Robert Giegerich

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147565

111 Publikationen

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  • [111]
    2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901460
    Löwes B, Chauve C, Ponty Y, Giegerich R (2017)
    The BRaliBase Dent – a Tale of Benchmark Design and Interpretation.
    Briefings in Bioinformatics 18(2): 306-311.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [110]
    2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2903044
    Gatter T, Giegerich R, Saule C (2016)
    Integrating Pareto Optimization into Dynamic Programming.
    ALGORITHMS 9(1): 12.
    PUB | DOI | WoS
     
  • [109]
    2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2764888 OA
    Janssen S, Giegerich R (2015)
    Ambivalent covariance models.
    BMC Bioinformatics 16(1): 178.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [108]
    2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2763075 OA
    Saule C, Giegerich R (2015)
    Pareto optimization in algebraic dynamic programming.
    Algorithms for Molecular Biology 10(1): 22.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [107]
    2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2733607
    Reinkensmeier J, Giegerich R (2015)
    Thermodynamic matchers for the construction of the cuckoo RNA family.
    RNA Biology 12(2): 197-207.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [106]
    2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2905757
    Giegerich R, Touzet H (2014)
    Modeling Dynamic Programming Problems over Sequences and Trees with Inverse Coupled Rewrite Systems.
    Algorithms 7(1): 62-144.
    PUB | DOI
     
  • [105]
    2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2700599
    Janssen S, Giegerich R (2014)
    The RNA shapes studio.
    Bioinformatics 31(3): 423-425.
    PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [104]
    2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2699802
    Torres-Quesada O, Reinkensmeier J, Schlueter J-P, Robledo M, Peregrina A, Giegerich R, Toro N, Becker A, Jimenez-Zurdo JI (2014)
    Genome-wide profiling of Hfq-binding RNAs uncovers extensive post-transcriptional rewiring of major stress response and symbiotic regulons in Sinorhizobium meliloti.
    RNA Biology 11(5): 563-579.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [103]
    2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2681698
    Sauthoff G, Giegerich R (2014)
    Yield grammar analysis and product optimization in a domain-specific language for dynamic programming.
    Science of Computer Programming 87: 2-22.
    PUB | DOI | WoS
     
  • [102]
    2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2699792
    Becker A, Overloeper A, Schlueter J-P, Reinkensmeier J, Robledo M, Giegerich R, Narberhaus F, Evguenieva-Hackenberg E (2014)
    Riboregulation in plant-associated alpha-proteobacteria.
    RNA Biology 11(5): 550-562.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [101]
    2014 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901695
    Giegerich R, Hofestädt R, Nattkemper TW (Eds) (2014)
    German Conference on Bioinformatics 2014.
    GI-Edition: lecture notes in informatics 235.
    PUB
     
  • [100]
    2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2584661
    Schlueter J-P, Reinkensmeier J, Barnett MJ, Lang C, Krol E, Giegerich R, Long SR, Becker A (2013)
    Global mapping of transcription start sites and promoter motifs in the symbiotic a-proteobacterium Sinorhizobium meliloti 1021.
    Bmc Genomics 14(1): 156.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [99]
    2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2551798
    Sauthoff G, Mohl M, Janssen S, Giegerich R (2013)
    Bellman's GAP -- a Language and Compiler for Dynamic Programming in Sequence Analysis.
    Bioinformatics 29(5): 551-560.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [98]
    2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2645192
    Gillett A, Bergman P, Parsa R, Bremges A, Giegerich R, Jagodic M (2013)
    A Silent Exonic SNP in Kdm3a Affects Nucleic Acids Structure but Does Not Regulate Experimental Autoimmune Encephalomyelitis.
    Plos One 8(12): e81912.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [97]
    2013 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901275
    Löwes B, Giegerich R (2013)
    Avoiding Ambiguity and Assessing Uniqueness in Minisatellite Alignment.
    In: German Conference on Bioinformatics 2013. Beißbarth T, Kollmar M, Leha A, Morgenstern B, Schultz A-K, Waack S, Wingender E (Eds); OpenAccess Series in Informatics (OASIcs), 34. Dagstuhl, Germany: Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum für Informatik: 110-124.
    PUB | DOI
     
  • [96]
    2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2607289
    Schirmer S, Giegerich R (2013)
    Forest alignment with affine gaps and anchors, applied in RNA structure comparison.
    Theoretical Computer Science 483: 51-67.
    PUB | DOI | WoS
     
