Robert Giegerich

PEVZ-ID
147565

111 Publikationen

Alle markieren

  • [111]
    2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901460
    Löwes, B., Chauve, C., Ponty, Y., Giegerich, R.: The BRaliBase Dent – a Tale of Benchmark Design and Interpretation. Briefings in Bioinformatics. 18, 306-311 (2017).
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [110]
    2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2903044
    Gatter, T., Giegerich, R., Saule, C.: Integrating Pareto Optimization into Dynamic Programming. ALGORITHMS. 9, : 12 (2016).
    PUB | DOI | WoS
     
  • [109]
    2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2764888 OA
    Janssen, S., Giegerich, R.: Ambivalent covariance models. BMC Bioinformatics. 16, : 178 (2015).
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [108]
    2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2763075 OA
    Saule, C., Giegerich, R.: Pareto optimization in algebraic dynamic programming. Algorithms for Molecular Biology. 10, : 22 (2015).
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [107]
    2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2733607
    Reinkensmeier, J., Giegerich, R.: Thermodynamic matchers for the construction of the cuckoo RNA family. RNA Biology. 12, 197-207 (2015).
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [106]
    2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2905757
    Giegerich, R., Touzet, H.: Modeling Dynamic Programming Problems over Sequences and Trees with Inverse Coupled Rewrite Systems. Algorithms. 7, 62-144 (2014).
    PUB | DOI
     
  • [105]
    2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2700599
    Janssen, S., Giegerich, R.: The RNA shapes studio. Bioinformatics. 31, 423-425 (2014).
    PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [104]
    2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2699802
    Torres-Quesada, O., Reinkensmeier, J., Schlueter, J.-P., Robledo, M., Peregrina, A., Giegerich, R., Toro, N., Becker, A., Jimenez-Zurdo, J.I.: Genome-wide profiling of Hfq-binding RNAs uncovers extensive post-transcriptional rewiring of major stress response and symbiotic regulons in Sinorhizobium meliloti. RNA Biology. 11, 563-579 (2014).
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [103]
    2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2681698
    Sauthoff, G., Giegerich, R.: Yield grammar analysis and product optimization in a domain-specific language for dynamic programming. Science of Computer Programming. 87, 2-22 (2014).
    PUB | DOI | WoS
     
  • [102]
    2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2699792
    Becker, A., Overloeper, A., Schlueter, J.-P., Reinkensmeier, J., Robledo, M., Giegerich, R., Narberhaus, F., Evguenieva-Hackenberg, E.: Riboregulation in plant-associated alpha-proteobacteria. RNA Biology. 11, 550-562 (2014).
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [101]
    2014 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901695
    Giegerich, R., Hofestädt, R., Nattkemper, T.W. eds: German Conference on Bioinformatics 2014. GI-Edition: lecture notes in informatics. 235, (2014).
    PUB
     
  • [100]
    2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2584661
    Schlueter, J.-P., Reinkensmeier, J., Barnett, M.J., Lang, C., Krol, E., Giegerich, R., Long, S.R., Becker, A.: Global mapping of transcription start sites and promoter motifs in the symbiotic a-proteobacterium Sinorhizobium meliloti 1021. Bmc Genomics. 14, : 156 (2013).
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [99]
    2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2551798
    Sauthoff, G., Mohl, M., Janssen, S., Giegerich, R.: Bellman's GAP -- a Language and Compiler for Dynamic Programming in Sequence Analysis. Bioinformatics. 29, 551-560 (2013).
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [98]
    2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2645192
    Gillett, A., Bergman, P., Parsa, R., Bremges, A., Giegerich, R., Jagodic, M.: A Silent Exonic SNP in Kdm3a Affects Nucleic Acids Structure but Does Not Regulate Experimental Autoimmune Encephalomyelitis. Plos One. 8, : e81912 (2013).
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [97]
    2013 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901275
    Löwes, B., Giegerich, R.: Avoiding Ambiguity and Assessing Uniqueness in Minisatellite Alignment. In: Beißbarth, T., Kollmar, M., Leha, A., Morgenstern, B., Schultz, A.-K., Waack, S., and Wingender, E. (eds.) German Conference on Bioinformatics 2013. OpenAccess Series in Informatics (OASIcs). 34, p. 110-124. Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum für Informatik, Dagstuhl, Germany (2013).
    PUB | DOI
     
