PUB - Publikationen an der Universität Bielefeld

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• [111]
  

  2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901460

  Löwes, B., Chauve, C., Ponty, Y., & Giegerich, R. (2017). The BRaliBase Dent – a Tale of Benchmark Design and Interpretation. Briefings in Bioinformatics, 18(2), 306-311. doi:10.1093/bib/bbw022

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• [110]
  

  2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2903044

  Gatter, T., Giegerich, R., & Saule, C. (2016). Integrating Pareto Optimization into Dynamic Programming. ALGORITHMS, 9(1), 12. doi:10.3390/a9010012

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• [109]
  

  2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2764888

  Janssen, S., & Giegerich, R. (2015). Ambivalent covariance models. BMC Bioinformatics, 16(1), 178. doi:10.1186/s12859-015-0569-1

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• [108]
  

  2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2763075

  Saule, C., & Giegerich, R. (2015). Pareto optimization in algebraic dynamic programming. Algorithms for Molecular Biology, 10(1), 22. doi:10.1186/s13015-015-0051-7

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• [107]
  

  2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2733607

  Reinkensmeier, J., & Giegerich, R. (2015). Thermodynamic matchers for the construction of the cuckoo RNA family. RNA Biology, 12(2), 197-207. doi:10.1080/15476286.2015.1017206

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• [106]
  

  2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2905757

  Giegerich, R., & Touzet, H. (2014). Modeling Dynamic Programming Problems over Sequences and Trees with Inverse Coupled Rewrite Systems. Algorithms, 7(1), 62-144. doi:10.3390/a7010062

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• [105]
  

  2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2700599

  Janssen, S., & Giegerich, R. (2014). The RNA shapes studio. Bioinformatics, 31(3), 423-425. doi:10.1093/bioinformatics/btu649

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• [104]
  

  2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2699802

  Torres-Quesada, O., Reinkensmeier, J., Schlueter, J. - P., Robledo, M., Peregrina, A., Giegerich, R., Toro, N., et al. (2014). Genome-wide profiling of Hfq-binding RNAs uncovers extensive post-transcriptional rewiring of major stress response and symbiotic regulons in Sinorhizobium meliloti. RNA Biology, 11(5), 563-579. doi:10.4161/rna.28239

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• [103]
  

  2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2681698

  Sauthoff, G., & Giegerich, R. (2014). Yield grammar analysis and product optimization in a domain-specific language for dynamic programming. Science of Computer Programming, 87, 2-22. doi:10.1016/j.scico.2013.09.011

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• [102]
  

  2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2699792

  Becker, A., Overloeper, A., Schlueter, J. - P., Reinkensmeier, J., Robledo, M., Giegerich, R., Narberhaus, F., et al. (2014). Riboregulation in plant-associated alpha-proteobacteria. RNA Biology, 11(5), 550-562. doi:10.4161/rna.29625

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• [101]
  

  2014 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901695

  Giegerich R., Hofestädt R., & Nattkemper T. W. (Eds.) (2014). German Conference on Bioinformatics 2014. GI-Edition: lecture notes in informatics, 235

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• [100]
  

  2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2584661

  Schlueter, J. - P., Reinkensmeier, J., Barnett, M. J., Lang, C., Krol, E., Giegerich, R., Long, S. R., et al. (2013). Global mapping of transcription start sites and promoter motifs in the symbiotic a-proteobacterium Sinorhizobium meliloti 1021. Bmc Genomics, 14(1), 156. doi:10.1186/1471-2164-14-156

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• [99]
  

  2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2551798

  Sauthoff, G., Mohl, M., Janssen, S., & Giegerich, R. (2013). Bellman's GAP -- a Language and Compiler for Dynamic Programming in Sequence Analysis. Bioinformatics, 29(5), 551-560. doi:10.1093/bioinformatics/btt022

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• [98]
  

  2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2645192

  Gillett, A., Bergman, P., Parsa, R., Bremges, A., Giegerich, R., & Jagodic, M. (2013). A Silent Exonic SNP in Kdm3a Affects Nucleic Acids Structure but Does Not Regulate Experimental Autoimmune Encephalomyelitis. Plos One, 8(12), e81912. doi:10.1371/journal.pone.0081912

