Robert Giegerich
PEVZ-ID
111 Publikationen
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901460Löwes, B., Chauve, C., Ponty, Y., & Giegerich, R. (2017). The BRaliBase Dent – a Tale of Benchmark Design and Interpretation. Briefings in Bioinformatics, 18(2), 306-311. doi:10.1093/bib/bbw022PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2733607Reinkensmeier, J., & Giegerich, R. (2015). Thermodynamic matchers for the construction of the cuckoo RNA family. RNA Biology, 12(2), 197-207. doi:10.1080/15476286.2015.1017206PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2700599Janssen, S., & Giegerich, R. (2014). The RNA shapes studio. Bioinformatics, 31(3), 423-425. doi:10.1093/bioinformatics/btu649PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2699802Torres-Quesada, O., Reinkensmeier, J., Schlueter, J. - P., Robledo, M., Peregrina, A., Giegerich, R., Toro, N., et al. (2014). Genome-wide profiling of Hfq-binding RNAs uncovers extensive post-transcriptional rewiring of major stress response and symbiotic regulons in Sinorhizobium meliloti. RNA Biology, 11(5), 563-579. doi:10.4161/rna.28239PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2699792Becker, A., Overloeper, A., Schlueter, J. - P., Reinkensmeier, J., Robledo, M., Giegerich, R., Narberhaus, F., et al. (2014). Riboregulation in plant-associated alpha-proteobacteria. RNA Biology, 11(5), 550-562. doi:10.4161/rna.29625PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2014 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901695Giegerich R., Hofestädt R., & Nattkemper T. W. (Eds.) (2014). German Conference on Bioinformatics 2014. GI-Edition: lecture notes in informatics, 235PUB
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2584661Schlueter, J. - P., Reinkensmeier, J., Barnett, M. J., Lang, C., Krol, E., Giegerich, R., Long, S. R., et al. (2013). Global mapping of transcription start sites and promoter motifs in the symbiotic a-proteobacterium Sinorhizobium meliloti 1021. Bmc Genomics, 14(1), 156. doi:10.1186/1471-2164-14-156PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2551798Sauthoff, G., Mohl, M., Janssen, S., & Giegerich, R. (2013). Bellman's GAP -- a Language and Compiler for Dynamic Programming in Sequence Analysis. Bioinformatics, 29(5), 551-560. doi:10.1093/bioinformatics/btt022PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2645192Gillett, A., Bergman, P., Parsa, R., Bremges, A., Giegerich, R., & Jagodic, M. (2013). A Silent Exonic SNP in Kdm3a Affects Nucleic Acids Structure but Does Not Regulate Experimental Autoimmune Encephalomyelitis. Plos One, 8(12), e81912. doi:10.1371/journal.pone.0081912PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2013 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901275Löwes, B., & Giegerich, R. (2013). Avoiding Ambiguity and Assessing Uniqueness in Minisatellite Alignment. In T. Beißbarth, M. Kollmar, A. Leha, B. Morgenstern, A. - K. Schultz, S. Waack, & E. Wingender (Eds.), OpenAccess Series in Informatics (OASIcs): Vol. 34. German Conference on Bioinformatics 2013 (pp. 110-124). Dagstuhl, Germany: Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum für Informatik. doi:10.4230/OASIcs.GCB.2013.110PUB | DOI
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2547307El-Kalioby, M., Abouelhoda, M., Krüger, J., Giegerich, R., Sczyrba, A., Wall, D. P., & Tonellato, P. (2012). Personalized cloud-based bioinformatics services for research and education: use cases and the elasticHPC package. BMC Bioinformatics, 13(Suppl 17), S22. doi:10.1186/1471-2105-13-S17-S22PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2012 | Sammelwerksbeitrag | PUB-ID: 2439665Janssen, S., & Giegerich, R. (2012). Abstract Shape Analysis of RNA. In J. Gorodkin & Z. Weinberg (Eds.), RNA Bioinformatics t.b.a. (pp. 1-35).PUB
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2410526Janssen, S., Schudoma, C., Steger, G., & Giegerich, R. (2011). Lost in folding space? Comparing four variants of the thermodynamic model for RNA secondary structure prediction. BMC Bioinformatics, 12(1), 429. https://doi.org/10.1186/1471-2105-12-429PUB | PDF | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2427226Reinkensmeier, J., Schlüter, J. - P., Giegerich, R., & Becker, A. (2011). Conservation and Occurrence of Trans-Encoded sRNAs in the Rhizobiales. GENES, 2(4), 925-956. https://doi.org/10.3390/genes2040925PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383357Giegerich, R., & Sauthoff, G. (2011). Yield grammar analysis in the Bellman's GAP compiler. Proceedings of the Eleventh Workshop on Language Descriptions, Tools and Applications (ACM)PUB
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383363Schirmer, S., & Giegerich, R. (2011). Forest Alignment with Affine Gaps and Anchors. Combinatorial Pattern Matching, 104-117. https://doi.org/10.1007/978-3-642-21458-5_11PUB | DOI
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2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2310489Sauthoff, G., Janssen, S., & Giegerich, R. (2011). Bellman's GAP: a declarative language for dynamic programming. Proceedings of the 13th international ACM SIGPLAN symposium on Principles and practices of declarative programming, 29-40. New York, NY, USA: ACM. https://doi.org/10.1145/2003476.2003484PUB | DOI | Download (ext.)