  • [96]
    2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2607289
    Schirmer, S., Giegerich, R.: Forest alignment with affine gaps and anchors, applied in RNA structure comparison. Theoretical Computer Science. 483, 51-67 (2013).
    PUB | DOI | WoS
     
  • [95]
    2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2547307
    El-Kalioby, M., Abouelhoda, M., Krüger, J., Giegerich, R., Sczyrba, A., Wall, D.P., Tonellato, P.: Personalized cloud-based bioinformatics services for research and education: use cases and the elasticHPC package. BMC Bioinformatics. 13, : S22 (2012).
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [94]
    2012 | Sammelwerksbeitrag | PUB-ID: 2439665
    Janssen, S., Giegerich, R.: Abstract Shape Analysis of RNA. In: Gorodkin, J. and Weinberg, Z. (eds.) RNA Bioinformatics t.b.a. p. 1-35. (2012).
    PUB
     
  • [93]
    2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2410526 OA
    Janssen, S., Schudoma, C., Steger, G., Giegerich, R.: Lost in folding space? Comparing four variants of the thermodynamic model for RNA secondary structure prediction. BMC Bioinformatics. 12, : 429 (2011).
    PUB | PDF | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [92]
    2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2427226
    Reinkensmeier, J., Schlüter, J.-P., Giegerich, R., Becker, A.: Conservation and Occurrence of Trans-Encoded sRNAs in the Rhizobiales. GENES. 2, 925-956 (2011).
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [91]
    2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383357
    Giegerich, R., Sauthoff, G.: Yield grammar analysis in the Bellman's GAP compiler. Proceedings of the Eleventh Workshop on Language Descriptions, Tools and Applications (ACM). (2011).
    PUB
     
  • [90]
    2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383363
    Schirmer, S., Giegerich, R.: Forest Alignment with Affine Gaps and Anchors. Combinatorial Pattern Matching. 104-117 (2011).
    PUB | DOI
     
  • [89]
    2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2310489
    Sauthoff, G., Janssen, S., Giegerich, R.: Bellman's GAP: a declarative language for dynamic programming. Proceedings of the 13th international ACM SIGPLAN symposium on Principles and practices of declarative programming. p. 29-40. ACM, New York, NY, USA (2011).
    PUB | DOI | Download (ext.)
     
  • [88]
    2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2003355
    Giegerich, R., Hoener Zu Siederdissen, C.: Semantics and Ambiguity of Stochastic RNA Family Models. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 8, 499-516 (2011).
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [87]
    2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2093578
    Linke, B., Giegerich, R., Goesmann, A.: Conveyor: a workflow engine for bioinformatic analyses. Bioinformatics. 27, 903-911 (2011).
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [86]
    2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1785512 OA
    Bremges, A., Schirmer, S., Giegerich, R.: Fine-tuning structural RNA alignments in the twilight zone. BMC Bioinformatics. 11, : 222 (2010).
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [85]
    2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1785497 OA
    Schlüter, J.-P., Reinkensmeier, J., Daschkey, S., Evguenieva-Hackenberg, E., Janssen, S., Jaenicke, S., Becker, J.D., Giegerich, R., Becker, A.: A genome-wide survey of sRNAs in the symbiotic nitrogen-fixing alpha-proteobacterium Sinorhizobium meliloti. BMC Genomics. 11, : 245 (2010).
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [84]
    2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1796697
    Brabrand, C., Giegerich, R., Moller, A.: Analyzing ambiguity of context-free grammars. SCIENCE OF COMPUTER PROGRAMMING. 75, 176-191 (2010).
    PUB | DOI | WoS
     