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• [97]
  

  2013 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901275

  Löwes, B., & Giegerich, R. (2013). Avoiding Ambiguity and Assessing Uniqueness in Minisatellite Alignment. In T. Beißbarth, M. Kollmar, A. Leha, B. Morgenstern, A. - K. Schultz, S. Waack, & E. Wingender (Eds.), OpenAccess Series in Informatics (OASIcs): Vol. 34. German Conference on Bioinformatics 2013 (pp. 110-124). Dagstuhl, Germany: Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum für Informatik. doi:10.4230/OASIcs.GCB.2013.110

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• [96]
  

  2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2607289

  Schirmer, S., & Giegerich, R. (2013). Forest alignment with affine gaps and anchors, applied in RNA structure comparison. Theoretical Computer Science, 483, 51-67. doi:10.1016/j.tcs.2012.07.040

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• [95]
  

  2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2547307

  El-Kalioby, M., Abouelhoda, M., Krüger, J., Giegerich, R., Sczyrba, A., Wall, D. P., & Tonellato, P. (2012). Personalized cloud-based bioinformatics services for research and education: use cases and the elasticHPC package. BMC Bioinformatics, 13(Suppl 17), S22. doi:10.1186/1471-2105-13-S17-S22

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• [94]
  

  2012 | Sammelwerksbeitrag | PUB-ID: 2439665

  Janssen, S., & Giegerich, R. (2012). Abstract Shape Analysis of RNA. In J. Gorodkin & Z. Weinberg (Eds.), RNA Bioinformatics t.b.a. (pp. 1-35).

  PUB
   
• [93]
  

  2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2410526

  Janssen, S., Schudoma, C., Steger, G., & Giegerich, R. (2011). Lost in folding space? Comparing four variants of the thermodynamic model for RNA secondary structure prediction. BMC Bioinformatics, 12(1), 429. https://doi.org/10.1186/1471-2105-12-429

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• [92]
  

  2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2427226

  Reinkensmeier, J., Schlüter, J. - P., Giegerich, R., & Becker, A. (2011). Conservation and Occurrence of Trans-Encoded sRNAs in the Rhizobiales. GENES, 2(4), 925-956. https://doi.org/10.3390/genes2040925

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• [91]
  

  2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383357

  Giegerich, R., & Sauthoff, G. (2011). Yield grammar analysis in the Bellman's GAP compiler. Proceedings of the Eleventh Workshop on Language Descriptions, Tools and Applications (ACM)

  PUB
   
• [90]
  

  2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383363

  Schirmer, S., & Giegerich, R. (2011). Forest Alignment with Affine Gaps and Anchors. Combinatorial Pattern Matching, 104-117. https://doi.org/10.1007/978-3-642-21458-5_11

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• [89]
  

  2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2310489

  Sauthoff, G., Janssen, S., & Giegerich, R. (2011). Bellman's GAP: a declarative language for dynamic programming. Proceedings of the 13th international ACM SIGPLAN symposium on Principles and practices of declarative programming, 29-40. New York, NY, USA: ACM. https://doi.org/10.1145/2003476.2003484

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• [88]
  

  2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2003355

  Giegerich, R., & Hoener Zu Siederdissen, C. (2011). Semantics and Ambiguity of Stochastic RNA Family Models. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 8(2), 499-516. https://doi.org/10.1109/TCBB.2010.12

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• [87]
  

  2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2093578

  Linke, B., Giegerich, R., & Goesmann, A. (2011). Conveyor: a workflow engine for bioinformatic analyses. Bioinformatics, 27(7), 903-911. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr040

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• [86]
  

  2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1785512

  Bremges, A., Schirmer, S., & Giegerich, R. (2010). Fine-tuning structural RNA alignments in the twilight zone. BMC Bioinformatics, 11(1), 222. https://doi.org/10.1186/1471-2105-11-222

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• [85]
  

  2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1785497

  Schlüter, J. - P., Reinkensmeier, J., Daschkey, S., Evguenieva-Hackenberg, E., Janssen, S., Jaenicke, S., Becker, J. D., et al. (2010). A genome-wide survey of sRNAs in the symbiotic nitrogen-fixing alpha-proteobacterium Sinorhizobium meliloti. BMC Genomics, 11(1), 245. https://doi.org/10.1186/1471-2164-11-245