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2003355Giegerich, R., & Hoener Zu Siederdissen, C. (2011). Semantics and Ambiguity of Stochastic RNA Family Models. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 8(2), 499-516. https://doi.org/10.1109/TCBB.2010.12PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2093578Linke, B., Giegerich, R., & Goesmann, A. (2011). Conveyor: a workflow engine for bioinformatic analyses. Bioinformatics, 27(7), 903-911. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr040PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1785512Bremges, A., Schirmer, S., & Giegerich, R. (2010). Fine-tuning structural RNA alignments in the twilight zone. BMC Bioinformatics, 11(1), 222. https://doi.org/10.1186/1471-2105-11-222PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1785497Schlüter, J. - P., Reinkensmeier, J., Daschkey, S., Evguenieva-Hackenberg, E., Janssen, S., Jaenicke, S., Becker, J. D., et al. (2010). A genome-wide survey of sRNAs in the symbiotic nitrogen-fixing alpha-proteobacterium Sinorhizobium meliloti. BMC Genomics, 11(1), 245. https://doi.org/10.1186/1471-2164-11-245PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1796697Brabrand, C., Giegerich, R., & Moller, A. (2010). Analyzing ambiguity of context-free grammars. SCIENCE OF COMPUTER PROGRAMMING, 75(3), 176-191. https://doi.org/10.1016/j.scico.2009.11.002PUB | DOI | WoS
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2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1894008Theis, C., Janssen, S., & Giegerich, R. (2010). Prediction of RNA Secondary Structure Including Kissing Hairpin Motifs. In V. Moulton & M. Singh (Eds.), Lecture Notes in Bioinformatics: Vol. 6293. Algorithms in Bioinformatics. 10th international workshop (WABI 2010), proceedings (pp. 52-64). Berlin: Springer. https://doi.org/10.1007/978-3-642-15294-8_5PUB | Datei | DOI
-
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1893946Janssen, S., & Giegerich, R. (2010). Faster computation of exact RNA shape probabilities. Bioinformatics, 26(5), 632-639. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq014PUB | Datei | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
-
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1785581Abouelhoda, M., El-Kalioby, M., & Giegerich, R. (2010). WAMI: a web server for the analysis of minisatellite maps. BMC Evolutionary Biology, 10(1), 167. https://doi.org/10.1186/1471-2148-10-167PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589458Beckstette, M., Homann, R., Giegerich, R., & Kurtz, S. (2009). Significant speedup of database searches with HMMs by search space reduction with PSSM family models. Bioinformatics, 25(24), 3251-3258. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp593PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383365Abouelhoda, M., Giegerich, R., Behzadi, B., & Steyaert, J. M. (2009). Alignment of minisatellite maps based on run-length encoding scheme. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 7(02), 287-308. https://doi.org/10.1142/S0219720009004060PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383411Reeder, J., & Giegerich, R. (2009). RNA secondary structure analysis using the RNAshapes package. Current Protocols in Bioinformatics, 26(1), Unit12.8. https://doi.org/10.1002/0471250953.bi1208s26PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
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2009 | Konferenzbeitrag | Entwurf | PUB-ID: 2383425Steffen, P., Giegerich, R., & Giraud, M. (Unpublished). GPU Parallization of Algebraic Dynamic Programming. Proceedings PPAMPUB
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1634374Homann, R., Fleer, D., Giegerich, R., & Rehmsmeier, M. (2009). mkESA: enhanced suffix array construction tool. Bioinformatics, 25(8), 1084-1085. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp112PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2008 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383382Abouelhoda, M. I., Giegerich, R., Behzadi, B., & Steyaert, J. M. (2008). Alignment of Minisatellite Maps: A Minimum Spanning Tree based Approach. Proceedings of the 6th Asia-Pacific Bioinformatics Conference, Series on Advances in Bioinformatics and Computational Biology, 6, 261-272. https://doi.org/10.1142/9781848161092_0028PUB | DOI
