33 Publikationen

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  • [33]
    2024 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2986985
    Lewinski M, Brüggemann M, Köster T, et al. Mapping protein-RNA binding in plants with individual-nucleotide-resolution UV cross-linking and immunoprecipitation (plant iCLIP2). Nature Protocols. 2024.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [32]
    2023 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2985598
    Lewinski M, Steffen A, Kachariya N, et al. Arabidopsis thaliana GLYCINE RICH RNA-BINDING PROTEIN 7 interaction with its iCLIP target LHCB1.1 correlates with changes in RNA stability and circadian oscillation. Plant Journal. 2023.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [31]
    2023 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2978193
    Köster T, Sitte A. Plant iCLIP — auf Spurensuche im Transkriptom der Pflanze. BIOspektrum. 2023;29(2):174-176.
    PUB | DOI
     
  • [30]
    2022 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2965202 OA
    Lüders J, Winkel A, Reichel M, et al. Identification of Pri-miRNA Stem-Loop Interacting Proteins in Plants Using a Modified Version of the Csy4 CRISPR Endonuclease. International Journal of Molecular Sciences. 2022;23(16): 8961.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [29]
    2022 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2964517
    Zhang R, Kuo R, Coulter M, et al. A high-resolution single-molecule sequencing-based Arabidopsis transcriptome using novel methods of Iso-seq analysis. Genome biology. 2022;23(1): 149.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [28]
    2021 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2954082
    Arribas-Hernandez L, Rennie S, Köster T, et al. Principles of mRNA targeting and regulation via the Arabidopsis m6A-binding proteins ECT2 and ECT3. bioRxiv. 2021.
    PUB | DOI | Preprint
     
  • [27]
    2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2959415
    Arribas-Hernández L, Rennie S, Köster T, et al. Principles of mRNA targeting via the Arabidopsis m6A-binding protein ECT2. eLife. 2021;10: e72375.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [26]
    2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2952670
    Hafner M, Katsantoni M, Köster T, et al. CLIP and complementary methods. Nature Reviews Methods Primers. 2021;1(1): 20.
    PUB | DOI | WoS
     
  • [25]
    2021 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2948744
    Köster T, Staiger D. RNA-Binding Protein Immunoprecipitation and High-Throughput Sequencing. In: Sanchez-Serrano JJ, Salinas J, eds. Arabidopsis Protocols . Methods in molecular biology . Vol 2200. New York: Humana; 2021: 453-461.
    PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
     
  • [24]
    2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2942001 OA
    Lewinski M, Bramkamp Y, Köster T, Staiger D. SEQing: web-based visualization of iCLIP and RNA-seq data in an interactive python framework. BMC bioinformatics. 2020;21(1): 113.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [23]
    2020 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2945219
    Köster T, Staiger D. Plant Individual Nucleotide Resolution Cross-Linking and Immunoprecipitation to Characterize RNA-Protein Complexes. Methods in molecular biology (Clifton, N.J.). 2020;2166:255-267.
    PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
     
  • [22]
    2019 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2937585
    Köster T, Reichel M, Staiger D. CLIP and RNA interactome studies to unravel genome-wide RNA-protein interactions in vivo in Arabidopsis thaliana. Methods (San Diego, Calif.). 2019.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [21]
    2019 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2936720
    Reichel M, Köster T, Staiger D. Marking RNA: m6A writers, readers and functions in Arabidopsis. Journal of molecular cell biology. 2019;11(10):899-910.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [20]
    2018 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2934855
    Lewinski M, Köster T. Systems Approaches to Map In Vivo RNA–Protein Interactions in Arabidopsis thaliana. In: Rajewsky N, Jurga S, Barciszewski J, eds. Systems Biology. RNA Technologies. Cham: Springer International Publishing; 2018: 77-95.
    PUB | DOI
     
  • [19]
    2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919118
    Johansson M, Köster T. On the move through time - a historical review of plant clock research. Plant Biology. 2018;21(S1):13-20.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [18]
    2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919455
    Köster T. miRNAs - der Hacker-Angriff der Parasiten. Biologie in unserer Zeit. 2018;48(2):87-88.
    PUB | DOI
     
