PUB - Publikationen an der Universität Bielefeld

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  2024 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2988228

  Agrofoglio, Y.C., Iglesias, M.J., Perez-Santangelo, S., de Leone, M.J., Köster, T., Catala, R., Salinas, J., Yanovsky, M., Staiger, D. & Mateos, J. (2024). Arginine methylation of SM-LIKE PROTEIN 4 antagonistically affects alternative splicing during Arabidopsis stress responses. Plant Cell: koae051. Oxford Univ Press . doi:10.1093/plcell/koae051.

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• [33]
  

  2024 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2986985

  Lewinski, M., Brüggemann, M., Köster, T., Reichel, M., Bergelt, T., Meyer, K., König, J., Zarnack, K. & Staiger, D. (2024). Mapping protein-RNA binding in plants with individual-nucleotide-resolution UV cross-linking and immunoprecipitation (plant iCLIP2). Nature Protocols. Nature. doi:10.1038/s41596-023-00935-3.

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• [32]
  

  2023 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2978193

  Köster, T. & Sitte, A. (2023). Plant iCLIP — auf Spurensuche im Transkriptom der Pflanze. BIOspektrum, 29(2), 174-176. Springer . doi:10.1007/s12268-023-1871-5.

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• [31]
  

  2023 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2985598

  Lewinski, M., Steffen, A., Kachariya, N., Elgner, M., Schmal, C., Messini, N., Köster, T., Reichel, M., Sattler, M., Zarnack, K. & Staiger, D. (2023). Arabidopsis thaliana GLYCINE RICH RNA-BINDING PROTEIN 7 interaction with its iCLIP target LHCB1.1 correlates with changes in RNA stability and circadian oscillation. Plant Journal. Wiley. doi:10.1111/tpj.16601.

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• [30]
  

  2022 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2965202

  Lüders, J., Winkel, A., Reichel, M., Bitterer, V., Scheibe, M., Widmann, C., Butter, F. & Köster, T. (2022). Identification of Pri-miRNA Stem-Loop Interacting Proteins in Plants Using a Modified Version of the Csy4 CRISPR Endonuclease. International Journal of Molecular Sciences, 23(16): 8961. MDPI . doi:10.3390/ijms23168961.

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• [29]
  

  2022 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2964517

  Zhang, R., Kuo, R., Coulter, M., Calixto, C.P.G., Entizne, J.C., Guo, W., Marquez, Y., Milne, L., Riegler, S., Matsui, A., Tanaka, M., Harvey, S., Gao, Y., WieSSner-Kroh, T., Paniagua, A., Crespi, M., Denby, K., Hur, A.B., Huq, E., Jantsch, M., Jarmolowski, A., Köster, T., Laubinger, S., Li, Q.Q., Gu, L., Seki, M., Staiger, D., Sunkar, R., Szweykowska-Kulinska, Z., Tu, S.-L., Wachter, A., Waugh, R., Xiong, L., Zhang, X.-N., Conesa, A., Reddy, A.S.N., Barta, A., Kalyna, M. & Brown, J.W.S. (2022). A high-resolution single-molecule sequencing-based Arabidopsis transcriptome using novel methods of Iso-seq analysis. Genome biology, 23(1): 149. BioMed Central. doi:10.1186/s13059-022-02711-0.

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• [28]
  

  2021 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2954082

  Arribas-Hernandez, L., Rennie, S., Köster, T., Schon, M., Porcelli, C., Lewinski, M., Enugutti, B., Nodine, M.D., Staiger, D., Andersson, R. & Brodersen, P. (2021). Principles of mRNA targeting and regulation via the Arabidopsis m6A-binding proteins ECT2 and ECT3. bioRxiv. Cold Spring Harbor Laboratory. doi:10.1101/2021.04.18.440342.

  PUB | DOI | Preprint
   
• [27]
  

  2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2959415

  Arribas-Hernández, L., Rennie, S., Köster, T., Porcelli, C., Lewinski, M., Staiger, D., Andersson, R. & Brodersen, P. (2021). Principles of mRNA targeting via the Arabidopsis m6A-binding protein ECT2. eLife, 10: e72375. eLife Sciences Publications. doi:10.7554/eLife.72375.