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• [84]
  

  2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1796697

  Brabrand, C., Giegerich, R., & Moller, A. (2010). Analyzing ambiguity of context-free grammars. SCIENCE OF COMPUTER PROGRAMMING, 75(3), 176-191. https://doi.org/10.1016/j.scico.2009.11.002

  PUB | DOI | WoS
   
• [83]
  

  2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1894008

  Theis, C., Janssen, S., & Giegerich, R. (2010). Prediction of RNA Secondary Structure Including Kissing Hairpin Motifs. In V. Moulton & M. Singh (Eds.), Lecture Notes in Bioinformatics: Vol. 6293. Algorithms in Bioinformatics. 10th international workshop (WABI 2010), proceedings (pp. 52-64). Berlin: Springer. https://doi.org/10.1007/978-3-642-15294-8_5

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• [82]
  

  2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1893946

  Janssen, S., & Giegerich, R. (2010). Faster computation of exact RNA shape probabilities. Bioinformatics, 26(5), 632-639. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq014

  PUB | Datei | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [81]
  

  2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1785581

  Abouelhoda, M., El-Kalioby, M., & Giegerich, R. (2010). WAMI: a web server for the analysis of minisatellite maps. BMC Evolutionary Biology, 10(1), 167. https://doi.org/10.1186/1471-2148-10-167

  PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [80]
  

  2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589458

  Beckstette, M., Homann, R., Giegerich, R., & Kurtz, S. (2009). Significant speedup of database searches with HMMs by search space reduction with PSSM family models. Bioinformatics, 25(24), 3251-3258. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp593

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• [79]
  

  2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383365

  Abouelhoda, M., Giegerich, R., Behzadi, B., & Steyaert, J. M. (2009). Alignment of minisatellite maps based on run-length encoding scheme. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 7(02), 287-308. https://doi.org/10.1142/S0219720009004060

  PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
   
• [78]
  

  2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383411

  Reeder, J., & Giegerich, R. (2009). RNA secondary structure analysis using the RNAshapes package. Current Protocols in Bioinformatics, 26(1), Unit12.8. https://doi.org/10.1002/0471250953.bi1208s26

  PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
   
• [77]
  

  2009 | Konferenzbeitrag | Entwurf | PUB-ID: 2383425

  Steffen, P., Giegerich, R., & Giraud, M. (Unpublished). GPU Parallization of Algebraic Dynamic Programming. Proceedings PPAM

  PUB
   
• [76]
  

  2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1634374

  Homann, R., Fleer, D., Giegerich, R., & Rehmsmeier, M. (2009). mkESA: enhanced suffix array construction tool. Bioinformatics, 25(8), 1084-1085. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp112

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [75]
  

  2008 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383382

  Abouelhoda, M. I., Giegerich, R., Behzadi, B., & Steyaert, J. M. (2008). Alignment of Minisatellite Maps: A Minimum Spanning Tree based Approach. Proceedings of the 6th Asia-Pacific Bioinformatics Conference, Series on Advances in Bioinformatics and Computational Biology, 6, 261-272. https://doi.org/10.1142/9781848161092_0028

  PUB | DOI
   
• [74]
  

  2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1784020

  Lamprecht, A. - L., Margaria, T., Steffen, B., Sczyrba, A., Hartmeier, S., & Giegerich, R. (2008). GeneFisher-P: variations of GeneFisher as processes in Bio-jETI. BMC Bioinformatics, 9(Suppl 4), S13. https://doi.org/10.1186/1471-2105-9-S4-S13

  PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [73]
  

  2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1784025

  Herold, J., Kurtz, S., & Giegerich, R. (2008). Efficient computation of absent words in genomic sequences. BMC Bioinformatics, 9(1), 167. https://doi.org/10.1186/1471-2105-9-167

  PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [72]
  

  2008 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 1587496

  Gkogkoglou, K., Mentz, A., Albersmeier, A., Kalinowski, J., & Giegerich, R. (2008). Looking for non-coding RNAs in Corynebacterium glutamicum. FEBS JOURNAL, 275(Suppl. 1), 153.