  • [83]
    2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1894008 OA
    Theis, C., Janssen, S., Giegerich, R.: Prediction of RNA Secondary Structure Including Kissing Hairpin Motifs. In: Moulton, V. and Singh, M. (eds.) Algorithms in Bioinformatics. 10th international workshop (WABI 2010), proceedings. Lecture Notes in Bioinformatics. 6293, p. 52-64. Springer, Berlin (2010).
    PUB | Datei | DOI
     
  • [82]
    2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1893946 OA
    Janssen, S., Giegerich, R.: Faster computation of exact RNA shape probabilities. Bioinformatics. 26, 632-639 (2010).
    PUB | Datei | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [81]
    2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1785581 OA
    Abouelhoda, M., El-Kalioby, M., Giegerich, R.: WAMI: a web server for the analysis of minisatellite maps. BMC Evolutionary Biology. 10, : 167 (2010).
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [80]
    2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589458
    Beckstette, M., Homann, R., Giegerich, R., Kurtz, S.: Significant speedup of database searches with HMMs by search space reduction with PSSM family models. Bioinformatics. 25, 3251-3258 (2009).
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [79]
    2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383365
    Abouelhoda, M., Giegerich, R., Behzadi, B., Steyaert, J.M.: Alignment of minisatellite maps based on run-length encoding scheme. Journal of Bioinformatics and Computational Biology. 7, 287-308 (2009).
    PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
     
  • [78]
    2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383411
    Reeder, J., Giegerich, R.: RNA secondary structure analysis using the RNAshapes package. Current Protocols in Bioinformatics. 26, Unit12.8 (2009).
    PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
     
  • [77]
    2009 | Konferenzbeitrag | Entwurf | PUB-ID: 2383425
    Steffen, P., Giegerich, R., Giraud, M.: GPU Parallization of Algebraic Dynamic Programming. Proceedings PPAM. (Unpublished).
    PUB
     
  • [76]
    2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1634374
    Homann, R., Fleer, D., Giegerich, R., Rehmsmeier, M.: mkESA: enhanced suffix array construction tool. Bioinformatics. 25, 1084-1085 (2009).
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [75]
    2008 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383382
    Abouelhoda, M.I., Giegerich, R., Behzadi, B., Steyaert, J.M.: Alignment of Minisatellite Maps: A Minimum Spanning Tree based Approach. Proceedings of the 6th Asia-Pacific Bioinformatics Conference. Series on Advances in Bioinformatics and Computational Biology, 6. p. 261-272. (2008).
    PUB | DOI
     
  • [74]
    2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1784020 OA
    Lamprecht, A.-L., Margaria, T., Steffen, B., Sczyrba, A., Hartmeier, S., Giegerich, R.: GeneFisher-P: variations of GeneFisher as processes in Bio-jETI. BMC Bioinformatics. 9, : S13 (2008).
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [73]
    2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1784025 OA
    Herold, J., Kurtz, S., Giegerich, R.: Efficient computation of absent words in genomic sequences. BMC Bioinformatics. 9, : 167 (2008).
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [72]
    2008 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 1587496
    Gkogkoglou, K., Mentz, A., Albersmeier, A., Kalinowski, J., Giegerich, R.: Looking for non-coding RNAs in Corynebacterium glutamicum. FEBS JOURNAL. 275, 153 (2008).
    PUB | WoS
     