  • [95]
    2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2547307
    El-Kalioby M, Abouelhoda M, Krüger J, Giegerich R, Sczyrba A, Wall DP, Tonellato P (2012)
    Personalized cloud-based bioinformatics services for research and education: use cases and the elasticHPC package.
    BMC Bioinformatics 13(Suppl 17): S22.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [94]
    2012 | Sammelwerksbeitrag | PUB-ID: 2439665
    Janssen S, Giegerich R (2012)
    Abstract Shape Analysis of RNA.
    In: RNA Bioinformatics t.b.a. Gorodkin J, Weinberg Z (Eds); 1-35.
    PUB
     
  • [93]
    2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2410526 OA
    Janssen S, Schudoma C, Steger G, Giegerich R (2011)
    Lost in folding space? Comparing four variants of the thermodynamic model for RNA secondary structure prediction.
    BMC Bioinformatics 12(1): 429.
    PUB | PDF | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [92]
    2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2427226
    Reinkensmeier J, Schlüter J-P, Giegerich R, Becker A (2011)
    Conservation and Occurrence of Trans-Encoded sRNAs in the Rhizobiales.
    GENES 2(4): 925-956.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [91]
    2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383357
    Giegerich R, Sauthoff G (2011)
    Yield grammar analysis in the Bellman's GAP compiler.
    In: Proceedings of the Eleventh Workshop on Language Descriptions, Tools and Applications (ACM). .
    PUB
     
  • [90]
    2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383363
    Schirmer S, Giegerich R (2011)
    Forest Alignment with Affine Gaps and Anchors.
    Combinatorial Pattern Matching: 104-117.
    PUB | DOI
     
  • [89]
    2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2310489
    Sauthoff G, Janssen S, Giegerich R (2011)
    Bellman's GAP: a declarative language for dynamic programming.
    In: Proceedings of the 13th international ACM SIGPLAN symposium on Principles and practices of declarative programming. New York, NY, USA: ACM: 29-40.
    PUB | DOI | Download (ext.)
     
  • [88]
    2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2003355
    Giegerich R, Hoener Zu Siederdissen C (2011)
    Semantics and Ambiguity of Stochastic RNA Family Models.
    IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 8(2): 499-516.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [87]
    2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2093578
    Linke B, Giegerich R, Goesmann A (2011)
    Conveyor: a workflow engine for bioinformatic analyses.
    Bioinformatics 27(7): 903-911.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [86]
    2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1785512 OA
    Bremges A, Schirmer S, Giegerich R (2010)
    Fine-tuning structural RNA alignments in the twilight zone.
    BMC Bioinformatics 11(1): 222.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [85]
    2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1785497 OA
    Schlüter J-P, Reinkensmeier J, Daschkey S, Evguenieva-Hackenberg E, Janssen S, Jaenicke S, Becker JD, Giegerich R, Becker A (2010)
    A genome-wide survey of sRNAs in the symbiotic nitrogen-fixing alpha-proteobacterium Sinorhizobium meliloti.
    BMC Genomics 11(1): 245.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [84]
    2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1796697
    Brabrand C, Giegerich R, Moller A (2010)
    Analyzing ambiguity of context-free grammars.
    SCIENCE OF COMPUTER PROGRAMMING 75(3): 176-191.
    PUB | DOI | WoS
     
  • [83]
    2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1894008 OA
    Theis C, Janssen S, Giegerich R (2010)
    Prediction of RNA Secondary Structure Including Kissing Hairpin Motifs.
    In: Algorithms in Bioinformatics. 10th international workshop (WABI 2010), proceedings. Moulton V, Singh M (Eds); Lecture Notes in Bioinformatics, 6293. Berlin: Springer: 52-64.
    PUB | Datei | DOI
     
  • [82]
    2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1893946 OA
    Janssen S, Giegerich R (2010)
    Faster computation of exact RNA shape probabilities.
    Bioinformatics 26(5): 632-639.
    PUB | Datei | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [81]
    2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1785581 OA
    Abouelhoda M, El-Kalioby M, Giegerich R (2010)
    WAMI: a web server for the analysis of minisatellite maps.
    BMC Evolutionary Biology 10(1): 167.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [80]
    2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589458
    Beckstette M, Homann R, Giegerich R, Kurtz S (2009)
    Significant speedup of database searches with HMMs by search space reduction with PSSM family models.
    Bioinformatics 25(24): 3251-3258.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [79]
    2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383365
    Abouelhoda M, Giegerich R, Behzadi B, Steyaert JM (2009)
    Alignment of minisatellite maps based on run-length encoding scheme.
    Journal of Bioinformatics and Computational Biology 7(02): 287-308.
    PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
     