  PUB | WoS
   
• [71]
  

  2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1588303

  Sczyrba, A., Konermann, S., & Giegerich, R. (2008). Two interactive bioinformatics courses at the bielefeld university bioinformatics server. BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS, 9(3), 243-249. https://doi.org/10.1093/bib/bbm063

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [70]
  

  2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1588308

  Giegerich, R., Brazma, A., Jonassen, I., Ukkonen, E., & Vingron, M. (2008). The BREW workshop series: a stimulating experience in PhD education. Briefings in Bioinformatics, 9(3), 250-253. https://doi.org/10.1093/bib/bbn002

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [69]
  

  2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783357

  Theis, C., Reeder, J., & Giegerich, R. (2008). KnotInFrame: prediction of –1 ribosomal frameshift events. Nucleic Acids Research, 36(18), 6013-6020. https://doi.org/10.1093/nar/gkn578

  PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [68]
  

  2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1893917

  Janssen, S., Reeder, J., & Giegerich, R. (2008). Shape based indexing for faster search of RNA family databases. BMC Bioinformatics, 9(1), 131. https://doi.org/10.1186/1471-2105-9-131

  PUB | Dateien verfügbar | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [67]
  

  2007 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1593132

  Reeder, J., Reeder, J., & Giegerich, R. (2007). Locomotif: from graphical motif description to RNA motif search. Bioinformatics, Bioinformatics, 23, I392-I400. OXFORD UNIV PRESS. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btm179

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [66]
  

  2007 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383428

  Brabrand, C., Giegerich, R., & Moeller, A. (2007). Analyzing Ambiguity of Context-Free Grammars. In J. Holub & J. Žďárek (Eds.), Lecture Notes in Computer Science, 4783. Implementation and Application of Automata. 12th International Conference, CIAA 2007, July 16-18, 2007, Revised Selected Papers Springer. https://doi.org/10.1007/978-3-540-76336-9_21

  PUB | DOI
   
• [65]
  

  2007 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383462

  Hartmeier, S., Krüger, J., & Giegerich, R. (2007). Webservices and Workflows on the Bielefeld Bioinformatics Server: Practices and Problems. Proceedings

  PUB
   
• [64]
  

  2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1587974

  Reeder, J., Steffen, P., & Giegerich, R. (2007). pknotsRG: RNA pseudoknot folding including near-optimal structures and sliding windows. NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 35(Web Server), W320-W324. https://doi.org/10.1093/nar/gkm258

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• [63]
  

  2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773864

  Beckstette, M., Homann, R., Giegerich, R., & Kurtz, S. (2006). Fast index based algorithms and software for matching position specific scoring matrices. BMC Bioinformatics, 7(1), 389. https://doi.org/10.1186/1471-2105-7-389

  PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [62]
  

  2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1597065

  Baake, M., Grimm, U., & Giegerich, R. (2006). Surprises in approximating Levenshtein distances. JOURNAL OF THEORETICAL BIOLOGY, 243(2), 279-282. https://doi.org/10.1016/j.jtbi.2006.06.026

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• [61]
  

  2006 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383464

  Giegerich, R., & Steffen, P. (2006). Challenges in the Compilation of a Domain Specific Language for Dynamic Programming. Proceedings of te 2006 ACM Symposium on Applied Computing

  PUB
   
• [60]
  

  2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1902179

  Gerlach, W., & Giegerich, R. (2006). GUUGle: a utility for fast exact matching under RNA complementary rules including G-U base pairing. Bioinformatics, 22(6), 762-764. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btk041

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [59]
  

  2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1946336

  Höchsmann, T., Höchsmann, M., & Giegerich, R. (2006). Thermodynamic matchers: strengthening the significance of RNA folding energies. Comput Syst Bioinformatics Conf, 111-121. https://doi.org/10.1142/1860947573_0021

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• [58]
  

  2006 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383518

  Reeder, J., & Giegerich, R. (2006). A graphical programming system for molecular motif search. Proceedings of the 5th International Conference on Generative Programming and Component Engineering, 131-140. ACM Press.