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• [26]
  

  2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2952670

  Hafner, M., Katsantoni, M., Köster, T., Marks, J., Mukherjee, J., Staiger, D., Ule, J. & Zavolan, M. (2021). CLIP and complementary methods. Nature Reviews Methods Primers, 1(1): 20. Nature Research. doi:10.1038/s43586-021-00018-1.

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• [25]
  

  2021 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2948744

  Köster, T. & Staiger, D. (2021). RNA-Binding Protein Immunoprecipitation and High-Throughput Sequencing (Methods in molecular biology ). In J.J. Sanchez-Serrano & J. Salinas (Hrsg.), Arabidopsis Protocols (S. 453-461). New York: Humana. doi:10.1007/978-1-0716-0880-7_23.

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• [24]
  

  2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2942001

  Lewinski, M., Bramkamp, Y., Köster, T. & Staiger, D. (2020). SEQing: web-based visualization of iCLIP and RNA-seq data in an interactive python framework. BMC bioinformatics, 21(1): 113. BMC. doi:10.1186/s12859-020-3434-9.

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• [23]
  

  2020 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2945219

  Köster, T. & Staiger, D. (2020). Plant Individual Nucleotide Resolution Cross-Linking and Immunoprecipitation to Characterize RNA-Protein Complexes. Methods in molecular biology (Clifton, N.J.), 2166, 255-267. Springer. doi:10.1007/978-1-0716-0712-1_15.

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• [22]
  

  2019 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2937585

  Köster, T., Reichel, M. & Staiger, D. (2019). CLIP and RNA interactome studies to unravel genome-wide RNA-protein interactions in vivo in Arabidopsis thaliana. Methods (San Diego, Calif.). Elsevier. doi:10.1016/j.ymeth.2019.09.005.

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• [21]
  

  2019 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2936720

  Reichel, M., Köster, T. & Staiger, D. (2019). Marking RNA: m6A writers, readers and functions in Arabidopsis. Journal of molecular cell biology, 11(10), 899-910. Oxford University Press. doi:10.1093/jmcb/mjz085.

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• [20]
  

  2018 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2934855

  Lewinski, M. & Köster, T. (2018). Systems Approaches to Map In Vivo RNA–Protein Interactions in Arabidopsis thaliana (RNA Technologies). In N. Rajewsky, S. Jurga & J. Barciszewski (Hrsg.), Systems Biology (S. 77-95). Cham: Springer International Publishing. doi:10.1007/978-3-319-92967-5_5.

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• [19]
  

  2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919118

  Johansson, M. & Köster, T. (2018). On the move through time - a historical review of plant clock research. Plant Biology, 21(S1), 13-20. Wiley-Blackwell. doi:10.1111/plb.12729.

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• [18]
  

  2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919455

  Köster, T. (2018). miRNAs - der Hacker-Angriff der Parasiten. Biologie in unserer Zeit, 48(2), 87-88. Wiley. doi:10.1002/biuz.201870205.

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• [17]
  

  2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2918314

  Köster, T. & Meyer, K. (2018). Plant Ribonomics: Proteins in Search of RNA Partners. Trends in Plant Science, 23(4), 352-365. Elsevier BV. doi:10.1016/j.tplants.2018.01.004.

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• [16]
  

  2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2914954

  Meyer, K., Köster, T., Nolte, C., Weinholdt, C., Lewinski, M., Grosse, I. & Staiger, D. (2017). Adaptation of iCLIP to plants determines the binding landscape of the clock-regulated RNA-binding protein AtGRP7. Genome Biology, 18(1): 204. Springer Nature. doi:10.1186/s13059-017-1332-x.

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• [15]
  

  2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2914953

  Köster, T. (2017). Volkszählung in der Zelle - wer bindet RNA? Biologie in unserer Zeit, 47(4), 226-227. Wiley-Blackwell. doi:10.1002/biuz.201770413.

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• [14]
  

  2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2911065

  Köster, T., Marondedze, C., Meyer, K. & Staiger, D. (2017). RNA-Binding Proteins Revisited – The Emerging Arabidopsis mRNA Interactome. Trends in Plant Science, 22(6), 512-526. Elsevier BV. doi:10.1016/j.tplants.2017.03.009.

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• [13]
  

  2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2911046

  Foley, S.W., Gosai, S.J., Wang, D., Selamoglu, N., Sollitti, A.C., Köster, T., Steffen, A., Lyons, E., Daldal, F., Garcia, B.A., Staiger, D., Deal, R.B. & Gregory, B.D. (2017). A Global View of RNA-Protein Interactions Identifies Post-transcriptional Regulators of Root Hair Cell Fate. Developmental Cell, 41(2), 204-220.e5. Elsevier. doi:10.1016/j.devcel.2017.03.018.