  • [71]
    2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1588303
    Sczyrba, A., Konermann, S., Giegerich, R.: Two interactive bioinformatics courses at the bielefeld university bioinformatics server. BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS. 9, 243-249 (2008).
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [70]
    2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1588308
    Giegerich, R., Brazma, A., Jonassen, I., Ukkonen, E., Vingron, M.: The BREW workshop series: a stimulating experience in PhD education. Briefings in Bioinformatics. 9, 250-253 (2008).
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [69]
    2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783357 OA
    Theis, C., Reeder, J., Giegerich, R.: KnotInFrame: prediction of –1 ribosomal frameshift events. Nucleic Acids Research. 36, 6013-6020 (2008).
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [68]
    2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1893917 OA
    Janssen, S., Reeder, J., Giegerich, R.: Shape based indexing for faster search of RNA family databases. BMC Bioinformatics. 9, 131 (2008).
    PUB | Dateien verfügbar | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [67]
    2007 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1593132
    Reeder, J., Reeder, J., Giegerich, R.: Locomotif: from graphical motif description to RNA motif search. Bioinformatics. Bioinformatics. 23, p. I392-I400. OXFORD UNIV PRESS (2007).
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [66]
    2007 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383428
    Brabrand, C., Giegerich, R., Moeller, A.: Analyzing Ambiguity of Context-Free Grammars. In: Holub, J. and Žďárek, J. (eds.) Implementation and Application of Automata. 12th International Conference, CIAA 2007, July 16-18, 2007, Revised Selected Papers. Lecture Notes in Computer Science, 4783. Springer (2007).
    PUB | DOI
     
  • [65]
    2007 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383462
    Hartmeier, S., Krüger, J., Giegerich, R.: Webservices and Workflows on the Bielefeld Bioinformatics Server: Practices and Problems. Proceedings. (2007).
    PUB
     
  • [64]
    2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1587974 OA
    Reeder, J., Steffen, P., Giegerich, R.: pknotsRG: RNA pseudoknot folding including near-optimal structures and sliding windows. NUCLEIC ACIDS RESEARCH. 35, W320-W324 (2007).
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [63]
    2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773864 OA
    Beckstette, M., Homann, R., Giegerich, R., Kurtz, S.: Fast index based algorithms and software for matching position specific scoring matrices. BMC Bioinformatics. 7, : 389 (2006).
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [62]
    2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1597065
    Baake, M., Grimm, U., Giegerich, R.: Surprises in approximating Levenshtein distances. JOURNAL OF THEORETICAL BIOLOGY. 243, 279-282 (2006).
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [61]
    2006 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383464
    Giegerich, R., Steffen, P.: Challenges in the Compilation of a Domain Specific Language for Dynamic Programming. Proceedings of te 2006 ACM Symposium on Applied Computing. (2006).
    PUB
     
  • [60]
    2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1902179
    Gerlach, W., Giegerich, R.: GUUGle: a utility for fast exact matching under RNA complementary rules including G-U base pairing. Bioinformatics. 22, 762-764 (2006).
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [59]
    2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1946336
    Höchsmann, T., Höchsmann, M., Giegerich, R.: Thermodynamic matchers: strengthening the significance of RNA folding energies. Comput Syst Bioinformatics Conf. 111-121 (2006).
    PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
     
  • [58]
    2006 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383518
    Reeder, J., Giegerich, R.: A graphical programming system for molecular motif search. Proceedings of the 5th International Conference on Generative Programming and Component Engineering. p. 131-140. ACM Press (2006).
    PUB
     
  • [57]
    2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773871 OA
    Seibel, P.N., Krüger, J., Hartmeier, S., Schwarzer, K., Löwenthal, K., Mersch, H., Dandekar, T., Giegerich, R.: XML schemas for common bioinformatic data types and their application in workflow systems. BMC Bioinformatics. 7, : 490 (2006).
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [56]
    2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1600726
    Malde, K., Giegerich, R.: Calculating PSSM probabilities with lazy dynamic programming. Jornal of Functional Programming. 16, 75-81 (2006).
    PUB | DOI | WoS
     
  • [55]
    2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773640 OA
    Steffen, P., Giegerich, R.: Correction: Versatile and declarative dynamic programming using pair algebras. BMC Bioinformatics. 7, : 214 (2006).
    PUB | PDF | DOI | WoS
     