  PUB
   
• [57]
  

  2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773871

  Seibel, P. N., Krüger, J., Hartmeier, S., Schwarzer, K., Löwenthal, K., Mersch, H., Dandekar, T., et al. (2006). XML schemas for common bioinformatic data types and their application in workflow systems. BMC Bioinformatics, 7(1), 490. https://doi.org/10.1186/1471-2105-7-490

  PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [56]
  

  2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1600726

  Malde, K., & Giegerich, R. (2006). Calculating PSSM probabilities with lazy dynamic programming. Jornal of Functional Programming, 16(01), 75-81. https://doi.org/10.1017/S0956796805005708

  PUB | DOI | WoS
   
• [55]
  

  2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773640

  Steffen, P., & Giegerich, R. (2006). Correction: Versatile and declarative dynamic programming using pair algebras. BMC Bioinformatics, 7(1), 214. https://doi.org/10.1186/1471-2105-7-214

  PUB | PDF | DOI | WoS
   
• [54]
  

  2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1597805

  Steffen, P., & Giegerich, R. (2006). Table design in dynamic programming. INFORMATION AND COMPUTATION, 204(9), 1325-1345. https://doi.org/10.1016/j.ic.2006.02.006

  PUB | DOI | WoS
   
• [53]
  

  2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1600421

  Steffen, P., Voss, B., Rehmsmeier, M., Reeder, J., & Giegerich, R. (2006). RNAshapes: an integrated RNA analysis package based on abstract shapes. Bioinformatics, 22(4), 500-503. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btk010

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  2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773637

  Voß, B., Giegerich, R., & Rehmsmeier, M. (2006). Complete probabilistic analysis of RNA shapes. BMC Biology, 4(1), 5. https://doi.org/10.1186/1741-7007-4-5

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  2006 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1598807

  Reeder, J., Höchsmann, M., Rehmsmeier, M., Voss, B., & Giegerich, R. (2006). Beyond Mfold: recent advances in RNA bioinformatics. Journal of Biotechnology, JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY, 124, 41-55. ELSEVIER SCIENCE BV. https://doi.org/10.1016/j.jbiotec.2006.01.034

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  2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773613

  Sczyrba, A., Beckstette, M., Brivanlou, A. H., Giegerich, R., & Altmann, C. R. (2005). XenDB: Full length cDNA prediction and cross species mapping in Xenopus laevis. BMC Genomics, 6(1), 123. https://doi.org/10.1186/1471-2164-6-123

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  2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1602431

  Reeder, J., & Giegerich, R. (2005). Consensus shapes: an alternative to the Sankoff algorithm for RNA consensus structure prediction. BIOINFORMATICS, 21(17), 3516-3523. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bit577

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  2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773595

  Reeder, J., Steffen, P., & Giegerich, R. (2005). Effective ambiguity checking in biosequence analysis. BMC Bioinformatics, 6(1), 153. https://doi.org/10.1186/1471-2105-6-153

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  2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773598

  Steffen, P., & Giegerich, R. (2005). Versatile and declarative dynamic programming using pair algebras. BMC Bioinformatics, 6(1), 224. https://doi.org/10.1186/1471-2105-6-224

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  2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383529

  Beckstette, M., Mailänder, J. T., Marhöfer, R. J., Sczyrba, A., Ohlebusch, E., Giegerich, R., & Selzer, P. M. (2004). Genlight: Interactive high-throughput sequence analysis and comparative genomics. Journal of Integrative Bioinformatics, 1(1), 90-107. https://doi.org/10.2390/biecoll-jib-2004-8

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  2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383561

  Sczyrba, A., Beckstette, M., Giegerich, R., & Altman, C. (2004). Identification of 10,500 Xenopus laevis Full Length Clones through EST Clustering and Sequence Analysis. In R. Giegerich & J. Stoye (Eds.), GI-Edition / Proceedings: Vol. 53. German Conference on Bioinformatics 2004 : GCB 2004, October 4 - 6, 2004, Bielefeld, Germany (pp. 6-7). Bonn: Gesellschaft für Informatik.