  • [17]
    2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2918314
    Köster T, Meyer K. Plant Ribonomics: Proteins in Search of RNA Partners. Trends in Plant Science. 2018;23(4):352-365.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [16]
    2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2914954 OA
    Meyer K, Köster T, Nolte C, et al. Adaptation of iCLIP to plants determines the binding landscape of the clock-regulated RNA-binding protein AtGRP7. Genome Biology. 2017;18(1): 204.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [15]
    2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2914953
    Köster T. Volkszählung in der Zelle - wer bindet RNA? Biologie in unserer Zeit. 2017;47(4):226-227.
    PUB | DOI
     
  • [14]
    2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2911065
    Köster T, Marondedze C, Meyer K, Staiger D. RNA-Binding Proteins Revisited – The Emerging Arabidopsis mRNA Interactome. Trends in Plant Science. 2017;22(6):512-526.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [13]
    2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2911046
    Foley SW, Gosai SJ, Wang D, et al. A Global View of RNA-Protein Interactions Identifies Post-transcriptional Regulators of Root Hair Cell Fate. Developmental Cell. 2017;41(2):204-220.e5.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [12]
    2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2764695 OA
    Meyer K, Köster T, Staiger D. Pre-mRNA Splicing in Plants: In Vivo Functions of RNA-Binding Proteins Implicated in the Splicing Process. Biomolecules. 2015;5(3):1717-1740.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [11]
    2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2629103
    Köster T, Staiger D. RNA-Binding Protein Immunoprecipitation from Whole-Cell Extracts. Methods in molecular biology (Clifton, N.J.). 2014;1062:679-695.
    PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
     
  • [10]
    2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2631517
    Hackmann C, Korneli C, Kutyniok M, et al. Salicylic acid-dependent and -independent impact of an RNA-binding protein on plant immunity. Plant, Cell & Environment. 2014;37(3):696-706.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [9]
    2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2709993
    Meyer K, Köster T, Staiger D. Unraveling post-transcriptional networks: Analysis of RNA-protein interactions with RNA immunoprecipitation. Biotechnologia. Journal of Biotechnology, Computational Biology and Bionanotechnology. 2014;95(1):43.
    PUB | DOI
     
  • [8]
    2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2694724
    Köster T, Meyer K, Weinholdt C, et al. Regulation of pri-miRNA processing by the hnRNP-like protein AtGRP7 in Arabidopsis. Nucleic acids research. 2014;42(15):9925-9936.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [7]
    2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2676604
    Köster T, Haas M, Staiger D. The RIPper Case: Identification of RNA-Binding Protein Targets by RNA Immunoprecipitation. Methods in molecular biology (Clifton, N.J.). 2014;1158:107-121.
    PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
     
  • [6]
    2014 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2709933
    Meyer K, Köster T, Staiger D. Unraveling post-tramscriptional networks: Analysis of RNA-protein interactions with RNA immunoprecipitation. BioTechnologia. 2014;95(1):43-43.
    PUB
     
  • [5]
    2014 | Dissertation | PUB-ID: 2717324
    Köster T. Funktion von Ribonukleoproteinkomplexen in der posttranskriptionellen Regulation und microRNA-Biogenese. Bielefeld; 2014.
    PUB
     
  • [4]
    2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2709991
    Köster T, Brown JWS, Staiger D. Jenseits des Genoms – Alternatives Spleißen erhöht die Vielfalt des Transkriptoms. Naturwissenschaftliche Rundschau. 2014;67(11):566-571.
    PUB
     
  • [3]
    2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2548847
    Streitner C, Köster T, Simpson CG, et al. An hnRNP-like RNA-binding protein affects alternative splicing by in vivo interaction with transcripts in Arabidopsis thaliana. Nucleic acids research. 2012;40(22):11240-11255.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [2]
    2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2003474
    Staiger D, Köster T. Spotlight on post-transcriptional control in the circadian system. Cellular and Molecular Life Sciences. 2011;68(1):71-83.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [1]
    2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2438856 OA
    Staiger D, Köster T. Timing is everything - Die Innere Uhr der Pflanzen. Labor & More. 2009;5:40-41.
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