, G. (2014): Carbohydrate-active enzymes identified by metagenomic analysis of deep-sea sediment bacteria Extremophiles,18:(5): 853-863.
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[138]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2549908
Wibberg, D.; Jelonek, L.; Rupp, O.; Kröber, M.; Eikmeyer, F. G.; Goesmann, A.; Hartmann, A.; Borriss, R.; Grosch, R.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2013): Establishment and interpretation of the genome sequence of the phytopathogenic fungus Rhizoctonia solani AG1-IB isolate 7/3/14 Journal of Biotechnology,167:(2): 142-155.
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[137]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2606943
Vences, M.; Hauswaldt, S.; Steinfartz, S.; Rupp, O.; Goesmann, A.; Künzel, S.; Orozco-Terwengel, P.; Vieites, D. R.; Nieto-Roman, S.; Haas, S.; Laugsch, C.; Gehara, M.; Bruchmann, S.; Pabijan, M.; Ludewig, A. - K.; Rudert, D.; Angelini, C.; Borkin, L. J.; Crochet, P. - A.; Crottini, A.; Dubois, A.; Ficetola, G. F.; Galán, P.; Geniez, P.; Hachtel, M.; Jovanovic, O.; Litvinchuk, S. N.; Lymberakis, P.; Ohler, A.; Smirnov, N. A. (2013): Radically different phylogeographies and patterns of genetic variation in two European brown frogs, genus Rana Molecular phylogenetics and evolution,68:(3): 657-670.
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[136]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2602756
Smits, T. H. M.; Rezzonico, F.; López, M. M.; Blom, J.; Goesmann, A.; Frey, J. E.; Duffy, B. (2013): Phylogenetic position and virulence apparatus of the pear flower necrosis pathogen Erwinia piriflorinigrans CFBP 5888(T) as assessed by comparative genomics Systematic and applied microbiology,36:(7): 449-456.
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[135]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2641228
Jünemann, S.; Sedlazeck, F. J.; Prior, K.; Albersmeier, A.; John, U.; Kalinowski, J.; Mellmann, A.; Goesmann, A.; von Haeseler, A.; Stoye, J.; Harmsen, D. (2013): Corrigendum: Updating benchtop sequencing performance comparison Nature biotechnology,31:(12): 1148.
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[134]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2632946
Köhler, K. A. K.; Rückert, C.; Schatschneider, S.; Vorhölter, F. - J.; Szczepanowski, R.; Blank, L. M.; Niehaus, K.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Kalinowski, J.; Schmid, A. (2013): Complete genome sequence of Pseudomonas sp. strain VLB120 a solvent tolerant, styrene degrading bacterium, isolated from forest soil Journal of Biotechnology,168:(4): 729-730.
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[133]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2622238
Barbe, S.; Llop, P.; Blom, J.; Cabrefiga, J.; Goesmann, A.; Duffy, B.; Montesinos, E.; Smits, T. H. M.; Lopez, M. M. (2013): Complete sequence of Erwinia piriflorinigrans plasmids pEPIR37 and pEPIR5 and role of pEPIR37 in pathogen virulence Plant Pathology,62:(4): 786-798.
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[132]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2615581
Brinkrolf, K.; Rupp, O.; Laux, H.; Kollin, F.; Ernst, W.; Linke, B.; Kofler, R.; Romand, S.; Hesse, F.; Budach, W. E.; Galosy, S.; Müller, D.; Noll, T.; Wienberg, J.; Jostock, T.; Leonard, M.; Grillari, J.; Tauch, A.; Goesmann, A.; Helk, B.; Mott, J. E.; Pühler, A.; Borth, N. (2013): Chinese hamster genome sequenced from sorted chromosomes Nature Biotechnology,31:(8): 694-695.
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[131]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2564601
Riedel, T.; Gómez-Consarnau, L.; Tomasch, J.; Martin, M.; Jarek, M.; González, J. M.; Spring, S.; Rohlfs, M.; Brinkhoff, T.; Cypionka, H.; Göker, M.; Fiebig, A.; Klein, J.; Goesmann, A.; Fuhrman, J. A.; Wagner-Döbler, I. (2013): Genomics and Physiology of a Marine Flavobacterium Encoding a Proteorhodopsin and a Xanthorhodopsin-Like Protein PLOS ONE,8:(3): e57487.
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[130]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2560837
Fritzenwanker, M.; Kuenne, C.; Billion, A.; Hain, T.; Zimmermann, K.; Goesmann, A.; Chakraborty, T.; Domann, E. (2013): Complete Genome Sequence of the Probiotic Enterococcus faecalis Symbioflor 1 Clone DSM 16431 Genome Announcements,1:(1): e00165-12.
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[129]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2576080
Toepel, J.; Illmer-Kephalides, M.; Jaenicke, S.; Straube, J.; May, P.; Goesmann, A.; Kruse, O. (2013): New insights into Chlamydomonas reinhardtii hydrogen production processes by combined microarray/RNA-seq transcriptomics Plant Biotechnology Journal,11:(6): 717-733.
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[128]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2631956
Rückert, C.; Szczepanowski, R.; Albersmeier, A.; Goesmann, A.; Iftime, D.; Musiol, E. M.; Blin, K.; Wohlleben, W.; Pühler, A.; Kalinowski, J.; Weber, T. (2013): Complete genome sequence of the kirromycin producer Streptomyces collinus Tü 365 consisting of a linear chromosome and two linear plasmids Journal of Biotechnology,168:(4): 739-740.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[127]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2566922
Jünemann, S.; Sedlazeck, F. J.; Prior, K.; Albersmeier, A.; John, U.; Kalinowski, J.; Mellmann, A.; Goesmann, A.; von Haeseler, A.; Stoye, J.; Harmsen, D. (2013): Updating benchtop sequencing performance comparison Nature Biotechnology,31:(4): 294-296.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[126]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2557938
Mann, R. A.; Smits, T. H. M.; Bühlmann, A.; Blom, J.; Goesmann, A.; Frey, J. E.; Plummer, K. M.; Beer, S. V.; Luck, J.; Duffy, B.; Rodoni, B. (2013): Comparative Genomics of 12 Strains of Erwinia amylovora Identifies a Pan-Genome with a Large Conserved Core PLOS ONE,8:(2): e55644.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[125]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2554079
Kuenne, C.; Billion, A.; Mraheil, M. A.; Strittmatter, A.; Daniel, R.; Goesmann, A.; Barbuddhe, S.; Hain, T.; Chakraborty, T. (2013): Reassessment of the Listeria monocytogenes pan-genome reveals dynamic integration hotspots and mobile genetic elements as major components of the accessory genome BMC Genomics,14:(1): 47.
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[124]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2645668
Bogen, C.; Al-Dilaimi, A.; Albersmeier, A.; Wichmann, J.; Grundmann, M.; Rupp, O.; Lauersen, K. J.; Blifernez-Klassen, O.; Kalinowski, J.; Goesmann, A.; Mussgnug, J. H.; Kruse, O. (2013): Reconstruction of the lipid metabolism for the microalga Monoraphidium neglectum from its genome sequence reveals characteristics suitable for biofuel production BMC Genomics,14:(1): 926.
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[123]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2610129
Kessler, N.; Bonte, A.; Langenkämper, G.; Niehaus, K.; Goesmann, A.; Nattkemper, T. W. (2013): MeltDB 2.0 - Advances of the metabolomics software system Bioinformatics,29:(19): 2452-2459.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[122]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2529202
Zakrzewski, M.; Bekel, T.; Ander, C.; Pühler, A.; Rupp, O.; Stoye, J.; Schlüter, A.; Goesmann, A. (2013): MetaSAMS - A novel software platform for taxonomic classification, functional annotation and comparative analysis of metagenome datasets Journal of Biotechnology,167:(2): 156-165.
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[121]
2013 | Konferenzbeitrag | Im Druck | PUB-ID: 2538625
Bonte, A.; Kessler, N.; Nattkemper, T. W.; Goesmann, A.; Cecile, T.; Mäder, P.; Niehaus, K.; Langenkämper, G. (In Press): Einsatz von Protein- und Metabolit-Profiling-Methoden zur Unterscheidung von ökologischem und konventionellem Weizen.
PUB
 
[120]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2484618
Zakrzewski, M.; Goesmann, A.; Jaenicke, S.; Jünemann, S.; Eikmeyer, F. G.; Szczepanowski, R.; Al-Soud, W. A.; Sørensen, S.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2012): Profiling of the metabolically active community from a production-scale biogas plant by means of high-throughput metatranscriptome sequencing Journal of Biotechnology,158:(4): 248-258.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[119]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2500990
Rose, M. T.; Rose, T. J.; Pariasca-Tanaka, J.; Yoshihashi, T.; Neuweger, H.; Goesmann, A.; Frei, M.; Wissuwa, M. (2012): Root metabolic response of rice (Oryza sativa L.) genotypes with contrasting tolerance to zinc deficiency and bicarbonate excess Planta,236:(4): 959-973.
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[118]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2490949
Zschuttig, A.; Zimmermann, K.; Blom, J.; Goesmann, A.; Pohlmann, C.; Gunzer, F. (2012): Identification and Characterization of Microcin S, a New Antibacterial Peptide Produced by Probiotic Escherichia coli G3/10 PLoS ONE,7:(3): e33351.
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[117]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2471858
Ausec, L.; Zakrzewski, M.; Goesmann, A.; Schlüter, A.; Mandic-Mulec, I. (2012): Correction: bioinformatic analysis reveals high diversity of bacterial genes for laccase-like enzymes PLoS ONE,7:(1)
PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
 
