PUB - Publikationen an der Universität Bielefeld

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• [158]
  

  2024 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2986391

  Höhn, D.; Masello, J.; Kümmel, M. N.; Griep, S.; Goesmann, A.; Quillfeldt, P. (2024): Nestling Diet of Two Sympatric Insectivorous Passerines in Different Habitats—A Metabarcoding Study Birds,5:(1): 67-89.

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• [157]
  

  2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2957996

  Wibberg, D.; Genzel, F.; Verwaaijen, B.; Blom, J.; Rupp, O.; Goesmann, A.; Zrenner, R.; Grosch, R.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2021): Genome Analyses of the Less Aggressive Rhizoctonia solani AG1-IB Isolates 1/2/21 and O8/2 Compared to the Reference AG1-IB Isolate 7/3/14 Journal of Fungi,7:(10):832

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• [156]
  

  2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919320

  Cardoso, S. D.; Goncalves, D.; Goesmann, A.; Canario, A. V. M.; Oliveira, R. F. (2018): Temporal variation in brain transcriptome is associated with the expression of female mimicry as a sequential male alternative reproductive tactic in fish MOLECULAR ECOLOGY,27:(3): 789-803.

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• [155]
  

  2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2916526

  Golyshina, O. V.; Tran, H.; Reva, O. N.; Lemak, S.; Yakunin, A. F.; Goesmann, A.; Nechitaylo, T. Y.; LaCono, V.; Smedile, F.; Slesarev, A.; Rojo, D.; Barbas, C.; Ferrer, M.; Yakimov, M. M.; Golyshin, P. N. (2017): Metabolic and evolutionary patterns in the extremely acidophilic archaeon Ferroplasma acidiphilum Y-T SCIENTIFIC REPORTS,7:(1):3682

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• [154]
  

  2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2904976

  Blifernez-Klassen, O.; Wibberg, D.; Winkler, A.; Blom, J.; Goesmann, A.; Kalinowski, J.; Kruse, O. (2016): Complete Chloroplast and Mitochondrial Genome Sequences of the Hydrocarbon Oil-Producing Green MicroalgaBotryococcus brauniiRace B (Showa) Genome Announcements,4:(3):e00524-16

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• [153]
  

  2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2731279

  Huja, S.; Oren, Y.; Trost, E.; Brzuszkiewicz, E.; Biran, D.; Blom, J.; Goesmann, A.; Gottschalk, G.; Hacker, J.; Ron, E. Z.; Dobrindt, U. (2015): Genomic Avenue to Avian Colisepticemia mBio,6:(1):e01681-14

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• [152]
  

  2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2761035

  Arnold, M.; Wibberg, D.; Blom, J.; Schatschneider, S.; Winkler, A.; Kutter, Y.; Rückert, C.; Albersmeier, A.; Albaum, S.; Goesmann, A.; Zange, S.; Heesemann, J.; Pühler, A.; Hogardt, M.; Vorhölter, F. - J. (2015): Draft Genome Sequence of Pseudomonas aeruginosa Strain WS136, a Highly Cytotoxic ExoS-Positive Wound Isolate Recovered from Pyoderma Gangrenosum Genome announcements,3:(4):e00680-15

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• [151]
  

  2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900131

  Pauli, M.; Chakarov, N.; Rupp, O.; Kalinowski, J.; Goesmann, A.; Sorenson, M.; Krüger, O.; Hoffman, J. (2015): De novo assembly of the dual transcriptomes of a polymorphic raptor species and its malarial parasite BMC Genomics,16:(1):1038

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• [150]
  

  2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2782605

  Rupp, O.; Brinkrolf, K.; Buerth, C.; Kunigo, M.; Schneider, J.; Jaenicke, S.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Jaeger, K. - E.; Ernst, J. F. (2015): The structure of the Cyberlindnera jadinii genome and its relation to Candida utilis analyzed by the occurrence of single nucleotide polymorphisms Journal of Biotechnology,211: 20-30.

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• [149]
  

  2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2730423

  Chakarov, N.; Linke, B.; Boerner, M.; Goesmann, A.; Krüger, O.; Hoffman, J. (2015): Apparent vector-mediated parent-to-offspring transmission in an avian malaria-like parasite Molecular Ecology,24:(6): 1355-1363.

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• [148]
  

  2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2651944

  Tielen, P.; Wibberg, D.; Blom, J.; Rosin, N.; Meyer, A. - K.; Bunk, B.; Schobert, M.; Tüpker, R.; Schatschneider, S.; Rückert, C.; Albersmeier, A.; Goesmann, A.; Vorhölter, F. - J.; Jahn, D.; Pühler, A. (2014): Genome Sequence of the Small-Colony Variant Pseudomonas aeruginosa MH27, Isolated from a Chronic Urethral Catheter Infection Genome announcements,2:(1)

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• [147]
  

  2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2643946

  Dohm, J. C.; Minoche, A. E.; Holtgräwe, D.; Capella-Gutiérrez, S.; Zakrzewski, F.; Tafer, H.; Rupp, O.; Rosleff Sörensen, T.; Stracke, R.; Reinhardt, R.; Goesmann, A.; Kraft, T.; Schulz, B.; Stadler, P. F.; Schmidt, T.; Gabaldón, T.; Lehrach, H.; Weisshaar, B.; Himmelbauer, H. (2014): The genome of the recently domesticated crop plant sugar beet (Beta vulgaris) Nature,505:(7484): 546-549.

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• [146]
  

  2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2690174

  Christiansen, G.; Goesmann, A.; Kurmayer, R. (2014): Elucidation of insertion elements carried on plasmids and in vitro construction of shuttle vectors from the toxic cyanobacterium planktothrix Applied and environmental microbiology,80:(16): 4887-4897.

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• [145]
  

  2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2694652

  Bonte, A.; Neuweger, H.; Goesmann, A.; Thonar, C.; Mäder, P.; Langenkämper, G.; Niehaus, K. (2014): Metabolite profiling on wheat grain to enable a distinction of samples from organic and conventional farming systems Journal of the science of food and agriculture,94:(13): 2605-2612.

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• [144]
  

  2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2676552

  Becker, J.; Timmermann, C.; Rupp, O.; Albaum, S.; Brinkrolf, K.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Tauch, A.; Noll, T. (2014): Transcriptome analyses of CHO cells with the next-generation microarray CHO41K: Development and validation by analysing the influence of the growth stimulating substance IGF-1 substitute LongR(3.) Journal of biotechnology,178: 23-31.

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• [143]
  

  2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2656773

  Rupp, O.; Becker, J.; Brinkrolf, K.; Timmermann, C.; Borth, N.; Pühler, A.; Noll, T.; Goesmann, A. (2014): Construction of a Public CHO Cell Line Transcript Database Using Versatile Bioinformatics Analysis Pipelines PLoS ONE,9:(1):e85568

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• [142]
  

  2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2694682

  Wegmann, U.; Louis, P.; Goesmann, A.; Henrissat, B.; Duncan, S. H.; Flint, H. J. (2014): Complete genome of a new Firmicutes species belonging to the dominant human colonic microbiota ('Ruminococcus bicirculans') reveals two chromosomes and a selective capacity to utilize plant glucans Environmental microbiology,16:(9): 2879-2890.

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• [141]
  

  2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2691732

  Klippel, B.; Sahm, K.; Basner, A.; Wiebusch, S.; John, P.; Lorenz, U.; Peters, A.; Abe, F.; Takahashi, K.; Kaiser, O.; Goesmann, A.; Jaenicke, S.; Grote, R.; Horikoshi, K.; Antranikian, G. (2014): Carbohydrate-active enzymes identified by metagenomic analysis of deep-sea sediment bacteria Extremophiles,18:(5): 853-863.

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• [140]
  

  2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2664976

  Rückert, C.; Szczepanowski, R.; Albersmeier, A.; Goesmann, A.; Fischer, N.; Steinkämper, A.; Pühler, A.; Biener, R.; Schwartz, D.; Kalinowski, J. (2014): Complete Genome Sequence of the Actinobacterium Actinoplanes friuliensis HAG 010964, producer of the lipopeptide antibiotic friulimycin Journal of biotechnology,178: 41-42.

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• [139]
  

  2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2554079

  Kuenne, C.; Billion, A.; Mraheil, M. A.; Strittmatter, A.; Daniel, R.; Goesmann, A.; Barbuddhe, S.; Hain, T.; Chakraborty, T. (2013): Reassessment of the Listeria monocytogenes pan-genome reveals dynamic integration hotspots and mobile genetic elements as major components of the accessory genome BMC Genomics,14:(1):47

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• [138]
  

  2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2560837

  Fritzenwanker, M.; Kuenne, C.; Billion, A.; Hain, T.; Zimmermann, K.; Goesmann, A.; Chakraborty, T.; Domann, E. (2013): Complete Genome Sequence of the Probiotic Enterococcus faecalis Symbioflor 1 Clone DSM 16431 Genome Announcements,1:(1): e00165-12.