  • [78]
    2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383411
    Reeder J, Giegerich R (2009)
    RNA secondary structure analysis using the RNAshapes package.
    Current Protocols in Bioinformatics 26(1): Unit12.8.
    PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
     
  • [77]
    2009 | Konferenzbeitrag | Entwurf | PUB-ID: 2383425
    Steffen P, Giegerich R, Giraud M (Unpublished)
    GPU Parallization of Algebraic Dynamic Programming.
    In: Proceedings PPAM. .
    PUB
     
  • [76]
    2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1634374
    Homann R, Fleer D, Giegerich R, Rehmsmeier M (2009)
    mkESA: enhanced suffix array construction tool.
    Bioinformatics 25(8): 1084-1085.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [75]
    2008 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383382
    Abouelhoda MI, Giegerich R, Behzadi B, Steyaert JM (2008)
    Alignment of Minisatellite Maps: A Minimum Spanning Tree based Approach.
    In: Proceedings of the 6th Asia-Pacific Bioinformatics Conference. Series on Advances in Bioinformatics and Computational Biology, 6, 261-272.
    PUB | DOI
     
  • [74]
    2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1784020 OA
    Lamprecht A-L, Margaria T, Steffen B, Sczyrba A, Hartmeier S, Giegerich R (2008)
    GeneFisher-P: variations of GeneFisher as processes in Bio-jETI.
    BMC Bioinformatics 9(Suppl 4): S13.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [73]
    2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1784025 OA
    Herold J, Kurtz S, Giegerich R (2008)
    Efficient computation of absent words in genomic sequences.
    BMC Bioinformatics 9(1): 167.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [72]
    2008 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 1587496
    Gkogkoglou K, Mentz A, Albersmeier A, Kalinowski J, Giegerich R (2008)
    Looking for non-coding RNAs in Corynebacterium glutamicum.
    FEBS JOURNAL 275(Suppl. 1): 153.
    PUB | WoS
     
  • [71]
    2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1588303
    Sczyrba A, Konermann S, Giegerich R (2008)
    Two interactive bioinformatics courses at the bielefeld university bioinformatics server.
    BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS 9(3): 243-249.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [70]
    2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1588308
    Giegerich R, Brazma A, Jonassen I, Ukkonen E, Vingron M (2008)
    The BREW workshop series: a stimulating experience in PhD education.
    Briefings in Bioinformatics 9(3): 250-253.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [69]
    2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783357 OA
    Theis C, Reeder J, Giegerich R (2008)
    KnotInFrame: prediction of –1 ribosomal frameshift events.
    Nucleic Acids Research 36(18): 6013-6020.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [68]
    2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1893917 OA
    Janssen S, Reeder J, Giegerich R (2008)
    Shape based indexing for faster search of RNA family databases.
    BMC Bioinformatics 9(1): 131.
    PUB | Dateien verfügbar | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [67]
    2007 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1593132
    Reeder J, Reeder J, Giegerich R (2007)
    Locomotif: from graphical motif description to RNA motif search.
    In: Bioinformatics. Bioinformatics, 23. OXFORD UNIV PRESS: I392-I400.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [66]
    2007 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383428
    Brabrand C, Giegerich R, Moeller A (2007)
    Analyzing Ambiguity of Context-Free Grammars.
    In: Implementation and Application of Automata. 12th International Conference, CIAA 2007, July 16-18, 2007, Revised Selected Papers. Holub J, Žďárek J (Eds); Lecture Notes in Computer Science, 4783, Springer.
    PUB | DOI
     
  • [65]
    2007 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383462
    Hartmeier S, Krüger J, Giegerich R (2007)
    Webservices and Workflows on the Bielefeld Bioinformatics Server: Practices and Problems.
    In: Proceedings. .
    PUB
     