[116]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2490535
Heinl, S.; Wibberg, D.; Eikmeyer, F. G.; Szczepanowski, R.; Blom, J.; Linke, B.; Goesmann, A.; Grabherr, R.; Schwab, H.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2012): Insights into the completely annotated genome of Lactobacillus buchneri CD034, a strain isolated from stable grass silage Journal of Biotechnology,161:(2): 153-166.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[115]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2471681
Rademacher, A.; Zakrzewski, M.; Schlüter, A.; Schonberg, M.; Szczepanowski, R.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Klocke, M. (2012): Characterization of microbial biofilms in a thermophilic biogas system by high-throughput metagenome sequencing FEMS Microbiology Ecology,79:(3): 785-799.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[114]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2513256
Filippini, M.; Qi, W.; Blom, J.; Goesmann, A.; Smits, T. H. M.; Bagheri, H. C. (2012): Genome Sequence of Fibrella aestuarina BUZ 2T, a Filamentous Marine Bacterium Journal of bacteriology,194:(13): 3555.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[113]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2498232
Trötschel, C.; Albaum, S.; Wolff, D.; Schröder, S.; Goesmann, A.; Nattkemper, T. W.; Poetsch, A. (2012): Protein turnover quantification in a multi-labeling approach - from data calculation to evaluation Molecular & Cellular Proteomics,11:(8): 512-526.
PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[112]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2487853
Brankatschk, K.; Blom, J.; Goesmann, A.; Smits, T. H. M.; Duffy, B. (2012): Comparative genomic analysis of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Weltevreden foodborne strains with other serovars International journal of food microbiology,155:(3): 247-256.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[111]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2474002
Schneider, J.; Rupp, O.; Trost, E.; Jaenicke, S.; Passoth, V.; Goesmann, A.; Tauch, A.; Brinkrolf, K. (2012): Genome sequence of Wickerhamomyces anomalus DSM 6766 reveals genetic basis of biotechnologically important antimicrobial activities FEMS Yeast Research,12:(3): 382-386.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[110]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2478526
Hackl, M.; Jadhav, V.; Jakobi, T.; Rupp, O.; Brinkrolf, K.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Noll, T.; Borth, N.; Grillari, J. (2012): Computational identification of microRNA gene loci and precursor microRNA sequences in CHO cell lines Journal of Biotechnology,158:(3): 151-155.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[109]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2405255
Persicke, M.; Rückert, C.; Plassmeier, J.; Stutz, L.; Kessler, N.; Kalinowski, J.; Goesmann, A.; Neuweger, H. (2012): MSEA: metabolite set enrichment analysis in the MeltDB metabolomics software platform: metabolic profiling of Corynebacterium glutamicum as an example Metabolomics,8:(2): 310-322.
PUB | DOI | WoS
 
[108]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2500959
Kahlke, T.; Goesmann, A.; Hjerde, E.; Willassen, N. P.; Haugen, P. (2012): Unique core genomes of the bacterial family vibrionaceae: Insights into niche adaptation and speciation BMC genomics,13:(1): 179.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[107]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2500966
Hain, T.; Ghai, R.; Billion, A.; Kuenne, C. T.; Steinweg, C.; Izar, B.; Mohamed, W.; Mraheil, M.; Domann, E.; Schaffrath, S.; Kärst, U.; Goesmann, A.; Oehm, S.; Pühler, A.; Merkl, R.; Vorwerk, S.; Glaser, P.; Garrido, P.; Rusniok, C.; Buchrieser, C.; Goebel, W.; Chakraborty, T. (2012): Comparative genomics and transcriptomics of lineages I, II, and III strains of Listeria monocytogenes BMC Genomics,13:(1): 144.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[106]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2544774
Schneider, J.; Andrea, H.; Blom, J.; Jaenicke, S.; Rückert, C.; Schorsch, C.; Szczepanowski, R.; Farwick, M.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Schaffer, S.; Tauch, A.; Köhler, T.; Brinkrolf, K. (2012): Draft Genome Sequence of Wickerhamomyces ciferrii NRRL Y-1031 F-60-10 Eukaryotic Cell,11:(12): 1582-1583.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[105]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2500937
Rezzonico, F.; Braun-Kiewnick, A.; Mann, R. A.; Rodoni, B.; Goesmann, A.; Duffy, B.; Smits, T. H. M. (2012): Lipopolysaccharide biosynthesis genes discriminate between Rubus- and Spiraeoideae-infective genotypes of Erwinia amylovora Molecular plant pathology,13:(8): 975-984.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[104]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2501081
De Maayer, P.; Chan, W. Y.; Rezzonico, F.; Bühlmann, A.; Venter, S. N.; Blom, J.; Goesmann, A.; Frey, J. E.; Smits, T. H. M.; Duffy, B.; Coutinho, T. A. (2012): Complete genome sequence of clinical isolate Pantoea ananatis LMG 5342 Journal of Bacteriology,194:(6): 1615-1616.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC | GenBank
 
[103]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2529610
Schork, S.; Schlüter, A.; Blom, J.; Schneiker-Bekel, S.; Pühler, A.; Goesmann, A.; Frosch, M.; Schoen, C. (2012): Genome Sequence of a Neisseria meningitidis Capsule Null Locus Strain from the Clonal Complex of Sequence Type 198 Journal of Bacteriology,194:(18): 5144-5145.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2526281
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Becker, J.; Timmermann, C.; Jakobi, T.; Rupp, O.; Szczepanowski, R.; Hackl, M.; Goesmann, A.; Tauch, A.; Borth, N.; Grillari, J.; Pühler, A.; Noll, T.; Brinkrolf, K. (2011): Next-generation sequencing of the CHO cell transcriptome, In: Hansjörg Hauser (Hrsg.), BMC Proceedings,5:(Suppl. 8): P6.
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Jaenicke, S.; Ander, C.; Bekel, T.; Bisdorf, R.; Dröge, M.; Gartemann, K. - H.; Jünemann, S.; Kaiser, O.; Krause, L.; Tille, F.; Zakrzewski, M.; Pühler, A.; Schlüter, A.; Goesmann, A. (2011): Comparative and Joint Analysis of Two Metagenomic Datasets from a Biogas Fermenter Obtained by 454-Pyrosequencing PLoS ONE,6:(1): e14519.
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Hackl, M.; Jakobi, T.; Blom, J.; Doppmeier, D.; Brinkrolf, K.; Szczepanowski, R.; Bernhart, S. H.; Höner zu Siederdissen, C.; Bort, J. A. H.; Wieser, M.; Kunert, R.; Jeffs, S.; Hofacker, I. L.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Borth, N.; Grillari, J. (2011): Next-generation sequencing of the Chinese hamster ovary microRNA transcriptome: Identification, annotation and profiling of microRNAs as targets for cellular engineering Journal of Biotechnology,153:(1-2): 62-75.
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Margaret, I.; Becker, A.; Blom, J.; Bonilla, I.; Goesmann, A.; Göttfert, M.; Lloret, J.; Mittard-Runte, V.; Rückert, C.; Ruiz-Sainz, J. - E.; Vinardell, J. M.; Weidner, S. (2011): Symbiotic properties and first analyses of the genomic sequence of the fast growing model strain Sinorhizobium fredii HH103 nodulating soybean Journal of Biotechnology,155:(1): 11-19.
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Albaum, S.; Neuweger, H.; Fraenzel, B.; Lange, S.; Mertens, D.; Troetschel, C.; Wolters, D.; Kalinowski, J.; Nattkemper, T. W.; Goesmann, A. (2009): Qupe-a Rich Internet Application to take a step forward in the analysis of mass spectrometry-based quantitative proteomics experiments Bioinformatics,25:(23): 3128-3134.
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589098
Gerlach, W.; Jünemann, S.; Tille, F.; Goesmann, A.; Stoye, J. (2009): WebCARMA: a web application for the functional and taxonomic classification of unassembled metagenomic reads BMC Bioinformatics,10:(1): 430.
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589936
Wegmann, U.; Overweg, K.; Horn, N.; Goesmann, A.; Narbad, A.; Gasson, M. J.; Shearman, C. (2009): Complete Genome Sequence of Lactobacillus johnsonii FI9785, a Competitive Exclusion Agent against Pathogens in Poultry JOURNAL OF BACTERIOLOGY,191:(22): 7142-7143.
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1634447
Bekel, T.; Henckel, K.; Küster, H.; Meyer, F.; Mittard-Runte, V.; Neuweger, H.; Paarmann, D.; Rupp, O.; Zakrzewski, M.; Pühler, A.; Stoye, J.; Goesmann, A. (2009): The Sequence Analysis and Management System - SAMS-2.0: Data management and sequence analysis adapted to changing requirements from traditional sanger sequencing to ultrafast sequencing technologies Journal of Biotechnology,140:(1-2): 3-12.
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Dondrup, M.; Hueser, A. T.; Mertens, D.; Goesmann, A. (2009): An evaluation framework for statistical tests on microarray data JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY,140:(1-2): 18-26.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1636699
Neuweger, H.; Albaum, S.; Dondrup, M.; Persicke, M.; Watt, T.; Niehaus, K.; Stoye, J.; Goesmann, A. (2008): MeltDB: a software platform for the analysis and integration of metabolomics experiment data Bioinformatics,24:(23): 2726-2732.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783292
Gross, R.; Guzman, C. A.; Sebaihia, M.; Martins dos Santos, V. A. P.; Pieper, D. H.; Koebnik, R.; Lechner, M.; Bartels, D.; Buhrmester, J.; Choudhuri, J. V.; Ebensen, T.; Gaigalat, L.; Herrmann, S.; Khachane, A. N.; Larisch, C.; Link, S.; Linke, B.; Meyer, F.; Mormann, S.; Nakunst, D.; Rückert, C.; Schneiker-Bekel, S.; Schulze, K.; Vorhölter, F. - J.; Yevsa, T.; Engle, J. T.; Goldman, W. E. .; Pühler, A.; Göbel, U. B.; Goesmann, A.; Blöcker, H.; Kaiser, O.; Martinez-Arias, R. (2008): The missing link: Bordetella petrii is endowed with both the metabolic versatility of environmental bacteria and virulence traits of pathogenic Bordetellae BMC Genomics,9:(1): 449.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1592024
Vorhölter, F. - J.; Schneiker-Bekel, S.; Goesmann, A.; Krause, L.; Bekel, T.; Kaiser, O.; Linke, B.; Patschkowski, T.; Rückert, C.; Schmid, J.; Sidhu, V. K.; Sieber, V.; Tauch, A.; Watt, S. A.; Weisshaar, B.; Becker, A.; Niehaus, K.; Pühler, A. (2008): The genome of Xanthomonas campestris pv. campestris B 100 and its use for the reconstruction of metabolic pathways involved in xanthan biosynthesis Journal of Biotechnology,134:(1-2): 33-45.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1592257
Schoen, C.; Blom, J.; Claus, H.; Schramm-Glueck, A.; Brandt, P.; Mueller, T.; Goesmann, A.; Joseph, B.; Konietzny, S.; Kurzai, O.; Schmitt, C.; Friedrich, T.; Linke, B.; Vogel, U.; Frosch, M. (2008): Whole-genome comparison of disease and carriage strains provides insights into virulence evolution in Neisseria meningitidis PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA,105:(9): 3473-3478.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1586009
Krause, L.; Diaz, N. N.; Edwards, R. A.; Gartemann, K. - H.; Krömeke, H.; Neuweger, H.; Pühler, A.; Runte, K. J.; Schlüter, A.; Stoye, J.; Szczepanowski, R.; Tauch, A.; Goesmann, A. (2008): Taxonomic composition and gene content of a methane-producing microbial community isolated from a biogas reactor JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY,136:(1-2): 91-101.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1585956
Stiens, M.; Becker, A.; Bekel, T.; Gödde, V.; Goesmann, A.; Niehaus, K.; Schneiker-Bekel, S.; Selbitschka, W.; Weidner, S.; Schlüter, A.; Pühler, A. (2008): Comparative genomic hybridisation and ultrafast pyrosequencing revealed remarkable differences between the Sinorhizobium meliloti genomes of the model strain Rm1021 and the field isolate SM11 Journal of Biotechnology,136:(1-2): 31-37.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1585987
Schlüter, A.; Bekel, T.; Diaz, N. N.; Dondrup, M.; Eichenlaub, R.; Gartemann, K. - H.; Krahn, I.; Krause, L.; Kroemeke, H.; Kruse, O.; Mussgnug, J. H.; Neuweger, H.; Niehaus, K.; Pühler, A.; Runte, K. J.; Szczepanowski, R.; Tauch, A.; Tilker, A.; Viehöver, P.; Goesmann, A. (2008): The metagenome of a biogas-producing microbial community of a production-scale biogas plant fermenter analysed by the 454-pyrosequencing technology Journal of Biotechnology,136:(1-2): 77-90.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1585918
Tauch, A.; Trost, E.; Tilker, A.; Ludewig, U.; Schneiker-Bekel, S.; Goesmann, A.; Arnold, W.; Bekel, T.; Brinkrolf, K.; Brune, I.; Goetker, S.; Kalinowski, J.; Kamp, P. - B.; Lobo, F. P.; Viehöver, P.; Weisshaar, B.; Soriano, F.; Droege, M.; Pühler, A. (2008): The lifestyle of Corynebacterium urealyticum derived from its complete genome sequence established by pyrosequencing Journal of Biotechnology,136:(1-2): 11-21.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1586785
Oehm, S.; Gilbert, D.; Tauch, A.; Stoye, J.; Goesmann, A. (2008): Comparative Pathway Analyzer - a web server for comparative analysis, clustering and visualization of metabolic networks in multiple organisms NUCLEIC ACIDS RESEARCH,36:(Web Server): W433-W437.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1585939
Tauch, A.; Schneider, J.; Szczepanowski, R.; Tilker, A.; Viehöver, P.; Gartemann, K. - H.; Arnold, W.; Blom, J.; Brinkrolf, K.; Brune, I.; Goetker, S.; Weisshaar, B.; Goesmann, A.; Droege, M.; Pühler, A. (2008): Ultrafast pyrosequencing of Corynebacterium kroppenstedtii DSM44385 revealed insights into the physiology of a lipophilic corynebacterium that lacks mycolic acids Journal of Biotechnology,136:(1-2): 22-30.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783364
Krause, L.; Diaz, N. N.; Goesmann, A.; Kelley, S.; Nattkemper, T. W.; Rohwer, F.; Edwards, R. A.; Stoye, J. (2008): Phylogenetic classification of short environmental DNA fragments Nucleic Acids Research,36:(7): 2230-2239.
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2008 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2018381
Albaum, S.; Neuweger, H.; Lange, S.; Mertens, D.; Runte, K.; Kalinowski, J.; Nattkemper, T. W.; Goesmann, A. (2008): ProSE - "Software as a Service" for Quantitative Proteomics (Poster abstract). In: HUPO 7th Annual World Congress.
PUB
 