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• [137]
  

  2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2564601

  Riedel, T.; Gómez-Consarnau, L.; Tomasch, J.; Martin, M.; Jarek, M.; González, J. M.; Spring, S.; Rohlfs, M.; Brinkhoff, T.; Cypionka, H.; Göker, M.; Fiebig, A.; Klein, J.; Goesmann, A.; Fuhrman, J. A.; Wagner-Döbler, I. (2013): Genomics and Physiology of a Marine Flavobacterium Encoding a Proteorhodopsin and a Xanthorhodopsin-Like Protein PLOS ONE,8:(3):e57487

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• [136]
  

  2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2529309

  Bolzan de Campos, S.; Youn, J. - W.; Farina, R.; Jaenicke, S.; Jünemann, S.; Szczepanowski, R.; Beneduzi, A.; Vargas, L. K.; Goesmann, A.; Wendisch, V. F.; Passagilia, L. (2013): Changes in Root Bacterial Communities Associated to Two Different Development Stages of Canola (Brassica napus L. var oleifera) Evaluated through Next-Generation Sequencing Microbial Ecology,65:(3): 593-601.

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• [135]
  

  2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2549908

  Wibberg, D.; Jelonek, L.; Rupp, O.; Kröber, M.; Eikmeyer, F. G.; Goesmann, A.; Hartmann, A.; Borriss, R.; Grosch, R.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2013): Establishment and interpretation of the genome sequence of the phytopathogenic fungus Rhizoctonia solani AG1-IB isolate 7/3/14 Journal of Biotechnology,167:(2): 142-155.

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• [134]
  

  2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2606943

  Vences, M.; Hauswaldt, S.; Steinfartz, S.; Rupp, O.; Goesmann, A.; Künzel, S.; Orozco-Terwengel, P.; Vieites, D. R.; Nieto-Roman, S.; Haas, S.; Laugsch, C.; Gehara, M.; Bruchmann, S.; Pabijan, M.; Ludewig, A. - K.; Rudert, D.; Angelini, C.; Borkin, L. J.; Crochet, P. - A.; Crottini, A.; Dubois, A.; Ficetola, G. F.; Galán, P.; Geniez, P.; Hachtel, M.; Jovanovic, O.; Litvinchuk, S. N.; Lymberakis, P.; Ohler, A.; Smirnov, N. A. (2013): Radically different phylogeographies and patterns of genetic variation in two European brown frogs, genus Rana Molecular phylogenetics and evolution,68:(3): 657-670.

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• [133]
  

  2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2602756

  Smits, T. H. M.; Rezzonico, F.; López, M. M.; Blom, J.; Goesmann, A.; Frey, J. E.; Duffy, B. (2013): Phylogenetic position and virulence apparatus of the pear flower necrosis pathogen Erwinia piriflorinigrans CFBP 5888(T) as assessed by comparative genomics Systematic and applied microbiology,36:(7): 449-456.

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• [132]
  

  2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2641228

  Jünemann, S.; Sedlazeck, F. J.; Prior, K.; Albersmeier, A.; John, U.; Kalinowski, J.; Mellmann, A.; Goesmann, A.; von Haeseler, A.; Stoye, J.; Harmsen, D. (2013): Corrigendum: Updating benchtop sequencing performance comparison Nature biotechnology,31:(12): 1148.

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• [131]
  

  2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2632946

  Köhler, K. A. K.; Rückert, C.; Schatschneider, S.; Vorhölter, F. - J.; Szczepanowski, R.; Blank, L. M.; Niehaus, K.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Kalinowski, J.; Schmid, A. (2013): Complete genome sequence of Pseudomonas sp. strain VLB120 a solvent tolerant, styrene degrading bacterium, isolated from forest soil Journal of Biotechnology,168:(4): 729-730.

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• [130]
  

  2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2622238

  Barbe, S.; Llop, P.; Blom, J.; Cabrefiga, J.; Goesmann, A.; Duffy, B.; Montesinos, E.; Smits, T. H. M.; Lopez, M. M. (2013): Complete sequence of Erwinia piriflorinigrans plasmids pEPIR37 and pEPIR5 and role of pEPIR37 in pathogen virulence Plant Pathology,62:(4): 786-798.

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• [129]
  

  2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2615581

  Brinkrolf, K.; Rupp, O.; Laux, H.; Kollin, F.; Ernst, W.; Linke, B.; Kofler, R.; Romand, S.; Hesse, F.; Budach, W. E.; Galosy, S.; Müller, D.; Noll, T.; Wienberg, J.; Jostock, T.; Leonard, M.; Grillari, J.; Tauch, A.; Goesmann, A.; Helk, B.; Mott, J. E.; Pühler, A.; Borth, N. (2013): Chinese hamster genome sequenced from sorted chromosomes Nature Biotechnology,31:(8): 694-695.

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• [128]
  

  2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2576080

  Toepel, J.; Illmer-Kephalides, M.; Jaenicke, S.; Straube, J.; May, P.; Goesmann, A.; Kruse, O. (2013): New insights into Chlamydomonas reinhardtii hydrogen production processes by combined microarray/RNA-seq transcriptomics Plant Biotechnology Journal,11:(6): 717-733.

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• [127]
  

  2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2631956

  Rückert, C.; Szczepanowski, R.; Albersmeier, A.; Goesmann, A.; Iftime, D.; Musiol, E. M.; Blin, K.; Wohlleben, W.; Pühler, A.; Kalinowski, J.; Weber, T. (2013): Complete genome sequence of the kirromycin producer Streptomyces collinus Tü 365 consisting of a linear chromosome and two linear plasmids Journal of Biotechnology,168:(4): 739-740.

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• [126]
  

  2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2566922

  Jünemann, S.; Sedlazeck, F. J.; Prior, K.; Albersmeier, A.; John, U.; Kalinowski, J.; Mellmann, A.; Goesmann, A.; von Haeseler, A.; Stoye, J.; Harmsen, D. (2013): Updating benchtop sequencing performance comparison Nature Biotechnology,31:(4): 294-296.

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• [125]
  

  2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2557938

  Mann, R. A.; Smits, T. H. M.; Bühlmann, A.; Blom, J.; Goesmann, A.; Frey, J. E.; Plummer, K. M.; Beer, S. V.; Luck, J.; Duffy, B.; Rodoni, B. (2013): Comparative Genomics of 12 Strains of Erwinia amylovora Identifies a Pan-Genome with a Large Conserved Core PLOS ONE,8:(2):e55644

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• [124]
  

  2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2645668

  Bogen, C.; Al-Dilaimi, A.; Albersmeier, A.; Wichmann, J.; Grundmann, M.; Rupp, O.; Lauersen, K. J.; Blifernez-Klassen, O.; Kalinowski, J.; Goesmann, A.; Mussgnug, J. H.; Kruse, O. (2013): Reconstruction of the lipid metabolism for the microalga Monoraphidium neglectum from its genome sequence reveals characteristics suitable for biofuel production BMC Genomics,14:(1):926

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• [123]
  

  2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2610129

  Kessler, N.; Bonte, A.; Langenkämper, G.; Niehaus, K.; Goesmann, A.; Nattkemper, T. W. (2013): MeltDB 2.0 - Advances of the metabolomics software system Bioinformatics,29:(19): 2452-2459.

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• [122]
  

  2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2529202

  Zakrzewski, M.; Bekel, T.; Ander, C.; Pühler, A.; Rupp, O.; Stoye, J.; Schlüter, A.; Goesmann, A. (2013): MetaSAMS - A novel software platform for taxonomic classification, functional annotation and comparative analysis of metagenome datasets Journal of Biotechnology,167:(2): 156-165.

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• [121]
  

  2013 | Konferenzbeitrag | Im Druck | PUB-ID: 2538625

  Bonte, A.; Kessler, N.; Nattkemper, T. W.; Goesmann, A.; Cecile, T.; Mäder, P.; Niehaus, K.; Langenkämper, G. (In Press): Einsatz von Protein- und Metabolit-Profiling-Methoden zur Unterscheidung von ökologischem und konventionellem Weizen.

  PUB
   
• [120]
  

  2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2517230

  Jünemann, S.; Prior, K.; Szczepanowski, R.; Harks, I.; Ehmke, B.; Goesmann, A.; Stoye, J.; Harmsen, D. (2012): Bacterial Community Shift in Treated Periodontitis Patients Revealed by Ion Torrent 16S rRNA Gene Amplicon Sequencing PLoS ONE,7:(8):e41606

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• [119]
  

  2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2500959

  Kahlke, T.; Goesmann, A.; Hjerde, E.; Willassen, N. P.; Haugen, P. (2012): Unique core genomes of the bacterial family vibrionaceae: Insights into niche adaptation and speciation BMC genomics,13:(1):179

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• [118]
  

  2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2500966

  Hain, T.; Ghai, R.; Billion, A.; Kuenne, C. T.; Steinweg, C.; Izar, B.; Mohamed, W.; Mraheil, M.; Domann, E.; Schaffrath, S.; Kärst, U.; Goesmann, A.; Oehm, S.; Pühler, A.; Merkl, R.; Vorwerk, S.; Glaser, P.; Garrido, P.; Rusniok, C.; Buchrieser, C.; Goebel, W.; Chakraborty, T. (2012): Comparative genomics and transcriptomics of lineages I, II, and III strains of Listeria monocytogenes BMC Genomics,13:(1):144

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• [117]
  

  2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2484618

  Zakrzewski, M.; Goesmann, A.; Jaenicke, S.; Jünemann, S.; Eikmeyer, F. G.; Szczepanowski, R.; Al-Soud, W. A.; Sørensen, S.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2012): Profiling of the metabolically active community from a production-scale biogas plant by means of high-throughput metatranscriptome sequencing Journal of Biotechnology,158:(4): 248-258.