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  2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1607394

  Krüger, J., Sczyrba, A., Kurtz, S., & Giegerich, R. (2004). e2g: an interactive web-based server for efficiently mapping large EST and cDNA sets to genomic sequences. NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 32(Web Server), W301-W304. https://doi.org/10.1093/nar/gkh478

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  2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383543

  Beckstette, M., Strothmann, D., Homann, R., Giegerich, R., & Kurtz, S. (2004). PoSSuMsearch: Fast and Sensitive Matching of Position Specific Scoring Matrices using Enhanced Suffix Arrays. Proceedings of the German Conference on Bioinformatics, 53-64

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  2004 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918823

  Giegerich R., & Stoye J. (Eds.) (2004). Proceedings of the German Conference on Bioinformatics, GCB 2004. Lecture Notes in Informatics, P-53, 234.

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  2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1606377

  Rehmsmeier, M., Steffen, P., Höchsmann, M., & Giegerich, R. (2004). Fast and effective prediction of microRNA/target duplexes. RNA-A PUBLICATION OF THE RNA SOCIETY, 10(10), 1507-1517. https://doi.org/10.1021/rna.5248604

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  2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1606822

  Choudhuri, J. V., Schleiermacher, C., Kurtz, S., & Giegerich, R. (2004). GenAlyzer: interactive visualization of sequence similarities between entire genomes. BIOINFORMATICS, 20(12), 1964-1965. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bth161

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  2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1607419

  Voss, B., Meyer, C., & Giegerich, R. (2004). Evaluating the predictability of conformational switching in RNA. Bioinformatics, 20(10), 1573-1582. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bth129

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  2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1607656

  Giegerich, R., Meyer, C., & Steffen, P. (2004). A discipline of dynamic programming over sequence data. SCIENCE OF COMPUTER PROGRAMMING, 51(3), 215-263. https://doi.org/10.1016/j.scico.2003.12.005

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  2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1606393

  Giegerich, R., Voss, B., & Rehmsmeier, M. (2004). Abstract shapes of RNA. Nucleic Acids Research, 32(16), 4843-4851. https://doi.org/10.1093/nar/gkh779

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  2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773758

  Reeder, J., & Giegerich, R. (2004). Design, implementation and evaluation of a practical pseudoknot folding algorithm based on thermodynamics. BMC Bioinformatics, 5(1), 104. https://doi.org/10.1186/1471-2105-5-104

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  Gardner, P. P., & Giegerich, R. (2004). A comprehensive comparison of comparative RNA structure prediction approaches. BMC Bioinformatics, 5(1), 140. https://doi.org/10.1186/1471-2105-5-140

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  2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1600293

  Höchsmann, M., Voss, B., & Giegerich, R. (2004). Pure multiple RNA secondary structure alignments: A progressive profile approach. IEEE-ACM TRANSACTIONS ON COMPUTATIONAL BIOLOGY AND BIOINFORMATIOCS, 1(1), 53-62. https://doi.org/10.1109/TCBB.2004.11

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  2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773844

  Sczyrba, A., Krüger, J., Mersch, H., Kurtz, S., & Giegerich, R. (2003). RNA-related tools on the Bielefeld Bioinformatics Server. Nucleic Acids Research, 31(13), 3767-3770. https://doi.org/10.1093/nar/gkg576

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  2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383602

  Dress, A., Giegerich, R., Grünewald, S., & Wagner, H. (2003). Fibonacci-Cayley-numbers and Repetition Pattern in Genomic DNA. Annals of Combinatorics, 259-279.

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  2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918949

  Giegerich, R., & Stoye, J. (2003). Finden, fast ohne zu suchen: Indexstrukturen in der Bioinformatik. Forschung an der Universität Bielefeld, 26, 63-68.

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  Giegerich, R., Kurtz, S., & Stoye, J. (2003). Efficient implementation of lazy suffix trees. SOFTWARE-PRACTICE & EXPERIENCE, 33(11), 1035-1049. https://doi.org/10.1002/spe.535

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  2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773880

  Meyer, F., Goesmann, A., McHardy, A. C., Bartels, D., Bekel, T., Clausen, J., Kalinowski, J., et al. (2003). GenDB - an open source genome annotation system for prokaryote genomes. Nucleic Acids Research, 31(8), 2187-2195. https://doi.org/10.1093/nar/gkg312

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  2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1666680

  Höchsmann, M., Töller, T., Giegerich, R., & Kurtz, S. (2003). Local similarity in RNA secondary structures. Proc IEEE Comput Soc Bioinform Conf, 2, 159-168.