  • [64]
    2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1587974 OA
    Reeder J, Steffen P, Giegerich R (2007)
    pknotsRG: RNA pseudoknot folding including near-optimal structures and sliding windows.
    NUCLEIC ACIDS RESEARCH 35(Web Server): W320-W324.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [63]
    2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773864 OA
    Beckstette M, Homann R, Giegerich R, Kurtz S (2006)
    Fast index based algorithms and software for matching position specific scoring matrices.
    BMC Bioinformatics 7(1): 389.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [62]
    2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1597065
    Baake M, Grimm U, Giegerich R (2006)
    Surprises in approximating Levenshtein distances.
    JOURNAL OF THEORETICAL BIOLOGY 243(2): 279-282.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [61]
    2006 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383464
    Giegerich R, Steffen P (2006)
    Challenges in the Compilation of a Domain Specific Language for Dynamic Programming.
    In: Proceedings of te 2006 ACM Symposium on Applied Computing. .
    PUB
     
  • [60]
    2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1902179
    Gerlach W, Giegerich R (2006)
    GUUGle: a utility for fast exact matching under RNA complementary rules including G-U base pairing.
    Bioinformatics 22(6): 762-764.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [59]
    2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1946336
    Höchsmann T, Höchsmann M, Giegerich R (2006)
    Thermodynamic matchers: strengthening the significance of RNA folding energies.
    Comput Syst Bioinformatics Conf: 111-121.
    PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
     
  • [58]
    2006 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383518
    Reeder J, Giegerich R (2006)
    A graphical programming system for molecular motif search.
    In: Proceedings of the 5th International Conference on Generative Programming and Component Engineering. ACM Press: 131-140.
    PUB
     
  • [57]
    2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773871 OA
    Seibel PN, Krüger J, Hartmeier S, Schwarzer K, Löwenthal K, Mersch H, Dandekar T, Giegerich R (2006)
    XML schemas for common bioinformatic data types and their application in workflow systems.
    BMC Bioinformatics 7(1): 490.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [56]
    2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1600726
    Malde K, Giegerich R (2006)
    Calculating PSSM probabilities with lazy dynamic programming.
    Jornal of Functional Programming 16(01): 75-81.
    PUB | DOI | WoS
     
  • [55]
    2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773640 OA
    Steffen P, Giegerich R (2006)
    Correction: Versatile and declarative dynamic programming using pair algebras.
    BMC Bioinformatics 7(1): 214.
    PUB | PDF | DOI | WoS
     
  • [54]
    2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1597805
    Steffen P, Giegerich R (2006)
    Table design in dynamic programming.
    INFORMATION AND COMPUTATION 204(9): 1325-1345.
    PUB | DOI | WoS
     
  • [53]
    2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1600421
    Steffen P, Voss B, Rehmsmeier M, Reeder J, Giegerich R (2006)
    RNAshapes: an integrated RNA analysis package based on abstract shapes.
    Bioinformatics 22(4): 500-503.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [52]
    2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773637 OA
    Voß B, Giegerich R, Rehmsmeier M (2006)
    Complete probabilistic analysis of RNA shapes.
    BMC Biology 4(1): 5.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [51]
    2006 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1598807
    Reeder J, Höchsmann M, Rehmsmeier M, Voss B, Giegerich R (2006)
    Beyond Mfold: recent advances in RNA bioinformatics.
    In: Journal of Biotechnology. JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY, 124. ELSEVIER SCIENCE BV: 41-55.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [50]
    2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773613 OA
    Sczyrba A, Beckstette M, Brivanlou AH, Giegerich R, Altmann CR (2005)
    XenDB: Full length cDNA prediction and cross species mapping in Xenopus laevis.
    BMC Genomics 6(1): 123.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [49]
    2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1602431
    Reeder J, Giegerich R (2005)
    Consensus shapes: an alternative to the Sankoff algorithm for RNA consensus structure prediction.
    BIOINFORMATICS 21(17): 3516-3523.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [48]
    2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773595 OA
    Reeder J, Steffen P, Giegerich R (2005)
    Effective ambiguity checking in biosequence analysis.
    BMC Bioinformatics 6(1): 153.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [47]
    2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773598 OA
    Steffen P, Giegerich R (2005)
    Versatile and declarative dynamic programming using pair algebras.
    BMC Bioinformatics 6(1): 224.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [46]
    2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383529
    Beckstette M, Mailänder JT, Marhöfer RJ, Sczyrba A, Ohlebusch E, Giegerich R, Selzer PM (2004)
    Genlight: Interactive high-throughput sequence analysis and comparative genomics.
    Journal of Integrative Bioinformatics 1(1): 90-107.
    PUB | DOI
     