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• [116]
  

  2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2500990

  Rose, M. T.; Rose, T. J.; Pariasca-Tanaka, J.; Yoshihashi, T.; Neuweger, H.; Goesmann, A.; Frei, M.; Wissuwa, M. (2012): Root metabolic response of rice (Oryza sativa L.) genotypes with contrasting tolerance to zinc deficiency and bicarbonate excess Planta,236:(4): 959-973.

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• [115]
  

  2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2490949

  Zschuttig, A.; Zimmermann, K.; Blom, J.; Goesmann, A.; Pohlmann, C.; Gunzer, F. (2012): Identification and Characterization of Microcin S, a New Antibacterial Peptide Produced by Probiotic Escherichia coli G3/10 PLoS ONE,7:(3):e33351

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• [114]
  

  2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2471858

  Ausec, L.; Zakrzewski, M.; Goesmann, A.; Schlüter, A.; Mandic-Mulec, I. (2012): Correction: bioinformatic analysis reveals high diversity of bacterial genes for laccase-like enzymes PLoS ONE,7:(1)

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• [113]
  

  2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2490535

  Heinl, S.; Wibberg, D.; Eikmeyer, F. G.; Szczepanowski, R.; Blom, J.; Linke, B.; Goesmann, A.; Grabherr, R.; Schwab, H.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2012): Insights into the completely annotated genome of Lactobacillus buchneri CD034, a strain isolated from stable grass silage Journal of Biotechnology,161:(2): 153-166.

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• [112]
  

  2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2471681

  Rademacher, A.; Zakrzewski, M.; Schlüter, A.; Schonberg, M.; Szczepanowski, R.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Klocke, M. (2012): Characterization of microbial biofilms in a thermophilic biogas system by high-throughput metagenome sequencing FEMS Microbiology Ecology,79:(3): 785-799.

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• [111]
  

  2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2513256

  Filippini, M.; Qi, W.; Blom, J.; Goesmann, A.; Smits, T. H. M.; Bagheri, H. C. (2012): Genome Sequence of Fibrella aestuarina BUZ 2T, a Filamentous Marine Bacterium Journal of bacteriology,194:(13): 3555.

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• [110]
  

  2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2498232

  Trötschel, C.; Albaum, S.; Wolff, D.; Schröder, S.; Goesmann, A.; Nattkemper, T. W.; Poetsch, A. (2012): Protein turnover quantification in a multi-labeling approach - from data calculation to evaluation Molecular & Cellular Proteomics,11:(8): 512-526.

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• [109]
  

  2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2487853

  Brankatschk, K.; Blom, J.; Goesmann, A.; Smits, T. H. M.; Duffy, B. (2012): Comparative genomic analysis of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Weltevreden foodborne strains with other serovars International journal of food microbiology,155:(3): 247-256.

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• [108]
  

  2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2474002

  Schneider, J.; Rupp, O.; Trost, E.; Jaenicke, S.; Passoth, V.; Goesmann, A.; Tauch, A.; Brinkrolf, K. (2012): Genome sequence of Wickerhamomyces anomalus DSM 6766 reveals genetic basis of biotechnologically important antimicrobial activities FEMS Yeast Research,12:(3): 382-386.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [107]
  

  2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2478526

  Hackl, M.; Jadhav, V.; Jakobi, T.; Rupp, O.; Brinkrolf, K.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Noll, T.; Borth, N.; Grillari, J. (2012): Computational identification of microRNA gene loci and precursor microRNA sequences in CHO cell lines Journal of Biotechnology,158:(3): 151-155.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [106]
  

  2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2405255

  Persicke, M.; Rückert, C.; Plassmeier, J.; Stutz, L.; Kessler, N.; Kalinowski, J.; Goesmann, A.; Neuweger, H. (2012): MSEA: metabolite set enrichment analysis in the MeltDB metabolomics software platform: metabolic profiling of Corynebacterium glutamicum as an example Metabolomics,8:(2): 310-322.

  PUB | DOI | WoS
   
• [105]
  

  2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2544774

  Schneider, J.; Andrea, H.; Blom, J.; Jaenicke, S.; Rückert, C.; Schorsch, C.; Szczepanowski, R.; Farwick, M.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Schaffer, S.; Tauch, A.; Köhler, T.; Brinkrolf, K. (2012): Draft Genome Sequence of Wickerhamomyces ciferrii NRRL Y-1031 F-60-10 Eukaryotic Cell,11:(12): 1582-1583.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [104]
  

  2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2500937

  Rezzonico, F.; Braun-Kiewnick, A.; Mann, R. A.; Rodoni, B.; Goesmann, A.; Duffy, B.; Smits, T. H. M. (2012): Lipopolysaccharide biosynthesis genes discriminate between Rubus- and Spiraeoideae-infective genotypes of Erwinia amylovora Molecular plant pathology,13:(8): 975-984.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [103]
  

  2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2501081

  De Maayer, P.; Chan, W. Y.; Rezzonico, F.; Bühlmann, A.; Venter, S. N.; Blom, J.; Goesmann, A.; Frey, J. E.; Smits, T. H. M.; Duffy, B.; Coutinho, T. A. (2012): Complete genome sequence of clinical isolate Pantoea ananatis LMG 5342 Journal of Bacteriology,194:(6): 1615-1616.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC | GenBank
   
• [102]
  

  2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2529610

  Schork, S.; Schlüter, A.; Blom, J.; Schneiker-Bekel, S.; Pühler, A.; Goesmann, A.; Frosch, M.; Schoen, C. (2012): Genome Sequence of a Neisseria meningitidis Capsule Null Locus Strain from the Clonal Complex of Sequence Type 198 Journal of Bacteriology,194:(18): 5144-5145.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [101]
  

  2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2526281

  Zischka, M.; Kuenne, C.; Blom, J.; Dabrowski, P. W.; Linke, B.; Hain, T.; Nitsche, A.; Goesmann, A.; Larsen, J.; Jensen, L. B.; Witte, W.; Werner, G. (2012): Complete Genome Sequence of the Porcine Isolate Enterococcus faecalis D32 Journal of Bacteriology,194:(19): 5490-5491.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [100]
  

  2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2500946

  Mann, R. A.; Blom, J.; Bühlmann, A.; Plummer, K. M.; Beer, S. V.; Luck, J. E.; Goesmann, A.; Frey, J. E.; Rodoni, B. C.; Duffy, B.; Smits, T. H. M. (2012): Comparative analysis of the Hrp pathogenicity island of Rubus- and Spiraeoideae-infecting Erwinia amylovora strains identifies the IT region as a remnant of an integrative conjugative element Gene,504:(1): 6-12.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [99]
  

  2011 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2453768

  Becker, J.; Timmermann, C.; Jakobi, T.; Rupp, O.; Szczepanowski, R.; Hackl, M.; Goesmann, A.; Tauch, A.; Borth, N.; Grillari, J.; Pühler, A.; Noll, T.; Brinkrolf, K. (2011): Next-generation sequencing of the CHO cell transcriptome, In: Hansjörg Hauser (Hrsg.), BMC Proceedings,5:(Suppl. 8): P6.