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  Giegerich, R., & Meyer, C. (2002). Algebraic Dynamic Programming. Algebraic Methodology and Software Technology, 349-364

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  Meyer, C., & Giegerich, R. (2002). Matching and significance evaluation of combined sequence-structure motifs in RNA. ZEITSCHRIFT FÜR PHYSIKALISCHE CHEMIE-INTERNATIONAL JOURNAL OF RESEARCH IN PHYSICAL CHEMISTRY & CHEMICAL PHYSICS, 216(2/2002), 193-216. https://doi.org/10.1524/zpch.2002.216.2.193

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• [25]
  

  2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1615366

  Goesmann, A., Haubrock, M., Meyer, F., Kalinowski, J., & Giegerich, R. (2002). PathFinder: reconstruction and dynamic visualization of metabolic pathways. BIOINFORMATICS, 18(1), 124-129. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/18.1.124

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  2002 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1612812

  Giegerich, R., & Steffen, P. (2002). Implementing algebraic dynamic programming in the functional and the imperative programming paradigm. In E. Boiten (Ed.), Lecture Notes in Computer Science: Vol. 2386. MATHEMATICS OF PROGRAM CONSTRUCTION (pp. 1-20). Berlin ; Heidelberg ; New York ; Barcelona ; Hong Kong ; London ; Milan ; Paris ; Tokyo: SPRINGER-VERLAG BERLIN.

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  2001 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383615

  Evers, D., & Giegerich, R. (2001). Reducing the Conformation Space in RNA Structure Prediction. Proceedings of the German Conference on Bioinformatics, 118-124

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• [22]
  

  2001 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1615460

  Fuellen, G., Wägele, J. W., & Giegerich, R. (2001). Best systematist practice transferred to molecular data. ORGANISMS DIVERSITY & EVOLUTION, 1(4), 257-272. https://doi.org/10.1078/1439-6092-00023

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• [21]
  

  2001 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1615572

  Fuellen, G., Wägele, J. W., & Giegerich, R. (2001). Minimum conflict: a divide-and-conquer approach to phylogeny estimation. BIOINFORMATICS, 17(12), 1168-1178. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/17.12.1168

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• [20]
  

  2001 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773335

  Kurtz, S., Choudhuri, J. V., Ohlebusch, E., Schleiermacher, C., Stoye, J., & Giegerich, R. (2001). REPuter: the manifold applications of repeat analysis on a genomic scale. Nucleic Acids Research, 29(22), 4633-4642. https://doi.org/10.1093/nar/29.22.4633

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• [19]
  

  2000 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383618

  Giegerich, R., & Evers, D. (2000). Bioinformatik: Jäger, Sammler und Forscher im Daten-Dschungel der Molekularbiologie. BIOforum, 1-2, 30-32.

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• [18]
  

  2000 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1618572

  Giegerich, R. (2000). Explaining and controlling ambiguity in dynamic programming. In R. Giancarlo & D. Sankoff (Eds.), Lecture Notes in Computer Science: Vol. 1848. Combinatorial Pattern Matching. 11th Annual Symposium CPM 2000, Proceedings (pp. 46-59). Berlin: Springer.

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• [17]
  

  2000 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1618574

  Giegerich, R. (2000). A systematic approach to dynamic programming in bioinformatics. BIOINFORMATICS, 16(8), 665-677. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/16.8.665

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  2000 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918988

  Kurtz, S., Ohlebusch, E., Schleiermacher, C., Stoye, J., & Giegerich, R. (2000). Computation and Visualization of Degenerate Repeats in Complete Genomes. Proc. of ISMB 2000, 228-238

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• [15]
  

  1999 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1947682

  Giegerich, R., Haase, D., & Rehmsmeier, M. (1999). Prediction and visualization of structural switches in RNA. Pac Symp Biocomput, 126-137.