  • [45]
    2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383561
    Sczyrba A, Beckstette M, Giegerich R, Altman C (2004)
    Identification of 10,500 Xenopus laevis Full Length Clones through EST Clustering and Sequence Analysis.
    In: German Conference on Bioinformatics 2004 : GCB 2004, October 4 - 6, 2004, Bielefeld, Germany . Giegerich R, Stoye J (Eds); GI-Edition / Proceedings, 53. Bonn: Gesellschaft für Informatik: 6-7.
    PUB
     
  • [44]
    2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1607394 OA
    Krüger J, Sczyrba A, Kurtz S, Giegerich R (2004)
    e2g: an interactive web-based server for efficiently mapping large EST and cDNA sets to genomic sequences.
    NUCLEIC ACIDS RESEARCH 32(Web Server): W301-W304.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [43]
    2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383543
    Beckstette M, Strothmann D, Homann R, Giegerich R, Kurtz S (2004)
    PoSSuMsearch: Fast and Sensitive Matching of Position Specific Scoring Matrices using Enhanced Suffix Arrays.
    In: Proceedings of the German Conference on Bioinformatics. Lecture Notes in Informatics: GI: 53-64.
    PUB
     
  • [42]
    2004 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918823
    Giegerich R, Stoye J (Eds) (2004)
    Proceedings of the German Conference on Bioinformatics, GCB 2004.
    Lecture Notes in Informatics P-53: 234.
    PUB
     
  • [41]
    2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1606377
    Rehmsmeier M, Steffen P, Höchsmann M, Giegerich R (2004)
    Fast and effective prediction of microRNA/target duplexes.
    RNA-A PUBLICATION OF THE RNA SOCIETY 10(10): 1507-1517.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [40]
    2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1606822
    Choudhuri JV, Schleiermacher C, Kurtz S, Giegerich R (2004)
    GenAlyzer: interactive visualization of sequence similarities between entire genomes.
    BIOINFORMATICS 20(12): 1964-1965.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [39]
    2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1607419
    Voss B, Meyer C, Giegerich R (2004)
    Evaluating the predictability of conformational switching in RNA.
    Bioinformatics 20(10): 1573-1582.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [38]
    2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1607656
    Giegerich R, Meyer C, Steffen P (2004)
    A discipline of dynamic programming over sequence data.
    SCIENCE OF COMPUTER PROGRAMMING 51(3): 215-263.
    PUB | DOI | WoS
     
  • [37]
    2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1606393 OA
    Giegerich R, Voss B, Rehmsmeier M (2004)
    Abstract shapes of RNA.
    Nucleic Acids Research 32(16): 4843-4851.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [36]
    2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773758 OA
    Reeder J, Giegerich R (2004)
    Design, implementation and evaluation of a practical pseudoknot folding algorithm based on thermodynamics.
    BMC Bioinformatics 5(1): 104.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [35]
    2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773747 OA
    Gardner PP, Giegerich R (2004)
    A comprehensive comparison of comparative RNA structure prediction approaches.
    BMC Bioinformatics 5(1): 140.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [34]
    2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1600293
    Höchsmann M, Voss B, Giegerich R (2004)
    Pure multiple RNA secondary structure alignments: A progressive profile approach.
    IEEE-ACM TRANSACTIONS ON COMPUTATIONAL BIOLOGY AND BIOINFORMATIOCS 1(1): 53-62.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [33]
    2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773844 OA
    Sczyrba A, Krüger J, Mersch H, Kurtz S, Giegerich R (2003)
    RNA-related tools on the Bielefeld Bioinformatics Server.
    Nucleic Acids Research 31(13): 3767-3770.
    PUB | Dateien verfügbar | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [32]
    2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383602
    Dress A, Giegerich R, Grünewald S, Wagner H (2003)
    Fibonacci-Cayley-numbers and Repetition Pattern in Genomic DNA.
    Annals of Combinatorics: 259-279.
    PUB
     
  • [31]
    2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918949
    Giegerich R, Stoye J (2003)
    Finden, fast ohne zu suchen: Indexstrukturen in der Bioinformatik.
    Forschung an der Universität Bielefeld 26: 63-68.
    PUB
     
  • [30]
    2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1610397 OA
    Giegerich R, Kurtz S, Stoye J (2003)
    Efficient implementation of lazy suffix trees.
    SOFTWARE-PRACTICE & EXPERIENCE 33(11): 1035-1049.
    PUB | PDF | DOI | WoS
     