  • [54]
    2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1597805
    Steffen, P., Giegerich, R.: Table design in dynamic programming. INFORMATION AND COMPUTATION. 204, 1325-1345 (2006).
    PUB | DOI | WoS
     
  • [53]
    2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1600421
    Steffen, P., Voss, B., Rehmsmeier, M., Reeder, J., Giegerich, R.: RNAshapes: an integrated RNA analysis package based on abstract shapes. Bioinformatics. 22, 500-503 (2006).
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [52]
    2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773637 OA
    Voß, B., Giegerich, R., Rehmsmeier, M.: Complete probabilistic analysis of RNA shapes. BMC Biology. 4, : 5 (2006).
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [51]
    2006 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1598807
    Reeder, J., Höchsmann, M., Rehmsmeier, M., Voss, B., Giegerich, R.: Beyond Mfold: recent advances in RNA bioinformatics. Journal of Biotechnology. JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY. 124, p. 41-55. ELSEVIER SCIENCE BV (2006).
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [50]
    2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773613 OA
    Sczyrba, A., Beckstette, M., Brivanlou, A.H., Giegerich, R., Altmann, C.R.: XenDB: Full length cDNA prediction and cross species mapping in Xenopus laevis. BMC Genomics. 6, : 123 (2005).
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [49]
    2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1602431
    Reeder, J., Giegerich, R.: Consensus shapes: an alternative to the Sankoff algorithm for RNA consensus structure prediction. BIOINFORMATICS. 21, 3516-3523 (2005).
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [48]
    2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773595 OA
    Reeder, J., Steffen, P., Giegerich, R.: Effective ambiguity checking in biosequence analysis. BMC Bioinformatics. 6, : 153 (2005).
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [47]
    2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773598 OA
    Steffen, P., Giegerich, R.: Versatile and declarative dynamic programming using pair algebras. BMC Bioinformatics. 6, : 224 (2005).
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [46]
    2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383529
    Beckstette, M., Mailänder, J.T., Marhöfer, R.J., Sczyrba, A., Ohlebusch, E., Giegerich, R., Selzer, P.M.: Genlight: Interactive high-throughput sequence analysis and comparative genomics. Journal of Integrative Bioinformatics. 1, 90-107 (2004).
    PUB | DOI
     
  • [45]
    2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383561
    Sczyrba, A., Beckstette, M., Giegerich, R., Altman, C.: Identification of 10,500 Xenopus laevis Full Length Clones through EST Clustering and Sequence Analysis. In: Giegerich, R. and Stoye, J. (eds.) German Conference on Bioinformatics 2004 : GCB 2004, October 4 - 6, 2004, Bielefeld, Germany . GI-Edition / Proceedings. 53, p. 6-7. Gesellschaft für Informatik, Bonn (2004).
    PUB
     
  • [44]
    2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1607394 OA
    Krüger, J., Sczyrba, A., Kurtz, S., Giegerich, R.: e2g: an interactive web-based server for efficiently mapping large EST and cDNA sets to genomic sequences. NUCLEIC ACIDS RESEARCH. 32, W301-W304 (2004).
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [43]
    2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383543
    Beckstette, M., Strothmann, D., Homann, R., Giegerich, R., Kurtz, S.: PoSSuMsearch: Fast and Sensitive Matching of Position Specific Scoring Matrices using Enhanced Suffix Arrays. Proceedings of the German Conference on Bioinformatics. p. 53-64. GI, Lecture Notes in Informatics (2004).
    PUB
     
  • [42]
    2004 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918823
    Giegerich, R., Stoye, J. eds: Proceedings of the German Conference on Bioinformatics, GCB 2004. Lecture Notes in Informatics. P-53, 234 (2004).
    PUB
     