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1784020Lamprecht, A. - L., Margaria, T., Steffen, B., Sczyrba, A., Hartmeier, S., & Giegerich, R. (2008). GeneFisher-P: variations of GeneFisher as processes in Bio-jETI. BMC Bioinformatics, 9(Suppl 4), S13. https://doi.org/10.1186/1471-2105-9-S4-S13PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1784025Herold, J., Kurtz, S., & Giegerich, R. (2008). Efficient computation of absent words in genomic sequences. BMC Bioinformatics, 9(1), 167. https://doi.org/10.1186/1471-2105-9-167PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1588303Sczyrba, A., Konermann, S., & Giegerich, R. (2008). Two interactive bioinformatics courses at the bielefeld university bioinformatics server. BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS, 9(3), 243-249. https://doi.org/10.1093/bib/bbm063PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1588308Giegerich, R., Brazma, A., Jonassen, I., Ukkonen, E., & Vingron, M. (2008). The BREW workshop series: a stimulating experience in PhD education. Briefings in Bioinformatics, 9(3), 250-253. https://doi.org/10.1093/bib/bbn002PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783357Theis, C., Reeder, J., & Giegerich, R. (2008). KnotInFrame: prediction of –1 ribosomal frameshift events. Nucleic Acids Research, 36(18), 6013-6020. https://doi.org/10.1093/nar/gkn578PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1893917Janssen, S., Reeder, J., & Giegerich, R. (2008). Shape based indexing for faster search of RNA family databases. BMC Bioinformatics, 9(1), 131. https://doi.org/10.1186/1471-2105-9-131PUB | Dateien verfügbar | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
-
2007 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1593132Reeder, J., Reeder, J., & Giegerich, R. (2007). Locomotif: from graphical motif description to RNA motif search. Bioinformatics, Bioinformatics, 23, I392-I400. OXFORD UNIV PRESS. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btm179PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2007 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383428Brabrand, C., Giegerich, R., & Moeller, A. (2007). Analyzing Ambiguity of Context-Free Grammars. In J. Holub & J. Žďárek (Eds.), Lecture Notes in Computer Science, 4783. Implementation and Application of Automata. 12th International Conference, CIAA 2007, July 16-18, 2007, Revised Selected Papers Springer. https://doi.org/10.1007/978-3-540-76336-9_21PUB | DOI
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2007 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383462Hartmeier, S., Krüger, J., & Giegerich, R. (2007). Webservices and Workflows on the Bielefeld Bioinformatics Server: Practices and Problems. ProceedingsPUB
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2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1587974Reeder, J., Steffen, P., & Giegerich, R. (2007). pknotsRG: RNA pseudoknot folding including near-optimal structures and sliding windows. NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 35(Web Server), W320-W324. https://doi.org/10.1093/nar/gkm258PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773864Beckstette, M., Homann, R., Giegerich, R., & Kurtz, S. (2006). Fast index based algorithms and software for matching position specific scoring matrices. BMC Bioinformatics, 7(1), 389. https://doi.org/10.1186/1471-2105-7-389PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
-
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1597065Baake, M., Grimm, U., & Giegerich, R. (2006). Surprises in approximating Levenshtein distances. JOURNAL OF THEORETICAL BIOLOGY, 243(2), 279-282. https://doi.org/10.1016/j.jtbi.2006.06.026PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2006 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383464Giegerich, R., & Steffen, P. (2006). Challenges in the Compilation of a Domain Specific Language for Dynamic Programming. Proceedings of te 2006 ACM Symposium on Applied ComputingPUB
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2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1902179Gerlach, W., & Giegerich, R. (2006). GUUGle: a utility for fast exact matching under RNA complementary rules including G-U base pairing. Bioinformatics, 22(6), 762-764. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btk041PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1946336Höchsmann, T., Höchsmann, M., & Giegerich, R. (2006). Thermodynamic matchers: strengthening the significance of RNA folding energies. Comput Syst Bioinformatics Conf, 111-121. https://doi.org/10.1142/1860947573_0021PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
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2006 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383518Reeder, J., & Giegerich, R. (2006). A graphical programming system for molecular motif search. Proceedings of the 5th International Conference on Generative Programming and Component Engineering, 131-140. ACM Press.PUB
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2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773871Seibel, P. N., Krüger, J., Hartmeier, S., Schwarzer, K., Löwenthal, K., Mersch, H., Dandekar, T., et al. (2006). XML schemas for common bioinformatic data types and their application in workflow systems. BMC Bioinformatics, 7(1), 490. https://doi.org/10.1186/1471-2105-7-490PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
-
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1600726Malde, K., & Giegerich, R. (2006). Calculating PSSM probabilities with lazy dynamic programming. Jornal of Functional Programming, 16(01), 75-81. https://doi.org/10.1017/S0956796805005708PUB | DOI | WoS
-
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773640Steffen, P., & Giegerich, R. (2006). Correction: Versatile and declarative dynamic programming using pair algebras. BMC Bioinformatics, 7(1), 214. https://doi.org/10.1186/1471-2105-7-214PUB | PDF | DOI | WoS
-
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1597805Steffen, P., & Giegerich, R. (2006). Table design in dynamic programming. INFORMATION AND COMPUTATION, 204(9), 1325-1345. https://doi.org/10.1016/j.ic.2006.02.006PUB | DOI | WoS
-
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1600421Steffen, P., Voss, B., Rehmsmeier, M., Reeder, J., & Giegerich, R. (2006). RNAshapes: an integrated RNA analysis package based on abstract shapes. Bioinformatics, 22(4), 500-503. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btk010PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
-
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773637Voß, B., Giegerich, R., & Rehmsmeier, M. (2006). Complete probabilistic analysis of RNA shapes. BMC Biology, 4(1), 5. https://doi.org/10.1186/1741-7007-4-5PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
-
2006 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1598807Reeder, J., Höchsmann, M., Rehmsmeier, M., Voss, B., & Giegerich, R. (2006). Beyond Mfold: recent advances in RNA bioinformatics. Journal of Biotechnology, JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY, 124, 41-55. ELSEVIER SCIENCE BV. https://doi.org/10.1016/j.jbiotec.2006.01.034PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
-
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773613Sczyrba, A., Beckstette, M., Brivanlou, A. H., Giegerich, R., & Altmann, C. R. (2005). XenDB: Full length cDNA prediction and cross species mapping in Xenopus laevis. BMC Genomics, 6(1), 123. https://doi.org/10.1186/1471-2164-6-123PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
-
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1602431Reeder, J., & Giegerich, R. (2005). Consensus shapes: an alternative to the Sankoff algorithm for RNA consensus structure prediction. BIOINFORMATICS, 21(17), 3516-3523. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bit577PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
-
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773595Reeder, J., Steffen, P., & Giegerich, R. (2005). Effective ambiguity checking in biosequence analysis. BMC Bioinformatics, 6(1), 153. https://doi.org/10.1186/1471-2105-6-153PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
-
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773598Steffen, P., & Giegerich, R. (2005). Versatile and declarative dynamic programming using pair algebras. BMC Bioinformatics, 6(1), 224. https://doi.org/10.1186/1471-2105-6-224PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383529Beckstette, M., Mailänder, J. T., Marhöfer, R. J., Sczyrba, A., Ohlebusch, E., Giegerich, R., & Selzer, P. M. (2004). Genlight: Interactive high-throughput sequence analysis and comparative genomics. Journal of Integrative Bioinformatics, 1(1), 90-107. https://doi.org/10.2390/biecoll-jib-2004-8PUB | DOI
-
2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383561Sczyrba, A., Beckstette, M., Giegerich, R., & Altman, C. (2004). Identification of 10,500 Xenopus laevis Full Length Clones through EST Clustering and Sequence Analysis. In R. Giegerich & J. Stoye (Eds.), GI-Edition / Proceedings: Vol. 53. German Conference on Bioinformatics 2004 : GCB 2004, October 4 - 6, 2004, Bielefeld, Germany (pp. 6-7). Bonn: Gesellschaft für Informatik.PUB
-
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1607394Krüger, J., Sczyrba, A., Kurtz, S., & Giegerich, R. (2004). e2g: an interactive web-based server for efficiently mapping large EST and cDNA sets to genomic sequences. NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 32(Web Server), W301-W304. https://doi.org/10.1093/nar/gkh478PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
-
2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383543Beckstette, M., Strothmann, D., Homann, R., Giegerich, R., & Kurtz, S. (2004). PoSSuMsearch: Fast and Sensitive Matching of Position Specific Scoring Matrices using Enhanced Suffix Arrays. Proceedings of the German Conference on Bioinformatics, 53-64PUB
-
2004 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918823Giegerich R., & Stoye J. (Eds.) (2004). Proceedings of the German Conference on Bioinformatics, GCB 2004. Lecture Notes in Informatics, P-53, 234.PUB
-
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1606377Rehmsmeier, M., Steffen, P., Höchsmann, M., & Giegerich, R. (2004). Fast and effective prediction of microRNA/target duplexes. RNA-A PUBLICATION OF THE RNA SOCIETY, 10(10), 1507-1517. https://doi.org/10.1021/rna.5248604PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
-
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1606822Choudhuri, J. V., Schleiermacher, C., Kurtz, S., & Giegerich, R. (2004). GenAlyzer: interactive visualization of sequence similarities between entire genomes. BIOINFORMATICS, 20(12), 1964-1965. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bth161PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
-
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1607419Voss, B., Meyer, C., & Giegerich, R. (2004). Evaluating the predictability of conformational switching in RNA. Bioinformatics, 20(10), 1573-1582. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bth129PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
-
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1607656Giegerich, R., Meyer, C., & Steffen, P. (2004). A discipline of dynamic programming over sequence data. SCIENCE OF COMPUTER PROGRAMMING, 51(3), 215-263. https://doi.org/10.1016/j.scico.2003.12.005PUB | DOI | WoS
-
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1606393Giegerich, R., Voss, B., & Rehmsmeier, M. (2004). Abstract shapes of RNA. Nucleic Acids Research, 32(16), 4843-4851. https://doi.org/10.1093/nar/gkh779PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
-
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773758Reeder, J., & Giegerich, R. (2004). Design, implementation and evaluation of a practical pseudoknot folding algorithm based on thermodynamics. BMC Bioinformatics, 5(1), 104. https://doi.org/10.1186/1471-2105-5-104PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
-
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773747Gardner, P. P., & Giegerich, R. (2004). A comprehensive comparison of comparative RNA structure prediction approaches. BMC Bioinformatics, 5(1), 140. https://doi.org/10.1186/1471-2105-5-140PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
-
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1600293Höchsmann, M., Voss, B., & Giegerich, R. (2004). Pure multiple RNA secondary structure alignments: A progressive profile approach. IEEE-ACM TRANSACTIONS ON COMPUTATIONAL BIOLOGY AND BIOINFORMATIOCS, 1(1), 53-62. https://doi.org/10.1109/TCBB.2004.11PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
-
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773844Sczyrba, A., Krüger, J., Mersch, H., Kurtz, S., & Giegerich, R. (2003). RNA-related tools on the Bielefeld Bioinformatics Server. Nucleic Acids Research, 31(13), 3767-3770. https://doi.org/10.1093/nar/gkg576PUB | Dateien verfügbar | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
-
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383602Dress, A., Giegerich, R., Grünewald, S., & Wagner, H. (2003). Fibonacci-Cayley-numbers and Repetition Pattern in Genomic DNA. Annals of Combinatorics, 259-279.PUB
-
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918949Giegerich, R., & Stoye, J. (2003). Finden, fast ohne zu suchen: Indexstrukturen in der Bioinformatik. Forschung an der Universität Bielefeld, 26, 63-68.PUB
-
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1610397Giegerich, R., Kurtz, S., & Stoye, J. (2003). Efficient implementation of lazy suffix trees. SOFTWARE-PRACTICE & EXPERIENCE, 33(11), 1035-1049. https://doi.org/10.1002/spe.535PUB | PDF | DOI | WoS
-
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773880Meyer, F., Goesmann, A., McHardy, A. C., Bartels, D., Bekel, T., Clausen, J., Kalinowski, J., et al. (2003). GenDB - an open source genome annotation system for prokaryote genomes. Nucleic Acids Research, 31(8), 2187-2195. https://doi.org/10.1093/nar/gkg312PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
-
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1666680Höchsmann, M., Töller, T., Giegerich, R., & Kurtz, S. (2003). Local similarity in RNA secondary structures. Proc IEEE Comput Soc Bioinform Conf, 2, 159-168.PUB | PubMed | Europe PMC
-
2002 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383608Giegerich, R., & Meyer, C. (2002). Algebraic Dynamic Programming. Algebraic Methodology and Software Technology, 349-364PUB
-
2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1614870Meyer, C., & Giegerich, R. (2002). Matching and significance evaluation of combined sequence-structure motifs in RNA. ZEITSCHRIFT FÜR PHYSIKALISCHE CHEMIE-INTERNATIONAL JOURNAL OF RESEARCH IN PHYSICAL CHEMISTRY & CHEMICAL PHYSICS, 216(2/2002), 193-216. https://doi.org/10.1524/zpch.2002.216.2.193PUB | DOI | WoS
-
2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1615366Goesmann, A., Haubrock, M., Meyer, F., Kalinowski, J., & Giegerich, R. (2002). PathFinder: reconstruction and dynamic visualization of metabolic pathways. BIOINFORMATICS, 18(1), 124-129. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/18.1.124PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
-
2002 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1612812Giegerich, R., & Steffen, P. (2002). Implementing algebraic dynamic programming in the functional and the imperative programming paradigm. In E. Boiten (Ed.), Lecture Notes in Computer Science: Vol. 2386. MATHEMATICS OF PROGRAM CONSTRUCTION (pp. 1-20). Berlin ; Heidelberg ; New York ; Barcelona ; Hong Kong ; London ; Milan ; Paris ; Tokyo: SPRINGER-VERLAG BERLIN.PUB | WoS
-
2001 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383615Evers, D., & Giegerich, R. (2001). Reducing the Conformation Space in RNA Structure Prediction. Proceedings of the German Conference on Bioinformatics, 118-124PUB
-
2001 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1615460Fuellen, G., Wägele, J. W., & Giegerich, R. (2001). Best systematist practice transferred to molecular data. ORGANISMS DIVERSITY & EVOLUTION, 1(4), 257-272. https://doi.org/10.1078/1439-6092-00023PUB | DOI | WoS
-
2001 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1615572Fuellen, G., Wägele, J. W., & Giegerich, R. (2001). Minimum conflict: a divide-and-conquer approach to phylogeny estimation. BIOINFORMATICS, 17(12), 1168-1178. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/17.12.1168PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
-
2001 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773335Kurtz, S., Choudhuri, J. V., Ohlebusch, E., Schleiermacher, C., Stoye, J., & Giegerich, R. (2001). REPuter: the manifold applications of repeat analysis on a genomic scale. Nucleic Acids Research, 29(22), 4633-4642. https://doi.org/10.1093/nar/29.22.4633PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
-
2000 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383618Giegerich, R., & Evers, D. (2000). Bioinformatik: Jäger, Sammler und Forscher im Daten-Dschungel der Molekularbiologie. BIOforum, 1-2, 30-32.PUB
-
2000 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1618572Giegerich, R. (2000). Explaining and controlling ambiguity in dynamic programming. In R. Giancarlo & D. Sankoff (Eds.), Lecture Notes in Computer Science: Vol. 1848. Combinatorial Pattern Matching. 11th Annual Symposium CPM 2000, Proceedings (pp. 46-59). Berlin: Springer.PUB | WoS
-
2000 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1618574Giegerich, R. (2000). A systematic approach to dynamic programming in bioinformatics. BIOINFORMATICS, 16(8), 665-677. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/16.8.665PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
-
2000 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918988Kurtz, S., Ohlebusch, E., Schleiermacher, C., Stoye, J., & Giegerich, R. (2000). Computation and Visualization of Degenerate Repeats in Complete Genomes. Proc. of ISMB 2000, 228-238PUB | PubMed | Europe PMC
-
1999 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1947682Giegerich, R., Haase, D., & Rehmsmeier, M. (1999). Prediction and visualization of structural switches in RNA. Pac Symp Biocomput, 126-137.PUB | PubMed | Europe PMC
-
1999 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1620435Giegerich, R., Kurtz, S., & Stoye, J. (1999). Efficient implementation of lazy suffix trees. Algorithm Engineering. 3rd International Workshop, WAE’99 London, UK, July 19–21, 1999 Proceedings, LNCS, 1668, 30-42. https://doi.org/10.1007/3-540-48318-7_5PUB | DOI | WoS
-
1999 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1623374Evers, D. J., & Giegerich, R. (1999). RNA movies: visualizing RNA secondary structure spaces. BIOINFORMATICS, 15(1), 32-37. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/15.1.32PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
-
1998 | Konferenzbeitrag | PUB-ID: 1883741Lorenz, D., & Giegerich, R. (1998). ViSeL: An interactive Virtual Laboratory for DNA Sequencing. Tagungsband zum Workshop "Multimedia-Systeme" im Rahmen der GI-Jahrestagung 1998, 53-65. Magdeburg.PUB
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1997 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383634Fuellen, G., & Giegerich, R. (1997). International, interdisziplinär und interaaktiv: Der VSNS-Kurs über BioComputing. Proceedings: Virtueller Campus, 77-89PUB
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1997 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1627522Giegerich, R., & Kurtz, S. (1997). From Ukkonen to McCreight and Weiner: A unifying view of linear-time suffix tree construction. ALGORITHMICA, 19(3), 331-353. https://doi.org/10.1007/PL00009177PUB | DOI | WoS
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1996 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1639486Grüner, W., Giegerich, R., Strothmann, D., Reidys, C., Weber, J., Hofacker, I. L., Stadler, P., et al. (1996). Analysis of RNA sequence structure maps by exhaustive enumeration .2. structures of neutral networks and shape space covering. Monatshefte für Chemie, 127(4), 375-389. https://doi.org/10.1007/BF00810882PUB | DOI | WoS
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1996 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1639477Grüner, W., Giegerich, R., Strothmann, D., Reidys, C., Weber, J., Hofacker, I. L., Stadler, P., et al. (1996). Analysis of RNA sequence structure maps by exhaustive enumeration .1. Neutral networks. Monatshefte für Chemie, 127(4), 355-374. https://doi.org/10.1007/BF00810881PUB | DOI | WoS
-
1996 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1947921Giegerich, R., Meyer, F., & Schleiermacher, C. (1996). GeneFisher--software support for the detection of postulated genes. Proc Int Conf Intell Syst Mol Biol, 4, 68-77.PUB | PubMed | Europe PMC
-
1995 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1628987Giegerich, R., & Kurtz, S. (1995). A comparison of imperative and purely functional suffix tree constructions. Science of Computer Programming, SCIENCE OF COMPUTER PROGRAMMING, 25, 187-218. ELSEVIER SCIENCE BV. https://doi.org/10.1016/0167-6423(95)00003-8PUB | DOI | WoS
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1995 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1639513Bütow, B., Giegerich, R., Ohlebusch, E., & Thesing, S. (1995). A new calculus for semantic matching. In M. Hermenegildo & S. D. Swierstra (Eds.), Lecture Notes in Computer Science: Vol. 982. Programming languages: implementations, logics and programs. 7th international symposium ; proceedings (pp. 81-96). Berlin: Springer.PUB | WoS
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1992 | Report | PUB-ID: 2383632Giegerich, R. (1992). Embedding Sequence Analysis in the Functional Programming Paradigm - A Feasability Study (Report No. 8). Universität Bielefeld: Technische Fakultät.PUB
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1991 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383627Giegerich, R., & Ohlebusch, E. (1991). An Implicit Representation of Infinite Sequences of Terms. Bulletin of the EATCS, 43, 174-182.PUB
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1990 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1651134Giegerich, R. (1990). CODE SELECTION BY INVERSION OF ORDER-SORTED DERIVORS. Theoretical Computer Science, THEORETICAL COMPUTER SCIENCE, 73, 177-211. ELSEVIER SCIENCE BV. https://doi.org/10.1016/0304-3975(90)90145-8PUB | DOI | WoS
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