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1990198
Strauch, E.; Hammerl, J. A.; Konietzny, A.; Schneiker-Bekel, S.; Arnold, W.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Beutin, L. (2008): Bacteriophage 2851 is a prototype phage for dissemination of the Shiga toxin variant gene 2c in Escherichia coli O157:H7 Infection and Immunity,76:(12): 5466-5477.
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2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1631047
Meisinger-Henschel, C.; Schmidt, M.; Lukassen, S.; Linke, B.; Krause, L.; Konietzny, S.; Goesmann, A.; Howley, P.; Chaplin, P.; Suter, M.; Hausmann, J. (2007): Genomic sequence of chorioallantois vaccinia virus Ankara, the ancestor of modified vaccinia virus Ankara JOURNAL OF GENERAL VIROLOGY,88:(12): 3249-3259.
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2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783754
Neuweger, H.; Baumbach, J.; Albaum, S.; Bekel, T.; Dondrup, M.; Hüser, A. T.; Kalinowski, J.; Oehm, S.; Pühler, A.; Rahmann, S.; Weile, J.; Goesmann, A. (2007): CoryneCenter: an online resource for the integrated analysis of corynebacterial genome and transcriptome data BMC Systems Biology,1:(1): 55.
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2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1631327
Schneiker-Bekel, S.; Perlova, O.; Kaiser, O.; Gerth, K.; Alici, A.; Altmeyer, M. O.; Bartels, D.; Bekel, T.; Beyer, S.; Bode, E.; Bode, H. B.; Bolten, C. J.; Choudhuri, J. V.; Doss, S.; Elnakady, Y. A.; Frank, B.; Gaigalat, L.; Goesmann, A.; Groeger, C.; Gross, F.; Jelsbak, L.; Jelsbak, L.; Kalinowski, J.; Kegler, C.; Knauber, T.; Konietzny, S.; Kopp, M.; Krause, L.; Krug, D.; Linke, B.; Mahmud, T.; Martinez-Arias, R.; McHardy, A. C.; Merai, M.; Meyer, F.; Mormann, S.; Munoz-Dorado, J.; Perez, J.; Pradella, S.; Rachid, S.; Raddatz, G.; Rosenau, F.; Rückert, C.; Sasse, F.; Scharfe, M.; Schuster, S. C.; Suen, G.; Treuner-Lange, A.; Velicer, G. J.; Vorhölter, F. - J.; Weissman, K. J.; Welch, R. D.; Wenzel, S. C.; Whitworth, D. E.; Wilhelm, S.; Wittmann, C.; Bloecker, H.; Pühler, A.; Mueller, R. (2007): Complete genome sequence of the myxobacterium Sorangium cellulosum Nature Biotechnology,25:(11): 1281-1289.
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2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1593149
Moran, M. A.; Belas, R.; Schell, M. A.; Gonzalez, J. M.; Sun, F.; Sun, S.; Binder, B. J.; Edmonds, J.; Ye, W.; Orcutt, B.; Howard, E. C.; Meile, C.; Palefsky, W.; Goesmann, A.; Ren, Q.; Paulsen, I.; Ulrich, L. E.; Thompson, L. S.; Saunders, E.; Buchan, A. (2007): Ecological genomics of marine roseobacters APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY,73:(14): 4559-4569.
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2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1594098
Wegmann, U.; O'Connell-Motherwy, M.; Zomer, A.; Buist, G.; Shearman, C.; Canchaya, C.; Ventura, M.; Goesmann, A.; Gasson, M. J.; Kuipers, O. P.; van Sinderen, D.; Kok, J. (2007): Complete genome sequence of the prototype lactic acid bacterium Lactococcus lactis subsp cremoris MG1363 JOURNAL OF BACTERIOLOGY,189:(8): 3256-3270.
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2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1593268
Bahl, M. I.; Hansen, L. H.; Goesmann, A.; Sorensen, S. J. (2007): The multiple antibiotic resistance IncP-1 plasmid pKJK5 isolated from a soil environment is phylogenetically divergent from members of the previously established alpha, beta and delta sub-groups PLASMID,58:(1): 31-43.
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2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1894739
Küster, H.; Becker, A.; Firnhaber, C.; Hohnjec, N.; Manthey, K.; Perlick, A. M.; Bekel, T.; Dondrup, M.; Henckel, K.; Goesmann, A.; Meyer, F.; Wipf, D.; Requena, N.; Hildebrandt, U.; Hampp, R.; Nehls, U.; Krajinski, F.; Franken, P.; Pühler, A. (2007): Development of bioinformatic tools to support EST-sequencing, in silico- and microarray-based transcriptome profiling in mycorrhizal symbioses Phytochemistry,68:(1): 19-32.
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2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1598182
Schneiker-Bekel, S.; dos Santos, V. A. P. M.; Bartels, D.; Bekel, T.; Brecht, M.; Buhrmester, J.; Chernikova, T. N.; Denaro, R.; Ferrer, M.; Gertler, C.; Goesmann, A.; Golyshina, O. V.; Kaminski, F.; Khachane, A. N.; Lang, S.; Linke, B.; McHardy, A. C.; Meyer, F.; Nechitaylo, T.; Pühler, A.; Regenhardt, D.; Rupp, O.; Sabirova, J. S.; Selbitschka, W.; Yakimov, M. M.; Timmis, K. N.; Vorhölter, F. - J.; Weidner, S.; Kaiser, O.; Golyshin, P. N. (2006): Genome sequence of the ubiquitous hydrocarbon-degrading marine bacterium Alcanivorax borkumensis Nature Biotechnology,24:(8): 997-1004.
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2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1598354
Hohnjec, N.; Henckel, K.; Bekel, T.; Gouzy, J.; Dondrup, M.; Goesmann, A.; Küster, H. (2006): Transcriptional snapshots provide insights into the molecular basis of arbuscular mycorrhiza in the model legume Medicago truncatula FUNCTIONAL PLANT BIOLOGY,33:(8): 737-748.
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2006 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 1596017
Schoen, C.; Claus, H.; Goesmann, A.; Mueller, T.; Brandt, P.; Otto-Karg, I.; Schramm-Glueck, A.; Vogel, U.; Frosch, M. (2006): Genome comparison of non-pathogenic and pathogenic meningococci INTERNATIONAL JOURNAL OF MEDICAL MICROBIOLOGY,296:(Suppl. 42): 134.
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2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1868701
Tauch, A.; Trost, E.; Bekel, T.; Goesmann, A.; Ludewig, U.; Pühler, A. (2006): Ultrafast de novo sequencing of Corynebacterium urealyticum using the Genome Sequencer 20 System Biochemica,4: 4-6.
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2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1596976
Krause, A.; Ramakumar, A.; Bartels, D.; Battistoni, F.; Bekel, T.; Boch, J.; Boehm, M.; Friedrich, F.; Hurek, T.; Krause, L.; Linke, B.; McHardy, A. C.; Sarkar, A.; Schneiker-Bekel, S.; Syed, A. A.; Thauer, R.; Vorhölter, F. - J.; Weidner, S.; Pühler, A.; Reinhold-Hurek, B.; Kaiser, O.; Goesmann, A. (2006): Complete genome of the mutualistic, N-2-fixing grass endophyte Azoarcus sp strain BH72 Nature Biotechnology,24:(11): 1385-1391.
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2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1597316
Hain, T.; Steinweg, C.; Kuenne, C. T.; Billion, A.; Ghai, R.; Chatterjee, S. S.; Domann, E.; Kaerst, U.; Goesmann, A.; Bekel, T.; Bartels, D.; Kaiser, O.; Meyer, F.; Pühler, A.; Weisshaar, B.; Wehland, J.; Liang, C.; Dandekar, T.; Lampidis, R.; Kreft, J.; Goebel, W.; Chakraborty, T. (2006): Whole-genome sequence of Listeria welshimeri reveals common steps in genome reduction with Listeria innocua as compared to Listeria monocytogenes Journal of Bacteriology,188:(23): 8299-8302.
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2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773302
Bartels, D.; Kespohl, S.; Albaum, S.; Drüke, T.; Goesmann, A.; Herold, J.; Kaiser, O.; Pühler, A.; Pfeiffer, F.; Raddatz, G.; Stoye, J.; Meyer, F.; Schuster, S. C. (2005): BACCardI - a tool for the validation of genomic assemblies, assisting genome finishing and intergenome comparison Bioinformatics,21:(7): 853-859.
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2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1601712
Thieme, F.; Koebnik, R.; Bekel, T.; Berger, C.; Boch, J.; Buttner, D.; Caldana, C.; Gaigalat, L.; Goesmann, A.; Kay, S.; Kirchner, O.; Lanz, C.; Linke, B.; McHardy, A. C.; Meyer, F.; Mittenhuber, G.; Nies, D. H.; Niesbach-Klosgen, U.; Patschkowski, T.; Rückert, C.; Rupp, O.; Schneiker-Bekel, S.; Schuster, S. C.; Vorhölter, F. - J.; Weber, E.; Pühler, A.; Bonas, U.; Bartels, D.; Kaiser, O. (2005): Insights into genome plasticity and pathogenicity of the plant pathogenic bacterium Xanthomonas campestris pv. vesicatoria revealed by the complete genome sequence JOURNAL OF BACTERIOLOGY,187:(21): 7254-7266.
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Overbeek, R.; Begley, T.; Butler, R. M.; Choudhuri, J. V.; Chuang, H. - Y.; Cohoon, M.; Crécy-Lagard, V. de; Diaz, N. N.; Disz, T.; Edwards, R.; Fonstein, M.; Frank, E. D.; Gerdes, S.; Glass, E. M.; Goesmann, A.; Hanson, A.; Iwata-Reuyl, D.; Jensen, R.; Jamshidi, N.; Krause, L.; Kubal, M.; Larsen, N.; Linke, B.; McHardy, A. C.; Meyer, F.; Neuweger, H.; Olsen, G.; Olson, R.; Osterman, A.; Portnoy, V.; Pusch, G. D.; Rodionov, D. A.; Rückert, C.; Steiner, J.; Stevens, R.; Thiele, I.; Vassieva, O.; Ye, Y.; Zagnitko, O.; Vonstein, V. (2005): The subsystems approach to genome annotation and its use in the Project to Annotate 1000 Genomes Nucleic Acids Research,33:(17): 5691-5702.
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2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1603317
Tauch, A.; Kaiser, O.; Hain, T.; Goesmann, A.; Weisshaar, B.; Albersmeier, A.; Bekel, T.; Bischoff, N.; Brune, I.; Chakraborty, T.; Kalinowski, J.; Meyer, F.; Rupp, O.; Schneiker-Bekel, S.; Viehöver, P.; Pühler, A. (2005): Complete genome sequence and analysis of the multiresistant nosocomial pathogen Corynebacterium jeikeium K411, a lipid-requiring bacterium of the human skin flora Journal of Bacteriology,187:(13): 4671-4682.
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2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773880
Meyer, F.; Goesmann, A.; McHardy, A. C.; Bartels, D.; Bekel, T.; Clausen, J.; Kalinowski, J.; Linke, B.; Rupp, O.; Giegerich, R.; Pühler, A. (2003): GenDB - an open source genome annotation system for prokaryote genomes Nucleic Acids Research,31:(8): 2187-2195.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[2]
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1895035
Kalinowski, J.; Bathe, B.; Bartels, D.; Bischoff, N.; Bott, M.; Burkovski, A.; Dusch, N.; Eggeling, L.; Eikmanns, B. J.; Gaigalat, L.; Goesmann, A.; Hartmann, M.; Huthmacher, K.; Kramer, R.; Linke, B.; McHardy, A. C.; Meyer, F.; Mockel, B.; Pfefferle, W.; Pühler, A.; Rey, D. A.; Rückert, C.; Rupp, O.; Sahm, H.; Wendisch, V. F.; Wiegrabe, I.; Tauch, A. (2003): The complete Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 genome sequence and its impact on the production of L-aspartate-derived amino acids and vitamins Journal of Biotechnology,104:(1-3): 5-25.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC | GenBank
 