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• [12]
  

  2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2764695

  Meyer, K., Köster, T. & Staiger, D. (2015). Pre-mRNA Splicing in Plants: In Vivo Functions of RNA-Binding Proteins Implicated in the Splicing Process. Biomolecules, 5(3), 1717-1740. MDPI AG. doi:10.3390/biom5031717.

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• [11]
  

  2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2629103

  Köster, T. & Staiger, D. (2014). RNA-Binding Protein Immunoprecipitation from Whole-Cell Extracts. Methods in molecular biology (Clifton, N.J.), 1062, 679-695. Totowa, NJ: Springer Science + Business Media. doi:10.1007/978-1-62703-580-4_35.

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• [10]
  

  2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2631517

  Hackmann, C., Korneli, C., Kutyniok, M., Köster, T., Wiedenlübbert, M., Müller, C. & Staiger, D. (2014). Salicylic acid-dependent and -independent impact of an RNA-binding protein on plant immunity. Plant, Cell & Environment, 37(3), 696-706. Wiley-Blackwell. doi:10.1111/pce.12188.

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• [9]
  

  2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2709993

  Meyer, K., Köster, T. & Staiger, D. (2014). Unraveling post-transcriptional networks: Analysis of RNA-protein interactions with RNA immunoprecipitation. Biotechnologia. Journal of Biotechnology, Computational Biology and Bionanotechnology, 95(1), 43. Termedia Publishing House. doi:10.5114/bta.2014.46410.

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• [8]
  

  2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2694724

  Köster, T., Meyer, K., Weinholdt, C., Smith, L.M., Lummer, M., Speth, C., Grosse, I., Weigel, D. & Staiger, D. (2014). Regulation of pri-miRNA processing by the hnRNP-like protein AtGRP7 in Arabidopsis. Nucleic acids research, 42(15), 9925-9936. Oxford University Press (OUP). doi:10.1093/nar/gku716.

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• [7]
  

  2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2676604

  Köster, T., Haas, M. & Staiger, D. (2014). The RIPper Case: Identification of RNA-Binding Protein Targets by RNA Immunoprecipitation. Methods in molecular biology (Clifton, N.J.), 1158, 107-121. New York, NY: Springer Science + Business Media. doi:10.1007/978-1-4939-0700-7_7.

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• [6]
  

  2014 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2709933

  Meyer, K., Köster, T. & Staiger, D. (2014). Unraveling post-tramscriptional networks: Analysis of RNA-protein interactions with RNA immunoprecipitation (BioTechnologia), 95(1), 43-43. Gehalten auf der Post-transcriptional Gene Expression Regulation in Plants.

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• [5]
  

  2014 | Dissertation | PUB-ID: 2717324

  Köster, T. (2014). Funktion von Ribonukleoproteinkomplexen in der posttranskriptionellen Regulation und microRNA-Biogenese. Bielefeld.

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• [4]
  

  2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2709991

  Köster, T., Brown, J.W.S. & Staiger, D. (2014). Jenseits des Genoms – Alternatives Spleißen erhöht die Vielfalt des Transkriptoms. Naturwissenschaftliche Rundschau, 67(11), 566-571. Wiss. Verl.-Ges.

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• [3]
  

  2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2548847

  Streitner, C., Köster, T., Simpson, C.G., Shaw, P., Danisman, S., Brown, J.W.S. & Staiger, D. (2012). An hnRNP-like RNA-binding protein affects alternative splicing by in vivo interaction with transcripts in Arabidopsis thaliana. Nucleic acids research, 40(22), 11240-11255. Oxford University Press (OUP). doi:10.1093/nar/gks873.

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• [2]
  

  2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2003474

  Staiger, D. & Köster, T. (2011). Spotlight on post-transcriptional control in the circadian system. Cellular and Molecular Life Sciences, 68(1), 71-83. Springer Science + Business Media. doi:10.1007/s00018-010-0513-5.

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• [1]
  

  2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2438856

  Staiger, D. & Köster, T. (2009). Timing is everything - Die Innere Uhr der Pflanzen. Labor & More, 5, 40-41. Succidia Verl. & Kommunikation.

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