  • [41]
    2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1606377
    Rehmsmeier, M., Steffen, P., Höchsmann, M., Giegerich, R.: Fast and effective prediction of microRNA/target duplexes. RNA-A PUBLICATION OF THE RNA SOCIETY. 10, 1507-1517 (2004).
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [40]
    2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1606822
    Choudhuri, J.V., Schleiermacher, C., Kurtz, S., Giegerich, R.: GenAlyzer: interactive visualization of sequence similarities between entire genomes. BIOINFORMATICS. 20, 1964-1965 (2004).
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [39]
    2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1607419
    Voss, B., Meyer, C., Giegerich, R.: Evaluating the predictability of conformational switching in RNA. Bioinformatics. 20, 1573-1582 (2004).
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [38]
    2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1607656
    Giegerich, R., Meyer, C., Steffen, P.: A discipline of dynamic programming over sequence data. SCIENCE OF COMPUTER PROGRAMMING. 51, 215-263 (2004).
    PUB | DOI | WoS
     
  • [37]
    2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1606393 OA
    Giegerich, R., Voss, B., Rehmsmeier, M.: Abstract shapes of RNA. Nucleic Acids Research. 32, 4843-4851 (2004).
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [36]
    2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773758 OA
    Reeder, J., Giegerich, R.: Design, implementation and evaluation of a practical pseudoknot folding algorithm based on thermodynamics. BMC Bioinformatics. 5, : 104 (2004).
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [35]
    2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773747 OA
    Gardner, P.P., Giegerich, R.: A comprehensive comparison of comparative RNA structure prediction approaches. BMC Bioinformatics. 5, : 140 (2004).
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [34]
    2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1600293
    Höchsmann, M., Voss, B., Giegerich, R.: Pure multiple RNA secondary structure alignments: A progressive profile approach. IEEE-ACM TRANSACTIONS ON COMPUTATIONAL BIOLOGY AND BIOINFORMATIOCS. 1, 53-62 (2004).
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [33]
    2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773844 OA
    Sczyrba, A., Krüger, J., Mersch, H., Kurtz, S., Giegerich, R.: RNA-related tools on the Bielefeld Bioinformatics Server. Nucleic Acids Research. 31, 3767-3770 (2003).
    PUB | Dateien verfügbar | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [32]
    2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383602
    Dress, A., Giegerich, R., Grünewald, S., Wagner, H.: Fibonacci-Cayley-numbers and Repetition Pattern in Genomic DNA. Annals of Combinatorics. 259-279 (2003).
    PUB
     
  • [31]
    2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918949
    Giegerich, R., Stoye, J.: Finden, fast ohne zu suchen: Indexstrukturen in der Bioinformatik. Forschung an der Universität Bielefeld. 26, 63-68 (2003).
    PUB
     
  • [30]
    2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1610397 OA
    Giegerich, R., Kurtz, S., Stoye, J.: Efficient implementation of lazy suffix trees. SOFTWARE-PRACTICE & EXPERIENCE. 33, 1035-1049 (2003).
    PUB | PDF | DOI | WoS
     
  • [29]
    2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773880 OA
    Meyer, F., Goesmann, A., McHardy, A.C., Bartels, D., Bekel, T., Clausen, J., Kalinowski, J., Linke, B., Rupp, O., Giegerich, R., Pühler, A.: GenDB - an open source genome annotation system for prokaryote genomes. Nucleic Acids Research. 31, 2187-2195 (2003).
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [28]
    2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1666680
    Höchsmann, M., Töller, T., Giegerich, R., Kurtz, S.: Local similarity in RNA secondary structures. Proc IEEE Comput Soc Bioinform Conf. 2, 159-168 (2003).
    PUB | PubMed | Europe PMC
     
  • [27]
    2002 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383608
    Giegerich, R., Meyer, C.: Algebraic Dynamic Programming. Algebraic Methodology and Software Technology. p. 349-364. Springer (2002).
    PUB
     
  • [26]
    2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1614870
    Meyer, C., Giegerich, R.: Matching and significance evaluation of combined sequence-structure motifs in RNA. ZEITSCHRIFT FÜR PHYSIKALISCHE CHEMIE-INTERNATIONAL JOURNAL OF RESEARCH IN PHYSICAL CHEMISTRY & CHEMICAL PHYSICS. 216, 193-216 (2002).
    PUB | DOI | WoS
     