[1]
2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1615366
Goesmann, A.; Haubrock, M.; Meyer, F.; Kalinowski, J.; Giegerich, R. (2002): PathFinder: reconstruction and dynamic visualization of metabolic pathways BIOINFORMATICS,18:(1): 124-129.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 

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155 Publikationen

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[155]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919320
Cardoso, S. D.; Goncalves, D.; Goesmann, A.; Canario, A. V. M.; Oliveira, R. F. (2018): Temporal variation in brain transcriptome is associated with the expression of female mimicry as a sequential male alternative reproductive tactic in fish MOLECULAR ECOLOGY,27:(3): 789-803.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[154]
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2916526
Golyshina, O. V.; Tran, H.; Reva, O. N.; Lemak, S.; Yakunin, A. F.; Goesmann, A.; Nechitaylo, T. Y.; LaCono, V.; Smedile, F.; Slesarev, A.; Rojo, D.; Barbas, C.; Ferrer, M.; Yakimov, M. M.; Golyshin, P. N. (2017): Metabolic and evolutionary patterns in the extremely acidophilic archaeon Ferroplasma acidiphilum Y-T SCIENTIFIC REPORTS,7:3682
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[153]
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2904976
Blifernez-Klassen, O.; Wibberg, D.; Winkler, A.; Blom, J.; Goesmann, A.; Kalinowski, J.; Kruse, O. (2016): Complete Chloroplast and Mitochondrial Genome Sequences of the Hydrocarbon Oil-Producing Green MicroalgaBotryococcus brauniiRace B (Showa) Genome Announcements,4:(3):e00524-16
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[152]
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2761035
Arnold, M.; Wibberg, D.; Blom, J.; Schatschneider, S.; Winkler, A.; Kutter, Y.; Rückert, C.; Albersmeier, A.; Albaum, S.; Goesmann, A.; Zange, S.; Heesemann, J.; Pühler, A.; Hogardt, M.; Vorhölter, F. - J. (2015): Draft Genome Sequence of Pseudomonas aeruginosa Strain WS136, a Highly Cytotoxic ExoS-Positive Wound Isolate Recovered from Pyoderma Gangrenosum Genome announcements,3:(4)
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[151]
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2782605
Rupp, O.; Brinkrolf, K.; Buerth, C.; Kunigo, M.; Schneider, J.; Jaenicke, S.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Jaeger, K. - E.; Ernst, J. F. (2015): The structure of the Cyberlindnera jadinii genome and its relation to Candida utilis analyzed by the occurrence of single nucleotide polymorphisms Journal of Biotechnology,211: 20-30.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[150]
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900131
Pauli, M.; Chakarov, N.; Rupp, O.; Kalinowski, J.; Goesmann, A.; Sorenson, M.; Krüger, O.; Hoffman, J. (2015): De novo assembly of the dual transcriptomes of a polymorphic raptor species and its malarial parasite BMC Genomics,16:1038
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[149]
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2731279
Huja, S.; Oren, Y.; Trost, E.; Brzuszkiewicz, E.; Biran, D.; Blom, J.; Goesmann, A.; Gottschalk, G.; Hacker, J.; Ron, E. Z.; Dobrindt, U. (2015): Genomic Avenue to Avian Colisepticemia mBio,6:(1):e01681-14
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[148]
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2730423
Chakarov, N.; Linke, B.; Boerner, M.; Goesmann, A.; Krüger, O.; Hoffman, J. (2015): Apparent vector-mediated parent-to-offspring transmission in an avian malaria-like parasite Molecular Ecology,24:(6): 1355-1363.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[147]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2690174
Christiansen, G.; Goesmann, A.; Kurmayer, R. (2014): Elucidation of insertion elements carried on plasmids and in vitro construction of shuttle vectors from the toxic cyanobacterium planktothrix Applied and environmental microbiology,80:(16): 4887-4897.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[146]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2694652
Bonte, A.; Neuweger, H.; Goesmann, A.; Thonar, C.; Mäder, P.; Langenkämper, G.; Niehaus, K. (2014): Metabolite profiling on wheat grain to enable a distinction of samples from organic and conventional farming systems Journal of the science of food and agriculture,94:(13): 2605-2612.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[145]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2676552
Becker, J.; Timmermann, C.; Rupp, O.; Albaum, S.; Brinkrolf, K.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Tauch, A.; Noll, T. (2014): Transcriptome analyses of CHO cells with the next-generation microarray CHO41K: Development and validation by analysing the influence of the growth stimulating substance IGF-1 substitute LongR(3.) Journal of biotechnology,178: 23-31.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[144]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2656773
Rupp, O.; Becker, J.; Brinkrolf, K.; Timmermann, C.; Borth, N.; Pühler, A.; Noll, T.; Goesmann, A. (2014): Construction of a Public CHO Cell Line Transcript Database Using Versatile Bioinformatics Analysis Pipelines PLoS ONE,9:(1): e85568.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[143]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2694682
Wegmann, U.; Louis, P.; Goesmann, A.; Henrissat, B.; Duncan, S. H.; Flint, H. J. (2014): Complete genome of a new Firmicutes species belonging to the dominant human colonic microbiota ('Ruminococcus bicirculans') reveals two chromosomes and a selective capacity to utilize plant glucans Environmental microbiology,16:(9): 2879-2890.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[142]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2643946
Dohm, J. C.; Minoche, A. E.; Holtgräwe, D.; Capella-Gutiérrez, S.; Zakrzewski, F.; Tafer, H.; Rupp, O.; Rosleff Sörensen, T.; Stracke, R.; Reinhardt, R.; Goesmann, A.; Kraft, T.; Schulz, B.; Stadler, P. F.; Schmidt, T.; Gabaldón, T.; Lehrach, H.; Weisshaar, B.; Himmelbauer, H. (2014): The genome of the recently domesticated crop plant sugar beet (Beta vulgaris) Nature,505:(7484): 546-549.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[141]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2651944
Tielen, P.; Wibberg, D.; Blom, J.; Rosin, N.; Meyer, A. - K.; Bunk, B.; Schobert, M.; Tüpker, R.; Schatschneider, S.; Rückert, C.; Albersmeier, A.; Goesmann, A.; Vorhölter, F. - J.; Jahn, D.; Pühler, A. (2014): Genome Sequence of the Small-Colony Variant Pseudomonas aeruginosa MH27, Isolated from a Chronic Urethral Catheter Infection Genome announcements,2:(1)
PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
 