  PUB | DOI
   
• [98]
  

  2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2093398

  Brankatschk, K.; Blom, J.; Goesmann, A.; Smits, T. H. M.; Duffy, B. (2011): Genome of a European Fresh-Vegetable Food Safety Outbreak Strain of Salmonella enterica subsp enterica Serovar Weltevreden Journal of Bacteriology,193:(8): 2066.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [97]
  

  2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2003276

  Jaenicke, S.; Ander, C.; Bekel, T.; Bisdorf, R.; Dröge, M.; Gartemann, K. - H.; Jünemann, S.; Kaiser, O.; Krause, L.; Tille, F.; Zakrzewski, M.; Pühler, A.; Schlüter, A.; Goesmann, A. (2011): Comparative and Joint Analysis of Two Metagenomic Datasets from a Biogas Fermenter Obtained by 454-Pyrosequencing PLoS ONE,6:(1):e14519

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [96]
  

  2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2411830

  Ausec, L.; Zakrzewski, M.; Goesmann, A.; Schlüter, A.; Mandic-Mulec, I. (2011): Bioinformatic analysis reveals high diversity of bacterial genes for laccase-like enzymes PLoS ONE,6:(10):e25724

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [95]
  

  2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2300063

  Albaum, S.; Hahne, H.; Otto, A.; Haußmann, U.; Becher, D.; Poetsch, A.; Goesmann, A.; Nattkemper, T. W. (2011): A guide through the computational analysis of isotope-labeled mass spectrometry-based quantitative proteomics data: an application study Proteome Science,9:(1):30

  PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [94]
  

  2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2451800

  Toepel, J.; Albaum, S.; Arvidsson, S.; Goesmann, A.; La Russa, M.; Rogge, K.; Kruse, O. (2011): Construction and evaluation of a whole genome microarray of Chlamydomonas reinhardtii BMC Genomics,12:(1):579

  PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [93]
  

  2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2375634

  Pothier, J. F.; Vorhölter, F. - J.; Blom, J.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Smits, T. H.; Duffy, B. (2011): The ubiquitous plasmid pXap41 in the invasive phytopathogen Xanthomonas arboricola pv. pruni: complete sequence and comparative genomic analysis FEMS Microbiology Letters,323:(1): 52-60.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [92]
  

  2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2354731

  Wibberg, D.; Blom, J.; Jaenicke, S.; Kollin, F.; Rupp, O.; Scharf, B.; Schneiker-Bekel, S.; Szczepanowski, R.; Goesmann, A.; Setubal, J. C.; Schmitt, R.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2011): Complete genome sequencing of Agrobacterium sp. H13-3, the former Rhizobium lupini H13-3, reveals a tripartite genome consisting of a circular and a linear chromosome and an accessory plasmid but lacking a tumor-inducing Ti-plasmid Journal of Biotechnology,155:(1): 50-62.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [91]
  

  2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2317371

  Küberl, A.; Schneider, J.; Thallinger, G. G.; Anderl, I.; Wibberg, D.; Hajek, T.; Jaenicke, S.; Brinkrolf, K.; Goesmann, A.; Szczepanowski, R.; Pühler, A.; Schwab, H.; Glieder, A.; Pichler, H. (2011): High-quality genome sequence of Pichia pastoris CBS7435 Journal of Biotechnology,154:(4): 312-320.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [90]
  

  2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2396576

  Becker, J.; Hackel, M.; Jakobi, T.; Rupp, O.; Schneider, J.; Szczepanowski, R.; Bekel, T.; Borth, N.; Goesmann, A.; Grillari, J.; Kaltschmidt, C.; Noll, T.; Pühler, A.; Tauch, A.; Brinkrolf, K. (2011): Unraveling the Chinese hamster ovary cell line transcriptome by next-generation sequencing Journal of Biotechnology,156:(3): 227-235.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [89]
  

  2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2289576

  Thomas, V.; Bertelli, C.; Collyn, F.; Casson, N.; Telenti, A.; Goesmann, A.; Croxatto, A.; Greub, G. (2011): Lausannevirus, a giant amoebal virus encoding histone doublets Environmental Microbiology,13:(6): 1454-1466.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [88]
  

  2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2326445

  Schneider, J.; Blom, J.; Jaenicke, S.; Linke, B.; Brinkrolf, K.; Neuweger, H.; Tauch, A.; Goesmann, A. (2011): RAPYD - Rapid Annotation Platform for Yeast Data Journal of Biotechnology,155:(1): 118-126.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [87]
  

  2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2447730

  Gonzalez, J. M.; Pinhassi, J.; Fernández-Gómez, B.; Coll-Llado, M.; Gonzalez-Velazquez, M.; Puigbo, P.; Jaenicke, S.; Gomez-Consarnau, L.; Fernandez-Guerra, A.; Goesmann, A.; Pedros-Alio, C. (2011): Genomics of the proteorhodopsin-containing marine flavobacterium Dokdonia sp. MED134 Applied and Environmental Microbiology,77:(24): 8676-8686.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [86]
  

  2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2307104

  Smits, T. H. M.; Rezzonico, F.; Kamber, T.; Blom, J.; Goesmann, A.; Ishimaru, C. A.; Frey, J. E.; Stockwell, V. O.; Duffy, B. (2011): Metabolic Versatility and Antibacterial Metabolite Biosynthesis Are Distinguishing Genomic Features of the Fire Blight Antagonist Pantoea vagans C9-1 PLoS ONE,6:(7):e22247

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [85]
  

  2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2326455

  Krol, E.; Blom, J.; Winnebald, J.; Berhoerster, A.; Barnett, M. J.; Goesmann, A.; Baumbach, J.; Becker, A. (2011): RhizoRegNet-A database of rhizobial transcription factors and regulatory networks Journal of Biotechnology,155:(1): 127-134.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [84]
  

  2011 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2397780

  Doppmeier, D.; Stracke, R.; Lutter, P.; Goesmann, A.; Niehaus, K.; Weisshaar, B. (2011): Using the GUS Reporter Gene for Quantitative Studies of Promotor Activity in A.thaliana Seedlings. S. 218.

  PUB
   
• [83]
  

  2011 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2447751

  Jaenicke, S.; Zakrzewski, M.; Jünemann, S.; Pühler, A.; Goesmann, A.; Schlüter, A. (2011): Analysis of the Metagenome from a Biogas-Producing Microbial Community by Means of Bioinformatics Methods. In: Frans J. de Bruijn (Hrsg.): Handbook of Molecular Microbial Ecology II: Metagenomics in Different Habitats. Hoboken, NJ, USA: Wiley-Blackwell. S. 403-414.

  PUB | DOI
   
• [82]
  

  2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2290032

  Joseph, B.; Schwarz, R. F.; Linke, B.; Blom, J.; Becker, A.; Claus, H.; Goesmann, A.; Frosch, M.; Mueller, T.; Vogel, U.; Schoen, C. (2011): Virulence Evolution of the Human Pathogen Neisseria meningitidis by Recombination in the Core and Accessory Genome PLoS ONE,6:(4):e18441

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [81]
  

  2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2093389

  Schoen, C.; Weber-Lehmann, J.; Blom, J.; Joseph, B.; Goesmann, A.; Strittmatter, A.; Frosch, M. (2011): Whole-Genome Sequence of the Transformable Neisseria meningitidis Serogroup A Strain WUE2594 Journal of Bacteriology,193:(8): 2064-2065.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [80]
  

  2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2289902

  De Gregoris, T. B.; Rupp, O.; Klages, S.; Knaust, F.; Bekel, T.; Kube, M.; Burgess, J. G.; Arnone, M. I.; Goesmann, A.; Reinhardt, R.; Clare, A. S. (2011): Deep sequencing of naupliar-, cyprid- and adult-specific normalised Expressed Sequence Tag (EST) libraries of the acorn barnacle Balanus amphitrite Biofouling,27:(4): 367-374.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [79]
  

  2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2289952

  Blom, J.; Jakobi, T.; Doppmeier, D.; Jaenicke, S.; Kalinowski, J.; Stoye, J.; Goesmann, A. (2011): Exact and complete short-read alignment to microbial genomes using Graphics Processing Unit programming Bioinformatics,27:(10): 1351-1358.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [78]
  

  2011 | Zeitschriftenaufsatz | Im Druck | PUB-ID: 2017892

  Schneiker-Bekel, S.; Wibberg, D.; Bekel, T.; Blom, J.; Linke, B.; Neuweger, H.; Stiens, M.; Vorhölter, F. - J.; Weidner, S.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Schlüter, A. (In Press): The complete genome sequence of the dominant Sinorhizobium meliloti field isolate SM11 extends the S. meliloti pan-genome Journal of Biotechnology,155:(1): 20-33.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [77]
  

  2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2087955

  Hackl, M.; Jakobi, T.; Blom, J.; Doppmeier, D.; Brinkrolf, K.; Szczepanowski, R.; Bernhart, S. H.; Höner zu Siederdissen, C.; Bort, J. A. H.; Wieser, M.; Kunert, R.; Jeffs, S.; Hofacker, I. L.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Borth, N.; Grillari, J. (2011): Next-generation sequencing of the Chinese hamster ovary microRNA transcriptome: Identification, annotation and profiling of microRNAs as targets for cellular engineering Journal of Biotechnology,153:(1-2): 62-75.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [76]
  

  2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2036058

  Margaret, I.; Becker, A.; Blom, J.; Bonilla, I.; Goesmann, A.; Göttfert, M.; Lloret, J.; Mittard-Runte, V.; Rückert, C.; Ruiz-Sainz, J. - E.; Vinardell, J. M.; Weidner, S. (2011): Symbiotic properties and first analyses of the genomic sequence of the fast growing model strain Sinorhizobium fredii HH103 nodulating soybean Journal of Biotechnology,155:(1): 11-19.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [75]
  

  2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2093578

  Linke, B.; Giegerich, R.; Goesmann, A. (2011): Conveyor: a workflow engine for bioinformatic analyses Bioinformatics,27:(7): 903-911.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [74]
  