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  1999 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1620435

  Giegerich, R., Kurtz, S., & Stoye, J. (1999). Efficient implementation of lazy suffix trees. Algorithm Engineering. 3rd International Workshop, WAE’99 London, UK, July 19–21, 1999 Proceedings, LNCS, 1668, 30-42. https://doi.org/10.1007/3-540-48318-7_5

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• [13]
  

  1999 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1623374

  Evers, D. J., & Giegerich, R. (1999). RNA movies: visualizing RNA secondary structure spaces. BIOINFORMATICS, 15(1), 32-37. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/15.1.32

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• [12]
  

  1998 | Konferenzbeitrag | PUB-ID: 1883741

  Lorenz, D., & Giegerich, R. (1998). ViSeL: An interactive Virtual Laboratory for DNA Sequencing. Tagungsband zum Workshop "Multimedia-Systeme" im Rahmen der GI-Jahrestagung 1998, 53-65. Magdeburg.

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• [11]
  

  1997 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383634

  Fuellen, G., & Giegerich, R. (1997). International, interdisziplinär und interaaktiv: Der VSNS-Kurs über BioComputing. Proceedings: Virtueller Campus, 77-89

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• [10]
  

  1997 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1627522

  Giegerich, R., & Kurtz, S. (1997). From Ukkonen to McCreight and Weiner: A unifying view of linear-time suffix tree construction. ALGORITHMICA, 19(3), 331-353. https://doi.org/10.1007/PL00009177

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• [9]
  

  1996 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1639486

  Grüner, W., Giegerich, R., Strothmann, D., Reidys, C., Weber, J., Hofacker, I. L., Stadler, P., et al. (1996). Analysis of RNA sequence structure maps by exhaustive enumeration .2. structures of neutral networks and shape space covering. Monatshefte für Chemie, 127(4), 375-389. https://doi.org/10.1007/BF00810882

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• [8]
  

  1996 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1639477

  Grüner, W., Giegerich, R., Strothmann, D., Reidys, C., Weber, J., Hofacker, I. L., Stadler, P., et al. (1996). Analysis of RNA sequence structure maps by exhaustive enumeration .1. Neutral networks. Monatshefte für Chemie, 127(4), 355-374. https://doi.org/10.1007/BF00810881

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• [7]
  

  1996 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1947921

  Giegerich, R., Meyer, F., & Schleiermacher, C. (1996). GeneFisher--software support for the detection of postulated genes. Proc Int Conf Intell Syst Mol Biol, 4, 68-77.

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• [6]
  

  1995 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1628987

  Giegerich, R., & Kurtz, S. (1995). A comparison of imperative and purely functional suffix tree constructions. Science of Computer Programming, SCIENCE OF COMPUTER PROGRAMMING, 25, 187-218. ELSEVIER SCIENCE BV. https://doi.org/10.1016/0167-6423(95)00003-8

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• [5]
  

  1995 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1639513

  Bütow, B., Giegerich, R., Ohlebusch, E., & Thesing, S. (1995). A new calculus for semantic matching. In M. Hermenegildo & S. D. Swierstra (Eds.), Lecture Notes in Computer Science: Vol. 982. Programming languages: implementations, logics and programs. 7th international symposium ; proceedings (pp. 81-96). Berlin: Springer.

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• [4]
  

  1992 | Report | PUB-ID: 2383632

  Giegerich, R. (1992). Embedding Sequence Analysis in the Functional Programming Paradigm - A Feasability Study (Report No. 8). Universität Bielefeld: Technische Fakultät.

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• [3]
  

  1991 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383627

  Giegerich, R., & Ohlebusch, E. (1991). An Implicit Representation of Infinite Sequences of Terms. Bulletin of the EATCS, 43, 174-182.

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• [2]
  

  1990 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1651134

  Giegerich, R. (1990). CODE SELECTION BY INVERSION OF ORDER-SORTED DERIVORS. Theoretical Computer Science, THEORETICAL COMPUTER SCIENCE, 73, 177-211. ELSEVIER SCIENCE BV. https://doi.org/10.1016/0304-3975(90)90145-8

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• [1]
  

  1990 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1651466

  Giegerich, R. (1990). ON THE STRUCTURE OF VERIFIABLE CODE GENERATOR SPECIFICATIONS. SIGPLAN NOTICES, 25(6), 1-8.

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