[140]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2664976
Rückert, C.; Szczepanowski, R.; Albersmeier, A.; Goesmann, A.; Fischer, N.; Steinkämper, A.; Pühler, A.; Biener, R.; Schwartz, D.; Kalinowski, J. (2014): Complete Genome Sequence of the Actinobacterium Actinoplanes friuliensis HAG 010964, producer of the lipopeptide antibiotic friulimycin Journal of biotechnology,178: 41-42.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[139]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2691732
Klippel, B.; Sahm, K.; Basner, A.; Wiebusch, S.; John, P.; Lorenz, U.; Peters, A.; Abe, F.; Takahashi, K.; Kaiser, O.; Goesmann, A.; Jaenicke, S.; Grote, R.; Horikoshi, K.; Antranikian, G. (2014): Carbohydrate-active enzymes identified by metagenomic analysis of deep-sea sediment bacteria Extremophiles,18:(5): 853-863.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[138]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2549908
Wibberg, D.; Jelonek, L.; Rupp, O.; Kröber, M.; Eikmeyer, F. G.; Goesmann, A.; Hartmann, A.; Borriss, R.; Grosch, R.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2013): Establishment and interpretation of the genome sequence of the phytopathogenic fungus Rhizoctonia solani AG1-IB isolate 7/3/14 Journal of Biotechnology,167:(2): 142-155.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[137]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2606943
Vences, M.; Hauswaldt, S.; Steinfartz, S.; Rupp, O.; Goesmann, A.; Künzel, S.; Orozco-Terwengel, P.; Vieites, D. R.; Nieto-Roman, S.; Haas, S.; Laugsch, C.; Gehara, M.; Bruchmann, S.; Pabijan, M.; Ludewig, A. - K.; Rudert, D.; Angelini, C.; Borkin, L. J.; Crochet, P. - A.; Crottini, A.; Dubois, A.; Ficetola, G. F.; Galán, P.; Geniez, P.; Hachtel, M.; Jovanovic, O.; Litvinchuk, S. N.; Lymberakis, P.; Ohler, A.; Smirnov, N. A. (2013): Radically different phylogeographies and patterns of genetic variation in two European brown frogs, genus Rana Molecular phylogenetics and evolution,68:(3): 657-670.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[136]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2602756
Smits, T. H. M.; Rezzonico, F.; López, M. M.; Blom, J.; Goesmann, A.; Frey, J. E.; Duffy, B. (2013): Phylogenetic position and virulence apparatus of the pear flower necrosis pathogen Erwinia piriflorinigrans CFBP 5888(T) as assessed by comparative genomics Systematic and applied microbiology,36:(7): 449-456.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[135]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2641228
Jünemann, S.; Sedlazeck, F. J.; Prior, K.; Albersmeier, A.; John, U.; Kalinowski, J.; Mellmann, A.; Goesmann, A.; von Haeseler, A.; Stoye, J.; Harmsen, D. (2013): Corrigendum: Updating benchtop sequencing performance comparison Nature biotechnology,31:(12): 1148.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[134]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2632946
Köhler, K. A. K.; Rückert, C.; Schatschneider, S.; Vorhölter, F. - J.; Szczepanowski, R.; Blank, L. M.; Niehaus, K.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Kalinowski, J.; Schmid, A. (2013): Complete genome sequence of Pseudomonas sp. strain VLB120 a solvent tolerant, styrene degrading bacterium, isolated from forest soil Journal of Biotechnology,168:(4): 729-730.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[133]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2622238
Barbe, S.; Llop, P.; Blom, J.; Cabrefiga, J.; Goesmann, A.; Duffy, B.; Montesinos, E.; Smits, T. H. M.; Lopez, M. M. (2013): Complete sequence of Erwinia piriflorinigrans plasmids pEPIR37 and pEPIR5 and role of pEPIR37 in pathogen virulence Plant Pathology,62:(4): 786-798.
PUB | DOI | WoS
 
[132]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2615581
Brinkrolf, K.; Rupp, O.; Laux, H.; Kollin, F.; Ernst, W.; Linke, B.; Kofler, R.; Romand, S.; Hesse, F.; Budach, W. E.; Galosy, S.; Müller, D.; Noll, T.; Wienberg, J.; Jostock, T.; Leonard, M.; Grillari, J.; Tauch, A.; Goesmann, A.; Helk, B.; Mott, J. E.; Pühler, A.; Borth, N. (2013): Chinese hamster genome sequenced from sorted chromosomes Nature Biotechnology,31:(8): 694-695.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[131]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2564601
Riedel, T.; Gómez-Consarnau, L.; Tomasch, J.; Martin, M.; Jarek, M.; González, J. M.; Spring, S.; Rohlfs, M.; Brinkhoff, T.; Cypionka, H.; Göker, M.; Fiebig, A.; Klein, J.; Goesmann, A.; Fuhrman, J. A.; Wagner-Döbler, I. (2013): Genomics and Physiology of a Marine Flavobacterium Encoding a Proteorhodopsin and a Xanthorhodopsin-Like Protein PLOS ONE,8:(3): e57487.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[130]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2560837
Fritzenwanker, M.; Kuenne, C.; Billion, A.; Hain, T.; Zimmermann, K.; Goesmann, A.; Chakraborty, T.; Domann, E. (2013): Complete Genome Sequence of the Probiotic Enterococcus faecalis Symbioflor 1 Clone DSM 16431 Genome Announcements,1:(1): e00165-12.
PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
 
[129]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2576080
Toepel, J.; Illmer-Kephalides, M.; Jaenicke, S.; Straube, J.; May, P.; Goesmann, A.; Kruse, O. (2013): New insights into Chlamydomonas reinhardtii hydrogen production processes by combined microarray/RNA-seq transcriptomics Plant Biotechnology Journal,11:(6): 717-733.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[128]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2631956
Rückert, C.; Szczepanowski, R.; Albersmeier, A.; Goesmann, A.; Iftime, D.; Musiol, E. M.; Blin, K.; Wohlleben, W.; Pühler, A.; Kalinowski, J.; Weber, T. (2013): Complete genome sequence of the kirromycin producer Streptomyces collinus Tü 365 consisting of a linear chromosome and two linear plasmids Journal of Biotechnology,168:(4): 739-740.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[127]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2566922
Jünemann, S.; Sedlazeck, F. J.; Prior, K.; Albersmeier, A.; John, U.; Kalinowski, J.; Mellmann, A.; Goesmann, A.; von Haeseler, A.; Stoye, J.; Harmsen, D. (2013): Updating benchtop sequencing performance comparison Nature Biotechnology,31:(4): 294-296.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[126]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2557938
Mann, R. A.; Smits, T. H. M.; Bühlmann, A.; Blom, J.; Goesmann, A.; Frey, J. E.; Plummer, K. M.; Beer, S. V.; Luck, J.; Duffy, B.; Rodoni, B. (2013): Comparative Genomics of 12 Strains of Erwinia amylovora Identifies a Pan-Genome with a Large Conserved Core PLOS ONE,8:(2): e55644.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[125]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2554079
Kuenne, C.; Billion, A.; Mraheil, M. A.; Strittmatter, A.; Daniel, R.; Goesmann, A.; Barbuddhe, S.; Hain, T.; Chakraborty, T. (2013): Reassessment of the Listeria monocytogenes pan-genome reveals dynamic integration hotspots and mobile genetic elements as major components of the accessory genome BMC Genomics,14:(1): 47.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[124]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2645668
Bogen, C.; Al-Dilaimi, A.; Albersmeier, A.; Wichmann, J.; Grundmann, M.; Rupp, O.; Lauersen, K. J.; Blifernez-Klassen, O.; Kalinowski, J.; Goesmann, A.; Mussgnug, J. H.; Kruse, O. (2013): Reconstruction of the lipid metabolism for the microalga Monoraphidium neglectum from its genome sequence reveals characteristics suitable for biofuel production BMC Genomics,14:(1): 926.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[123]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2610129
Kessler, N.; Bonte, A.; Langenkämper, G.; Niehaus, K.; Goesmann, A.; Nattkemper, T. W. (2013): MeltDB 2.0 - Advances of the metabolomics software system Bioinformatics,29:(19): 2452-2459.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[122]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2529202
Zakrzewski, M.; Bekel, T.; Ander, C.; Pühler, A.; Rupp, O.; Stoye, J.; Schlüter, A.; Goesmann, A. (2013): MetaSAMS - A novel software platform for taxonomic classification, functional annotation and comparative analysis of metagenome datasets Journal of Biotechnology,167:(2): 156-165.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[121]
2013 | Konferenzbeitrag | Im Druck | PUB-ID: 2538625
Bonte, A.; Kessler, N.; Nattkemper, T. W.; Goesmann, A.; Cecile, T.; Mäder, P.; Niehaus, K.; Langenkämper, G. (In Press): Einsatz von Protein- und Metabolit-Profiling-Methoden zur Unterscheidung von ökologischem und konventionellem Weizen.
PUB
 
[120]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2484618
Zakrzewski, M.; Goesmann, A.; Jaenicke, S.; Jünemann, S.; Eikmeyer, F. G.; Szczepanowski, R.; Al-Soud, W. A.; Sørensen, S.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2012): Profiling of the metabolically active community from a production-scale biogas plant by means of high-throughput metatranscriptome sequencing Journal of Biotechnology,158:(4): 248-258.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[119]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2500990
Rose, M. T.; Rose, T. J.; Pariasca-Tanaka, J.; Yoshihashi, T.; Neuweger, H.; Goesmann, A.; Frei, M.; Wissuwa, M. (2012): Root metabolic response of rice (Oryza sativa L.) genotypes with contrasting tolerance to zinc deficiency and bicarbonate excess Planta,236:(4): 959-973.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[118]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2490949
Zschuttig, A.; Zimmermann, K.; Blom, J.; Goesmann, A.; Pohlmann, C.; Gunzer, F. (2012): Identification and Characterization of Microcin S, a New Antibacterial Peptide Produced by Probiotic Escherichia coli G3/10 PLoS ONE,7:(3): e33351.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[117]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2471858
Ausec, L.; Zakrzewski, M.; Goesmann, A.; Schlüter, A.; Mandic-Mulec, I. (2012): Correction: bioinformatic analysis reveals high diversity of bacterial genes for laccase-like enzymes PLoS ONE,7:(1)
PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
 