  2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1966439

  Trost, E.; Ott, L.; Schneider, J.; Schröder, J.; Jaenicke, S.; Goesmann, A.; Husemann, P.; Stoye, J.; Alves Dorella, F.; Souza Rocha, F.; de Castro Soares, S.; D'Afonseca, V.; Miyoshi, A.; Ruiz, J.; Silva, A.; Azevedo, V.; Burkovski, A.; Guiso, N.; Join-Lambert, O. F.; Kayal, S.; Tauch, A. (2010): The complete genome sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis FRC41 isolated from a 12-year-old girl with necrotizing lymphadenitis reveals insights into gene-regulatory networks contributing to virulence BMC Genomics,11:(1):728

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [73]
  

  2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1794039

  Kuenne, C.; Voget, S.; Pischimarov, J.; Oehm, S.; Goesmann, A.; Daniel, R.; Hain, T.; Chakraborty, T. (2010): Comparative Analysis of Plasmids in the Genus Listeria PLOS ONE,5:(9):e12511

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [72]
  

  2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1795508

  Bertelli, C.; Collyn, F.; Croxatto, A.; Rückert, C.; Polkinghorne, A.; Kebbi-Beghdadi, C.; Goesmann, A.; Vaughan, L.; Greub, G. (2010): The Waddlia Genome: A Window into Chlamydial Biology PLOS ONE,5:(5):e10890

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [71]
  

  2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1795628

  Smits, T. H. M.; Rezzonico, F.; Pelludat, C.; Goesmann, A.; Frey, J. E.; Duffy, B. (2010): Genomic and phenotypic characterization of a nonpigmented variant of Pantoea vagans biocontrol strain C9-1 lacking the 530-kb megaplasmid pPag3 FEMS MICROBIOLOGY LETTERS,308:(1): 48-54.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [70]
  

  2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1929692

  Schneider, J.; Vorhölter, F. - J.; Trost, E.; Blom, J.; Musa, Y. R.; Neuweger, H.; Niehaus, K.; Schatschneider, S.; Tauch, A.; Goesmann, A. (2010): CARMEN - Comparative Analysis and in silico Reconstruction of organism-specific MEtabolic Networks Genetics and Molecular Research,9:(3): 1660-1672.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [69]
  

  2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1785275

  Trost, E.; Götker, S.; Schneider, J.; Schneiker-Bekel, S.; Szczepanowski, R.; Tilker, A.; Viehöver, P.; Arnold, W.; Bekel, T.; Blom, J.; Gartemann, K. - H.; Linke, B.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Shukla, S. K.; Tauch, A. (2010): Complete genome sequence and lifestyle of black-pigmented Corynebacterium aurimucosum ATCC 700975 (formerly C. nigricans CN-1) isolated from a vaginal swab of a woman with spontaneous abortion BMC Genomics,11:(1):91

  PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [68]
  

  2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1785504

  Yang, I.; John, U.; Beszteri, S.; Glöckner, G.; Krock, B.; Goesmann, A.; Cembella, A. D. (2010): Comparative gene expression in toxic versus non-toxic strains of the marine dinoflagellate Alexandrium minutum BMC Genomics,11:(1):248

  PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [67]
  

  2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1796445

  Smits, T. H. M.; Rezzonico, F.; Kamber, T.; Blom, J.; Goesmann, A.; Frey, J. E.; Duffy, B. (2010): Complete Genome Sequence of the Fire Blight Pathogen Erwinia amylovora CFBP 1430 and Comparison to Other Erwinia spp. MOLECULAR PLANT-MICROBE INTERACTIONS,23:(4): 384-393.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [66]
  

  2010 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1894907

  Mittard-Runte, V.; Bekel, T.; Blom, J.; Dondrup, M.; Henckel, K.; Jaenicke, S.; Krause, L.; Linke, B.; Neuweger, H.; Schneiker-Bekel, S.; Goesmann, A. (2010): Practical Guide: Genomic Techniques and How to Apply Them to Marine Questions. In: J. Mark Cock; Kristin Tessmar-Raible; Catherine Boyen; Frédérique Viard (Hrsg.): Introduction to Marine Genomics (Advances in Marine Genomics). Netherlands: Springer Netherlands. (1). S. 315-396.

  PUB | DOI
   
• [65]
  

  2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1796644

  Smits, T. H. M.; Jaenicke, S.; Rezzonico, F.; Kamber, T.; Goesmann, A.; Frey, J. E.; Duffy, B. (2010): Complete genome sequence of the fire blight pathogen Erwinia pyrifoliae DSM 12163(T) and comparative genomic insights into plant pathogenicity BMC Genomics,11:(1):2

  PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [64]
  

  2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1785579

  Farnbacher, M.; Jahns, T.; Willrodt, D.; Daniel, R.; Haas, R.; Goesmann, A.; Kurtz, S.; Rieder, G. (2010): Sequencing, annotation, and comparative genome analysis of the gerbil-adapted Helicobacter pylori strain B8 BMC Genomics,11:(1):335

  PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [63]
  

  2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1588692

  Steinweg, C.; Kuenne, C. T.; Billion, A.; Mraheil, M. A.; Domann, E.; Ghai, R.; Barbuddhe, S. B.; Kaerst, U.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Weisshaar, B.; Wehland, J.; Lampidis, R.; Kreft, J.; Goebel, W.; Chakraborty, T.; Hain, T. (2010): Complete Genome Sequence of Listeria seeligeri, a Nonpathogenic Member of the Genus Listeria Journal of Bacteriology,192:(5): 1473-1474.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [62]
  

  2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1894319

  Henckel, K.; Küster, H.; Stutz, L.; Goesmann, A. (2010): MediPlEx - a tool to combine in silico and experimental gene expression profiles of the model legume Medicago truncatula. BMC Research Notes,3:(1):262

  PUB | PDF | DOI | PubMed | Europe PMC
   
• [61]
  

  2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1968262

  Smits, T. H. M.; Rezzonico, F.; Kamber, T.; Goesmann, A.; Ishimaru, C. A.; Stockwell, V. O.; Frey, J. E.; Duffy, B. (2010): Genome Sequence of the Biocontrol Agent Pantoea vagans Strain C9-1 Journal of Bacteriology,192:(24): 6486-6487.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [60]
  

  2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1990186

  Gehlenborg, N.; O'Donoghue, S. I.; Baliga, N. S.; Goesmann, A.; Hibbs, M. A.; Kitano, H.; Kohlbacher, O.; Neuweger, H.; Schneider, R.; Tenenbaum, D.; Gavin, A. - C. (2010): Visualization of omics data for systems biology Nat Methods,7:(3s): S56-S68.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [59]
  

  2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1930110

  Joseph, B.; Schneiker-Bekel, S.; Schramm-Glueck, A.; Blom, J.; Claus, H.; Linke, B.; Schwarz, R. F.; Becker, A.; Goesmann, A.; Frosch, M.; Schoen, C. (2010): Comparative Genome Biology of a Serogroup B Carriage and Disease Strain Supports a Polygenic Nature of Meningococcal Virulence JOURNAL OF BACTERIOLOGY,192:(20): 5363-5377.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [58]
  

  2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1634097

  Strittmatter, A. W.; Liesegang, H.; Rabus, R.; Decker, I.; Amann, J.; Andres, S.; Henne, A.; Fricke, W. F.; Martinez-Arias, R.; Bartels, D.; Goesmann, A.; Krause, L.; Pühler, A.; Klenk, H. - P.; Richter, M.; Schueler, M.; Gloeckner, F. O.; Meyerdierks, A.; Gottschalk, G.; Amann, R. (2009): Genome sequence of Desulfobacterium autotrophicum HRM2, a marine sulfate reducer oxidizing organic carbon completely to carbon dioxide ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY,11:(5): 1038-1055.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [57]
  

  2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2397394

  Goesmann, A.; Schneider, J.; Trost, E.; Tauch, A. (2009): Entschlüsselung mikrobieller Genomsequenzen im Schnellverfahren BIOspektrum,15:(3): 279-281.

  PUB
   
• [56]
  

  2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783022

  Krawczyk, J.; Goesmann, A.; Nolte, R.; Werber, M.; Weisshaar, B. (2009): Trace2PS and FSA2PS: two software toolkits for converting trace and fsa files to PostScript format Source Code for Biology and Medicine,4:(1): 4.

  PUB | PDF | DOI | PubMed | Europe PMC
   
• [55]
  

  2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783813

  Neuweger, H.; Persicke, M.; Albaum, S.; Bekel, T.; Dondrup, M.; Hüser, A. T.; Winnebald, J.; Schneider, J.; Kalinowski, J.; Goesmann, A. (2009): Visualizing post genomics data-sets on customized pathway maps by ProMeTra – aeration-dependent gene expression and metabolism of Corynebacterium glutamicum as an example BMC Systems Biology,3:(1):82

  PUB | PDF | DOI | PubMed | Europe PMC
   
• [54]
  

  2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783187

  Blom, J.; Albaum, S.; Doppmeier, D.; Pühler, A.; Vorhölter, F. - J.; Zakrzewski, M.; Goesmann, A. (2009): EDGAR: a software framework for the comparative analysis of prokaryotic genomes BMC Bioinformatics,10:(1):154

  PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [53]
  

  2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1635300

  Henckel, K.; Runte, K. J.; Bekel, T.; Dondrup, M.; Jakobi, T.; Küster, H.; Goesmann, A. (2009): TRUNCATULIX - a data warehouse for the legume community BMC Plant Biology,9:(1): 19.

  PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [52]
  

  2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1634467

  Becker, A.; Barnett, M. J.; Capela, D.; Dondrup, M.; Kamp, P. - B.; Krol, E.; Linke, B.; Rüberg, S.; Runte, K.; Schroeder, B. K.; Weidner, S.; Yurgel, S. N.; Batut, J.; Long, S. R.; Pühler, A.; Goesmann, A. (2009): A portal for rhizobial genomes: RhizoGATE integrates a Sinorhizobium meliloti genome annotation update with postgenome data JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY,140:(1-2): 45-50.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [51]
  

  2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1635314

  Diaz, N. N.; Krause, L.; Goesmann, A.; Niehaus, K.; Nattkemper, T. W. (2009): TACOA - Taxonomic classification of environmental genomic fragments using a kernelized nearest neighbor approach BMC Bioinformatics,10:(1): 56.

  PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [50]
  

  2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1635321

  Dondrup, M.; Albaum, S.; Griebel, T.; Henckel, K.; Jünemann, S.; Kahlke, T.; Kleindt, C. K.; Kuester, H.; Linke, B.; Mertens, D.; Mittard-Runte, V.; Neuweger, H.; Runte, K. J.; Tauch, A.; Tille, F.; Pühler, A.; Goesmann, A. (2009): EMMA 2-A MAGE-compliant system for the collaborative analysis and integration of microarray data BMC Bioinformatics,10:(1):50

  PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [49]
  

  2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589098

  Gerlach, W.; Jünemann, S.; Tille, F.; Goesmann, A.; Stoye, J. (2009): WebCARMA: a web application for the functional and taxonomic classification of unassembled metagenomic reads BMC Bioinformatics,10:(1): 430.

  PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [48]
  

  2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589531

  Albaum, S.; Neuweger, H.; Fraenzel, B.; Lange, S.; Mertens, D.; Troetschel, C.; Wolters, D.; Kalinowski, J.; Nattkemper, T. W.; Goesmann, A. (2009): Qupe-a Rich Internet Application to take a step forward in the analysis of mass spectrometry-based quantitative proteomics experiments Bioinformatics,25:(23): 3128-3134.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [47]
  

  2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589936

  Wegmann, U.; Overweg, K.; Horn, N.; Goesmann, A.; Narbad, A.; Gasson, M. J.; Shearman, C. (2009): Complete Genome Sequence of Lactobacillus johnsonii FI9785, a Competitive Exclusion Agent against Pathogens in Poultry JOURNAL OF BACTERIOLOGY,191:(22): 7142-7143.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [46]
  

  2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1634447

  Bekel, T.; Henckel, K.; Küster, H.; Meyer, F.; Mittard-Runte, V.; Neuweger, H.; Paarmann, D.; Rupp, O.; Zakrzewski, M.; Pühler, A.; Stoye, J.; Goesmann, A. (2009): The Sequence Analysis and Management System - SAMS-2.0: Data management and sequence analysis adapted to changing requirements from traditional sanger sequencing to ultrafast sequencing technologies Journal of Biotechnology,140:(1-2): 3-12.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [45]
  

  2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1634461

  Dondrup, M.; Hueser, A. T.; Mertens, D.; Goesmann, A. (2009): An evaluation framework for statistical tests on microarray data JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY,140:(1-2): 18-26.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [44]
  

  2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783292

  Gross, R.; Guzman, C. A.; Sebaihia, M.; Martins dos Santos, V. A. P.; Pieper, D. H.; Koebnik, R.; Lechner, M.; Bartels, D.; Buhrmester, J.; Choudhuri, J. V.; Ebensen, T.; Gaigalat, L.; Herrmann, S.; Khachane, A. N.; Larisch, C.; Link, S.; Linke, B.; Meyer, F.; Mormann, S.; Nakunst, D.; Rückert, C.; Schneiker-Bekel, S.; Schulze, K.; Vorhölter, F. - J.; Yevsa, T.; Engle, J. T.; Goldman, W. E.; Pühler, A.; Göbel, U. B.; Goesmann, A.; Blöcker, H.; Kaiser, O.; Martinez-Arias, R. (2008): The missing link: Bordetella petrii is endowed with both the metabolic versatility of environmental bacteria and virulence traits of pathogenic Bordetellae BMC Genomics,9:(1):449

  PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [43]
  

  2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1636699

  Neuweger, H.; Albaum, S.; Dondrup, M.; Persicke, M.; Watt, T.; Niehaus, K.; Stoye, J.; Goesmann, A. (2008): MeltDB: a software platform for the analysis and integration of metabolomics experiment data Bioinformatics,24:(23): 2726-2732.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [42]
  

  2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1592024

  Vorhölter, F. - J.; Schneiker-Bekel, S.; Goesmann, A.; Krause, L.; Bekel, T.; Kaiser, O.; Linke, B.; Patschkowski, T.; Rückert, C.; Schmid, J.; Sidhu, V. K.; Sieber, V.; Tauch, A.; Watt, S. A.; Weisshaar, B.; Becker, A.; Niehaus, K.; Pühler, A. (2008): The genome of Xanthomonas campestris pv. campestris B 100 and its use for the reconstruction of metabolic pathways involved in xanthan biosynthesis Journal of Biotechnology,134:(1-2): 33-45.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [41]
  

  2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1592257

  Schoen, C.; Blom, J.; Claus, H.; Schramm-Glueck, A.; Brandt, P.; Mueller, T.; Goesmann, A.; Joseph, B.; Konietzny, S.; Kurzai, O.; Schmitt, C.; Friedrich, T.; Linke, B.; Vogel, U.; Frosch, M. (2008): Whole-genome comparison of disease and carriage strains provides insights into virulence evolution in Neisseria meningitidis PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA,105:(9): 3473-3478.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC | GenBank
   
• [40]
  

  2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1586009

  Krause, L.; Diaz, N. N.; Edwards, R. A.; Gartemann, K. - H.; Krömeke, H.; Neuweger, H.; Pühler, A.; Runte, K. J.; Schlüter, A.; Stoye, J.; Szczepanowski, R.; Tauch, A.; Goesmann, A. (2008): Taxonomic composition and gene content of a methane-producing microbial community isolated from a biogas reactor JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY,136:(1-2): 91-101.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [39]
  

  2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1585956

  Stiens, M.; Becker, A.; Bekel, T.; Gödde, V.; Goesmann, A.; Niehaus, K.; Schneiker-Bekel, S.; Selbitschka, W.; Weidner, S.; Schlüter, A.; Pühler, A. (2008): Comparative genomic hybridisation and ultrafast pyrosequencing revealed remarkable differences between the Sinorhizobium meliloti genomes of the model strain Rm1021 and the field isolate SM11 Journal of Biotechnology,136:(1-2): 31-37.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [38]
  

  2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1585987

  Schlüter, A.; Bekel, T.; Diaz, N. N.; Dondrup, M.; Eichenlaub, R.; Gartemann, K. - H.; Krahn, I.; Krause, L.; Kroemeke, H.; Kruse, O.; Mussgnug, J. H.; Neuweger, H.; Niehaus, K.; Pühler, A.; Runte, K. J.; Szczepanowski, R.; Tauch, A.; Tilker, A.; Viehöver, P.; Goesmann, A. (2008): The metagenome of a biogas-producing microbial community of a production-scale biogas plant fermenter analysed by the 454-pyrosequencing technology Journal of Biotechnology,136:(1-2): 77-90.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [37]
  

  2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1585918

  Tauch, A.; Trost, E.; Tilker, A.; Ludewig, U.; Schneiker-Bekel, S.; Goesmann, A.; Arnold, W.; Bekel, T.; Brinkrolf, K.; Brune, I.; Goetker, S.; Kalinowski, J.; Kamp, P. - B.; Lobo, F. P.; Viehöver, P.; Weisshaar, B.; Soriano, F.; Droege, M.; Pühler, A. (2008): The lifestyle of Corynebacterium urealyticum derived from its complete genome sequence established by pyrosequencing Journal of Biotechnology,136:(1-2): 11-21.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [36]
  

  2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1586785

  Oehm, S.; Gilbert, D.; Tauch, A.; Stoye, J.; Goesmann, A. (2008): Comparative Pathway Analyzer - a web server for comparative analysis, clustering and visualization of metabolic networks in multiple organisms NUCLEIC ACIDS RESEARCH,36:(Web Server): W433-W437.

  PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [35]
  

  2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1585939

  Tauch, A.; Schneider, J.; Szczepanowski, R.; Tilker, A.; Viehöver, P.; Gartemann, K. - H.; Arnold, W.; Blom, J.; Brinkrolf, K.; Brune, I.; Goetker, S.; Weisshaar, B.; Goesmann, A.; Droege, M.; Pühler, A. (2008): Ultrafast pyrosequencing of Corynebacterium kroppenstedtii DSM44385 revealed insights into the physiology of a lipophilic corynebacterium that lacks mycolic acids Journal of Biotechnology,136:(1-2): 22-30.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [34]
  

  2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783364

  Krause, L.; Diaz, N. N.; Goesmann, A.; Kelley, S.; Nattkemper, T. W.; Rohwer, F.; Edwards, R. A.; Stoye, J. (2008): Phylogenetic classification of short environmental DNA fragments Nucleic Acids Research,36:(7): 2230-2239.

  PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [33]
  

  2008 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2018381

  Albaum, S.; Neuweger, H.; Lange, S.; Mertens, D.; Runte, K.; Kalinowski, J.; Nattkemper, T. W.; Goesmann, A. (2008): ProSE - "Software as a Service" for Quantitative Proteomics (Poster abstract). In: HUPO 7th Annual World Congress.

  PUB
   
• [32]
  

  2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1990198

  Strauch, E.; Hammerl, J. A.; Konietzny, A.; Schneiker-Bekel, S.; Arnold, W.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Beutin, L. (2008): Bacteriophage 2851 is a prototype phage for dissemination of the Shiga toxin variant gene 2c in Escherichia coli O157:H7 Infection and Immunity,76:(12): 5466-5477.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [31]
  

  2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1631327

  Schneiker-Bekel, S.; Perlova, O.; Kaiser, O.; Gerth, K.; Alici, A.; Altmeyer, M. O.; Bartels, D.; Bekel, T.; Beyer, S.; Bode, E.; Bode, H. B.; Bolten, C. J.; Choudhuri, J. V.; Doss, S.; Elnakady, Y. A.; Frank, B.; Gaigalat, L.; Goesmann, A.; Groeger, C.; Gross, F.; Jelsbak, L.; Jelsbak, L.; Kalinowski, J.; Kegler, C.; Knauber, T.; Konietzny, S.; Kopp, M.; Krause, L.; Krug, D.; Linke, B.; Mahmud, T.; Martinez-Arias, R.; McHardy, A. C.; Merai, M.; Meyer, F.; Mormann, S.; Munoz-Dorado, J.; Perez, J.; Pradella, S.; Rachid, S.; Raddatz, G.; Rosenau, F.; Rückert, C.; Sasse, F.; Scharfe, M.; Schuster, S. C.; Suen, G.; Treuner-Lange, A.; Velicer, G. J.; Vorhölter, F. - J.; Weissman, K. J.; Welch, R. D.; Wenzel, S. C.; Whitworth, D. E.; Wilhelm, S.; Wittmann, C.; Bloecker, H.; Pühler, A.; Mueller, R. (2007): Complete genome sequence of the myxobacterium Sorangium cellulosum Nature Biotechnology,25:(11): 1281-1289.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [30]
  

  2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1631047

  Meisinger-Henschel, C.; Schmidt, M.; Lukassen, S.; Linke, B.; Krause, L.; Konietzny, S.; Goesmann, A.; Howley, P.; Chaplin, P.; Suter, M.; Hausmann, J. (2007): Genomic sequence of chorioallantois vaccinia virus Ankara, the ancestor of modified vaccinia virus Ankara JOURNAL OF GENERAL VIROLOGY,88:(12): 3249-3259.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [29]
  

  2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783754

  Neuweger, H.; Baumbach, J.; Albaum, S.; Bekel, T.; Dondrup, M.; Hüser, A. T.; Kalinowski, J.; Oehm, S.; Pühler, A.; Rahmann, S.; Weile, J.; Goesmann, A. (2007): CoryneCenter: an online resource for the integrated analysis of corynebacterial genome and transcriptome data BMC Systems Biology,1:(1):55

  PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [28]
  

  2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1593149

  Moran, M. A.; Belas, R.; Schell, M. A.; Gonzalez, J. M.; Sun, F.; Sun, S.; Binder, B. J.; Edmonds, J.; Ye, W.; Orcutt, B.; Howard, E. C.; Meile, C.; Palefsky, W.; Goesmann, A.; Ren, Q.; Paulsen, I.; Ulrich, L. E.; Thompson, L. S.; Saunders, E.; Buchan, A. (2007): Ecological genomics of marine roseobacters APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY,73:(14): 4559-4569.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [27]
  

  2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1594098

  Wegmann, U.; O'Connell-Motherwy, M.; Zomer, A.; Buist, G.; Shearman, C.; Canchaya, C.; Ventura, M.; Goesmann, A.; Gasson, M. J.; Kuipers, O. P.; van Sinderen, D.; Kok, J. (2007): Complete genome sequence of the prototype lactic acid bacterium Lactococcus lactis subsp cremoris MG1363 JOURNAL OF BACTERIOLOGY,189:(8): 3256-3270.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [26]
  

  2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1593268

  Bahl, M. I.; Hansen, L. H.; Goesmann, A.; Sorensen, S. J. (2007): The multiple antibiotic resistance IncP-1 plasmid pKJK5 isolated from a soil environment is phylogenetically divergent from members of the previously established alpha, beta and delta sub-groups PLASMID,58:(1): 31-43.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [25]
  

  2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1894739

  Küster, H.; Becker, A.; Firnhaber, C.; Hohnjec, N.; Manthey, K.; Perlick, A. M.; Bekel, T.; Dondrup, M.; Henckel, K.; Goesmann, A.; Meyer, F.; Wipf, D.; Requena, N.; Hildebrandt, U.; Hampp, R.; Nehls, U.; Krajinski, F.; Franken, P.; Pühler, A. (2007): Development of bioinformatic tools to support EST-sequencing, in silico- and microarray-based transcriptome profiling in mycorrhizal symbioses Phytochemistry,68:(1): 19-32.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [24]
  

  2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1596976

  Krause, A.; Ramakumar, A.; Bartels, D.; Battistoni, F.; Bekel, T.; Boch, J.; Boehm, M.; Friedrich, F.; Hurek, T.; Krause, L.; Linke, B.; McHardy, A. C.; Sarkar, A.; Schneiker-Bekel, S.; Syed, A. A.; Thauer, R.; Vorhölter, F. - J.; Weidner, S.; Pühler, A.; Reinhold-Hurek, B.; Kaiser, O.; Goesmann, A. (2006): Complete genome of the mutualistic, N-2-fixing grass endophyte Azoarcus sp strain BH72 Nature Biotechnology,24:(11): 1385-1391.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [23]
  

  2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1598182

  Schneiker-Bekel, S.; dos Santos, V. A. P. M.; Bartels, D.; Bekel, T.; Brecht, M.; Buhrmester, J.; Chernikova, T. N.; Denaro, R.; Ferrer, M.; Gertler, C.; Goesmann, A.; Golyshina, O. V.; Kaminski, F.; Khachane, A. N.; Lang, S.; Linke, B.; McHardy, A. C.; Meyer, F.; Nechitaylo, T.; Pühler, A.; Regenhardt, D.; Rupp, O.; Sabirova, J. S.; Selbitschka, W.; Yakimov, M. M.; Timmis, K. N.; Vorhölter, F. - J.; Weidner, S.; Kaiser, O.; Golyshin, P. N. (2006): Genome sequence of the ubiquitous hydrocarbon-degrading marine bacterium Alcanivorax borkumensis Nature Biotechnology,24:(8): 997-1004.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [22]
  

  2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1598354

  Hohnjec, N.; Henckel, K.; Bekel, T.; Gouzy, J.; Dondrup, M.; Goesmann, A.; Küster, H. (2006): Transcriptional snapshots provide insights into the molecular basis of arbuscular mycorrhiza in the model legume Medicago truncatula FUNCTIONAL PLANT BIOLOGY,33:(8): 737-748.

  PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [21]
  

  2006 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 1596017

  Schoen, C.; Claus, H.; Goesmann, A.; Mueller, T.; Brandt, P.; Otto-Karg, I.; Schramm-Glueck, A.; Vogel, U.; Frosch, M. (2006): Genome comparison of non-pathogenic and pathogenic meningococci INTERNATIONAL JOURNAL OF MEDICAL MICROBIOLOGY,296:(Suppl. 42): 134.

  PUB | WoS
   
• [20]
  

  2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1868701

  Tauch, A.; Trost, E.; Bekel, T.; Goesmann, A.; Ludewig, U.; Pühler, A. (2006): Ultrafast de novo sequencing of Corynebacterium urealyticum using the Genome Sequencer 20 System Biochemica,4: 4-6.