  • [25]
    2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1615366
    Goesmann, A., Haubrock, M., Meyer, F., Kalinowski, J., Giegerich, R.: PathFinder: reconstruction and dynamic visualization of metabolic pathways. BIOINFORMATICS. 18, 124-129 (2002).
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [24]
    2002 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1612812
    Giegerich, R., Steffen, P.: Implementing algebraic dynamic programming in the functional and the imperative programming paradigm. In: Boiten, E. (ed.) MATHEMATICS OF PROGRAM CONSTRUCTION. Lecture Notes in Computer Science. 2386, p. 1-20. SPRINGER-VERLAG BERLIN, Berlin ; Heidelberg ; New York ; Barcelona ; Hong Kong ; London ; Milan ; Paris ; Tokyo (2002).
    PUB | WoS
     
  • [23]
    2001 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383615
    Evers, D., Giegerich, R.: Reducing the Conformation Space in RNA Structure Prediction. Proceedings of the German Conference on Bioinformatics. p. 118-124. (2001).
    PUB
     
  • [22]
    2001 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1615460
    Fuellen, G., Wägele, J.W., Giegerich, R.: Best systematist practice transferred to molecular data. ORGANISMS DIVERSITY & EVOLUTION. 1, 257-272 (2001).
    PUB | DOI | WoS
     
  • [21]
    2001 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1615572
    Fuellen, G., Wägele, J.W., Giegerich, R.: Minimum conflict: a divide-and-conquer approach to phylogeny estimation. BIOINFORMATICS. 17, 1168-1178 (2001).
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [20]
    2001 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773335 OA
    Kurtz, S., Choudhuri, J.V., Ohlebusch, E., Schleiermacher, C., Stoye, J., Giegerich, R.: REPuter: the manifold applications of repeat analysis on a genomic scale. Nucleic Acids Research. 29, 4633-4642 (2001).
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [19]
    2000 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383618
    Giegerich, R., Evers, D.: Bioinformatik: Jäger, Sammler und Forscher im Daten-Dschungel der Molekularbiologie. BIOforum. 1-2, 30-32 (2000).
    PUB
     
  • [18]
    2000 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1618572
    Giegerich, R.: Explaining and controlling ambiguity in dynamic programming. In: Giancarlo, R. and Sankoff, D. (eds.) Combinatorial Pattern Matching. 11th Annual Symposium CPM 2000, Proceedings. Lecture Notes in Computer Science. 1848, p. 46-59. Springer, Berlin (2000).
    PUB | WoS
     
  • [17]
    2000 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1618574
    Giegerich, R.: A systematic approach to dynamic programming in bioinformatics. BIOINFORMATICS. 16, 665-677 (2000).
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [16]
    2000 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918988
    Kurtz, S., Ohlebusch, E., Schleiermacher, C., Stoye, J., Giegerich, R.: Computation and Visualization of Degenerate Repeats in Complete Genomes. Proc. of ISMB 2000. p. 228-238. (2000).
    PUB | PubMed | Europe PMC
     
  • [15]
    1999 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1947682
    Giegerich, R., Haase, D., Rehmsmeier, M.: Prediction and visualization of structural switches in RNA. Pac Symp Biocomput. 126-137 (1999).
    PUB | PubMed | Europe PMC
     
  • [14]
    1999 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1620435
    Giegerich, R., Kurtz, S., Stoye, J.: Efficient implementation of lazy suffix trees. Algorithm Engineering. 3rd International Workshop, WAE’99 London, UK, July 19–21, 1999 Proceedings. LNCS. 1668, p. 30-42. (1999).
    PUB | DOI | WoS
     
  • [13]
    1999 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1623374
    Evers, D.J., Giegerich, R.: RNA movies: visualizing RNA secondary structure spaces. BIOINFORMATICS. 15, 32-37 (1999).
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [12]
    1998 | Konferenzbeitrag | PUB-ID: 1883741
    Lorenz, D., Giegerich, R.: ViSeL: An interactive Virtual Laboratory for DNA Sequencing. Tagungsband zum Workshop "Multimedia-Systeme" im Rahmen der GI-Jahrestagung 1998. p. 53-65. Magdeburg (1998).
    PUB
     
  • [11]
    1997 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383634
    Fuellen, G., Giegerich, R.: International, interdisziplinär und interaaktiv: Der VSNS-Kurs über BioComputing. Proceedings: Virtueller Campus. p. 77-89. (1997).
    PUB
     
  • [10]
    1997 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1627522
    Giegerich, R., Kurtz, S.: From Ukkonen to McCreight and Weiner: A unifying view of linear-time suffix tree construction. ALGORITHMICA. 19, 331-353 (1997).
    PUB | DOI | WoS
     
  • [9]
    1996 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1639486
    Grüner, W., Giegerich, R., Strothmann, D., Reidys, C., Weber, J., Hofacker, I.L., Stadler, P., Schuster, P.: Analysis of RNA sequence structure maps by exhaustive enumeration .2. structures of neutral networks and shape space covering. Monatshefte für Chemie. 127, 375-389 (1996).
    PUB | DOI | WoS
     
  • [8]
    1996 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1639477
    Grüner, W., Giegerich, R., Strothmann, D., Reidys, C., Weber, J., Hofacker, I.L., Stadler, P., Schuster, P.: Analysis of RNA sequence structure maps by exhaustive enumeration .1. Neutral networks. Monatshefte für Chemie. 127, 355-374 (1996).
    PUB | DOI | WoS
     
  • [7]
    1996 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1947921
    Giegerich, R., Meyer, F., Schleiermacher, C.: GeneFisher--software support for the detection of postulated genes. Proc Int Conf Intell Syst Mol Biol. 4, 68-77 (1996).
    PUB | PubMed | Europe PMC
     
  • [6]
    1995 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1628987
    Giegerich, R., Kurtz, S.: A comparison of imperative and purely functional suffix tree constructions. Science of Computer Programming. SCIENCE OF COMPUTER PROGRAMMING. 25, p. 187-218. ELSEVIER SCIENCE BV (1995).
    PUB | DOI | WoS
     
  • [5]
    1995 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1639513
    Bütow, B., Giegerich, R., Ohlebusch, E., Thesing, S.: A new calculus for semantic matching. In: Hermenegildo, M. and Swierstra, S.D. (eds.) Programming languages: implementations, logics and programs. 7th international symposium ; proceedings. Lecture Notes in Computer Science. 982, p. 81-96. Springer, Berlin (1995).
    PUB | WoS
     
  • [4]
    1992 | Report | PUB-ID: 2383632
    Giegerich, R.: Embedding Sequence Analysis in the Functional Programming Paradigm - A Feasability Study. Report No. 8. Technische Fakultät, Universität Bielefeld (1992).
    PUB
     
  • [3]
    1991 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383627
    Giegerich, R., Ohlebusch, E.: An Implicit Representation of Infinite Sequences of Terms. Bulletin of the EATCS. 43, 174-182 (1991).
    PUB
     
  • [2]
    1990 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1651134
    Giegerich, R.: CODE SELECTION BY INVERSION OF ORDER-SORTED DERIVORS. Theoretical Computer Science. THEORETICAL COMPUTER SCIENCE. 73, p. 177-211. ELSEVIER SCIENCE BV (1990).
    PUB | DOI | WoS
     
  • [1]
    1990 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1651466
    Giegerich, R.: ON THE STRUCTURE OF VERIFIABLE CODE GENERATOR SPECIFICATIONS. SIGPLAN NOTICES. 25, 1-8 (1990).
    PUB | WoS
     
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