[116]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2490535
Heinl, S.; Wibberg, D.; Eikmeyer, F. G.; Szczepanowski, R.; Blom, J.; Linke, B.; Goesmann, A.; Grabherr, R.; Schwab, H.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2012): Insights into the completely annotated genome of Lactobacillus buchneri CD034, a strain isolated from stable grass silage Journal of Biotechnology,161:(2): 153-166.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[115]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2471681
Rademacher, A.; Zakrzewski, M.; Schlüter, A.; Schonberg, M.; Szczepanowski, R.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Klocke, M. (2012): Characterization of microbial biofilms in a thermophilic biogas system by high-throughput metagenome sequencing FEMS Microbiology Ecology,79:(3): 785-799.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[114]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2513256
Filippini, M.; Qi, W.; Blom, J.; Goesmann, A.; Smits, T. H. M.; Bagheri, H. C. (2012): Genome Sequence of Fibrella aestuarina BUZ 2T, a Filamentous Marine Bacterium Journal of bacteriology,194:(13): 3555.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[113]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2498232
Trötschel, C.; Albaum, S.; Wolff, D.; Schröder, S.; Goesmann, A.; Nattkemper, T. W.; Poetsch, A. (2012): Protein turnover quantification in a multi-labeling approach - from data calculation to evaluation Molecular & Cellular Proteomics,11:(8): 512-526.
PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[112]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2487853
Brankatschk, K.; Blom, J.; Goesmann, A.; Smits, T. H. M.; Duffy, B. (2012): Comparative genomic analysis of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Weltevreden foodborne strains with other serovars International journal of food microbiology,155:(3): 247-256.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[111]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2474002
Schneider, J.; Rupp, O.; Trost, E.; Jaenicke, S.; Passoth, V.; Goesmann, A.; Tauch, A.; Brinkrolf, K. (2012): Genome sequence of Wickerhamomyces anomalus DSM 6766 reveals genetic basis of biotechnologically important antimicrobial activities FEMS Yeast Research,12:(3): 382-386.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[110]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2478526
Hackl, M.; Jadhav, V.; Jakobi, T.; Rupp, O.; Brinkrolf, K.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Noll, T.; Borth, N.; Grillari, J. (2012): Computational identification of microRNA gene loci and precursor microRNA sequences in CHO cell lines Journal of Biotechnology,158:(3): 151-155.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[109]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2405255
Persicke, M.; Rückert, C.; Plassmeier, J.; Stutz, L.; Kessler, N.; Kalinowski, J.; Goesmann, A.; Neuweger, H. (2012): MSEA: metabolite set enrichment analysis in the MeltDB metabolomics software platform: metabolic profiling of Corynebacterium glutamicum as an example Metabolomics,8:(2): 310-322.
PUB | DOI | WoS
 
[108]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2500959
Kahlke, T.; Goesmann, A.; Hjerde, E.; Willassen, N. P.; Haugen, P. (2012): Unique core genomes of the bacterial family vibrionaceae: Insights into niche adaptation and speciation BMC genomics,13:(1): 179.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[107]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2500966
Hain, T.; Ghai, R.; Billion, A.; Kuenne, C. T.; Steinweg, C.; Izar, B.; Mohamed, W.; Mraheil, M.; Domann, E.; Schaffrath, S.; Kärst, U.; Goesmann, A.; Oehm, S.; Pühler, A.; Merkl, R.; Vorwerk, S.; Glaser, P.; Garrido, P.; Rusniok, C.; Buchrieser, C.; Goebel, W.; Chakraborty, T. (2012): Comparative genomics and transcriptomics of lineages I, II, and III strains of Listeria monocytogenes BMC Genomics,13:(1): 144.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2544774
Schneider, J.; Andrea, H.; Blom, J.; Jaenicke, S.; Rückert, C.; Schorsch, C.; Szczepanowski, R.; Farwick, M.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Schaffer, S.; Tauch, A.; Köhler, T.; Brinkrolf, K. (2012): Draft Genome Sequence of Wickerhamomyces ciferrii NRRL Y-1031 F-60-10 Eukaryotic Cell,11:(12): 1582-1583.
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Wibberg, D.; Blom, J.; Jaenicke, S.; Kollin, F.; Rupp, O.; Scharf, B.; Schneiker-Bekel, S.; Szczepanowski, R.; Goesmann, A.; Setubal, J. C.; Schmitt, R.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2011): Complete genome sequencing of Agrobacterium sp. H13-3, the former Rhizobium lupini H13-3, reveals a tripartite genome consisting of a circular and a linear chromosome and an accessory plasmid but lacking a tumor-inducing Ti-plasmid Journal of Biotechnology,155:(1): 50-62.
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Küberl, A.; Schneider, J.; Thallinger, G. G.; Anderl, I.; Wibberg, D.; Hajek, T.; Jaenicke, S.; Brinkrolf, K.; Goesmann, A.; Szczepanowski, R.; Pühler, A.; Schwab, H.; Glieder, A.; Pichler, H. (2011): High-quality genome sequence of Pichia pastoris CBS7435 Journal of Biotechnology,154:(4): 312-320.
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Becker, J.; Hackel, M.; Jakobi, T.; Rupp, O.; Schneider, J.; Szczepanowski, R.; Bekel, T.; Borth, N.; Goesmann, A.; Grillari, J.; Kaltschmidt, C.; Noll, T.; Pühler, A.; Tauch, A.; Brinkrolf, K. (2011): Unraveling the Chinese hamster ovary cell line transcriptome by next-generation sequencing Journal of Biotechnology,156:(3): 227-235.
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Schneider, J.; Blom, J.; Jaenicke, S.; Linke, B.; Brinkrolf, K.; Neuweger, H.; Tauch, A.; Goesmann, A. (2011): RAPYD - Rapid Annotation Platform for Yeast Data Journal of Biotechnology,155:(1): 118-126.
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Smits, T. H. M.; Rezzonico, F.; Kamber, T.; Blom, J.; Goesmann, A.; Ishimaru, C. A.; Frey, J. E.; Stockwell, V. O.; Duffy, B. (2011): Metabolic Versatility and Antibacterial Metabolite Biosynthesis Are Distinguishing Genomic Features of the Fire Blight Antagonist Pantoea vagans C9-1 PLoS ONE,6:(7): e22247.
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Krol, E.; Blom, J.; Winnebald, J.; Berhoerster, A.; Barnett, M. J.; Goesmann, A.; Baumbach, J.; Becker, A. (2011): RhizoRegNet-A database of rhizobial transcription factors and regulatory networks Journal of Biotechnology,155:(1): 127-134.
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Becker, J.; Timmermann, C.; Jakobi, T.; Rupp, O.; Szczepanowski, R.; Hackl, M.; Goesmann, A.; Tauch, A.; Borth, N.; Grillari, J.; Pühler, A.; Noll, T.; Brinkrolf, K. (2011): Next-generation sequencing of the CHO cell transcriptome, In: Hansjörg Hauser (Hrsg.), BMC Proceedings,5:(Suppl. 8): P6.
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Doppmeier, D.; Stracke, R.; Lutter, P.; Goesmann, A.; Niehaus, K.; Weisshaar, B. (2011): Using the GUS Reporter Gene for Quantitative Studies of Promotor Activity in A.thaliana Seedlings. S. 218.
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Joseph, B.; Schwarz, R. F.; Linke, B.; Blom, J.; Becker, A.; Claus, H.; Goesmann, A.; Frosch, M.; Mueller, T.; Vogel, U.; Schoen, C. (2011): Virulence Evolution of the Human Pathogen Neisseria meningitidis by Recombination in the Core and Accessory Genome PLoS ONE,6:(4): e18441.
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De Gregoris, T. B.; Rupp, O.; Klages, S.; Knaust, F.; Bekel, T.; Kube, M.; Burgess, J. G.; Arnone, M. I.; Goesmann, A.; Reinhardt, R.; Clare, A. S. (2011): Deep sequencing of naupliar-, cyprid- and adult-specific normalised Expressed Sequence Tag (EST) libraries of the acorn barnacle Balanus amphitrite Biofouling,27:(4): 367-374.
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Blom, J.; Jakobi, T.; Doppmeier, D.; Jaenicke, S.; Kalinowski, J.; Stoye, J.; Goesmann, A. (2011): Exact and complete short-read alignment to microbial genomes using Graphics Processing Unit programming Bioinformatics,27:(10): 1351-1358.
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Jaenicke, S.; Ander, C.; Bekel, T.; Bisdorf, R.; Dröge, M.; Gartemann, K. - H.; Jünemann, S.; Kaiser, O.; Krause, L.; Tille, F.; Zakrzewski, M.; Pühler, A.; Schlüter, A.; Goesmann, A. (2011): Comparative and Joint Analysis of Two Metagenomic Datasets from a Biogas Fermenter Obtained by 454-Pyrosequencing PLoS ONE,6:(1): e14519.
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Hackl, M.; Jakobi, T.; Blom, J.; Doppmeier, D.; Brinkrolf, K.; Szczepanowski, R.; Bernhart, S. H.; Höner zu Siederdissen, C.; Bort, J. A. H.; Wieser, M.; Kunert, R.; Jeffs, S.; Hofacker, I. L.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Borth, N.; Grillari, J. (2011): Next-generation sequencing of the Chinese hamster ovary microRNA transcriptome: Identification, annotation and profiling of microRNAs as targets for cellular engineering Journal of Biotechnology,153:(1-2): 62-75.
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Margaret, I.; Becker, A.; Blom, J.; Bonilla, I.; Goesmann, A.; Göttfert, M.; Lloret, J.; Mittard-Runte, V.; Rückert, C.; Ruiz-Sainz, J. - E.; Vinardell, J. M.; Weidner, S. (2011): Symbiotic properties and first analyses of the genomic sequence of the fast growing model strain Sinorhizobium fredii HH103 nodulating soybean Journal of Biotechnology,155:(1): 11-19.
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Trost, E.; Ott, L.; Schneider, J.; Schröder, J.; Jaenicke, S.; Goesmann, A.; Husemann, P.; Stoye, J.; Alves Dorella, F.; Souza Rocha, F.; de Castro Soares, S.; D'Afonseca, V.; Miyoshi, A.; Ruiz, J.; Silva, A.; Azevedo, V.; Burkovski, A.; Guiso, N.; Join-Lambert, O. F.; Kayal, S.; Tauch, A. (2010): The complete genome sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis FRC41 isolated from a 12-year-old girl with necrotizing lymphadenitis reveals insights into gene-regulatory networks contributing to virulence BMC Genomics,11:(1):728
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Becker, A.; Barnett, M. J.; Capela, D.; Dondrup, M.; Kamp, P. - B.; Krol, E.; Linke, B.; Rüberg, S.; Runte, K.; Schroeder, B. K.; Weidner, S.; Yurgel, S. N.; Batut, J.; Long, S. R.; Pühler, A.; Goesmann, A. (2009): A portal for rhizobial genomes: RhizoGATE integrates a Sinorhizobium meliloti genome annotation update with postgenome data JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY,140:(1-2): 45-50.
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1635321
Dondrup, M.; Albaum, S.; Griebel, T.; Henckel, K.; Jünemann, S.; Kahlke, T.; Kleindt, C. K.; Kuester, H.; Linke, B.; Mertens, D.; Mittard-Runte, V.; Neuweger, H.; Runte, K. J.; Tauch, A.; Tille, F.; Pühler, A.; Goesmann, A. (2009): EMMA 2-A MAGE-compliant system for the collaborative analysis and integration of microarray data BMC Bioinformatics,10:(1):50
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589531
Albaum, S.; Neuweger, H.; Fraenzel, B.; Lange, S.; Mertens, D.; Troetschel, C.; Wolters, D.; Kalinowski, J.; Nattkemper, T. W.; Goesmann, A. (2009): Qupe-a Rich Internet Application to take a step forward in the analysis of mass spectrometry-based quantitative proteomics experiments Bioinformatics,25:(23): 3128-3134.
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Gerlach, W.; Jünemann, S.; Tille, F.; Goesmann, A.; Stoye, J. (2009): WebCARMA: a web application for the functional and taxonomic classification of unassembled metagenomic reads BMC Bioinformatics,10:(1): 430.
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Wegmann, U.; Overweg, K.; Horn, N.; Goesmann, A.; Narbad, A.; Gasson, M. J.; Shearman, C. (2009): Complete Genome Sequence of Lactobacillus johnsonii FI9785, a Competitive Exclusion Agent against Pathogens in Poultry JOURNAL OF BACTERIOLOGY,191:(22): 7142-7143.
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1634447
Bekel, T.; Henckel, K.; Küster, H.; Meyer, F.; Mittard-Runte, V.; Neuweger, H.; Paarmann, D.; Rupp, O.; Zakrzewski, M.; Pühler, A.; Stoye, J.; Goesmann, A. (2009): The Sequence Analysis and Management System - SAMS-2.0: Data management and sequence analysis adapted to changing requirements from traditional sanger sequencing to ultrafast sequencing technologies Journal of Biotechnology,140:(1-2): 3-12.
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Dondrup, M.; Hueser, A. T.; Mertens, D.; Goesmann, A. (2009): An evaluation framework for statistical tests on microarray data JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY,140:(1-2): 18-26.
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Neuweger, H.; Albaum, S.; Dondrup, M.; Persicke, M.; Watt, T.; Niehaus, K.; Stoye, J.; Goesmann, A. (2008): MeltDB: a software platform for the analysis and integration of metabolomics experiment data Bioinformatics,24:(23): 2726-2732.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783292
Gross, R.; Guzman, C. A.; Sebaihia, M.; Martins dos Santos, V. A. P.; Pieper, D. H.; Koebnik, R.; Lechner, M.; Bartels, D.; Buhrmester, J.; Choudhuri, J. V.; Ebensen, T.; Gaigalat, L.; Herrmann, S.; Khachane, A. N.; Larisch, C.; Link, S.; Linke, B.; Meyer, F.; Mormann, S.; Nakunst, D.; Rückert, C.; Schneiker-Bekel, S.; Schulze, K.; Vorhölter, F. - J.; Yevsa, T.; Engle, J. T.; Goldman, W. E. .; Pühler, A.; Göbel, U. B.; Goesmann, A.; Blöcker, H.; Kaiser, O.; Martinez-Arias, R. (2008): The missing link: Bordetella petrii is endowed with both the metabolic versatility of environmental bacteria and virulence traits of pathogenic Bordetellae BMC Genomics,9:(1): 449.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1592024
Vorhölter, F. - J.; Schneiker-Bekel, S.; Goesmann, A.; Krause, L.; Bekel, T.; Kaiser, O.; Linke, B.; Patschkowski, T.; Rückert, C.; Schmid, J.; Sidhu, V. K.; Sieber, V.; Tauch, A.; Watt, S. A.; Weisshaar, B.; Becker, A.; Niehaus, K.; Pühler, A. (2008): The genome of Xanthomonas campestris pv. campestris B 100 and its use for the reconstruction of metabolic pathways involved in xanthan biosynthesis Journal of Biotechnology,134:(1-2): 33-45.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1592257
Schoen, C.; Blom, J.; Claus, H.; Schramm-Glueck, A.; Brandt, P.; Mueller, T.; Goesmann, A.; Joseph, B.; Konietzny, S.; Kurzai, O.; Schmitt, C.; Friedrich, T.; Linke, B.; Vogel, U.; Frosch, M. (2008): Whole-genome comparison of disease and carriage strains provides insights into virulence evolution in Neisseria meningitidis PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA,105:(9): 3473-3478.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1586009
Krause, L.; Diaz, N. N.; Edwards, R. A.; Gartemann, K. - H.; Krömeke, H.; Neuweger, H.; Pühler, A.; Runte, K. J.; Schlüter, A.; Stoye, J.; Szczepanowski, R.; Tauch, A.; Goesmann, A. (2008): Taxonomic composition and gene content of a methane-producing microbial community isolated from a biogas reactor JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY,136:(1-2): 91-101.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1585956
Stiens, M.; Becker, A.; Bekel, T.; Gödde, V.; Goesmann, A.; Niehaus, K.; Schneiker-Bekel, S.; Selbitschka, W.; Weidner, S.; Schlüter, A.; Pühler, A. (2008): Comparative genomic hybridisation and ultrafast pyrosequencing revealed remarkable differences between the Sinorhizobium meliloti genomes of the model strain Rm1021 and the field isolate SM11 Journal of Biotechnology,136:(1-2): 31-37.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1585987
Schlüter, A.; Bekel, T.; Diaz, N. N.; Dondrup, M.; Eichenlaub, R.; Gartemann, K. - H.; Krahn, I.; Krause, L.; Kroemeke, H.; Kruse, O.; Mussgnug, J. H.; Neuweger, H.; Niehaus, K.; Pühler, A.; Runte, K. J.; Szczepanowski, R.; Tauch, A.; Tilker, A.; Viehöver, P.; Goesmann, A. (2008): The metagenome of a biogas-producing microbial community of a production-scale biogas plant fermenter analysed by the 454-pyrosequencing technology Journal of Biotechnology,136:(1-2): 77-90.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1585918
Tauch, A.; Trost, E.; Tilker, A.; Ludewig, U.; Schneiker-Bekel, S.; Goesmann, A.; Arnold, W.; Bekel, T.; Brinkrolf, K.; Brune, I.; Goetker, S.; Kalinowski, J.; Kamp, P. - B.; Lobo, F. P.; Viehöver, P.; Weisshaar, B.; Soriano, F.; Droege, M.; Pühler, A. (2008): The lifestyle of Corynebacterium urealyticum derived from its complete genome sequence established by pyrosequencing Journal of Biotechnology,136:(1-2): 11-21.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1586785
Oehm, S.; Gilbert, D.; Tauch, A.; Stoye, J.; Goesmann, A. (2008): Comparative Pathway Analyzer - a web server for comparative analysis, clustering and visualization of metabolic networks in multiple organisms NUCLEIC ACIDS RESEARCH,36:(Web Server): W433-W437.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1585939
Tauch, A.; Schneider, J.; Szczepanowski, R.; Tilker, A.; Viehöver, P.; Gartemann, K. - H.; Arnold, W.; Blom, J.; Brinkrolf, K.; Brune, I.; Goetker, S.; Weisshaar, B.; Goesmann, A.; Droege, M.; Pühler, A. (2008): Ultrafast pyrosequencing of Corynebacterium kroppenstedtii DSM44385 revealed insights into the physiology of a lipophilic corynebacterium that lacks mycolic acids Journal of Biotechnology,136:(1-2): 22-30.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783364
Krause, L.; Diaz, N. N.; Goesmann, A.; Kelley, S.; Nattkemper, T. W.; Rohwer, F.; Edwards, R. A.; Stoye, J. (2008): Phylogenetic classification of short environmental DNA fragments Nucleic Acids Research,36:(7): 2230-2239.
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Albaum, S.; Neuweger, H.; Lange, S.; Mertens, D.; Runte, K.; Kalinowski, J.; Nattkemper, T. W.; Goesmann, A. (2008): ProSE - "Software as a Service" for Quantitative Proteomics (Poster abstract). In: HUPO 7th Annual World Congress.
PUB
 
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1990198
Strauch, E.; Hammerl, J. A.; Konietzny, A.; Schneiker-Bekel, S.; Arnold, W.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Beutin, L. (2008): Bacteriophage 2851 is a prototype phage for dissemination of the Shiga toxin variant gene 2c in Escherichia coli O157:H7 Infection and Immunity,76:(12): 5466-5477.
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Meisinger-Henschel, C.; Schmidt, M.; Lukassen, S.; Linke, B.; Krause, L.; Konietzny, S.; Goesmann, A.; Howley, P.; Chaplin, P.; Suter, M.; Hausmann, J. (2007): Genomic sequence of chorioallantois vaccinia virus Ankara, the ancestor of modified vaccinia virus Ankara JOURNAL OF GENERAL VIROLOGY,88:(12): 3249-3259.
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Neuweger, H.; Baumbach, J.; Albaum, S.; Bekel, T.; Dondrup, M.; Hüser, A. T.; Kalinowski, J.; Oehm, S.; Pühler, A.; Rahmann, S.; Weile, J.; Goesmann, A. (2007): CoryneCenter: an online resource for the integrated analysis of corynebacterial genome and transcriptome data BMC Systems Biology,1:(1): 55.
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Schneiker-Bekel, S.; Perlova, O.; Kaiser, O.; Gerth, K.; Alici, A.; Altmeyer, M. O.; Bartels, D.; Bekel, T.; Beyer, S.; Bode, E.; Bode, H. B.; Bolten, C. J.; Choudhuri, J. V.; Doss, S.; Elnakady, Y. A.; Frank, B.; Gaigalat, L.; Goesmann, A.; Groeger, C.; Gross, F.; Jelsbak, L.; Jelsbak, L.; Kalinowski, J.; Kegler, C.; Knauber, T.; Konietzny, S.; Kopp, M.; Krause, L.; Krug, D.; Linke, B.; Mahmud, T.; Martinez-Arias, R.; McHardy, A. C.; Merai, M.; Meyer, F.; Mormann, S.; Munoz-Dorado, J.; Perez, J.; Pradella, S.; Rachid, S.; Raddatz, G.; Rosenau, F.; Rückert, C.; Sasse, F.; Scharfe, M.; Schuster, S. C.; Suen, G.; Treuner-Lange, A.; Velicer, G. J.; Vorhölter, F. - J.; Weissman, K. J.; Welch, R. D.; Wenzel, S. C.; Whitworth, D. E.; Wilhelm, S.; Wittmann, C.; Bloecker, H.; Pühler, A.; Mueller, R. (2007): Complete genome sequence of the myxobacterium Sorangium cellulosum Nature Biotechnology,25:(11): 1281-1289.
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Moran, M. A.; Belas, R.; Schell, M. A.; Gonzalez, J. M.; Sun, F.; Sun, S.; Binder, B. J.; Edmonds, J.; Ye, W.; Orcutt, B.; Howard, E. C.; Meile, C.; Palefsky, W.; Goesmann, A.; Ren, Q.; Paulsen, I.; Ulrich, L. E.; Thompson, L. S.; Saunders, E.; Buchan, A. (2007): Ecological genomics of marine roseobacters APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY,73:(14): 4559-4569.
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Wegmann, U.; O'Connell-Motherwy, M.; Zomer, A.; Buist, G.; Shearman, C.; Canchaya, C.; Ventura, M.; Goesmann, A.; Gasson, M. J.; Kuipers, O. P.; van Sinderen, D.; Kok, J. (2007): Complete genome sequence of the prototype lactic acid bacterium Lactococcus lactis subsp cremoris MG1363 JOURNAL OF BACTERIOLOGY,189:(8): 3256-3270.
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Bahl, M. I.; Hansen, L. H.; Goesmann, A.; Sorensen, S. J. (2007): The multiple antibiotic resistance IncP-1 plasmid pKJK5 isolated from a soil environment is phylogenetically divergent from members of the previously established alpha, beta and delta sub-groups PLASMID,58:(1): 31-43.
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Küster, H.; Becker, A.; Firnhaber, C.; Hohnjec, N.; Manthey, K.; Perlick, A. M.; Bekel, T.; Dondrup, M.; Henckel, K.; Goesmann, A.; Meyer, F.; Wipf, D.; Requena, N.; Hildebrandt, U.; Hampp, R.; Nehls, U.; Krajinski, F.; Franken, P.; Pühler, A. (2007): Development of bioinformatic tools to support EST-sequencing, in silico- and microarray-based transcriptome profiling in mycorrhizal symbioses Phytochemistry,68:(1): 19-32.
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2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1598182
Schneiker-Bekel, S.; dos Santos, V. A. P. M.; Bartels, D.; Bekel, T.; Brecht, M.; Buhrmester, J.; Chernikova, T. N.; Denaro, R.; Ferrer, M.; Gertler, C.; Goesmann, A.; Golyshina, O. V.; Kaminski, F.; Khachane, A. N.; Lang, S.; Linke, B.; McHardy, A. C.; Meyer, F.; Nechitaylo, T.; Pühler, A.; Regenhardt, D.; Rupp, O.; Sabirova, J. S.; Selbitschka, W.; Yakimov, M. M.; Timmis, K. N.; Vorhölter, F. - J.; Weidner, S.; Kaiser, O.; Golyshin, P. N. (2006): Genome sequence of the ubiquitous hydrocarbon-degrading marine bacterium Alcanivorax borkumensis Nature Biotechnology,24:(8): 997-1004.
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2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1598354
Hohnjec, N.; Henckel, K.; Bekel, T.; Gouzy, J.; Dondrup, M.; Goesmann, A.; Küster, H. (2006): Transcriptional snapshots provide insights into the molecular basis of arbuscular mycorrhiza in the model legume Medicago truncatula FUNCTIONAL PLANT BIOLOGY,33:(8): 737-748.
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Schoen, C.; Claus, H.; Goesmann, A.; Mueller, T.; Brandt, P.; Otto-Karg, I.; Schramm-Glueck, A.; Vogel, U.; Frosch, M. (2006): Genome comparison of non-pathogenic and pathogenic meningococci INTERNATIONAL JOURNAL OF MEDICAL MICROBIOLOGY,296:(Suppl. 42): 134.
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Tauch, A.; Trost, E.; Bekel, T.; Goesmann, A.; Ludewig, U.; Pühler, A. (2006): Ultrafast de novo sequencing of Corynebacterium urealyticum using the Genome Sequencer 20 System Biochemica,4: 4-6.
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Krause, A.; Ramakumar, A.; Bartels, D.; Battistoni, F.; Bekel, T.; Boch, J.; Boehm, M.; Friedrich, F.; Hurek, T.; Krause, L.; Linke, B.; McHardy, A. C.; Sarkar, A.; Schneiker-Bekel, S.; Syed, A. A.; Thauer, R.; Vorhölter, F. - J.; Weidner, S.; Pühler, A.; Reinhold-Hurek, B.; Kaiser, O.; Goesmann, A. (2006): Complete genome of the mutualistic, N-2-fixing grass endophyte Azoarcus sp strain BH72 Nature Biotechnology,24:(11): 1385-1391.
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Hain, T.; Steinweg, C.; Kuenne, C. T.; Billion, A.; Ghai, R.; Chatterjee, S. S.; Domann, E.; Kaerst, U.; Goesmann, A.; Bekel, T.; Bartels, D.; Kaiser, O.; Meyer, F.; Pühler, A.; Weisshaar, B.; Wehland, J.; Liang, C.; Dandekar, T.; Lampidis, R.; Kreft, J.; Goebel, W.; Chakraborty, T. (2006): Whole-genome sequence of Listeria welshimeri reveals common steps in genome reduction with Listeria innocua as compared to Listeria monocytogenes Journal of Bacteriology,188:(23): 8299-8302.
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Bartels, D.; Kespohl, S.; Albaum, S.; Drüke, T.; Goesmann, A.; Herold, J.; Kaiser, O.; Pühler, A.; Pfeiffer, F.; Raddatz, G.; Stoye, J.; Meyer, F.; Schuster, S. C. (2005): BACCardI - a tool for the validation of genomic assemblies, assisting genome finishing and intergenome comparison Bioinformatics,21:(7): 853-859.
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Thieme, F.; Koebnik, R.; Bekel, T.; Berger, C.; Boch, J.; Buttner, D.; Caldana, C.; Gaigalat, L.; Goesmann, A.; Kay, S.; Kirchner, O.; Lanz, C.; Linke, B.; McHardy, A. C.; Meyer, F.; Mittenhuber, G.; Nies, D. H.; Niesbach-Klosgen, U.; Patschkowski, T.; Rückert, C.; Rupp, O.; Schneiker-Bekel, S.; Schuster, S. C.; Vorhölter, F. - J.; Weber, E.; Pühler, A.; Bonas, U.; Bartels, D.; Kaiser, O. (2005): Insights into genome plasticity and pathogenicity of the plant pathogenic bacterium Xanthomonas campestris pv. vesicatoria revealed by the complete genome sequence JOURNAL OF BACTERIOLOGY,187:(21): 7254-7266.
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Overbeek, R.; Begley, T.; Butler, R. M.; Choudhuri, J. V.; Chuang, H. - Y.; Cohoon, M.; Crécy-Lagard, V. de; Diaz, N. N.; Disz, T.; Edwards, R.; Fonstein, M.; Frank, E. D.; Gerdes, S.; Glass, E. M.; Goesmann, A.; Hanson, A.; Iwata-Reuyl, D.; Jensen, R.; Jamshidi, N.; Krause, L.; Kubal, M.; Larsen, N.; Linke, B.; McHardy, A. C.; Meyer, F.; Neuweger, H.; Olsen, G.; Olson, R.; Osterman, A.; Portnoy, V.; Pusch, G. D.; Rodionov, D. A.; Rückert, C.; Steiner, J.; Stevens, R.; Thiele, I.; Vassieva, O.; Ye, Y.; Zagnitko, O.; Vonstein, V. (2005): The subsystems approach to genome annotation and its use in the Project to Annotate 1000 Genomes Nucleic Acids Research,33:(17): 5691-5702.
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Tauch, A.; Kaiser, O.; Hain, T.; Goesmann, A.; Weisshaar, B.; Albersmeier, A.; Bekel, T.; Bischoff, N.; Brune, I.; Chakraborty, T.; Kalinowski, J.; Meyer, F.; Rupp, O.; Schneiker-Bekel, S.; Viehöver, P.; Pühler, A. (2005): Complete genome sequence and analysis of the multiresistant nosocomial pathogen Corynebacterium jeikeium K411, a lipid-requiring bacterium of the human skin flora Journal of Bacteriology,187:(13): 4671-4682.
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2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1609286
Goesmann, A.; Linke, B.; Rupp, O.; Krause, L.; Bartels, D.; Dondrup, M.; McHardy, A. C.; Wilke, A.; Pühler, A.; Meyer, F. (2003): Building a BRIDGE for the integration of heterogeneous data from functional genomics into a platform for systems biology JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY,106:(2-3): 157-167.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[7]
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1609251
Kaiser, O.; Bartels, D.; Bekel, T.; Goesmann, A.; Kespohl, S.; Pühler, A.; Meyer, F. (2003): Whole genome shotgun sequencing guided-by bioinformatics pipelines - An optimized approach for an established technique JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY,106:(2-3): 121-133.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[6]
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1609260
Dondrup, M.; Goesmann, A.; Bartels, D.; Kalinowski, J.; Krause, L.; Linke, B.; Rupp, O.; Sczyrba, A.; Pühler, A.; Meyer, F. (2003): EMMA: a platform for consistent storage and efficient analysis of microarray data JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY,106:(2-3): 135-146.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[5]
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1609272
Wilke, A.; Rückert, C.; Bartels, D.; Dondrup, M.; Goesmann, A.; Hüser, A. T.; Kespohl, S.; Linke, B.; Mahne, M.; McHardy, A.; Pühler, A.; Meyer, F. (2003): Bioinformatics support for high-throughput proteomics JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY,106:(2-3): 147-156.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[4]
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1612324
Tauch, A.; Schlüter, A.; Bischoff, N.; Goesmann, A.; Meyer, F.; Pühler, A. (2003): The 79,370-bp conjugative plasmid pB4 consists of an IncP-1 beta backbone loaded with a chromate resistance transposon, the strA-strB streptomycin resistance gene pair, the oxacillinase gene bla(NPS-1), and a tripartite antibiotic efflux system of the resistance-nodulation-division family Molecular Genetics and Genomics,268:(5): 570-584.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC | GenBank
 
[3]
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773880
Meyer, F.; Goesmann, A.; McHardy, A. C.; Bartels, D.; Bekel, T.; Clausen, J.; Kalinowski, J.; Linke, B.; Rupp, O.; Giegerich, R.; Pühler, A. (2003): GenDB - an open source genome annotation system for prokaryote genomes Nucleic Acids Research,31:(8): 2187-2195.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[2]
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1895035
Kalinowski, J.; Bathe, B.; Bartels, D.; Bischoff, N.; Bott, M.; Burkovski, A.; Dusch, N.; Eggeling, L.; Eikmanns, B. J.; Gaigalat, L.; Goesmann, A.; Hartmann, M.; Huthmacher, K.; Kramer, R.; Linke, B.; McHardy, A. C.; Meyer, F.; Mockel, B.; Pfefferle, W.; Pühler, A.; Rey, D. A.; Rückert, C.; Rupp, O.; Sahm, H.; Wendisch, V. F.; Wiegrabe, I.; Tauch, A. (2003): The complete Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 genome sequence and its impact on the production of L-aspartate-derived amino acids and vitamins Journal of Biotechnology,104:(1-3): 5-25.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC | GenBank
 
[1]
2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1615366
Goesmann, A.; Haubrock, M.; Meyer, F.; Kalinowski, J.; Giegerich, R. (2002): PathFinder: reconstruction and dynamic visualization of metabolic pathways BIOINFORMATICS,18:(1): 124-129.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 

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