  • [29]
    2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773880 OA
    Meyer F, Goesmann A, McHardy AC, Bartels D, Bekel T, Clausen J, Kalinowski J, Linke B, Rupp O, Giegerich R, Pühler A (2003)
    GenDB - an open source genome annotation system for prokaryote genomes.
    Nucleic Acids Research 31(8): 2187-2195.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [28]
    2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1666680
    Höchsmann M, Töller T, Giegerich R, Kurtz S (2003)
    Local similarity in RNA secondary structures.
    Proc IEEE Comput Soc Bioinform Conf 2: 159-168.
    PUB | PubMed | Europe PMC
     
  • [27]
    2002 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383608
    Giegerich R, Meyer C (2002)
    Algebraic Dynamic Programming.
    In: Algebraic Methodology and Software Technology. Springer: 349-364.
    PUB
     
  • [26]
    2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1614870
    Meyer C, Giegerich R (2002)
    Matching and significance evaluation of combined sequence-structure motifs in RNA.
    ZEITSCHRIFT FÜR PHYSIKALISCHE CHEMIE-INTERNATIONAL JOURNAL OF RESEARCH IN PHYSICAL CHEMISTRY & CHEMICAL PHYSICS 216(2/2002): 193-216.
    PUB | DOI | WoS
     
  • [25]
    2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1615366
    Goesmann A, Haubrock M, Meyer F, Kalinowski J, Giegerich R (2002)
    PathFinder: reconstruction and dynamic visualization of metabolic pathways.
    BIOINFORMATICS 18(1): 124-129.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [24]
    2002 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1612812
    Giegerich R, Steffen P (2002)
    Implementing algebraic dynamic programming in the functional and the imperative programming paradigm.
    In: MATHEMATICS OF PROGRAM CONSTRUCTION. Boiten E (Ed); Lecture Notes in Computer Science, 2386. Berlin ; Heidelberg ; New York ; Barcelona ; Hong Kong ; London ; Milan ; Paris ; Tokyo: SPRINGER-VERLAG BERLIN: 1-20.
    PUB | WoS
     
  • [23]
    2001 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383615
    Evers D, Giegerich R (2001)
    Reducing the Conformation Space in RNA Structure Prediction.
    In: Proceedings of the German Conference on Bioinformatics. 118-124.
    PUB
     
  • [22]
    2001 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1615460
    Fuellen G, Wägele JW, Giegerich R (2001)
    Best systematist practice transferred to molecular data.
    ORGANISMS DIVERSITY & EVOLUTION 1(4): 257-272.
    PUB | DOI | WoS
     
  • [21]
    2001 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1615572
    Fuellen G, Wägele JW, Giegerich R (2001)
    Minimum conflict: a divide-and-conquer approach to phylogeny estimation.
    BIOINFORMATICS 17(12): 1168-1178.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [20]
    2001 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773335 OA
    Kurtz S, Choudhuri JV, Ohlebusch E, Schleiermacher C, Stoye J, Giegerich R (2001)
    REPuter: the manifold applications of repeat analysis on a genomic scale.
    Nucleic Acids Research 29(22): 4633-4642.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [19]
    2000 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383618
    Giegerich R, Evers D (2000)
    Bioinformatik: Jäger, Sammler und Forscher im Daten-Dschungel der Molekularbiologie.
    BIOforum 1-2: 30-32.
    PUB
     
  • [18]
    2000 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1618572
    Giegerich R (2000)
    Explaining and controlling ambiguity in dynamic programming.
    In: Combinatorial Pattern Matching. 11th Annual Symposium CPM 2000, Proceedings. Giancarlo R, Sankoff D (Eds); Lecture Notes in Computer Science, 1848. Berlin: Springer: 46-59.
    PUB | WoS
     
  • [17]
    2000 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1618574
    Giegerich R (2000)
    A systematic approach to dynamic programming in bioinformatics.
    BIOINFORMATICS 16(8): 665-677.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [16]
    2000 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918988
    Kurtz S, Ohlebusch E, Schleiermacher C, Stoye J, Giegerich R (2000)
    Computation and Visualization of Degenerate Repeats in Complete Genomes.
    In: Proc. of ISMB 2000. 228-238.
    PUB | PubMed | Europe PMC
     
  • [15]
    1999 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1947682
    Giegerich R, Haase D, Rehmsmeier M (1999)
    Prediction and visualization of structural switches in RNA.
    Pac Symp Biocomput: 126-137.
    PUB | PubMed | Europe PMC
     
  • [14]
    1999 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1620435
    Giegerich R, Kurtz S, Stoye J (1999)
    Efficient implementation of lazy suffix trees.
    In: Algorithm Engineering. 3rd International Workshop, WAE’99 London, UK, July 19–21, 1999 Proceedings. LNCS, 1668. 30-42.
    PUB | DOI | WoS
     
  • [13]
    1999 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1623374
    Evers DJ, Giegerich R (1999)
    RNA movies: visualizing RNA secondary structure spaces.
    BIOINFORMATICS 15(1): 32-37.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [12]
    1998 | Konferenzbeitrag | PUB-ID: 1883741
    Lorenz D, Giegerich R (1998)
    ViSeL: An interactive Virtual Laboratory for DNA Sequencing.
    In: Tagungsband zum Workshop "Multimedia-Systeme" im Rahmen der GI-Jahrestagung 1998. Magdeburg: 53-65.
    PUB
     
  • [11]
    1997 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383634
    Fuellen G, Giegerich R (1997)
    International, interdisziplinär und interaaktiv: Der VSNS-Kurs über BioComputing.
    In: Proceedings: Virtueller Campus. 77-89.
    PUB
     
  • [10]
    1997 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1627522
    Giegerich R, Kurtz S (1997)
    From Ukkonen to McCreight and Weiner: A unifying view of linear-time suffix tree construction.
    ALGORITHMICA 19(3): 331-353.
    PUB | DOI | WoS
     
  • [9]
    1996 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1639486
    Grüner W, Giegerich R, Strothmann D, Reidys C, Weber J, Hofacker IL, Stadler P, Schuster P (1996)
    Analysis of RNA sequence structure maps by exhaustive enumeration .2. structures of neutral networks and shape space covering.
    Monatshefte für Chemie 127(4): 375-389.
    PUB | DOI | WoS
     
  • [8]
    1996 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1639477
    Grüner W, Giegerich R, Strothmann D, Reidys C, Weber J, Hofacker IL, Stadler P, Schuster P (1996)
    Analysis of RNA sequence structure maps by exhaustive enumeration .1. Neutral networks.
    Monatshefte für Chemie 127(4): 355-374.
    PUB | DOI | WoS
     
  • [7]
    1996 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1947921
    Giegerich R, Meyer F, Schleiermacher C (1996)
    GeneFisher--software support for the detection of postulated genes.
    Proc Int Conf Intell Syst Mol Biol 4: 68-77.
    PUB | PubMed | Europe PMC
     
  • [6]
    1995 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1628987
    Giegerich R, Kurtz S (1995)
    A comparison of imperative and purely functional suffix tree constructions.
    In: Science of Computer Programming. SCIENCE OF COMPUTER PROGRAMMING, 25. ELSEVIER SCIENCE BV: 187-218.
    PUB | DOI | WoS
     
  • [5]
    1995 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1639513
    Bütow B, Giegerich R, Ohlebusch E, Thesing S (1995)
    A new calculus for semantic matching.
    In: Programming languages: implementations, logics and programs. 7th international symposium ; proceedings. Hermenegildo M, Swierstra SD (Eds); Lecture Notes in Computer Science, 982. Berlin: Springer: 81-96.
    PUB | WoS
     
  • [4]
    1992 | Report | PUB-ID: 2383632
    Giegerich R (1992)
    Embedding Sequence Analysis in the Functional Programming Paradigm - A Feasability Study. Report No. 8.
    Universität Bielefeld: Technische Fakultät.
    PUB
     
  • [3]
    1991 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383627
    Giegerich R, Ohlebusch E (1991)
    An Implicit Representation of Infinite Sequences of Terms.
    Bulletin of the EATCS 43: 174-182.
    PUB
     
  • [2]
    1990 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1651134
    Giegerich R (1990)
    CODE SELECTION BY INVERSION OF ORDER-SORTED DERIVORS.
    In: Theoretical Computer Science. THEORETICAL COMPUTER SCIENCE, 73. ELSEVIER SCIENCE BV: 177-211.
    PUB | DOI | WoS
     
  • [1]
    1990 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1651466
    Giegerich R (1990)
    ON THE STRUCTURE OF VERIFIABLE CODE GENERATOR SPECIFICATIONS.
    SIGPLAN NOTICES 25(6): 1-8.
    PUB | WoS
     
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