  PUB
   
• [19]
  

  2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1597316

  Hain, T.; Steinweg, C.; Kuenne, C. T.; Billion, A.; Ghai, R.; Chatterjee, S. S.; Domann, E.; Kaerst, U.; Goesmann, A.; Bekel, T.; Bartels, D.; Kaiser, O.; Meyer, F.; Pühler, A.; Weisshaar, B.; Wehland, J.; Liang, C.; Dandekar, T.; Lampidis, R.; Kreft, J.; Goebel, W.; Chakraborty, T. (2006): Whole-genome sequence of Listeria welshimeri reveals common steps in genome reduction with Listeria innocua as compared to Listeria monocytogenes Journal of Bacteriology,188:(23): 8299-8302.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [18]
  

  2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773302

  Bartels, D.; Kespohl, S.; Albaum, S.; Drüke, T.; Goesmann, A.; Herold, J.; Kaiser, O.; Pühler, A.; Pfeiffer, F.; Raddatz, G.; Stoye, J.; Meyer, F.; Schuster, S. C. (2005): BACCardI - a tool for the validation of genomic assemblies, assisting genome finishing and intergenome comparison Bioinformatics,21:(7): 853-859.

  PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [17]
  

  2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1601712

  Thieme, F.; Koebnik, R.; Bekel, T.; Berger, C.; Boch, J.; Buttner, D.; Caldana, C.; Gaigalat, L.; Goesmann, A.; Kay, S.; Kirchner, O.; Lanz, C.; Linke, B.; McHardy, A. C.; Meyer, F.; Mittenhuber, G.; Nies, D. H.; Niesbach-Klosgen, U.; Patschkowski, T.; Rückert, C.; Rupp, O.; Schneiker-Bekel, S.; Schuster, S. C.; Vorhölter, F. - J.; Weber, E.; Pühler, A.; Bonas, U.; Bartels, D.; Kaiser, O. (2005): Insights into genome plasticity and pathogenicity of the plant pathogenic bacterium Xanthomonas campestris pv. vesicatoria revealed by the complete genome sequence JOURNAL OF BACTERIOLOGY,187:(21): 7254-7266.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [16]
  

  2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773652

  Overbeek, R.; Begley, T.; Butler, R. M.; Choudhuri, J. V.; Chuang, H. - Y.; Cohoon, M.; Crécy-Lagard, V. de; Diaz, N. N.; Disz, T.; Edwards, R.; Fonstein, M.; Frank, E. D.; Gerdes, S.; Glass, E. M.; Goesmann, A.; Hanson, A.; Iwata-Reuyl, D.; Jensen, R.; Jamshidi, N.; Krause, L.; Kubal, M.; Larsen, N.; Linke, B.; McHardy, A. C.; Meyer, F.; Neuweger, H.; Olsen, G.; Olson, R.; Osterman, A.; Portnoy, V.; Pusch, G. D.; Rodionov, D. A.; Rückert, C.; Steiner, J.; Stevens, R.; Thiele, I.; Vassieva, O.; Ye, Y.; Zagnitko, O.; Vonstein, V. (2005): The subsystems approach to genome annotation and its use in the Project to Annotate 1000 Genomes Nucleic Acids Research,33:(17): 5691-5702.

  PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [15]
  

  2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1603317

  Tauch, A.; Kaiser, O.; Hain, T.; Goesmann, A.; Weisshaar, B.; Albersmeier, A.; Bekel, T.; Bischoff, N.; Brune, I.; Chakraborty, T.; Kalinowski, J.; Meyer, F.; Rupp, O.; Schneiker-Bekel, S.; Viehöver, P.; Pühler, A. (2005): Complete genome sequence and analysis of the multiresistant nosocomial pathogen Corynebacterium jeikeium K411, a lipid-requiring bacterium of the human skin flora Journal of Bacteriology,187:(13): 4671-4682.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC | GenBank
   
• [14]
  

  2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773644

  Goesmann, A.; Linke, B.; Bartels, D.; Dondrup, M.; Krause, L.; Neuweger, H.; Oehm, S.; Paczian, T.; Wilke, A.; Meyer, F. (2005): BRIGEP - the BRIDGE-based genome-transcriptome-proteome browser Nucleic Acids Research,33:(Web Server): W710-W716.

  PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [13]
  

  2004 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2301314

  Goesmann, A. (2004): BRIDGE : a bioinformatics software platform for the integration of heterogeneous data from genomic explorations. Bielefeld (Germany): Bielefeld University.

  PUB | PDF
   
• [12]
  

  2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1608756

  Westberg, J.; Persson, A.; Holmberg, A.; Goesmann, A.; Lundeberg, J.; Johansson, K. E.; Pettersson, B.; Uhlen, M. (2004): The genome sequence of Mycoplasma mycoides subsp mycoides SC type strain PG1(T), the causative agent of contagious bovine pleuropneumonia (CBPP) GENOME RESEARCH,14:(2): 221-227.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [11]
  

  2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1608953

  Rendulic, S.; Jagtap, P.; Rosinus, A.; Eppinger, M.; Baar, C.; Lanz, C.; Keller, H.; Lambert, C.; Evans, K. J.; Goesmann, A.; Meyer, F.; Sockett, R. E.; Schuster, S. C. (2004): A predator unmasked: Life cycle of Bdellovibrio bacteriovorus from a genomic perspective SCIENCE,303:(5658): 689-692.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [10]
  

  2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1605656

  Szczepanowski, R.; Krahn, I.; Linke, B.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2004): Antibiotic multiresistance plasmid pRSB101 isolated from a wastewater treatment plant is related to plasmids residing in phytopathogenic bacteria and carries eight different resistance determinants including a multidrug transport system Microbiology,150:(11): 3613-3630.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC | GenBank
   
• [9]
  

  2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1607424

  McHardy, A. C.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Meyer, F. (2004): Development of joint application strategies for two microbial gene finders BIOINFORMATICS,20:(10): 1622-1631.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [8]
  

  2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1609260

  Dondrup, M.; Goesmann, A.; Bartels, D.; Kalinowski, J.; Krause, L.; Linke, B.; Rupp, O.; Sczyrba, A.; Pühler, A.; Meyer, F. (2003): EMMA: a platform for consistent storage and efficient analysis of microarray data JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY,106:(2-3): 135-146.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [7]
  

  2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1609286

  Goesmann, A.; Linke, B.; Rupp, O.; Krause, L.; Bartels, D.; Dondrup, M.; McHardy, A. C.; Wilke, A.; Pühler, A.; Meyer, F. (2003): Building a BRIDGE for the integration of heterogeneous data from functional genomics into a platform for systems biology JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY,106:(2-3): 157-167.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [6]
  

  2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1609251

  Kaiser, O.; Bartels, D.; Bekel, T.; Goesmann, A.; Kespohl, S.; Pühler, A.; Meyer, F. (2003): Whole genome shotgun sequencing guided-by bioinformatics pipelines - An optimized approach for an established technique JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY,106:(2-3): 121-133.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [5]
  

  2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1609272

  Wilke, A.; Rückert, C.; Bartels, D.; Dondrup, M.; Goesmann, A.; Hüser, A. T.; Kespohl, S.; Linke, B.; Mahne, M.; McHardy, A.; Pühler, A.; Meyer, F. (2003): Bioinformatics support for high-throughput proteomics JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY,106:(2-3): 147-156.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [4]
  

  2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1612324

  Tauch, A.; Schlüter, A.; Bischoff, N.; Goesmann, A.; Meyer, F.; Pühler, A. (2003): The 79,370-bp conjugative plasmid pB4 consists of an IncP-1 beta backbone loaded with a chromate resistance transposon, the strA-strB streptomycin resistance gene pair, the oxacillinase gene bla(NPS-1), and a tripartite antibiotic efflux system of the resistance-nodulation-division family Molecular Genetics and Genomics,268:(5): 570-584.

  PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC | GenBank
   
• [3]
  

  2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773880

  Meyer, F.; Goesmann, A.; McHardy, A. C.; Bartels, D.; Bekel, T.; Clausen, J.; Kalinowski, J.; Linke, B.; Rupp, O.; Giegerich, R.; Pühler, A. (2003): GenDB - an open source genome annotation system for prokaryote genomes Nucleic Acids Research,31:(8): 2187-2195.

  PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [2]
  

  2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1895035

  Kalinowski, J.; Bathe, B.; Bartels, D.; Bischoff, N.; Bott, M.; Burkovski, A.; Dusch, N.; Eggeling, L.; Eikmanns, B. J.; Gaigalat, L.; Goesmann, A.; Hartmann, M.; Huthmacher, K.; Kramer, R.; Linke, B.; McHardy, A. C.; Meyer, F.; Mockel, B.; Pfefferle, W.; Pühler, A.; Rey, D. A.; Rückert, C.; Rupp, O.; Sahm, H.; Wendisch, V. F.; Wiegrabe, I.; Tauch, A. (2003): The complete Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 genome sequence and its impact on the production of L-aspartate-derived amino acids and vitamins Journal of Biotechnology,104:(1-3): 5-25.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC | GenBank
   
• [1]
  

  2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1615366

  Goesmann, A.; Haubrock, M.; Meyer, F.; Kalinowski, J.; Giegerich, R. (2002): PathFinder: reconstruction and dynamic visualization of metabolic pathways BIOINFORMATICS,18:(1): 124-129.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC