PUB - Publikationen an der Universität Bielefeld

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  2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2914424

  Sommer, B. & Schreiber, F. (2017). Integration and virtual reality exploration of biomedical data with CmPI and VANTED. IT-INFORMATION TECHNOLOGY, 59(4), 181-190. Walter De Gruyter Gmbh. doi:10.1515/itit-2016-0030.

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• [26]
  

  2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901345

  Mueller, S.C., Sommer, B., Backes, C., Haas, J., Meder, B., Meese, E. & Keller, A. (2016). From single variants to protein cascades multiscale modeling of single nucleotide variant sets in genetic disorders. Journal of Biological Chemistry, 291(4), 1582-1590. Amer Soc Biochemistry Molecular Biology Inc. doi:10.1074/jbc.M115.695247.

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• [25]
  

  2014 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2704602

  Biere, N., Doebbe, A., Rothe, N., Huser, T., Kruse, O. & Sommer, B. (2014). Towards a 3D Cell Model of Chlamydomonas reinhardtii (Workshop Abstract). In B. Sommer (Hrsg.), Proceedings of the CELLmicrocosmos neXt workshop (S. 9-10). Gehalten auf der CELLmicrocosmos neXt workshop 2014, Bielefeld: Bielefeld University. doi:10.2390/biecoll-next2014-2.

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• [24]
  

  2014 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2704570

  Proceedings of CELLmicrocosmos neXt 2014. (2014). Proceedings of CELLmicrocosmos neXt 2014. (B. Sommer, Hrsg.). Gehalten auf der CELLmicrocosmos neXt workshop 2014, Bielefeld: Bielefeld University. doi:10.2390/biecoll-next2014-0.

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• [23]
  

  2014 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2704619

  Wallmeyer, T., Sommer, B. & Kormeier, B. (2014). Towards Pathway Prediction and Subcellular Localization by using FraMeTex (Workshop Abstract). In B. Sommer (Hrsg.), Proceedings of the CELLmicrocosmos neXt workshop (S. 18-19). Gehalten auf der CELLmicrocosmos neXt workshop 2014, Bielefeld: Bielefeld University. doi:10.2390/biecoll-next2014-8.

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• [22]
  

  2014 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2704665

  Kovanci, G. & Sommer, B. (2014). Towards a Web-based Visualization for the CELLmicrocosmos 4 PathwayIntegration (Workshop Abstract). In B. Sommer (Hrsg.), Proceedings of the CELLmicrocosmos neXt workshop (S. 14-15). Gehalten auf der CELLmicrocosmos neXt workshop 2014, Bielefeld: Bielefeld University. doi:10.2390/biecoll-next2014-6.

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• [21]
  

  2014 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2704586

  Popik, O.V., Sommer, B., Hofestädt, R. & Ivanisenko, V.A. (2014). Evaluation and Visualization of Pathway Efficiency based on Subcellular Protein Localizations (Workshop Abstract). In B. Sommer (Hrsg.), Proceedings of the CELLmicrocosmos neXt workshop (S. 9-10). Gehalten auf der CELLmicrocosmos neXt workshop 2014, Bielefeld: Bielefeld University. doi:10.2390/biecoll-next2014-3.

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• [20]
  

  2014 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2704580

  Sommer, B. (2014). CELLmicrocosmos X (Workshop Abstract). In B. Sommer (Hrsg.), Proceedings of the CELLmicrocosmos neXt workshop (S. 5-6). Gehalten auf der CELLmicrocosmos neXt workshop 2014, Bielefeld: Bielefeld University. doi:10.2390/biecoll-next2014-1.

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• [19]
  

  2014 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2704564

  Sommer, B. & Chen, M. (2014). A novel Lecture Program in Bioinformatics: Interdisciplinary Cell Visualization and Modeling (Workshop Abstract). In B. Sommer (Hrsg.), Proceedings of the CELLmicrocosmos neXt workshop (S. 20-21). Gehalten auf der CELLmicrocosmos neXt workshop 2014, Bielefeld. doi:10.2390/biecoll-next2014-9.

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• [18]
  

  2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2710884

  Popik, O.V., Saik, O.V., Petrovskiy, E.D., Sommer, B., Hofestädt, R., Lavrik, I.N. & Ivanisenko, V.A. (2014). Analysis of signaling networks distributed over intracellular compartments based on protein-protein interactions. BMC Genomics, 15(Suppl 12): S7. Springer Science and Business Media LLC. doi:10.1186/1471-2164-15-S12-S7.

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• [17]
  

  2014 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2664859

  Lukat, G., Sommer, B. & Krüger, J. (2014). Membrane simulation analysis using Voronoi tessellation (Conference Abstract) (Journal of Cheminformatics). Journal of Cheminformatics. Springer Science and Business Media LLC. doi:10.1186/1758-2946-6-S1-O23.

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• [16]
  

  2014 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2693254

  Waltemate, T., Sommer, B. & Botsch, M. (2014). Membrane Mapping: Combining Mesoscopic and Molecular Cell Visualization. Proceedings of Eurographics Workshop on Visual Computing for Biology and Medicine (S. 89-96). Gehalten auf der Eurographics Workshop on Visual Computing for Biology and Medicine, Eurographics Association. doi:10.2312/vcbm.20141187.

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• [15]
  

  2014 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2664837

  Sommer, B. (2014). Network Analysis and Integration in a Virtual Cell Environment. In M. Chen & R. Hofestädt (Hrsg.), Approaches in Integrative Bioinformatics (S. 275-297). Berlin, Heidelberg: Springer Berlin Heidelberg. doi:10.1007/978-3-642-41281-3_10.

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• [14]
  

  2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2661812

  Sommer, B., Bender, C., Hoppe, T., Gamroth, C. & Jelonek, L. (2014). Stereoscopic cell visualization: from mesoscopic to molecular scale. Journal of Electronic Imaging, 23(1): 11007. SPIE-Intl Soc Optical Eng. doi:10.1117/1.JEI.23.1.011007.

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• [13]
  

  2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2560817

  Sommer, B., Kormeier, B., Demenkov, P.S., Arrigo, P., Hippe, K., Ates, Ö., Kochetov, A.V., Ivanisenko, V.A., Kolchanov, N.A. & Hofestädt, R. (2013). Subcellular localization charts: a new visual methodology for the semi-automatic localization of protein-related data sets. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 11(01): 1340005. World Scientific Pub Co Pte Lt. doi:10.1142/S0219720013400052.

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• [12]
  

  2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2645319

  Lukat, G., Krueger, J. & Sommer, B. (2013). APL@Voro: A Voronoi-Based Membrane Analysis Tool for GROMACS Trajectories. Journal Of Chemical Information And Modeling, 53(11), 2908-2925. American Chemical Society (ACS). doi:10.1021/ci400172g.

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• [11]
  

  2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2576375

  Sommer, B. (2013). Membrane Packing Problems: A short Review on computational Membrane Modeling Methods and Tools. Computational and Structural Biotechnology Journal, 5(6): e201302014. Elsevier BV. doi:10.5936/csbj.201302014.

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• [10]
  

  2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901699

  Hofestädt, R., Kormeier, B., Lange, M., Schreiber, F., Sommer, B. & Weise, S. (2013). Editorial: JIBtools - a Strategy to Reduce the Bioinformatics Analysis Gap. Journal of Integrative Bioinformatics, 10(1), 226. Walter De Gruyter Gmbh.

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• [9]
  

  2012 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2557380

  Sommer, B. (2012). CELLmicrocosmos - Integrative cell modeling at the  molecular, mesoscopic and functional level. Bielefeld: Bielefeld University.

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• [8]
  

  2012 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2467408

  Rubert, S., Gamroth, C., Krüger, J. & Sommer, B. (2012). Grid Workflow Approach using the CELLmicrocosmos 2.2 MembraneEditor and UNICORE to commit and monitor GROMACS Jobs. In K.-D. Warzecha & L. Packschies (Hrsg.), CEUR Workshop Proceedings. Gehalten auf der Grid Workflow Workshop (GWW2011), CEUR-WS.

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• [7]
  

  2011 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2375173

  Sommer, B., Dingersen, T., Gamroth, C., Heissmann, A.J., Lukat, G., Rotzoll, R., Rubert, S., Schäfer, A. & Krüger, J. (2011). Coarse-grained and all-atom MD simulations with Gromacs based on CELLmicrocosmos 2.2 model membranes (Conference Abstract) (Journal of Cheminformatics). Journal of Cheminformatics. Springer Science and Business Media LLC. doi:10.1186/1758-2946-3-S1-P43.

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• [6]
  

  2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2289773

  Sommer, B., Dingersen, T., Gamroth, C., Schneider, S.E., Robert, S., Krueger, J. & Dietz, K.-J. (2011). CELLmicrocosmos 2.2 Membrane Editor: A Modular Interactive Shape-Based Software Approach To Solve Heterogeneous Membrane Packing Problems. Journal of Chemical Information and Modeling, 51(5), 1165-1182. American Chemical Society (ACS). doi:10.1021/ci1003619.

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• [5]
  

  2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2374757

  Sommer, B., Tiys, E.S., Kormeier, B., Hippe, K., Janowski, S.J., Ivanisenko, T.V., Bragin, A.O., Arrigo, P., Demenkov, P.S., Kochetov, A.V., Ivanisenko, V.A., Kolchanov, N.A. & Hofestädt, R. (2010). Visualization and Analysis of a Cardio Vascular Disease-and MUPP1-related Biological Network combining Text Mining and Data Warehouse Approaches. Journal of Integrative Bioinformatics, 7(1), 148. Walter De Gruyter Gmbh. doi:10.2390/biecoll-jib-2010-148.

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• [4]
  

  2010 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 1785479

  Sommer, B., Dingersen, T., Schneider, S., Rubert, S. & Gamroth, C. (2010). CELLmicrocosmos 2.2: advancements and applications in modeling of three-dimensional PDB membranes (Conference Abstract) (Journal of Cheminformatics). Journal of Cheminformatics. Springer Science and Business Media LLC. doi:10.1186/1758-2946-2-S1-O21.

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• [3]
  

  2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2002601

  Sommer, B., Künsemöller, J., Sand, N., Husemann, A., Rumming, M. & Kormeier, B. (2010). CELLMICROCOSMOS 4.1, An Interactive Approach to Integrating Spatially Localized Metabolic Networks into a Virtual 3D Cell Environment. Gehalten auf der BIOINFORMATICS 2010, INSTICC - Institute for Systems and Technologies of Information, Control and Communication.

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• [2]
  

  2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1929144

  Sommer, B. (2010). Membranen für alle. NACHRICHTEN AUS DER CHEMIE, 58(10), 1030-1032. Wiley-Blackwell. doi:10.1002/nadc.201076279.

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• [1]
  

  2009 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 1785172

  Sommer, B., Dingersen, T. & Schneider, S. (2009). CELLmicrocosmos 2.1: a software approach for the modelling of three-dimensional PDB membranes (Conference Abstract) (Chemistry Central Journal). Chemistry Central Journal. Springer Science and Business Media LLC. doi:10.1186/1752-153X-3-S1-P72.

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